Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Цикл фагового дисплея. 1) слитые белки для белка оболочки вируса + ген, который должен развиваться (обычно фрагмент антитела), экспрессируются в бактериофаге. 2) библиотеку фага промывают иммобилизованной мишенью. 3) остальные связывающие вещества с высоким сродством используются для заражения бактерий. 4) выделяют гены, кодирующие высокоаффинные связывающие вещества. 5) в эти гены могут быть внесены случайные мутации, которые используются для выполнения еще одного витка эволюции. Этапы отбора и амплификации могут выполняться несколько раз с большей строгостью для выделения связывающих веществ с более высоким сродством.

Фагового дисплея является лабораторная методика для исследования белок-белок , белок - пептид и белок - ДНК взаимодействий , которая использует бактериофаги ( вирусы , которые инфицируют бактерии ) , чтобы соединить белки с генетической информацией , которая кодирует них. [1] В этом методе ген, кодирующий интересующий белок, вставляется в ген белка оболочки фага , заставляя фаг «отображать» белок на своей внешней стороне, в то время как ген этого белка находится внутри, что приводит к соединению между генотипом ифенотип . Затем эти отображающие фаги могут быть подвергнуты скринингу против других белков, пептидов или последовательностей ДНК, чтобы обнаружить взаимодействие между отображаемым белком и этими другими молекулами. Таким образом, можно проводить скрининг и амплификацию больших библиотек белков в процессе, называемом отбором in vitro , который аналогичен естественному отбору .

Наиболее распространенные бактериофаги , используемые в фагов М13 и Fd нитчатые фаги , [2] [3] , хотя Т4 , [4] Т7 , и λ фага также были использованы.

История [ править ]

Фаговый дисплей был впервые описан Джорджем П. Смитом в 1985 году, когда он продемонстрировал отображение пептидов на нитчатых фагах (длинных тонких вирусах, заражающих бактерии) путем слияния капсидного белка вируса с одним пептидом из коллекции пептидных последовательностей. [1] Это отображало различные пептиды на внешних поверхностях коллекции вирусных клонов, где на этапе скрининга процесса были выделены пептиды с наивысшим сродством связывания. В 1988 году Стивен Пармли и Джордж Смит описали биопэннинг для аффинного отбора и продемонстрировали, что рекурсивные раунды отбора могут обогатить клоны, присутствующие на уровне 1 на миллиард или меньше.[5] В 1990 году Джейми Скотт и Джордж Смит описали создание больших случайных библиотек пептидов, отображаемых на нитчатых фагах. [6] Технология фагового дисплея был доработан и усовершенствован группами в Лаборатории молекулярной биологии с Грегом зимой и Джон McCafferty , The института Скриппса с Ричардом Лернера и Карлос Барбаса и научно - исследовательский центр Немецкий Cancer с Фрэнком Breitling и Стефан Дюбель для отображения белков, таких как антитела для терапевтической белковой инженерии. Смит и Винтер были удостоены половины Нобелевской премии по химии 2018 года за их вклад в разработку фагового дисплея. [7] Патент Джорджа Печеника, претендующий на приоритет с 1985 года, также описывает создание пептидных библиотек. [8]

Принцип [ править ]

Как и двухгибридная система , фаговый дисплей используется для высокопроизводительного скрининга белковых взаимодействий. В случае нитевидного фагового дисплея M13 ДНК, кодирующая интересующий белок или пептид, лигируется с геном pIII или pVIII, кодирующим либо минорный, либо основной белок оболочки , соответственно. Иногда используются множественные сайты клонирования , чтобы гарантировать, что фрагменты вставлены во все три возможные рамки считывания, так что фрагмент кДНК транслируется в правильной рамке. Затем гибрид фага и вставки ДНК вставляют (процесс, известный как « трансдукция ») вБактериальные клетки E. coli, такие как TG1, SS320, ER2738 или XL1-Blue E. coli . Если используется « фагмидный » вектор ( вектор упрощенной дисплейной конструкции), частицы фага не будут высвобождаться изклеток E. coli до тех пор, пока они не будут инфицированы фагом-помощником , что позволяет упаковывать ДНК фага и собирать зрелые вирионы с соответствующий фрагмент белка как часть их внешней оболочки на минорном (pIII) или основном (pVIII) белке оболочки. Путем иммобилизации соответствующей ДНК или белковой мишени на поверхности микротитровального планшетаЧто ж, фаг, который отображает белок, который связывается с одной из этих мишеней на своей поверхности, останется, в то время как другие будут удалены промыванием. Те, что остались, можно элюировать , использовать для продуцирования большего количества фага (путем бактериальной инфекции с помощью фага-помощника) и для получения смеси фагов, обогащенной соответствующим (т. Е. Связывающимся) фагом. Повторяющееся циклическое выполнение этих этапов называется «пэннингом» в отношении обогащения образца золота путем удаления нежелательных материалов. Фаг, элюированный на последней стадии, можно использовать для заражения подходящего бактериального хозяина, из которого можно собрать фагмиды, вырезать соответствующую последовательность ДНК и секвенировать ее для идентификации соответствующих взаимодействующих белков или фрагментов белка.

Использование фага-помощника можно исключить с помощью технологии «бактериальной упаковочной клеточной линии». [9]

Элюирование можно проводить, комбинируя элюирующий буфер с низким pH с обработкой ультразвуком, которая, помимо ослабления взаимодействия пептид-мишень, также служит для отделения целевой молекулы от поверхности иммобилизации. Этот основанный на ультразвуке метод позволяет выбрать одноэтапный пептид с высоким сродством. [10]

Приложения [ править ]

Применения технологии фагового дисплея включают определение партнеров по взаимодействию белка (который будет использоваться в качестве «приманки» иммобилизованного фага с библиотекой ДНК, состоящей из всех кодирующих последовательностей клетки, ткани или организма), так что функция или механизм функция этого белка может быть определена. [11] Фаговый дисплей также является широко используемым методом для эволюции белков in vitro (также называемый белковой инженерией ). Таким образом, фаговый дисплей является полезным инструментом в открытии лекарств . Он используется для поиска новых лигандов (ингибиторов ферментов, агонистов и антагонистов рецепторов) для белков-мишеней. [12] [13] [14]Этот метод также используется для определения опухолевых антигенов (для использования в диагностике и терапевтическом нацеливании) [15] и для поиска взаимодействий белок-ДНК [16] с использованием специально сконструированных библиотек ДНК с рандомизированными сегментами. В последнее время фаговый дисплей также использовался в контексте лечения рака, например, в подходе адаптивного переноса клеток. [17] В этих случаях фаговый дисплей используется для создания и отбора синтетических антител, нацеленных на поверхностные белки опухоли. [17] Они превращаются в синтетические рецепторы Т-клеток, взятых у пациента, которые используются для борьбы с болезнью. [18]

Конкурирующие методы эволюции белков in vitro включают дрожжевой дисплей , бактериальный дисплей , рибосомный дисплей и дисплей мРНК .

Созревание антител in vitro [ править ]

Изобретение антитела фагового дисплея революция открытия антител наркотиков. Первоначальная работа была проведена лабораториями Лаборатории молекулярной биологии MRC ( Грег Винтер и Джон Маккафферти ), Исследовательского института Скриппса (Ричард Лернер и Карлос Ф. Барбас) и Немецкого центра исследования рака (Франк Брайтлинг и Стефан Дюбель). [19] [20] [21] В 1991 году группа Скриппса сообщила о первом отображении и отборе человеческих антител на фаге. [22] В этом первоначальном исследовании описывалось быстрое выделение Fab антитела человека , связывающего столбнячный токсин.Затем этот метод был расширен для быстрого клонирования человеческих антител против ВИЧ-1 для разработки вакцины и терапии. [23] [24] [25] [26] [27]

Фаговый дисплей библиотек антител стал мощным методом как для изучения иммунного ответа, так и для быстрого отбора и развития человеческих антител для терапии. Фаговый дисплей антител позже был использован Карлосом Ф. Барбасом из Исследовательского института Скриппса для создания библиотек синтетических человеческих антител, принцип, впервые запатентованный в 1990 году Breitling и соавторами (патент CA 2035384), тем самым позволяя создавать человеческие антитела in vitro из синтетических элементы разнообразия. [28] [29] [30] [31]

Библиотеки антител, отображающие миллионы различных антител на фаге, часто используются в фармацевтической промышленности для выделения высокоспецифичных терапевтических выводов антител для разработки лекарственных препаратов на основе антител, прежде всего в качестве противораковых или противовоспалительных терапевтических средств. Одним из наиболее успешных был адалимумаб , открытый Cambridge Antibody Technology как D2E7, разработанный и проданный Abbott Laboratories . Адалимумаб, антитело к TNF-альфа , было первым в мире полностью человеческим антителом [32], годовой объем продаж которого превысил 1 миллиард долларов. [33]

Общий протокол [ править ]

Ниже приводится последовательность событий, которые отслеживаются при скрининге фагового дисплея для идентификации полипептидов, которые связываются с высоким сродством с желаемым целевым белком или последовательностью ДНК:

  1. Белки-мишени или последовательности ДНК иммобилизованы в лунках микротитровального планшета .
  2. Многие генетические последовательности экспрессируются в библиотеке бактериофага в форме слияния с белком оболочки бактериофага, так что они отображаются на поверхности вирусной частицы. Отображаемый белок соответствует генетической последовательности внутри фага.
  3. Эту библиотеку фагового дисплея добавляют в чашку, и после того, как фагу дают время для связывания, чашку промывают.
  4. Белки, отображающие фаги, которые взаимодействуют с целевыми молекулами, остаются прикрепленными к чашке, в то время как все остальные смываются.
  5. Присоединенный фаг может быть элюирован и использован для создания большего количества фага путем инфицирования подходящих бактериальных хозяев. Новый фаг представляет собой обогащенную смесь, содержащую значительно меньше нерелевантного фага (т.е. несвязывающего), чем присутствовало в исходной смеси.
  6. Шаги с 3 по 5 необязательно повторяются один или несколько раз, дополнительно обогащая фаговую библиотеку связывающими белками.
  7. После дальнейшей бактериальной амплификации ДНК во взаимодействующем фаге секвенируется для идентификации взаимодействующих белков или фрагментов белков.

Выбор белка оболочки [ править ]

Нитчатые фаги [ править ]

pIII [ править ]

pIII - это белок, определяющий инфекционность вириона. pIII состоит из трех доменов (N1, N2 и CT), соединенных богатыми глицином линкерами. [34] Домен N2 связывается с пилусом F во время инфицирования вирионом, высвобождая домен N1, который затем взаимодействует с белком TolA на поверхности бактерии. [34] Вставки в этот белок обычно добавляются в положение 249 (в линкерной области между CT и N2), положение 198 (в пределах домена N2) и на N-конце (вставлено между N-концевой секреционной последовательностью и N -конце pIII). [34]Однако при использовании сайта BamHI, расположенного в положении 198, нужно быть осторожным с неспаренным остатком цистеина (C201), который может вызвать проблемы во время фагового дисплея, если используется неукрезанная версия pIII. [34]

Преимущество использования pIII, а не pVIII, состоит в том, что pIII обеспечивает моновалентный дисплей при использовании фагмиды (плазмиды, полученной из Ff-фага) в сочетании с фагом-помощником. Более того, pIII позволяет встраивать более крупные последовательности белка (> 100 аминокислот) [35] и более устойчив к нему, чем pVIII. Однако использование pIII в качестве партнера по слиянию может привести к снижению инфекционности фага, что приведет к таким проблемам, как систематическая ошибка отбора, вызванная различием в скорости роста фага [36] или, что еще хуже, неспособность фага заразить своего хозяина. [34] Потери фаговой инфекционности можно избежать, используя фагмидную плазмиду и фаг-помощник, чтобы полученный фаг содержал как pIII дикого типа, так и гибридный pIII. [34]

кДНК также была проанализирована с использованием pIII через систему двух комплементарных лейциновых молний [37], спасение при прямом взаимодействии [38] или путем добавления линкера из 8-10 аминокислот между кДНК и pIII на С-конце. [39]

pVIII [ править ]

pVIII - основной белок оболочки фагов Ff. Пептиды обычно сливаются с N-концом pVIII. [34] Обычно пептиды, которые могут быть слиты с pVIII, имеют длину 6-8 аминокислот. [34] Ограничение размера, по-видимому, меньше связано со структурным препятствием, вызванным добавлением секции [40], а больше связано с исключением размера, вызванным pIV во время экспорта белка оболочки. [40] Так как типичные фаги содержат около 2700 копий белка, более вероятно, что интересующий белок будет экспрессироваться поливалентно, даже если используется фагмида. [34] Это делает использование этого белка неблагоприятным для открытия партнеров по связыванию с высоким сродством. [34]

Чтобы преодолеть проблему размера pVIII, были разработаны искусственные белки оболочки. [41] Примером может служить инвертированный искусственный белок оболочки (ACP) Weiss and Sidhu, который позволяет отображать большие белки на С-конце. [41] ACP могут отображать белок 20 кДа, однако, только на низких уровнях (в основном только моновалентно). [41]

pVI [ править ]

pVI широко использовался для отображения библиотек кДНК. [34] Отображение библиотек кДНК с помощью фагового дисплея является привлекательной альтернативой дрожжевому 2-гибридному методу для обнаружения взаимодействующих белков и пептидов благодаря его высокой пропускной способности. [34] pVI использовался преимущественно для pVIII и pIII для экспрессии библиотек кДНК, потому что можно добавить интересующий белок к С-концу pVI без значительного влияния на роль pVI в сборке фага. Это означает, что стоп-кодон в кДНК больше не является проблемой. [42] Однако фаговый дисплей кДНК всегда ограничен неспособностью большинства прокариот производить посттрансляционные модификации, присутствующие в эукариотических клетках, или неправильной сборкой многодоменных белков.

Хотя pVI был полезен для анализа библиотек кДНК, pIII и pVIII остаются наиболее используемыми белками оболочки для фагового дисплея. [34]

pVII и pIX [ править ]

В эксперименте 1995 года попытка отображения глутатион-S-трансферазы как на pVII, так и на pIX оказалась неудачной. [43] Однако фаговый дисплей этого белка был успешно завершен после добавления периплазматической сигнальной последовательности (pelB или ompA) на N-конце. [44] В недавнем исследовании было показано, что AviTag, FLAG и His могут отображаться на pVII без необходимости в сигнальной последовательности. Затем экспрессия одноцепочечных Fv (scFv) и одноцепочечных Т-клеточных рецепторов (scTCR) экспрессировалась как с сигнальной последовательностью, так и без нее. [45]

PelB (аминокислотная сигнальная последовательность, которая направляет белок в периплазму, где сигнальная пептидаза затем отщепляет PelB) улучшила уровень фагового дисплея по сравнению со слияниями pVII и pIX без сигнальной последовательности. Однако это привело к включению большего количества геномов фагов-помощников, чем геномов фагмид. Во всех случаях уровни фагового дисплея были ниже, чем при использовании слияния pIII. Однако более низкий дисплей может быть более предпочтительным для выбора связующих, поскольку более низкий дисплей ближе к истинному моновалентному отображению. В пяти из шести случаев слияния pVII и pIX без pelB были более эффективными, чем слияния pIII в анализах аффинного отбора. В документе даже говорится, что платформы отображения pVII и pIX в долгосрочной перспективе могут превзойти pIII. [45]

Использование pVII и pIX вместо pIII также может быть преимуществом, поскольку спасение вириона может быть предпринято без разрыва связи вирион-антиген, если используется pIII дикого типа. Вместо этого можно было произвести расщепление на участке между гранулой и антигеном для элюирования. Поскольку pIII не поврежден, не имеет значения, остается ли антиген связанным с фагом. [45]

Фаги Т7 [ править ]

Проблема использования фагов Ff для фагового дисплея заключается в том, что они требуют, чтобы представляющий интерес белок был перемещен через внутреннюю мембрану бактерий, прежде чем они будут собраны в фаг. [46] Некоторые белки не могут подвергаться этому процессу и, следовательно, не могут отображаться на поверхности фагов Ff. В этих случаях вместо этого используется фаговый дисплей Т7. [46] При фаговом дисплее Т7 отображаемый белок присоединяется к С-концу капсидного белка гена 10 Т7. [46]

Недостатком использования T7 является то, что размер белка, который может быть экспрессирован на поверхности, ограничен более короткими пептидами, поскольку большие изменения в геноме T7 не могут быть приспособлены, как это происходит в M13, где фаг просто удлиняет свою оболочку, чтобы соответствовать больший геном внутри него. Однако он может быть полезен для получения большой библиотеки белков для отбора scFV, где scFV экспрессируется на фаге M13, а антигены экспрессируются на поверхности фага T7. [47]

Ресурсы и инструменты по биоинформатике [ править ]

Базы данных и вычислительные инструменты для мимотопов были важной частью исследования фагового дисплея. [48] Базы данных, [49] программы и веб-серверы [50] широко использовались для исключения не связанных с мишенью пептидов, [51] характеризовали взаимодействия малых молекул с белками и отображали взаимодействия белок-белок. Пользователи могут использовать трехмерную структуру белка и пептидов, выбранных из эксперимента по фаговому дисплею, для картирования конформационных эпитопов. Некоторые из быстрых и эффективных вычислительных методов доступны в Интернете. [50]

См. Также [ править ]

  • Направленная эволюция
  • белок-белковые взаимодействия
  • Лидерная последовательность PelB

Конкурирующие техники:

  • Двухгибридная система
  • отображение мРНК
  • Рибосомный дисплей

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b Smith GP (июнь 1985 г.). «Нитчатый слитый фаг: новые векторы экспрессии, которые отображают клонированные антигены на поверхности вириона». Наука . 228 (4705): 1315–7. Bibcode : 1985Sci ... 228.1315S . DOI : 10.1126 / science.4001944 . PMID  4001944 .
  2. ^ Смит Г.П., Петренко В.А. (апрель 1997 г.). «Фаговый дисплей». Chem. Ред . 97 (2): 391–410. DOI : 10.1021 / cr960065d . PMID 11848876 . 
  3. ^ Кехо JW, Кей BK (ноябрь 2005). «Нитчатый фаговый дисплей в новом тысячелетии». Chem. Ред . 105 (11): 4056–72. DOI : 10.1021 / cr000261r . PMID 16277371 . 
  4. ^ Malys N, Chang DY, Baumann Р.Г., Се D, Black LW (2002). «Библиотека рандомизированного пептидного дисплея SOC и HOC бактериофага T4: обнаружение и анализ взаимодействия фага T4-терминазы (gp17) и фактора поздней сигмы (gp55)». J Mol Biol . 319 (2): 289–304. DOI : 10.1016 / S0022-2836 (02) 00298-X . PMID 12051907 . 
  5. ^ Parmley SF, Smith GP (1988). «Отбираемые антителами нитчатые фаговые векторы fd: аффинная очистка целевых генов». Джин . 73 (2): 305–318. DOI : 10.1016 / 0378-1119 (88) 90495-7 . PMID 3149606 . 
  6. ^ Скотт, J .; Смит, Г. (1990). «Поиск пептидных лигандов с помощью библиотеки эпитопов». Наука . 249 (4967): 386–390. Bibcode : 1990Sci ... 249..386S . DOI : 10.1126 / science.1696028 . PMID 1696028 . 
  7. ^ «Нобелевская премия по химии 2018» . NobelPrize.org . Проверено 3 октября 2018 .
  8. ^ Патент США 5866363 , Pieczenik G, «Метод и средства для сортировки и определения биологической информации», опубликованной 1999-02-02 
  9. ^ Chasteen л, Ayriss Дж, Павлик Р, Брэдбери А. Р. (2006). «Устранение фага-помощника из фагового дисплея» . Nucleic Acids Res . 34 (21): e145. DOI : 10.1093 / NAR / gkl772 . PMC 1693883 . PMID 17088290 .  
  10. ^ Лундер М, Bratkovic Т, Urleb U, Крефт S, Strukelj В (июнь 2008 г.). «Ультразвук в фаговом дисплее: новый подход к неспецифической элюции» . Биотехнологии . 44 (7): 893–900. DOI : 10.2144 / 000112759 . PMID 18533899 . 
  11. ^ Пояснение к «Картированию взаимодействия белков» от Wellcome Trust
  12. ^ Лундер М, Bratkovic Т, Doljak В, Крефт S, Urleb U, Strukelj В, Plazar N (ноябрь 2005 г.). «Сравнение библиотек пептидов бактериального и фагового дисплеев в поисках связывающего мишень мотива». Appl. Biochem. Biotechnol . 127 (2): 125–31. DOI : 10.1385 / ABAB: 127: 2: 125 . PMID 16258189 . S2CID 45243314 .  
  13. ^ Bratkovic Т, Лундер М, Т Поповича, Крефт S, Турок В, Strukelj В, Urleb U (июль 2005 г.). «Отбор по аффинности к папаину дает мощные пептидные ингибиторы катепсинов L, B, H и K». Biochem. Биофиз. Res. Commun . 332 (3): 897–903. DOI : 10.1016 / j.bbrc.2005.05.028 . PMID 15913550 . 
  14. ^ Лундер М, Bratkovic Т, Крефт S, Strukelj В (июль 2005 г.). «Пептидный ингибитор липазы поджелудочной железы, выбранный с помощью фагового дисплея с использованием различных стратегий элюирования» . J. Lipid Res . 46 (7): 1512–6. DOI : 10,1194 / jlr.M500048-JLR200 . PMID 15863836 . 
  15. ^ Hufton SE, Moerkerk PT, Meulemans Е.В., де Bruïne A, Арендс JW, Hoogenboom HR (декабрь 1999). «Фаговый дисплей репертуаров кДНК: система отображения pVI и ее приложения для выбора иммуногенных лигандов». J. Immunol. Методы . 231 (1–2): 39–51. DOI : 10.1016 / S0022-1759 (99) 00139-8 . PMID 10648926 . 
  16. ^ Gommans WM, Haisma HJ, гнили MG (декабрь 2005). «Разработка факторов транскрипции белка цинкового пальца: терапевтическое значение включения или выключения экспрессии эндогенных генов по команде». J. Mol. Биол . 354 (3): 507–19. DOI : 10.1016 / j.jmb.2005.06.082 . PMID 16253273 . 
  17. ^ a b "CAR T-клетки: разработка иммунных клеток пациентов для лечения их рака" . Национальный институт рака . 2013-12-06 . Проверено 9 февраля 2018 .
  18. ^ Løset Ga, Berntzen G, Frigstad Т, Pollmann S, Gunnarsen К.С., Sandlie я (12 января 2015). «Разработанные фагом рецепторы Т-клеток как инструменты для изучения взаимодействий опухолевого пептида-MHC» . Границы онкологии . 4 (378): 378. DOI : 10,3389 / fonc.2014.00378 . PMC 4290511 . PMID 25629004 .  
  19. ↑ McCafferty J , Griffiths AD, Winter G , Chiswell DJ (декабрь 1990 г.). «Фаговые антитела: нитчатый фаг, демонстрирующий вариабельные домены антител». Природа . 348 (6301): 552–4. Bibcode : 1990Natur.348..552M . DOI : 10.1038 / 348552a0 . PMID 2247164 . S2CID 4258014 .  
  20. ^ Scott JS, Барбас CF III, Burton DA (2001). Фаговый дисплей: лабораторное руководство . Плейнвью, Нью-Йорк: Лаборатория издательства Колд-Спринг-Харбор. ISBN 978-0-87969-740-2.
  21. ^ Breitling F, Dübel S, T Seehaus, Klewinghaus I, Little M (август 1991). «Вектор поверхностной экспрессии для скрининга антител». Джин . 104 (2): 147–53. DOI : 10.1016 / 0378-1119 (91) 90244-6 . PMID 1916287 . 
  22. ^ Барбас CF, Кан А. С., Лернер Р.А., Benkovic SJ (сентябрь 1991). «Сборка комбинаторных библиотек антител на фаговых поверхностях: сайт гена III» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 88 (18): 7978–82. Bibcode : 1991PNAS ... 88.7978B . DOI : 10.1073 / pnas.88.18.7978 . PMC 52428 . PMID 1896445 .  
  23. ↑ Burton DR, Barbas CF, Persson MA, Koenig S, Chanock RM, Lerner RA (ноябрь 1991). «Большой набор человеческих моноклональных антител к вирусу иммунодефицита человека 1 типа из комбинаторных библиотек бессимптомных серопозитивных людей» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 88 (22): 10134–7. Bibcode : 1991PNAS ... 8810134B . DOI : 10.1073 / pnas.88.22.10134 . PMC 52882 . PMID 1719545 .  
  24. ^ Барбас CF, Björling E, F Chiodi, Dunlop N, Cababa D, Jones TM, Зеведей SL, Persson MA, Нара PL, Norrby E (октябрь 1992). «Рекомбинантные человеческие Fab-фрагменты нейтрализуют вирус иммунодефицита человека 1 типа in vitro» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 89 (19): 9339–43. Bibcode : 1992PNAS ... 89.9339B . DOI : 10.1073 / pnas.89.19.9339 . PMC 50122 . PMID 1384050 .  
  25. ^ Бартон Д. Р., Pyati Дж, Koduri R, Sharp SJ, Торнтон ГБ, PARREN PW, Сойер Л.С., Хендри Р.М., Данлоп N, Нара PL (ноябрь 1994 года). «Эффективная нейтрализация первичных изолятов ВИЧ-1 рекомбинантным человеческим моноклональным антителом». Наука . 266 (5187): 1024–7. Bibcode : 1994Sci ... 266.1024B . DOI : 10.1126 / science.7973652 . PMID 7973652 . 
  26. ^ Ян WP, зеленый K, Pinz-Суини S, Briones AT, Burton DR, Барбас CF (декабрь 1995). «Ходячий мутагенез CDR для созревания аффинности мощного человеческого антитела против ВИЧ-1 до пикомолярного диапазона». Журнал молекулярной биологии . 254 (3): 392–403. DOI : 10.1006 / jmbi.1995.0626 . PMID 7490758 . 
  27. ^ Барбас УТС, Ху Д, Данлоп Н, Сойер л, Cababa D, Хендри RM, Нара PL, Бартон Д. Р. (апрель 1994 г.). «Эволюция in vitro нейтрализующих человеческих антител к вирусу иммунодефицита человека типа 1 для повышения аффинности и расширения перекрестной реактивности штаммов» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 91 (9): 3809–13. Bibcode : 1994PNAS ... 91.3809B . DOI : 10.1073 / pnas.91.9.3809 . PMC 43671 . PMID 8170992 .  
  28. ^ Барбас CF, Bain JD, Хоекстра DM, Lerner RA (май 1992). «Полусинтетические комбинаторные библиотеки антител: химическое решение проблемы разнообразия» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 89 (10): 4457–61. Bibcode : 1992PNAS ... 89.4457B . DOI : 10.1073 / pnas.89.10.4457 . PMC 49101 . PMID 1584777 .  
  29. ^ Барбас CF, Languino LR, Смит JW (ноябрь 1993). «Высокоаффинные самореактивные человеческие антитела, разработанные и отобранные: нацеливание на сайт связывания лиганда интегрина» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 90 (21): 10003–7. Bibcode : 1993PNAS ... 9010003B . DOI : 10.1073 / pnas.90.21.10003 . PMC 47701 . PMID 7694276 .  
  30. ^ Барбас CF, Wagner J (октябрь 1995). «Синтетические человеческие антитела: отбор и развитие функциональных белков». Методы . 8 (2): 94–103. DOI : 10,1006 / meth.1995.9997 .
  31. ^ Барбас CF (август 1995). «Синтетические антитела человека». Nat. Med . 1 (8): 837–9. DOI : 10.1038 / nm0895-837 . PMID 7585190 . S2CID 6983649 .  
  32. ^ Лоуренс S (апрель 2007 г.). «Младенцы на миллиард долларов - биотехнологические препараты в качестве блокбастеров». Nat. Biotechnol . 25 (4): 380–2. DOI : 10.1038 / nbt0407-380 . PMID 17420735 . S2CID 205266758 .  
  33. ^ Кембриджские антитела: обновление продаж | Анонсы компании | Телеграф
  34. ^ Б с д е е г ч я J к л м Лоумен НВ, Clackson Т (2004). «1,3». Фаговый дисплей: практический подход . Оксфорд [Оксфордшир]: Издательство Оксфордского университета. С. 10–11. ISBN 978-0-19-963873-4.
  35. ^ Сидху С.С., Вайс Г.А., Wells JA (февраль 2000). «Высококопийное отображение больших белков на фаге для функционального отбора». J. Mol. Биол . 296 (2): 487–95. DOI : 10.1006 / jmbi.1999.3465 . PMID 10669603 . 
  36. ^ Дерда R, Тан SK, Уайтсайдс GM (июль 2010). «Равномерная амплификация фага с разными характеристиками роста в отдельных компартментах, состоящих из монодисперсных капель» . Энгью. Chem. Int. Эд. Англ . 49 (31): 5301–4. DOI : 10.1002 / anie.201001143 . PMC 2963104 . PMID 20583018 .  
  37. ^ Crameri R, Jaussi R, G Menz, Blaser К (ноябрь 1994 года). «Отображение продуктов экспрессии библиотек кДНК на поверхностях фагов. Универсальная система скрининга для селективного выделения генов с помощью специфического взаимодействия ген-продукт / лиганд». Евро. J. Biochem . 226 (1): 53–8. DOI : 10.1111 / j.1432-1033.1994.tb20025.x . PMID 7957259 . 
  38. ^ Gramatikoff K, Георгиев O, Шафнер W (декабрь 1994). «Спасение при прямом взаимодействии, новая технология нитчатых фагов для изучения белок-белковых взаимодействий» . Nucleic Acids Res . 22 (25): 5761–2. DOI : 10.1093 / NAR / 22.25.5761 . PMC 310144 . PMID 7838733 .  
  39. ^ Фух G, Сидх SS (сентябрь 2000). «Эффективный фаговый дисплей полипептидов, слитых с карбокси-концом минорного белка оболочки гена M13-3» . FEBS Lett . 480 (2–3): 231–4. DOI : 10.1016 / s0014-5793 (00) 01946-3 . PMID 11034335 . S2CID 23009887 .  
  40. ^ a b Малик П., Терри Т.Д., Беллинтани Ф., Перхам Р.Н. (октябрь 1998 г.). «Факторы, ограничивающие отображение чужеродных пептидов на главном белке оболочки капсидов нитчатых бактериофагов и потенциальная роль лидерной пептидазы». FEBS Lett . 436 (2): 263–6. DOI : 10.1016 / s0014-5793 (98) 01140-5 . PMID 9781692 . S2CID 19331069 .  
  41. ^ a b c Вайс Г.А., Сидху СС (июнь 2000 г.). «Дизайн и эволюция искусственных белков оболочки M13». J. Mol. Биол . 300 (1): 213–9. DOI : 10.1006 / jmbi.2000.3845 . PMID 10864510 . 
  42. ^ Jespers LS, Messens JH, Де Кайзер A, D Eeckhout, Ван ден Бранде I, Gansemans YG, Lauwereys MJ, Власюк GP, Stanssens PE (апрель 1995). «Поверхностная экспрессия и отбор на основе лиганда кДНК, слитых с геном VI нитчатого фага». Био / Технологии . 13 (4): 378–82. DOI : 10.1038 / nbt0495-378 . PMID 9634780 . S2CID 6171262 .  
  43. ^ Endemann H, модель P (июль 1995). «Расположение минорных белков оболочки нитчатого фага в фаге и инфицированных клетках». J. Mol. Биол . 250 (4): 496–506. DOI : 10.1006 / jmbi.1995.0393 . PMID 7616570 . 
  44. ↑ Gao C, Mao S, Lo CH, Wirsching P, Lerner RA, Janda KD (май 1999). «Создание искусственных антител: формат фагового дисплея комбинаторных гетеродимерных массивов» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 96 (11): 6025–30. Bibcode : 1999PNAS ... 96.6025G . DOI : 10.1073 / pnas.96.11.6025 . PMC 26829 . PMID 10339535 .  
  45. ^ a b c Løset GÅ, Roos N, Bogen B, Sandlie I (2011). «Расширение универсальности фагового дисплея II: улучшенная аффинная селекция складчатых доменов на белке VII и IX нитчатого фага» . PLOS ONE . 6 (2): e17433. Bibcode : 2011PLoSO ... 617433L . DOI : 10.1371 / journal.pone.0017433 . PMC 3044770 . PMID 21390283 .  
  46. ^ a b c Danner S, Беласко JG (ноябрь 2001 г.). «Фаговый дисплей Т7: новая система генетической селекции для клонирования РНК-связывающих белков из библиотек кДНК» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 98 (23): 12954–9. Bibcode : 2001PNAS ... 9812954D . DOI : 10.1073 / pnas.211439598 . PMC 60806 . PMID 11606722 .  
  47. Перейти ↑ Castillo J, Goodson B, Winter J (ноябрь 2001 г.). «T7 отображал пептиды в качестве мишеней для отбора пептид-специфичных scFv из библиотек отображения M13 scFv». J. Immunol. Методы . 257 (1–2): 117–22. DOI : 10.1016 / s0022-1759 (01) 00454-9 . PMID 11687245 . 
  48. ^ Хуан Дж, Ру Б, Дай П (2011). «Биоинформатические ресурсы и инструменты для фагового дисплея» . Молекулы . 16 (1): 694–709. DOI : 10,3390 / молекулы16010694 . PMC 6259106 . PMID 21245805 .  
  49. ↑ Хуанг Дж, Ру Б, Чжу П, Не Ф, Ян Дж, Ван Х, Дай П, Лин Х, Го ФБ, Рао Н. (январь 2012). «MimoDB 2.0: база данных мимотопов и не только» . Nucleic Acids Res . 40 (выпуск базы данных): D271–7. DOI : 10.1093 / NAR / gkr922 . PMC 3245166 . PMID 22053087 .  
  50. ^ а б Неги СС, Браун В (2009). «Автоматическое обнаружение конформационных эпитопов с использованием последовательностей пептидов фагового дисплея» . Bioinform Biol Insights . 3 : 71–81. DOI : 10.4137 / BBI.S2745 . PMC 2808184 . PMID 20140073 .  
  51. ↑ Хуан Дж, Ру Б, Ли С, Линь Х, Го ФБ (2010). «SAROTUP: сканер и репортер не связанных с мишенью пептидов» . J. Biomed. Biotechnol . 2010 : 101932. дои : 10,1155 / 2010/101932 . PMC 2842971 . PMID 20339521 .  

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Ledsgaard L, Kilstrup M, Karatt-Vellatt A, McCafferty J, Laustsen AH (2018). «Основы технологии фагового дисплея антител» (PDF) . Токсины . 10 (6): 236. DOI : 10,3390 / toxins10060236 . PMC  6024766 . PMID  29890762 .
  • Выбор против дизайна в химической инженерии
  • Фаговая библиотека человеческих антител ETH-2
  • Сидху СС, Лоуман HB, Каннингем Британская Колумбия, Уэллс Дж. А. (2000). «Фаговый дисплей для выбора новых связывающих пептидов». Meth. Энзимол . Методы в энзимологии. 328 : 333–63. DOI : 10.1016 / S0076-6879 (00) 28406-1 . ISBN 9780121822293. PMID  11075354 .

Внешние ссылки [ править ]

Ресурсы библиотеки о
фаговом дисплее
  • Ресурсы в вашей библиотеке
  • Ресурсы в других библиотеках