Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Полинуклеотидфосфорилаза
Кристаллическая структура 1E3P.jpg
Структура тримеров ПНФазы из Streptomyces antibioticus . PDB 1e3p. [1]
Идентификаторы
Номер ЕС2.7.7.8
Количество CAS9014-12-4
Базы данных
IntEnzПросмотр IntEnz
BRENDABRENDA запись
ExPASyПросмотр NiceZyme
КЕГГЗапись в KEGG
MetaCycметаболический путь
ПРИАМпрофиль
Структуры PDB RCSB PDB PDBe PDBsum
Генная онтологияAmigo / QuickGO
Поиск
ЧВКстатьи
PubMedстатьи
NCBIбелки

Полинуклеотидфосфорилаза ( PNPase ) представляет собой бифункциональный фермент с фосфоролитической 3'-5'- экзорибонуклеазной активностью и 3'-концевой олигонуклеотидной полимеразной активностью. [2] То есть он разбирает цепь РНК, начиная с 3 'конца и двигаясь к 5' концу. [1] Он также синтезирует длинные гетерополимерные хвосты in vivo . Это объясняет все наблюдаемое остаточное полиаденилирование в штаммах Escherichia coli, в котором отсутствует нормальный фермент полиаденилирования. [1] Открыла Марианна Грюнберг-МанагоРаботая в лаборатории Северо Очоа в 1955 году, первоначально считалось, что РНК-полимеризационная активность PNPазы отвечает за ДНК-зависимый синтез информационной РНК, и это мнение было опровергнуто к концу 1950-х годов. [3] [4]

Он участвует в процессинге и деградации мРНК у бактерий, растений [5] и человека. [6]

У человека фермент кодируется геном PNPT1 . В своей активной форме белок образует кольцевую структуру, состоящую из трех молекул ПНФазы. Каждая молекула PNPase состоит из двух доменов PH РНКазы, домена связывания S1 РНК и домена K-гомологии . Белок присутствует в бактериях, а также в хлоропластах [2] и митохондриях [7] некоторых эукариотических клеток. У эукариот и архей существует структурно и эволюционно связанный комплекс, называемый комплексом экзосом . [7]

То же сокращение ( PNPase ) также используется для другого, не связанного с этим фермента, пуриновой нуклеозидфосфорилазы .

Модельные организмы [ править ]

Фенотип мышей с нокаутом Pnpt1
ХарактеристикаФенотип
Жизнеспособность гомозиготАномальный
Рецессивное летальное исследованиеАномальный
ПлодородиеНормальный
Масса телаНормальный
БеспокойствоНормальный
Неврологическое обследованиеНормальный
Сила захватаНормальный
Горячая тарелкаНормальный
ДисморфологияНормальный
Косвенная калориметрияНормальный
Тест толерантности к глюкозеНормальный
Слуховой ответ ствола мозгаНормальный
DEXAНормальный
РентгенографияНормальный
Температура телаНормальный
Морфология глазаНормальный
Клиническая химияНормальный
Плазменные иммуноглобулиныНормальный
ГематологияНормальный
Лимфоциты периферической кровиНормальный
Микроядерный тестНормальный
Вес сердцаНормальный
Гистопатология кожиНормальный
Гистопатология головного мозгаНормальный
Сальмонеллезная инфекцияНормальный [8]
Citrobacter инфекцияНормальный [9]
Все тесты и анализ из [10] [11]

Модельные организмы использовались при изучении функции PNPT1. Линия условно нокаутных мышей , названная Pnpt1 tm1a (KOMP) Wtsi [12] [13], была создана в рамках программы International Knockout Mouse Consortium - проекта высокопроизводительного мутагенеза для создания и распространения моделей болезней на животных среди заинтересованных ученых. [14] [15] [16]

Самцы и самки животных прошли стандартизованный фенотипический скрининг для определения эффектов делеции. [10] [17] Двадцать шесть тестов были проведены на мутантных мышах, и были обнаружены два значительных отклонения от нормы. [10] Ни один гомозиготный мутантный эмбрион не был идентифицирован во время беременности, и поэтому ни один из них не выжил до отъема . Остальные тесты были выполнены на гетерозиготных мутантных взрослых мышах; никаких дополнительных значительных отклонений у этих животных не наблюдалось. [10]

Человеческая PNPase I
Идентификаторы
СимволPNPASE
Альт. символыPNPase, OLD35, старый-35
Ген NCBI87178
HGNC23166
OMIM610316
PDB1E3P
RefSeqNM_033109
UniProtQ8TCS8
Прочие данные
Номер ЕС2.7.7.8
LocusChr. 2 стр. 15
Ищи
СтруктурыШвейцарская модель
ДоменыИнтерПро

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c Симмонс М.Ф., Джонс Г.Х., Луизи Б.Ф. (ноябрь 2000 г.). «Дублированная складка является структурной основой каталитической активности, процессивности и регуляции полинуклеотидфосфорилазы». Структура . 8 (11): 1215–26. DOI : 10.1016 / S0969-2126 (00) 00521-9 . PMID  11080643 .
  2. ^ а б Иегудаи-Решефф С., Хирш М., Шустер Г. (август 2001 г.). «Полинуклеотидфосфорилаза действует как экзонуклеаза и поли (А) -полимераза в хлоропластах шпината» . Молекулярная и клеточная биология . 21 (16): 5408–16. DOI : 10.1128 / MCB.21.16.5408-5416.2001 . PMC 87263 . PMID 11463823 .  
  3. ^ Грюнберг-Manago M, Ortiz PJ, Очоа S (апрель 1956). «Ферментативный синтез полинуклеотидов. I. Полинуклеотидфосфорилаза azotobacter vinelandii». Biochimica et Biophysica Acta . 20 (1): 269–85. DOI : 10.1016 / 0006-3002 (56) 90286-4 . PMID 13315374 . 
  4. ↑ Furth JJ, Hurwitz J, Anders M (август 1962 г.). «Роль дезоксирибонуклеиновой кислоты в синтезе рибонуклеиновой кислоты. I. Очистка и свойства полимеразы рибонуклеиновой кислоты» (PDF) . Журнал биологической химии . 237 (8): 2611–9. DOI : 10.1016 / S0021-9258 (19) 73796-X . PMID 13895983 .  
  5. ^ Yehudai-Resheff S, SL Zimmer, Komine Y, Stern DB (март 2007). «Интеграция метаболизма нуклеиновых кислот хлоропластов в реакцию депривации фосфата у Chlamydomonas reinhardtii» . Растительная клетка . 19 (3): 1023–38. DOI : 10.1105 / tpc.106.045427 . PMC 1867357 . PMID 17351118 .  
  6. Перейти ↑ Sarkar D, Fisher PB (май 2006 г.). «Человеческая полинуклеотидфосфорилаза (hPNPase old-35): фермент деградации РНК с плейотрофными биологическими эффектами» (PDF) . Клеточный цикл . 5 (10): 1080–4. DOI : 10.4161 / cc.5.10.2741 . PMID 16687933 . S2CID 42371805 .   
  7. ^ a b Шильдерс Г., ван Дейк Э., Райджмейкерс Р., Пруейн Г. Дж. (2006). Клеточная и молекулярная биология экзосомы: как создать или разрушить РНК . Международный обзор цитологии. 251 . С. 159–208. DOI : 10.1016 / S0074-7696 (06) 51005-8 . ISBN 9780123646552. PMID  16939780 .
  8. ^ « Данные о заражении сальмонеллой для Pnpt1» . Wellcome Trust Институт Сэнгера.
  9. ^ « Данные о заражении Citrobacter для Pnpt1» . Wellcome Trust Институт Сэнгера.
  10. ^ а б в г Гердин А.К. (2010). «Программа генетики мыши Сэнгера: характеристика мышей с высокой пропускной способностью». Acta Ophthalmologica . 88 : 925–7. DOI : 10.1111 / j.1755-3768.2010.4142.x . S2CID 85911512 . 
  11. ^ Портал ресурсов мыши , Wellcome Trust Sanger Institute.
  12. ^ "Международный Консорциум Нокаут-Мышей" . Архивировано из оригинала на 2012-05-29 . Проверено 16 февраля 2012 .
  13. ^ "Информатика генома мыши" .
  14. ^ Skarnes туалет, Розен В, Уэст А.П., Koutsourakis М, Бушелл Вт, Ийер В, Мухика А.О., Томас М, борона Дж, Кокс Т, Джексон D, Северин Дж, Биггс Р, фу Дж, Нефедов М, де - Jong PJ, Стюарт А.Ф., Брэдли А. (июнь 2011 г.). «Ресурс с условным нокаутом для полногеномного исследования функции генов мыши» . Природа . 474 (7351): 337–42. DOI : 10,1038 / природа10163 . PMC 3572410 . PMID 21677750 .  
  15. ^ Долгин E (июнь 2011). "Библиотека мыши настроена на нокаут" . Природа . 474 (7351): 262–3. DOI : 10.1038 / 474262a . PMID 21677718 . 
  16. ^ Collins FS, Rossant J, Wurst W (январь 2007). «Мышь по всем причинам». Cell . 128 (1): 9–13. DOI : 10.1016 / j.cell.2006.12.018 . PMID 17218247 . S2CID 18872015 .  
  17. ↑ van der Weyden L, White JK, Adams DJ, Logan DW (июнь 2011 г.). «Набор инструментов генетики мышей: раскрытие функции и механизма» . Геномная биология . 12 (6): 224. DOI : 10.1186 / GB-2011-12-6-224 . PMC 3218837 . PMID 21722353 .  

Внешние ссылки [ править ]

  • Полинуклеотид + фосфорилаза в Национальной медицинской библиотеке США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)