Холофермент РНК-полимеразы II представляет собой форму эукариотической РНК-полимеразы II, которая задействована в промоторах генов, кодирующих белок, в живых клетках. [1] [2] Он состоит из РНК-полимеразы II , подмножества общих факторов транскрипции , и регуляторных белков, известных как белки SRB [ требуется пояснение ] .
РНК-полимераза II
РНК-полимераза II (также называемая РНКП II и Pol II ) - это фермент, обнаруженный в эукариотических клетках. Он катализирует транскрипцию в ДНК для синтеза предшественников мРНК и наиболее мяРНК и микроРНК . [3] [4] У человека RNAP II состоит из семнадцати белковых молекул (генных продуктов, кодируемых POLR2A-L, где белки синтезируются из гомодимеров 2C-, E- и F-форм).
Общие факторы транскрипции
Общие факторы транскрипции (GTFS) или базальные факторы транскрипции являются белок фактора транскрипции , которые были показаны , чтобы играть важную роль в транскрипции из класса генов II к мРНК шаблонов. [5] Многие из них участвуют в образовании преинициативного комплекса , который вместе с РНК-полимеразой II связывается и считывает матрицу гена одноцепочечной ДНК. [6] Кластер РНК-полимеразы II и различных факторов транскрипции известен как базальный транскрипционный комплекс (BTC).
Преинициативный комплекс
Преинициативный комплекс (PIC) - это большой комплекс белков, который необходим для транскрипции генов, кодирующих белок, у эукариот и архей . PIC помогает позиционировать РНК-полимеразу II над сайтами начала транскрипции генов , денатурирует ДНК и позиционирует ДНК в активном сайте РНК-полимеразы II для транскрипции. [5]
Типичный PIC состоит из шести общих факторов транскрипции: TFIIA ( GTF2A1 , GTF2A2 ), TFIIB ( GTF2B ), B-TFIID ( BTAF1 , TBP ), TFIID ( BTAF1 , BTF3 , BTF3L4 , EDF1 , TAF1-15, всего 16). , TFIIE , TFIIF , TFIIH и TFIIJ .
Построение полимеразного комплекса происходит на промоторе гена . ТАТА - бокс является одним хорошо изученный пример промоторного элемента , который происходит в примерно 10% генов. Он консервативен у многих (хотя и не у всех) модельных эукариот и обнаруживается во фракции промоторов этих организмов. Последовательность TATA (или варианты) расположена примерно на 25 нуклеотидах выше точки начала транскрипции (TSP). Кроме того, есть также некоторые слабо консервативные особенности, включая элемент распознавания TFIIB (BRE), расположенный примерно на 5 нуклеотидов выше (BRE u ) и 5 нуклеотидов ниже по течению (BRE d ) от TATA-бокса. [7]
Сборка ПОС
Хотя последовательность этапов сборки PIC может варьироваться, в целом они следуют за этапом 1, связыванием с промотором .
- ТАТА-связывающий белок (ТВР, субъединица TFIID ), TBPL1 или TBPL2 может связывать промотор или ТАТА - блок . [8] В большинстве генов отсутствует ТАТА-бокс, и вместо них используется элемент инициатора (Inr) или расположенный ниже коровой промотор . Тем не менее, TBP всегда участвует и вынужден связываться без специфичности последовательности. TAF из TFIID также могут быть задействованы при отсутствии блока TATA . TAF TFIID будет специфически связывать последовательность и заставит TBP специфически связываться с непоследовательностью, доставляя оставшиеся части TFIID к промотору.
- TFIIA взаимодействует с субъединицей TBP TFIID и способствует связыванию TBP с промоторной ДНК, содержащей TATA-бокс . Хотя TFIIA не распознает саму ДНК, ее взаимодействия с TBP позволяют ей стабилизировать и способствовать образованию PIC.
- N-концевой домен TFIIB приносит ДНК в правильном положении для вступления в активном сайте РНК - полимеразы II . TFIIB специфично связывает частично последовательность, с некоторым предпочтением BRE. Комплекс TFIID-TFIIA-TFIIB (DAB) -промотор впоследствии рекрутирует РНК-полимеразу II и TFIIF. [8]
- TFIIF (две субъединицы, RAP30 и RAP74 , демонстрирующие некоторое сходство с бактериальными сигма-факторами ) и Pol II входят в комплекс вместе. TFIIF помогает ускорить процесс полимеризации.
- TFIIE присоединяется к растущему комплексу и принимает на работу TFIIH . TFIIE может участвовать в плавлении ДНК на промоторе : он содержит мотив цинковой ленты, который может связывать одноцепочечную ДНК. [5] TFIIE помогает открыть и закрыть Pol II «ы челюсти -как структура, которая обеспечивает движение вниз по цепи ДНК.
- ДНК может быть намотана на один полный оборот вокруг преинициативного комплекса, и именно TFIIF помогает сохранить эту плотную оболочку. [5] В этом процессе деформация скручивания ДНК может способствовать плавлению ДНК на промоторе , образуя пузырек транскрипции .
- ТФИИХ входит в комплекс. TFIIH представляет собой большой белковый комплекс, который содержит, среди прочего, комплекс киназы CDK7 / циклин H и ДНК-геликазу. TFIIH выполняет три функции: он специфически связывается с цепочкой-матрицей, чтобы гарантировать, что правильная цепь ДНК транскрибируется, и плавит или раскручивает ДНК ( АТФ- зависимую), чтобы разделить две цепи, используя свою геликазную активность. Он обладает киназной активностью, которая фосфорилирует C-концевой домен (CTD) Pol II по аминокислоте серину. Это переключает РНК-полимеразу, чтобы начать производство РНК . [9] Наконец, это важно для нуклеотидной эксцизионной репарации (NER) поврежденной ДНК. TFIIH и TFIIE сильно взаимодействуют друг с другом. TFIIE влияет на каталитическую активность TFIIH. Без TFIIE TFIIH не раскрутит промотор.
- TFIIH помогает создать пузырь транскрипции и может потребоваться для транскрипции, если матрица ДНК еще не денатурирована или если она суперспиральна .
- Затем медиатор включает в себя все факторы транскрипции и Pol II. Он взаимодействует с энхансерами , очень далекими участками (выше или ниже по течению), которые помогают регулировать транскрипцию. [10]
Формирование преинициативного комплекса (PIC) аналогично механизму, наблюдаемому при бактериальной инициации. У бактерий сигма-фактор распознает промоторную последовательность и связывается с ней. В эукариот , что факторы транскрипции выполняют эту роль. [9]
Медиаторный комплекс
Медиатор - это мультипротеиновый комплекс, который функционирует как коактиватор транскрипции . Комплекс медиатора необходим для успешной транскрипции почти всех промоторов генов класса II в дрожжах. [11] Точно так же он действует и у млекопитающих.
Медиатор действует как коактиватор и связывается с C-концевым доменом (CTD) холофермента РНК-полимеразы II , действуя как мост между этим ферментом и факторами транскрипции . [12]
С-концевой домен (CTD)
Карбокси-концевой домен (CTD) РНК - полимеразы II , является то , что часть полимеразы , который участвует в инициации транскрипции ДНК , в укупорки из РНК - транскрипта , и прикрепления к сплайсосома для сплайсинга РНК . [13] CTD обычно состоит из 52 повторов (у человека) последовательности Tyr-Ser-Pro-Thr-Ser-Pro-Ser. [14] Карбокси-концевой повторяющийся домен (CTD) необходим для жизни. Клетки, содержащие только RNAPII без каких-либо или только до одной трети его повторов, являются нежизнеспособными. [15]
CTD - это расширение, присоединенное к С-концу RPB1, самой большой субъединицы РНК-полимеразы II. Он служит гибким каркасом связывания для множества ядерных факторов, определяемых паттернами фосфорилирования CTD-повторов. Каждый повтор содержит эволюционно консервативный и повторяющийся гептапептид Tyr1-Ser2-Pro3-Thr4-Ser5-Pro6-Ser7, который подвергается обратимому фосфорилированию во время каждого цикла транскрипции. [16] Этот домен по своей природе неструктурирован, но эволюционно консервативен, и у эукариот он содержит от 25 до 52 тандемных копий гептады консенсусного повтора. [15] Поскольку CTD часто не требуется для инициации, опосредованной общим фактором транскрипции (GTF), и синтеза РНК, он не является частью каталитической сущности RNAPII, но выполняет другие функции. [16]
CTD фосфорилирование
RNAPII может существовать в двух формах: RNAPII0 с сильно фосфорилированным CTD и RNAPIIA с нефосфорилированным CTD. [16] Фосфорилирование происходит в основном на Ser2 и Ser5 повторов, хотя эти положения не эквивалентны. Состояние фосфорилирования изменяется по мере прохождения RNAPII через цикл транскрипции: инициирующий RNAPII имеет форму IIA, а удлиняющий фермент - форму II0. Хотя RNAPII0 действительно состоит из RNAP с гиперфосфорилированными CTD, характер фосфорилирования отдельных CTD может варьироваться из-за дифференциального фосфорилирования Ser2 по сравнению с остатками Ser5 и / или из-за дифференциального фосфорилирования повторов по длине CTD. [16] PCTD (фосфо-CTD RNAPII0) физически связывает процессинг пре-мРНК с транскрипцией, привязывая факторы процессинга к удлинению RNAPII, например, кэпирование 5'-конца, расщепление 3'-конца и полиаденилирование . [16]
Ser5 фосфорилирование (Ser5PO 4 ) вблизи 'концов 5 генов зависит главным образом от киназной активности TFIIH (Kin28 в дрожжах ; CDK7 в многоклеточных ). [16] Фактор транскрипции TFIIH является киназой и будет гиперфосфорилировать CTD RNAP, и при этом заставит комплекс RNAP отойти от сайта инициации. После действия TFIIH киназы, Ser2 остатки фосфорилируется CTDK-I в дрожжах ( CDK9 киназы в многоклеточных). Ctk1 (CDK9) действует в дополнение к фосфорилированию серина 5 и, таким образом, наблюдается при средней и поздней элонгации.
CDK8 и циклин C (CCNC) являются компонентами холофермента РНК-полимеразы II, которые фосфорилируют карбокси-концевой домен (CTD). CDK8 регулирует транскрипцию, воздействуя на субъединицы CDK7 / циклин H общего фактора инициации транскрипции IIH ( TFIIH ), тем самым обеспечивая связь между медиатором и базальным аппаратом транскрипции. [17]
Ген CTDP1 кодирует фосфатазу, которая взаимодействует с карбокси-концом фактора инициации транскрипции TFIIF , фактора транскрипции, который регулирует элонгацию, а также инициацию РНК-полимеразой II . [18]
Также в фосфорилирование и регуляцию CTD RPB1 участвует циклин T1 ( CCNT1 ). [19] Циклин T1 прочно связывается и образует комплекс с киназой CDK9 , обе из которых участвуют в фосфорилировании и регуляции.
- АТФ + [ДНК-направленной РНК - полимеразы II , ] <=> АДФ + [ДНК-РНК - полимеразы направлены II] фосфат: катализируемой CDK9 EC 2.7.11.23.
TFIIF и FCP1 сотрудничают по переработке RNAPII. FCP1, фосфатаза CTD, взаимодействует с РНК-полимеразой II. Транскрипция регулируется состоянием фосфорилирования гептапептидного повтора. [20] Нефосфорилированная форма, RNAPIIA, задействуется в инициирующем комплексе, тогда как удлиняющая полимераза обнаруживается с RNAPII0. Циклы RNAPII во время транскрипции. Активность фосфатазы CTD регулируется двумя GTF ( TFIIF и TFIIB ). Большая субъединица TFIIF (RAP74) стимулирует активность фосфатазы CTD, тогда как TFIIB ингибирует TFIIF-опосредованную стимуляцию. Дефосфорилирование CTD изменяет миграцию самой большой субъединицы RNAPII (RPB1).
5 'крышка
Карбокси-концевой домен также является сайтом связывания комплекса, синтезирующего кэп, и комплекса связывания кэпа. У эукариот после транскрипции 5'-конца транскрипта РНК комплекс, синтезирующий кэп на CTD, удаляет гамма-фосфат из 5'-фосфата и присоединяет GMP, образуя 5 ', 5'-трифосфатную связь. . Синтезирующий комплекс отваливается, и кэп затем связывается с кэп-связывающим комплексом (CBC), который связан с CTD.
5'cap транскриптов эукариотической РНК важен для связывания транскрипта мРНК с рибосомой во время трансляции, с CTD РНКП и предотвращает деградацию РНК.
Сплайсосома
Карбоксиконцевой домен также является сайтом связывания для факторов сплайсосом, которые являются частью сплайсинга РНК . Они позволяют сплайсинг и удаление интронов (в форме лариатной структуры) во время транскрипции РНК.
Мутация в CTD
Были проведены крупные исследования, в которых был достигнут нокаут определенных аминокислот в CTD. Результаты показывают, что мутации усечения CTD РНК-полимеразы II влияют на способность индуцировать транскрипцию подмножества генов in vivo , а отсутствие ответа на индукцию картируется в вышестоящих активирующих последовательностях этих генов.
Комплекс наблюдения за геномом
Некоторые белки-члены BRCA1- ассоциированного комплекса надзора за геномом (BASC) связываются с РНК-полимеразой II и играют роль в транскрипции. [21]
Фактор транскрипции TFIIH участвует в инициации транскрипции и репарации ДНК. MAT1 (от «ménage à trois-1») участвует в сборке комплекса CAK. САК представляет собой мультисубъединичный белок, который включает CDK7 , циклин H ( CCNH ) и MAT1 . САК является важным компонентом фактора транскрипции TFIIH, который участвует в инициации транскрипции и репарации ДНК .
Путь эксцизионной репарации нуклеотидов (NER) - это механизм восстановления повреждений ДНК. ERCC2 участвует в связанном с транскрипцией NER и является неотъемлемым членом комплекса базальных факторов транскрипции BTF2 / TFIIH. ERCC3 - это АТФ-зависимая ДНК-геликаза, которая функционирует в NER. Он также является субъединицей базального фактора транскрипции 2 (TFIIH) и, таким образом, участвует в транскрипции класса II. XPG ( ERCC5 ) образует стабильный комплекс с TFIIH , который активен в транскрипции и NER. [22] ERCC6 кодирует ДНК-связывающий белок, который важен для эксцизионной репарации, связанной с транскрипцией. ERCC8 взаимодействует с белком синдрома Кокейна типа B ( CSB ), с p44 ( GTF2H2 ), субъединицей фактора транскрипции IIH РНК-полимеразы II, и ERCC6. Он участвует в эксцизионной репарации, связанной с транскрипцией.
Более высокие коэффициенты ошибок при транскрипции РНК-полимеразой II наблюдаются в присутствии Mn 2+ по сравнению с Mg 2+ . [23]
Коактиваторы транскрипции
Ген EDF1 кодирует белок, который действует как коактиватор транскрипции, связывая элемент-связывающий белок общего фактора транскрипции TATA ( TBP ) и ген-специфические активаторы. [24]
TFIID и комплексы коактиватора медиатора человека ( THRAP3 ) (комплекс медиатора плюс белок THRAP3) собираются совместно на промоторной ДНК, из которой они становятся частью холофермента RNAPII.
Инициирование транскрипции
Завершенная сборка холофермента с факторами транскрипции и РНК-полимеразой II, связанной с промотором, образует эукариотический комплекс инициации транскрипции. Транскрипция в домене архей аналогична транскрипции у эукариот . [25]
Транскрипция начинается с сопоставления NTP с первым и вторым в последовательности ДНК. Это, как и большая часть остальной части транскрипции, является энергозависимым процессом с потреблением аденозинтрифосфата (АТФ) или другого NTP.
Разрешение промоутера
После синтеза первой связи РНК-полимераза должна очистить промотор. В это время наблюдается тенденция к высвобождению транскрипта РНК и образованию усеченных транскриптов. Это называется преждевременной инициацией и характерно как для эукариот, так и для прокариот. [26] Прерывистая инициация продолжается до тех пор, пока σ-фактор не перестраивается, что приводит к комплексу элонгации транскрипции (который дает след перемещения в 35 п.н.). Фактор σ высвобождается до того, как синтезируются 80 нуклеотидов мРНК. [27] Когда транскрипт достигает примерно 23 нуклеотидов, он больше не скользит и может произойти удлинение.
Регулирование инициирования
Из-за ряда генов, которые транскрибирует Pol II, это полимераза, которая в наибольшей степени регулируется рядом факторов на каждой стадии транскрипции. Он также является одним из самых сложных с точки зрения задействованных кофакторов полимеразы.
Инициирование регулируется многими механизмами. Их можно разделить на две основные категории:
- Белковая интерференция.
- Регулирование фосфорилирования.
Регулирование посредством белкового вмешательства
Белковая интерференция - это процесс, при котором в некоторых сигнальных белках взаимодействует либо с промотором, либо с некоторой стадией частично сконструированного комплекса, чтобы предотвратить дальнейшее построение полимеразного комплекса, таким образом предотвращая инициацию. В общем, это очень быстрый ответ, который используется для тонкого уровня, контроля отдельных генов и для «каскадных» процессов для группы генов, полезных в определенных условиях (например, гены репарации ДНК или гены теплового шока).
Ингибирование структуры хроматина - это процесс, при котором промотор скрыт структурой хроматина . Структура хроматина контролируется посттрансляционной модификацией вовлеченных гистонов и приводит к общим уровням высоких или низких уровней транскрипции. См. Хроматин , гистон и нуклеосома .
Эти методы контроля могут быть объединены в модульный метод, обеспечивающий очень высокую специфичность в контроле инициации транскрипции.
Регулирование фосфорилирования
Самая большая субъединица Pol II (Rpb1) имеет на своем С-конце домен, называемый CTD (С-концевой домен). Это мишень киназ и фосфатаз . Фосфорилирование CTD является важным механизмом регуляции, поскольку это позволяет привлекать и отвергать факторы, участвующие в процессе транскрипции. CTD можно рассматривать как платформу для факторов транскрипции .
ОТД состоит из повторений с аминокислотным мотивом, YSPTSPS, из которых серины и треонин могут быть фосфорилированными . Число этих повторов варьируется; белок млекопитающих содержит 52, тогда как белок дрожжей содержит 26. Сайт-направленный мутагенез дрожжевого белка обнаружил, что для жизнеспособности необходимо по меньшей мере 10 повторов. Существует множество различных комбинаций фосфорилирования этих повторов, которые могут быстро меняться во время транскрипции. Регуляция этих фосфорилирования и последствий для ассоциации факторов транскрипции играет важную роль в регуляции транскрипции.
Во время цикла транскрипции CTD большой субъединицы RNAP II обратимо фосфорилируется. RNAP II, содержащий нефосфорилированный CTD, привлекается к промотору, тогда как гиперфосфорилированная форма CTD участвует в активной транскрипции. Фосфорилирование происходит в двух сайтах внутри гептапептидного повтора, в серине 5 и серине 2. Фосфорилирование серина 5 ограничено промоторными областями и необходимо для инициации транскрипции, тогда как фосфорилирование серина 2 важно для удлинения мРНК и процессинга 3'-конца.
Удлинение
Процесс удлинения - это синтез копии ДНК в информационную РНК. РНК Pol II сопоставляет нуклеотиды комплементарной РНК с матричной ДНК путем спаривания оснований Уотсона-Крика . Эти нуклеотиды РНК лигируются, в результате чего образуется цепь матричной РНК .
В отличие от репликации ДНК, транскрипция мРНК может включать множественные РНК-полимеразы на одной матрице ДНК и множественные раунды транскрипции (амплификация определенной мРНК), поэтому из одной копии гена можно быстро получить множество молекул мРНК.
Удлинение также включает в себя механизм корректуры, который может заменить неправильно встроенные основы. У эукариот это может соответствовать коротким паузам во время транскрипции, которые позволяют соответствующим факторам редактирования РНК связываться. Эти паузы могут быть характерны для РНК-полимеразы или из-за структуры хроматина.
Регулировка удлинения
Промоторы элонгации РНК Pol II можно разделить на 3 класса:
- Факторы, влияющие на лекарство / зависимую от последовательности задержку, например, семейства белков SII (TFIIS) и P-TEFb .
- Факторы, ориентированные на структуру хроматина. На основе посттрансляционных модификаций гистонов - фосфорилирования, ацетилирования, метилирования и убихинирования.
- Смотрите: хроматин , гистон и нуклеосома
- Факторы, улучшающие катализ РНК Pol II. Увеличьте Vmax или Km РНК Pol II, тем самым улучшив каталитическое качество фермента полимеразы. Например, семейства TFIIF, Elongin и ELL.
- См: ферментативная кинетика , кинетика Henri-Михаэлис-Ментно , константа Михаэлиса и Lineweaver-Бурка участок
Что касается инициации, белковая интерференция, рассматриваемая как «факторы, влияющие на лекарство / блокировку последовательности» и «факторы улучшения катализа РНК Pol II», обеспечивают очень быструю реакцию и используются для точного контроля отдельных генов. Также возможно подавление элонгации, в этом случае обычно путем блокирования продвижения полимеразы или дезактивации полимеразы.
Факторы, ориентированные на структуру хроматина, более сложны, чем для контроля инициации. Часто фактор, изменяющий хроматин, становится связанным с полимеразным комплексом, изменяя гистоны по мере их обнаружения и обеспечивая полупостоянную «память» о предыдущей промотировании и транскрипции.
Прекращение
Терминатор - это процесс разрушения полимеразного комплекса и окончания цепи РНК. У эукариот, использующих РНК Pol II, это окончание очень вариабельно (до 2000 оснований), в зависимости от посттранскрипционной модификации.
Слабая регуляция происходит при терминации, хотя было предложено, что вновь транскрибируемая РНК удерживается на месте, если правильная терминация ингибируется, что делает возможным очень быструю экспрессию генов при наличии стимула. Это еще не было продемонстрировано на эукариотах .
Фабрика транскрипции
Активные холоферменты транскрипции РНК Pol II могут быть сгруппированы в ядре в дискретных участках, называемых фабриками транскрипции . В нуклеоплазме клетки HeLa имеется ~ 8000 таких фабрик , но только 100–300 фокусов RNAP II на ядро в эритроидных клетках, как и во многих других типах тканей. [28] Количество фабрик транскрипции в тканях гораздо более ограничено, чем было указано ранее по данным культивированных клеток. [28] Поскольку активная единица транскрипции обычно связана только с одним холоферментом Pol II, фабрика полимеразы II может содержать в среднем ~ 8 холоферментов. Колокализация транскрибируемых генов не наблюдалась при использовании культивированных фибробластоподобных клеток. [29] Дифференцированные или коммитированные типы тканей имеют ограниченное количество доступных сайтов транскрипции. [28] По оценкам, эритроидные клетки экспрессируют не менее 4000 генов, поэтому многие гены вынуждены искать и использовать одну и ту же фабрику. [28]
Внутриядерное положение многих генов коррелирует с состоянием их активности. Во время транскрипции in vivo дистальные активные гены динамически организуются в общие ядерные субкомпартменты и совместно с одной и той же фабрикой транскрипции на высоких частотах. [28] Перемещение на эти фабрики или из них приводит к активации (On) или ослаблению (Off) транскрипции, а не к рекрутированию и сборке комплекса транскрипции. [28] Обычно гены мигрируют на заранее подготовленные фабрики для транскрипции. [28]
Экспрессируемый ген предпочтительно расположен за пределами своей хромосомной территории , но тесно связанный неактивный ген находится внутри. [30]
Стабильность холоэнзима
Стабильность холофермента РНК-полимеразы II определяет количество пар оснований, которые могут быть транскрибированы до того, как холофермент потеряет свою способность транскрибировать. Длина CTD важна для стабильности РНК-полимеразы II. [31] Было показано, что стабильность РНК-полимеразы II регулируется посттрансляционным гидроксилированием пролина. [32] Комплекс белка-супрессора опухоли фон Хиппеля-Линдау (pVHL, человеческий GeneID: 7428 [33] ) связывает гиперфосфорилированную большую субъединицу комплекса РНК-полимеразы II зависимым от гидроксилирования пролина и фосфорилирования CTD образом, направляя его на убиквитинирование. [32]
Смотрите также
- РНК-полимераза I
- РНК-полимераза III
- Посттранскрипционная модификация
- Транскрипция (генетика)
- Эукариотическая транскрипция
Рекомендации
- ^ Koleske, AJ; Янг, РА (1994). «Холофермент РНК-полимеразы II, реагирующий на активаторы». Природа . 368 (6470): 466–469. Bibcode : 1994Natur.368..466K . DOI : 10.1038 / 368466a0 . PMID 8133894 .
- ^ Майер В.Е., Янг Р.А. (октябрь 1998 г.). «Холоферменты и субкомплексы РНК-полимеразы II» (PDF) . J. Biol. Chem . 273 (43): 27757–60. DOI : 10.1074 / jbc.273.43.27757 . PMID 9774381 .
- ^ Корнберг Р. (1999). «Контроль транскрипции эукариот». Тенденции в клеточной биологии . 9 (12): M46 – M49. DOI : 10.1016 / S0962-8924 (99) 01679-7 . PMID 10611681 .
- ^ Sims, RJ 3-й; Мандал, СС; Рейнберг, Д. (июнь 2004 г.). «Последние основные моменты транскрипции, опосредованной РНК-полимеразой-II». Текущее мнение в клеточной биологии . 16 (3): 263–271. DOI : 10.1016 / j.ceb.2004.04.004 . ISSN 0955-0674 . PMID 15145350 .
- ^ а б в г Ли Т.И., Янг Р.А. (2000). «Транскрипция генов, кодирующих эукариотические белки». Анну Рев Жене . 34 : 77–137. DOI : 10.1146 / annurev.genet.34.1.77 . PMID 11092823 .
- ^ Орфаниды Г., Лагранж Т., Рейнберг Д. (1996). «Общие факторы транскрипции РНК-полимеразы II» . Genes Dev . 10 (21): 2657–83. DOI : 10,1101 / gad.10.21.2657 . PMID 8946909 .
- ^ «Полимераза II» . Архивировано из оригинала на 2004-10-18.
- ^ а б Осипов В., Фоньялиз П., Шиблер У. (февраль 1999 г.). «Комплекс РНК-полимеразы II, содержащий все основные факторы инициации, связывается с доменом активации фактора транскрипции лейциновой молнии PAR, зародышевого фактора щитовидной железы» . Mol Cell Biol . 19 (2): 1242–50. DOI : 10.1128 / mcb.19.2.1242 . PMC 116053 . PMID 9891058 .
- ^ а б Пирс, Бенджамин С. (2007). Генетика: концептуальный подход (3-е изд.). Сан-Франциско: WH Freeman. С. 360–1. ISBN 978-0-7167-7928-5.
- ^ Ривз WM, Хан S (январь 2003 г.). «Активатор-независимые функции дрожжевого медиаторного комплекса Sin4 в формировании преинициативного комплекса и реинициации транскрипции» (PDF) . Mol Cell Biol . 23 (1): 349–58. DOI : 10.1128 / MCB.23.1.349-358.2003 . PMC 140685 . PMID 12482986 . Архивировано из оригинального (PDF) 13 июля 2011 года.
- ^ Биддик Р., Молодой ET (2005). «Медиатор дрожжей и его роль в регуляции транскрипции». Comptes Rendus Biologies . 328 (9): 773–82. DOI : 10.1016 / j.crvi.2005.03.004 . PMID 16168358 .
- ^ Björklund S, Gustafsson CM (2005). «Медиаторный комплекс дрожжей и его регуляция». Trends Biochem. Sci . 30 (5): 240–4. DOI : 10.1016 / j.tibs.2005.03.008 . PMID 15896741 .
- ^ Брикки В.Дж., Гринлиф А.Л. (июнь 1995 г.). «Функциональные исследования карбоксиконцевого повторяющегося домена РНК-полимеразы II дрозофилы in vivo» . Генетика . 140 (2): 599–613. PMC 1206638 . PMID 7498740 .
- ^ Мейнхарт А., Крамер П. (июль 2004 г.). «Распознавание карбоксиконцевого домена РНК-полимеразы II факторами процессинга 3'-РНК» (аннотация) . Природа . 430 (6996): 223–6. Bibcode : 2004Natur.430..223M . DOI : 10,1038 / природа02679 . PMID 15241417 .
- ^ а б Корден JL (1990). «Хвосты РНК-полимеразы II». Trends Biochem. Sci . 15 (10): 383–7. DOI : 10.1016 / 0968-0004 (90) 90236-5 . PMID 2251729 .
- ^ а б в г д е Phatnani HP, Greenleaf AL (ноябрь 2006 г.). «Фосфорилирование и функции CTD РНК-полимеразы II» . Genes Dev . 20 (1): 2922–36. DOI : 10,1101 / gad.1477006 . PMID 17079683 .
- ^ «Циклинзависимая киназа 8 CDK8 [Homo sapiens]» .
- ^ «CTDP1 CTD (карбокси-концевой домен, РНК-полимераза II, полипептид А) фосфатаза, субъединица 1 [Homo sapiens]» .
- ^ «CCNT1 циклин T1 [Homo sapiens]». Отсутствует или пусто
|url=
( справка ) - ^ Чо Х, Ким Т.К., Манчебо Х., Лейн В.С., Флорес О., Рейнберг Д. (июнь 1999 г.). «Протеин-фосфатаза функционирует, чтобы рециркулировать РНК-полимеразу II» . Genes Dev . 13 (12): 1540–52. DOI : 10.1101 / gad.13.12.1540 . PMC 316795 . PMID 10385623 .
- ^ «BRCA1 рак груди 1, раннее начало [Homo sapiens]» .
- ^ Айер Н., Рейган М.С., Ву К.Дж. и др. (1996). «Взаимодействия с участием комплекса транскрипции / эксцизионной репарации РНК-полимеразы II человека TFIIH, белка эксцизионной репарации нуклеотидов XPG и белка группы B синдрома Кокейна (CSB)» . Биохимия . 35 (7): 2157–67. DOI : 10.1021 / bi9524124 . PMID 8652557 .
- ^ Шомбург Д., Шомбург I, Чанг А., ред. (2007). «ДНК-направленная РНК-полимераза». ДНК-направленная РНК-полимераза в: Springer Handbook of Enzymes. Справочник по ферментам Springer. 38 . Берлин: Springer. С. 103–17. DOI : 10.1007 / 978-3-540-71526-9_11 . ISBN 978-3-540-71525-2.
- ^ «Фактор 1, связанный с дифференцировкой эндотелия EDF1 [Homo sapiens]» .
- ^ Ouhammouch M, Dewhurst RE, Hausner W, Thomm M, Geiduschek EP (2003). «Активация транскрипции архей путем привлечения ТАТА-связывающего белка» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 100 (9): 5097–102. Bibcode : 2003PNAS..100.5097O . DOI : 10.1073 / pnas.0837150100 . PMC 154304 . PMID 12692306 .
- ^ Goldman, S .; Эбрайт, Р .; Никелс, Б. (май 2009 г.). «Прямое обнаружение абортивных транскриптов РНК in vivo» . Наука . 324 (5929): 927–928. Bibcode : 2009Sci ... 324..927G . DOI : 10.1126 / science.1169237 . PMC 2718712 . PMID 19443781 .
- ^ Двир, А. (сентябрь 2002 г.). «Ускользание промотора с помощью РНК-полимеразы II». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Структура и экспрессия гена . 1577 (2): 208–223. DOI : 10.1016 / s0167-4781 (02) 00453-0 . ISSN 0006-3002 . PMID 12213653 .
- ^ Б с д е е г Осборн С.С., Чакалова Л., Браун К.Э., Картер Д., Хортон А., Дебранд Е., Гойенечеа Б., Митчелл Дж. А., Лопес С., Рейк В., Фрейзер П. (октябрь 2001 г.). «Активные гены динамически объединяются в общие сайты текущей транскрипции» (PDF) . Генетика природы . 36 (10): 1065–71. DOI : 10.1038 / ng1423 . PMID 15361872 . Архивировано из оригинального (PDF) 24 июня 2010 года.
- ^ Shopland LS, Johnson CV, Байрон М., Макнил Дж., Лоуренс Дж. Б. (2003). «Кластеризация нескольких специфических генов и богатых генами R-полос вокруг доменов SC-35: свидетельство локальных эухроматических соседств» . J. Cell Biol . 162 (6): 981–90. DOI : 10,1083 / jcb.200303131 . PMC 2172856 . PMID 12975345 .
- ^ Чамбейрон С., Бикмор В.А. (2004). «Деконденсация хроматина и ядерная реорганизация локуса HoxB при индукции транскрипции» . Genes Dev . 18 (10): 1119–30. DOI : 10,1101 / gad.292104 . PMC 415637 . PMID 15155579 .
- ^ Кишор С.П., Перкинс С.Л., Темплтон Т.Дж., Дейч К.В. (июнь 2009 г.). «Необычное недавнее расширение С-концевого домена РНК-полимеразы II у малярийных паразитов приматов имеет мотив, который иначе можно найти только в полимеразах млекопитающих» . J Mol Evol . 68 (6): 706–14. Bibcode : 2009JMolE..68..706K . DOI : 10.1007 / s00239-009-9245-2 . PMC 3622039 . PMID 19449052 .
- ^ а б Кузнецова А.В., Меллер Дж., Шнелл П.О., Нэш Дж. А., Игнакак М.Л., Санчес Ю., Конавей Дж. В., Конавей Р. К., Чзык-Кшеска М.Ф. (март 2003 г.). «Белок фон Хиппель-Линдау связывает гиперфосфорилированную большую субъединицу РНК-полимеразы II через мотив гидроксилирования пролина и направляет его на убиквитинирование» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 100 (5): 2706–11. Bibcode : 2003PNAS..100.2706K . DOI : 10.1073 / pnas.0436037100 . PMC 151405 . PMID 12604794 .
- ^ "Супрессор опухолей ВХЛ фон Хиппель-Линдау [Homo sapiens]" .
- Ляо С., Чжан Дж., Джеффри Д.А. и др. (2002). «Пара киназа-циклин в холоферменте РНК-полимеразы II». Природа . 374 (6518): 193–6. DOI : 10.1038 / 374193a0 . PMID 7877695 .
- РНК-полимераза: компоненты механизма инициации транскрипции
- Нейш А.С., Андерсон С.Ф., Шлегель Б.П., Вей В., Парвин Д.Д. (февраль 1998 г.). «Факторы, связанные с холоферментом РНК-полимеразы II млекопитающих» . Nucleic Acids Res . 26 (3): 847–53. DOI : 10.1093 / NAR / 26.3.847 . PMC 147327 . PMID 9443979 .
- Томпсон С.М., Янг Р.А. (май 1995 г.). «Общие требования к холоферментам РНК-полимеразы II in vivo» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 92 (10): 4587–90. Bibcode : 1995PNAS ... 92.4587T . DOI : 10.1073 / pnas.92.10.4587 . PMC 41989 . PMID 7753848 .
Внешние ссылки
- Дополнительная информация в Национальной лаборатории Беркли
- РНК + полимераза + II в медицинских предметных рубриках Национальной медицинской библиотеки США (MeSH)