В этой статье обсуждается конкретная тема референсных генов. Для более общего списка генов домашнего хозяйства см. Гены домашнего хозяйства.
Ссылочные гены , которые выражаются во всех клетках организма при нормальных и патофизиологических условиях. [1] [2] [3] [4] Хотя некоторые гены домашнего хозяйства (такие как LDHA , [5] NONO , [5] PGK1 [5] и PPIH , [5] ) экспрессируются на относительно постоянных уровнях в большинстве не- патологические ситуации, другие гены домашнего хозяйства могут варьироваться в зависимости от условий эксперимента. [6]Хотя термины «домашний ген» и «эталонный ген» используются в некоторой степени взаимозаменяемо, следует соблюдать осторожность при выборе генов для эталонных целей. Подходящие контрольные гены должны стабильно экспрессироваться в конкретных экспериментальных условиях или в интересующей ткани. [1] Недавно была разработана веб-база данных эталонных генов / транскриптов, специфичных для клеток человека и мыши , названная Атлас служебных и эталонных транскриптов (Атлас HRT), чтобы предложить надежные эталонные гены / транскрипты для нормализации данных RT-qPCR. [1]
Это список генов домашнего хозяйства и транскриптов, стабильно экспрессируемых в 52 тканях и типах клеток человека, которые можно использовать для справочных целей после эмпирической проверки: [1]
| Ген | Ансамбль № | Описание | Хромосома |
|---|---|---|---|
| AES | ENST00000309311 | Амино-терминальный энхансер расщепления | chr19 |
| AP2M1 | ENST00000292807 | Адаптер-родственный белковый комплекс 2 субъединица mu 1 | chr3 |
| BSG | ENST00000353555 | Басигин (Ок группа крови) | chr19 |
| CD59 | ENST00000395850 | Молекула CD59 | chr11 |
| CSNK2B | ENST00000375882 | Казеин киназа 2 бета | chr6 |
| EDF1 | ENST00000224073 | Фактор 1, связанный с эндотелиальной дифференцировкой | chr9 |
| EEF2 | ENST00000309311 | Фактор элонгации трансляции эукариот 2 | chr19 |
| ГАБАРАП | ENST00000577035 | Белок, связанный с рецептором ГАМК типа А | chr17 |
| PFDN5 | ENST00000334478 | Префолдин субъединица 5 | chr12 |
| RHOA | ENST00000418115 | Член семейства гомологов Ras A | chr3 |
| убиквитин С | ENST00000546120 | Убиквитин С | chr12 |
HRT Atlas позволяет искать полный список надежных референсных генов и транскриптов для нормализации RT-qPCR в более чем 120 тканях или типах клеток человека и мыши . База данных также предлагает некоторые эмпирически подтвержденные праймеры и предсказанные модификаторы (болезнь и небольшие молекулы) экспрессии этих эталонных генов.
Ниже представлены гены, которые, вероятно, не следует использовать для справочных целей: GUSB , [5] RPLP0 , [5] TFRC , [5] GAPDH , HSP90 и β-actin . Хотя когда-то они считались «генами домашнего хозяйства», последние данные показывают, что они не так надежны, как считалось ранее. [1] [2]
См. Также [ править ]
- Ген
- Исследователь генов
- Геном
- Индуцибельный ген
- Минимальный геном
- Незаменимые белки в белковых комплексах
- Пространственно-временная экспрессия генов
Ссылки [ править ]
- ^ a b c d e Hounkpe, Bidossessi Wilfried; Чену, Франсин; де-Лима, Франсьель; Де-Паула, Эрих Винисиус (14.07.2020). «База данных HRT Atlas v1.0: переопределение генов домашнего хозяйства человека и мыши и возможных эталонных транскриптов путем анализа массивных наборов данных RNA-seq» . Исследование нуклеиновых кислот : gkaa609. DOI : 10.1093 / NAR / gkaa609 . ISSN 0305-1048 .
- ^ a b Eisenberg E, Levanon EY (октябрь 2013 г.). «Повторение генов домашнего хозяйства человека». Тенденции в генетике . 29 (10): 569–574. DOI : 10.1016 / j.tig.2013.05.010 . PMID 23810203 .
- ^ Кон Бьютт, AJ .; и другие. (2001). «Дальнейшее определение домашнего хозяйства или« обслуживания »генов сосредоточено на« компендиуме экспрессии генов в нормальных тканях человека » ». Physiol. Геномика . 7 (2): 95–96. DOI : 10.1152 / physiolgenomics.2001.7.2.95 . PMID 11773595 .
- ^ Чжу, J .; и другие. (2008). «О природе генов домашнего хозяйства человека». Тенденции в генетике . 24 (10): 481–484. DOI : 10.1016 / j.tig.2008.08.004 . PMID 18786740 .
- ^ Б с д е е г Quiagen. «RT2 Profiler PCR Array (96-луночный формат и 384- луночный формат». Каталожный номер Qiagen 330231 PAHS-00ZA .
- ^ Грир S, R Honeywell, Geletu МЫ, Arulanandam R, Raptis л (19 февраля 2010). «Гены домашнего хозяйства; уровни экспрессии могут изменяться в зависимости от плотности культивируемых клеток». J Immunol Methods . 355 (1–2): 76–9. DOI : 10.1016 / j.jim.2010.02.006 . PMID 20171969 .
