Тета варианта , также известный как линиджная Р.3 , [а] является одним из вариантов по SARS-COV-2 , вирус , который вызывает COVID-19 . Впервые этот вариант был обнаружен на Филиппинах 18 февраля 2021 года, когда две вызывающие озабоченность мутации были обнаружены в Центральных Висайских островах . [1] Он был обнаружен в Японии 12 марта 2021 года, когда путешественник из Филиппин прибыл в международный аэропорт Нарита в Токио . [2]
Он отличается от тех, что впервые были обнаружены в Соединенном Королевстве, Южной Африке и Бразилии, и считается, что он представляет аналогичную угрозу. Вариант может быть более устойчивым к нейтрализующим антителам, в том числе полученным в результате вакцинации, как, по-видимому, южноафриканский и бразильский варианты. [3]
В соответствии с упрощенной схемой наименования, предложенной Всемирной организацией здравоохранения , P.3 был обозначен как тета-вариант и считается вариантом, представляющим интерес (VOI), но еще не вызывающим озабоченность вариантом . [4]
Обнаружение
18 февраля 2021 года Департамент здравоохранения на Филиппинах подтвердил обнаружение двух мутаций COVID-19 в Центральной Visayas после образцов от пациентов были отправлены пройти секвенирование генома. Позднее мутации были названы E484K и N501Y и были обнаружены в 37 из 50 образцов, причем обе мутации одновременно встречались в 29 из них. Официальных названий вариантов не было, и полная последовательность еще не была определена. [1]
12 марта 2021 года Япония обнаружила вариант у путешественника с Филиппин. [2]
13 марта 2021 года Министерство здравоохранения подтвердило, что мутации представляют собой новый вариант, который был обозначен как линия P.3. В тот же день он также подтвердил свой первый случай линии передачи P.1 в стране. Хотя линии P.1 и P.3 происходят от одной и той же линии B.1.1.28, департамент сказал, что влияние линии P.3 на эффективность и трансмиссивность вакцины еще предстоит установить. [5]
17 марта 2021 г. Великобритания подтвердила первые два случая заболевания, в которых Служба здравоохранения Англии (PHE) назвала их VUI-21MAR-02. [6]
30 апреля 2021 года Малайзия выявила 8 случаев линии передачи P.3 в Сараваке . [7]
Именование
17 марта 2021 года PHE присвоило имя Lineage P.3 VUI-21MAR-02 . [8]
1 июня 2021 года Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) назвала Lineage P.3 вариантом Theta . [9]
Мутации
Во всех образцах наблюдали в общей сложности 14 аминокислотных замен (помечены красным ), включая семь мутаций спайкового белка. Среди мутаций шипового белка четыре ранее были связаны с вызывающими озабоченность линиями (например, E484K, N501Y, D614G и P681H), в то время как три дополнительных замены наблюдались в направлении C-концевой области белка (например, E1092K, H1101Y и V1176F). Интересно, что единственная аминокислотная замена на N-конце ORF8 (т.е. K2Q) также была обнаружена во всех образцах. Три другие мутации были замечены в 32 из 33 образцов (отмечены зеленым ), включая делецию трех аминокислот в положениях 141–143 белка-шипа. Наконец, во всех случаях были обнаружены пять синонимичных мутаций (отмечены серым цветом ). . [10]
Ген | Аминокислота |
---|---|
ORF1ab | F924F |
D1554G | |
S2433S | |
L3201P | |
D3681E | |
N3928N | |
L3930F | |
P4715L | |
A5692V | |
S | LGV141_143del |
E484K | |
N501Y | |
G593G | |
D614G | |
P681H | |
S875S | |
E1092K | |
H1101Y | |
V1176F | |
ORF8 | K2Q |
N | R203K |
G204R |
Ген | Аминокислота |
---|---|
ORF1a | D1554G |
S2625F | |
D2980N | |
L3201P | |
D3681E | |
L3930F | |
ORF1b | P314L |
L1203F | |
A1291V | |
S | LGV141_143del |
E484K | |
N501Y | |
G593G | |
D614G | |
P681H | |
S875S | |
E1092K | |
H1101Y | |
V1176F | |
ORF8 | K2Q |
N | R203K |
G204R |
Статистика
Страна | Случаи | Ref. |
---|---|---|
Филиппины | 162 | [12] [13] [14] [15] |
Малайзия | 12 | [16] [17] |
Германия | 9 | [18] |
Соединенные Штаты | 9 | [18] |
Нидерланды | 7 | [18] |
Великобритания | 7 | [18] |
Япония | 4 | [18] |
Гонконг | 3 | [18] |
Австралия | 2 | [18] |
Новая Зеландия | 2 | [18] |
Норвегия | 2 | [18] |
Сингапур | 2 | [18] |
Китай | 1 | [18] |
Южная Корея | 1 | [18] |
Общее | 223 |
Смотрите также
- Пандемия COVID-19 на Филиппинах
- SARS-CoV-2 Альфа вариант
- Бета-вариант SARS-CoV-2
- SARS-CoV-2 Гамма вариант
- SARS-CoV-2 Дельта вариант
- SARS-CoV-2 вариант йоты
- SARS-CoV-2 вариант Каппа
- Варианты SARS-CoV-2
Заметки
- ^ Другие имена включают:
- VUI-21MAR-02
- Lineage B.1.1.28.3
- филиппинский вариант
Рекомендации
- ^ a b Новости, CNN, Филиппины (18 февраля 2021 г.). «Министерство здравоохранения США подтверждает новые мутации COVID-19 в Центральных Висайях» . Проверено 2 мая 2021 года .
- ^ а б Новости, Киодо (12 марта 2021 г.). «Новый вариант коронавируса обнаружен у путешественника из Филиппин: Япония» . Проверено 2 мая 2021 года .
- ^ Новости, Japan Times (12 марта 2021 г.). «Японские власти обнаружили у путешественника из Филиппин новый вариант коронавируса» . Проверено 2 мая 2021 года .
- ^ «Отслеживание вариантов SARS-CoV-2» . www.who.int . Проверено 1 июня 2021 .
- ^ Новости, ABS-CBN (13 марта 2021 г.). «DOH подтверждает новый вариант COVID-19, впервые обнаруженный у PH, первый случай варианта в Бразилии» . Проверено 2 мая 2021 года .
- ^ Новости, Рапплер (17 марта 2021 г.). «Англия сообщает о 2 случаях нового варианта COVID-19, обнаруженного на Филиппинах» . Проверено 2 мая 2021 года .
- ^ «Covid-19: Саравак обнаруживает вариант, о котором сообщают на Филиппинах» . 30 апреля 2021 . Проверено 30 апреля 2021 года .
- ^ «Варианты: распределение данных по делам» . gov.uk . Государственная цифровая служба .
- ^ «Отслеживание вариантов SARS-CoV-2» . 1 июня 2021 . Проверено 1 июня 2021 года .
- ^ Центр, Филиппинский геном. "Бюллетень PGC SARS-CoV-2 № 7: Обнаружение и характеристика новой линии SARS-CoV-2 P.3, с мутациями спайкового белка E484K, N501Y, P681H и делецией LGV 141–143, из образцов, секвенированных с помощью усиленной Программа бионаблюдения UP-PGC, UP-NIH и DOH " . Филиппинский центр генома .
- ^ "P.3 Отчет о происхождении" . outbreak.info .
- ^ Новости, Inquirer.net (18 апреля 2021 г.). «Минздрав сообщает о 642 случаях трех вариантов COVID-19» . Проверено 2 мая 2021 года .
- ^ Новости, GMA (4 мая 2021 г.). «DOH: на Филиппинах выявлено больше случаев вариантов коронавируса» . Проверено 4 мая 2021 года .
- ^ Новости, PhilippineStar (15 мая 2021 г.). «На Филиппинах выявлено еще 10 случаев варианта коронавируса, впервые выявленного в Индии» . Проверено 15 мая 2021 года .
- ^ Новости, ABS-CBN (29 мая 2021 г.). «DOH регистрирует новые случаи варианта COVID-19 в PH; только 26 активных» . Проверено 29 мая 2021 года .
- ^ «Covid-19: Саравак обнаруживает вариант, о котором сообщают на Филиппинах» . 30 апреля 2021 . Проверено 2 мая 2021 года .
- ^ «Министерство здравоохранения: 119 случаев заболевания Covid-19, вызванных опасным и представляющим интерес штаммами» . 31 мая 2021 года . Проверено 2 июня 2021 года .
... в то время как из VOI 12 случаев относятся к варианту P.3 (Филиппины) ...
- ^ Б с д е е г ч я J K L "Линии ПАНГО" . cov-lineages.org .
Внешние ссылки
- Линии PANGO: Новый вариант отчета - Отчет о глобальном распространении линии B.1.1.7
- База данных секвенирования GISAID - Отслеживание вариантов COVID-19