Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Последовательность вставки селеноцистеина 1
RF00031.jpg
Прогнозируемая вторичная структура и сохранение последовательности SECIS_1. Буквы соответствуют системе обозначений нуклеотидов ИЮПАК .
Идентификаторы
СимволSECIS_1
Альт. СимволыSECIS
РфамRF00031
Прочие данные
Тип РНКСнг
Домен (ы)Эукариоты
ИДТИGO: 0001514
ТАКТАК: 1001274
Структуры PDBPDBe

В биологии , то Secis элемент (Secis: с перевивочных с ysteine я nsertion с equence ) представляет собой РНК - элемент , около 60 нуклеотидов в длине , которая принимает стволовую петлю структуру. [1] Этот структурный мотив (рисунок нуклеотидов) направляет клетку , чтобы перевести UGA кодонов как selenocysteines (UGA , как правило, стоп - кодон ). Таким образом, элементы SECIS являются фундаментальным аспектом кодирования информационных РНК.селенопротеины , белки, которые включают один или несколько остатков селеноцистеина .

У бактерий элемент SECIS появляется вскоре после затрагиваемого им кодона UGA. В архей и эукариот , это происходит в UTR 3' из с мРНК , и может привести к несколько кодонов UGA в пределах мРНК код для селеноцистеина. Один архейный элемент SECIS, у Methanococcus , расположен в 5 'UTR . [2] [3]

Элемент SECIS, по-видимому, определяется характеристиками последовательности, т. Е. Определенные нуклеотиды имеют тенденцию находиться в определенных положениях в нем, и характерной вторичной структурой . Вторичная структура является результатом спаривания оснований комплементарных нуклеотидов РНК и вызывает структуру, подобную шпильке. Элемент SECIS эукариот включает неканонические пары оснований AG, которые необычны в природе, но критически важны для правильного функционирования элемента SECIS. Хотя каждый элемент SECIS эукариот, архей и бактерий имеет общую структуру шпильки, они не поддаются выравниванию, например, основанная на выравнивании схема распознавания эукариотических элементов SECIS не сможет распознать элементы SECIS архей. Однако в Lokiarcheota, Элементы SECIS больше похожи на эукариотические элементы. [4]

В биоинформатике было создано несколько компьютерных программ, которые ищут элементы SECIS в последовательности генома на основе характеристик последовательности и вторичной структуры элементов SECIS. Эти программы использовались для поиска новых селенопротеинов. [5]

Распространение видов [ править ]

Элемент SECIS присутствует в большом количестве организмов из всех трех сфер жизни (включая их вирусы). [5] [6] [7] [8] [9] [10] [11]

Ссылки [ править ]

  1. ^ Вальчак R, Westhof Е, Р углерода, Крол А (апрель 1996 года). «Новый структурный мотив РНК в элементе вставки селеноцистеина эукариотических мРНК селенопротеина» . РНК . 2 (4): 367–379. PMC  1369379 . PMID  8634917 .
  2. ^ Увядание R, S Schorling, Persson BC, Böck A (март 1997). «Синтез селенопротеина в архее: идентификация элемента мРНК Methanococcus jannaschii, вероятно, управляющего вставкой селеноцистеина». Журнал молекулярной биологии . 266 (4): 637–641. DOI : 10.1006 / jmbi.1996.0812 . PMID 9102456 . 
  3. Перейти ↑ Rother M, Resch A, Wilting R, Böck A (2001). «Синтез селенопротеинов в архее». БиоФакторы . 14 (1–4): 75–83. DOI : 10.1002 / biof.5520140111 . PMID 11568443 . 
  4. ^ Мариотти, Марко; Лобанов, Алексей В .; Манта, Бруно; Сантесмасес, Дидак; Бофилл, Андреу; Гиго, Родерик; Габальдон, Тони; Гладышев, Вадим Н. (2016). «Lokiarchaeota отмечает переход между архейной и эукариотической системами кодирования селеноцистеина» . Молекулярная биология и эволюция . 33 (9): 2441–2453. DOI : 10.1093 / molbev / msw122 . ISSN 0737-4038 . 
  5. ^ a b Ламберт А., Лескюр А., Готере Д. (сентябрь 2002 г.). "Обзор последовательностей вставки селеноцистеина многоклеточных животных". Биохимия . 84 (9): 953–959. DOI : 10.1016 / S0300-9084 (02) 01441-4 . PMID 12458087 . 
  6. ↑ Mix H, Лобанов А.В., Гладышев В.Н. (2007). «Элементы SECIS в кодирующих областях транскриптов селенопротеинов функциональны у высших эукариот» . Исследования нуклеиновых кислот . 35 (2): 414–423. DOI : 10.1093 / NAR / gkl1060 . PMC 1802603 . PMID 17169995 .  
  7. ^ Cassago A, Rodrigues Е.М., Прието Е.Л., Гастон KW, Alfonzo JD, Ирибар MP, Berry MJ, Cruz AK, Thiemann OH (октябрь 2006). «Идентификация селенопротеинов Leishmania и элемента SECIS». Молекулярная и биохимическая паразитология . 149 (2): 128–134. DOI : 10.1016 / j.molbiopara.2006.05.002 . PMID 16766053 . 
  8. ^ Mourier Т, Боль А, Бэррелл В, Гриффитс-Джонс S (февраль 2005 г.). «Селеноцистеиновая тРНК и элемент SECIS в Plasmodium falciparum» . РНК . 11 (2): 119–122. DOI : 10,1261 / rna.7185605 . PMC 1370700 . PMID 15659354 .  
  9. ↑ Крюков Г.В., Кастеллано С., Новоселов С.В., Лобанов А.В., Зехтаб О, Гиго Р., Гладышев В.Н. (май 2003 г.). «Характеристика селенопротеомов млекопитающих» . Наука . 300 (5624): 1439–1443. DOI : 10.1126 / science.1083516 . PMID 12775843 . 
  10. ↑ Крюков Г.В., Гладышев В.Н. (май 2004 г.). «Прокариотический селенопротеом» . EMBO Reports . 5 (5): 538–543. DOI : 10.1038 / sj.embor.7400126 . PMC 1299047 . PMID 15105824 .  
  11. Перейти ↑ Krol A (август 2002). «Эволюционно различные мотивы РНК и комплексы РНК-белок для достижения синтеза селенопротеинов». Биохимия . 84 (8): 765–774. DOI : 10.1016 / S0300-9084 (02) 01405-0 . PMID 12457564 . 

Внешние ссылки [ править ]

  • Страница для элемента SECIS 1 в Rfam
  • Страница элемента 2 SECIS в Rfam
  • Страница для элемента SECIS 3 в Rfam
  • Страница элемента 4 SECIS в Rfam
  • Страница элемента 5 SECIS в Rfam