Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
«SNP» перенаправляются сюда. Для единственного числа см. SNP (значения) .
Верхняя молекула ДНК отличается от нижней молекулы ДНК одной парой оснований (полиморфизм C / A).

В генетике , одного нуклеотидного полиморфизма ( SNP / ев п ɪ р / ; множественном / с п ɪ р ы / ) представляет собой замену одного нуклеотида в положении , определенной в геноме , который присутствует в достаточно большом фракции население (например, 1% или более). [1]

Так , например, при определенных базовой позиции в геноме человека, то С нуклеотид может появиться у большинства людей, но в меньшинстве лиц, позиция занята A . Это означает, что в этом конкретном положении есть SNP, и два возможных варианта нуклеотидов - C или A - считаются аллелями для этого конкретного положения.

SNP выявляют различия в нашей восприимчивости к широкому спектру заболеваний (например, серповидноклеточной анемии , β-талассемии и муковисцидозу ). [2] [3] [4] Тяжесть болезни и то, как организм реагирует на лечение, также являются проявлениями генетических вариаций, вызванных SNP. Например, одноосновная мутация в гене APOE ( аполипопротеина E ) связана с более низким риском развития болезни Альцгеймера . [5]

Вариант с одним нуклеотидом ( SNV ) - это вариант с одним нуклеотидом без каких-либо ограничений по частоте. SNV отличаются от SNP тем, что, когда SNV обнаруживается от одного организма, SNV потенциально может быть SNP, но это не может быть определено только для одного организма. [6] [7] SNP, однако, означает, что нуклеотид варьируется в популяции организмов вида. В соматических клетках могут возникать SNV, которые классифицируются как соматические однонуклеотидные вариации или однонуклеотидные изменения и могут быть вызваны раком. SNV также часто возникают в молекулярной диагностике, такой как разработка праймеров для ПЦР для обнаружения вирусов, в которых вирусная РНК или образец ДНК могут содержать SNV.

Типы [ править ]

Типы SNP
Типы однонуклеотидного полиморфизма (SNP)

Однонуклеотидные полиморфизмы могут попадать в кодирующие последовательности генов , некодирующие области генов или в межгенные области (области между генами). SNP в кодирующей последовательности не обязательно изменяют аминокислотную последовательность продуцируемого белка из-за вырожденности генетического кода .

SNP в кодирующей области бывают двух типов: синонимичные и несинонимичные SNP. Синонимичные SNP не влияют на последовательность белка, в то время как несинонимичные SNP изменяют аминокислотную последовательность белка. В несинонимичных ОНП бывают двух типов: миссенс и нонсенс .

SNP, которые не находятся в областях, кодирующих белок, могут по-прежнему влиять на сплайсинг генов , связывание факторов транскрипции , деградацию информационной РНК или последовательность некодирующей РНК. Экспрессия гена, на которую влияет этот тип SNP, называется eSNP (экспрессионный SNP) и может располагаться выше или ниже гена.

Приложения [ править ]

  • Ассоциативные исследования могут определить, связан ли генетический вариант с заболеванием или признаком. [8]
  • Теговый SNP представляет собой типичный однонуклеотидный полиморфизм в области генома с высоким неравновесием по сцеплению (неслучайная ассоциация аллелей в двух или более локусах). Tag SNPs полезны в исследованиях ассоциации SNP для всего генома, в которых генотипируются сотни тысяч SNP по всему геному.
  • Картирование гаплотипов : наборы аллелей или последовательностей ДНК могут быть сгруппированы так, чтобы один SNP мог идентифицировать множество связанных SNP.
  • Нарушение равновесия по сцеплению (LD), термин, используемый в популяционной генетике, указывает на неслучайную ассоциацию аллелей в двух или более локусах, не обязательно на одной и той же хромосоме. Это относится к феномену, когда аллель SNP или последовательность ДНК, которые находятся близко друг к другу в геноме, как правило, наследуются вместе. На LD могут влиять два параметра (среди других факторов, таких как стратификация населения): 1) Расстояние между SNP [чем больше расстояние, тем ниже LD]. 2) Скорость рекомбинации [чем ниже скорость рекомбинации, тем выше LD]. [9]

Частота [ править ]

Более 335 миллионов SNP были обнаружены у людей из разных популяций. Типичный геном отличается от эталонного генома человека на 4–5 миллионов сайтов, большинство из которых (более 99,9%) состоят из SNP и коротких инделей . [10]

В геноме [ править ]

Геномное распределение SNP неоднородно; SNP встречаются в некодирующих областях чаще, чем в кодирующих областях или, в общем, там, где действует естественный отбор и «фиксирует» аллель (устраняя другие варианты) SNP, который составляет наиболее благоприятную генетическую адаптацию. [11] Другие факторы, такие как генетическая рекомбинация и частота мутаций, также могут определять плотность SNP. [12]

Плотность SNP можно предсказать по присутствию микросателлитов : микросателлиты AT, в частности, являются мощными предикторами плотности SNP, при этом длинные (AT) (n) повторяющиеся участки, как правило, обнаруживаются в регионах со значительно сниженной плотностью SNP и низким содержанием GC . [13]

Внутри населения [ править ]

Между популяциями людей существуют различия, поэтому аллель SNP, распространенный в одной географической или этнической группе, может быть намного реже в другой. Внутри популяции SNP можно присвоить частоту минорного аллеля - самую низкую частоту аллеля в локусе, которая наблюдается в конкретной популяции. [14] Это просто меньшая из двух частот аллелей для однонуклеотидных полиморфизмов.

Обладая этими знаниями, ученые разработали новые методы анализа популяционных структур у менее изученных видов. [15] [16] [17] Использование методов объединения значительно снижает стоимость анализа. [ необходима цитата ] Эти методы основаны на секвенировании популяции в объединенной выборке, а не на секвенировании каждого человека в популяции отдельно. С новыми инструментами биоинформатики появляется возможность исследовать структуру популяции, поток генов и миграцию генов, наблюдая частоты аллелей внутри всей популяции. Эти протоколы позволяют объединить преимущества SNP с микросателлитными маркерами. [18] [19] Однако при этом теряется информация, такая как неравновесие сцепления и информация о зиготности.

Важность [ править ]

Вариации в последовательностях ДНК человека могут влиять на то, как люди развивают болезни и реагируют на патогены , химические вещества , лекарства , вакцины и другие агенты. SNP также важны для персонализированной медицины . [20] Примеры включают биомедицинские исследования, судебную экспертизу, фармакогенетику и причинно-следственные связи, как указано ниже.

Клинические исследования [ править ]

Наибольшее значение SNP в клинических исследованиях имеет для сравнения областей генома между когортами (например, с согласованными когортами с заболеванием и без) в исследованиях общегеномных ассоциаций . SNP использовались в полногеномных ассоциативных исследованиях в качестве маркеров высокого разрешения при картировании генов, связанных с заболеваниями или нормальными признаками. [21] SNP без заметного влияния на фенотип (так называемые молчащие мутации ) по-прежнему полезны в качестве генетических маркеров в полногеномных ассоциативных исследованиях из-за их количества и стабильной наследственности из поколения в поколение. [22]

Судебная экспертиза [ править ]

Первоначально SNP использовались для сопоставления судебного образца ДНК с подозреваемым, но постепенно отказались от него с развитием методов дактилоскопии ДНК на основе STR . [23] Текущие методы секвенирования следующего поколения (NGS) могут позволить лучше использовать генотипирование SNP в судебно-медицинском приложении, если избежать проблемных локусов. [24] В будущем SNP могут быть использованы в криминалистике для некоторых фенотипических ключей, таких как цвет глаз, цвет волос, этническая принадлежность и т. Д. Kidd et al. продемонстрировали, что панель из 19 SNP может идентифицировать этническую группу с хорошей вероятностью совпадения (Pm = 10-7 ) в 40 изученных группах населения. [25] Один из примеров того, как это может быть потенциально полезно, - это художественная реконструкция возможных преджизненных проявлений скелетных останков неизвестных людей. Хотя реконструкция лица может быть довольно точной, основанной исключительно на антропологических особенностях, другие данные, которые могут позволить более точное представление, включают цвет глаз, цвет кожи, цвет волос и т. Д.

В ситуации с небольшим количеством судебно-медицинской пробы или деградированной пробы методы SNP могут быть хорошей альтернативой методам STR из-за обилия потенциальных маркеров, возможности автоматизации и потенциального сокращения требуемой длины фрагмента до 60–80 п.н. . [26] При отсутствии совпадения STR в базе данных профиля ДНК ; различные SNP могут быть использованы для получения информации об этнической принадлежности, фенотипе, происхождении и даже идентичности. [27]

Фармакогенетика [ править ]

Некоторые SNP связаны с метаболизмом разных лекарств. [28] [29] [30] SNP могут быть мутациями, такими как делеции, которые могут ингибировать или стимулировать ферментативную активность; такое изменение ферментативной активности может привести к снижению скорости метаболизма лекарства. [31] Связь широкого спектра заболеваний человека, таких как рак , инфекционные заболевания ( СПИД , проказа , гепатит и т. Д.), Аутоиммунные , психоневрологические и многие другие заболевания с различными SNP, может быть использована в качестве релевантных фармакогеномных мишеней для лекарственной терапии. [32]

Болезнь [ править ]

Одиночный SNP может вызывать менделевскую болезнь , хотя для сложных заболеваний SNP обычно не действуют индивидуально, скорее, они работают в координации с другими SNP, проявляя болезненное состояние, как это было замечено при остеопорозе . [33] Одним из первых успехов в этой области было обнаружение мутации одного основания в некодирующей области APOC3 (ген аполипопротеина C3), которая связана с более высоким риском гипертриглицеридемии и атеросклероза. [34]

Все типы SNP могут иметь наблюдаемый фенотип или вызывать заболевание:

  • SNP в некодирующих областях могут проявляться в более высоком риске рака [35] и могут влиять на структуру мРНК и восприимчивость к заболеванию. [36] Некодирующие SNP также могут изменять уровень экспрессии гена, как eQTL (локус количественного признака экспрессии).
  • SNP в кодирующих регионах :
    • синонимичные замены по определению не приводят к изменению аминокислоты в белке, но все же могут влиять на его функцию другими способами. Примером может служить кажущаяся молчаливая мутация в гене 1 множественной лекарственной устойчивости ( MDR1 ), который кодирует насос клеточной мембраны, который выталкивает лекарства из клетки, может замедлять трансляцию и позволять пептидной цепи складываться в необычную конформацию, вызывая мутантный насос становится менее функциональным (в белке MDR1, например, полиморфизм C1236T изменяет кодон GGC на GGT в аминокислотном положении 412 полипептида (оба кодируют глицин), а полиморфизм C3435T изменяет ATC на ATT в положении 1145 (оба кодируют изолейцин)). [37]
    • несинонимичные замены :
      • missense - однократное изменение основания приводит к изменению аминокислоты белка и его неисправности, что приводит к заболеванию (например, c1580G> T SNP в гене LMNA - положение 1580 (нт) в последовательности ДНК (кодон CGT), вызывающее замену гуанина с тимином , получа СТТ кодон в последовательности ДНК, результаты на уровне белка в замене аргинина по лейцин в положении 527, [38] на фенотип уровне это проявляется в пересекающихся mandibuloacral дисплазии и синдром Progeria )
      • нонсенс - точечная мутация в последовательности ДНК , что приводит к преждевременному стопу - кодон или нонсенс - кодон в транскрибируется мРНК , так и в усеченном , неполном, и обычно нефункциональном продукте белка (например , муковисцидоз , вызванная мутацией G542X в кистозном ген регулятора трансмембранной проводимости фиброза ). [39]

Примеры [ править ]

  • rs6311 и rs6313 являются SNP в гене рецептора серотонина 5-HT2A на хромосоме 13 человека [40].
  • SNP в гене F5 вызывает лейденскую тромбофилию фактора V. [41]
  • rs3091244 является примером триаллельного SNP в гене CRP на хромосоме 1 человека [42]
  • TAS2R38 кодирует возможность дегустации PTC и содержит 6 аннотированных SNP. [43]
  • rs148649884 и rs138055828 в гене FCN1 , кодирующем M-фиколин, нарушают способность рекомбинантного M-фиколина связывать лиганд. [44]
  • Интронный SNP в репарации ДНК несоответствия ген PMS2 (rs1059060, Ser775Asn) связан с увеличением спермы повреждения ДНК и риском мужского бесплодия . [45]

Базы данных [ править ]

Как и для генов, существуют базы данных биоинформатики для SNP.

  • dbSNP - это база данных SNP Национального центра биотехнологической информации (NCBI). По состоянию на 8 июня 2015г. в dbSNP было зарегистрировано 149 735 377 SNP у людей. [46] [47]
  • Kaviar [48] - это сборник SNP из нескольких источников данных, включая dbSNP.
  • SNPedia - это база данных в стиле вики, поддерживающая аннотацию, интерпретацию и анализ личных геномов.
  • База данных OMIM описывает связь между полиморфизмами и заболеваниями (например, дает болезни в текстовой форме)
  • dbSAP - база данных полиморфизма одной аминокислоты для обнаружения вариаций белков [49]
  • База данных мутаций генов человека предоставляет генные мутации, вызывающие или связанные с наследственными заболеваниями человека, а также функциональные SNP.
  • Международный HapMap проект , где исследователи идентифицируют Tag ОНП , чтобы иметь возможность определить коллекцию гаплотипов , присутствующих в каждом субъекте.
  • GWAS Central позволяет пользователям визуально опрашивать фактические данные ассоциации на итоговом уровне в одном или нескольких полногеномных исследованиях ассоциаций .

Рабочая группа International SNP Map картировала последовательность, фланкирующую каждый SNP, путем сопоставления с геномной последовательностью клонов с большой вставкой в ​​генбанке. Эти выравнивания были преобразованы в хромосомные координаты, показанные в таблице 1. [50] Этот список значительно увеличился с тех пор, как, например, база данных Kaviar теперь перечисляет 162 миллиона однонуклеотидных вариантов (SNV).

ХромосомаДлина (п.Все SNPSNP TSC
Всего SNPкб на SNPВсего SNPкб на SNP
1214 066 000129 9311,6575 1662,85
2222 889 000103 6642,1576 9852,90
3186 938 00093 1402,0163 6692,94
4169 035 00084 4262,0065 7192,57
5170 954 000117 8821,4563 5452,69
6165 022 00096 3171,7153,7973,07
7149 414 00071 7522,0842 3273,53
8125 148 00057 8342,1642 6532,93
9107 440 00062 0131,7343 0202,50
10127 894 00061 2982,0942 4663,01
11129 193 00084 6631,5347 6212,71
12125 198 00059 2452.1138 1363,28
1393 711 00053 0931,7735 7452,62
1489 344 00044 1122,0329 7463,00
1573 467 00037 8141,9426 5242,77
1674 037 00038 7351,9123 3283,17
1773 367 00034 6212,1219 3963,78
1873 078 00045 1351,6227 0282,70
1956 044 00025 6762,1811 1855.01
2063 317 00029 4782,15170513,71
21 год33 824 00020 9161,629 1033,72
2233 786 00028 4101.1911 0563,06
Икс131 245 00034 8423,7720 4006,43
Y21 753 0004 1935,191,78412,19
RefSeq15,696 67414 5341.08
Итоги2 710 164 0001,419,1901,91887 4503,05

Номенклатура [ править ]

Номенклатура SNP включает несколько вариантов для отдельного SNP, но при этом отсутствует общий консенсус.

Стандарт rs ### - это тот, который был принят dbSNP и использует префикс «rs» для «ссылочного SNP», за которым следует уникальный и произвольный номер. [51] SNP часто упоминаются по их номеру dbSNP rs, как в приведенных выше примерах.

Общество вариации генома человека (HGVS) использует стандарт, который предоставляет дополнительную информацию о SNP. Примеры:

  • c.76A> T: "c." для кодирующей области , за которым следует номер для положения нуклеотида, за которым следует однобуквенное сокращение для нуклеотида (A, C, G, T или U), за которым следует знак больше (">"), чтобы указать замена с последующим сокращением нуклеотида, заменяющим предыдущий [52] [53] [54]
  • p.Ser123Arg: "p." для белка, за которым следует трехбуквенное сокращение для аминокислоты, за которым следует номер для положения аминокислоты, за которым следует сокращение аминокислоты, которая заменяет предыдущую. [55]

Анализ SNP [ править ]

SNP обычно двуаллельны и поэтому легко поддаются анализу. [56] Аналитические методы обнаружения новых SNP и обнаружения известных SNP включают:

  • Секвенирование ДНК ; [57]
  • капиллярный электрофорез ; [58]
  • масс-спектрометрия ; [59]
  • однонитевой конформационный полиморфизм (SSCP); [60]
  • надстройка на одно основание ;
  • электрохимический анализ ;
  • денатурирующая ВЭЖХ и гель-электрофорез ;
  • полиморфизм длины рестрикционного фрагмента ;
  • гибридизационный анализ ;

Программы для предсказания эффектов SNP [ править ]

Важной группой SNP являются те, которые соответствуют миссенс-мутациям, вызывающим изменение аминокислот на уровне белка. Точечная мутация конкретного остатка может по-разному влиять на функцию белка (от отсутствия эффекта до полного нарушения его функции). Обычно изменение аминокислот с аналогичным размером и физико-химическими свойствами (например, замена лейцина на валин) дает мягкий эффект и противоположный эффект. Точно так же, если SNP разрушает элементы вторичной структуры (например, замещение пролина в области альфа-спирали ), такая мутация обычно может повлиять на структуру и функцию всего белка. Используя эти простые и многие другие методы машинного обучения На основе производных правил была разработана группа программ для прогнозирования эффекта SNP:

  • SIFT Эта программа дает представление о том, как лабораторно индуцированная миссенс или несинонимичная мутация повлияет на функцию белка на основе физических свойств аминокислот и гомологии последовательностей.
  • СПИСОК [61] [62] (Локальная идентичность и общие таксоны) оценивает потенциальную вредоносность мутаций в результате изменения их функций белков. Он основан на предположении, что вариации, наблюдаемые у близкородственных видов, более значительны при оценке сохранения по сравнению с вариациями у отдаленно родственных видов.
  • SNAP2
  • Подозревать
  • Полифен-2
  • PredictSNP
  • MutationTaster : официальный сайт
  • Variant Effect Predictor из проекта Ensembl
  • SNPViz [63] Эта программа обеспечивает трехмерное представление пораженного белка, выделяя аминокислотные изменения, чтобы врачи могли определить патогенность мутантного белка.
  • ПРОВЕАН
  • PhyreRisk - это база данных, которая сопоставляет варианты экспериментальным и прогнозируемым структурам белков. [64]
  • Missense3D - это инструмент, который предоставляет стереохимический отчет о влиянии миссенс-вариантов на структуру белка. [65]

См. Также [ править ]

  • Affymetrix
  • HapMap
  • Иллюмина
  • Международный проект HapMap
  • Короткий тандемный повтор (STR)
  • Расширение на одно основание
  • Массив SNP
  • SNP-генотипирование
  • SNPedia
  • Snpstr
  • Вызов SNV из данных NGS
  • Тег SNP
  • TaqMan
  • Вариом

Ссылки [ править ]

  1. ^ "однонуклеотидный полиморфизм / SNP | Learn Science at Scitable" . www.nature.com . Архивировано 10 ноября 2015 года . Проверено 13 ноября 2015 .
  2. ↑ Инграм В.М. (октябрь 1956 г.). «Специфическое химическое различие между глобинами нормального человеческого гемоглобина и серповидноклеточной анемии». Природа . 178 (4537): 792–4. Bibcode : 1956Natur.178..792I . DOI : 10.1038 / 178792a0 . PMID 13369537 . S2CID 4167855 .  
  3. ^ Чанг JC, Кан YW (июнь 1979). «бета 0 талассемия, бессмысленная мутация в человеке» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 76 (6): 2886–9. Bibcode : 1979PNAS ... 76.2886C . DOI : 10.1073 / pnas.76.6.2886 . PMC 383714 . PMID 88735 .  
  4. ^ Hamosh А, Король Т.М., Розенштайн BJ, Corey M, Levison H, P Дьюри, Цуй LC, McIntosh I, Keston M, Брок DJ (август 1992). «Пациенты с муковисцидозом, несущие как распространенную миссенс-мутацию Gly ---- Asp в кодоне 551, так и мутацию дельта F508, клинически неотличимы от гомозигот дельта F508, за исключением снижения риска мекониевой непроходимости» . Американский журнал генетики человека . 51 (2): 245–50. PMC 1682672 . PMID 1379413 .  
  5. Перейти ↑ Wolf AB, Caselli RJ, Reiman EM, Valla J (апрель 2013 г.). «APOE и нейроэнергетика: новая парадигма болезни Альцгеймера» . Нейробиология старения . 34 (4): 1007–17. DOI : 10.1016 / j.neurobiolaging.2012.10.011 . PMC 3545040 . PMID 23159550 .  
  6. ^ [1]
  7. ^ [2]
  8. ↑ Zhang K, Qin ZS, Liu JS, Chen T, Waterman MS, Sun F (май 2004 г.). «Разделение блока гаплотипа и выбор тега SNP с использованием данных генотипа и их применения в ассоциативных исследованиях» . Геномные исследования . 14 (5): 908–16. DOI : 10.1101 / gr.1837404 . PMC 479119 . PMID 15078859 .  
  9. Перейти ↑ Gupta PK, Roy JK, Prasad M (25 февраля 2001 г.). «Однонуклеотидные полиморфизмы: новая парадигма для технологии молекулярных маркеров и обнаружения полиморфизма ДНК с упором на их использование в растениях» . Современная наука . 80 (4): 524–535. Архивировано 13 февраля 2017 года.
  10. ^ Auton А, Брукс Л.Д., Дурбин RM, Гаррисон EP, Kang HM, Корбел JO, Marchini JL, McCarthy S, McVean Г.А., Abecasis GR (октябрь 2015). «Глобальный справочник по генетической изменчивости человека» . Природа . 526 (7571): 68–74. Bibcode : 2015Natur.526 ... 68T . DOI : 10.1038 / nature15393 . PMC 4750478 . PMID 26432245 .  
  11. ^ Barreiro LB, Laval G, H Quach, Patin E, Кинтана-Murci L (март 2008). «Естественный отбор привел к дифференциации популяций современных людей». Генетика природы . 40 (3): 340–5. DOI : 10.1038 / ng.78 . PMID 18246066 . S2CID 205357396 .  
  12. Перейти ↑ Nachman MW (сентябрь 2001 г.). «Однонуклеотидные полиморфизмы и скорость рекомбинации у людей». Тенденции в генетике . 17 (9): 481–5. DOI : 10.1016 / S0168-9525 (01) 02409-X . PMID 11525814 . 
  13. Перейти ↑ Varela MA, Amos W (март 2010). «Гетерогенное распределение SNP в геноме человека: микросателлиты как предикторы нуклеотидного разнообразия и дивергенции». Геномика . 95 (3): 151–9. DOI : 10.1016 / j.ygeno.2009.12.003 . PMID 20026267 . 
  14. ↑ Zhu Z, Yuan D, Luo D, Lu X, Huang S (2015-07-24). «Обогащение минорных аллелей общих SNP и улучшенное прогнозирование риска болезни Паркинсона» . PLOS ONE . 10 (7): e0133421. Bibcode : 2015PLoSO..1033421Z . DOI : 10.1371 / journal.pone.0133421 . PMC 4514478 . PMID 26207627 .  
  15. ^ Хиверт, Валентин; Леблуа, Рафаэль; Пети, Эрик Дж .; Готье, Матье; Виталис, Рено (30.07.2018). «Измерение генетической дифференциации от данных Pool-seq» . Генетика . 210 (1): 315–330. DOI : 10.1534 / genetics.118.300900 . ISSN 0016-6731 . 
  16. ^ Экблом, R; Галиндо, Дж (2010-12-08). «Применение секвенирования следующего поколения в молекулярной экологии немодельных организмов» . Наследственность . 107 (1): 1–15. DOI : 10.1038 / hdy.2010.152 . ISSN 0018-067X . 
  17. ^ Ellegren, Ганс (январь 2014). «Секвенирование генома и популяционная геномика немодельных организмов» . Тенденции в экологии и эволюции . 29 (1): 51–63. DOI : 10.1016 / j.tree.2013.09.008 . ISSN 0169-5347 . 
  18. ^ Дорант, Янн; Бенестан, Лаура; Ружмон, Квентин; Нормандо, Эрик; Бойл, Брайан; Рошетт, Реми; Бернатчес, Луи (2019). «Сравнение генотипирования Pool-seq, Rapture и GBS для вывода слабой структуры популяции: американский лобстер (Homarus americanus) в качестве примера» . Экология и эволюция . 9 (11): 6606–6623. DOI : 10.1002 / ece3.5240 . ISSN 2045-7758 . PMC 6580275 . PMID 31236247 .   
  19. ^ Вендрами, Дэвид LJ; Телеска, Лука; Вейганд, Ханна; Вайс, Мартина; Фосетт, Кэти; Леман, Катрин; Кларк, MS; Лиз, Флориан; Макминн, Кэрри; Мур, Хизер; Хоффман, Джозеф I. «RAD-секвенирование решает мелкомасштабную популяционную структуру донных беспозвоночных: значение для понимания фенотипической пластичности» . Королевское общество «Открытая наука» . 4 (2): 160548. DOI : 10.1098 / rsos.160548 . PMC 5367306 . PMID 28386419 .  
  20. ↑ Карлсон, Брюс (15 июня 2008 г.). «SNP - кратчайший путь к персонализированной медицине» . Новости генной инженерии и биотехнологии . Мэри Энн Либерт, Inc. 28 (12). Архивировано 26 декабря 2010 года . Проверено 6 июля 2008 . (подзаголовок) Ожидается рост рынка в области медицины.
  21. ^ Yu A, Li F, Xu W, Wang Z, Sun C, Han B и др. (Август 2019 г.). «Применение генетической карты высокого разрешения для сборки генома в масштабе хромосом и точного картирования QTL размеров и веса семян клещевины» . Научные отчеты . 9 (1): 11950. Bibcode : 2019NatSR ... 911950Y . DOI : 10.1038 / s41598-019-48492-8 . PMC 6697702 . PMID 31420567 .  
  22. Перейти ↑ Thomas PE, Klinger R, Furlong LI, Hofmann-Apitius M, Friedrich CM (2011). «Проблемы, связанные с ассоциацией упоминаний однонуклеотидного полиморфизма человека с уникальными идентификаторами в базе данных» . BMC Bioinformatics . 12 Дополнение 4: S4. DOI : 10.1186 / 1471-2105-12-S4-S4 . PMC 3194196 . PMID 21992066 .  
  23. ^ Батлер, Джон М. (2010). Основы криминалистического ДНК-типирования . Берлингтон, Массачусетс: Elsevier / Academic Press. ISBN 9780080961767.
  24. ^ Корнелис S, Gansemans Y, Deleye L, DEFORCE D, Ван Nieuwerburgh F (февраль 2017). «Криминалистическое генотипирование SNP с использованием секвенирования Nanopore MinION» . Научные отчеты . 7 : 41759. Bibcode : 2017NatSR ... 741759C . DOI : 10.1038 / srep41759 . PMC 5290523 . PMID 28155888 .  
  25. ^ Кидд К.К., Пакстис А.Дж., Спид WC, Григоренко Е.Л., Каджуна С.Л., Карома Н.Дж., Кунгулило С., Ким Дж.Дж., Лу РБ, Одунси А., Оконофуа Ф, Парнас Дж., Шульц Л.О., Жукова О.В., Кидд-младший (декабрь 2006 г.). «Разработка панели SNP для судебно-медицинской идентификации физических лиц». Международная криминалистическая экспертиза . 164 (1): 20–32. DOI : 10.1016 / j.forsciint.2005.11.017 . PMID 16360294 . 
  26. ^ Budowle B, ван Даал A (апрель 2008). «Криминалистически значимые классы SNP» . Биотехнологии . 44 (5): 603-8, 610. DOI : 10,2144 / 000112806 . PMID 18474034 . 
  27. ^ Budowle, Брюс; ван Даал, Анджела (1 апреля 2008 г.). «Криминалистически значимые классы SNP» . Биотехнологии . 44 (5): 603–610. DOI : 10.2144 / 000112806 . ISSN 0736-6205 . 
  28. ↑ Goldstein JA (октябрь 2001 г.). «Клиническая значимость генетических полиморфизмов в подсемействе CYP2C человека» . Британский журнал клинической фармакологии . 52 (4): 349–55. DOI : 10,1046 / j.0306-5251.2001.01499.x . PMC 2014584 . PMID 11678778 .  
  29. ^ Ли CR (июль – август 2004 г.). «Генотип CYP2C9 как предиктор распределения лекарств у людей». Методы и результаты экспериментальной и клинической фармакологии . 26 (6): 463–72. PMID 15349140 . 
  30. ^ Янас K, Цукахар S, Mitsuhashi J, Сугимото Y (март 2006). «Функциональные SNP белковых терапевтических эффектов устойчивости к раку молочной железы и разработка ингибиторов». Письма о раке . 234 (1): 73–80. DOI : 10.1016 / j.canlet.2005.04.039 . PMID 16303243 . 
  31. ^ Батлер, Мерлин Г. (2018). «Фармакогенетика и психиатрическая помощь: обзор и комментарии» . Журнал психического здоровья и клинической психологии . 2 (2): 17–24. DOI : 10.29245 / 2578-2959 / 2018 / 2.1120 . PMC 6291002 . PMID 30556062 .  
  32. ^ Фарида M, Afzal M (апрель 2013). «Однонуклеотидный полиморфизм в общегеномной ассоциации человеческой популяции: инструмент для широкого спектра услуг» . Египетский журнал медицинской генетики человека . 14 (2): 123–134. DOI : 10.1016 / j.ejmhg.2012.08.001 .
  33. ^ Singh M, P Singh, Juneja PK, Singh S, Каур T (март 2011). «Взаимодействия SNP-SNP в гене APOE влияют на липиды плазмы при постменопаузальном остеопорозе». Международная ревматология . 31 (3): 421–3. DOI : 10.1007 / s00296-010-1449-7 . PMID 20340021 . S2CID 32788817 .  
  34. ↑ Rees A, Shoulders CC, Stocks J, Galton DJ, Baralle FE (февраль 1983 г.). «Полиморфизм ДНК, соседствующий с геном апопротеина A-1 человека: связь с гипертриглицеридемией». Ланцет . 1 (8322): 444–6. DOI : 10.1016 / S0140-6736 (83) 91440-X . PMID 6131168 . S2CID 29511911 .  
  35. Перейти ↑ Li G, Pan T, Guo D, Li LC (2014). «Нормативные варианты и заболевание: E-Cadherin -160C / A SNP в качестве примера» . Международная молекулярная биология . 2014 : 967565. дои : 10,1155 / 2014/967565 . PMC 4167656 . PMID 25276428 .  
  36. ^ Лу Ю.Ф., може Д. М., Голдстейн Д. Б., городской TJ, недель КМ, Bradrick СС (ноябрь 2015). «Структура мРНК IFNL3 реконструирована функциональным некодирующим полиморфизмом, связанным с клиренсом вируса гепатита С» . Научные отчеты . 5 : 16037. Bibcode : 2015NatSR ... 516037L . DOI : 10.1038 / srep16037 . PMC 4631997 . PMID 26531896 .  
  37. ^ Кимчи-Sarfaty С, О JM, Ким IW, Сауна ZE, Calcagno А.М., Ambudkar С.В., Готтесман М.М. (январь 2007). «Молчащий» полиморфизм в гене MDR1 изменяет субстратную специфичность » . Наука . 315 (5811): 525–8. Bibcode : 2007Sci ... 315..525K . DOI : 10.1126 / science.1135308 . PMID 17185560 . S2CID 15146955 .  
  38. ^ Аль-Хаггар М, Мадей-Пилярчик А, Козловский л, Буйницкого Ю.М., Яхья S, Абдель-Хади D, Шамс А, Ахмад N, S Хамед, Puzianowska-Kuznicka М (ноябрь 2012 года). «Новая гомозиготная мутация LMNA p.Arg527Leu в двух неродственных египетских семьях вызывает перекрывающуюся мандибулоакральную дисплазию и синдром прогерии» . Европейский журнал генетики человека . 20 (11): 1134–40. DOI : 10.1038 / ejhg.2012.77 . PMC 3476705 . PMID 22549407 .  
  39. ^ Кордовадо SK, Hendrix M, Greene CN, Mochal S, Эрли MC, Фаррел PM, Харрази M, Ханнон WH, Mueller PW (февраль 2012). «Анализ мутации CFTR и ассоциации гаплотипов у пациентов с МВ» . Молекулярная генетика и метаболизм . 105 (2): 249–54. DOI : 10.1016 / j.ymgme.2011.10.013 . PMC 3551260 . PMID 22137130 .  
  40. ^ Giegling I, Hartmann AM, Мёллер HJ, Rujescu D (ноябрь 2006). «Черты, связанные с гневом и агрессией, связаны с полиморфизмом в гене 5-HT-2A». Журнал аффективных расстройств . 96 (1–2): 75–81. DOI : 10.1016 / j.jad.2006.05.016 . PMID 16814396 . 
  41. ^ Kujovich JL (январь 2011). «Фактор V лейденской тромбофилии» . Генетика в медицине . 13 (1): 1–16. DOI : 10.1097 / GIM.0b013e3181faa0f2 . PMID 21116184 . 
  42. Перейти ↑ Morita A, Nakayama T, Doba N, Hinohara S, Mizutani T, Soma M (июнь 2007 г.). «Генотипирование триаллельных SNP с использованием TaqMan PCR». Молекулярные и клеточные зонды . 21 (3): 171–6. DOI : 10.1016 / j.mcp.2006.10.005 . PMID 17161935 . 
  43. ^ Проди Д.А., Drayna Д, Forabosco Р, Пальмас М.А., Maestrale ГБ, Пирас D, Pirastu М, Angius А (октябрь 2004 г.). «Исследование горького вкуса на генетическом изоляте сардинии подтверждает ассоциацию чувствительности к фенилтиокарбамиду с геном горького рецептора TAS2R38» . Химические чувства . 29 (8): 697–702. DOI : 10.1093 / chemse / bjh074 . PMID 15466815 . 
  44. ^ Ammitzbøll CG, Къ TR, Steffensen R, Stengaard-Pedersen K, Nielsen HJ, Thiel S, M Bøgsted, Jensenius JC (28 ноября 2012). «Несинонимичные полиморфизмы в гене FCN1 определяют лиганд-связывающую способность и сывороточные уровни M-фиколина» . PLOS ONE . 7 (11): e50585. Bibcode : 2012PLoSO ... 750585A . DOI : 10.1371 / journal.pone.0050585 . PMC 3509001 . PMID 23209787 .  
  45. ↑ Ji G, Long Y, Zhou Y, Huang C, Gu A, Wang X (май 2012). «Общие варианты в генах восстановления несоответствия, связанные с повышенным риском повреждения ДНК сперматозоидов и мужского бесплодия» . BMC Medicine . 10 : 49. DOI : 10,1186 / 1741-7015-10-49 . PMC 3378460 . PMID 22594646 .  
  46. ^ Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США. 2014. NCBI dbSNP build 142 для человека. «[DBSNP-анонс] DBSNP Human Build 142 (GRCh38 and GRCh37.p13)» . Архивировано 10 сентября 2017 года . Проверено 11 сентября 2017 .
  47. ^ Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США. 2015. NCBI dbSNP build 144 для человека. Сводная страница. «Резюме DBSNP» . Архивировано 10 сентября 2017 года . Проверено 11 сентября 2017 .
  48. ^ Glusman G, J Кабальеро, Молдина ДЕ, Гуд л, Роуч JC (ноябрь 2011 года). «Кавиар: доступная система для тестирования новинок SNV» . Биоинформатика . 27 (22): 3216–7. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btr540 . PMC 3208392 . PMID 21965822 .  
  49. ↑ Cao R, Shi Y, Chen S, Ma Y, Chen J, Yang J, Chen G, Shi T (январь 2017 г.). «dbSAP: база данных полиморфизма одной аминокислоты для обнаружения вариаций белков» . Исследования нуклеиновых кислот . 45 (D1): D827 – D832. DOI : 10.1093 / NAR / gkw1096 . PMC 5210569 . PMID 27903894 .  
  50. ^ Sachidanandam R, Weissman D, Schmidt SC, Kakol JM, Stein LD , Marth G, Sherry S, Mullikin JC, Mortimore BJ, Willey DL, Hunt SE, Cole CG, Coggill PC, Rice CM, Ning Z, Rogers J, Bentley DR, Kwok PY, Mardis ER, Yeh RT, Schultz B, Cook L, Davenport R, Dante M, Fulton L, Hillier L, Waterston RH, McPherson JD, Gilman B, Schaffner S, Van Etten WJ, Reich D, Higgins J , Дейли М.Дж., Блюменштиль Б., Болдуин Дж., Штанге-Томанн Н., Зоди М.С., Линтон Л., Лендер Э.С., Альтшулер Д. (февраль 2001 г.). «Карта вариаций последовательности генома человека, содержащая 1,42 миллиона однонуклеотидных полиморфизмов» . Природа . 409 (6822): 928–33. Bibcode : 2001Natur.409..928S . doi :10.1038 / 35057149 . PMID  11237013 .
  51. ^ «Кластерные RefSNP (rs) и другие данные, вычисляемые в доме» . Архив часто задаваемых вопросов SNP . Bethesda (MD): Национальный центр биотехнологической информации США. 2005 г.
  52. ^ JT Den Dunnen (2008-02-20). «Рекомендации по описанию вариантов последовательности» . Общество вариации генома человека . Архивировано 14 сентября 2008 года . Проверено 5 сентября 2008 .
  53. ^ ден Даннен JT, Антонаракис SE (2000). «Расширения номенклатуры мутаций и предложения для описания сложных мутаций: обсуждение» . Мутация человека . 15 (1): 7–12. DOI : 10.1002 / (SICI) 1098-1004 (200001) 15: 1 <7 :: AID-HUMU4> 3.0.CO; 2-N . PMID 10612815 . 
  54. ^ Огино S, Gulley ML, ден Dunnen JT, Уилсон РБ (февраль 2007). «Стандартная номенклатура мутаций в молекулярной диагностике: практические и образовательные проблемы» . Журнал молекулярной диагностики . 9 (1): 1–6. DOI : 10,2353 / jmoldx.2007.060081 . PMC 1867422 . PMID 17251329 .  
  55. ^ "Номенклатура вариантов последовательности" . varnomen.hgvs.org . Проверено 2 декабря 2019 .
  56. ^ Sachidanandam R, Weissman D, Schmidt SC, Kakol JM, Stein LD, Marth G, Sherry S, Mullikin JC, Mortimore BJ, Willey DL, Hunt SE, Cole CG, Coggill PC, Rice CM, Ning Z, Rogers J, Bentley DR, Kwok PY, Mardis ER, Yeh RT, Schultz B, Cook L, Davenport R, Dante M, Fulton L, Hillier L, Waterston RH, McPherson JD, Gilman B, Schaffner S, Van Etten WJ, Reich D, Higgins J , Дейли М.Дж., Блюменштиль Б., Болдуин Дж., Штанге-Томанн Н., Зоди М.С., Линтон Л., Лендер Э.С., Альтшулер Д. (февраль 2001 г.). «Карта вариаций последовательности генома человека, содержащая 1,42 миллиона однонуклеотидных полиморфизмов» . Природа . 409 (6822): 928–33. Bibcode : 2001Natur.409..928S . DOI : 10.1038 / 35057149. PMID  11237013 .
  57. ^ Альтшулер D, Pollara В.Я., Каули CR, Ван Эттен WJ, Болдуин Дж, Линтон л, Ландер ES (сентябрь 2000 г.). «Карта SNP генома человека, созданная с помощью секвенирования дробовика с уменьшенным представлением». Природа . 407 (6803): 513–6. Bibcode : 2000Natur.407..513A . DOI : 10.1038 / 35035083 . PMID 11029002 . S2CID 2066435 .  
  58. ^ Drabovich А.П., Крылов С.Н. (март 2006). «Идентификация пар оснований в однонуклеотидных полиморфизмах с помощью опосредованного белком MutS капиллярного электрофореза». Аналитическая химия . 78 (6): 2035–8. DOI : 10.1021 / ac0520386 . PMID 16536443 . 
  59. ^ Griffin TJ, Смит Л. (июль 2000). «Генетическая идентификация с помощью масс-спектрометрического анализа однонуклеотидных полиморфизмов: тройное кодирование генотипов». Аналитическая химия . 72 (14): 3298–302. DOI : 10.1021 / ac991390e . PMID 10939403 . 
  60. ^ Тахир Т, Кукит У, Higasa К, Оказаки Y, Yoshinaga А, Hayashi К (2009). «Оценка частот аллелей SNP с помощью SSCP анализа объединенной ДНК». Полиморфизмы одиночных нуклеотидов . Методы молекулярной биологии. 578 . С. 193–207. DOI : 10.1007 / 978-1-60327-411-1_12 . ISBN 978-1-60327-410-4. PMID  19768595 .
  61. ^ Malhis N, Джонс SJ, Gsponer J (апрель 2019). «Улучшенные меры для эволюционного сохранения, которые используют расстояния таксономии» . Nature Communications . 10 (1): 1556. Bibcode : 2019NatCo..10.1556M . DOI : 10.1038 / s41467-019-09583-2 . PMC 6450959 . PMID 30952844 .  
  62. ^ Навар Малхис; Мэтью Джейкобсон; Стивен Дж. М. Джонс; Йорг Гспонер (2020). «СПИСОК-S2: Сортировка на основе таксономии вредных бессмысленных мутаций между видами» . Исследования нуклеиновых кислот . 48 (W1): W154 – W161. DOI : 10.1093 / NAR / gkaa288 . PMC 7319545 . PMID 32352516 .  
  63. ^ "Просмотр SNPViz - Визуализация SNP в белках" . genomicscomputbiol.org . Проверено 20 октября 2018 .
  64. ^ Ofoegbu TC, Дэвид А., Келли Л.А., Мезулис С., Ислам С.А., Мерсманн С.Ф. и др. (Июнь 2019). "PhyreRisk: динамическое веб-приложение для объединения геномики, протеомики и трехмерных структурных данных для руководства интерпретацией генетических вариантов человека" . Журнал молекулярной биологии . 431 (13): 2460–2466. DOI : 10.1016 / j.jmb.2019.04.043 . PMC 6597944 . PMID 31075275 .  
  65. ^ Ittisoponpisan S, ислам SA, Кханна T, Alhuzimi E, Дэвид A, Штернберг MJ (май 2019). «Могут ли предсказанные трехмерные структуры белка дать надежную информацию о том, связаны ли несмысловые варианты с заболеванием?» . Журнал молекулярной биологии . 431 (11): 2197–2212. DOI : 10.1016 / j.jmb.2019.04.009 . PMC 6544567 . PMID 30995449 .  

Дальнейшее чтение [ править ]

  • «Глоссарий» . Обзоры природы .
  • Информация о проекте "Геном человека" - информационный бюллетень SNP

Внешние ссылки [ править ]

  • Ресурсы NCBI - Введение в SNP от NCBI
  • The SNP Consortium LTD - поиск SNP
  • База данных NCBI dbSNP - «центральное хранилище для замен одноосновных нуклеотидов и коротких делеций и вставок полиморфизмов»
  • HGMD - База данных мутаций генов человека, включает редкие мутации и функциональные SNP.
  • GWAS Central - центральная база данных итоговых результатов генетических ассоциаций
  • Проект 1000 Genomes - Глубокий каталог генетических вариаций человека
  • WatCut - онлайн-инструмент для разработки анализов SNP-RFLP
  • SNPStats - SNPStats, веб-инструмент для анализа исследований генетических ассоциаций
  • Restriction HomePage - набор инструментов для рестрикции ДНК и обнаружения SNP, включая дизайн мутагенных праймеров
  • Информационный бюллетень по концепциям рака Американской ассоциации исследований рака по SNP
  • PharmGKB - База знаний по фармакогенетике и фармакогеномике, ресурс для SNP, связанных с лекарственным ответом и исходами заболевания.
  • GEN-SNiP - онлайн-инструмент для определения полиморфизмов в тестовых последовательностях ДНК.
  • Правила номенклатуры генов, генетических маркеров, аллелей и мутаций у мышей и крыс
  • Руководство HGNC по номенклатуре генов человека
  • Предиктор эффекта SNP с интеграцией галактик
  • Open SNP - портал для обмена результатами собственных тестов SNP
  • dbSAP - база данных SNP для обнаружения вариаций белков