Эта статья опубликована в рецензируемом журнале PLOS Genetics (2019). Щелкните, чтобы просмотреть опубликованную версию.
Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

А вирусные квазивид являются структурой популяции от вирусов с большим числом вариантов геномов (связанным с мутациями). Квазивиды являются результатом высокой скорости мутаций, поскольку мутанты возникают постоянно, и их относительная частота изменяется по мере репликации и отбора вирусов .

Теория предсказывает, что квазивиды вируса на низком, но эволюционно нейтральном и сильно связанном (то есть плоском) участке ландшафта приспособленности будут вытеснять квазивиды, расположенные на более высоком, но более узком пике приспособленности, в котором окружающие мутанты непригодны. [1] [2] Это явление было названо «эффектом квазивидов» или, в последнее время, «выживанием самых плоских». [3]

Термин квазивиды был заимствован из теории происхождения жизни, в которой примитивные репликоны состояли из мутантных распределений, что было обнаружено экспериментально с современными РНК-вирусами внутри их хозяина . [4] [5] Теория предоставила новое определение дикого типа при описании вирусов и концептуальную основу для интерпретации адаптивного потенциала РНК-вирусов, которая контрастировала с классическими исследованиями, основанными на консенсусных последовательностях .

Модель квазивиды наиболее применимо , когда размер генома ограничена и частота мутаций высока, и поэтому является наиболее актуальным для РНК - вирусов ( в том числе важных патогенов ) , поскольку они имеют высокую частоту мутаций (приблизительно одна ошибка на раунд репликации) , [6 ], хотя эти концепции могут применяться к другим биологическим объектам, таким как вирусы с обратной трансляцией ДНК, такие как гепатит B. [7] В таких сценариях сложные распределения близкородственных вариантных геномов подвергаются генетической изменчивости , конкуренции и отбору и могут действовать как единое целое. выбора. Следовательно, эволюционная траектория вирусной инфекции не может быть предсказана исключительно на основе характеристик наиболее подходящей последовательности. Высокая частота мутаций также устанавливает верхний предел, совместимый с наследуемой информацией. Преодоление такого предела приводит к исчезновению РНК- вируса , переходу, который лежит в основе противовирусного дизайна, называемого летальным мутагенезом , и имеет отношение к противовирусной медицине.

Актуальность квазивидов в вирусологии была предметом широких дискуссий. Однако стандартные клональные анализы и методологии глубокого секвенирования подтвердили наличие множества мутантных геномов в вирусных популяциях и их участие в адаптивных процессах .

История [ править ]

Уравнения являются математическим выражением основных понятий, вытекающих из теории квазивидов. Первое уравнение описывает изменение концентрации молекулы i как функцию параметров репликации и ее производство другими молекулами того же ансамбля. Второе уравнение - это отношение порога ошибки, указывающее максимальный объем информации ( max ) и максимальную среднюю частоту ошибок p max (p = 1-q; q - точность копирования) для поддержания генетической информации. Термины определены в поле справа. Ниже представлен развивающийся спектр мутантов (с мутациями, представленными в виде символов на геномах) с инвариантной консенсусной последовательностью. [8] Адаптировано из. [9]

Теория квазивидов была разработана в 1970-х годах Манфредом Эйгеном и Питером Шустером для объяснения самоорганизации и адаптируемости примитивных репликонов (термин, используемый для обозначения любой реплицирующейся сущности) как компонента гиперциклических организаций, которые связывают генотипическую и фенотипическую информацию в качестве одного из компонентов. важный шаг в зарождении жизни. [10] [8] Теория изображает популяции ранних репликонов как организованные мутантные спектры, в которых доминирует мастер-последовательность, наделенная самой высокой приспособленностью.(репликативная способность) в распределении. Он ввел понятие мутантного ансамбля как единицы отбора, тем самым подчеркивая важность внутрипопуляционных взаимодействий для понимания реакции на селективные ограничения . Одним из его следствий является отношение порога ошибки , которое отмечает максимальную скорость мутации, при которой основная (или доминантная) последовательность может стабилизировать мутантный ансамбль. Нарушение порога ошибки приводит к потере доминирования главной последовательности и дрейфу совокупности в пространстве последовательностей . [8] [11] [12] [13]

Основные концепции квазивидов описываются двумя фундаментальными уравнениями: репликация с созданием ошибочных копий и пороговое отношение ошибки. Они отражают две основные характеристики РНК-вирусов на уровне популяции: наличие мутантного спектра и неблагоприятное влияние увеличения частоты мутаций на выживаемость вируса, каждое из которых имеет несколько производных.

Поток концептуальных выводов теории квазивидов для вирусных популяций и некоторые биологические последствия.

Существование мутантного спектра сначала было экспериментально подтверждено клональным анализом популяций РНК-бактериофага Qβ , репликация которых была инициирована единственной вирусной частицей. Индивидуальные геномы отличались от согласованной последовательности в среднем от одной до двух мутаций на индивидуальный геном. [14] Пригодность биологических клонов была хуже, чем у родительской неклонированной популяции, различие также документально подтверждено для вируса везикулярного стоматита (VSV). [15] репликативная способностьансамбля популяций не обязательно должны совпадать с его отдельными компонентами. Открытие того, что вирусная популяция представляет собой по существу пул мутантов, произошло в то время, когда мутации в общей генетике считались редким явлением, и вирусологи связывали вирусный геном с определенной нуклеотидной последовательностью , что до сих пор подразумевается в содержимом банков данных . [16] Облачная природа Qβ понималась как следствие его высокой скорости мутаций, рассчитанной из 10 -4 мутаций, вводимых на один скопированный нуклеотид, [17] вместе с толерантностью.отдельных геномов, чтобы принять неопределенную долю вновь возникающих мутаций, несмотря на затраты на приспособленность. Частота ошибок, оцененная для бактериофага Qβ, была подтверждена и сопоставима со значениями, рассчитанными для других РНК-вирусов. [6] [18]

Высокая частота мутаций и квазивиды были подтверждены для других РНК-вирусов на основе анализа вирусных популяций путем молекулярного или биологического клонирования и анализа последовательностей отдельных клонов. Джон Холланд и его коллеги были первыми, кто осознал, что быстро развивающийся мир РНК, внедренный в биосферу на основе ДНК, имеет множество эволюционных и медицинских последствий. [15] [19] [20] [21] Пластичность генома РНК-вирусов подозревалась в течение многих десятилетий. Ключевыми ранними наблюдениями были вариации вирусных признаков, описанные Финдли в 1930-х годах, исследования Граноффа по изменению морфологии бляшек вируса болезни Ньюкасла или высокая частота конверсий между лекарственной устойчивостьюи зависимость от вируса Коксаки A9 , среди других исследований с вирусами животных и растений в середине 20-го века. [22] В контексте современных знаний мы понимаем, что эти наблюдения фенотипических изменений были верхушкой айсберга чрезвычайно сложной реальности вирусных популяций. РНК-вирусы характеризуются высокой частотой мутаций и популяционной гетерогенностью, что имеет последствия для вирусного патогенеза и борьбы с вирусными заболеваниями. Подробные исследования по динамике квазивиды в естественных условиях были проведены с вирусом иммунодефицита человека типа 1 (ВИЧ-1) и вируса гепатита С . [9] [23] [24]

Текущая область [ править ]

Первая математическая формулировка квазивидов была детерминированной; он предполагал установившееся распределение мутантов в генетическом равновесии без нарушений, вызванных изменениями окружающей среды или размера популяции . [25] Эти условия являются общими для первоначальных теоретических формулировок сложных явлений, поскольку они придают математическую управляемость. С тех пор было разработано несколько расширений теории для неравновесных условий со стохастическими компонентами с целью поиска общих решений для многопиковых ландшафтов пригодности . Эти цели приближают квазивиды к реальному случаю РНК-вирусов, которые вынуждены иметь дело с резкими изменениями в размере популяции и окружающей среде. [26]Исследования квазивидов проходили по нескольким теоретическим и экспериментальным направлениям, которые включают продолжающиеся исследования эволюционной оптимизации и происхождения жизни, взаимодействия РНК-РНК и репликаторных сетей, порога ошибки в ландшафтах изменчивой приспособленности, рассмотрение химического мутагенеза и механизмов корректуры, эволюции опухолевые клетки , бактериальные популяции или стволовые клетки , хромосомная нестабильность , устойчивость к лекарственным средствам, а также распределения конформации в прион (класс белков с конформационным-зависимым патогенным потенциалом; в этом случае квазивид определяются распределением конформации). [9] [27]Новые данные в экспериментальных исследованиях квазивидов были получены благодаря глубокому секвенированию для исследования вирусных и клеточных популяций, распознаванию взаимодействий в мутантных спектрах, моделям динамики вирусной популяции, связанной с прогрессированием заболевания и передачей патогенов, а также новым учениям, полученным на основе вариантов верности вирусов. [27] Здесь мы суммируем основные аспекты динамики квазивидов и недавние разработки, имеющие отношение к эволюции и патогенезу вирусов.

Динамическая неоднородность [ править ]

Молекулярной основой высоких показателей ошибок является ограниченная точность копирования матрицы РНК-зависимых РНК-полимераз (RdRps) и РНК-зависимых ДНК-полимераз (также называемых обратными транскриптазами, RT). Кроме того, эти ферменты не могут быть проверены при проверке [28], потому что им не хватает 3'-5'- экзонуклеазного домена, присутствующего в репликативных клеточных ДНК-полимеразах. [29] Кроме того, пути пострепликативной репарации, многочисленные для коррекции генетических повреждений в реплицирующейся клеточной ДНК, оказываются неэффективными для двухцепочечных РНК или гибридов РНК-ДНК. Наличие корректора-исправления у коронавирусов увеличивает точность их копирования примерно в 15 раз. [30]Эта и другие репарационные активности, которые могут действовать на стандартные РНК или ретровирусные геномы, [31] [32] [33] [34] , не предотвращают формирование мутантных спектров, хотя их амплитуда может быть ниже, чем для других РНК-вирусов, при реже всего в популяциях, близких к клональному (единичный геном) по происхождению. Квазивидовая динамика будет действовать в любой вирусной или клеточной системе, в которой из-за высокой скорости мутаций (в результате полимераз нуклеиновых кислот низкой точности или изменений окружающей среды) быстро генерируются мутантные спектры. [9] [35] [36] [37] [38] [39]

Исследования с различными системами вирус-хозяин позволили установить некоторые общие наблюдения за механизмами генерации мутантов и последствиями динамики квазивидов. [9] [40] [41] [42] [43] [44] [45] [46] [47] [48] [49] В генетике РНК-вирусов, когда мы говорим о «мутанте» », мы имеем дело с облако мутантов, в которых конкретная мутация, на которую мы обращаем внимание, присутствует во всех (или в подавляющем большинстве) индивидуальных геномах. Не существует такого понятия, как вирус дикого типа или мутантный вирус. Они всегда тучи мутантов. Изменения в относительном преобладании компонентов мутантных спектров особенно сильны во время in vivo. инфекции со сложной динамикой неоднородности и вариаций внутри хозяина. Биоинформационные процедуры были разработаны , чтобы раскрыть взаимосвязь между различным , но тесно связанными типами генома , которые могут предложить некоторый иерархический порядок приобретения мутаций или идентификацию кластеров передачи (примеры Р artition НАЛИЗ Q uasispecies, PAQ [50] или ЦУЙТЕ asispecies E Volution , N etwork на основе Т ransmission В Ference, КВЕНТИН [51] ).

Фенотипические резервуары [ править ]

После выделения от инфицированного хозяина (средние прямоугольники) образец вируса можно адаптировать к культивируемым клеткам и подвергнуть переносу большой популяции или узкому горлышку (левое поле) или адаптировать к другому хозяину in vivo (правое поле). Соответствующие адаптивные мутации выделены цветными символами.

Суть вопроса, касающегося квазивидов, заключается в том, что в любой момент времени вирусная популяция включает резервуар не только генотипических, но и фенотипических вариантов, наделяя популяцию некоторой адаптивной плюрипотентностью . Накопление лабораторных и клинических данных делает невозможным исключение меньших компонентов мутантных спектров на том основании, что они нейтральны . Они могут участвовать в избирательных процессах и не могут быть исключены из интерпретации поведения вирусов. Вариация всегда включает точечные мутации, а также может включать рекомбинацию (в ее репликативном и нерепликативном режимах) иреассортация сегментов генома . [41] Все способы молекулярной вариации совместимы, ограничены только объемом механизмов, доступных репликативному аппарату, и необходимостью сохранения функциональности вирусных геномов. Дэвид Эванс и его коллеги идентифицировали множество событий рекомбинации, связанных с репликацией энтеровирусов , и лишь несколько рекомбинантов смогли продолжить репликацию. [52] Рекомбинация может опосредовать адаптивность и вирулентность . [53] Высокие показатели мутаций и рекомбинации привели к концептуальному различию между механически неизбежными и эволюционно значимыми вариациями в связи с проблемой клональной и неклональной природыэволюция вирусов ( эволюция микробов в целом). [54] [55] Только небольшая часть возникающих вариаций во время репликации может быть успешно размножена. В пределах, установленных биологическими ограничениями , каждая популяция состоит из массива вариантных геномов, общее количество которых соизмеримо с размером популяции вируса. Заражение растения, животного или клеточной культуры 10 3 инфекционными единицами может иметь совершенно иные последствия, чем заражение 10 10 инфекционными единицами, не только из-за защиты хозяина.системы могут быть подавлены высокой инфекционной дозой, но также и потому, что репертуар мутантов, участвующих в адаптивных исследованиях, шире. Часть вариантов мутантного спектра, изолированно или в консорциуме с другими [56], может работать лучше, чем другие члены той же популяции, в случае изменения окружающей среды. Селективное давление способствует репликации одних компонентов мутантного спектра по сравнению с другими, несмотря на то, что все они связаны между собой мутациями. Дифференциальная производительность может быть на уровне вирусных геномов (во время репликации, внутриклеточной экспрессии генов , взаимодействия с факторами хозяина и т. Д.) Или вирусных частиц (для термостабильности, входа или выхода изклетки, чтобы противостоять нейтрализующим антителам и т. д.). [21] [9] [22] [23] [24] [41] [42] [43] Адаптивность РНК-вирусов связана с параметрами, которые облегчают исследование пространства последовательностей: размер генома (от 1,8 до 33 КБ), размер популяции (варьируется, но может достигать впечатляющих 10 12 индивидуальных геномов у инфицированного хозяина в данный момент времени), скорость репликации, скорость мутаций, плодовитость (выход вирусных частиц на клетку) и количество мутаций, необходимых для фенотипического изменения (удивительно низкое по нескольким актуальным признакам [57] ).

Динамика мутантного спектра описывалась по-разному, и мы выбрали тот, который охватывает частые события в естественных популяциях и исследованиях, такие как выделение вируса от инфицированного хозяина, адаптация к культуре клеток для исследований экспериментальной эволюции или адаптация к альтернативным хозяевам. in vivo. Реальность еще более сложна, учитывая большие размеры популяции, с неопределенной долей геномов, активно реплицирующихся в любой момент времени (иногда приравниваемой к эффективному размеру популяции в общей генетике) и несущих множественные мутации в геноме. Сценарии, предлагаемые текущими экспериментальными данными, бросают вызов нашему воображению. Относительная частота отдельных мутаций колеблется при непрерывном исследовании пространства последовательностей, [58] [59] [9]при этом фенотипические изменения (не только генотипические изменения) происходят гораздо чаще, чем считалось ранее. Дизайн экспериментальной эволюции , состоящий из передачи вирусных популяций в течение длительных периодов времени (много последовательных инфекций), часто чрезвычайно показателен. В случае вируса ящура (FMDV) такая конструкция привела к замечательной фенотипической диверсификации на субпопуляции колонизаторов и конкурентов, которые модулировали вирулентность ансамбля мутантов. [60] В случае вируса гепатита С такая конструкция раскрыла непрерывные волны мутаций и более точное понимание типов ландшафтов пригодности, занятых вирусами высокой пригодности. [59] [61]

Ограничения и неопределенности [ править ]

Нуклеотидная последовательность отдельного генома из популяции (независимо от степени сложности популяции) может быть определена либо после события биологического или молекулярного клонирования, либо путем глубокого секвенирования целых вирусных геномов таким образом, чтобы мутационная связь ( отнесение различных мутаций к одной и той же молекуле генома). Каждая из этих процедур подразумевает некоторые ограничения: биологическое клонирование может смещать представление в пользу инфекционных геномов, в то время как молекулярное клонирование может вводить в анализ неинфекционные (дефектные) геномы. [21] [57] [58]Описание квазивидов полного генома все еще технически сложно из-за артефактического введения мутаций. Большинство современных платформ глубокого секвенирования дают последовательности коротких считываний для данного ампликона (анализируемая последовательность); меньшие мутации в ампликоне не могут быть надежно связаны с мутациями в другом ампликоне того же генома; в лучшем случае могут быть предложены статистические выводы о связи. Несмотря на эти ограничения, контрольные эксперименты и усовершенствования биоинформатических процедур подтверждают, что большая часть гетерогенности последовательностей, проанализированных в вирусных популяциях, действительно отражает различия в естественных популяциях матриц. Если мутационная связь может быть решена на рутинной основе, новая волна молекулярной информации, относящейся к эпистатическим взаимодействиям, войдет в картину.

Есть дополнительные уровни неопределенности в последовательном анализе вирусных популяций, в особенности тех, которые реплицируются in vivo. Компоненты мутантного спектра, представленные в данный момент времени в образце, взятом для секвенирования, могут отличаться от таковых в следующий момент времени, либо из-за неопределенностей выборки, либо из-за истинных колебаний частот генома. Неоправданно принимать грубое сходство, потому что даже единичная мутация в данном контексте последовательности может повлиять на биологические свойства. [9] По словам Джона Холланда и его коллег: «Важно помнить, что каждый рой геномов квазивидов у инфицированного человека уникален и« новый »в том смысле, что никогда не существовало идентичной популяции геномов раньше и не будет. когда-либо существовать снова ». [62]Помимо мимолетного характера любого распределения мутантов, стандартные методы, доступные для характеристики квазивидов, обеспечивают геномные последовательности меньшинства популяции (оцениваемые от 10-8 до 10-13 для молекулярного клонирования-секвенирования по Сэнгеру и от 10-6 до 10 -11 для глубокого секвенирования). [57] Мы можем иметь только приблизительное представление о вирусных популяциях и их динамике, что подтверждается многими экспериментальными исследованиями. [14] [19] [9] [42] [43] [57] [59] [63]

Дескрипторы, не основанные на консенсусе [ править ]

Пункты, изложенные в предыдущих разделах, полностью оправдывают обращение к аналитическим инструментам в отношении спектра мутантов, а не игнорирование его или рассмотрение его наличия как побочного вопроса. Использование согласованных последовательностей для описания генома изолята вируса, несмотря на то, что оно оправдано трудностями передачи информации, обобщенной в мутантном спектре, размывает и ослабляет биологические интерпретации. Экспериментальные результаты показали, что геномы меньшинства из мутантного спектра (которые не могут быть идентифицированы путем изучения согласованной последовательности) могут включать мутации, которые придают устойчивость к противовирусным ингибиторам , нейтрализующим антителам или цитотоксическим Т-клеткам или которые могут изменять способность индуцировать интерферон.(IFN) или для ответа на IFN, вирулентность или стабильность частиц, среди других фенотипических признаков. [9] [41] [45] [59] [63] [64] [65] [66] Спектры мутантов также могут опосредовать циклическую адаптацию к различным типам клеток. [40] Спектр мутантов определяет консенсус, но консенсус - это абстракция; он не может быть представлен в населении. Многие события в вирусном патогенезе и эволюции происходят из-за модификаций или взаимодействий мутантного спектра, которые нельзя правильно интерпретировать только на основе согласованных последовательностей. [14] [9] [21] [22] [27] [40] [39] [42] [43] [52] [53][56] [59] [62]

Коллективный ответ [ править ]

Спектры мутантов - это не просто совокупность мутантов, действующих независимо. Они часто участвуют в коллективных ответах двух основных типов: те, которые зависят от наличия наборов вариантов, и те, которые полагаются на внутримутантные спектральные взаимодействия.

Варианты, которые стимулируют реакцию на выборочные ограничения [ править ]

Поведение реконструированных квазивидов [ править ]

В некоторых случаях широкого отбора (очень сильный отбор по признаку) индивидуум (или ограниченное количество особей), который кодирует сигнатуры, склонные к отбору, может приблизиться к доминированию, став основателем мутантного облака (из-за образования облака). присуще репликации). Условия для доминирования (в данном случае в ответ на отбор) заключаются в том, что геном чувствует избирательный охват и что его репликация в новой селективной среде разрешена. В остальных случаях отбирается коллекция мутантов. Это было проиллюстрировано на квазивидах ящура, реконструированных в лаборатории с множеством антигенных вариантов (каждый с низкой частотой), которые принадлежали к двум разным категориям и имели общую устойчивость к одному и тому же моноклональному антителу . [67]В одну категорию вошли мутанты с аминокислотной заменой, которая влияет на распознавание рецептора (поскольку антигенная детерминанта перекрывается с рецептором интегрина).сайт признания); в другой категории замены затронули антигенную детерминанту, но не сайт узнавания рецептора. Пассажи вируса в отсутствие моноклонального антитела приводили к доминированию антигенных вариантов, которые сохраняли способность распознавания рецептора, но доминантные варианты были окружены облаком мутантов другой категории антигенных вариантов. Напротив, пассажи в присутствии антитела приводили к отбору вариантов с измененным распознаванием рецептора, окруженных облаком антигенных вариантов, которые поддерживали распознавание рецептора. Результаты подчеркнули роль мутантных облаков в селективных событиях и раскрыли новый механизм антигенной гибкости. [67]

Память квазивидов [ править ]

Квазивидовая память - это тип молекулярной памяти, зависящий от недавней истории эволюционного происхождения и целостности мутантного спектра. [68] [69] Поиск памяти был вызван сложным поведением адаптивной системы квазивидов вируса, предполагаемым наличием основной информации (считающейся той, которая определяет вирусную идентичность), несмотря на вариации составляющих элементов (спектр мутантов). Хорошо известным примером является память в иммунной системе, которая мобилизует и расширяет меньшие компоненты в ответ на стимулы, с которыми ранее сталкивалась система. [70]В экспериментах, разработанных для выявления памяти у квазивидов вирусов, частота членов мутантного спектра увеличивалась в результате их репликации во время события отбора, которое привело их к доминированию. Когда селективное ограничение было снято, геномы памяти оставались на уровнях, которые были в 10-100 раз выше, чем базальные уровни, связанные исключительно с их генерацией в результате мутации, что подтверждено независимыми генетическими маркерами ящура и ВИЧ-1 in vivo . [68] [69] [71] [72]Таким образом, память - это зависящее от истории коллективное свойство квазивидов, которое дает избирательное преимущество для реакции на изменения окружающей среды, ранее испытанные той же самой эволюционной линией. Он может проявляться только в том случае, если спектр мутантов сохраняет свою полноту, поскольку память теряется, когда популяция подвергается событию узкого места, которое исключает меньшинства. Соответствующий пример последствий памяти имеет место в противовирусной фармакологии при повторном введении того же или родственного противовирусного агента (способного вызывать общие мутации устойчивости), использованного в предыдущем лечении. Второе вмешательство может столкнуться с устойчивыми к ингибиторам геномами памяти от более раннего лечения, что будет способствовать ускользанию вируса. [68] Это аспект, которому не уделялось должного внимания при планировании противовирусных вмешательств для пациентов, которые не прошли первое лечение и должны быть подвергнуты второму лечению.

Внутримутантные спектральные взаимодействия для интерференции, дополнения или сотрудничества [ править ]

Отдельные геномы, окруженные облаком родственных мутантов, можно либо подавить, чтобы сохранить на низкой частоте, либо помочь поддержать в популяции. Две альтернативные судьбы зависят от нескольких факторов, одним из которых является окружающий мутантный спектр на тех этапах инфекционного цикла, в которых устанавливается эффективная конкуренция между вариантами, например, внутри репликационных комплексов. Эта важная концепция была сначала выведена теоретически [11] [73], а затем была применена экспериментально с несколькими вирусами. В одном из ранних исследований Хуан Карлос де ла Торре и Джон Холланд описали подавление VSV высокой пригодности мутантными спектрами низкой приспособленности. [11]С тех пор подавляющие эффекты были задокументированы для стандартных и мутагенизированных вирусных популяций. Вот несколько примеров:

  • Подавление высокофункциональных антигенных вариантов ящура мутантами с низкой приспособляемостью, ускользающими от антител. [74]
  • Подавление вирулентного полиовируса (ПВ) аттенуированным вирусом в полиовирусных вакцинах . [64]
  • Подавление патогенного вируса лимфоцитарного хориоменгита (LCMV) (вызывающего дефицит гормона роста у мышей) с помощью непатогенных вариантов LCMV. [75]
  • Подавление ящура мутагенизированной популяцией ящура. [76]
  • Подавление ящура капсидными и полимеразными мутантами ящура. [77]
  • Подавление устойчивых к лекарствам вирусных мутантов во время противовирусной терапии. [78] [79]

Противоположностью подавлению является поддержание мутанта либо за счет благоприятного положения в ландшафте приспособленности, либо за счет взаимодействий комплементации или сотрудничества с членами мутантного спектра. Положение в фитнес-ландшафте влияет на уязвимость к мутациям, что популярно с помощью терминов «преимущество самого плоского» или «выживаемость самого плоского», указывая на то, что вариант, расположенный на вершине острого пика пригодности, имеет более высокую вероятность снижения приспособленности, поскольку результат новых мутаций, чем тот же вариант, расположенный на плато пригодности . [2] [80] [81] Выживание самого плоского также было предложено в качестве ингредиента в некоторых моделях порога ошибки. [82]

Коллективное поведение вирусов подтверждено мутантными РНК-вирусами, устойчивыми к аналогам нуклеотидов. Изучение этого класса мутантов сыграло важную роль в понимании молекулярных основ верности шаблонного копирования, а также последствий изменений верности адаптивной способности и патогенного потенциала РНК-вирусов. [83] [84] [85] В первом изученном мутанте аминокислотная замена G46S в полимеразе PV привела к примерно четырехкратному увеличению точности копирования матрицы. Эта модификация снижает адаптивность PV и инфекционный потенциал in vivo. [83] [84] Изолированный мутант не реплицировался эффективно в головном мозге восприимчивых мышей, но это имело место, когда его спектр мутантов был расширен за счетМутагенез 5-фторурацила или когда он был совмещен с PV дикого типа. [84]

Комплементация (часто возникающая, когда функциональный белок, кодируемый набором геномов, используется другим набором геномов, кодируемый белок не является функциональным), может лежать в основе некоторых коллективных реакций квазивидов, таких как приспособленность индивидов, изолированных из популяции, уступающая приспособленности квазивидов. Население. [14] [29] Комплементация была описана между двумя усеченными геномными формами ящура. [86]Геномы с внутренними делециями стали обнаруживаться после пассажа с высокой множественностью клональной популяции стандартного вируса ящура, вируса с геномом одноцепочечной одноцепочечной РНК. Инфекция была вызвана комплементацией двух усеченных форм в отсутствие стандартных полноразмерных геномов вируса ящура. Чтобы комплементация была эффективной, требовалось предварительное исследование пространства последовательностей посредством точечных мутаций. [87] Система претерпела замечательный эволюционный переход, похожий на сегментацию генома. Серьезные генетические нарушения в вирусных геномах трудно наблюдать, если такой механизм, как комплементация, не помогает в спасении девиантных геномов. Сообщалось о дополнительных примерах комплементации среди РНК-вирусов. [88] [89] [90] [41][43] Комплементация - это средство поддержания дефектных геномов на обнаруживаемой частоте в вирусных популяциях.

Было сделано различие между комплементацией и кооперацией, при которых два разных генома порождают новый фенотип через взаимодействие между двумя вариантными белками. [91] Пример сотрудничества был охарактеризован во время исследований с вирусом кори по слиянию мембран, которое необходимо для проникновения вируса в клетки. Поскольку слияние этого вируса опосредовано двумя белками, названными H и F. Усеченный H был недостаточен для слияния клеток, но активность восстанавливалась, когда усеченный H сопровождался двумя формами F, но не одной из форм по отдельности. [91]

Следовательно, комплементация, сотрудничество, интерференция и подавление могут возникать в результате взаимодействий между компонентами мутантных спектров, которые происходят из случайных мутаций. Отбор воздействует на любые наборы мутантов, которые могут дать полезный признак, чтобы превратить случайные явления в биологический смысл.

Узкие места [ править ]

Иллюстрация узких мест разной степени серьезности, определяемых различными кружками, вставленными во всю совокупность (большой прямоугольник) и внешними прямоугольниками. Символы представляют классы мутантов.

Средство прерывания участия отдельных геномов во взаимодействиях с их мутантным спектром состоит в том, чтобы рой квазивидов подвергался резкому сокращению размера популяции, изолирующему один или несколько отдельных геномов от их окружения. Такие сокращения называются узкими местами, и они играют важную роль в формировании эволюционных линий для всех видов организмов, а также для вирусов. Они часто возникают не только при передаче от хозяина к хозяину, но и внутри инфицированных хозяев [92] [93] [94] и могут нарушать положительные и отрицательные события отбора в процессах, которые трудно идентифицировать и охарактеризовать.

Резкие «узкие места» были воспроизведены с лабораторными популяциями вирусов в виде передачи от бляшки к бляшке. [95] [96] Этот дизайн служил для экспериментальной проверки работы храповика Мюллера , или снижения приспособляемости за счет необратимого включения мутаций в бесполые организмы в отсутствие компенсаторных механизмов. [97] Серийный перенос «узкого места» выявил наличие редких мутаций, не наблюдаемых в стандартных лабораторных или естественных вирусных популяциях. В отсутствие случаев принудительного возникновения узких мест такие редкие мутации были бы потеряны из-за отрицательного отбора из-за стоимости их пригодности. [98]Исследование того, как клоны ящура, ослабленные храповым механизмом Мюллера, восстанавливали репликативную пригодность, выявило несколько альтернативных молекулярных путей восстановления приспособленности. [99] Последствия этого наблюдения остались в значительной степени незамеченными, пока недавние результаты с вирусом гепатита С (ВГС) также не подтвердили доступность нескольких путей улучшения физической формы. [59] [61] Кроме того, обширное пассирование биологического клона ящура в клетках BHK-21 дало способность инфицировать несколько линий клеток человека в дополнение к ожидаемому повышению приспособленности к размножению в клетках BHK-21. [100]Таким образом, несколько линий доказательств предполагают, что улучшение приспособленности в конкретной среде может парадоксальным образом расширить фенотипический потенциал вируса. Было бы интересно исследовать, может ли целенаправленная адаптация других вирусов к определенной среде также повлечь за собой расширение разнообразия, когда многие фенотипические варианты достигают аналогичных уровней приспособленности. Если обобщить, это расширение фенотипического пространства обеспечит новую интерпретацию молекулярной основы адаптации и объяснит, почему адаптация к альтернативной среде может не вести к ослаблению .

Лишение отдельного вируса возможного подавления, дополнения или сотрудничества может представлять собой освобождение для начала нового эволюционного процесса или приговор к исчезновению. При освобождении от подавления изолированный геном должен реплицироваться и быть в состоянии реконструировать мутантное облако, чтобы восстановить способность к адаптации. Это привело к предположению, что высокая частота мутаций способствовала восстановлению такого мутантного спектра после возникновения узких мест. Другие модели приписывают высокую частоту мутаций адаптивной оптимизации, независимой от узких мест, или механистическим последствиям быстрой репликации. [57]Каким бы ни было их изначальное происхождение, высокая частота мутаций служит цели адаптации во многих обстоятельствах, а не только в случае возникновения узких мест. Вирус-основатель может привнести другой фенотип в последующую эволюцию. Эволюцию вирусов в природе и как возбудителей болезней можно рассматривать как последовательность изменений спектра мутантов, подверженных расширению и уменьшению размера популяции в непрерывном взаимодействии положительного и отрицательного отбора и случайного дрейфа. В то время как краткосрочная (например, внутрихозяйственная) эволюция наблюдаема и поддается измерению, вирусы могут казаться относительно статичными в долгосрочной перспективе в течение десятилетий (как это видно на антигенных вариантах ящура [101] ) или дольше. Эволюция внутри хозяина, как правило, происходит быстрее, чем эволюция между хозяевами, что подтверждено вирусами [9]и другие биологические системы. [102] Очевидная инвариантность может быть результатом отбора на долгосрочное выживание популяций, которые ранее лихорадочно тестировали эволюционные результаты в краткосрочных процессах. [57]

Вирусное заболевание [ править ]

Вскоре после того, как квазивиды были обнаружены для вирусов, некоторые медицинские последствия стали очевидными. [19] [103] Ниже приведены некоторые конкретные и общие моменты. [9] [42] [65] [27]

  • Высокая частота мутаций и популяционная гетерогенность наделяют вирусы способностью избегать иммунного давления (в том числе вызванного вакцинацией ) и антивирусными ингибиторами, используемыми в терапии. Это открытый вопрос, может ли вакцинация способствовать долгосрочному развитию антигенных детерминант.
  • Вакцины с ослабленной РНК-вирусом могут превращаться в вирулентные формы. РНК-вирусы, выделяемые в природе для борьбы с вредителями, могут мутировать в новые фенотипы.
  • Аттенуация и вирулентность вируса зависят от генетических признаков вируса. Вариантные формы данного вируса могут проявлять повышенную вирулентность или атипичное заболевание.
  • Компоненты мутантного спектра могут демонстрировать другой клеточный тропизм или диапазон хозяев, чем большинство геномов в той же популяции, с последствиями для возникновения и повторного возникновения вирусного заболевания.
  • На патогенез вирусов влияют микроэволюционные процессы, при которых одни вирусные субпопуляции заменяются другими для сохранения или вторжения в новые типы клеток, тканей или органов.
  • Чем больше размер активно реплицирующейся (эффективной) популяции и скорость репликации, тем эффективнее исследование пространства последовательностей для фенотипических расширений, которые способствуют выживанию и устойчивости.
  • Существует связь между четырьмя параметрами, которые характеризуют вирусы во время инфекционных процессов: скорость репликации (скорость, с которой вирусная РНК или ДНК синтезируется внутриклеточно для производства вирусного потомства), вирусная нагрузка (общее количество вируса, определенное количественно в инфицированном хозяине или компартменте хозяина. ), генетическая гетерогенность и репликативная приспособленность (выход инфекционных частиц, которые могут способствовать следующему поколению). Они могут влиять на прогрессирование заболевания, и любой из них может быть выбран для борьбы с заболеванием.

Во всех взаимодействиях, ведущих к болезни, клетки-хозяева индивидуально и как группы в тканях и органах играют решающую роль. Последствия вирусной инфекции всегда зависят от хозяина. Однако сам вирус представляет собой серьезную проблему, с которой помогает более глубокое понимание динамики квазивидов. [27]

Антивирусные стратегии [ править ]

Растет мнение о том, что дарвиновские принципы должны помочь в планировании антивирусных разработок. [104] Цель вакцинации - вызвать защитную реакцию, которая предотвращает репликацию вируса или заболевание. Целью противовирусного фармакологического вмешательства является подавление репликации вируса, чтобы дать иммунной системе возможность избавиться от вируса. Проще говоря, прямая опасность для вакцинации и лечения состоит в том, что вирус может ускользнуть в результате отбора мутантов, устойчивых к компонентам защиты, запускаемым вакциной, или к ингибиторам, вводимым извне. Это привело к нескольким предложениям по борьбе с вирусными заболеваниями, которые можно кратко изложить ниже. [57]

Воздействие вакцины на множественные В-клеточные и Т-клеточные эпитопы [ править ]

Вакцины должны включать репертуар В-клеточных и Т-клеточных эпитопов, чтобы вызывать достаточный иммунный ответ . Широкий ответ должен минимизировать отбор ускользающих мутантов, которые могут присутствовать в качестве неосновных компонентов в мутантных спектрах, что неоднократно подтверждалось экспериментально. [9] [21] [43] [68] В современных типах доступных вакцин те, которые лучше всего соответствуют требованиям множественных эпитопов, находятся в порядке ожидаемой эффективности для обеспечения защиты от вирусов с высокой вариабельностью: аттенуированный > инактивированный цельный вирус > несколько экспрессируемых белков> один экспрессированный белок >множественные синтетические пептидные антигены > единственный пептидный антиген. Нехватка эффективных синтетических вакцин против РНК-вирусных патогенов, несмотря на огромные научные и экономические усилия, является отражением основных проблем.

Комбинированные противовирусные препараты [ править ]

Следует избегать противовирусной монотерапии (использование одного противовирусного средства). Следующие рекомендации были сделаны и в некоторых случаях успешно реализованы:

  • Ингибиторы, используемые в комбинации, должны быть нацелены на продукты различных вирусных генов.
  • Разделение лечения на два этапа: первый - индукционный, а второй - поддерживающий. Лекарства, вводимые на двух этапах, должны быть разными.
  • Нацеливание на клеточные функции, необходимые для жизненного цикла вируса.
  • Использование препаратов, стимулирующих врожденный иммунный ответ (например, ингибиторов ферментов, участвующих в биосинтезе пиримидина).
  • Совместное применение иммунотерапии и химиотерапии .
  • Смертельный мутагенез или исчезновение вируса из-за избытка мутаций, внесенных во время репликации вируса.

Эти стратегии имеют своей основной целью избежать отбора мутантов, избегающих лечения, с помощью множества селективных ограничений, которые не могут быть преодолены вирусом. [57] [105] Контроль эффективен либо потому, что исследование пространства последовательностей не может достичь требуемых множественных мутаций (даже если рекомбинация доступна), либо потому, что множественные мутации вызывают серьезные затраты на приспособленность. [105] Вакцины, вызывающие множественные эпитопы, и комбинированная терапия следуют той же стратегии, цель которой - ограничить возможные пути выхода вирусных квазивидов перед лицом подавляющего ограничения.

Смертельный мутагенез [ править ]

Смертельный мутагенез - это процесс исчезновения вируса с такой частотой ошибок, при которой вирус больше не может поддерживать свою генетическую информацию. [9] [27] [43] [57] [61] [82] [106] [107] Применение летального мутагенеза в качестве противовирусной стратегии заслуживает внимания в контексте настоящей статьи, поскольку его истоки лежат в теории квазивидов, в форма отношения порога ошибки. И порог ошибки, и летальный мутагенез в значительной степени зависят от ландшафта приспособленности, но оба могут происходить в сложных ландшафтах приспособленности, относящихся к вирусным популяциям. [82] Термин летальный мутагенез был введен Лаверенсом Лебом и его коллегами [106]и в настоящее время он широко используется для описания противовирусной активности аналогов оснований и нуклеозидов, которые увеличивают скорость вирусных мутаций. Хотя было предложено несколько моделей для объяснения исчезновения вируса за счет избыточных мутаций [82] , расширение нарушения порога ошибки является вероятным механизмом. [108] [107] Интересно, что некоторые противовирусные агенты, лицензированные для использования человеком, которые первоначально считались действующими только как ингибиторы вирусной репликации, могут фактически проявлять свою противовирусную активность против некоторых РНК-вирусов, по крайней мере частично, посредством летального мутагенеза. Это случай фавипиравира (Т-705; 6-фтор-3-гидрокси-2-пиразинкарбоксамид) и рибавирина.(1-β-D-рибофуранозил-1-H-1,2,4-триазол-3-карбоксамид), которые в настоящее время интенсивно исследуются как летальные мутагены. [107]

Защитные механизмы, основанные на модификации генома вторгшихся генетических паразитов, такие как редактирование клеточной активности, которая задействована как часть врожденного иммунного ответа ( ADAR , APOBEC , RIP и т. Д.) [109], представляют собой естественный аналог принципа, используемого в летальном мутагенезе. Применимость к патогенным клеточным элементам - реальная возможность, и летальный мутагенез для контроля опухолевых клеток - активная область исследований. [110] [111]Таким образом, признание динамики квазивидов предложило некоторые фундаментальные рекомендации по профилактике заболеваний и борьбе с ними, которые постепенно проникают в клиническую практику. Это соответствует признанной необходимости применения дарвиновских принципов для борьбы с инфекционными заболеваниями.

Порог ошибки [ править ]

Это может быть определено как «неспособность генетического элемента поддерживаться в популяции, поскольку точность его репликационного аппарата снижается выше определенного порогового значения». [112]

Теоретически, если бы частота мутаций была достаточно высокой, вирусная популяция не могла бы поддерживать генотип с наивысшей приспособленностью, и, следовательно, способность популяции адаптироваться к окружающей среде была бы нарушена. Практическое применение этой динамики - в противовирусных препаратах, использующих летальный мутагенез. Например, повышенные дозы мутагена рибавирина снижают инфекционность полиовируса. [113]

Однако эти модели предполагают, что только мутации, которые происходят в наиболее подходящей последовательности, являются вредными, и, кроме того, они не смертельны. Утверждалось, что если мы примем во внимание пагубное влияние мутаций на популяцию вариантов и тот факт, что многие мутации являются летальными, то порог ошибки исчезает, то есть наиболее подходящая последовательность всегда сохраняется. [114] [112] [115] Эмпирические данные о влиянии мутаций на вирусы редки, но, похоже, соответствуют этому сценарию. [116]

Возможные эволюционные последствия [ править ]

Это визуализация «выживания самых плоских» в эволюционной биологии. [117]

Мутационная устойчивость [ править ]

На долгосрочную эволюцию вируса можно повлиять, так как это может быть лучшей эволюционно стабильной стратегией для создания широкого квазивида с членами примерно равной приспособленности, чем наличие четко определенного `` наиболее подходящего '' единственного генотипа (с мутационными соседями, значительно меньшими). соответствовать). Это было названо «выживанием самых плоских» - имея в виду профили пригодности двух стратегий соответственно. [2]

В долгосрочной перспективе более плоский профиль приспособленности может лучше позволить квазивидам использовать изменения давления отбора , аналогично тому, как половые организмы используют рекомбинацию для сохранения разнообразия в популяции. По крайней мере, при моделировании можно показать, что более медленный репликатор может превзойти более быстрый репликатор в тех случаях, когда он более устойчив и скорость мутаций высока. [1]

Однако вопрос о том, эволюционировала ли мутационная устойчивость или присуща генетическим системам, не подтверждено, потому что основной механизм устойчивости будет зависеть от особенностей каждой системы. [3]

Сотрудничество [ править ]

Экспериментальные манипуляции с полиовирусами с целью дать им полимеразу более высокого качества - и, следовательно, снизить частоту их мутаций - показали, что эти варианты имеют более низкую патогенность, чем последовательности дикого типа . [84] Патогенность может быть восстановлена ​​применением мутагена. Это было интерпретировано как то, что более низкая частота мутаций снизила адаптивность (или широту) квазивидов. Мутантные вирусы, извлеченные из ткани мозга, сами по себе не были патогенными, и авторы предполагают, что может существовать комплементация между различными членами квазивидов, что может позволить вирусам колонизировать различные ткани и системы хозяина.

Ссылки [ править ]

Эта статья была адаптирована из следующего источника под лицензией CC BY 4.0 ( 0200 ) ( отчеты рецензента ): Эстебан Доминго; Селия Пералес (17 октября 2019 г.). «Вирусные квазивиды» . PLOS Genetics . 15 (10): e1008271. DOI : 10.1371 / JOURNAL.PGEN.1008271 . ISSN  1553-7390 . PMC  6797082 . PMID  31622336 . Викиданные  Q86320171 .

  1. ^ a b van Nimwegen E, Crutchfield JP, Huynen M (август 1999). «Нейтральная эволюция мутационной устойчивости» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 96 (17): 9716–20. arXiv : adap-org / 9903006 . Bibcode : 1999PNAS ... 96.9716V . DOI : 10.1073 / pnas.96.17.9716 . PMC 22276 . PMID 10449760 .  
  2. ^ a b c Wilke CO, Wang JL, Ofria C, Lenski RE, Adami C (июль 2001 г.). «Эволюция цифровых организмов с высоким уровнем мутаций приводит к выживанию самых плоских». Природа . 412 (6844): 331–3. Bibcode : 2001Natur.412..331W . DOI : 10.1038 / 35085569 . PMID 11460163 . S2CID 1482925 .  
  3. ^ а б Елена С.Ф., Агудело-Ромеро П., Карраско П., Кодоньер FM, Мартин С., Торрес-Барсело С., Санхуан Р. (май 2008 г.). «Экспериментальная эволюция РНК-вирусов растений» . Наследственность . 100 (5): 478–83. DOI : 10.1038 / sj.hdy.6801088 . PMC 7094686 . PMID 18253158 .  
  4. ^ Эйген М, Маккэскилл Дж, Шустер Р (1988). «Молекулярные квазивиды». Журнал физической химии . 92 (24): 6881–6891. DOI : 10.1021 / j100335a010 . hdl : 11858 / 00-001M-0000-002C-84A7-C . S2CID 96727272 . 
  5. ↑ Новак М.А. (апрель 1992 г.). «Что такое квазивид?». Тенденции в экологии и эволюции . 7 (4): 118–21. DOI : 10.1016 / 0169-5347 (92) 90145-2 . PMID 21235976 . 
  6. ^ a b Дрейк JW, Голландия JJ (ноябрь 1999 г.). «Скорость мутаций среди РНК-вирусов» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 96 (24): 13910–3. Bibcode : 1999PNAS ... 9613910D . DOI : 10.1073 / pnas.96.24.13910 . PMC 24164 . PMID 10570172 .  
  7. ^ Ле Клерк, Луи Стефан (2014-06-18). Молекулярная характеристика полногеномных последовательностей вируса гепатита В из когорты городских больниц в Претории, Южная Африка . Претория, Южная Африка: Университет Претории. OCLC 958495192 . 
  8. ^ a b c Эйген, Манфред; Шустер, Питер (1979). «Гиперцикл». Naturwissenschaften . 65 (1): 7–41. DOI : 10.1007 / bf00420631 . ISSN 0028-1042 . S2CID 1812273 .  
  9. ^ a b c d e f g h i j k l m n o Доминго Э., Шелдон Дж., Пералес С. (июнь 2012 г.). «Эволюция вирусных квазивидов» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 76 (2): 159–216. DOI : 10.1128 / MMBR.05023-11 . PMC 3372249 . PMID 22688811 .  
  10. ↑ Eigen M (октябрь 1971 г.). «Самоорганизация материи и эволюция биологических макромолекул». Die Naturwissenschaften . 58 (10): 465–523. Bibcode : 1971NW ..... 58..465E . DOI : 10.1007 / bf00623322 . PMID 4942363 . S2CID 38296619 .  
  11. ^ a b c Светина Дж., Шустер П. (декабрь 1982 г.). «Саморепликация с ошибками. Модель полинуклеотидной репликации». Биофизическая химия . 16 (4): 329–45. DOI : 10.1016 / 0301-4622 (82) 87037-3 . PMID 7159681 . 
  12. ^ Fornes Дж, Томас Ласаро Дж, Аларкон Т, Елена С.Ф., Sardanyés J (январь 2019). «Режимы репликации вирусов в условиях фитнеса с одним пиком: анализ динамических систем». Журнал теоретической биологии . 460 : 170–183. DOI : 10.1016 / j.jtbi.2018.10.007 . hdl : 2072/378023 . PMID 30300648 . 
  13. Перейти ↑ Schuster P (2016). «Квазивиды на фитнес-ландшафтах». Квазивиды: от теории к экспериментальным системам . Актуальные темы микробиологии и иммунологии . 392 . Издательство Springer International. С. 61–120. DOI : 10.1007 / 82_2015_469 . ISBN 9783319238975. PMID  26597856 .
  14. ^ a b c d Доминго Е., Сабо Д., Танигучи Т., Вайсманн С. (апрель 1978 г.). «Гетерогенность нуклеотидной последовательности популяции РНК-фага». Cell . 13 (4): 735–44. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (78) 90223-4 . PMID 657273 . S2CID 19109157 .  
  15. ^ a b Duarte EA, Novella IS, Ledesma S, Clarke DK, Moya A, Elena SF и др. (Июль 1994 г.). «Субклональные компоненты согласованной пригодности в клоне вируса РНК» . Журнал вирусологии . 68 (7): 4295–301. DOI : 10,1128 / JVI.68.7.4295-4301.1994 . PMC 236352 . PMID 8207804 .  
  16. ^ Доминго Е, Brun А, НУНЬЕС СО, Кристина Дж, Брионеса С, Escarmís С (2006-05-10). «Геномика вирусов». Патогеномика . Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA: 367–388. DOI : 10.1002 / 352760801x.ch17 . ISBN 9783527608010.
  17. ^ Batschelet E, Domingo E, Вейсман C (январь 1976). «Доля ревертантных и мутантных фагов в растущей популяции как функция мутации и скорости роста». Джин . 1 (1): 27–32. DOI : 10.1016 / 0378-1119 (76) 90004-4 . PMID 1052321 . 
  18. ^ Bradwell K, M Комб, Domingo-Calap P, Санхуан R (сентябрь 2013). «Корреляция между скоростью мутации и размером генома в рибовирусах: скорость мутации бактериофага Qβ» . Генетика . 195 (1): 243–51. DOI : 10.1534 / genetics.113.154963 . PMC 3761305 . PMID 23852383 .  
  19. ^ a b c Холланд Дж., Шпиндлер К., Городиски Ф., Грабау Е., Никол С., ВандеПол С. (март 1982 г.). «Быстрая эволюция геномов РНК». Наука . 215 (4540): 1577–85. Bibcode : 1982Sci ... 215.1577H . DOI : 10.1126 / science.7041255 . PMID 7041255 . 
  20. ^ Доминго Э, Мартинес-Салас Э, Собрино Ф, де ла Торре JC, Портела А, Ортин Дж и др. (Январь 1985 г.). «Квазивидовая (чрезвычайно гетерогенная) природа популяций вирусных РНК геномов: биологическая значимость - обзор». Джин . 40 (1): 1–8. DOI : 10.1016 / 0378-1119 (85) 90017-4 . PMID 3912262 . 
  21. ^ a b c d e Доминго Э, Холланд Дж. Дж., Алквист П. (1988). Доминго Э., Холланд Дж. Дж., Алквист П. (ред.). РНК-генетика . DOI : 10.1201 / 9781351076432 . ISBN 9781351076432.
  22. ^ a b c Голландия JJ (2006). «Переходы в понимании РНК-вирусов: историческая перспектива» . Квазивиды: понятие и значение для вирусологии . Актуальные темы микробиологии и иммунологии. 299 . Springer-Verlag. С.  371–401 . DOI : 10.1007 / 3-540-26397-7_14 . ISBN 3540263950. PMID  16568907 .
  23. ^ а б Мейерханс А., Шейнье Р., Альберт Дж., Сет М., Квок С., Снински Дж. и др. (Сентябрь 1989 г.). «Временные колебания квазивидов ВИЧ in vivo не отражаются последовательными выделениями ВИЧ». Cell . 58 (5): 901–10. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (89) 90942-2 . PMID 2550139 . S2CID 35903181 .  
  24. ^ a b Farci P (ноябрь 2011 г.). «Новые взгляды на квазивиды и компартментализацию ВГС». Семинары по болезням печени . 31 (4): 356–74. DOI : 10,1055 / с-0031-1297925 . PMID 22189976 . 
  25. ↑ Eigen M, Schuster P (ноябрь 1977 г.). «Гиперцикл. Принцип естественной самоорганизации. Часть A: Возникновение гиперцикла». Die Naturwissenschaften . 64 (11): 541–65. DOI : 10.1007 / bf00450633 . PMID 593400 . 
  26. ^ Saakian БД, Ху CK (2016). «Математические модели теории квазивидов и точные результаты для динамики». Актуальные темы микробиологии и иммунологии . Издательство Springer International. 392 : 121–39. DOI : 10.1007 / 82_2015_471 . ISBN 9783319238975. PMID  26342705 .
  27. ^ Б с д е е Domingo Е, Р Schuster, ред. (2016). Квазивиды: от теории к экспериментальным системам . Актуальные темы микробиологии и иммунологии . 392 . DOI : 10.1007 / 978-3-319-23898-2 . ISBN 978-3-319-23897-5. S2CID  19514308 .
  28. Перейти ↑ Steinhauer DA, Domingo E, Holland JJ (декабрь 1992 г.). «Отсутствие доказательств механизмов корректуры, связанных с полимеразой РНК-вируса». Джин . 122 (2): 281–8. DOI : 10.1016 / 0378-1119 (92) 90216-c . PMID 1336756 . 
  29. ^ a b Бернад А., Бланко Л., Ласаро Дж. М., Мартин Дж., Салас М. (октябрь 1989 г.). «Консервативный 3 '---- 5' активный сайт экзонуклеазы в прокариотических и эукариотических ДНК-полимеразах». Cell . 59 (1): 219–28. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (89) 90883-0 . PMID 2790959 . S2CID 23203156 .  
  30. ^ Eckerle Л.Д., Lu X, Sperry SM, Choi L, Денисон MR (ноябрь 2007). «Высокая точность репликации вируса гепатита мышей снижена у мутантов экзорибонуклеазы nsp14» . Журнал вирусологии . 81 (22): 12135–44. DOI : 10.1128 / jvi.01296-07 . PMC 2169014 . PMID 17804504 .  
  31. Перейти ↑ Nagy PD, Carpenter CD, Simon AE (февраль 1997 г.). «Новый механизм репарации 3'-конца в РНК-вирусе» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 94 (4): 1113–8. Bibcode : 1997PNAS ... 94.1113N . DOI : 10.1073 / pnas.94.4.1113 . PMC 19753 . PMID 9037015 .  
  32. ^ Bakhanashvili M (апрель 2001). «Экзонуклеолитическая корректура белком p53». Европейский журнал биохимии . 268 (7): 2047–54. DOI : 10.1046 / j.1432-1327.2001.02075.x . PMID 11277927 . 
  33. ^ Smith EC, Денисон MR (2013-12-05). «Коронавирусы как подражатели ДНК: новая модель для регуляции верности репликации РНК-вируса» . PLOS Патогены . 9 (12): e1003760. DOI : 10.1371 / journal.ppat.1003760 . PMC 3857799 . PMID 24348241 .  
  34. Перейти ↑ Smith EC, Sexton NR, Denison MR (ноябрь 2014 г.). «Мышление вне треугольника: точность репликации крупнейших РНК-вирусов». Ежегодный обзор вирусологии . 1 (1): 111–32. DOI : 10.1146 / annurev-virology-031413-085507 . PMID 26958717 . 
  35. ^ Вагнер N, Atsmon-Рац Y, Ashkenasy G (2016). «Теоретические модели обобщенных квазивидов». Актуальные темы микробиологии и иммунологии . Издательство Springer International. 392 : 141–59. DOI : 10.1007 / 82_2015_456 . ISBN 9783319238975. PMID  26373410 .
  36. ^ Шмидт Т.Т., Рейес Г., Грис К., Джейлан С.Ю., Шарма С., Меурер М. и др. (Май 2017 г.). «Инактивация GLN3 вызывает несбалансированные пулы dNTP и усиление мутагенеза» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 114 (22): E4442 – E4451. DOI : 10.1073 / pnas.1618714114 . PMC 5465912 . PMID 28416670 .  
  37. ^ Такахаши К., Секизука Т., Фукумото Х., Накамичи К., Судзуки Т., Сато Ю. и др. (Январь 2017 г.). «Идентификация глубокой последовательности и роль в репликации вируса квазивидов JC у пациентов с прогрессирующей мультифокальной лейкоэнцефалопатией» . Журнал вирусологии . 91 (1). DOI : 10.1128 / jvi.01335-16 . PMC 5165223 . PMID 27795410 .  
  38. ^ Доминго-Калап П., Шуберт Б., Джоли М., Солис М., Унтрау М., Карапито Р. и др. (Октябрь 2018 г.). «Необычно высокая скорость замены в ассоциированном с трансплантатом полиомавирусе BK in vivo дополнительно сконцентрирована в HLA-C-связанных вирусных пептидах» . PLOS Патогены . 14 (10): e1007368. DOI : 10.1371 / journal.ppat.1007368 . PMC 6207329 . PMID 30335851 .  
  39. ^ a b Санчес-Кампос S, Домингес-Уэрта G, Диас-Мартинес L, Томас DM, Навас-Кастильо J, Морионес E, Гранде-Перес A (2 июля 2018 г.). «Дифференциальная форма мутантных спектров геминивирусов среди культивируемых и диких хозяев с инвариантными вирусными консенсусными последовательностями» . Границы растениеводства . 9 : 932. DOI : 10,3389 / fpls.2018.00932 . PMC 6036239 . PMID 30013589 .  
  40. ^ a b c Donohue RC, Pfaller CK, Cattaneo R (февраль 2019 г.). «Циклическая адаптация квазивидов вируса кори к эпителиальным и лимфоцитарным клеткам: к V или не к V» . PLOS Патогены . 15 (2): e1007605. DOI : 10.1371 / journal.ppat.1007605 . PMC 6395005 . PMID 30768648 .  
  41. ^ а б в г д Агол В.И., Гмыл А.П. (июнь 2018 г.). «Экстренные службы вирусных РНК: ремонт и ремоделирование» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 82 (2): e00067-1. DOI : 10.1128 / mmbr.00067-17 . PMC 5968460 . PMID 29540453 .  
  42. ^ a b c d e Фиглерович, Магдалена; Алейска, Магдалена; Куржинская-Кокорняк, Анна; Фиглерович, Марек (23 сентября 2003 г.). «Генетическая изменчивость: ключевая проблема профилактики и лечения вирусных инфекций на основе РНК». ХимИнформ . 34 (38). DOI : 10.1002 / chin.200338243 . ISSN 0931-7597 . 
  43. ^ Б с д е е г Domingo Е, Пералес C (май 2018). «Квазивиды и вирус». Европейский биофизический журнал . 47 (4): 443–457. DOI : 10.1007 / s00249-018-1282-6 . PMID 29397419 . S2CID 13239618 .  
  44. ^ Санхуан R, Domingo-Calap P (декабрь 2016). «Механизмы вирусной мутации» . Клеточные и молекулярные науки о жизни . 73 (23): 4433–4448. DOI : 10.1007 / s00018-016-2299-6 . PMC 5075021 . PMID 27392606 .  
  45. ^ Б Lauring AS, Andino R (июль 2010). «Квазивидовая теория и поведение РНК-вирусов» . PLOS Патогены . 6 (7): e1001005. DOI : 10.1371 / journal.ppat.1001005 . PMC 2908548 . PMID 20661479 .  
  46. ^ van Boheemen S, Tas A, Anvar SY, van Grootveld R, Albulescu IC, Bauer MP, et al. (Май 2017 г.). «Квазивидовой состав и эволюция типичного клинического изолята вируса Зика из Суринама» . Научные отчеты . 7 (1): 2368. Bibcode : 2017NatSR ... 7.2368V . DOI : 10.1038 / s41598-017-02652-ш . PMC 5443807 . PMID 28539654 .  
  47. ^ ВЛОК М, Ланг А.С., Suttle CA (апрель 2019). «Квазивиды морских РНК-вирусов распространены по всему океану» . мСфера . 4 (2): e00157-19. DOI : 10.1128 / mspheredirect.00157-19 . PMC 6449609 . PMID 30944212 .  
  48. ^ Hirose Y, Onuki M, Tenjimbayashi Y, Mori S, Ishii Y, Takeuchi T и др. (Июнь 2018). «Вариации вируса папилломы человека внутри хозяина выявляют сигнатурный мутагенез APOBEC в вирусном геноме» . Журнал вирусологии . 92 (12): e00017-18. DOI : 10.1128 / jvi.00017-18 . PMC 5974501 . PMID 29593040 .  
  49. ^ Gisder S, Möckel Н, Эйзенхардт Д, Е Genersch (декабрь 2018). «Эволюция вирулентности in vivo: переключение вируса деформированного крыла между хозяевами приводит к изменениям вирулентности и сдвигам последовательности» . Экологическая микробиология . 20 (12): 4612–4628. DOI : 10.1111 / 1462-2920.14481 . PMID 30452113 . 
  50. ^ Baccam P, Thompson RJ, Федриго O, S Карпентер, Корнет JL (январь 2001). "PAQ: Разделительный анализ квазивидов" . Биоинформатика . 17 (1): 16–22. DOI : 10.1093 / биоинформатики / 17.1.16 . PMID 11222259 . 
  51. ^ Скумс П., Зеликовский А., Сингх Р., Гусслер В., Димитрова З., Князев С. и др. (Январь 2018). «КВЕНТИН: реконструкция передачи болезней по геномным данным вирусных квазивидов» . Биоинформатика . 34 (1): 163–170. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btx402 . PMC 6355096 . PMID 29304222 .  
  52. ^ a b Лоури К., Вудман А., Кук Дж., Эванс DJ (июнь 2014 г.). «Рекомбинация в энтеровирусах - это двухфазный репликативный процесс, включающий образование« неточных »промежуточных продуктов, превышающих длину генома» . PLOS Патогены . 10 (6): e1004191. DOI : 10.1371 / journal.ppat.1004191 . PMC 4055744 . PMID 24945141 .  
  53. ^ а б Сяо Ю., Рузин И.М., Бьянко С., Асеведо А., Гольдштейн Э. Ф., Фарков М. и др. (Сентябрь 2017 г.). «Рекомбинация РНК повышает адаптивность и необходима для распространения вирусов и вирулентности» . Клеточный хозяин и микроб . 22 (3): 420. DOI : 10.1016 / j.chom.2017.08.006 . PMC 5807061 . PMID 28910639 .  
  54. ^ Tibayrenc М, Айала FJ (ноябрь 2012). «Репродуктивная клональность патогенов: взгляд на патогенные вирусы, бактерии, грибы и паразитические простейшие» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 109 (48): E3305-13. DOI : 10.1073 / pnas.1212452109 . PMC 3511763 . PMID 22949662 .  
  55. Перейти ↑ Perales C, Moreno E, Domingo E (июль 2015). «Клональность и внутриклеточная полиплоидия в эволюции и патогенезе вирусов» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 112 (29): 8887–92. Bibcode : 2015PNAS..112.8887P . DOI : 10.1073 / pnas.1501715112 . PMC 4517279 . PMID 26195777 .  
  56. ^ a b Villarreal LP, Witzany G (ноябрь 2013 г.). «Переосмысление теории квазивидов: от наиболее приспособленных к совместным консорциумам» . Всемирный журнал биологической химии . 4 (4): 79–90. DOI : 10,4331 / wjbc.v4.i4.79 . PMC 3856310 . PMID 24340131 .  
  57. ^ a b c d e f g h i Доминго Э. (сентябрь 2015 г.). Вирус как популяции: состав, сложность, динамика и биологические последствия . Академическая пресса. ISBN 978-0-12-800837-9.
  58. ^ a b Асеведо А., Бродский Л., Андино Р. (январь 2014 г.). «Мутационные и фитнес-ландшафты РНК-вируса, выявленные посредством секвенирования популяции» . Природа . 505 (7485): 686–90. Bibcode : 2014Natur.505..686A . DOI : 10,1038 / природа12861 . PMC 4111796 . PMID 24284629 .  
  59. ^ Б с д е е Moreno Е, Gallego I, J, Gregori Лусия-Санс A, Soria ME, Кастро V, и др. (Май 2017 г.). «Внутреннее неравновесие и фенотипическая диверсификация во время репликации вируса гепатита С в неэволюционирующей клеточной среде» . Журнал вирусологии . 91 (10). DOI : 10.1128 / jvi.02505-16 . PMC 5411618 . PMID 28275194 .  
  60. ^ Ojosnegros S, Beerenwinkel Н, Т Антал, Новак М.А., Escarmís С, Е Доминго (февраль 2010 г.). «Конкуренция-колонизация в РНК-вирусе» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 107 (5): 2108–12. Bibcode : 2010PNAS..107.2108O . DOI : 10.1073 / pnas.0909787107 . PMC 2836666 . PMID 20080701 .  
  61. ^ a b c Гальего I, Грегори Дж., Сориа М.Э., Гарсия-Креспо С., Гарсиа-Альварес М., Гомес-Гонсалес А. и др. (Октябрь 2018 г.). «Устойчивость высокофункционального вируса гепатита С к летальному мутагенезу» . Вирусология . 523 : 100–109. DOI : 10.1016 / j.virol.2018.07.030 . PMID 30107298 . 
  62. ^ a b Голландия JJ, Де Ла Торре JC, Штайнхауэр Д.А. (1992). «Популяции РНК-вирусов как квазивиды». Актуальные темы микробиологии и иммунологии . 176 : 1–20. DOI : 10.1007 / 978-3-642-77011-1_1 . ISBN 9783642770111. OCLC  851813241 . PMID  1600747 .
  63. ^ a b Гарсия-Арриаса Дж, Охоснегрос С., Давила М., Доминго Е., Эскармис С. (июль 2006 г.). «Динамика мутации и рекомбинации в реплицирующейся популяции комплементарных, дефектных вирусных геномов». Журнал молекулярной биологии . 360 (3): 558–72. DOI : 10.1016 / j.jmb.2006.05.027 . PMID 16797586 . 
  64. ^ a b Чумаков К.М., Пауэрс Л.Б., Нунан К.Е., Ронинсон И.Б., Левенбук И.С. (январь 1991 г.). «Корреляция между количеством вируса с измененной нуклеотидной последовательностью и тестом на обезьянах на приемлемость пероральной полиовакцины» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 88 (1): 199–203. Bibcode : 1991PNAS ... 88..199C . DOI : 10.1073 / pnas.88.1.199 . PMC 50777 . PMID 1846038 .  
  65. ^ а б Голландия JJ (1992). Генетическое разнообразие РНК-вирусов . Берлин, Гейдельберг: Springer Berlin Heidelberg. ISBN 9783642770111. OCLC  851813241 .
  66. ↑ Perales C (октябрь 2018 г.). «Квазивидовая динамика и клиническое значение противовирусной устойчивости вируса гепатита С (ВГС)». Международный журнал противомикробных агентов . 56 (1): 105562. DOI : 10.1016 / j.ijantimicag.2018.10.005 . PMID 30315919 . 
  67. ^ a b Мартин V, Доминго E (август 2008 г.). «Влияние мутантного спектра на вирусную эволюцию: сфокусированный отбор антигенных вариантов в реконструированных вирусных квазивидах» . Молекулярная биология и эволюция . 25 (8): 1544–54. DOI : 10.1093 / molbev / msn099 . PMID 18436553 . 
  68. ^ а б в г Брионес К., Доминго Э (2008). «Отчет меньшинства: геномы со скрытой памятью у квазивидов ВИЧ-1 и возможные клинические последствия» . Обзоры СПИДа . 10 (2): 93–109. PMID 18615120 . 
  69. ^ a b Руис-Харабо CM, Ариас A, Барановски E, Escarmís C, Доминго E (апрель 2000 г.). «Память у квазивидов вирусов» . Журнал вирусологии . 74 (8): 3543–7. DOI : 10.1128 / jvi.74.8.3543-3547.2000 . PMC 111862 . PMID 10729128 .  
  70. ^ Фарбер DL, Netea MG, Радбрух A, Rajewsky K, Цинкернагель RM (февраль 2016). «Иммунологическая память: уроки прошлого и взгляд в будущее». Обзоры природы. Иммунология . 16 (2): 124–8. DOI : 10.1038 / nri.2016.13 . PMID 26831526 . S2CID 8000538 .  
  71. ^ Briones C, E Domingo, Молина-París C (август 2003). «Память в ретровирусных квазивидах: экспериментальные данные и теоретическая модель вируса иммунодефицита человека» . Журнал молекулярной биологии . 331 (1): 213–29. DOI : 10.1016 / s0022-2836 (03) 00661-2 . PMC 7173031 . PMID 12875847 .  
  72. ^ Arias A, Ruiz-Jarabo CM, Escarmís C, E Domingo (май 2004). «Повышение пригодности памяти геномов у квазивидов вируса». Журнал молекулярной биологии . 339 (2): 405–12. DOI : 10.1016 / j.jmb.2004.03.061 . PMID 15136042 . 
  73. ^ Эйген М, Biebricher CK (1988). Пространство последовательностей и распределение квазивидов . РНК-генетика . CRC Press. С. 211–245. DOI : 10.1201 / 9781351076449-12 . ISBN 9781351076449.
  74. ^ Borrego B, Novella IS, Giralt E, Андреу D, E Domingo (октябрь 1993). «Отчетливый репертуар антигенных вариантов вируса ящура при наличии или отсутствии иммунного отбора» . Журнал вирусологии . 67 (10): 6071–9. DOI : 10,1128 / JVI.67.10.6071-6079.1993 . PMC 238028 . PMID 7690417 .  
  75. ^ Тэн MN, Олдстоун MB, де - ла - Торре JC (сентябрь 1996). «Подавление индуцированного вирусом лимфоцитарного хориоменингита синдрома дефицита гормона роста с помощью отрицательных по болезни вариантов вируса». Вирусология . 223 (1): 113–9. DOI : 10.1006 / viro.1996.0460 . PMID 8806545 . 
  76. Перейти ↑ González-López C, Arias A, Pariente N, Gómez-Mariano G, Domingo E (апрель 2004 г.). «Прекращение вирусной РНК может влиять на инфекционность» . Журнал вирусологии . 78 (7): 3319–24. DOI : 10.1128 / jvi.78.7.3319-3324.2004 . PMC 371084 . PMID 15016853 .  
  77. Перейти ↑ Perales C, Mateo R, Mateu MG, Domingo E (июнь 2007). «Понимание спектра мутантных вирусов РНК и событий летального мутагенеза: репликационное вмешательство и комплементация множественными точечными мутантами». Журнал молекулярной биологии . 369 (4): 985–1000. DOI : 10.1016 / j.jmb.2007.03.074 . PMID 17481660 . 
  78. ^ Crowder S, Кьеркегор K (июль 2005). «Транс-доминантное ингибирование вирусной репликации РНК может замедлить рост устойчивых к лекарствам вирусов». Генетика природы . 37 (7): 701–9. DOI : 10.1038 / ng1583 . PMID 15965477 . S2CID 16501575 .  
  79. ^ Киркегаард K, ван Бюрен NJ, Mateo R (октябрь 2016). «Мой кузен, мой враг: квазивидовое подавление лекарственной устойчивости» . Текущее мнение в вирусологии . 20 : 106–111. DOI : 10.1016 / j.coviro.2016.09.011 . PMC 5298929 . PMID 27764731 .  
  80. ↑ Quer J, Hershey CL, Domingo E, Holland JJ, Novella IS (август 2001 г.). «Условный нейтралитет в конкурирующих вирусных популяциях» . Журнал вирусологии . 75 (16): 7315–20. DOI : 10.1128 / jvi.75.16.7315-7320.2001 . PMC 114966 . PMID 11462003 .  
  81. ^ Codoñer FM, Daros JA, Solé RV, Елена SF (декабрь 2006). «Самый приспособленный против самого плоского: экспериментальное подтверждение квазивидового эффекта с субвирусными патогенами» . PLOS Патогены . 2 (12): e136. DOI : 10.1371 / journal.ppat.0020136 . PMC 1757203 . PMID 17196038 .  
  82. ^ а б в г Техеро Х., Монтеро Ф, Нуньо Дж. К. (2016). «Теории смертельного мутагенеза: от катастрофической ошибки до смертельного порока». Актуальные темы микробиологии и иммунологии . Издательство Springer International. 392 : 161–79. DOI : 10.1007 / 82_2015_463 . ISBN 9783319238975. PMID  26210988 .
  83. ^ a b Pfeiffer JK, Kirkegaard K (октябрь 2005 г.). «Повышенная достоверность снижает приспособленность к полиовирусу и вирулентность при селективном давлении на мышей» . PLOS Патогены . 1 (2): e11. DOI : 10.1371 / journal.ppat.0010011 . PMC 1250929 . PMID 16220146 .  
  84. ^ a b c d Виньюцци М., Стоун Дж. К., Арнольд Дж. Дж., Кэмерон С. Э., Андино Р. (январь 2006 г.). «Разнообразие квазивидов определяет патогенез через кооперативные взаимодействия в вирусной популяции» . Природа . 439 (7074): 344–8. Bibcode : 2006Natur.439..344V . DOI : 10,1038 / природа04388 . PMC 1569948 . PMID 16327776 .  
  85. ^ Bordería А.В., Розен-Gagnon K, Vignuzzi M (2016). «Варианты верности и квазивиды РНК» . Актуальные темы микробиологии и иммунологии . Издательство Springer International. 392 : 303–22. DOI : 10.1007 / 82_2015_483 . ISBN 9783319238982. PMC  7121553 . PMID  26499340 .
  86. ^ Гарсиа-Arriaza Дж, Manrubia СК, Тоха М, Доминго Е, Escarmís С (ноябрь 2004 г.). «Эволюционный переход к дефектным РНК, которые заразны комплементацией» . Журнал вирусологии . 78 (21): 11678–85. DOI : 10,1128 / JVI.78.21.11678-11685.2004 . PMC 523252 . PMID 15479809 .  
  87. ^ Морено Е, Ojosnegros S, Гарсиа-Arriaza Дж, Escarmís С, Е Доминго, Пералес С (май 2014 г.). «Исследование пространства последовательностей как основа сегментации генома вирусной РНК» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 111 (18): 6678–83. Bibcode : 2014PNAS..111.6678M . DOI : 10.1073 / pnas.1323136111 . PMC 4020086 . PMID 24757055 .  
  88. ^ Aaskov J, K Buzacott, чт HM, Lowry K, Holmes EC (январь 2006). «Долгосрочная передача вирусов с дефектной РНК у людей и комаров Aedes». Наука . 311 (5758): 236–8. Bibcode : 2006Sci ... 311..236A . DOI : 10.1126 / science.1115030 . PMID 16410525 . S2CID 21605827 .  
  89. ^ Ciota AT, Ehrbar DJ, Ван Слайк Г.А., Willsey Г.Г., Kramer LD (май 2012). «Совместные взаимодействия в рое мутантов вируса Западного Нила» . BMC Evolutionary Biology . 12 (1): 58. DOI : 10.1186 / 1471-2148-12-58 . PMC 3358237 . PMID 22541042 .  
  90. ^ Xue К.С., Хупер К.А., Ollodart А.Р., Dingens А.С., Блум JD (март 2016). «Сотрудничество между различными вирусными вариантами способствует росту вируса гриппа H3N2 в культуре клеток» . eLife . 5 : e13974. DOI : 10.7554 / elife.13974 . PMC 4805539 . PMID 26978794 .  
  91. ^ а б Широгане Y, Ватанабэ S, Янаги Y (2016). «Кооперативное взаимодействие в спектрах мутантных вирусов РНК». Актуальные темы микробиологии и иммунологии . Издательство Springer International. 392 : 219–29. DOI : 10.1007 / 82_2015_461 . ISBN 9783319238975. PMID  26162566 .
  92. ^ Pfeiffer JK, Кьеркегор K (апрель 2006). «Ограничение квазивидов, опосредованное узким местом во время распространения РНК-вируса от места инокуляции в мозг» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 103 (14): 5520–5. Bibcode : 2006PNAS..103.5520P . DOI : 10.1073 / pnas.0600834103 . PMC 1414638 . PMID 16567621 .  
  93. Перейти ↑ Gutiérrez S, Michalakis Y, Blanc S (октябрь 2012 г.). «Узкие места в популяции вирусов во время развития внутри хоста и передачи от хоста к хосту» . Текущее мнение в вирусологии . 2 (5): 546–55. DOI : 10.1016 / j.coviro.2012.08.001 . PMID 22921636 . 
  94. ^ Bull РА, Лучиани Р, Макелра К, Gaudieri S, Ф ST, Чопр А, и др. (Сентябрь 2011 г.). «Последовательные узкие места приводят к вирусной эволюции при ранней острой вирусной инфекции гепатита С» . PLOS Патогены . 7 (9): e1002243. DOI : 10.1371 / journal.ppat.1002243 . PMC 3164670 . PMID 21912520 .  
  95. ↑ Chao L (ноябрь 1990 г.). «Пригодность РНК вируса снизилась храповым механизмом Мюллера». Природа . 348 (6300): 454–5. Bibcode : 1990Natur.348..454C . DOI : 10.1038 / 348454a0 . PMID 2247152 . S2CID 4235839 .  
  96. Перейти ↑ Duarte E, Clarke D, Moya A, Domingo E, Holland J (июль 1992 г.). «Быстрая потеря пригодности в клонах вируса РНК млекопитающих из-за храповика Мюллера» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 89 (13): 6015–9. Bibcode : 1992PNAS ... 89.6015D . DOI : 10.1073 / pnas.89.13.6015 . PMC 402129 . PMID 1321432 .  
  97. ^ Мюллер HJ (май 1964). «Отношение рекомбинации к мутационному продвижению». Мутационные исследования . 106 (1): 2–9. DOI : 10.1016 / 0027-5107 (64) 90047-8 . PMID 14195748 . 
  98. ^ Escarmís С, Давила М, Шарпантие Н, Брьи А, Мойя А, Е - Доминго (ноябрь 1996 года). «Генетические поражения, связанные с храповым механизмом Мюллера в РНК-вирусе». Журнал молекулярной биологии . 264 (2): 255–67. DOI : 10.1006 / jmbi.1996.0639 . PMID 8951375 . 
  99. ^ Escarmís C, Давила M, Domingo E (январь 1999). «Множественные молекулярные пути восстановления пригодности РНК-вируса, ослабленного действием храповика Мюллера». Журнал молекулярной биологии . 285 (2): 495–505. DOI : 10.1006 / jmbi.1998.2366 . PMID 9878424 . 
  100. ^ Ruiz-Jarabo CM, Pariente N, Барановский E, Давила M, Гомес-Мариано G, E - Доминго (август 2004). «Расширение тропизма клетки-хозяина вируса ящура, несмотря на репликацию в постоянной среде» . Журнал общей вирусологии . 85 (Pt 8): 2289–97. DOI : 10.1099 / vir.0.80126-0 . PMID 15269370 . 
  101. ^ Мартинеса М.А., Dopazo J, J Эрнандеса, Mateu MG, Собрино F, E - Доминго, Knowles NJ (июнь 1992). «Эволюция генов капсидных белков вируса ящура: антигенная вариация без накопления аминокислотных замен за шесть десятилетий» . Журнал вирусологии . 66 (6): 3557–65. DOI : 10,1128 / JVI.66.6.3557-3565.1992 . PMC 241137 . PMID 1316467 .  
  102. ^ Хо С.Ю., Дюшен S, Molak М, Шапиро Б (декабрь 2015). «Зависящие от времени оценки скорости молекулярной эволюции: доказательства и причины» . Молекулярная экология . 24 (24): 6007–12. DOI : 10.1111 / mec.13450 . PMID 26769402 . S2CID 14433111 .  
  103. ↑ Доминго Э (1989). «Эволюция РНК-вируса и борьба с вирусными заболеваниями». Прогресс в исследованиях лекарств. Fortschritte der Arzneimittelforschung. Progrès des Recherches Pharmaceutiques . Birkhäuser Basel. 33 : 93–133. DOI : 10.1007 / 978-3-0348-9146-2_5 . ISBN 9783034899253. PMID  2687948 .
  104. Перейти ↑ Williams PD (февраль 2010 г.). «Дарвиновские вмешательства: укрощение патогенов посредством эволюционной экологии». Тенденции паразитологии . 26 (2): 83–92. DOI : 10.1016 / j.pt.2009.11.009 . PMID 20036799 . 
  105. ^ a b Пералес C, Ортега-Прието AM, Бич Нью-Мексико, Шелдон Дж., Менендес-Ариас Л., Доминго Е. (2017). «Квазивиды и лекарственная устойчивость». Справочник по устойчивости к противомикробным препаратам . Springer New York: 123–147. DOI : 10.1007 / 978-1-4939-0694-9_1 . ISBN 9781493906932.
  106. ^ a b Леб Л.А., Эссигманн Дж. М., Казази Ф., Чжан Дж., Роуз К. Д., Маллинс Дж. И. (февраль 1999 г.). «Смертельный мутагенез ВИЧ с мутагенными аналогами нуклеозидов» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 96 (4): 1492–7. Bibcode : 1999PNAS ... 96.1492L . DOI : 10.1073 / pnas.96.4.1492 . PMC 15492 . PMID 9990051 .  
  107. ^ a b c Пералес С., Гальего I, де Авила А.И., Сориа М.Э., Грегори Дж., Куэр Дж., Доминго Э. (июль 2019 г.). «Возрастающее влияние летального мутагенеза вирусов». Медицинская химия будущего . 11 (13): 1645–1657. DOI : 10.4155 / FMC-2018-0457 . hdl : 10261/216260 . PMID 31469331 . 
  108. ↑ Eigen M (октябрь 2002 г.). «Ошибка катастрофы и противовирусная стратегия» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 99 (21): 13374–6. Bibcode : 2002PNAS ... 9913374E . DOI : 10.1073 / pnas.212514799 . PMC 129678 . PMID 12370416 .  
  109. ^ Venkatesan S, Rosenthal R, Kanu N, McGranahan N, Bartek J, Quezada SA и др. (Март 2018 г.). «Перспектива: мутагенез APOBEC в развитии лекарственной устойчивости и иммунного бегства при ВИЧ и развитии рака» . Анналы онкологии . 29 (3): 563–572. DOI : 10.1093 / annonc / mdy003 . PMC 5888943 . PMID 29324969 .  
  110. ↑ Fox EJ, Loeb LA (октябрь 2010 г.). «Смертельный мутагенез: направленный на мутаторный фенотип при раке» . Семинары по биологии рака . 20 (5): 353–9. DOI : 10.1016 / j.semcancer.2010.10.005 . PMC 3256989 . PMID 20934515 .  
  111. Перейти ↑ Loeb LA (июнь 2011 г.). «Раковые опухоли человека выражают мутаторные фенотипы: происхождение, последствия и адресность» . Обзоры природы. Рак . 11 (6): 450–7. DOI : 10.1038 / nrc3063 . PMC 4007007 . PMID 21593786 .  
  112. ^ a b Саммерс Дж, Литвин С (январь 2006 г.). «Изучение теории катастрофической ошибки» . Журнал вирусологии . 80 (1): 20–6. DOI : 10,1128 / JVI.80.1.20-26.2006 . PMC 1317512 . PMID 16352527 .  
  113. ^ Crotty S, Cameron CE, Andino R (июнь 2001). «Катастрофа ошибки РНК-вируса: прямой молекулярный тест с использованием рибавирина» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 98 (12): 6895–900. Bibcode : 2001PNAS ... 98.6895C . DOI : 10.1073 / pnas.111085598 . PMC 34449 . PMID 11371613 .  
  114. ^ Wilke CO (август 2005 г.). «Теория квазивидов в контексте популяционной генетики» . BMC Evolutionary Biology . 5 : 44. DOI : 10.1186 / 1471-2148-5-44 . PMC 1208876 . PMID 16107214 .  
  115. Перейти ↑ Wagner GP, Krall P (ноябрь 1993). «В чем разница между моделями порогов ошибок и трещоткой Мюллера?». Журнал математической биологии . 32 (1): 33–44. DOI : 10.1007 / BF00160372 . S2CID 122142345 . 
  116. ^ Санхуан R, Moya А, Елена SF (июнь 2004). «Распределение эффектов приспособленности, вызванных однонуклеотидными заменами в РНК-вирусе» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 101 (22): 8396–401. Bibcode : 2004PNAS..101.8396S . DOI : 10.1073 / pnas.0400146101 . PMC 420405 . PMID 15159545 .  
  117. ^ Использование фитнес-ландшафтов для визуализации эволюции в действии , получено 22 октября 2019 г.

Внешние ссылки [ править ]

  • Видео: Использование фитнес-ландшафтов для визуализации эволюции в действии - содержит пример «выживания самых плоских»