Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Рисунок цинкового пальца Cys2His2, состоящий из α-спирали и антипараллельного β-листа . Цинка ион (зеленый) координируется двумя гистидиновых остатков и двух цистеиновых остатков.
Мультяшное изображение белка Zif268 (синий), содержащего три цинковых пальца в комплексе с ДНК (оранжевый). Координирующие аминокислотные остатки и ионы цинка (зеленый) выделены.

Цинковый палец представляет собой небольшой белок , структурный мотив , который характеризуется координации одного или нескольких цинка ионов (Zn 2+ ) для того , чтобы стабилизировать складку. Первоначально он был придуман для описания похожего на палец предполагаемой структуры фактора транскрипции IIIA африканской когтистой лягушки ( Xenopus laevis ) . Однако было обнаружено, что он охватывает большое количество различных белковых структур в эукариотических клетках. [1] Xenopus laevis Первоначально было продемонстрировано, что TFIIIA содержит цинк и требует этого металла для функционирования в 1983 году, что стало первым заявленным требованием цинка для белка, регулирующего ген. [2] [3] Он часто появляется как металл-связывающий домен в многодоменных белках. [3]

Белки, содержащие цинковые пальцы ( белки цинковых пальцев ), подразделяются на несколько различных структурных семейств. В отличие от многих других четко определенных супервторичных структур, таких как греческие клавиши или β-шпильки , существует несколько типов цинковых пальцев, каждый из которых имеет уникальную трехмерную архитектуру. Конкретный класс белка цинкового пальца определяется этой трехмерной структурой, но он также может быть распознан на основе первичной структуры белка или идентичности лигандов, координирующих ион цинка. Однако, несмотря на большое разнообразие этих белков, подавляющее большинство обычно функционируют как модули взаимодействия, связывающие ДНК , РНК., белки или другие небольшие полезные молекулы и вариации в структуре служат, прежде всего, для изменения специфичности связывания конкретного белка.

С момента своего первоначального открытия и выяснения их структуры эти модули взаимодействия оказались повсеместными в биологическом мире и могут быть обнаружены в 3% генов генома человека. [4] Кроме того, цинковые пальцы стали чрезвычайно полезными в различных терапевтических и исследовательских целях. Engineering цинковые пальцы , чтобы иметь сродство к специфической последовательности является областью активных исследований и цинковых пальцев нуклеазы и цинковых пальцев факторы транскрипции , два из наиболее важных применений этого , чтобы быть реализованы на сегодняшний день.

История [ править ]

Цинковые пальцы были впервые выявлены в исследовании транскрипции в африканской когтистой лягушки , Xenopus Laevis в лаборатории Аарон Клуг . Изучение транскрипции конкретной последовательности РНК показало, что сила связывания небольшого фактора транскрипции (фактор транскрипции IIIA; TFIIIA) обусловлена ​​присутствием координирующих цинк структур, подобных пальцу. [5] Аминокислотное секвенирование TFIIIA выявило девять тандемных последовательностей из 30 аминокислот, включая две инвариантные пары остатков цистеина и гистидина. Расширенная тонкая структура поглощения рентгеновских лучей подтвердила идентичность лигандов цинка: два цистеина и два гистидина. [4]Считалось, что ДНК-связывающая петля, образованная координацией этих лигандов цинком, напоминает пальцы, отсюда и название. [1] Более поздняя работа по характеристике белков у различных организмов показала важность ионов цинка в стабилизации полипептидов. [6] [7]

Кристаллические структуры комплексов цинковый палец-ДНК, решенные в 1991 и 1993 годах, выявили канонический паттерн взаимодействия цинковых пальцев с ДНК. [8] [9] Связывание цинкового пальца отличается от многих других ДНК-связывающих белков, которые связывают ДНК посредством 2-кратной симметрии двойной спирали, вместо этого цинковые пальцы связаны линейно в тандеме для связывания последовательностей нуклеиновых кислот. разной длины. [4] Цинковые пальцы часто связываются с последовательностью ДНК, известной как GC-бокс . [10]Модульная природа мотива цинкового пальца позволяет связывать большое количество комбинаций последовательностей ДНК и РНК с высокой степенью аффинности и специфичности, и поэтому идеально подходит для конструирования белка, который может быть нацелен на определенные последовательности ДНК и связывать их. В 1994 году было показано, что искусственно созданный белок с тремя пальцами может блокировать экспрессию онкогена в линии клеток мыши. С тех пор были сконструированы цинковые пальцы, слитые с различными другими эффекторными доменами, некоторые из которых имеют терапевтическое значение. [4]

Домен [ править ]

Цинковый палец (ZNF) домены являются относительно небольшие белковые мотивы , которые содержат множество пальцев , таких как выступы , которые делают тандемные контакты с их молекулой - мишенью. Некоторые из этих доменов связывают цинк, но многие нет, вместо этого связывая другие металлы, такие как железо, или вообще не связывают металл. Например, некоторые члены семьи образуют соляные мостики, чтобы стабилизировать складки, похожие на пальцы . Впервые они были идентифицированы как ДНК-связывающий мотив в факторе транскрипции TFIIIA из Xenopus laevis (африканская когтистая лягушка), однако теперь признано, что они связывают ДНК, РНК, белок и / или липидные субстраты . [11] [12][13] [14] [15] Их связывающие свойства зависят от аминокислотной последовательности из пальцев доменов и линкера между пальцами, а также на более высоких порядков структур и числа пальцев. Домены Znf часто встречаются в кластерах, где пальцы могут иметь различную специфичность связывания. Мотивы Znf встречаются в нескольких неродственных суперсемействах белков , различающихся как по последовательности, так и по структуре. Они демонстрируют значительную гибкость в способах связывания даже между членами одного и того же класса (например, некоторые связываются с ДНК, другие с белком), предполагая, что мотивы Znfявляются стабильными каркасами, которые развили специализированные функции. Например, Znf-содержащие белки функционируют втранскрипция генов , трансляция, перенос мРНК, организация цитоскелета , развитие эпителия , клеточная адгезия , сворачивание белков, ремоделирование хроматина и зондирование цинка, и это лишь некоторые из них. [16] Цинк-связывающие мотивы представляют собой стабильные структуры, и они редко претерпевают конформационные изменения при связывании со своей мишенью.

Классы [ править ]

Первоначально термин «цинковый палец» использовался исключительно для описания ДНК-связывающего мотива, обнаруженного у Xenopus laevis ; однако в настоящее время он используется для обозначения любого числа структур, связанных координацией иона цинка. Как правило, цинковые пальцы координируют ионы цинка с комбинацией остатков цистеина и гистидина . Первоначально количество и порядок этих остатков использовались для классификации различных типов цинковых пальцев (например, Cys 2 His 2 , Cys 4 и Cys 6). Совсем недавно вместо этого для классификации белков цинкового пальца был использован более систематический метод. Этот метод классифицирует белки с цинковыми пальцами на «складчатые группы» на основе общей формы белкового остова в сложенном домене. Наиболее распространенными «группами складок» цинковых пальцев являются Cys 2 His 2- подобный («классический цинковый палец»), скрипичный ключ и цинковая лента. [17]

В следующей таблице [17] показаны различные конструкции и их основные характеристики:

Сложите группуПредставительная структураРазмещение лиганда
Cys 2 His 2Два лиганда от сустава и еще два от С-конца спирали.
Кляп костяшкиДва лиганда от сустава и еще два от короткой спирали или петли.
Скрипичный ключДва лиганда от сустава и еще два от N-конца спирали.
Цинковая лентаПо два лиганда от двух суставов.
Zn 2 / Cys 6Два лиганда от N-конца спирали и еще два от петли.
Домен TAZ2 нравитсяДва лиганда с концов двух спиралей.

Cys 2 His 2 [ править ]

Цинковый палец, тип C2H2
Идентификаторы
Символzf-C2H2
PfamPF00096
Клан пфамCL0361
ИнтерПроIPR007087
PROSITEPS00028
Доступные белковые структуры:
Pfam  структуры / ECOD  
PDBRCSB PDB ; PDBe ; PDBj
PDBsumрезюме структуры

Cys 2 His 2- подобная складчатая группа (C2H2) на сегодняшний день является наиболее хорошо охарактеризованным классом цинковых пальцев и обычна для факторов транскрипции млекопитающих. Такие домены имеют простую складку ββα и имеют мотив аминокислотной последовательности : [18]

X 2 -Cys-X 2,4 -Cys-X 12 -His-X 3,4,5 -His

Этот класс цинковых пальцев может выполнять множество функций, таких как связывание РНК и опосредование белок-белковых взаимодействий, но наиболее известен своей ролью в специфичных для последовательности ДНК-связывающих белках, таких как Zif268 ( Egr1 ). В таких белках отдельные домены с цинковыми пальцами обычно встречаются в виде тандемных повторов с двумя, тремя или более пальцами, составляющими ДНК-связывающий домен белка. Эти тандемные массивы могут связываться в большой бороздке ДНК и обычно расположены с интервалом в 3 п.н. Α-спираль каждого домена (часто называемая «спираль узнавания») может устанавливать специфичные для последовательности контакты с основаниями ДНК; остатки от единственной спирали распознавания могут контактировать с четырьмя или более основаниями, давая перекрывающийся узор контактов с соседними цинковыми пальцами.

Кляп [ править ]

Цинковая костяшка
Идентификаторы
Символzf-CCHC
PfamPF00098
ИнтерПроIPR001878
УМНАЯSM00343
PROSITEPS50158
Доступные белковые структуры:
Pfam  структуры / ECOD  
PDBRCSB PDB ; PDBe ; PDBj
PDBsumрезюме структуры

Эта группа складок определяется двумя короткими β-тяжами, соединенными поворотом (цинковая кулак), за которыми следует короткая спираль или петля, и напоминает классический мотив Cys 2 His 2 с большой частью спирали и усеченной β-шпилькой.

Белок ретровирусного нуклеокапсида (NC) из ВИЧ и других родственных ретровирусов является примером белков, обладающих этими мотивами. Цинковый палец с затылком в белке NC ВИЧ является мишенью для класса препаратов, известных как ингибиторы цинкового пальца .

Скрипичный ключ [ править ]

Мотив скрипичного ключа состоит из β-шпильки на N-конце и α-спирали на C-конце, каждый из которых вносит два лиганда для связывания цинка, хотя петля и вторая β-шпилька различной длины и конформации могут между N-концевой β-шпилькой и C-концевой α-спиралью. Эти пальцы присутствуют в разнообразной группе белков, которые часто не имеют общих последовательностей или функционального сходства друг с другом. Белки, содержащие цинковые пальцы скрипичного ключа, лучше всего охарактеризованы как рецепторы ядерных гормонов .

Цинковая лента [ править ]

Цинк-связывающий TFIIB
Идентификаторы
СимволTF_Zn_Ribbon
PfamPF08271
Клан пфамZn_Beta_Ribbon
ИнтерПроIPR013137
PROSITEPS51134
Доступные белковые структуры:
Pfam  структуры / ECOD  
PDBRCSB PDB ; PDBe ; PDBj
PDBsumрезюме структуры

Складка из цинковой ленты характеризуется двумя бета-шпильками, образующими два структурно подобных участка связывания цинка.

Zn 2 / Cys 6 [ править ]

Биядерный кластерный домен Zn (2) -Cys (6) грибов
Идентификаторы
СимволZn_clus
PfamPF00172
ИнтерПроIPR001138
УМНАЯGAL4
PROSITEPS00463
CDDcd00067
Доступные белковые структуры:
Pfam  структуры / ECOD  
PDBRCSB PDB ; PDBe ; PDBj
PDBsumрезюме структуры

Канонические члены этого класса содержат биядерный цинковый кластер, в котором два иона цинка связаны шестью остатками цистеина. Эти цинковые пальцы можно найти в нескольких факторах транскрипции, включая дрожжевой белок Gal4 .

zf-C2HC
структура раствора cchhc домена нервного фактора цинкового пальца-1
Идентификаторы
Символzf-C2HC
PfamPF01530
ИнтерПроIPR002515
Доступные белковые структуры:
Pfam  структуры / ECOD  
PDBRCSB PDB ; PDBe ; PDBj
PDBsumрезюме структуры
zf-C2HC5
Идентификаторы
Символzf-C2HC5
PfamPF06221
ИнтерПроIPR009349
Доступные белковые структуры:
Pfam  структуры / ECOD  
PDBRCSB PDB ; PDBe ; PDBj
PDBsumрезюме структуры

Разное [ править ]

В цинковый палец противовирусный белок (ЗАП) связывается с сайта CpG. Он используется у млекопитающих для противовирусной защиты. [19] [20]

Приложения [ править ]

Для изменения специфичности связывания ДНК цинковых пальцев [18] могут быть использованы различные методы белковой инженерии, а тандемные повторы таких сконструированных цинковых пальцев могут быть использованы для нацеливания на желаемые последовательности геномной ДНК. [21] Слияние второго белкового домена, такого как активатор или репрессор транскрипции, с массивом сконструированных цинковых пальцев, которые связываются рядом с промотором данного гена, можно использовать для изменения транскрипции этого гена. [21] Слияние сконструированных массивов цинковых пальцев и белковых доменов, которые расщепляют или иным образом модифицируют ДНК, также можно использовать для нацеливания этих активностей на желаемые геномные локусы. [21] Наиболее распространенные области применения матриц цинковых пальцев включаютцинковые факторы транскрипции пальца и нуклеазы цинковых пальцев , но и другие приложения также были описаны. Типичные сконструированные массивы цинковых пальцев имеют от 3 до 6 отдельных мотивов цинковых пальцев и связывают сайты-мишени в диапазоне от 9 пар оснований до 18 пар оснований в длину. Массивы с 6 мотивами цинковых пальцев особенно привлекательны, потому что они связывают целевой сайт, который достаточно длинный, чтобы иметь хорошие шансы быть уникальным в геноме млекопитающих. [22]

Нуклеазы цинковых пальцев [ править ]

Сконструированные массивы цинковых пальцев часто сливаются с доменом расщепления ДНК (обычно с доменом расщепления FokI ) для образования нуклеаз цинковых пальцев . Такой цинковые пальцы-Foki слитые стали полезными реагентами для манипулирования геном многих высших организмов , включая дрозофилу , Caenorhabditis Элеганс , табак , кукурузу , [23] данио~d , [24] Различные типы клеток млекопитающих, [25] и крыса . [26]Нацеливание двухцепочечного разрыва на желаемый геномный локус может быть использовано для введения мутаций со сдвигом рамки считывания в кодирующую последовательность гена из-за подверженности ошибкам природы негомологичного пути репарации ДНК. Если также используется «донорская последовательность» гомологичной ДНК, то геномный локус может быть преобразован в определенную последовательность посредством пути гомологически направленной репарации. Продолжается клиническое испытание оценивает цинковый палец нуклеаз , которые разрушают ген CCR5 в CD4 + Т клеток человека в качестве потенциального лечения для ВИЧ / СПИДа . [27]

Методы проектирования массивов цинковых пальцев [ править ]

Большинство сконструированных массивов цинковых пальцев основано на домене цинковых пальцев мышиного фактора транскрипции Zif268, хотя некоторые группы использовали массивы цинковых пальцев на основе человеческого фактора транскрипции SP1. Zif268 имеет три отдельных мотива «цинковые пальцы», которые вместе связывают последовательность из 9 пар оснований с высокой аффинностью. [28] Структура этого белка, связанного с ДНК, была решена в 1991 году [8] и стимулировала большое количество исследований в области создания матриц цинковых пальцев. В 1994 и 1995 годах ряд групп использовали фаговый дисплей для изменения специфичности цинкового пальца Zif268. [29] [30] [31] [32]В настоящее время существует два основных метода, используемых для создания специально разработанных массивов цинковых пальцев, модульная сборка и система отбора бактерий, и есть некоторые споры о том, какой метод лучше всего подходит для большинства приложений. [33] [34]

Самый простой метод создания новых массивов цинковых пальцев - это объединение меньших «модулей» из цинковых пальцев с известной специфичностью. Структура белка цинкового пальца Zif268, связанного с ДНК, описанная Павлетичем и Пабо в их публикации 1991 г., была ключевой для большей части этой работы и описывает концепцию получения пальцев для каждого из 64 возможных триплетов пар оснований, а затем их смешивания и сопоставления. пальцы для разработки белков с любой желаемой специфичностью последовательности. [8]Наиболее распространенный процесс модульной сборки включает объединение отдельных цинковых пальцев, каждый из которых может распознавать последовательность ДНК из 3 пар оснований для создания массивов из 3, 4, 5 или 6 пальцев, которые распознают целевые сайты в диапазоне от 9 пар оснований до 18 пар оснований в длина. Другой метод использует модули с двумя пальцами для создания массивов цинковых пальцев из шести отдельных цинковых пальцев. [23] Лаборатория Барбаса Исследовательского института Скриппса использовала фаговый дисплей для разработки и характеристики доменов цинковых пальцев, которые распознают большинство последовательностей триплетов ДНК [35] [36] [37], в то время как другая группа выделила и охарактеризовала отдельные пальцы из генома человека. [38]Потенциальным недостатком модульной сборки в целом является то, что особенности отдельных цинковых пальцев могут перекрываться и могут зависеть от контекста окружающих цинковых пальцев и ДНК. Недавнее исследование продемонстрировало, что большая часть матриц цинковых пальцев с 3 пальцами, созданная модульной сборкой, не может связывать намеченную цель с достаточной аффинностью в бактериальном двухгибридном анализе и не может функционировать как нуклеазы цинковых пальцев , но вероятность успеха была несколько ниже. выше, когда целью были сайты вида GNNGNNGNN. [39]

В последующем исследовании использовалась модульная сборка для генерации нуклеаз с цинковыми пальцами как с массивами из 3-х пальцев, так и с массивами из 4-х пальцев, и наблюдалась гораздо более высокая вероятность успеха с массивами из 4-х пальцев. [40] Также сообщалось о варианте модульной сборки, которая учитывает контекст соседних пальцев, и этот метод имеет тенденцию давать белки с улучшенными характеристиками по сравнению со стандартной модульной сборкой. [41]

Для создания массивов цинковых пальцев, способных нацеливать желаемые последовательности, использовались многочисленные методы отбора. Первоначальные усилия по отбору использовали фаговый дисплей для отбора белков, которые связывают данную ДНК-мишень из большого пула частично рандомизированных массивов цинковых пальцев. Эту технику сложно использовать более чем на одном цинковом пальце одновременно, поэтому был разработан многоэтапный процесс, который генерировал полностью оптимизированный массив из трех пальцев путем добавления и оптимизации одного цинкового пальца за раз. [42] В более недавних усилиях использовались одногибридные дрожжевые системы, бактериальные одногибридные и двугибридные системы и клетки млекопитающих. В новом многообещающем методе выбора новых матриц цинковых пальцев с тремя пальцами используется бактериальная двугибридная система, и создатели назвали его «ОТКРЫТЫМ».[43] Эта система объединяет предварительно выбранные пулы отдельных цинковых пальцев, каждый из которых был выбран для связывания данного триплета, а затем использует второй раунд отбора для получения массивов из трех пальцев, способных связывать желаемую последовательность из 9 пар оснований. Эта система была разработана Zinc Finger Consortium в качестве альтернативы коммерческим источникам инженерных матриц цинковых пальцев. Непосредственно сравнивать связывающие свойства белков, полученных с помощью этого метода, с белками, полученными путем модульной сборки, довольно сложно, поскольку профили специфичности белков, полученных с помощью метода OPEN, никогда не сообщались.

Примеры [ править ]

Эта запись представляет собой домен цинкового пальца типа CysCysHisCys (C2HC), обнаруженный у эукариот . Белки, содержащие эти домены, включают:

  • Гистоновые ацетилтрансферазы семейства MYST [44] [45]
  • Фактор транскрипции миелина Myt1 [46]
  • Супрессор онкогенности белок 18 (ST18) [47]

См. Также [ править ]

  • Цинковый палец B-box
  • ДНК-связывающий белок
  • Связанная коробка Krüppel
  • RING finger домен
  • Мотив последовательности
  • Рецептор стероидного гормона
  • Структурный мотив
  • TAL эффектор
  • Эффекторная нуклеаза, подобная активатору транскрипции
  • Ингибитор цинкового пальца
  • Нуклеаза цинкового пальца
  • Фактор транскрипции цинкового пальца

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b Klug A, Rhodes D (1987). «Цинковые пальцы: новая белковая складка для распознавания нуклеиновых кислот». Симпозиумы Колд-Спринг-Харбор по количественной биологии . 52 : 473–82. DOI : 10.1101 / sqb.1987.052.01.054 . PMID  3135979 .
  2. ^ Hanas JS, Hazuda DJ, Bogenhagen DF, Wu FY, Wu CW (декабрь 1983). «Фактору транскрипции Xenopus требуется цинк для связывания с геном 5S РНК» . Журнал биологической химии . 258 (23): 14120–5. DOI : 10.1016 / S0021-9258 (17) 43831-2 . PMID 6196359 . 
  3. ^ a b Berg JM (апрель 1990 г.). «Цинковые пальцы и другие металлсвязывающие домены. Элементы для взаимодействия между макромолекулами» . Журнал биологической химии . 265 (12): 6513–6. DOI : 10.1016 / S0021-9258 (19) 39172-0 . PMID 2108957 . 
  4. ^ а б в г Клуг А. (2010). «Открытие цинковых пальцев и их применение в регуляции генов и манипуляции геномом». Ежегодный обзор биохимии . 79 : 213–31. DOI : 10.1146 / annurev-biochem-010909-095056 . PMID 20192761 .  - через Annual Reviews (требуется подписка)
  5. Перейти ↑ Miller J, McLachlan AD, Klug A (июнь 1985). «Повторяющиеся цинк-связывающие домены в белке фактора транскрипции IIIA из ооцитов Xenopus» . Журнал EMBO . 4 (6): 1609–14. DOI : 10.1002 / j.1460-2075.1985.tb03825.x . PMC 554390 . PMID 4040853 .  
  6. ^ Миллер Y, Ma B, Нуссинова R (май 2010). «Ионы цинка способствуют агрегации болезни Альцгеймера-Абета за счет сдвига населения в полиморфных состояниях» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 107 (21): 9490–5. Bibcode : 2010PNAS..107.9490M . DOI : 10.1073 / pnas.0913114107 . PMC 2906839 . PMID 20448202 .  
  7. ↑ Low LY, Эрнандес H, Робинсон CV, O'Brien R, Grossmann JG, Ladbury JE, Luisi B (май 2002 г.). «Металл-зависимая укладка и стабильность ДНК-связывающих доменов ядерного гормона рецептора». Журнал молекулярной биологии . 319 (1): 87–106. DOI : 10.1016 / S0022-2836 (02) 00236-X . PMID 12051939 . 
  8. ^ a b c Павлетич Н.П., Пабо Колорадо (май 1991 г.). «Распознавание цинкового пальца-ДНК: кристаллическая структура комплекса Zif268-ДНК при 2,1 А». Наука . 252 (5007): 809–17. Bibcode : 1991Sci ... 252..809P . DOI : 10.1126 / science.2028256 . PMID 2028256 . S2CID 38000717 .  
  9. ^ Fairall L, Schwabe JW, Chapman L, Finch JT, Rhodes D (декабрь 1993). «Кристаллическая структура пептида с двумя цинковыми пальцами демонстрирует расширение правил распознавания цинковых пальцев и ДНК». Природа . 366 (6454): 483–7. Bibcode : 1993Natur.366..483F . DOI : 10.1038 / 366483a0 . PMID 8247159 . S2CID 4371511 .  
  10. ^ Lundin, M .; Nehlin, JO; Ронне, Х. (1994-03-01). «Важность фланкирующей AT-богатой области в распознавании целевого сайта GC-бокс-связывающим белком цинкового пальца MIG1» . Молекулярная и клеточная биология . 14 (3): 1979–1985. DOI : 10,1128 / MCB.14.3.1979 . ISSN 0270-7306 . PMC 358557 . PMID 8114729 .   
  11. Перейти ↑ Klug A (октябрь 1999 г.). «Пептиды цинковых пальцев для регуляции экспрессии генов». Журнал молекулярной биологии . 293 (2): 215–8. DOI : 10.1006 / jmbi.1999.3007 . PMID 10529348 . 
  12. ↑ Hall TM (июнь 2005 г.). «Множественные способы распознавания РНК белками цинкового пальца» . Текущее мнение в структурной биологии . 15 (3): 367–73. DOI : 10.1016 / j.sbi.2005.04.004 . PMID 15963892 . 
  13. Перейти ↑ Brown RS (февраль 2005 г.). «Белки цинкового пальца: захват РНК». Текущее мнение в структурной биологии . 15 (1): 94–8. DOI : 10.1016 / j.sbi.2005.01.006 . PMID 15718139 . 
  14. ^ Gamsjaeger R, Лью СК, Лафлин ИП, Кросли М, Маккей JP (февраль 2007 г.). «Липкие пальцы: цинковые пальцы как мотивы распознавания белков». Направления биохимических наук . 32 (2): 63–70. DOI : 10.1016 / j.tibs.2006.12.007 . PMID 17210253 . 
  15. ^ Matthews JM, Sunde M (декабрь 2002). «Цинковые пальцы - складки на много раз». IUBMB Life . 54 (6): 351–5. DOI : 10.1080 / 15216540216035 . PMID 12665246 . S2CID 22109146 .  
  16. ^ Laity JH, Ли Б.М., Райт PE (февраль 2001). «Белки цинкового пальца: новое понимание структурного и функционального разнообразия». Текущее мнение в структурной биологии . 11 (1): 39–46. DOI : 10.1016 / S0959-440X (00) 00167-6 . PMID 11179890 . 
  17. ^ а б Кришна СС, Маджумдар I, Гришин Н.В. (январь 2003 г.). «Структурная классификация цинковых пальцев: обзор и резюме» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (2): 532–50. DOI : 10.1093 / NAR / gkg161 . PMC 140525 . PMID 12527760 .  
  18. ^ а б Pabo CO, Peisach E, Grant RA (2001). «Разработка и выбор новых белков цинкового пальца Cys2His2». Ежегодный обзор биохимии . 70 : 313–40. DOI : 10.1146 / annurev.biochem.70.1.313 . PMID 11395410 . 
  19. ^ Сюйхуа Ся: крайняя недостаточность геномного CpG при SARS-CoV-2 и уклонение от противовирусной защиты хозяина . В: Molecular Biologa and Evolution, Academic Press, 14 апреля 2020 г., DOI: 10.1093 / molbev / msaa094
  20. ^ Доказательства наличия бродячих собак как возможного происхождения пандемии COVID-19 . На: SciTechDaily, 14 апреля 2020 г. Источник: Университет Оттавы
  21. ^ a b c Джеймисон А.С., Миллер Дж. С., Пабо, Колорадо (май 2003 г.). «Открытие лекарств с использованием искусственных белков цинковых пальцев». Обзоры природы. Открытие наркотиков . 2 (5): 361–8. DOI : 10.1038 / nrd1087 . PMID 12750739 . S2CID 6417869 .  
  22. ^ Лю Q, Segal DJ, Ghiara JB, Барбас CF (май 1997). «Дизайн полидактильных белков с цинковыми пальцами для уникальной адресации в сложных геномах» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 94 (11): 5525–30. Bibcode : 1997PNAS ... 94.5525L . DOI : 10.1073 / pnas.94.11.5525 . PMC 20811 . PMID 9159105 .  
  23. ^ a b Шукла В.К., Дойон Y, Миллер Дж. К., Декелвер Р. К., Моэле Э. А., Уорден С. Е., Митчелл Дж. , Симпсон М.А., Блейксли Б., Гринвалт С.А., Батлер Х.Дж., Хинкли С.Дж., Чжан Л., Ребар Э.Д., Грегори П.Д., Урнов Ф.Д. (май 2009 г.). «Точная модификация генома сельскохозяйственных культур Zea mays с использованием нуклеаз типа« цинковые пальцы »». Природа . 459 (7245): 437–41. Bibcode : 2009Natur.459..437S . DOI : 10,1038 / природа07992 . PMID 19404259 . S2CID 4323298 .  
  24. ^ Рейнольдс IJ, Миллер RJ (декабрь 1988). «Связывание [3H] MK801 с рецептором N-метил-D-аспартата выявляет лекарственные взаимодействия с сайтами связывания цинка и магния». Журнал фармакологии и экспериментальной терапии . 247 (3): 1025–31. PMID 2849655 . 
  25. ^ Кэрролл D (ноябрь 2008 г.). «Успехи и перспективы: нуклеазы цинковых пальцев как средства генной терапии» . Генная терапия . 15 (22): 1463–8. DOI : 10.1038 / gt.2008.145 . PMC 2747807 . PMID 18784746 .  
  26. ^ Geurts AM, Cost GJ, Freyvert Y, Zeitler B, Miller JC, Choi VM, Jenkins SS, Wood A, Cui X, Meng X, Vincent A, Lam S., Michalkiewicz M, Schilling R, Foeckler J, Kalloway S, Weiler H, Менорет С., Анегон И., Дэвис Г.Д., Чжан Л., Ребар Е.Дж., Грегори П.Д., Урнов Ф.Д., Джейкоб Г.Дж., Бюлоу Р. (июль 2009 г.). «Нокаут крыс с помощью микроинъекции эмбрионов нуклеаз цинкового пальца» . Наука . 325 (5939): 433. Bibcode : 2009Sci ... 325..433G . DOI : 10.1126 / science.1172447 . PMC 2831805 . PMID 19628861 .  
  27. ^ Tebas P, Stein D (2009). «Аутологичные Т-клетки, генетически модифицированные в гене CCR5 нуклеазами цинковых пальцев SB-728 для ВИЧ» . ClinicalTrials.gov.
  28. ^ Кристи Б., Натанс Д. (ноябрь 1989 г.). «Сайт связывания ДНК белка Zif268, индуцируемого фактором роста» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 86 (22): 8737–41. Bibcode : 1989PNAS ... 86.8737C . DOI : 10.1073 / pnas.86.22.8737 . PMC 298363 . PMID 2510170 .  
  29. ^ Арматурный EJ, Pabo CO (февраль 1994). «Фаг цинкового пальца: аффинный отбор пальцев с новыми специфичностями связывания ДНК». Наука . 263 (5147): 671–3. Bibcode : 1994Sci ... 263..671R . DOI : 10.1126 / science.8303274 . PMID 8303274 . 
  30. Перейти ↑ Jamieson AC, Kim SH, Wells JA (май 1994). «Отбор in vitro цинковых пальцев с измененной специфичностью связывания ДНК». Биохимия . 33 (19): 5689–95. DOI : 10.1021 / bi00185a004 . PMID 8180194 . 
  31. ↑ Choo Y, Klug A (ноябрь 1994 г.). «К коду взаимодействия цинковых пальцев с ДНК: выбор рандомизированных пальцев, отображаемых на фаге» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 91 (23): 11163–7. Bibcode : 1994PNAS ... 9111163C . DOI : 10.1073 / pnas.91.23.11163 . PMC 45187 . PMID 7972027 .  
  32. ↑ Wu H, Yang WP, Barbas CF (январь 1995 г.). «Создание цинковых пальцев путем отбора: к терапевтическому применению» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 92 (2): 344–8. Bibcode : 1995PNAS ... 92..344W . DOI : 10.1073 / pnas.92.2.344 . PMC 42736 . PMID 7831288 .  
  33. ^ Kim JS, Lee HJ, Carroll D (февраль 2010). «Редактирование генома модульно собранными нуклеазами типа« цинковые пальцы »» . Природные методы . 7 (2): 91, ответ автора 91–2. DOI : 10.1038 / nmeth0210-91a . PMC 2987589 . PMID 20111032 .  
  34. ^ Joung JK, Voytas DF, Cathomen T (февраль 2010). "Ответ на" Редактирование генома модульно собранными нуклеазами " цинковые пальцы " " . Nat. Методы . 7 (2): 91–2. DOI : 10.1038 / nmeth0210-91b . PMC 2987589 . 
  35. ^ Segal DJ, Дрейер B, Беер RR, Барбас CF (март 1999). «На пути к произвольному контролю экспрессии генов: отбор и конструирование доменов« цинковые пальцы », распознающих каждую из целевых последовательностей ДНК 5'-GNN-3 '» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 96 (6): 2758–63. Bibcode : 1999PNAS ... 96.2758S . DOI : 10.1073 / pnas.96.6.2758 . PMC 15842 . PMID 10077584 .  
  36. ^ Драйер Б., Фуллер Р.П., Сигал Д.Д., Лунд CV, Бланкафорт П., Хубер А., Кокш Б., Барбас С.Ф. (октябрь 2005 г.). «Разработка доменов цинкового пальца для распознавания последовательностей ДНК семейства 5'-CNN-3 'и их использование в создании искусственных факторов транскрипции» . Журнал биологической химии . 280 (42): 35588–97. DOI : 10.1074 / jbc.M506654200 . PMID 16107335 . 
  37. ^ Дрейер B, Беерли RR, Segal DJ, Флиппин JD, Барбас CF (август 2001). «Разработка доменов цинкового пальца для распознавания семейства 5'-ANN-3 'последовательностей ДНК и их использование в создании искусственных факторов транскрипции» . Журнал биологической химии . 276 (31): 29466–78. DOI : 10.1074 / jbc.M102604200 . PMID 11340073 . 
  38. ^ Bae KH, Kwon YD, Shin HC, Hwang MS, Ryu EH, Park KS, Yang HY, Lee DK, Lee Y, Park J, Kwon HS, Kim HW, Yeh BI, Lee HW, Sohn SH, Yoon J, Seol W, Ким Дж.С. (март 2003 г.). «Человеческие цинковые пальцы как строительные блоки в создании искусственных факторов транскрипции». Природа Биотехнологии . 21 (3): 275–80. DOI : 10.1038 / nbt796 . PMID 12592413 . S2CID 29575555 .  
  39. ↑ Ramirez CL, Foley JE, Wright DA, Müller-Lerch F, Rahman SH, Cornu TI, Winfrey RJ, Sander JD, Fu F, Townsend JA, Cathomen T, Voytas DF, Joung JK (май 2008 г.). «Неожиданная частота отказов для модульной сборки инженерных цинковых пальцев» . Природные методы . 5 (5): 374–5. DOI : 10.1038 / nmeth0508-374 . PMC 7880305 . PMID 18446154 . S2CID 30677821 .   
  40. ^ Ким HJ, Ли HJ, Ким H, Cho SW, Ким JS (июль 2009). «Целевое редактирование генома в клетках человека с помощью нуклеаз цинкового пальца, сконструированного с помощью модульной сборки» . Геномные исследования . 19 (7): 1279–88. DOI : 10.1101 / gr.089417.108 . PMC 2704428 . PMID 19470664 .  
  41. ^ Сандер JD, Дальборг EJ, Гудвин MJ, Cade L, Zhang F, Cifuentes D, Curtin SJ, Blackburn JS, Thibodeau-Beganny S, Qi Y, Pierick CJ, Hoffman E, Maeder ML, Khayter C, Reyon D, Dobbs D , Лангенау Д.М., Ступар Р.М., Гиралдез А.Дж., Войтас Д.Ф., Петерсон Р.Т., Йе-Дж. Р., Джунг Дж. К. (январь 2011 г.). «Конструирование нуклеаз цинка без селекции путем контекстно-зависимой сборки (CoDA)» . Природные методы . 8 (1): 67–9. DOI : 10.1038 / nmeth.1542 . PMC 3018472 . PMID 21151135 .  
  42. ^ Greisman HA, Pabo СО (январь 1997). «Общая стратегия выбора высокоаффинных белков цинкового пальца для различных целевых участков ДНК». Наука . 275 (5300): 657–61. DOI : 10.1126 / science.275.5300.657 . PMID 9005850 . S2CID 46237752 .  
  43. ^ Maeder ML, Thibodeau-Beganny S, Osiak A, Wright DA, Anthony RM, Eichtinger M, Jiang T, Foley JE, Winfrey RJ, Townsend JA, Unger-Wallace E, Sander JD, Müller-Lerch F, Fu F, Pearlberg Дж., Гёбель К., Дасси Дж. П., Прует-Миллер С. М., Портеус М. Х., Сгрой Д. К., Яфрат А. Дж., Доббс Д., МакКрей П. Б., Катомен Т., Войтас Д. Ф., Джунг Дж. К. (июль 2008 г.). "Быстрая" разработка с открытым исходным кодом индивидуальных нуклеаз "цинковые пальцы" для высокоэффективной модификации генов " . Молекулярная клетка . 31 (2): 294–301. DOI : 10.1016 / j.molcel.2008.06.016 . PMC 2535758 . PMID 18657511 .  
  44. ^ Смит AT, Такер-Самарас SD, Фэрлемб AH, Sullivan WJ (декабрь 2005). "Семейство гистоновых ацетилтрансфераз MYST у простейшего паразита Toxoplasma gondii" . Эукариотическая клетка . 4 (12): 2057–65. DOI : 10.1128 / EC.4.12.2057-2065.2005 . PMC 1317489 . PMID 16339723 .  
  45. Перейти ↑ Akhtar A, Becker PB (февраль 2001 г.). «Гистон H4 ацетилтрансфераза MOF использует цинковый палец C2HC для распознавания субстрата» . EMBO Reports . 2 (2): 113–8. DOI : 10.1093 / embo-reports / kve022 . PMC 1083818 . PMID 11258702 .  
  46. ^ Ким JG, Armstrong RC, v Agoston D, Robinsky A, C Визе, Нэйгл J, Хадсон LD (октябрь 1997). «Фактор транскрипции миелина 1 (Myt1) линии олигодендроцитов, наряду с тесно связанным цинковым пальцем CCHC, экспрессируется в развивающихся нейронах центральной нервной системы млекопитающих» . Журнал неврологических исследований . 50 (2): 272–90. DOI : 10.1002 / (SICI) 1097-4547 (19971015) 50: 2 <272 :: AID-JNR16> 3.0.CO; 2-A . PMID 9373037 . 
  47. ^ Jandrig B, Seitz S, Hinzmann B, Arnold W, Micheel B, Koelble K, Зиберт R, Schwartz A, Ruecker K, Schlag PM, Scherneck S, Rosenthal A (декабрь 2004). «ST18 представляет собой ген-супрессор рака груди на хромосоме 8q11.2 человека» . Онкоген . 23 (57): 9295–302. DOI : 10.1038 / sj.onc.1208131 . PMID 15489893 . 

Внешние ссылки [ править ]

  • Семейство C2H2 в PlantTFDB: База данных факторов транскрипции растений
  • МакДауэлл Дж. "Белок месяца: цинковые пальцы" . Европейская лаборатория молекулярной биологии - Европейский институт биоинформатики (EMBL-EBI) . Проверено 13 января 2008 .
  • Goodsell DS. «Молекула месяца: цинковые пальцы» . Исследовательское сотрудничество в области структурной биоинформатики (RCSB) Protein Data Bank (PDB) . Проверено 13 января 2008 .
  • Двойная спираль между цинковыми пальцами
  • Сайт Zinc Finger Tools, посвященный дизайну и информации
  • Каталог генов человека KZNF
  • Домен типа C2H2 цинкового пальца в PROSITE
  • Запись о цинковом пальце класса C2H2 в базе данных SMART
  • Консорциум Zinc Finger
  • ZiFiT- Инструмент для дизайна цинковых пальцев
  • Материалы Консорциума Zinc Finger от Addgene
  • Прогнозирование специфичности связывания ДНК для белков цинковых пальцев C2H2