Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Часть серии по
Штрих-кодирование ДНК
DNA Barcoding.png
 
Штрих- кодирование ДНК • Метабаркодирование
 
По таксонам
Другой

ДНК - штрихкодирования из водорослей обычно используется для идентификации видов и филогенетических исследований. Водоросли образуют филогенетически неоднородную группу, а это означает, что применение единого универсального штрих-кода / маркера для разграничения видов невозможно, поэтому для этой цели в разных группах водорослей применяются разные маркеры / штрих-коды .

Диатомовые водоросли [ править ]

Штрих- кодирование диатомовой ДНК - это метод таксономической идентификации диатомовых водорослей даже на уровне видов . Он проводится с использованием ДНК или РНК с последующей амплификацией и секвенированием конкретных консервативных областей в геноме диатомовых водорослей с последующим таксономическим назначением.

Одна из основных проблем идентификации диатомовых водорослей заключается в том, что они часто собираются как смесь диатомовых водорослей нескольких видов. Метабаркодирование ДНК - это процесс идентификации отдельных видов из смешанного образца ДНК окружающей среды (также называемого эДНК), который представляет собой ДНК, извлеченную прямо из окружающей среды, например, из образцов почвы или воды.

Штрих-кодирование диатомовой ДНК

Недавно применяемый метод - это метабаркодирование диатомовой ДНК, которое используется для оценки экологического качества рек и ручьев из-за специфической реакции диатомовых водорослей на определенные экологические условия. Поскольку идентификация видов по морфологии относительно сложна и требует много времени и опыта, [1] [2] высокопроизводительное секвенирование (HTS) ДНК-метабаркодирование позволяет таксономическое отнесение и, следовательно, идентификацию всего образца в отношении групповых праймеров, выбранных для предыдущая амплификация ДНК .

К настоящему времени уже разработано несколько ДНК- маркеров , в основном нацеленных на 18S рРНК . [3] Использование гипервариабельной области V4 малой субъединичной ДНК рибосом (SSU рДНК), идентификация на основе ДНК оказалась более эффективной, чем подход, основанный на классической морфологии. [4] Другими консервативными участками геномов, которые часто используются в качестве маркерных генов, являются рибулозо-1-5-бисфосфаткарбоксилаза (rbcL), цитохромоксидаза I (cox1, COI), [5] ITS [6] и 28S . [7]Неоднократно было показано, что молекулярные данные, полученные с помощью метабаркодирования диатомовой электронной ДНК, достаточно точно отражают основанные на морфологии биотические индексы диатомей и, следовательно, обеспечивают аналогичную оценку состояния экосистемы. [8] [9] Между тем диатомовые водоросли обычно используются для оценки экологического качества других пресноводных экосистем. [7] Вместе с водными беспозвоночными они считаются лучшими индикаторами нарушения, связанного с физическим, химическим или биологическим состоянием водотоков. В многочисленных исследованиях бентические диатомеи используются для биомониторинга. [10] [11] [12] [13]Поскольку не было найдено идеального штрих-кода ДНК диатомовых водорослей, было предложено использовать разные маркеры для разных целей. Действительно, сильно вариабельные гены cox1, ITS и 28S были сочтены более подходящими для таксономических исследований, в то время как более консервативные гены 18S и rbcL кажутся более подходящими для биомониторинга.

Преимущества [ править ]

Применение концепции штрих-кодирования ДНК к диатомовым водорослям обещает большой потенциал для решения проблемы неточной идентификации видов и, таким образом, облегчения анализа биоразнообразия образцов окружающей среды. [14]

Молекулярные методы, основанные на технологии NGS, почти всегда приводят к большему количеству идентифицированных таксонов, присутствие которых впоследствии может быть подтверждено с помощью световой микроскопии. [4] Результаты этого исследования свидетельствуют о том, что штрих-кодирование диатомовых водорослей эДНК подходит для оценки качества воды и может дополнять или улучшать традиционные методы. Stoeck et al. [15] также показали, что штрих-кодирование еДНК дает больше информации о разнообразии диатомовых водорослей или других сообществах протистов и, следовательно, может использоваться для экологической проекции глобального разнообразия. Другие исследования показали другие результаты. Например, инвентаризационные данные, полученные с помощью молекулярного метода, были ближе к инвентарным данным, полученным с помощью метода, основанного на морфологии, когда в центре внимания находятся многочисленные виды. [5]

Метабаркодирование ДНК может также повысить таксономическое разрешение и сопоставимость по географическим регионам, что часто затруднительно с использованием только морфологических признаков. Более того, идентификация на основе ДНК позволяет расширить круг потенциальных биоиндикаторов, включая незаметные таксономические группы, которые могут быть высокочувствительными или толерантными к определенным стрессорам. Косвенно, молекулярные методы также могут помочь заполнить пробелы в знаниях об экологии видов за счет увеличения количества обрабатываемых образцов в сочетании с сокращением времени обработки (экономическая эффективность), а также за счет повышения точности и точности корреляции между видами. / Возникновение MOTU и факторы окружающей среды. [16]

Проблемы [ править ]

Морфология диатомовых водорослей

В настоящее время нет консенсуса относительно методов сохранения и выделения ДНК, выбора штрих-кодов ДНК и праймеров для ПЦР, а также согласия относительно параметров кластеризации MOTU и их таксономического назначения. [16] Отбор проб и молекулярные этапы необходимо стандартизировать с помощью исследований в области развития. [5] Одним из основных ограничений является наличие эталонных штрих-кодов для видов диатомовых водорослей. Справочная база данных таксонов биоиндикаторов далека от завершения, несмотря на постоянные усилия, предпринимаемые в рамках многочисленных национальных инициатив по штрих-кодированию, у многих видов по-прежнему отсутствует информация о штрих-кодах. Более того, большинство существующих данных по метабаркодированию доступны только локально и географически разбросаны, что препятствует разработке глобально полезных инструментов. [16]Visco et al. [17] подсчитали, что в настоящее время в справочных базах данных представлено не более 30% европейских видов диатомовых водорослей. Например, существует значительный недостаток ряда видов из фенноскандинавских сообществ (особенно ацидофильных диатомовых водорослей, таких как Eunotia incisa ). Также было показано, что таксономическая идентификация со штрих-кодированием ДНК не является точной выше уровня видов, например, для различения разновидностей (ссылка отсутствует).

Другим хорошо известным ограничением штрих-кодирования для таксономической идентификации является метод кластеризации, используемый до таксономического присвоения: он часто приводит к массовой потере генетической информации, и единственный надежный способ оценить влияние различных процессов кластеризации и различных процессов таксономического присвоения - это сравнение список видов, созданный разными трубопроводами при использовании одной и той же справочной базы данных. Это еще предстоит сделать для различных трубопроводов, используемых для молекулярной оценки сообществ диатомовых водорослей в Европе. [16] Таксономически проверенные базы данных, которые включают доступные ваучеры, также имеют решающее значение для надежной идентификации таксонов с помощью NGS. [18]

Кроме того, часто обнаруживается, что смещение праймеров является основным источником вариаций в штрих-кодировании, а эффективность праймеров для ПЦР может различаться для разных видов диатомовых водорослей, т.е. некоторые праймеры приводят к преимущественной амплификации одного таксона над другим. [16]

Вывод о численности из данных метабаркодирования считается одним из самых сложных вопросов при использовании в окружающей среде. [19] [20] Количество последовательностей, сгенерированных HTS, не соответствует напрямую количеству образца или биомассы, и что разные виды могут производить разное количество считываний (например, из-за различий в размере хлоропласта с маркером rbcL ). Vasselon et al. [21] недавно создали поправочный коэффициент биобъёма при использовании маркера rbcL. Например, Achnanthidium minutissimumимеет небольшой биологический объем и, следовательно, будет генерировать меньше копий фрагмента rbcL (расположенного в хлоропласте), чем более крупные виды. Этот поправочный коэффициент, однако, требует обширной калибровки с собственным биомом каждого вида и до сих пор был протестирован только на нескольких видах. Колебания числа копий гена для других маркеров, таких как маркер 18S, не кажутся видоспецифичными, но еще не были протестированы.

Целевые регионы диатомовых [ править ]

Маркер штрих-кодирования обычно комбинирует гипервариабельные области генома (чтобы сделать возможным различие между видами) с очень консервативной областью (чтобы обеспечить специфичность к целевому организму). Несколько ДНК-маркеров, принадлежащих к ядерным, митохондриальным и хлоропластным геномам ( rbcL , COI , ITS + 5.8S , SSU , 18S ...), были разработаны и успешно использованы для идентификации диатомовых водорослей с помощью NGS. [22] [23] [6]

Субблок 18S и V4 [ править ]

Область гена 18S широко использовалась в качестве маркера в других группах протистов [24] [25] и Jahn et al. [26] были первыми, кто протестировал область гена 18S для штрих-кодирования диатомовых водорослей. Циммерман и др. [7] предложили фрагмент длиной 390–410 п.н. локуса гена 18S рРНК длиной 1800 п.н. в качестве маркера штрих-кода для анализа образцов окружающей среды с помощью HTS. и обсуждает его использование и ограничения для идентификации диатомовых водорослей. Этот фрагмент включает субъединицу V4, которая является самой большой и сложной из высоко вариабельных областей в локусе 18S. [27] Они подчеркнули, что эта гипервариабельная область гена 18S имеет большой потенциал для изучения разнообразия простейших в крупном масштабе, но имеет ограниченную эффективность для идентификации ниже уровня видов или скрытых видов.

rbcL [ править ]

Ген rbcl используется для таксономических исследований (Trobajo et al. 2009), преимущества которого заключаются в том, что редко возникают внутригеномные вариации, и они очень легко выравниваются и сравниваются. Справочная библиотека с открытым доступом под названием R-Syst :: diatom включает данные для двух штрих-кодов (18S и rbcL). Он находится в свободном доступе через веб-сайт. [28] Kermmarec et al. [5] также успешно использовали ген rbcL для экологической оценки диатомовых водорослей. Маркер rbcL также легко выравнивается и сравнивается.

Moniz и Kaczmarska [23] исследовали успешность амплификации маркеров SSU, COI и ITS2 и обнаружили, что фрагмент ITS-2 + 5.8S размером 300–400 п.н. обеспечивает самый высокий уровень успешности амплификации и хорошее разрешение видов. Этот маркер впоследствии был использован для разделения морфологически определенных видов с успешностью 99,5%. Несмотря на такой успех амплификации, Zimmerman et al. [7] подвергли критике использование ITS-2 из-за внутриличностной неоднородности. Было высказано предположение, что маркеры SSU [7] или rbcL (Mann et al., 2010) менее гетерогены между индивидуумами и, следовательно, более полезны при различении видов.

Приложения [ править ]

Генетический инструмент для биомониторинга и биооценки [ править ]

Диатомовые водоросли обычно используются как часть набора инструментов биомониторинга, мониторинг которых должен осуществляться в рамках Европейской рамочной директивы по водным ресурсам. [29] Диатомовые водоросли используются в качестве индикатора здоровья экосистемы пресноводных водоемов, потому что они повсеместно распространены, напрямую зависят от изменений физико-химических параметров и показывают лучшую взаимосвязь с переменными окружающей средой, чем другие таксоны, например, беспозвоночные, что дает более полную картину воды качественный. [30]

Метабаркодирование eDNA в биологической оценке
водных экосистем

За последние годы исследователи разработали и стандартизировали инструменты для метабаркодирования и секвенирования диатомовых водорослей, чтобы дополнить традиционную оценку с использованием микроскопии, открыв новый путь биомониторинга для водных систем. [31]  Использование бентических диатомовых водорослей с помощью метода секвенирования следующего поколения для речного биомониторинга выявило в нем хороший потенциал. [5] Многие исследования показали, что метабаркодирование и HTS (высокопроизводительное секвенирование) можно использовать для оценки состояния качества и разнообразия пресных вод. В рамках Агентства по окружающей среде Kelly et al. [32] разработал метод метабаркодирования на основе ДНК для оценки сообществ диатомовых водорослей в реках Великобритании. Vasselon et al. [33]сравнили морфологический и HTS подходы для диатомовых водорослей и обнаружили, что HTS дает надежное указание на статус качества для большинства рек с точки зрения индекса специфической загрязненности (SPI). Vasselon et al. [34] также применили ДНК-метабаркодирование сообществ диатомовых водорослей к сети мониторинга рек тропического острова Майотта (французский DOM-TOM).

Rimet et al. [35] также исследовали возможность использования HTS для оценки разнообразия диатомовых водорослей и показали, что индексы разнообразия из HTS и микроскопического анализа хорошо коррелированы, хотя и не идеальны.

Штрих-кодирование ДНК и метабаркодирование могут использоваться для установления молекулярных показателей и индексов, которые потенциально могут дать выводы, в целом аналогичные выводам традиционных подходов об экологическом и экологическом состоянии водных экосистем. [36]

Судебная экспертиза [ править ]

В судебно-медицинской практике диатомовые водоросли используются в качестве инструмента диагностики утопления. Тест на диатомовые водоросли основан на принципе вдыхания диатомовых водорослей из воды в легкие и распределения и осаждения по всему телу. Можно использовать методы ДНК, чтобы подтвердить, действительно ли причиной смерти было утопление, и определить источник утопления. [37] Метабаркодирование диатомовой ДНК дает возможность быстро проанализировать сообщество диатомовых водорослей, присутствующее в теле, определить источник утопления и выяснить, могло ли тело быть перемещено из одного места в другое.

Загадочные виды и базы данных [ править ]

Метабаркодирование диатомовых водорослей может помочь разграничить загадочные виды, которые трудно идентифицировать с помощью микроскопии, и поможет заполнить справочные базы данных путем сравнения морфологических комплексов с данными метабаркодирования. [35] 

Другие микроводоросли [ править ]

Хлорофиты обладают древней и очень разнообразной таксономической родословной (Fang et al. 2014), включая и наземные растения. Несмотря на то, что более 14 000 видов были описаны на основе структурных и ультраструктурных критериев (Hall et al. 2010), их морфологическая идентификация часто ограничена.

Было предложено несколько штрих-кодов для хлорофитов для идентификации на основе ДНК, чтобы обойти морфологическую проблематику. Хотя кодирующий ген цитохромоксидазы I (COI, COX) (ссылка) является стандартным штрих-кодом для животных, он оказался неудовлетворительным для хлорофитов, поскольку ген содержит несколько интронов в этой группе водорослей (Turmel et al. 2002). Ядерные маркерные гены были использованы для хлорофитов: рДНК SSU, рДНК LSU, рДНК ITS (Leliaert et al. 2014).

Макроводоросли [ править ]

Макроводоросли - морфологическую, а не таксономическую группу - может быть очень сложно идентифицировать из-за их простой морфологии, фенотипической пластичности и альтернативных стадий жизненного цикла. Таким образом, систематика и идентификация водорослей стали во многом полагаться на генетические / молекулярные инструменты, такие как штрих-кодирование ДНК . [38] [39] Ген рДНК SSU является широко используемым штрих-кодом для филогенетических исследований макроводорослей. [40] Однако рДНК SSU является высококонсервативной областью и обычно не имеет разрешения для идентификации видов.

За последние два десятилетия для каждой из основных групп макроводорослей были разработаны определенные стандарты штрих-кодирования ДНК с целью определения видов. [41] [38] [42] [43] [44] Ген субъединицы I цитохром с оксидазы (COI) обычно используется в качестве штрих-кода для красных и коричневых водорослей, в то время как tufA (фактор удлинения пластид), rbcL (большая субъединица rubisco ) и ITS ( внутренний расшифровывающий спейсер ) обычно используются для зеленых водорослей. [40] [44] Эти штрих-коды обычно имеют длину 600-700 бит.

Штрих-коды обычно различаются между 3 основными группами макроводорослей (красными, зелеными и коричневыми), потому что их эволюционное наследие очень разнообразно. [45] Макроводоросли - это полифилетическая группа, а это означает, что в пределах группы они не все имеют общего недавнего общего предка, что затрудняет поиск гена, который является консервативным среди всех, но достаточно вариабельным для идентификации видов.

Целевые регионы [ править ]

Таксономическая группаМаркерный ген
ядерныймитохондриальныйхлоропластид
ХлорофитыSSU рДНК, LSU рДНК, рДНК ITStuf A, rbc L
РодофитыФикоэритрин, фактор удлинения, рДНК LSUcox 1, cox 2-3 распоркаrbc L, разделитель Rubisco
ФеофитыРДНА ЕГОcox 1, cox 3psb A, rbc L, распорка Rubisco
Хризофиты и синурофитыSSU рДНК, рДНК ЕГОКокс 1psa A, rbc L
КриптофитыSSU рДНК, LSU рДНК, рДНК ITSКокс 1Распорка Rubisco
БациллариофитыSSU рДНК, LSU рДНК, рДНК ITSКокс 1rbc L
ДинофитыLSU рДНК, рДНК ЕГОcox 1, cobPsbA NCR , 23S рДНК
ГаптофитыSSU рДНК, LSU рДНК, рДНК, рДНК ЕГОсох 1b- АТП 4tuf A
РафидофитыSSU рДНК, LSU рДНК, рДНК, рДНК ЕГОКокс 1psa A , rbc L
КсантофитыРДНА ЕГОRbc L, psb A- rbc L распорка
ХлорарахниофитыЯдерная рДНК ITS, нуклеоморфная рДНК ITS
ЭвгленофитыРДНК SSU, рДНК LSUРДНК SSU, рДНК LSU

Адаптировано из [39]

См. Также [ править ]

Подробную информацию о штрих-кодировании ДНК различных организмов можно найти здесь:

Штрих-кодирование микробной ДНК

Штрих-кодирование ДНК

Штрих-кодирование ДНК рыб

Штрих-кодирование ДНК при оценке диеты

Ссылки [ править ]

  1. ^ Лобо, Эдуардо А .; Генрих, Карла Гизельда; Щух, Марилия; Ветцель, Карлос Эдуардо; Эктор, Люк (2016), Necchi JR, Орландо (ред.), "Диатомовые в качестве биоиндикаторов в реках", реки Водоросли , Springer International Publishing, С. 245-271,. DOI : 10.1007 / 978-3-319-31984-1_11 , ISBN 9783319319834
  2. ^ Стивенсон, Р. Ян; Пан, Яндун; ван Дам, Герман (2010), Смол, Джон П .; Штёрмер, Евгений F. (ред.), "Оценка состояния окружающей среды в реках и ручьях с диатомовых", диатомовые (2 -е изд.), Cambridge University Press, стр 57-85,. Дои : 10,1017 / cbo9780511763175.005 , ISBN 9780511763175
  3. ^ Таберле, Пьер; Бонин, Орели; Зингер, Люси; Куассак, Эрик (22.03.2018). Экологическая ДНК . 1 . Издательство Оксфордского университета. DOI : 10.1093 / oso / 9780198767220.001.0001 . ISBN 9780198767220.
  4. ^ a b Циммерманн, Йонас; Глёкнер, Гернот; Ян, Регина; Энке, Нила; Гемейнхольцер, Биргит (2015). «Метабаркодирование против морфологической идентификации для оценки разнообразия диатомовых водорослей в исследованиях окружающей среды». Ресурсы молекулярной экологии . 15 (3): 526–542. DOI : 10.1111 / 1755-0998.12336 . PMID 25270047 . S2CID 27291997 .  
  5. ^ a b c d e Кермаррек, Ленаиг; Франк, Ален; Риме, Фредерик; Шомей, Филипп; Фриджерио, Жан-Марк; Гумберт, Жан-Франсуа; Бушез, Аньес (2014). «Последовательный подход следующего поколения к речному биомониторингу с использованием бентических диатомовых водорослей». Пресноводная наука . 33 (1): 349–363. DOI : 10.1086 / 675079 . ISSN 2161-9549 . S2CID 85771495 .  
  6. ^ a b Хамшер, Сара Э .; Эванс, Кэтрин М .; Манн, Дэвид Дж .; Поуличкова, Алоизия; Сондерс, Гэри В. (2011). «Штрих-кодирование диатомовых водорослей: изучение альтернатив COI-5P». Протист . 162 (3): 405–422. DOI : 10.1016 / j.protis.2010.09.005 . PMID 21239228 . 
  7. ^ a b c d e Циммерманн, Йонас; Ян, Регина; Гемейнхольцер, Биргит (2011). «Штрих-кодирующие диатомеи: оценка субрегиона V4 гена 18S рРНК, включая новые праймеры и протоколы». Разнообразие и эволюция организмов . 11 (3): 173–192. DOI : 10.1007 / s13127-011-0050-6 . ISSN 1439-6092 . S2CID 39047583 .  
  8. ^ Apothéloz-Пере-Жантиль, Laure; Кордонье, Ариэль; Штрауб, Франсуа; Исели, Дженнифер; Эслинг, Филипп; Павловский, янв (2017). «Не содержащий таксономии молекулярный диатомовый индекс для высокопроизводительного биомониторинга eDNA». Ресурсы молекулярной экологии . 17 (6): 1231–1242. DOI : 10.1111 / 1755-0998.12668 . PMID 28296259 . S2CID 206947826 .  
  9. ^ Pawlowski, J .; Lejzerowicz, F .; Apotheloz-Perret-Gentil, L .; Visco, J .; Эслинг, П. (2016). «Протистское метабаркодирование и биомониторинг окружающей среды: время перемен» . Европейский журнал протистологии . 55 (Pt A): 12–25. DOI : 10.1016 / j.ejop.2016.02.003 . PMID 27004417 . 
  10. ^ Алмейда, Саломе FP; Элиас, Кармен; Феррейра, Жоао; Торнес, Элизабет; Пуччинелли, Камилла; Дельмас, Франсуа; Дёрфлингер, Джеральд; Урбанич, Горазд; Марчеджани, Стефания (2014). «Оценка качества воды рек с использованием показателей диатомовых водорослей в Средиземноморской Европе: упражнение по интеркалибровке методов». Наука об окружающей среде в целом . 476–477: 768–776. Bibcode : 2014ScTEn.476..768A . DOI : 10.1016 / j.scitotenv.2013.11.144 . PMID 24342490 . 
  11. ^ Лавуа, Изабель; Кампо, Стефан; Даршамбо, Франсуа; Кабана, Гилберт; Диллон, Питер Дж. (2008). «Являются ли диатомовые водоросли хорошими интеграторами временной изменчивости качества воды в ручье?» . Пресноводная биология . 53 (4): 827–841. DOI : 10.1111 / j.1365-2427.2007.01935.x . ISSN 0046-5070 . 
  12. ^ Мартин, Гонсало; Рейес Фернандес, Мария де лос (2012-05-16), Вудурис, Костас (редактор), «Диатомовые водоросли как индикаторы качества воды и экологического статуса: отбор проб, анализ и некоторые экологические замечания», Экологическое качество воды - очистка и повторное использование воды , InTech, DOI : 10,5772 / 33831 , ISBN 9789535105084
  13. ^ Риме, Фредерик; Бушез, Аньес (2012). «Биомониторинг речных диатомовых водорослей: последствия таксономического разрешения». Экологические показатели . 15 (1): 92–99. DOI : 10.1016 / j.ecolind.2011.09.014 .
  14. ^ Васселон, Валентин; Домайзон, Изабель; Риме, Фредерик; Калерт, Мария; Бушез, Аньес (2017). «Применение метабаркодирования высокопроизводительного секвенирования (HTS) для биомониторинга диатомовых водорослей: имеют ли значение методы экстракции ДНК?» (PDF) . Пресноводная наука . 36 (1): 162–177. DOI : 10.1086 / 690649 . ISSN 2161-9549 . S2CID 59043627 .   
  15. ^ Стоук, Торстен; Бенке, Анке; Кристен, Ричард; Амарал-Зеттлер, Линда; Родригес-Мора, Мария Дж; Чистосердов Андрей; Орси, Уильям; Эдгкомб, Вирджиния П. (2009). «Массивно параллельное секвенирование меток показывает сложность анаэробных сообществ морских протистанов» . BMC Biology . 7 (1): 72. DOI : 10.1186 / 1741-7007-7-72 . ISSN 1741-7007 . PMC 2777867 . PMID 19886985 .   
  16. ^ a b c d e Павловски, Ян; Келли-Куинн, Мэри; Альтерматт, Флориан; Апотелос-Перре-Жантиль, Лаура; Бежа, Педро; Боггеро, Анджела; Борха, Ангел; Бушез, Аньес; Кордье, Тристан (2018). «Будущее биотических индексов в экогеномную эру: интеграция (e) метабаркодирования ДНК в биологическую оценку водных экосистем» (PDF) . Наука об окружающей среде в целом . 637–638: 1295–1310. Bibcode : 2018ScTEn.637.1295P . DOI : 10.1016 / j.scitotenv.2018.05.002 . PMID 29801222 .  
  17. ^ Visco, Джоана Аморим; Апотелос-Перре-Жантиль, Лаура; Кордонье, Ариэль; Эслинг, Филипп; Pillet, Loïc; Павловский, янв (07.07.2015). «Мониторинг окружающей среды: вывод индекса диатомовых водорослей из данных секвенирования следующего поколения». Наука об окружающей среде и технологии . 49 (13): 7597–7605. Bibcode : 2015EnST ... 49.7597V . DOI : 10.1021 / es506158m . ISSN 0013-936X . PMID 26052741 .  
  18. ^ Циммерманн, Йонас; Абарка, Нелида; Энк, Нила; Скиббе, Оливер; Кусбер, Вольф-Хеннинг; Ян, Регина (29 сентября 2014 г.). Шируотер, Бернд (ред.). «Таксономические справочные библиотеки для штрих-кодирования окружающей среды: пример передовой практики из исследований диатомовых водорослей» . PLOS ONE . 9 (9): e108793. Bibcode : 2014PLoSO ... 9j8793Z . DOI : 10.1371 / journal.pone.0108793 . ISSN 1932-6203 . PMC 4180937 . PMID 25265556 .   
  19. ^ Шоу, Дженнифер Лос-Анджелес; Вейрих, Лаура; Купер, Алан (2017). «Использование экологической (е) последовательности ДНК для исследований водного биоразнообразия: руководство для начинающих». Морские и пресноводные исследования . 68 (1): 20. DOI : 10,1071 / MF15361 . ISSN 1323-1650 . 
  20. ^ Эдгар, Грэм Дж .; Александр, Тимоти Дж .; Лефчек, Джонатан С .; Бейтс, Аманда Э .; Kininmonth, Стюарт Дж .; Томсон, Рассел Дж .; Даффи, Дж. Эммет; Костелло, Марк Дж .; Стюарт-Смит, Рик Д. (2017). «Изобилие и процессы местного масштаба способствуют мультифильному градиенту в глобальном морском разнообразии» . Наука продвигается . 3 (10): e1700419. Bibcode : 2017SciA .... 3E0419E . DOI : 10.1126 / sciadv.1700419 . ISSN 2375-2548 . PMC 5647131 . PMID 29057321 .   
  21. ^ Васселон, Валентин; Бушез, Аньес; Риме, Фредерик; Жаке, Стефан; Тробахо, Роза; Корникель, Мелин; Тапольчай, Кальман; Домайзон, Изабель (2018). Махон, Эндрю (ред.). «Предотвращение систематической ошибки количественной оценки в метабаркодировании: применение поправочного коэффициента клеточного биомера в молекулярном биомониторинге диатомовых водорослей» (PDF) . Методы экологии и эволюции . 9 (4): 1060–1069. DOI : 10.1111 / 2041-210X.12960 . ЛВП : 20.500.12327 / 161 .
  22. ^ Эванс, Кэтрин М .; Wortley, Alexandra H .; Манн, Дэвид Г. (2007). «Оценка потенциальных генов« штрих-кода »диатомовых водорослей (cox1, rbcL, 18S и ITS рДНК) и их эффективности в определении взаимоотношений у Sellaphora (Bacillariophyta)». Протист . 158 (3): 349–364. DOI : 10.1016 / j.protis.2007.04.001 . PMID 17581782 . 
  23. ^ а б Мониш, Моника Б.Дж.; Качмарска, Ирена (2010). «Штрих-кодирование диатомовых водорослей: новый взгляд на ядерное кодирование ИТС». Протист . 161 (1): 7–34. DOI : 10.1016 / j.protis.2009.07.001 . PMID 19674931 . 
  24. ^ Scicluna, Стефани М .; Тавари, Благословение; Кларк, К. Грэм (2006). «Штрих-кодирование ДНК Blastocystis». Протист . 157 (1): 77–85. DOI : 10.1016 / j.protis.2005.12.001 . PMID 16431158 . 
  25. ^ Утц, Лаура РП; Эйзирик, Эдуардо (2007). «Молекулярная филогенетика подкласса Peritrichia (Ciliophora: Oligohymenophorea) на основе расширенного анализа последовательностей 18S рРНК». Журнал эукариотической микробиологии . 54 (3): 303–305. DOI : 10.1111 / j.1550-7408.2007.00260.x . ISSN 1066-5234 . PMID 17552986 . S2CID 31422075 .   
  26. ^ Ян, Р. (2007-12-11). «Диатомовые водоросли и штрих-кодирование ДНК: пилотное исследование на образце окружающей среды» . Труды 1 - й Центрально - Европейский Диатомовые Meeting 2007 . Ботанический сад и Ботанический музей Берлин-Далем: 63–68. DOI : 10,3372 / cediatom.113 . ISBN 9783921800638.
  27. ^ Никрент, Дэниел Л .; Сарджент, Малкольм Л. (1991). «Обзор вторичной структуры области V4 эукариотической малой субъединицы рибосомной РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 19 (2): 227–235. DOI : 10.1093 / NAR / 19.2.227 . ISSN 0305-1048 . PMC 333584 . PMID 2014 163 .   
  28. ^ Уайлд, Эрик (1999), "Hypertext Transfer Protocol (HTTP)", Уайльда WWW ., Springer Berlin Heidelberg, стр 53-135, DOI : 10.1007 / 978-3-642-95855-7_4 , ISBN 9783642958571
  29. ^ Директива 2000/60 / EC Европейского парламента и Совета от 23 октября 2000 г., устанавливающая рамки для действий Сообщества в области водной политики , OJ L , 2000-12-22 , получено 2019-03-28
  30. ^ Римэ, Frédéric (2012-03-01). «Последние взгляды на загрязнение рек и диатомовые водоросли». Hydrobiologia . 683 (1): 1–24. DOI : 10.1007 / s10750-011-0949-0 . ISSN 1573-5117 . S2CID 18668007 .  
  31. ^ Kermarrec, L .; Franc, A .; Rimet, F .; Chaumeil, P .; Гумберт, Дж. Ф.; Бушез, А. (2013). «Секвенирование следующего поколения для инвентаризации таксономического разнообразия в эукариотических сообществах: тест для пресноводных диатомовых водорослей». Ресурсы молекулярной экологии . 13 (4): 607–619. DOI : 10.1111 / 1755-0998.12105 . PMID 23590277 . S2CID 2706722 .  
  32. ^ «Келли и др.» (PDF) .
  33. ^ Васселон, Валентин; Домайзон, Изабель; Риме, Фредерик; Калерт, Мария; Бушез, Аньес (2017). «Применение метабаркодирования высокопроизводительного секвенирования (HTS) для биомониторинга диатомовых водорослей: имеют ли значение методы экстракции ДНК?» (PDF) . Пресноводная наука . 36 (1): 162–177. DOI : 10.1086 / 690649 . ISSN 2161-9549 . S2CID 59043627 .   
  34. ^ Васселон, Валентин; Риме, Фредерик; Тапольчай, Кальман; Бушез, Аньес (2017). «Оценка экологического статуса с помощью метабаркодирования ДНК диатомовых водорослей: расширение сети мониторинга ВРД (остров Майотта, Франция)». Экологические показатели . 82 : 1–12. DOI : 10.1016 / j.ecolind.2017.06.024 .
  35. ^ a b Риме, Фредерик; Васселон, Валентин; А.-Кесте, Барбара; Бушез, Аньес (2018). «Схожим ли мы оцениваем разнообразие с помощью микроскопии и высокопроизводительного секвенирования? Случай микроводорослей в озерах». Разнообразие и эволюция организмов . 18 (1): 51–62. DOI : 10.1007 / s13127-018-0359-5 . ISSN 1439-6092 . S2CID 3879922 .  
  36. ^ Геринг, Даниэль; Борха, Ангел; Джонс, Дж. Айван; Понт, Дидье; Боетс, Питер; Бушез, Агнес; Брюс, Кэт; Дракаре, Стина; Хенфлинг, Бернд (2018). «Варианты внедрения ДНК-идентификации в оценку экологического статуса в соответствии с Европейской рамочной директивой по водным ресурсам» . Исследования воды . 138 : 192–205. DOI : 10.1016 / j.watres.2018.03.003 . PMID 29602086 . 
  37. ^ Со, Ясухиса; Ичида, Дайсуке; Сато, Синго; Куроки, Коджи; Кишида, Тецуко (2014). «Улучшенный метод диатомового теста, использующий способность кремнезема связывать ДНК». Журнал судебной медицины . 59 (3): 779–784. DOI : 10.1111 / 1556-4029.12390 . PMID 24502836 . S2CID 1057761 .  
  38. ^ a b Сондерс, Гэри В. (2005-10-29). «Применение штрих-кодирования ДНК к красным макроводорослям: предварительная оценка обещает будущие применения» . Философские труды Королевского общества B: биологические науки . 360 (1462): 1879–1888. DOI : 10.1098 / rstb.2005.1719 . ISSN 0962-8436 . PMC 1609223 . PMID 16214745 .   
  39. ^ a b Лелиаерт, Фредерик; Verbruggen, Heroen; Ванормелинген, Питер; Стин, Фредерик; Лопес-Баутиста, Хуан М .; Zuccarello, Giuseppe C .; Де Клерк, Оливье (2014-04-03). «Определение границ видов в водорослях на основе ДНК» . Европейский журнал психологии . 49 (2): 179–196. DOI : 10.1080 / 09670262.2014.904524 . ISSN 0967-0262 . 
  40. ^ a b Харпер и Сондерс (2001). «Применение последовательностей рибосомного цистрона к систематике и классификации красных водорослей флоридофита (Florideophyceae, Rhodophyta)». Cahiers de Biologie Marine . 42 (1/2): 25–38.
  41. ^ Макдевит, Дэниел С .; Сондерс, Гэри В. (2009). «О полезности штрих-кодирования ДНК для дифференциации видов среди бурых макроводорослей (Phaeophyceae), включая новый протокол экстракции» . Психологические исследования . 57 (2): 131–141. DOI : 10.1111 / j.1440-1835.2009.00530.x . S2CID 84811166 . 
  42. ^ Saunders & Кучера (2010). «Оценка rbcL, tufA, UPA, LSU и ITS в качестве маркеров штрих-кода ДНК для морских зеленых макроводорослей». Cryptogamie Algologie . 31 (4).
  43. ^ Валеро, Мириам; Küpper, Frithjof C .; Циамис, Константинос; Коусейро, Люсия; Петерс, Акира Ф. (2015). «Штрих-кодирование скрытых стадий морских бурых водорослей, выделенных из инкубированного субстрата, показывает высокое разнообразие Acinetosporaceae (Ectocarpales, Phaeophyceae) 1». Cryptogamie, Algologie . 36 (1): 3–29. DOI : 10.7872 / crya.v36.iss1.2015.3 . ISSN 0181-1568 . S2CID 84276804 .  
  44. ^ a b Сондерс, Гэри У .; Макдевит, Дэниел С. (2012), Кресс, У. Джон; Эриксон, Дэвид Л. (ред.), «Методы ДНК-штрих-кодирования фотосинтетических протистов, подчеркивающих макроводоросли и диатомовые водоросли», ДНК-штрих-коды , Humana Press, 858 , стр. 207–222, DOI : 10.1007 / 978-1-61779-591- 6_10 , ISBN 9781617795909, PMID  22684958
  45. ^ Балдауф, SL (2003-06-13). «Глубокие корни эукариот». Наука . 300 (5626): 1703–1706. Bibcode : 2003Sci ... 300.1703B . DOI : 10.1126 / science.1085544 . ISSN 0036-8075 . PMID 12805537 . S2CID 32788100 .