Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Часть серии по
Штрих-кодирование ДНК
DNA Barcoding.png
 
Штрих- кодирование ДНК • Метабаркодирование
 
По таксонам
Другой

Методы штрих-кодирования ДНК для рыб используются для идентификации групп рыб на основе последовательностей ДНК в выбранных областях генома . Эти методы могут использоваться для изучения рыб, поскольку генетический материал в виде ДНК окружающей среды (еДНК) или клеток свободно распространяется в воде. Это позволяет исследователям определить, какие виды присутствуют в водоеме, путем сбора образца воды, извлечения ДНК из образца и выделения последовательностей ДНК, специфичных для интересующих видов. [1] Методы штрих-кодирования также могут использоваться для биомониторинга иподтверждения безопасности пищевых продуктов , оценки рациона животных , оценки пищевых сетей.и распространение видов, а также для обнаружения инвазивных видов . [1]

При исследовании рыб штрих-кодирование может использоваться как альтернатива традиционным методам отбора проб. Методы штрих-кодирования часто могут предоставить информацию без ущерба для исследуемого животного. [2]

Водная среда обладает уникальными свойствами, которые влияют на распределение генетического материала организмов. Материал ДНК быстро распространяется в водной среде, что позволяет обнаруживать организмы на большой территории при отборе проб из определенного места. [1] Из-за быстрой деградации ДНК в водной среде обнаруженные виды представляют современное присутствие без искажающих сигналов из прошлого. [3]

Идентификация на основе ДНК - быстрая, надежная и точная характеристика для разных стадий жизни и видов. [4] Справочные библиотеки используются для связывания последовательностей штрих-кода с отдельными видами и могут использоваться для идентификации видов, присутствующих в образцах ДНК. Библиотеки эталонных последовательностей также полезны для идентификации видов в случаях морфологической неоднозначности, например, на личиночных стадиях. [4]

Образцы электронной ДНК и методы штрихового кодирования используются в управлении водными ресурсами , поскольку видовой состав может использоваться в качестве индикатора здоровья экосистемы. [5] Методы штрих-кодирования и метабаркодирования особенно полезны при изучении исчезающих или неуловимых рыб, поскольку виды могут быть обнаружены без поимки или причинения вреда животным. [6]

Приложения [ править ]

Экологический мониторинг [ править ]

Биомониторинг водных экосистем требуется в соответствии с национальным и международным законодательством (например, Рамочной директивой по водным ресурсам и Рамочной директивой по морской стратегии ). Традиционные методы требуют много времени и включают разрушительные методы, которые могут нанести вред особям редких или охраняемых видов. Штрих-кодирование ДНК - относительно экономичный и быстрый метод определения водных сред обитания рыб. Присутствие или отсутствие ключевых видов рыб можно установить с помощью электронной ДНК по пробам воды, а также можно изучить пространственно-временное распределение видов рыб (например, время и место нереста ). Это может помочь обнаружить, например, воздействие физических препятствий, таких как строительство плотин и другие нарушения человека. Инструменты ДНК также используются вдиетические исследования рыб и построение водных пищевых сетей . Метабаркодирование содержимого кишечника или фекалий рыб позволяет идентифицировать недавно съеденные виды добычи. Однако следует учитывать вторичное хищничество. [7]

Инвазивные виды [ править ]

Раннее обнаружение жизненно важно для контроля и удаления неместных, экологически вредных видов (например, рыбы-льва ( Pterois sp.) В Атлантике и Карибском бассейне). Метабаркодирование eDNA можно использовать для обнаружения загадочных или инвазивных видов в водных экосистемах. [8]

Управление рыболовством [ править ]

Подходы штрих-кодирования и метабаркодирования позволяют получать точные и обширные данные о пополнении, экологии и географических ареалах рыбных ресурсов. Эти методы также улучшают знания о питомниках и нерестилищах, что приносит пользу управлению рыболовством. Традиционные методы оценки промысла, такие как отбор проб жаберных сетей или траление, могут быть очень разрушительными. Молекулярные методы предлагают альтернативу неинвазивному отбору проб. Например, штрих-кодирование и метабаркодирование могут помочь идентифицировать икры рыб по видам, чтобы обеспечить надежные данные для оценки запасов, поскольку они оказались более надежными, чем идентификация по фенотипическим признакам. Штрих-кодирование и метабаркодирование также являются мощными инструментами мониторинга квот на вылов и прилова. [9]

eDNA может обнаруживать и количественно определять численность некоторых анадромных видов, а также их временное распределение. Этот подход может быть использован для разработки соответствующих мер управления, особенно важных для коммерческого рыболовства. [10] [11]

Безопасность пищевых продуктов [ править ]

Глобализация цепочек поставок пищевых продуктов привела к росту неопределенности в отношении происхождения и безопасности рыбных продуктов. Штрих-кодирование может использоваться для подтверждения маркировки продуктов и отслеживания их происхождения. «Рыбное мошенничество» было обнаружено по всему миру. [12] [13] Недавнее исследование, проведенное в супермаркетах штата Нью-Йорк, показало, что 26,92% покупок морепродуктов с идентифицируемым штрих-кодом были неправильно маркированы. [14]

С помощью штрих-кодирования можно также отслеживать виды рыб, поскольку потребление рыбы может представлять опасность для здоровья человека . Кроме того, иногда биотоксины могут концентрироваться, когда токсины перемещаются вверх по пищевой цепочке. Один из примеров относится к видам коралловых рифов, где было обнаружено, что хищные рыбы, такие как барракуда, вызывают отравление рыбой сигуатера . Такие новые ассоциации с отравлением рыб можно обнаружить с помощью штрих-кодирования рыб.

Конфискованные акульи плавники

Защита исчезающих видов [ править ]

Штрих-кодирование может использоваться для сохранения исчезающих видов путем предотвращения незаконной торговли видами, внесенными в список СИТЕС . Существует большой черный рынок продуктов на основе рыбы, а также товаров для аквариумов и домашних животных. Чтобы защитить акул от чрезмерной эксплуатации, можно обнаружить незаконное использование супа из акульих плавников и традиционных лекарств. [15]

Методология [ править ]

Отбор проб в водной среде [ править ]

Сбор образцов эДНК

Водная среда имеет особые свойства, которые необходимо учитывать при отборе проб для метабаркодирования эДНК рыб . Отбор проб морской воды представляет особый интерес для оценки состояния морских экосистем и их биоразнообразия. Хотя дисперсия эДНК в морской воде велика, а соленость отрицательно влияет на сохранность ДНК, образец воды может содержать большое количество эДНК от рыбы в течение недели после отбора. Свободные молекулы, слизистая оболочка кишечника и остатки клеток кожи являются основными источниками эДНК рыб. [16]

По сравнению с морской средой, пруды обладают биологическими и химическими свойствами, которые могут влиять на обнаружение eDNA. Небольшой размер прудов по сравнению с другими водоемами делает их более чувствительными к условиям окружающей среды, таким как воздействие ультрафиолетового излучения и изменения температуры и pH. Эти факторы могут влиять на количество эДНК. Кроме того, деревья и густая растительность вокруг прудов представляют собой барьер, препятствующий аэрации воды ветром. Такие барьеры также могут способствовать накоплению химических веществ, нарушающих целостность эДНК. [17] Неоднородное распределение эДНК в прудах может повлиять на обнаружение рыб. Доступность еДНК рыб также зависит от стадии жизни, активности, сезонности и поведения. Наибольшее количество eDNA получается в результате нереста, личиночных стадий и размножения.[18]

Целевые регионы [ править ]

Дизайн праймера имеет решающее значение для успеха метабаркодирования. Некоторые исследования разработки праймеров описали цитохром B и 16S как подходящие области-мишени для метаболического кодирования рыб. Эванс et.al . (2016) описали, что наборы праймеров Ac16S и L2513 / H2714 способны точно определять виды рыб в различных мезокосмах. [19] Другое исследование, проведенное Валентини и др. (2016) показали, что пара праймеров L1848 / H1913, которая амплифицирует область локуса 12S рРНК, способна достичь высокого таксономического охвата и дискриминации даже с коротким целевым фрагментом. Это исследование также показало, что в 89% участков отбора проб метод метабаркодирования был аналогичен или даже превосходит традиционные методы (например, методы электролова и сетей). [20] Хэнфлинги другие. (2016) провели эксперименты по метабаркодированию, сосредоточенные на сообществах озерных рыб, с использованием пар праймеров 12S_F1 / 12S_R1 и CytB_L14841 / CytB_H15149, мишени которых были расположены в митохондриальных областях 12S и цитохрома B соответственно. Результаты показывают, что определение видов рыб было выше при использовании праймеров 12S, чем CytB. Это было связано с сохранением более коротких фрагментов 12S (~ 100 п.н.) по сравнению с более крупным ампликоном CytB (~ 460 п.н.). [21] В целом, эти исследования резюмируют, что особые соображения относительно дизайна и выбора праймеров должны приниматься в соответствии с целями и характером эксперимента.

Справочные базы данных по рыбам [ править ]

Исследователям во всем мире доступен ряд баз данных с открытым доступом. Правильная идентификация образцов рыб с помощью методов штрих-кодирования ДНК во многом зависит от качества и видового охвата имеющихся баз данных последовательностей.. Справочная база данных рыб - это электронная база данных, которая обычно содержит штрих-коды ДНК, изображения и геопространственные координаты исследованных образцов рыб. База данных может также содержать ссылки на ваучерные образцы, информацию о распространении видов, номенклатуру, авторитетную таксономическую информацию, сопутствующую информацию по естественной истории и ссылки на литературу. Справочные базы данных могут быть курированы, что означает, что записи подвергаются экспертной оценке перед включением, или некорректны, и в этом случае они могут включать большое количество справочных последовательностей, но с менее надежной идентификацией видов.

РЫБА-БОЛ

Запущенная в 2005 году инициатива «Рыбный штрих-код жизни» (FISH-BOL) www.fishbol.org представляет собой международное исследовательское сотрудничество, которое собирает стандартизированную библиотеку эталонных последовательностей ДНК для всех видов рыб. [22] Это согласованный глобальный исследовательский проект, целью которого является сбор и компоновка стандартизованных последовательностей штрих-кода ДНК и связанных данных о происхождении ваучера в тщательно подобранной библиотеке эталонных последовательностей, чтобы помочь молекулярной идентификации всех видов рыб. [23]

Если исследователи желают внести свой вклад в справочную библиотеку FISH-BOL, предоставляются четкие инструкции по сбору образцов, визуализации, сохранению и архивированию, а также протоколы сбора и отправки метаданных. [24] База данных Fish-BOL функционирует как портал к системе данных о штрих-кодах жизни (жирный шрифт) .

База штрих-кодирования рыб Французской Полинезии

База данные Французской Полинезии Рыба Barcoding содержит все образцы , захваченные во время нескольких мест поездки , организованной или в которых участвует CRIOBE (Центр острова исследования и экологическую обсерваторию) с 2006 года в архипелагах Французской Полинезии. Для каждого классифицированного образца может быть доступна следующая информация: научное название, изображение, дата, координата GPS, глубина и метод захвата, размер и последовательность ДНК субъединицы 1 цитохромоксидазы c (CO1). В базе данных можно вести поиск по названию (род или вид) или по части последовательности ДНК CO1.

Акваген

Aquagene - это совместный продукт, разработанный несколькими немецкими учреждениями. Он обеспечивает бесплатный доступ к тщательно отобранной генетической информации о морских видах рыб. База данных позволяет идентифицировать виды путем сравнения последовательностей ДНК. Все виды характеризуются множественными последовательностями генов, включая в настоящее время стандартный ген штрих-кодирования CO1 вместе с CYTB, MYH6 и (в ближайшее время) RHOD, что облегчает однозначное определение видов даже для близкородственных видов или видов с высоким внутривидовым разнообразием. Генетические данные дополняются онлайн дополнительными данными об отобранном образце, такими как цифровые изображения, номер ваучера и географическое происхождение.

Дополнительные ресурсы

Другие справочные базы данных, которые носят более общий характер, но также могут быть полезны для штрих-кодирования рыб, - это Barcode of Life Datasystem и Genbank . 

Преимущества [ править ]

Штриховое кодирование / метабаркодирование обеспечивает быструю и обычно надежную идентификацию видов, а это означает, что морфологическая идентификация, то есть таксономическая экспертиза, не требуется. Метабаркодирование также позволяет идентифицировать виды, когда организмы деградируют [25] или доступна только часть организма. Это мощный инструмент для обнаружения редких и / или инвазивных видов, которые могут быть обнаружены, несмотря на низкую численность. Традиционные методы оценки биоразнообразия, [6] численности и плотности рыб включают использование таких снастей, как сети, оборудование для электролова, [6]тралы, садки, рыболовные сети или другое снаряжение, показывающее надежные результаты присутствия только для многочисленных видов. Напротив, редкие местные виды, а также недавно появившиеся чужеродные виды с меньшей вероятностью будут обнаружены традиционными методами, что приводит к неверным предположениям об отсутствии / присутствии. [6] Штрих-кодирование / метабаркодирование также в некоторых случаях является неинвазивным методом отбора проб, поскольку оно дает возможность анализировать ДНК из электронной ДНК или путем отбора проб живых организмов. [26] [27] [28]

Для паразитов рыб метабаркодирование позволяет обнаруживать скрытых или микроскопических паразитов в водной среде, что затруднительно при использовании более прямых методов (например, определение видов по образцам с помощью микроскопии). Некоторые паразиты обладают загадочной изменчивостью, и метабаркодирование может быть полезным методом в раскрытии этого. [29]

Применение метабаркодирования eDNA является экономически эффективным при больших обследованиях или когда требуется много выборок. eDNA может снизить затраты на вылов рыбы, транспортировку образцов и время, затрачиваемое систематиками, и в большинстве случаев для надежного обнаружения требуется лишь небольшое количество ДНК от целевых видов. Еще одним преимуществом является постоянное снижение цен на штрихкодирование / метабаркодирование из-за технического развития. [2] [20] [30] Подход eDNA также подходит для мониторинга недоступных сред.

Проблемы [ править ]

Результаты, полученные от метабаркодирования, ограничены или смещены в зависимости от частоты появления. Также проблематично то, что далеко не ко всем видам прикреплены штрих-коды. [25]

Несмотря на то, что метабаркодирование может преодолеть некоторые практические ограничения традиционных методов выборки, до сих пор нет единого мнения относительно дизайна эксперимента и биоинформатических критериев для применения метабаркодирования eDNA. Отсутствие критериев объясняется неоднородностью проведенных к настоящему времени экспериментов и исследований, которые касались различного разнообразия и численности рыб, типов водных экосистем, количества маркеров и особенностей маркеров. [30]

Еще одна важная проблема для метода - это количественная оценка численности рыб на основе молекулярных данных. Хотя в некоторых случаях количественная оценка была возможна [31], похоже, нет единого мнения о том, как и в какой степени молекулярные данные могут соответствовать этой цели для мониторинга рыб. [32]

См. Также [ править ]

Подробную информацию о штрих-кодировании ДНК различных организмов можно найти здесь:

Штрих-кодирование ДНК

Штрих-кодирование ДНК при оценке диеты

Штрих-кодирование ДНК водорослей

Штрих-кодирование микробной ДНК

Штрих-кодирование ДНК водных макробеспозвоночных

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c Рис, Хелен С .; Мэддисон, Бен С .; Миддледич, Дэвид Дж .; Патмор, Джеймс Р.М.; Гоф, Кевин С. (2014). Криспо, Эрика (ред.). «ОБЗОР: Обнаружение видов водных животных с использованием ДНК окружающей среды - обзор электронной ДНК как инструмента исследования в области экологии» (PDF) . Журнал прикладной экологии . 51 (5): 1450–1459. DOI : 10.1111 / 1365-2664.12306 .
  2. ^ a b Goldberg, Caren S .; Тернер, Кэмерон Р .; Дейнер, Кристи; Климус, Кэти Э .; Томсен, Филип Фрэнсис; Мерфи, Мелани А .; Копье, Стивен Ф .; Макки, Анна; Ойлер-МакКанс, Сара Дж. (2016). Гилберт, М. (ред.). «Важнейшие соображения по применению методов экологической ДНК для обнаружения водных видов» . Методы экологии и эволюции . 7 (11): 1299–1307. DOI : 10.1111 / 2041-210X.12595 .
  3. ^ Томсен, Филип Фрэнсис; Виллерслев, Эске (2015). «Экологическая ДНК - новый инструмент в области сохранения для мониторинга прошлого и настоящего биоразнообразия» . Биологическая консервация . 183 : 4–18. DOI : 10.1016 / j.biocon.2014.11.019 .
  4. ^ а б "РЫБКА-БОЛ" . www.fishbol.org . Проверено 28 марта 2019 .
  5. ^ Hänfling, Бернд; Лоусон Хэндли, Лори; Прочтите, Daniel S .; Хан, Кристоф; Ли, Цзяньлун; Николс, Пол; Blackman, Rosetta C .; Оливер, Анна; Уинфилд, Ян Дж. (2016). «Метабаркодирование экологической ДНК сообществ озерных рыб отражает долгосрочные данные, полученные на основе установленных методов исследования» (PDF) . Молекулярная экология . 25 (13): 3101–3119. DOI : 10.1111 / mec.13660 . PMID 27095076 . S2CID 21984641 .   
  6. ^ a b c d Jerde, Кристофер Л .; Mahon, Andrew R .; Чаддертон, У. Линдси; Лодж, Дэвид М. (2011). « » Взгляд-невидимо «обнаружение редких водных видов с использованием экологической ДНК: Эдно наблюдением редких водных видов» . Письма о сохранении . 4 (2): 150–157. DOI : 10.1111 / j.1755-263X.2010.00158.x . S2CID 39849851 . 
  7. ↑ Ким, Хён Ву; Пак, Хён; Бэк, Ган Ук; Ли, Джэ-Бонг; Ли, Су Рин; Кан, Хе-Ын; Юн, Тэ Хо (2017-11-07). «Анализ метабаркодирования содержимого желудков антарктического клыкача (Dissostichus mawsoni), собранного в Антарктическом океане» . PeerJ . 5 : e3977. DOI : 10,7717 / peerj.3977 . ISSN 2167-8359 . PMC 5680711 . PMID 29134141 .   
  8. ^ Баласингем, Кэтрин Д .; Уолтер, Райан П .; Мандрак, Николас Э .; Хит, Дэниел Д. (январь 2018 г.). «Обнаружение ДНК в окружающей среде редких и инвазивных видов рыб в двух притоках Великих озер» . Молекулярная экология . 27 (1): 112–127. DOI : 10.1111 / mec.14395 . ISSN 1365-294X . PMID 29087006 . S2CID 25718606 .   
  9. ^ Коста, Филипе О; Карвалью, Гэри Р. (декабрь 2007 г.). «Инициатива« Штрих-код жизни »: синопсис и предполагаемые социальные последствия ДНК-штрих-кодирования рыб» . Геномика, общество и политика . 3 (2): 29. DOI : 10,1186 / 1746-5354-3-2-29 . ISSN 1746-5354 . PMC 5425017 .  
  10. ^ Плуг, Людовик V .; Огберн, Мэтью Б.; Фитцджеральд, Кэтрин Л .; Геранио, Роза; Marafino, Gabriella A .; Ричи, Кимберли Д. (2018-11-01). Дои, Хидеюки (ред.). «Анализ ДНК окружающей среды речной сельди в Чесапикском заливе: мощный инструмент для мониторинга ключевых видов, находящихся под угрозой исчезновения» . PLOS ONE . 13 (11): e0205578. Bibcode : 2018PLoSO..1305578P . DOI : 10.1371 / journal.pone.0205578 . ISSN 1932-6203 . PMC 6211659 . PMID 30383750 .   
  11. ^ Эванс, Натан Т .; Ламберти, Гэри А. (январь 2018 г.). «Оценка пресноводного рыболовства с использованием ДНК окружающей среды: учебник по методу, его потенциалу и недостаткам в качестве инструмента сохранения». Рыболовные исследования . 197 : 60–66. DOI : 10.1016 / j.fishres.2017.09.013 .
  12. ^ Баркачча, Джанни; Лучин, Маргарита; Кассандро, Мартино (29 декабря 2015 г.). «Штрих-кодирование ДНК как молекулярный инструмент для отслеживания неправильной маркировки и пищевого пиратства» (PDF) . Разнообразие . 8 (4): 2. DOI : 10,3390 / d8010002 . ISSN 1424-2818 .  
  13. ^ Валентини, Паола; Галимберти, Андреа; Меццасалма, Валерио; Де Маттиа, Фабрицио; Казираги, Маурицио; Лабра, Массимо; Помпа, Пьер Паоло (2017-07-03). «Штрих-кодирование ДНК встречает нанотехнологию: разработка универсального колориметрического теста для проверки подлинности пищевых продуктов». Angewandte Chemie International Edition . 56 (28): 8094–8098. DOI : 10.1002 / anie.201702120 . PMID 28544553 . 
  14. ^ Сиэтл, Новости безопасности пищевых продуктов 1012, Пятый этаж Первой авеню; Вашингтон 98104-1008 (18 декабря 2018 г.). «Исследование показывает, что мошенничество с рыбой является обычным явлением в штате Нью-Йорк: AG предупреждает сети супермаркетов» . Новости безопасности пищевых продуктов . Проверено 28 марта 2019 .
  15. ^ Steinke, Дирк; Бернар, Андреа М .; Хорн, Ревекка Л .; Хилтон, Пол; Ханнер, Роберт; Шивджи, Махмуд С. (2017-08-25). «Анализ ДНК проданных акульих плавников и жаберных пластин мобулид показывает высокую долю видов, требующих сохранения» . Научные отчеты . 7 (1): 9505. Bibcode : 2017NatSR ... 7.9505S . DOI : 10.1038 / s41598-017-10123-5 . ISSN 2045-2322 . PMC 5573315 . PMID 28842669 .   
  16. ^ Томсен, Филип Фрэнсис; Килгаст, Йос; Иверсен, Ларс Лёнсманн; Мёллер, Питер Раск; Расмуссен, Мортен; Виллерслев, Эске (2012-08-29). Линь, Сенджи (ред.). «Обнаружение разнообразной фауны морских рыб с использованием ДНК окружающей среды из образцов морской воды» . PLOS ONE . 7 (8): e41732. Bibcode : 2012PLoSO ... 741732T . DOI : 10.1371 / journal.pone.0041732 . ISSN 1932-6203 . PMC 3430657 . PMID 22952584 .   
  17. ^ Голдберг, Карен S .; Стриклер, Кэтрин М .; Фремье, Александр К. (август 2018 г.). «Деградация и дисперсия ограничивают обнаружение ДНК редких земноводных в водно-болотных угодьях в окружающей среде: повышение эффективности схем отбора проб». Наука об окружающей среде в целом . 633 : 695–703. Bibcode : 2018ScTEn.633..695G . DOI : 10.1016 / j.scitotenv.2018.02.295 . PMID 29602110 . 
  18. ^ Харпер, Линси Р .; Бакстон, Эндрю С .; Rees, Helen C .; Брюс, Кэт; Брис, Рейн; Хальфмартен, Дэвид; Прочтите, Daniel S .; Уотсон, Хейли В .; Сэйер, Карл Д. (01.01.2019). «Перспективы и проблемы мониторинга экологической ДНК (эДНК) в пресноводных водоемах» . Hydrobiologia . 826 (1): 25–41. DOI : 10.1007 / s10750-018-3750-5 . ISSN 1573-5117 . 
  19. ^ Эванс, Натан Т .; Olds, Brett P .; Реншоу, Марк А .; Тернер, Кэмерон Р .; Ли, Юань; Jerde, Christopher L .; Mahon, Andrew R .; Pfrender, Michael E .; Ламберти, Гэри А. (январь 2016 г.). «Количественная оценка разнообразия видов рыб и земноводных в мезокосме через метабаркодирование ДНК в окружающей среде» . Ресурсы молекулярной экологии . 16 (1): 29–41. DOI : 10.1111 / 1755-0998.12433 . PMC 4744776 . PMID 26032773 .  
  20. ^ а б Валентини, Алиса; Таберле, Пьер; Мяуд, Клод; Сивад, Рафаэль; Гердер, Джелгер; Томсен, Филип Фрэнсис; Беллемейн, Ева; Безнар, Орелиен; Куассак, Эрик (февраль 2016 г.). «Мониторинг водного биоразнообразия нового поколения с использованием метабаркодирования ДНК окружающей среды» (PDF) . Молекулярная экология . 25 (4): 929–942. DOI : 10.1111 / mec.13428 . PMID 26479867 . S2CID 2801412 .   
  21. ^ Hänfling, Бернд; Хэндли, Лори Лоусон; Прочтите, Daniel S .; Хан, Кристоф; Ли, Цзяньлун; Николс, Пол; Blackman, Rosetta C .; Оливер, Анна; Уинфилд, Ян Дж. (2016). «Метабаркодирование экологической ДНК сообществ озерных рыб отражает долгосрочные данные, полученные на основе установленных методов исследования» (PDF) . Молекулярная экология . 25 (13): 3101–3119. DOI : 10.1111 / mec.13660 . ISSN 1365-294X . PMID 27095076 . S2CID 21984641 .    
  22. ^ Уорд, RD; Hanner, R .; Хеберт, ПДН (2009). «Кампания по штрихкодированию ДНК всех рыб, FISH-BOL». Журнал биологии рыб . 74 (2): 329–356. DOI : 10.1111 / j.1095-8649.2008.02080.x . ISSN 1095-8649 . PMID 20735564 . S2CID 3905635 .   
  23. ^ Беккер, Свен; Ханнер, Роберт; Стейнке, Дирк (2011). «Пять лет FISH-BOL: Краткий отчет о состоянии дел» . Митохондриальная ДНК . 22 (sup1): 3–9. DOI : 10.3109 / 19401736.2010.535528 . ISSN 1940-1736 . PMID 21271850 .  
  24. ^ Steinke, Дирк; Ханнер, Роберт (2011). «Протокол сотрудников FISH-BOL» . Митохондриальная ДНК . 22 (sup1): 10–14. DOI : 10.3109 / 19401736.2010.536538 . ISSN 1940-1736 . PMID 21261495 .  
  25. ^ а б Хармс-Туохи, Калифорния; Schizas, Nv; Аппелдорн, рупии (2016-10-25). «Использование метабаркодирования ДНК для анализа содержимого желудка у инвазивных крылаток Pterois volitans в Пуэрто-Рико» . Серия «Прогресс морской экологии» . 558 : 181–191. Bibcode : 2016MEPS..558..181H . DOI : 10,3354 / meps11738 . ISSN 0171-8630 . 
  26. ^ Корс, Эммануэль; Костедоат, Кэролайн; Чаппа, Реми; Печ, Николас; Мартин, Жан-Франсуа; Жиль, Андре (январь 2010 г.). «Основанный на ПЦР метод анализа рациона пресноводных организмов с использованием штрих-кодирования 18S рДНК в фекалиях: штрих-кодирование ДНК в рационе пресноводных организмов». Ресурсы молекулярной экологии . 10 (1): 96–108. DOI : 10.1111 / j.1755-0998.2009.02795.x . PMID 21564994 . S2CID 25358568 .  
  27. ^ Тагучи, Т .; Miura, Y .; Krueger, D .; Сугиура, С. (май 2014 г.). «Использование методов анализа содержимого желудка и фекальной ДНК для оценки пищевого поведения большеротого окуня Micropterus salmoides и bluegill Lepomis macrochirus: анализ содержимого желудка и ДНК фекалий». Журнал биологии рыб . 84 (5): 1271–1288. DOI : 10.1111 / jfb.12341 . PMID 24661110 . 
  28. ^ Guillerault, N .; Bouletreau, S .; Ирибар, А .; Валентини, А .; Сантул, Ф. (май 2017 г.). «Применение метабаркодирования ДНК в фекалиях для идентификации диеты Silurus glanis европейского сома: метабаркодирование ДНК фекалий s. Glanis». Журнал биологии рыб . 90 (5): 2214–2219. DOI : 10.1111 / jfb.13294 . PMID 28345142 . S2CID 38780611 .  
  29. ^ Хартикайнен, Ханна; Груль, Александр; Окамура, Бет (июль 2014 г.). «Диверсификация и повторяющиеся морфологические переходы у эндопаразитических книдарий (Myxozoa: Malacosporea)». Молекулярная филогенетика и эволюция . 76 : 261–269. DOI : 10.1016 / j.ympev.2014.03.010 . PMID 24675700 . 
  30. ^ a b Эванс, Натан Т .; Ли, Юань; Реншоу, Марк А .; Olds, Brett P .; Дейнер, Кристи; Тернер, Кэмерон Р .; Jerde, Christopher L .; Лодж, Дэвид М .; Ламберти, Гэри А. (сентябрь 2017 г.). «Оценка рыбного сообщества с метабаркодированием eDNA: эффекты дизайна выборки и биоинформатической фильтрации» . Канадский журнал рыболовства и водных наук . 74 (9): 1362–1374. DOI : 10.1139 / cjfas-2016-0306 . hdl : 1807/77359 . ISSN 0706-652X . 
  31. ^ Маруяма, Ацуши; Сугатани, Коусукэ; Ватанабэ, Кадзуки; Яманака, Хироки; Имамура, Акио (2018). «Анализ ДНК окружающей среды как неинвазивный количественный инструмент для репродуктивной миграции исчезающих эндемичных рыб в реках» . Экология и эволюция . 8 (23): 11964–11974. DOI : 10.1002 / ece3.4653 . PMC 6303803 . PMID 30598791 .  
  32. ^ Шоу, Дженнифер Лос-Анджелес; Кларк, Лоуренс Дж .; Wedderburn, Scotte D .; Barnes, Thomas C .; Weyrich, Laura S .; Купер, Алан (2016). «Сравнение метабаркодирования ДНК окружающей среды и традиционных методов исследования рыбы в речной системе». Биологическая консервация . 197 : 131–138. DOI : 10.1016 / j.biocon.2016.03.010 .