Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Усач , лептура quadrifasciata , является примером цветка-посещений насекомого найден в исследовании , которое показало , что что экологическая ДНК (EDNA) от членистоногихов оседают на диких цветы после взаимодействий  [1]
Часть серии по
Штрих-кодирование ДНК
DNA Barcoding.png
 
Штрих- кодирование ДНК • Метабаркодирование
 
По таксонам
Другой

Экологическая ДНК или эДНК - это ДНК, которая собирается из различных образцов окружающей среды, таких как почва , морская вода , снег или даже воздух [2], а не напрямую из отдельного организма. Когда различные организмы взаимодействуют с окружающей средой, ДНК изгоняется и накапливается в их окружении. Примеры источников эДНК включают, но не ограничиваются ими, кал , слизь , гаметы , потерянную кожу, туши и волосы . [3] Такие образцы можно анализировать с помощью высокопроизводительного секвенирования ДНК.методы, известные как метагеномика , метабаркодирование и обнаружение одного вида, [4] для быстрого мониторинга и измерения биоразнообразия . Чтобы лучше различать организмы в образце, используется метабаркодирование ДНК, при котором образец анализируется и использует ранее изученные библиотеки ДНК, такие как BLAST , для определения присутствующих организмов. [5]

Метабаркодирование eDNA - это новый метод оценки биоразнообразия, при котором образцы берутся из окружающей среды через воду, осадок или воздух, из которых извлекается ДНК, а затем амплифицируются с использованием общих или универсальных праймеров в полимеразной цепной реакции и секвенируются с использованием секвенирования следующего поколения для получения тысяч к миллионам прочтений. По этим данным можно определить присутствие видов и оценить общее биоразнообразие. Это междисциплинарный метод, объединяющий традиционную полевую экологию с глубокими молекулярными методами и передовыми вычислительными инструментами. [6]

Анализ eDNA имеет большой потенциал не только для мониторинга распространенных видов, но и для генетического обнаружения и идентификации других существующих видов, которые могут повлиять на усилия по сохранению. [7] Этот метод позволяет проводить биомониторинг, не требуя сбора живых организмов, создавая возможность изучать организмы, которые являются инвазивными, неуловимыми или находящимися под угрозой исчезновения, без антропогенного воздействия на организм. Доступ к этой генетической информации вносит решающий вклад в понимание размера популяции, распределения видов и динамики популяций для видов, которые недостаточно документированы. Целостность образцов эДНК зависит от их сохранности в окружающей среде.

Почва, вечная мерзлота , пресная и морская вода - это хорошо изученные макросреды, из которых были извлечены образцы eDNA, каждая из которых включает в себя гораздо больше кондиционированных сред . [8] Благодаря своей универсальности, eDNA применяется во многих субсредах, таких как отбор проб пресной воды, отбор проб морской воды, отбор проб наземной почвы (вечная мерзлота в тундре), отбор проб водной почвы (реки, озера, пруды и океанические отложения) [9] или других среды, в которых обычные процедуры отбора проб могут стать проблематичными. [8]

Обзор [ править ]

Экологическая ДНК или эДНК описывает генетический материал, присутствующий в образцах окружающей среды, таких как отложения, вода и воздух, включая целые клетки, внеклеточную ДНК и, возможно, целые организмы. [10] [11] еДНК может быть получена из образцов окружающей среды и сохранена, извлечена, амплифицирована, секвенирована и классифицирована на основе ее последовательности. [12] На основании этой информации возможно обнаружение и классификация видов. eDNA может поступать из кожи, слизистых, слюны, спермы, секретов, яиц, фекалий, мочи, крови, корней, листьев, фруктов, пыльцы и гниющих тел более крупных организмов, в то время как микроорганизмы могут быть получены целиком. [13] [14] [11]Производство eDNA зависит от биомассы, возраста и кормовой активности организма, а также от физиологии, истории жизни и использования пространства. [11] [15] [16] [6]

Мониторинг глобальной экосистемы и биоразнообразия
с помощью метабаркодирования ДНК окружающей среды  [6]

Несмотря на то, что это относительно новый метод исследования, eDNA уже доказала, что имеет огромный потенциал в биологическом мониторинге. Обычные методы исследования богатства и численности ограничены таксономической идентификацией, могут вызывать нарушение или разрушение среды обитания и могут полагаться на методы, с помощью которых трудно обнаружить мелкие или неуловимые виды, что делает невозможными оценки для целых сообществ. eDNA может дополнять эти методы, ориентируясь на разные виды, делая выборку большего разнообразия и увеличивая таксономическое разрешение . [17] Кроме того, eDNA способна обнаруживать редкие виды, но не определять информацию о качестве популяции, такую ​​как соотношение полов и состояние тела, поэтому она идеально подходит для дополнения традиционных исследований. [15] [17]Тем не менее, у него есть полезные приложения для обнаружения первых появлений инвазивных видов, продолжающегося присутствия местных видов, которые считаются вымершими или иным образом находящимися под угрозой, а также других неуловимых видов, встречающихся с низкой плотностью, которые было бы трудно обнаружить традиционными средствами. [6]

Деградация eDNA в окружающей среде ограничивает объем исследований eDNA, поскольку часто остаются только небольшие сегменты генетического материала, особенно в теплых тропических регионах. Кроме того, различная продолжительность времени до разложения в зависимости от условий окружающей среды и способности ДНК перемещаться по средам, таким как вода, могут повлиять на вывод мелкомасштабных пространственно-временных тенденций видов и сообществ. [18] [13] [19] [15] [17] [16] Несмотря на эти недостатки, eDNA все еще может определять относительную или ранжированную численность, поскольку некоторые исследования показали, что она соответствует биомассе, хотя вариации, присущие окружающей среде образцы затрудняют количественную оценку. [14] [11]Хотя электронная ДНК имеет множество применений в области сохранения, мониторинга и оценки экосистем, а также другие области, которые еще предстоит описать, сильно изменчивые концентрации электронной ДНК и потенциальная неоднородность в водном объекте делают необходимым оптимизацию процедуры, в идеале с помощью пилотного исследования. для каждого нового приложения, чтобы убедиться, что план выборки подходит для обнаружения цели. [20] [15] [17] [6]

ДНК сообщества [ править ]

Хотя определение eDNA кажется простым, границы между различными формами ДНК становятся размытыми, особенно по сравнению с ДНК сообщества , которая описывается как объемные образцы организмов. [17] Возникает вопрос относительно целых микроорганизмов, захваченных в образцах эДНК: изменяют ли эти организмы классификацию образца на образец ДНК сообщества? Кроме того, классификация генетического материала фекалий проблематична и часто называется эДНК. [17] Дифференциация между ними важна, поскольку ДНК сообщества указывает на присутствие организма в определенное время и в определенном месте, в то время как эДНК могла происходить из другого места, из фекалий хищников или из прошлого присутствия, однако такая дифференциация часто невозможна. [21][17] Тем не менее, eDNA можно условно классифицировать как включающую многие секторы исследований биоразнообразия ДНК, включая анализ фекалий и объемные образцы, когда они применимы к исследованиям биоразнообразия и анализу экосистем. [6]

метабаркодирование eDNA [ править ]

Применение метабаркодирования ДНК окружающей среды в водных и наземных экосистемах  [6]
Дополнительная информация: Metabarcoding

К 2019 году методы исследования электронной ДНК были расширены, чтобы можно было оценивать целые сообщества по единой выборке. Этот процесс включает в себя метабаркодирование , которое можно точно определить как использование общих или универсальных праймеров полимеразной цепной реакции (ПЦР) на смешанных образцах ДНК любого происхождения с последующим высокопроизводительным секвенированием следующего поколения (NGS) для определения видового состава образец. Этот метод был широко распространен в микробиологии в течение многих лет, но только сейчас находит свое применение в оценке макроорганизмов. [18] [21] [17]Экосистемные приложения метабаркодирования eDNA имеют потенциал не только для описания сообществ и биоразнообразия, но также для обнаружения взаимодействий и функциональной экологии в больших пространственных масштабах, хотя это может быть ограничено ложными показаниями из-за загрязнения или других ошибок. [14] [22] [21] [16] В целом, метабаркодирование eDNA увеличивает скорость, точность и идентификацию по сравнению с традиционным штрих-кодированием и снижает стоимость, но его необходимо стандартизировать и унифицировать, объединяя таксономию и молекулярные методы для полного экологического исследования. [18] [23] [24] [25] [16] [6]

Метабаркодирование eDNA применяется для мониторинга разнообразия во всех средах обитания и таксономических групп, реконструкции древних экосистем, взаимодействия растений и опылителей , анализа рациона, обнаружения инвазивных видов, реакции на загрязнение и мониторинга качества воздуха. Метабаркодирование eDNA - это уникальный метод, который все еще находится в стадии разработки и, вероятно, будет продолжать развиваться в течение некоторого времени по мере того, как технологические достижения и процедуры будут стандартизированы. Однако по мере того, как метабаркодирование оптимизируется и его использование становится все более широко распространенным, оно, вероятно, станет важным инструментом для экологического мониторинга и изучения глобального сохранения. [6]

Внеклеточная и реликтовая ДНК [ править ]

Динамика реликтовой ДНК  [26]

Внеклеточная ДНК, иногда называемая реликтовой ДНК, представляет собой ДНК мертвых микробов. Голая внеклеточная ДНК (еДНК), большая часть которой высвобождается в результате гибели клеток, почти повсеместна в окружающей среде. Его концентрация в почве может достигать 2 мкг / л, а в естественной водной среде может достигать 88 мкг / л. [27] Для еДНК были предложены различные возможные функции: она может участвовать в горизонтальном переносе генов ; [28] он может обеспечивать питательными веществами; [29] и может действовать как буфер для набора или титрования ионов или антибиотиков. [30] Внеклеточная ДНК действует как функциональный компонент внеклеточного матрикса в биопленках.нескольких видов бактерий. Он может действовать как фактор распознавания, чтобы регулировать прикрепление и распространение определенных типов клеток в биопленке; [31] это может способствовать образованию биопленок; [32] и может способствовать физической прочности биопленки и устойчивости к биологическому стрессу. [33]

Под названием экологической ДНК эДНК все чаще используется в естественных науках в качестве инструмента исследования экологии , мониторинга перемещений и присутствия видов в воде, воздухе или на суше, а также оценки биоразнообразия местности. [34] [35]

На диаграмме справа количество реликтовой ДНК в микробной среде определяется входными данными, связанными со смертностью жизнеспособных людей с интактной ДНК, и потерями, связанными с деградацией реликтовой ДНК. Если разнообразие последовательностей, содержащихся в пуле реликтовой ДНК, в достаточной степени отличается от такового в пуле интактной ДНК, то реликтовая ДНК может искажать оценки микробного биоразнообразия (как показано разноцветными прямоугольниками) при отборе образцов из общей (интактной + реликтовой) ДНК. бассейн. [26] Стандартные данные об инициативах (STARDIT) были предложены в качестве одного из способов стандартизации как данных о методах выборки и анализа, так и таксономических и онтологических взаимосвязях. [36]

Коллекция [ править ]

Сплошная керна подледниковых водных отложений
Цилиндрическая платформа может проходить через скважину доступа и проникать в отложения. Свинцовые тросы соединяют надводную лебедку и подводную платформу, а пробоотборник с тросом может неоднократно проходить через одну и ту же скважину для отложений, направляемую с помощью тросов. [37]

Земные отложения [ править ]

Важность анализа eDNA проистекает из признания ограничений, представленных исследованиями на основе культуры . [7] Организмы приспособились к развитию в особых условиях своей естественной среды обитания. Хотя ученые работают над имитацией этих сред, многие микробные организмы невозможно удалить и культивировать в лабораторных условиях. [8] Самая ранняя версия этого анализа началась с рибосомальной РНК ( рРНК ) в микробах, чтобы лучше понять микробы, которые живут во враждебной среде. [38] Генетический состав некоторых микробов тогда доступен только через анализ eDNA. Аналитические методы eDNA были впервые применены к наземным отложениям.получение ДНК как вымерших, так и современных млекопитающих, птиц, насекомых и растений. [39] Образцы , извлеченные из этих земных отложений , как правило , ссылаются как «осадочной древней ДНК» ( SEDa ДНК или грязь ДНК). [40] Анализ eDNA также может быть использован для изучения существующих лесных сообществ, включая все, от птиц и млекопитающих до грибов и червей. [8] Образцы могут быть получены из почвы, фекалий, «ДНК укусов», из которых были укушены листья, растений и листьев, на которых были животные, а также из крови отловленных комаров, которые могли поедать кровь любых животных в этом районе. [41]. Некоторые методы могут также пытаться захватить клетки с помощью ловушек для волос и наждачной бумаги в областях, обычно пересекаемых целевыми видами.

Водные отложения [ править ]

Впоследствии sedaDNA была использована для изучения разнообразия древних животных и проверена с использованием известных летописей окаменелостей в водных отложениях. [8] Водные отложения лишены кислорода и, таким образом, защищают ДНК от разложения. [8] Помимо древних исследований, этот подход можно использовать для понимания современного разнообразия животных с относительно высокой чувствительностью. В то время как в типичных образцах воды ДНК может деградировать относительно быстро, образцы водных отложений могут иметь полезную ДНК через два месяца после появления вида. [42] Одна проблема с водными отложениями заключается в том, что неизвестно, где организм отложил эДНК, поскольку она могла перемещаться в толще воды.

Aquatic (водная толща) [ править ]

Изучение eDNA в водной толще может указать на состав сообщества водоема. До появления электронной ДНК основными способами изучения разнообразия открытой воды было использование рыбной ловли и отлова ловушек, что требовало таких ресурсов, как финансирование и квалифицированная рабочая сила, тогда как для электронной ДНК нужны только образцы воды. [9] Этот метод эффективен, поскольку pH воды не влияет на ДНК так сильно, как считалось ранее, и чувствительность может быть относительно легко увеличена. [9] [43] Чувствительность - это степень вероятности присутствия маркера ДНК в отобранной воде, и ее можно повысить, просто взяв больше образцов, взяв образцы большего размера и увеличив количество ПЦР . [43]eDNA относительно быстро разлагается в толще воды, что очень полезно в краткосрочных исследованиях сохранения, таких как определение присутствующих видов. [8]

Исследователи из экспериментальной зоны озер в Онтарио, Канада и Университета Макгилла обнаружили, что распределение электронной ДНК отражает стратификацию озера . [44] По мере изменения времен года и температуры воды плотность воды также меняется, так что летом и зимой она образует отдельные слои в небольших бореальных озерах. Эти слои смешиваются весной и осенью. [45] Использование среды обитания рыбы коррелирует со стратификацией (например, холодноводная рыба, такая как озерная форель, будет оставаться в холодной воде), как и распределение eDNA, как обнаружили эти исследователи. [44]

Схема бурового судна, собирающего керн отложений для анализа sedaDNA, и гипотетический состав морского сообщества в прошлом. Схема не в масштабе. [46]
Схема различных методологических подходов в современной и древней морской геномике. (а) Метабаркодирование - это амплификация и анализ фрагментов ДНК одинакового размера из общего экстракта ДНК. (б) Метагеномика - это выделение, амплификация и анализ всех фрагментов ДНК независимо от размера. (c) Захват мишени описывает обогащение и анализ конкретных (выбранных) фрагментов ДНК независимо от размера из общего экстракта ДНК. [46]

На приведенной выше диаграмме слева розовая пунктирная линия указывает на использование химического индикатора для отслеживания загрязнения во время отбора керна. Белой пунктирной линией показан керн осадка. Маленькие желтые кружки обозначают теоретические интервалы отбора проб седаДНК, соответствующие круговой диаграмме справа. Круговые диаграммы представляют гипотетические палеосообщества, обнаруживаемые с помощью дробового анализа sedaDNA, где большинство (~ 75%) восстановленных последовательностей sedaDNA происходят от бактерий, и где sedaDNA от фоссилизирующихся / цистообразующих таксонов увеличивается по сравнению с нефоссилизирующимися / нецистовыми -образующие таксоны с глубиной под дном (при условии, что седаДНК фоссилизирующихся / цистообразующих таксонов сохраняется лучше, чем таксонов нефоссилизирующихся / не образующих цисты). Уменьшение размера круговых диаграмм с увеличением глубины дна указывает на ожидаемое уменьшение sedaDNA.[46]

Наблюдение за видами [ править ]

eDNA может использоваться для мониторинга видов в течение года и может быть очень полезной при мониторинге сохранения. [47] [48] Анализ eDNA оказался успешным в идентификации многих различных таксонов водных растений, [49] рыб, [48] мидий, [47] грибов [50] [51] и даже паразитов. [52] [38] eDNA использовалась для изучения видов при минимизации любого стресса, вызывающего взаимодействие человека, что позволяет исследователям более эффективно отслеживать присутствие видов в более крупных пространственных масштабах. [53] [54]Наиболее распространенным использованием в текущих исследованиях является использование электронной ДНК для изучения местонахождения видов, подверженных риску, инвазивных видов и ключевых видов во всех средах. [53] eDNA особенно полезна для изучения видов с небольшими популяциями, потому что eDNA достаточно чувствительна, чтобы подтвердить присутствие вида с относительно небольшими усилиями по сбору данных, что часто можно сделать с образцом почвы или воды. [7] [53] eDNA полагается на эффективность геномного секвенирования и анализа, а также на используемые методы обследования, которые продолжают становиться все более эффективными и дешевыми. [55] Некоторые исследования показали, что эДНК, отобранная из ручья и прибрежной среды, распадалась до неопределяемого уровня в течение примерно 48 часов. [56] [57]

Экологическая ДНК может применяться как инструмент для обнаружения малочисленных организмов как в активных, так и в пассивных формах. Активные исследования eDNA нацелены на отдельные виды или группы таксонов для обнаружения с помощью высокочувствительных видоспецифичных количественных ПЦР в реальном времени [58] или цифровых маркеров капельной ПЦР . [59] Методология CRISPR-Cas также применялась для обнаружения отдельных видов по eDNA; [60] с использованием фермента Cas12a и обеспечения большей специфичности при обнаружении симпатрических таксонов. Обследования Пассивной Эдна используют массивно-параллельное секвенирование ДНК , чтобы усилить все молекулы Эдна в образце, без априорных целей в виде предоставления веерной ДНК доказательств состава биотических сообществ. [61]

Управление рыболовством [ править ]

Перелов канадского промысла северной трески привел к катастрофическому коллапсу  [62]
В этом примере рыба оставляет eDNA в следе, когда движется по воде, но след медленно исчезает с течением времени.

Успешное управление коммерческим рыболовством зависит от стандартизированных съемок для оценки количества и распределения рыбных запасов . Атлантическая треска (Gadus morhua) является ярким примером, демонстрирующим, как плохо ограниченные данные и неосведомленное принятие решений могут привести к катастрофическому сокращению запасов и связанным с этим экономическим и социальным проблемам. [63] Традиционные оценки запасов демерсальных видов рыб основывались в первую очередь на траловых съемках, которые предоставили ценный поток информации лицам, принимающим решения. [64] Однако у демерсальных траловых съемок есть некоторые заметные недостатки, в том числе стоимость,[65] избирательность / уловистость снастей, [66] разрушение среды обитания [67] и ограниченный охват (например, дно с твердым субстратом, охраняемые морские районы). [68]

Экологическая ДНК (eDNA) стала потенциально мощной альтернативой для изучения динамики экосистем. Постоянная потеря и отрыв генетического материала от макроорганизмов создает молекулярный след в образцах окружающей среды, который может быть проанализирован для определения либо присутствия конкретных целевых видов  [69] [70], либо характеристики биоразнообразия. [71] [72] Комбинация секвенирования следующего поколения и отбора проб электронной ДНК успешно применяется в водных системах для документирования пространственных и временных закономерностей в разнообразии ихтиофауны. [73] [74] [75] [76]Важным следующим шагом для дальнейшего развития полезности еДНК для управления рыболовством является понимание способности количества еДНК отражать биомассу рыбы в океане. [68]

Положительные взаимосвязи между количеством эДНК и биомассой и численностью рыб были продемонстрированы в экспериментальных системах. [77] [78] [79] Однако ожидается, что известные различия между производством eDNA  [80] [81] и деградацией  [82] [83] [84] [85] ) усложнят эти отношения в природных системах. Кроме того, в океанических системах большие объемы среды обитания и сильные течения могут привести к физическому разлету фрагментов ДНК от организмов-мишеней. [86] Эти смешивающие факторы ранее считались ограничивающими применение количественного мониторинга eDNA в океанических условиях. [87][68]

Несмотря на эти потенциальные ограничения, многочисленные исследования в морской среде обнаружили положительную взаимосвязь между количеством eDNA и дополнительными исследованиями, включая радиомегирование [88], визуальные исследования [76] [89] эхолоты  [90] и траловые исследования. [75] [91] Однако исследований, позволяющих количественно оценить целевые концентрации эДНК промысловых видов рыб с помощью стандартизированных траловых съемок в морской среде, гораздо меньше. [91] В этом контексте прямое сравнение концентраций эДНК с показателями оценки биомассы и запаса, такими как улов на единицу усилия.(CPUE), необходимы для понимания применимости мониторинга электронной ДНК для содействия усилиям по управлению рыболовством. [68]

Упадок наземных членистоногих [ править ]

Дифференциация сообществ членистоногих по видам растений
Двудольный график для гена COI . На рисунке показано, из каких растений получено каждое семейство членистоногих. Названия растений: Ангелика ( Angelica archangelica ), Центау ( Centaurea jacea ), Даукус ( Daucus carota ), Эхиум ( Echium vulgare ), Eupato ( Eupatorium cannabinum ), Solida ( Solidago canadensis ), Tanace ( Tanacetum vulgare ). [1]
          Пробы трансекты, взятые на расстоянии 10 м между каждым.

Наземные членистоногие переживают массовое сокращение в Европе, а также во всем мире, [92] [93] [94] [95], хотя только часть видов была оценена, а большинство насекомых все еще не описаны в науке. [96] В качестве одного примера, экосистемы пастбищ являются домом для различных таксономических и функциональных групп наземных членистоногих , таких как опылители , насекомые- фитофаги и хищники, которые используют нектар и пыльцу в качестве источников пищи, а ткани стеблей и листьев для питания и развития. В этих сообществах обитают исчезающие виды , поскольку многие места обитанияисчезли или находятся под серьезной угрозой. [97] [98] Таким образом, прилагаются обширные усилия для восстановления европейских пастбищных экосистем и сохранения биоразнообразия . [99] Например, опылители, такие как пчелы и бабочки, представляют собой важную экологическую группу, которая подверглась серьезному сокращению в Европе, что указывает на резкую утрату биоразнообразия пастбищ. [100] [101] [102] [103] Подавляющее большинство цветковых растений опыляются насекомыми и другими животными как в регионах с умеренным климатом, так и в тропиках. [104]Большинство видов насекомых - травоядные животные, питающиеся разными частями растений, и большинство из них являются специалистами, полагаясь на один или несколько видов растений в качестве основного источника пищи. [105] Однако, учитывая пробел в знаниях о существующих видах насекомых и тот факт, что большинство видов до сих пор не описаны, очевидно, что для большинства видов растений в мире существуют ограниченные знания о сообществах членистоногих, которые они укрывают и взаимодействовать с. [1]

Сообщества наземных членистоногих традиционно собирались и изучались с использованием таких методов, как ловушки Малеза и ловушки-ловушки , которые являются очень эффективными, но несколько громоздкими и потенциально инвазивными методами. В некоторых случаях эти методы не позволяют проводить эффективные и стандартизированные обследования, например, из-за фенотипической пластичности , наличия близкородственных видов и трудностей с определением ювенильных стадий. Кроме того, морфологическая идентификация напрямую зависит от таксономической экспертизы, которая сокращается. [106] [107] [108]Все подобные ограничения традиционного мониторинга биоразнообразия вызвали потребность в альтернативных подходах. Между тем развитие технологий секвенирования ДНК постоянно предоставляет новые средства получения биологических данных. [109] [110] [111] [112] Таким образом, недавно было предложено несколько новых молекулярных подходов для получения быстрых и эффективных данных о сообществах членистоногих и их взаимодействиях с помощью неинвазивных генетических методов. Это включает извлечение ДНК из таких источников, как объемные образцы или супы из насекомых, [113] [114] [115] [116] шахты с пустыми листьями, [117] паутина, [118] жидкость из кувшинов, [119]образцы окружающей среды, такие как почва и вода (экологическая ДНК [eDNA]), [120] [121] [122] [123] идентификация растений-хозяев и диеты хищников из экстрактов ДНК насекомых, [124] [125] и помёт хищников от летучих мышей. [126] [127] В последнее время ДНК пыльцы насекомых также используется для получения информации о взаимодействиях растений и опылителей . [128] [129] Многие из таких недавних исследований опираются на метабаркодирование ДНК - высокопроизводительное секвенирование ампликонов ПЦР с использованием общих праймеров. [130] [131] [1]

Глубоководные отложения [ править ]

OTU (операционная таксономическая единица) сеть внеклеточных пулов ДНК из отложений различных континентальных окраин. [132]

Внеклеточная ДНК в поверхностных глубоководных отложениях на сегодняшний день является крупнейшим резервуаром ДНК мирового океана. [133] Основные источники внеклеточной ДНК в таких экосистемах представлены высвобождением ДНК in situ из мертвых бентосных организмов и / или другими процессами, включая лизис клеток из-за вирусной инфекции, клеточную экссудацию и выделение из жизнеспособных клеток, разложение вируса и аллохтонность. вводы из водной толщи. [133] [134] [135] [136] Предыдущие исследования предоставили доказательства того, что важная часть внеклеточной ДНК может избежать процессов деградации, оставаясь сохраненной в отложениях. [137] [138]Эта ДНК потенциально представляет собой генетический репозиторий, в котором регистрируются биологические процессы, происходящие с течением времени. [139] [140] [132]

Недавние исследования показали, что ДНК, сохранившаяся в морских отложениях, характеризуется большим количеством очень разнообразных последовательностей генов. [139] [140] [141] [142] [143] В частности, внеклеточная ДНК использовалась для реконструкции прошлого прокариотического и эукариотического разнообразия в бентических экосистемах, характеризующихся низкими температурами и / или постоянно аноксичными условиями. [143] [144] [145] [146] [147] [132]

На диаграмме справа показана сеть OTU ( операционная таксономическая единица ) пулов внеклеточной ДНК из отложений различных континентальных окраин. Размер точки в сети пропорционален количеству последовательностей для каждой OTU. Точки, обведенные красным, представляют внеклеточные базовые OTU, точки, обведенные желтым кружком, являются частично общими (между двумя или более пулами) OTU, точки, обведенные черным кружком, являются OTU без учета каждого пула. Показаны основные OTU, вносящие вклад как минимум в 20 последовательностей. Цифры в скобках представляют количество соединений между OTU и выборками: 1 для эксклюзивных OTU, 2–3 для частично совместно используемых OTU и 4 для основных OTU. [132]

Предыдущие исследования показали, что сохранение ДНК может быть также благоприятным в бентосных системах, характеризующихся высоким поступлением органического вещества и скоростью осаждения, таких как континентальные окраины, [148] [149] . Эти системы, которые представляют собой ок. 15% мирового морского дна также являются горячими точками бентосного прокариотического разнообразия [150] [151] [152], и поэтому они могут представлять собой оптимальные участки для исследования прокариотического разнообразия, сохраняющегося во внеклеточной ДНК. [132]

Пространственное распределение прокариотического разнообразия интенсивно изучалось в донных глубоководных экосистемах  [153] [154] [155] [156] посредством анализа «ДНК окружающей среды» (т.е. генетического материала, полученного непосредственно из образцов окружающей среды без каких-либо явных признаков). биологического исходного материала). [157] Однако степень, в которой последовательности генов, содержащиеся во внеклеточной ДНК, могут изменить оценки разнообразия современных скоплений прокариот, неизвестна. [158] [132]

Снежные трассы [ править ]

Исследователи дикой природы в заснеженных районах также используют образцы снега для сбора и извлечения генетической информации об интересующих видах. ДНК из образцов снежных следов использовалась для подтверждения присутствия таких неуловимых и редких видов, как белые медведи, песцы, рыси, росомахи и рыбаки. [159] [160] [161] [162]

Следы канадской рыси в снегу

Совместные исследования и гражданская наука [ править ]

Относительная простота отбора образцов eDNA поддается проектам, которые стремятся привлечь местные сообщества к участию в исследовательских проектах, включая сбор и анализ образцов ДНК. Это может дать возможность местным сообществам (включая коренные народы) активно участвовать в мониторинге видов в окружающей среде и помочь в принятии обоснованных решений в рамках модели совместных действий. Пример такого проекта продемонстрировал благотворительный фонд «Наука для всех» с проектом «Дикая ДНК». [163]

См. Также [ править ]

  • Циркуляция свободной ДНК
  • Внеклеточная РНК
  • Экзогенная ДНК

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c d Томсен, Филип Фрэнсис; Сигсгаард, Ева Э. (2019). «Метабаркодирование ДНК в окружающей среде диких цветов выявляет разнообразные сообщества наземных членистоногих». Экология и эволюция . 9 (4): 1665–1679. DOI : 10.1002 / ece3.4809 . PMID  30847063 . S2CID  71143282 . Материал был скопирован из этого источника, доступного по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  2. ^ Фицетола, Джентиле Франческо; Мяуд, Клод; Помпанон, Франсуа; Таберле, Пьер (2008). «Обнаружение видов с использованием ДНК окружающей среды из проб воды» . Письма о биологии . 4 (4): 423–425. DOI : 10.1098 / RSBL.2008.0118 . ISSN 1744-9561 . PMC 2610135 . PMID 18400683 .   
  3. ^ "Что такое эДНК?" . Фонд пресноводных местообитаний .
  4. ^ Томсен, Филип Фрэнсис; Виллерслев, Эске (2015). Экологическая ДНК - новый инструмент в области сохранения биоразнообразия в прошлом и настоящем . ISBN 9781118169483. OCLC  937913966 .
  5. ^ Fahner, Николь (2016). «Крупномасштабный мониторинг растений с помощью метабаркодирования ДНК в почве: восстановление, разрешение и аннотации четырех ДНК-маркеров» . PLOS ONE . 11 (6): 1–16. DOI : 10.1371 / journal.pone.0157505 . ISSN 1932-6203 . PMC 4911152 . PMID 27310720 - через Справочник журналов открытого доступа.   
  6. ^ a b c d e f g h я Рупперт, Криста М .; Клайн, Ричард Дж .; Рахман, Мд Сайдур (2019). «Прошлые, настоящие и будущие перспективы метабаркодирования экологической ДНК (EDNA): систематический обзор методов, мониторинга и применения глобальной eDNA». Глобальная экология и охрана . 17 : e00547. DOI : 10.1016 / j.gecco.2019.e00547 . Материал был скопирован из этого источника, доступного по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  7. ^ a b c Боманн, Кристина; Эванс, Алиса; Гилберт, М. Томас П .; Карвалью, Гэри Р.; Крир, Саймон; Кнапп, Майкл; Yu, Douglas W .; де Брюн, Марк (2014-06-01). «Экологическая ДНК для биологии дикой природы и мониторинга биоразнообразия». Тенденции в экологии и эволюции . 29 (6): 358–367. DOI : 10.1016 / j.tree.2014.04.003 . ISSN 1872-8383 . PMID 24821515 .  
  8. ^ a b c d e f g Томсен, Филип Фрэнсис; Виллерслев, Эске (01.03.2015). «Экологическая ДНК - новый инструмент в области сохранения для мониторинга прошлого и настоящего биоразнообразия» . Биологическая консервация . Специальный выпуск: Экологическая ДНК: новый мощный инструмент для сохранения биоразнообразия. 183 : 4–18. DOI : 10.1016 / j.biocon.2014.11.019 .
  9. ^ a b c Цудзи, Сацуки (2016). «Влияние pH воды и обработки протеиназой K на выход ДНК окружающей среды из образцов воды». Лимнология . 18 : 1–7. DOI : 10.1007 / s10201-016-0483-х . ISSN 1439-8621 . S2CID 44793881 .  
  10. ^ Фицетола, Джентиле Франческо; Мяуд, Клод; Помпанон, Франсуа; Таберле, Пьер (2008). «Обнаружение видов с использованием ДНК окружающей среды из проб воды» . Письма о биологии . 4 (4): 423–425. DOI : 10.1098 / RSBL.2008.0118 . PMC 2610135 . PMID 18400683 .  
  11. ^ a b c d Барнс, Мэтью А .; Тернер, Кэмерон Р. (2016). «Экология окружающей среды ДНК и значение для генетики сохранения». Сохранение генетики . 17 : 1–17. DOI : 10.1007 / s10592-015-0775-4 . S2CID 14914544 . 
  12. ^ Дейнер, Кристи; Вальзер, Жан-Клод; Мехлер, Эльвира; Альтерматт, Флориан (2015). «Выбор методов захвата и добычи влияет на обнаружение пресноводного биоразнообразия с помощью ДНК окружающей среды». Биологическая консервация . 183 : 53–63. DOI : 10.1016 / j.biocon.2014.11.018 .
  13. ^ a b Таберле, Пьер; Куассак, Эрик; Помпанон, Франсуа; Брохманн, Кристиан; Виллерслев, Эске (2012). «На пути к оценке биоразнообразия следующего поколения с использованием метабаркодирования ДНК». Молекулярная экология . 21 (8): 2045–2050. DOI : 10.1111 / j.1365-294X.2012.05470.x . PMID 22486824 . S2CID 41437334 .  
  14. ^ a b c Боманн, Кристина; Эванс, Алиса; Гилберт, М. Томас П .; Карвалью, Гэри Р.; Крир, Саймон; Кнапп, Майкл; Yu, Douglas W .; Де Брюн, Марк (2014). «Экологическая ДНК для биологии дикой природы и мониторинга биоразнообразия». Тенденции в экологии и эволюции . 29 (6): 358–367. DOI : 10.1016 / j.tree.2014.04.003 . PMID 24821515 . 
  15. ^ a b c d Goldberg, Caren S .; Тернер, Кэмерон Р .; Дейнер, Кристи; Климус, Кэти Э .; Томсен, Филип Фрэнсис; Мерфи, Мелани А .; Копье, Стивен Ф .; Макки, Анна; Ойлер-Макканс, Сара Дж .; Корнман, Роберт Скотт; Ларами, Мэтью Б .; Mahon, Andrew R .; Лэнс, Ричард Ф .; Pilliod, David S .; Стриклер, Кэтрин М .; Уэйтс, Лизетт П.; Фремье, Александр К .; Такахара, Терухико; Herder, Jelger E .; Таберле, Пьер (2016). «Важнейшие соображения по применению методов экологической ДНК для обнаружения водных видов». Методы экологии и эволюции . 7 (11): 1299–1307. DOI : 10.1111 / 2041-210X.12595 .
  16. ^ a b c d Геринг, Даниэль; Борха, Ангел; Джонс, Дж. Айван; Понт, Дидье; Боетс, Питер; Бушез, Агнес; Брюс, Кэт; Дракаре, Стина; Hänfling, Bernd; Калерт, Мария; Лиз, Флориан; Мейснер, Кристиан; Мерген, Патрисия; Рейджол, Йорик; Сегурадо, Педро; Фоглер, Альфрид; Келли, Мартин (2018). «Варианты внедрения ДНК-идентификации в оценку экологического статуса в соответствии с Европейской рамочной директивой по водным ресурсам» . Исследования воды . 138 : 192–205. DOI : 10.1016 / j.watres.2018.03.003 . PMID 29602086 . 
  17. ^ a b c d e f g h Дейнер, Кристи; Бик, Холли М .; Мехлер, Эльвира; Сеймур, Мэтью; Лакурсьер-Руссель, Анаис; Альтерматт, Флориан; Крир, Саймон; Биста, Илиана; Лодж, Дэвид М .; Вере, Наташа; Pfrender, Michael E .; Бернатчес, Луи (2017). «Метабаркодирование ДНК окружающей среды: трансформация методов исследования животных и растений». Молекулярная экология . 26 (21): 5872–5895. DOI : 10.1111 / mec.14350 . PMID 28921802 . S2CID 8001074 .  
  18. ^ a b c Куассак, Эрик; Риаз, Тиайыба; Пуйландре, Николя (2012). «Биоинформатические проблемы для метабаркодирования ДНК растений и животных». Молекулярная экология . 21 (8): 1834–1847. DOI : 10.1111 / j.1365-294X.2012.05550.x . PMID 22486822 . S2CID 24398174 .  
  19. ^ Эйхмиллер, Джессика Дж .; Бест, Сендреа Э .; Соренсен, Питер В. (2016). «Влияние температуры и трофического состояния на деградацию ДНК окружающей среды в озерной воде». Наука об окружающей среде и технологии . 50 (4): 1859–1867. Bibcode : 2016EnST ... 50.1859E . DOI : 10.1021 / acs.est.5b05672 . PMID 26771292 . 
  20. ^ Кэрью, Мелисса Э .; Петтигроув, Винсент Дж .; Метцлинг, Леон; Хоффманн, Ари А. (2013). «Экологический мониторинг с использованием секвенирования следующего поколения: быстрая идентификация видов биоиндикаторов макробеспозвоночных» . Границы зоологии . 10 (1): 45. DOI : 10,1186 / 1742-9994-10-45 . PMC 3750358 . PMID 23919569 .  
  21. ^ a b c Крир, Саймон; Дейнер, Кристи; Фрей, Серита; Поразинская, Дорота; Таберле, Пьер; Томас, В. Келли; Поттер, Кейтлин; Бик, Холли М. (2016). «Полевое руководство эколога по последовательной идентификации биоразнообразия». Методы экологии и эволюции . 7 (9): 1008–1018. DOI : 10.1111 / 2041-210X.12574 .
  22. ^ Фицетола, Джентиле Франческо; Таберле, Пьер; Куассак, Эрик (2016). «Как ограничить количество ложных срабатываний в ДНК окружающей среды и метабаркодировании?». Ресурсы молекулярной экологии . 16 (3): 604–607. DOI : 10.1111 / 1755-0998.12508 . PMID 27062589 . S2CID 785279 .  
  23. ^ Ю, Дуглас В .; Цзи, Иньцю; Emerson, Brent C .; Ван, Сяоянь; Е, Чэнси; Ян, Чуньян; Дин, Чжаоли (2012). «Суп биоразнообразия: метабаркодирование членистоногих для быстрой оценки биоразнообразия и биомониторинга». Методы экологии и эволюции . 3 (4): 613–623. DOI : 10.1111 / j.2041-210X.2012.00198.x .
  24. ^ Кристеска, Мелания Е. (2014). «От штрих-кодирования отдельных лиц до метабаркодирования биологических сообществ: к интегративному подходу к изучению глобального биоразнообразия». Тенденции в экологии и эволюции . 29 (10): 566–571. DOI : 10.1016 / j.tree.2014.08.001 . PMID 25175416 . 
  25. ^ Гибсон, Джоэл Ф .; Шокралла, Шади; Карри, Колин; Бэрд, Дональд Дж .; Монах, Венди А .; Король, Ян; Хаджибабаи, Мехрдад (2015). «Крупномасштабный биомониторинг удаленных и находящихся под угрозой экосистем с помощью высокопроизводительного секвенирования» . PLOS ONE . 10 (10): e0138432. Bibcode : 2015PLoSO..1038432G . DOI : 10.1371 / journal.pone.0138432 . PMC 4619546 . PMID 26488407 .  
  26. ^ а б Леннон, JT; Muscarella, ME; Placella, SA; Лемкуль, Б.К. (2018). «Как, когда и где реликтовая ДНК влияет на разнообразие микробов» . mBio . 9 (3). DOI : 10,1128 / mBio.00637-18 . PMC 6016248 . PMID 29921664 .   Материал был скопирован из этого источника, доступного по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  27. Перейти ↑ Tani K, Nasu M (2010). «Роль внеклеточной ДНК в бактериальных экосистемах». В Кикучи Ю., Рыкова Е.Ю. (ред.). Внеклеточные нуклеиновые кислоты . Springer. стр.  25 -38. ISBN 978-3-642-12616-1.
  28. ^ Власова В.В., Лактионов П.П., Рыкова Е.Ю. (июль 2007). «Внеклеточные нуклеиновые кислоты». BioEssays . 29 (7): 654–67. DOI : 10.1002 / bies.20604 . PMID 17563084 . S2CID 32463239 .  
  29. ^ Финкель SE, Kolter R (ноябрь 2001). «ДНК как питательное вещество: новая роль гомологов генов бактериальной компетентности» . Журнал бактериологии . 183 (21): 6288–93. DOI : 10.1128 / JB.183.21.6288-6293.2001 . PMC 100116 . PMID 11591672 .  
  30. ^ Мулкахи Н, Чаррон-Mazenod л, Lewenza S (ноябрь 2008 г.). «Внеклеточная ДНК хелатирует катионы и индуцирует устойчивость к антибиотикам в биопленках синегнойной палочки» . PLOS Патогены . 4 (11): e1000213. DOI : 10.1371 / journal.ppat.1000213 . PMC 2581603 . PMID 19023416 .  
  31. ^ Берн C, Kysela DT, Brun YV (август 2010). «Бактериальная внеклеточная ДНК препятствует оседанию подвижных клеток-потомков внутри биопленки» . Молекулярная микробиология . 77 (4): 815–29. DOI : 10.1111 / j.1365-2958.2010.07267.x . PMC 2962764 . PMID 20598083 .  
  32. ^ Whitchurch CB, Tolker-Nielsen T, Ragas PC, Маттик JS (февраль 2002). «Внеклеточная ДНК, необходимая для образования бактериальной биопленки». Наука . 295 (5559): 1487. DOI : 10.1126 / science.295.5559.1487 . PMID 11859186 . 
  33. ↑ Ху В, Ли Л., Шарма С., Ван Дж, МакХарди Я, Люкс Р., Ян З, Хе Х, Гимзевски Дж., Ли Й, Ши В. (2012). «ДНК создает и укрепляет внеклеточный матрикс в биопленках Myxococcus xanthus, взаимодействуя с экзополисахаридами» . PLOS ONE . 7 (12): e51905. Bibcode : 2012PLoSO ... 751905H . DOI : 10.1371 / journal.pone.0051905 . PMC 3530553 . PMID 23300576 .  
  34. ^ Foote AD, Thomsen PF, Sveegaard S, Wahlberg M, Kielgast J, Kyhn LA и др. (2012). «Изучение возможности использования ДНК окружающей среды (eDNA) для генетического мониторинга морских млекопитающих» . PLOS ONE . 7 (8): e41781. Bibcode : 2012PLoSO ... 741781F . DOI : 10.1371 / journal.pone.0041781 . PMC 3430683 . PMID 22952587 .  
  35. ^ "Исследователи обнаруживают наземных животных с помощью ДНК в близлежащих водоемах" .
  36. ^ «Стандартизированные данные по инициативам - STARDIT: бета-версия» . Cite journal requires |journal= (help)
  37. ^ Гонг; Поклонник; Ли; Ли; Чжан; Громиг; Смит; Думманн; Бергер; Эйзен; Рассказывать; Бискаборн; Коглин; Вильгельмс; Брой; Лю; Ян; Ли; Лю; Талалай (2019). «Изучение керна подледниковых отложений Антарктики». Журнал морской науки и техники . 7 (6): 194. DOI : 10,3390 / jmse7060194 . Материал был скопирован из этого источника, доступного по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  38. ^ Б Басс, Дэвид (2015). «Разнообразные применения методов экологической ДНК в паразитологии» . Тенденции паразитологии . 31 (10): 499–513. DOI : 10.1016 / j.pt.2015.06.013 . PMID 26433253 . 
  39. ^ Виллерслев, Эске; Hansen, Anders J .; Бинладен, Йонас; Бренд, Тина Б .; Гилберт, М. Томас fP .; Шапиро, Бет; Банс, Майкл; Виуф, Карстен; Гиличинский, Давид А. (02.05.2003). «Разнообразные генетические записи растений и животных из отложений голоцена и плейстоцена». Наука . 300 (5620): 791–795. Bibcode : 2003Sci ... 300..791W . DOI : 10.1126 / science.1084114 . ISSN 0036-8075 . PMID 12702808 . S2CID 1222227 .   
  40. ^ Андерсен, Кеннет; Птица, Карен Лизе; Расмуссен, Мортен; Хайли, Джеймс; Бройнинг-Мадсен, Хенрик; Kjaer, Kurt H .; Орландо, Людовик; Гилберт, М. Томас П .; Виллерслев, Эске (2012-04-01). «Мета-штрих-кодирование« грязной »ДНК из почвы отражает биоразнообразие позвоночных». Молекулярная экология . 21 (8): 1966–1979. DOI : 10.1111 / j.1365-294X.2011.05261.x . ISSN 1365-294X . PMID 21917035 . S2CID 43351435 .   
  41. ^ «Наука для всех - Отчет об исследовании, финансируемом государством (июнь 2018 г. - декабрь 2019 г.)» . фигшер . DOI : 10.26181 / 5eba630a64e08 .
  42. ^ Тернер, Кэмерон Р. (2014). «Экологическая ДНК рыб больше сконцентрирована в водных отложениях, чем в поверхностных водах» . Биологическая консервация . 183 : 93–102. DOI : 10.1016 / j.biocon.2014.11.017 . ISSN 0006-3207 . 
  43. ^ a b Шульц, Мартин (2015). «Моделирование чувствительности полевых исследований для обнаружения ДНК окружающей среды (еДНК)» . PLOS ONE . 10 (10): 1–16. DOI : 10.1371 / journal.pone.0141503 . ISSN 1932-6203 . PMC 4624909 . PMID 26509674 .   
  44. ^ a b Littlefair, Joanne E .; Hrenchuk, Lee E .; Бланчфилд, Пол Дж .; Ренни, Майкл Д .; Кристеску, Мелания Э. (26.04.2020). «Термическая стратификация и тепловые предпочтения рыб объясняют вертикальное распределение эДНК в озерах» . bioRxiv : 2020.04.21.042820. DOI : 10.1101 / 2020.04.21.042820 . PMID 32888228 . S2CID 218466213 .  
  45. ^ «Как и почему озера расслаиваются и переворачиваются: мы объясняем науку» . Район экспериментальных озер МИУР . 2018-05-16 . Проверено 14 июля 2020 .
  46. ^ a b c Армбрехт, Линда (2020). «Потенциал осадочной древней ДНК для реконструкции экосистем океана прошлого». Океанография . 33 (2). DOI : 10.5670 / oceanog.2020.211 . Материал был скопирован из этого источника, доступного по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  47. ^ a b Стокл, Бернхард (2016). «Экологическая ДНК как инструмент мониторинга находящейся под угрозой исчезновения пресноводной жемчужницы (Margaritifera margaritifera L.): замена классических подходов к мониторингу?». Сохранение водных ресурсов: морские и пресноводные экосистемы . 26 (6): 1120–1129. DOI : 10.1002 / aqc.2611 .
  48. ^ a b Соуза, Лесли (2016). «Вероятность обнаружения ДНК в окружающей среде (eDNA) зависит от сезонной активности организмов» . PLOS ONE . 11 (10): 1–15. Bibcode : 2016PLoSO..1165273D . DOI : 10.1371 / journal.pone.0165273 . ISSN 1932-6203 . PMC 5077074 . PMID 27776150 .   
  49. ^ Саэко, Matsuhashi (2016). «Оценка метода ДНК окружающей среды для оценки распространения и биомассы погруженных водных растений» . PLOS ONE . 11 (6): 1–14. Bibcode : 2016PLoSO..1156217M . DOI : 10.1371 / journal.pone.0156217 . ISSN 1932-6203 . PMC 4909283 . PMID 27304876 .   
  50. ^ Тедерсоо, Лехо; Бахрам, Мохаммад; Пылме, Сергей; Кылъялг, Урмас; Yorou, Nourou S .; Виджесундера, Рави; Руис, Луис Вильярреал; Васко-Паласиос, Аида М .; Чт, Фам Куанг (28 ноября 2014 г.). «Мировое разнообразие и география почвенных грибов» (PDF) . Наука . 346 (6213): 1256688. DOI : 10.1126 / science.1256688 . hdl : 10447/102930 . ISSN 0036-8075 . PMID 25430773 . S2CID 206559506 .    
  51. ^ Детеридж, Эндрю Пол; Комонт, Дэвид; Каллаган, Тони Мартин; Буссел, Дженнифер; Брэнд, Грэм; Гвинн-Джонс, Дилан; Скаллион, Джон; Гриффит, Гарет Вин (июнь 2018 г.). «Растительные и почвенные факторы влияют на быстрое установление отдельных грибных сообществ на бывших угольных отвалах» . Грибковая экология . 33 : 92–103. DOI : 10.1016 / j.funeco.2018.02.002 . ISSN 1754-5048 . 
  52. ^ Джонс, Рис Алед; Брофи, Питер М .; Дэвис, Челси Н .; Дэвис, Тери Э .; Эмберсон, Холли; Рис Стивенс, Полин; Уильямс, Хефин Вин (2018-06-08). «Обнаружение экологической ДНК Galba truncatula, Fasciola hepatica и Calicophoron daubneyi в водных источниках на пастбищах, будущий инструмент для борьбы с двуустками?» . Паразиты и переносчики . 11 (1): 342. DOI : 10,1186 / s13071-018-2928-г . ISSN 1756-3305 . PMC 5994096 . PMID 29884202 .   
  53. ^ a b c Бергман, Пол С .; Шумер, Грегг; Бланкеншип, Скотт; Кэмпбелл, Элизабет (2016). «Обнаружение взрослых зеленых осетровых с помощью анализа ДНК в окружающей среде» . PLOS ONE . 11 (4): 1–8. Bibcode : 2016PLoSO..1153500B . DOI : 10.1371 / journal.pone.0153500 . ISSN 1932-6203 . PMC 4838217 . PMID 27096433 .   
  54. ^ "Руководство по экологической ДНК (eDNA) от Biomeme" . Биомема .
  55. ^ Ван, Xinkun (2016). Анализ данных секвенирования нового поколения . Бока-Ратон: CRC Press. ISBN 9781482217889. OCLC  940961529 .
  56. ^ Сеймур, Мэтью; Дюранс, Изабель; Косби, Бернард Дж .; Рэнсом-Джонс, Эмма; Дейнер, Кристи; Ормерод, Стив Дж .; Colbourne, John K .; Уилгар, Грегори; Карвалью, Гэри Р. (22 января 2018 г.). «Кислотность способствует деградации многовидовой ДНК окружающей среды в лотических мезокосмах» . Биология коммуникации . 1 (1): 4. DOI : 10.1038 / s42003-017-0005-3 . ISSN 2399-3642 . PMC 6123786 . PMID 30271891 .   
  57. ^ Коллинз, Руперт А .; Wangensteen, Owen S .; О'Горман, Эоин Дж .; Мариани, Стефано; Симс, Дэвид В .; Геннер, Мартин Дж. (2018-11-05). «Стойкость ДНК окружающей среды в морских системах» . Биология коммуникации . 1 (1): 185. DOI : 10.1038 / s42003-018-0192-6 . ISSN 2399-3642 . PMC 6218555 . PMID 30417122 .   
  58. ^ «Платформа TripleLock ™ - Прецизионный биомониторинг» . Экологические услуги ДНК . Проверено 12 февраля 2019 .
  59. ^ Хантер, Маргарет Э .; Дорацио, Роберт М .; Баттерфилд, Джон СС; Мейгс-Френд, Гайя; Нико, Лео Г .; Ферранте, Джейсон А. (20 ноября 2016 г.). «Пределы обнаружения количественных и цифровых ПЦР-анализов и их влияние в исследованиях присутствия-отсутствия ДНК окружающей среды» . Ресурсы молекулярной экологии . 17 (2): 221–229. DOI : 10.1111 / 1755-0998.12619 . ISSN 1755-098X . PMID 27768244 .  
  60. ^ Уильямс, Молли-Энн; О'Грейди, Джойс; Болл, Бернард; Карлссон, Йенс; Эйто, Эльвира де; Макгиннити, Филип; Дженнингс, Элеонора; Риган, Фиона; Парл-Макдермотт, Энн (2019). «Применение CRISPR-Cas для идентификации отдельных видов по ДНК окружающей среды» . Ресурсы молекулярной экологии . 19 (5): 1106–1114. DOI : 10.1111 / 1755-0998.13045 . ISSN 1755-0998 . PMID 31177615 .  
  61. ^ Возможности в науках об океане . Вашингтон, округ Колумбия: Пресса национальных академий. 1998-01-01. DOI : 10.17226 / 9500 . ISBN 9780309582926.
  62. ^ Кеннет Т. Франк; Брайан Петри; Дже С. Чой; Уильям К. Леггетт (2005). «Трофические каскады в экосистеме, где раньше преобладала треска». Наука . 308 (5728): 1621–1623. DOI : 10.1126 / science.1113075 . PMID 15947186 . S2CID 45088691 .  
  63. ^ Уолтерс, Карл; Магуайр, Жан-Жак (1996). «Уроки оценки запасов на примере обвала северной трески». Обзоры по биологии рыб и рыболовству . 6 (2). DOI : 10.1007 / BF00182340 . S2CID 20224324 . 
  64. ^ ICES (2018). «Запрос НЕАФК на обновленные рекомендации по треске (Gadus morhua) в Подразделе 5.b.1 (Фарерское плато)». DOI : 10.17895 / ices.pub.4651 . Cite journal requires |journal= (help)
  65. ^ Heessen, Хенк JL; Даан, Нильс; Эллис, Джим Р. (сентябрь 2015 г.). Атлас рыб Кельтского, Северного и Балтийского морей: на основе исследований, проведенных международными исследовательскими судами . ISBN 9789086868780.
  66. ^ Pusceddu, A .; Bianchelli, S .; Martin, J .; Puig, P .; Palanques, A .; Masque, P .; Дановаро, Р. (2014). «Хроническое и интенсивное донное траление ухудшает глубоководное биоразнообразие и функционирование экосистем» . Труды Национальной академии наук . 111 (24): 8861–8866. Bibcode : 2014PNAS..111.8861P . DOI : 10.1073 / pnas.1405454111 . PMC 4066481 . PMID 24843122 .  
  67. ^ Arreguin-Sanchez, Francisco (1996). «Уловистость: ключевой параметр для оценки рыбных запасов». Обзоры по биологии рыб и рыболовству . 6 (2). DOI : 10.1007 / BF00182344 . S2CID 9589700 . 
  68. ^ a b c d Солтер, Ян; Joensen, Mourits; Кристиансен, Регин; Штейнгрунд, Петур; Вестергаард, Поул (2019). «Концентрации ДНК в окружающей среде коррелируют с региональной биомассой атлантической трески в океанических водах» . Биология коммуникации . 2 : 461. DOI : 10.1038 / s42003-019-0696-8 . PMC 6904555 . PMID 31840106 .   Материал был скопирован из этого источника, доступного по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  69. ^ Фицетола, Джентиле Франческо; Мяуд, Клод; Помпанон, Франсуа; Таберле, Пьер (2008). «Обнаружение видов с использованием ДНК окружающей среды из проб воды» . Письма о биологии . 4 (4): 423–425. DOI : 10.1098 / RSBL.2008.0118 . PMC 2610135 . PMID 18400683 .  
  70. ^ Голдберг, Карен S .; Pilliod, David S .; Аркл, Роберт С .; Уэйтс, Лизетт П. (2011). «Молекулярное обнаружение позвоночных в речной воде: демонстрация с использованием хвостатых лягушек Скалистых гор и гигантских саламандр Айдахо» . PLOS ONE . 6 (7): e22746. Bibcode : 2011PLoSO ... 622746G . DOI : 10.1371 / journal.pone.0022746 . PMC 3144250 . PMID 21818382 .  
  71. ^ Валентини, Алиса; Таберле, Пьер; Мяуд, Клод; Сивад, Рафаэль; Гердер, Джелгер; Томсен, Филип Фрэнсис; Беллемейн, Ева; Безнар, Орелиен; Куассак, Эрик; Бойер, Фредерик; Габорио, Колин; Жан, Полина; Пуле, Николас; Розет, Николас; Копп, Гордон Х .; Geniez, Филипп; Понт, Дидье; Аржилье, Кристина; Бодуан, Жан-Марк; Перу, Тифейн; Crivelli, Alain J .; Оливье, Энтони; Аккеберге, Манон; Ле Брун, Матье; Møller, Peter R .; Виллерслев, Эске; Дежан, Тони (2016). «Мониторинг водного биоразнообразия нового поколения с использованием метабаркодирования ДНК окружающей среды» (PDF) . Молекулярная экология . 25 (4): 929–942. DOI : 10.1111 / mec.13428 . PMID 26479867  . S2CID  2801412 .
  72. ^ Гудвин, Келли Д .; Томпсон, Люк Р .; Дуарте, Бернардо; Калке, Тим; Томпсон, Эндрю Р .; Marques, João C .; Касадор, Изабель (2017). «Секвенирование ДНК как инструмент для мониторинга экологического состояния моря». Границы морских наук . 4 . DOI : 10.3389 / fmars.2017.00107 . S2CID 27034312 . 
  73. ^ Stoeckle, Марк Y .; Соболева, Любовь; Чарлоп-Пауэрс, Захари (2017). «ДНК водной окружающей среды определяет сезонное изобилие рыбы и предпочтение среды обитания в городской устье» . PLOS ONE . 12 (4): e0175186. Bibcode : 2017PLoSO..1275186S . DOI : 10.1371 / journal.pone.0175186 . PMC 5389620 . PMID 28403183 .  
  74. ^ Томсен, Филип Фрэнсис; Килгаст, Йос; Иверсен, Ларс Лёнсманн; Мёллер, Питер Раск; Расмуссен, Мортен; Виллерслев, Эске (2012). «Обнаружение разнообразной фауны морских рыб с использованием ДНК окружающей среды из образцов морской воды» . PLOS ONE . 7 (8): e41732. Bibcode : 2012PLoSO ... 741732T . DOI : 10.1371 / journal.pone.0041732 . PMC 3430657 . PMID 22952584 .  
  75. ^ a b Томсен, Филип Фрэнсис; Мёллер, Питер Раск; Сигсгаард, Ева Эгелинг; Кнудсен, Стин Вильгельм; Йоргенсен, Оле Анкьер; Виллерслев, Эске (2016). «Экологическая ДНК из проб морской воды коррелирует с траловыми уловами субарктических глубоководных рыб» . PLOS ONE . 11 (11): e0165252. Bibcode : 2016PLoSO..1165252T . DOI : 10.1371 / journal.pone.0165252 . PMC 5112899 . PMID 27851757 .  
  76. ^ a b Сигсгаард, Ева Эгелинг; Нильсен, Ида Броман; Карл, Хенрик; Краг, Маркус Андерс; Кнудсен, Стин Вильгельм; Син, Инчунь; Хольм-Хансен, Тор Хейл; Мёллер, Питер Раск; Томсен, Филип Фрэнсис (2017). «ДНК окружающей среды морской воды отражает сезонность прибрежного сообщества рыб». Морская биология . 164 (6). DOI : 10.1007 / s00227-017-3147-4 . S2CID 89773962 . 
  77. ^ Такахара, Терухико; Минамото, Тошифуми; Яманака, Хироки; Дои, Хидеюки; Кавабата, Зен'Ичиро (2012). «Оценка биомассы рыб с использованием ДНК окружающей среды» . PLOS ONE . 7 (4): e35868. Bibcode : 2012PLoSO ... 735868T . DOI : 10.1371 / journal.pone.0035868 . PMC 3338542 . PMID 22563411 .  
  78. ^ Дои, Хидеюки; Учии, Кимико; Такахара, Терухико; Мацухаши, Саэко; Яманака, Хироки; Минамото, Тошифуми (2015). «Использование капельной цифровой ПЦР для оценки численности и биомассы рыб в исследованиях ДНК в окружающей среде» . PLOS ONE . 10 (3): e0122763. Bibcode : 2015PLoSO..1022763D . DOI : 10.1371 / journal.pone.0122763 . PMC 4370432 . PMID 25799582 .  
  79. ^ Лакурсьер-Руссель, Анаис; Росабал, Майкель; Бернатчес, Луи (2016). «Оценка численности и биомассы рыбы по концентрациям eDNA: Различия между методами отлова и условиями окружающей среды». Ресурсы молекулярной экологии . 16 (6): 1401–1414. DOI : 10.1111 / 1755-0998.12522 . PMID 26946353 . S2CID 4507565 .  
  80. ^ Маруяма, Ацуши; Накамура, Кейсуке; Яманака, Хироки; Кондо, Мичио; Минамото, Тошифуми (2014). «Скорость высвобождения ДНК из окружающей среды из молодых и взрослых рыб» . PLOS ONE . 9 (12): e114639. Bibcode : 2014PLoSO ... 9k4639M . DOI : 10.1371 / journal.pone.0114639 . PMC 4257714 . PMID 25479160 .  
  81. ^ Klymus, Кэти E .; Рихтер, Кэтрин А .; Chapman, Duane C .; Паукерт, Крейг (2015). «Количественная оценка скорости выделения эДНК от инвазивного толстолобика Hypophthalmichthys nobilis и толстолобика Hypophthalmichthys molitrix». Биологическая консервация . 183 : 77–84. DOI : 10.1016 / j.biocon.2014.11.020 .
  82. ^ Ли, Цзяньлун; Лоусон Хэндли, Лори Дж .; Харпер, Линси Р.; Брис, Рейн; Уотсон, Хейли В .; Ди Мури, Кристина; Чжан, Сян; Хенфлинг, Бернд (2019). «Ограниченная дисперсия и быстрая деградация ДНК окружающей среды в рыбоводных прудах на основе метабаркодирования». Экологическая ДНК . 1 (3): 238–250. DOI : 10.1002 / edn3.24 .
  83. Перейти ↑ Salter, Ian (2018). «Сезонная изменчивость устойчивости растворенной ДНК окружающей среды (EDNA) в морской системе: роль ограничения микробных питательных веществ» . PLOS ONE . 13 (2): e0192409. Bibcode : 2018PLoSO..1392409S . DOI : 10.1371 / journal.pone.0192409 . PMC 5825020 . PMID 29474423 .  
  84. ^ Бакстон, Эндрю S .; Грумбридж, Джим Дж .; Гриффитс, Ричард А. (2018). «Сезонные колебания в обнаружении ДНК в окружающей среде в пробах отложений и воды» . PLOS ONE . 13 (1): e0191737. Bibcode : 2018PLoSO..1391737B . DOI : 10.1371 / journal.pone.0191737 . PMC 5774844 . PMID 29352294 .  
  85. ^ Коллинз, Руперт А .; Wangensteen, Owen S .; о'Горман, Эоин Дж .; Мариани, Стефано; Симс, Дэвид В .; Геннер, Мартин Дж. (2018). «Стойкость ДНК окружающей среды в морских системах» . Биология коммуникации . 1 : 185. DOI : 10.1038 / s42003-018-0192-6 . PMC 6218555 . PMID 30417122 .  
  86. ^ Андрушкевич, Элизабет А .; Косефф, Джеффри Р .; Фринджер, Оливер Б .; Ouellette, Николас Т .; Лоу, Анна Б .; Эдвардс, Кристофер А .; Бём, Александрия Б. (2019). «Моделирование переноса ДНК в окружающей среде в прибрежных водах океана с помощью отслеживания лагранжевых частиц». Границы морских наук . 6 . DOI : 10.3389 / fmars.2019.00477 . S2CID 199447701 . 
  87. ^ Андрушкевич, Элизабет А .; Косефф, Джеффри Р .; Фринджер, Оливер Б .; Ouellette, Николас Т .; Лоу, Анна Б .; Эдвардс, Кристофер А .; Бём, Александрия Б. (2019). «Моделирование переноса ДНК в окружающей среде в прибрежных водах океана с помощью отслеживания лагранжевых частиц». Границы морских наук . 6 . DOI : 10.3389 / fmars.2019.00477 . S2CID 199447701 . 
  88. ^ Эйхмиллер, Джессика Дж .; Bajer, Przemyslaw G .; Соренсен, Питер В. (2014). «Связь между распространением карпа и их ДНК в окружающей среде в небольшом озере» . PLOS ONE . 9 (11): e112611. DOI : 10.1371 / journal.pone.0112611 . PMC 4226586 . PMID 25383965 .  
  89. ^ Гарган, Лаура М .; Морато, Тельмо; Фам, Кристофер К .; Finarelli, John A .; Карлссон, Жанетт Э.Л .; Карлссон, Йенс (2017). «Разработка чувствительного метода обнаружения для изучения пелагического биоразнообразия с использованием электронной ДНК и количественной ПЦР: пример дьявольского ската на подводных горах» . Морская биология . 164 (5). DOI : 10.1007 / s00227-017-3141-х . S2CID 91149351 . 
  90. ^ Ямамото, Сатоши; Минами, Кендзи; Фукая, Кейчи; Такахаши, Коджи; Савада, Хидеки; Мураками, Хироаки; Цудзи, Сацуки; Хашизуме, Хироки; Кубонага, Шоу; Хориучи, Томоя; Хонго, Масамичи; Нисида, Джо; Окугава, Юта; Фудзивара, Аяка; Фукуда, Михо; Хидака, Сюнсуке; Сузуки, Кейта В .; Мия, Масаки; Араки, Хитоши; Яманака, Хироки; Маруяма, Ацуши; Мияшита, Казуши; Масуда, Рейджи; Минамото, Тошифуми; Кондо, Мичио (2016). «Экологическая ДНК как« снимок »распределения рыбы: пример японской макрели в заливе Майдзуру, Японское море» . PLOS ONE . 11 (3): e0149786. DOI : 10.1371 / journal.pone.0149786 . PMC 4775019 . PMID  26933889 . S2CID  5168061 .
  91. ^ а б Кнудсен, Стин Вильгельм; Эберт, Расмус Бах; Хессельсё, Мартин; Кунтке, Франциска; Hassingboe, Якоб; Мортенсен, Питер Бондгаард; Томсен, Филип Фрэнсис; Сигсгаард, Ева Эгелинг; Хансен, Брайан Клитгаард; Нильсен, Эйнар Эг; Мёллер, Питер Раск (2019). «Видоспецифическое обнаружение и количественная оценка экологической ДНК морских рыб Балтийского моря». Журнал экспериментальной морской биологии и экологии . 510 : 31–45. DOI : 10.1016 / j.jembe.2018.09.004 .
  92. ^ Коллен, Бен; (Зоолог) Моника Бём; Кемп, Рэйчел; Бэйли, Джонатан (2012). Бесхребетные: состояние и тенденции развития беспозвоночных в мире . ISBN 9780900881701.
  93. ^ Dirzo, R .; Янг, HS; Галетти, М .; Ceballos, G .; Исаак, штат Нью-Джерси; Коллен, Б. (2014). «Дефаунация в антропоцене» (PDF) . Наука . 345 (6195): 401–406. Bibcode : 2014Sci ... 345..401D . DOI : 10.1126 / science.1251817 . PMID 25061202 . S2CID 206555761 .   
  94. ^ Европейский красный список пчел . 2014. ISBN. 9789279445125.
  95. ^ Swaay, Крис ван (2010). Европейский Красный список бабочек . ISBN 9789279141515.
  96. ^ Аист, Найджел Э. (2018). «Сколько видов насекомых и других наземных членистоногих существует на Земле?». Ежегодный обзор энтомологии . 63 : 31–45. DOI : 10.1146 / annurev-ento-020117-043348 . PMID 28938083 . 
  97. ^ Habel, Ян Кристиан; Денглер, Юрген; Янишова, Моника; Торок, Петер; Веллштейн, Камилла; Визик, Михал (2013). «Европейские пастбищные экосистемы: очаги биоразнообразия, находящиеся под угрозой». Биоразнообразие и сохранение . 22 (10): 2131–2138. DOI : 10.1007 / s10531-013-0537-х . S2CID 15901140 . 
  98. ^ Джорн, Энтони; Законы, Анджела Н. (2013). «Экологические механизмы, лежащие в основе разнообразия видов членистоногих на пастбищах». Ежегодный обзор энтомологии . 58 : 19–36. DOI : 10.1146 / annurev-ento-120811-153540 . PMID 22830354 . 
  99. Перейти ↑ Silva, João Pedro (2008). ЖИЗНЬ и луга Европы: восстановление забытой среды обитания . ISBN 9789279101595.
  100. ^ Biesmeijer, JC; Робертс, ИП; Reemer, M .; Ohlemüller, R .; Эдвардс, М .; Peeters, T .; Шафферс, А. П.; Potts, SG; Kleukers, R .; Томас, компакт-диск; Settele, J .; Кунин, В.Е. (2006). «Параллельное снижение количества опылителей и растений, опыляемых насекомыми в Великобритании и Нидерландах». Наука . 313 (5785): 351–354. Bibcode : 2006Sci ... 313..351B . DOI : 10.1126 / science.1127863 . PMID 16857940 . S2CID 16273738 .  
  101. ^ Goulson, D .; Nicholls, E .; Botias, C .; Ротерей, EL (2015). «Пчелы умирают из-за стресса, вызванного паразитами, пестицидами и отсутствием цветов». Наука . 347 (6229). DOI : 10.1126 / science.1255957 . PMID 25721506 . S2CID 206558985 .  
  102. ^ Поттс, Саймон G .; Biesmeijer, Jacobus C .; Кремень, Клэр; Нойман, Питер; Швайгер, Оливер; Кунин, Уильям Э. (2010). «Глобальное сокращение опылителей: тенденции, воздействия и движущие факторы». Тенденции в экологии и эволюции . 25 (6): 345–353. DOI : 10.1016 / j.tree.2010.01.007 . PMID 20188434 . 
  103. ^ Европейское агентство по окружающей среде (2013). «Индикатор бабочки европейских пастбищ: 1990–2011 гг.». Офис публикаций. DOI : 10.2800 / 89760 . Cite journal requires |journal= (help)
  104. ^ Ollerton, Джефф; Уинфри, Рэйчел; Таррант, Сэм (2011). «Сколько цветковых растений опыляют животные?». Ойкос . 120 (3): 321–326. DOI : 10.1111 / j.1600-0706.2010.18644.x .
  105. ^ Цена, Питер У .; Денно, Роберт Ф .; Юбэнкс, Микки Д .; Finke, Deborah L .; Каплан, Ян (2011). Экология насекомых . DOI : 10.1017 / CBO9780511975387 . ISBN 9780511975387.
  106. ^ Хопкинс, GW; Фреклтон, Р.П. (2002). «Снижение числа любителей и профессиональных систематиков: последствия для сохранения». Сохранение животных . 5 (3): 245–249. DOI : 10.1017 / S1367943002002299 .
  107. ^ Сангстер, Джордж; Луксенбург, Йоланда А. (2015). «Снижение количества видов, описанных таксономистом: замедление прогресса или побочный эффект повышения качества в таксономии?». Систематическая биология . 64 (1): 144–151. DOI : 10.1093 / sysbio / syu069 . PMID 25190593 . 
  108. ^ Уиллер, QD; Ворон, PH; Уилсон, Э. О. (2004). «Таксономия: препятствие или целесообразность?». Наука . 303 (5656): 285. DOI : 10.1126 / science.303.5656.285 . PMID 14726557 . S2CID 27481787 .  
  109. ^ Боманн, Кристина; Эванс, Алиса; Гилберт, М. Томас П .; Карвалью, Гэри Р.; Крир, Саймон; Кнапп, Майкл; Yu, Douglas W .; Де Брюн, Марк (2014). «Экологическая ДНК для биологии дикой природы и мониторинга биоразнообразия». Тенденции в экологии и эволюции . 29 (6): 358–367. DOI : 10.1016 / j.tree.2014.04.003 . PMID 24821515 . 
  110. ^ Буш, Алекс; Соллманн, Рахель; Уилтинг, Андреас; Боманн, Кристина; Коул, Бет; Бальцтер, Хайко; Мартий, Кристофер; Злински, Андраш; Кальвиньяк-Спенсер, Себастьян; Кобболд, Кристина А .; Доусон, Теренс П .; Emerson, Brent C .; Феррье, Саймон; Гилберт, М. Томас П .; Герольд, Мартин; Джонс, Лоуренс; Leendertz, Fabian H .; Мэтьюз, Луиза; Миллингтон, Джеймс Д.А.; Олсон, Джон Р .; Оваскайнен, Отсо; Рафаэлли, Дэйв; Рив, Ричард; Рёдель, Марк-Оливер; Роджерс, Торри В .; Снейп, Стюарт; Виссерен-Хамакерс, Ингрид; Vogler, Alfried P .; Белый, Piran CL; и другие. (2017). «Подключение наблюдения Земли к высокопроизводительным данным о биоразнообразии» (PDF) . Природа, экология и эволюция . 1 (7): 176. doi : 10.1038 / с41559-017-0176 . PMID  28812589 . S2CID  205564094 .
  111. ^ Крир, Саймон; Дейнер, Кристи; Фрей, Серита; Поразинская, Дорота; Таберле, Пьер; Томас, В. Келли; Поттер, Кейтлин; Бик, Холли М. (2016). «Полевое руководство эколога по последовательной идентификации биоразнообразия». Методы экологии и эволюции . 7 (9): 1008–1018. DOI : 10.1111 / 2041-210X.12574 .
  112. ^ Томсен, Филип Фрэнсис; Виллерслев, Эске (2015). «Экологическая ДНК - новый инструмент в области сохранения для мониторинга прошлого и настоящего биоразнообразия». Биологическая консервация . 183 : 4–18. DOI : 10.1016 / j.biocon.2014.11.019 .
  113. ^ Аррибас, Паула; Андухар, Кармело; Хопкинс, Кевин; Шеперд, Мэтью; Фоглер, Альфрид П. (2016). «Метабаркодирование и митохондриальная метагеномика эндогенных членистоногих для раскрытия мезофауны почвы». Методы экологии и эволюции . 7 (9): 1071–1081. DOI : 10.1111 / 2041-210X.12557 .
  114. ^ Эльбрехт, Васко; Таберле, Пьер; Дежан, Тони; Валентини, Алиса; Уссельо-Полатера, Филипп; Байзель, Жан-Николя; Куассак, Эрик; Бойер, Фредерик; Лиз, Флориан (2016). «Тестирование потенциала рибосомного маркера 16S для метабаркодирования ДНК насекомых» . PeerJ . 4 : e1966. DOI : 10,7717 / peerj.1966 . PMC 4841222 . PMID 27114891 .  
  115. ^ Hajibabaei, Mehrdad; Шокралла, Шади; Чжоу, Синь; Певец, Грегори А.С.; Бэрд, Дональд Дж. (2011). «Штрих-кодирование окружающей среды: подход к секвенированию нового поколения для приложений биомониторинга с использованием речного бентоса» . PLOS ONE . 6 (4): e17497. Bibcode : 2011PLoSO ... 617497H . DOI : 10.1371 / journal.pone.0017497 . PMC 3076369 . PMID 21533287 .  
  116. ^ Сюй, Чарльз CY; Йен, Айви Дж .; Боуман, декан; Тернер, Кэмерон Р. (2015). «ДНК паутины: новый взгляд на неинвазивную генетику хищников и жертв» . PLOS ONE . 10 (11): e0142503. Bibcode : 2015PLoSO..1042503X . DOI : 10.1371 / journal.pone.0142503 . PMC 4659541 . PMID 26606730 . S2CID 5331545 .   
  117. ^ Derocles, Стефан AP; Эванс, Даррен М .; Николс, Пол С .; Эванс, С. Айфионн; Лант, Дэвид Х. (2015). «Определение взаимодействий между растением, минером и паразитоидами: подход с использованием штрих-кодирования ДНК» . PLOS ONE . 10 (2): e0117872. Bibcode : 2015PLoSO..1017872D . DOI : 10.1371 / journal.pone.0117872 . PMC 4339730 . PMID 25710377 .  
  118. ^ Блейк, Макс; McKeown, Niall J .; Бушелл, Марк LT; Шоу, Пол В. (2016). «Извлечение ДНК из паутины». Ресурсы по сохранению генетики . 8 (3): 219–221. DOI : 10.1007 / s12686-016-0537-8 . S2CID 15122457 . 
  119. ^ Битлстон, Леонора S .; Бейкер, Кристофер CM; Строминджер, Лила Б.; Прингл, Энн; Пирс, Наоми Э. (2016). «Metabarcoding как инструмент для исследования членистоногого разнообразия Nepenthespitcher растений». Австралийская экология . 41 (2): 120–132. DOI : 10.1111 / aec.12271 .
  120. ^ Таберле, Пьер; Куассак, Эрик; Хаджибабаи, Мехрдад; Ризеберг, Лорен Х. (2012). «Экологическая ДНК». Молекулярная экология . 21 (8): 1789–1793. DOI : 10.1111 / j.1365-294X.2012.05542.x . PMID 22486819 . S2CID 3961830 .  
  121. ^ Томсен, Филип Фрэнсис; Килгаст, JOS; Иверсен, Ларс Л .; Виуф, Карстен; Расмуссен, Мортен; Гилберт, М. Томас П .; Орландо, Людовик; Виллерслев, Эске (2012). «Мониторинг исчезающего пресноводного биоразнообразия с использованием ДНК окружающей среды». Молекулярная экология . 21 (11): 2565–2573. DOI : 10.1111 / j.1365-294X.2011.05418.x . PMID 22151771 . 
  122. ^ Томсен, Филип Фрэнсис; Виллерслев, Эске (2015). «Экологическая ДНК - новый инструмент в области сохранения для мониторинга прошлого и настоящего биоразнообразия». Биологическая консервация . 183 : 4–18. DOI : 10.1016 / j.biocon.2014.11.019 .
  123. ↑ Зингер, Люси; Таберле, Пьер; Шиманн, Хейди; Бонин, Орели; Бойер, Фредерик; Де Барба, Марта; Гоше, Филипп; Гилли, Людовик; Giguet ‐ Covex, Charline; Ирибар, Амайя; Режу-Мешен, Максим; Райе, Жиль; Риу, Дельфина; Шиллинг, Винсент; Тюмень, Блез; Вирс, Жером; Зуйтен, Кирилл; Тюллер, Вильфрид; Куассак, Эрик; Шав, Жером (2019). «Размер тела определяет сборку почвенного сообщества в тропическом лесу». Молекулярная экология . 28 (3): 528–543. DOI : 10.1111 / mec.14919 . PMID 30375061 . 
  124. ^ Хурадо-Ривера, Хосе А .; Vogler, Alfried P .; Рид, Крис AM; Петитпьер, Эдуард; Гомес-Зурита, Хесус (2009). «ДНК, кодирующая ассоциации насекомых и растений-хозяев» . Труды Королевского общества B: биологические науки . 276 (1657): 639–648. DOI : 10.1098 / rspb.2008.1264 . PMC 2660938 . PMID 19004756 .  
  125. ^ Паула, Дебора П .; Линард, Бенджамин; Крэмптон-Платт, Алекс; Шриватсан, Амрита; Тиммерманс, Мартейн JTN; Sujii, Edison R .; Пирес, Кармен СС; Соуза, Лукас М .; Andow, Дэвид A .; Фоглер, Альфрид П. (2016). «Выявление трофических взаимодействий у членистоногих хищников с помощью ДНК-дробовика-секвенирования содержимого кишечника» . PLOS ONE . 11 (9): e0161841. Bibcode : 2016PLoSO..1161841P . DOI : 10.1371 / journal.pone.0161841 . PMC 5021305 . PMID 27622637 .  
  126. ^ Боманн, Кристина; Монаджем, Ара; Лемкуль Ноер, Кристина; Расмуссен, Мортен; Зил, Мэтт РК; Клэр, Элизабет; Джонс, Гарет; Виллерслев, Эске; Гилберт, М. Томас П. (2011). «Молекулярный анализ диеты двух африканских летучих мышей со свободным хвостом (Molossidae) с использованием высокопроизводительного секвенирования» . PLOS ONE . 6 (6): e21441. Bibcode : 2011PLoSO ... 621441B . DOI : 10.1371 / journal.pone.0021441 . PMC 3120876 . PMID 21731749 .  
  127. ^ Вестеринен, Ээро Дж .; Лилли, Томас; Laine, Veronika N .; Уолберг, Никлас (2013). «Секвенирование фекальной ДНК нового поколения показывает разнообразие питания широко распространенного насекомоядного хищника Добентона (Myotis daubentonii) в Юго-Западной Финляндии» . PLOS ONE . 8 (11): e82168. Bibcode : 2013PLoSO ... 882168V . DOI : 10.1371 / journal.pone.0082168 . PMC 3842304 . PMID 24312405 .  
  128. ^ Белл, Карен Л .; Фаулер, Джули; Берджесс, Кевин С .; Доббс, Эмили К .; Грюневальд, Дэвид; Лоули, Брайс; Морозуми, Коннор; Brosi, Берри Дж. (2017). «Применение метабаркодирования пыльцевой ДНК для изучения взаимодействий растений и опылителей» . Приложения в науках о растениях . 5 (6). DOI : 10,3732 / apps.1600124 . PMC 5499302 . PMID 28690929 . S2CID 6590244 .   
  129. ^ Pornon, Андре; Эскараваж, Натали; Буррус, Моник; Голота, Элен; Химун, Орели; Мариетт, Жером; Пеллиццари, Шарлен; Ирибар, Амайя; Этьен, Розелин; Таберле, Пьер; Видаль, Мари; Уинтертон, Питер; Зингер, Люси; Андало, Кристоф (2016). «Использование метабаркодирования для выявления и количественной оценки взаимодействий растений и опылителей» . Научные отчеты . 6 : 27282. Bibcode : 2016NatSR ... 627282P . DOI : 10.1038 / srep27282 . PMC 4891682 . PMID 27255732 .  
  130. ^ Таберле, Пьер; Бонин, Орели; Зингер, Люси; Куассак, Эрик (2018). DOI : 10.1093 / oso / 9780198767220.001.0001 . ISBN 9780198767220. Cite journal requires |journal= (help); Отсутствует или пусто |title=( справка )
  131. ^ Таберле, Пьер; Куассак, Эрик; Хаджибабаи, Мехрдад; Ризеберг, Лорен Х. (2012). «Экологическая ДНК». Молекулярная экология . 21 (8): 1789–1793. DOI : 10.1111 / j.1365-294X.2012.05542.x . PMID 22486819 . S2CID 3961830 .  
  132. ^ a b c d e f Коринальдези, С .; Tangherlini, M .; Manea, E .; Делль'Анно, А. (2018). «Внеклеточная ДНК как генетический регистратор микробного разнообразия в бентосных глубоководных экосистемах» . Научные отчеты . 8 (1): 1839. Bibcode : 2018NatSR ... 8.1839C . DOI : 10.1038 / s41598-018-20302-7 . PMC 5789842 . PMID 29382896 .   Материал был скопирован из этого источника, доступного по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  133. ^ a b Dell'Anno, A .; Дановаро, Р. (2005). «Внеклеточная ДНК играет ключевую роль в функционировании глубоководных экосистем». Наука . 309 (5744): 2179. DOI : 10.1126 / science.1117475 . PMID 16195451 . S2CID 39216262 .  
  134. ^ Коринальдези, Чинция; Дель Анно, Антонио; Дановаро, Роберто (2007). «Вирусная инфекция играет ключевую роль в динамике внеклеточной ДНК в морских бескислородных системах». Лимнология и океанография . 52 (2): 508–516. Bibcode : 2007LimOc..52..508C . DOI : 10,4319 / lo.2007.52.2.0508 .
  135. ^ Dell'anno, Антонио; Коринальдези, Чинция; Дановаро, Роберто (2015). «Разложение вирусов вносит важный вклад в функционирование донных глубоководных экосистем» . Труды Национальной академии наук . 112 (16): E2014 – E2019. Bibcode : 2015PNAS..112E2014D . DOI : 10.1073 / pnas.1422234112 . PMC 4413343 . PMID 25848024 .  
  136. ^ Нильсен, Кааре М .; Johnsen, Pål J .; Бенсассон, Дуда; Даффончио, Даниэле (2007). «Выпуск и сохранение внеклеточной ДНК в окружающей среде». Исследования экологической биобезопасности . 6 (1-2): 37-53. DOI : 10,1051 / EBR: 2007031 . PMID 17961479 . 
  137. ^ Кулен, Марко JL; Оверманн, Йорг (1998). "Анализ субфоссильных молекулярных остатков пурпурных серных бактерий в отложениях озера" . Прикладная и экологическая микробиология . 64 (11): 4513–4521. DOI : 10,1128 / AEM.64.11.4513-4521.1998 . PMC 106678 . PMID 9797316 .  
  138. ^ Coolen, M .; Муйзер, Жерар; Rijpstra, W. Irene C .; Схоутен, Стефан; Фолькман, Джон К .; Sinninghe Damsté, Яап С. (2004). «Комбинированный анализ ДНК и липидов отложения показывает изменения в популяциях гаптофитов и диатомовых водорослей в антарктическом озере в эпоху голоцена». Письма о Земле и планетах . 223 (1–2): 225–239. Bibcode : 2004E и PSL.223..225C . DOI : 10.1016 / j.epsl.2004.04.014 .
  139. ^ а б Кулен, MJL; Орси, WD; Balkema, C .; Айва, C .; Harris, K .; Сылва, ИП; Филипова-Маринова, М .; Гиосан, Л. (2013). «Эволюция палеома планктона в Черном море от ледникового периода до антропоцена» . Труды Национальной академии наук . 110 (21): 8609–8614. Bibcode : 2013PNAS..110.8609C . DOI : 10.1073 / pnas.1219283110 . PMC 3666672 . PMID 23650351 .  
  140. ^ a b Corinaldesi, C .; Tangherlini, M .; Луна, GM; Делль'Анно, А. (2014). «Внеклеточная ДНК может сохранять генетические признаки нынешних и прошлых событий вирусной инфекции в глубоких гиперсоленых аноксических бассейнах». Труды Королевского общества B: биологические науки . 281 (1780 г.). DOI : 10.1098 / rspb.2013.3299 . S2CID 1214760 . 
  141. ^ Кулен, MJL; Орси, WD; Balkema, C .; Айва, C .; Harris, K .; Сылва, ИП; Филипова-Маринова, М .; Гиосан, Л. (2013). «Эволюция палеома планктона в Черном море от ледникового периода до антропоцена» . Труды Национальной академии наук . 110 (21): 8609–8614. Bibcode : 2013PNAS..110.8609C . DOI : 10.1073 / pnas.1219283110 . PMC 3666672 . PMID 23650351 .  
  142. ^ Corinaldesi, C .; Tangherlini, M .; Луна, GM; Делль'Анно, А. (2014). «Внеклеточная ДНК может сохранять генетические признаки нынешних и прошлых событий вирусной инфекции в глубоких гиперсоленых аноксических бассейнах». Труды Королевского общества B: биологические науки . 281 (1780 г.). DOI : 10.1098 / rspb.2013.3299 . S2CID 1214760 . 
  143. ^ a b Boere, Arjan C .; Rijpstra, W. Irene C .; Де Ланге, Герт Дж .; Малинверно, Элиза; Sinninghe Damsté, Jaap S .; Кулен, Марко JL (2011). «Изучение сохранившихся ископаемых сигнатур ДНК динофлагеллят и гаптофитов, чтобы сделать вывод об экологических и экологических изменениях во время отложения сапропеля S1 в восточном Средиземноморье». Палеоокеанография . 26 (2): н / д. Bibcode : 2011PalOc..26.2204B . DOI : 10.1029 / 2010PA001948 .
  144. ^ Кулен, MJL; Цыпёнка, Н .; Сасс, AM; Sass, H .; Оверманн, Дж. (2002). «Продолжающаяся модификация средиземноморских плейстоценовых сапропелей, опосредованная прокариотами». Наука . 296 (5577): 2407–2410. Bibcode : 2002Sci ... 296.2407C . DOI : 10.1126 / science.1071893 . PMID 12089447 . S2CID 33722848 .  
  145. ^ Кулен, Марко JL; Оверманн, Йорг (2007). «217 000-летние последовательности ДНК зеленых серных бактерий в средиземноморских сапропелях и их значение для реконструкции палеосреды». Экологическая микробиология . 9 (1): 238–249. DOI : 10.1111 / j.1462-2920.2006.01134.x . PMID 17227428 . 
  146. ^ Кулен, Марко JL; Фолькман, Джон К .; Аббас, Бен; Муйзер, Жерар; Схоутен, Стефан; Sinninghe Damsté, Яап С. (2007). «Идентификация источников органического вещества в сульфидных отложениях антарктических фьордов позднего голоцена на основе анализа последовательности ископаемых рДНК». Палеоокеанография . 22 (2): PA2211. Bibcode : 2007PalOc..22.2211C . DOI : 10.1029 / 2006PA001309 .
  147. ^ Кулен, Марко JL; Саенс, Джеймс П .; Гиосан, Ливиу; Trowbridge, Nan Y .; Димитров, Петко; Димитров, Димитар; Эглинтон, Тимоти I. (2009). «Молекулярно-стратиграфические записи ДНК и липидов сукцессии гаптофитов в Черном море в голоцене». Письма о Земле и планетах . 284 (3–4): 610–621. Bibcode : 2009E и PSL.284..610C . DOI : 10.1016 / j.epsl.2009.05.029 .
  148. ^ Dell'anno, Антонио; Коринальдези, Чинция; Ставракакис, Спирос; Ликусис, Василис; Дановаро, Роберто (2005). «Пелагико-бентосное связывание и диагенез нуклеиновых кислот в глубоководной континентальной окраине и системе открытого склона Восточного Средиземноморья» . Прикладная и экологическая микробиология . 71 (10): 6070–6076. DOI : 10,1128 / AEM.71.10.6070-6076.2005 . PMC 1265925 . PMID 16204523 .  
  149. ^ Левин, Лиза А .; Лю, Кон-Ки; Эмейс, Кей-Кристиан; Брейтбург, Дениз Л .; Клоерн, Джеймс; Дойч, Кертис; Джани, Микеле; Гоффарт, Энн; Hofmann, Eileen E .; Лачкар, Зухайр; Лимбург, Карин; Лю, Су-Мэй; Монтес, Энрике; Накви, Ваджих; Рагено, Оливье; Рабуй, Кристоф; Саркар, Сантош Кумар; Swaney, Dennis P .; Вассман, Пол; Вишнер, Карен Ф. (2015). «Сравнительная биогеохимия – экосистема – взаимодействие человека на динамичных континентальных окраинах» . Журнал морских систем . 141 : 3–17. Bibcode : 2015JMS ... 141 .... 3L . DOI : 10.1016 / j.jmarsys.2014.04.016 .
  150. ↑ Йоргенсен, Бо Баркер; Боэтиус, Антье (2007). «Пир и голод - микробная жизнь на глубоководном дне». Обзоры природы микробиологии . 5 (10): 770–781. DOI : 10.1038 / nrmicro1745 . PMID 17828281 . S2CID 22970703 .  
  151. ^ Orcutt, BN; Сильван, JB; Knab, NJ; Эдвардс, KJ (2011). «Микробная экология Темного океана над, на и под морским дном» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 75 (2): 361–422. DOI : 10.1128 / MMBR.00039-10 . PMC 3122624 . PMID 21646433 .  
  152. ^ Corinaldesi, Синтия (2015). «Новые перспективы в микробной экологии бентоса глубоководья». Границы морских наук . 2 . DOI : 10.3389 / fmars.2015.00017 . S2CID 2350681 . 
  153. ↑ Зингер, Люси; Amaral-Zettler, Linda A .; Fuhrman, Jed A .; Хорнер-Девайн, М. Клэр; Huse, Susan M .; Уэлч, Дэвид Б. Марк; Мартини, Дженнифер Б.Х .; Согин, Митчелл; Боэтиус, Антье; Раметт, Албан (2011). «Глобальные закономерности бактериального бета-разнообразия в экосистемах морского дна и морской воды» . PLOS ONE . 6 (9): e24570. Bibcode : 2011PLoSO ... 624570Z . DOI : 10.1371 / journal.pone.0024570 . PMC 3169623 . PMID 21931760 .  
  154. ^ Бьенхольд, Кристина; Боэтиус, Антье; Раметт, Албан (2012). «Взаимосвязь энергетического разнообразия сложных бактериальных сообществ в арктических глубоководных отложениях» . Журнал ISME . 6 (4): 724–732. DOI : 10.1038 / ismej.2011.140 . PMC 3309351 . PMID 22071347 .  
  155. ^ Зингер, L .; Boetius, A .; Раметт, А. (2014). «Бактериальные таксоны – площадь и расстояние – распад в морской среде» . Молекулярная экология . 23 (4): 954–964. DOI : 10.1111 / mec.12640 . PMC 4230465 . PMID 24460915 .  
  156. ^ Драммонд, Алексей J .; Ньюкомб, Ричард Д .; Бакли, Томас Р .; Се, Донг; Допхайде, Эндрю; Поттер, Бенджамин CM; Хелед, Джозеф; Росс, Ховард А .; Тооман, Лия; Гроссер, Стефани; Парк, Дакчул; Деметрас, Николас Дж .; Стивенс, Марк I .; Рассел, Джеймс С.; Андерсон, Сандра Х .; Картер, Анна; Нельсон, Никола (2015). «Оценка подхода мультигенной экологической ДНК для оценки биоразнообразия». Gigascience . 4 . DOI : 10,1186 / s13742-015-0086-1 . PMID 26445670 . S2CID 28846124 .  
  157. ^ Томсен, Филип Фрэнсис; Виллерслев, Эске (2015). «Экологическая ДНК - новый инструмент в области сохранения для мониторинга прошлого и настоящего биоразнообразия». Биологическая консервация . 183 : 4–18. DOI : 10.1016 / j.biocon.2014.11.019 .
  158. ^ Corinaldesi, C .; Beolchini, F .; Делль'Анно, А. (2008). «Скорость повреждения и деградации внеклеточной ДНК в морских отложениях: последствия для сохранения последовательностей генов». Молекулярная экология . 17 (17): 3939–3951. DOI : 10.1111 / j.1365-294X.2008.03880.x . PMID 18643876 . S2CID 22062643 .  
  159. ^ «Арно Лье из WWF об измерении популяций диких животных» . Всемирный фонд дикой природы . Проверено 26 ноября 2018 .
  160. ^ «eDNA - больше не только для рыбаков-биологов» . дикой природы.org . 2017-12-08 . Проверено 26 ноября 2018 .
  161. ^ Рот, Энни (2018-11-19). «Как ДНК из снега помогает ученым выслеживать неуловимых животных» . National Geographic . Проверено 26 ноября 2018 .
  162. ^ Франклин, Томас У .; МакКелви, Кевин С .; Голдинг, Джесси Д .; Мейсон, Дэниел Х .; Dysthe, Joseph C .; Пилигрим, Кристина Л .; Сквайрс, Джон Р .; Обри, Кейт Б.; Лонг, Роберт А.; Гривз, Сэмюэл Э .; Рэйли, Кэтрин М .; Джексон, Скотт; Маккей, Паула; Лиссабон, Джошуа; Sauder, Joel D .; Прусс, Майкл Т .; Хеффингтон, Дон; Шварц, Майкл К. (2019). «Использование методов ДНК окружающей среды для улучшения зимних наблюдений за редкими хищниками: ДНК из снега и улучшенные неинвазивные методы». Биологическая консервация . 229 : 50–58. DOI : 10.1016 / j.biocon.2018.11.006 . Материал был скопирован из этого источника, доступного по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  163. ^ «Наука для всех - Отчет об исследовании, финансируемом государством (июнь 2018 г. - декабрь 2019 г.)» . фигшер . DOI : 10.26181 / 5eba630a64e08 .

Внешние ссылки [ править ]

  • ВЗРЫВ
  • Руководство по биоме eDNA