Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Часть серии по
Штрих-кодирование ДНК
DNA Barcoding.png
 
Штрих- кодирование ДНК • Метабаркодирование
 
По таксонам
Другой

Штрих-кодирование ДНК грибов - это процесс идентификации видов биологического царства грибов посредством амплификации и секвенирования конкретных последовательностей ДНК и их сравнения с последовательностями, хранящимися в базе данных штрих-кодов ДНК, такой как справочная база данных ISHAM [1] или « Штрих-код данных жизни». Система (ЖИРНЫЙ). В этой попытке штрих-кодирование ДНК опирается на универсальные гены, которые в идеале присутствуют во всех грибах с одинаковой степенью изменчивости последовательностей. Межвидовая изменчивость, т. Е. Вариация между видами, в выбранном гене штрих-кода ДНК должна превышать внутривидовую (внутривидовую) вариацию. [2]

Фундаментальной проблемой грибковой систематики является существование телеоморфных и анаморфных стадий в их жизненных циклах. Эти морфы обычно сильно различаются по своему фенотипическому внешнему виду, что предотвращает прямую ассоциацию бесполого анаморфа с половым телеоморфом. Более того, виды грибов могут включать несколько штаммов, которые могут различаться по своей морфологии или по таким характеристикам, как использование углерода и азота, что часто приводит к их описанию как к разным видам, что в конечном итоге дает длинные списки синонимов. [3]Штрих-кодирование грибковой ДНК может помочь идентифицировать и связать анаморфные и телеоморфные стадии грибов и, таким образом, уменьшить количество запутанных названий грибов. По этой причине микологи были одними из первых, кто возглавил исследование различения видов с помощью последовательностей ДНК, [3] [4] [5] [6] [7] [8] по крайней мере на 10 лет раньше, чем предложение о штрих-кодировании ДНК. для животных Полом Д. Н. Хебертом и его коллегами в 2003 году, которые популяризировали термин «штрих-кодирование ДНК». [9] [10]

Успех идентификации грибов с помощью последовательностей штрих-кода ДНК зависит от количественного (полнота) и качественного (уровень идентификации) аспектов справочной базы данных. Без базы данных, охватывающей широкий таксономический диапазон грибов, многие идентификационные запросы не приведут к удовлетворительно близкому совпадению. Аналогичным образом, без значительных кураторских усилий по поддержанию записей на высоком таксономическом уровне идентификации, запросы - даже если они могут иметь близкое или точное совпадение в справочной базе данных - не будут информативными, если наиболее близкое совпадение будет идентифицировано только по типу или уровень класса . [11] [12]

Еще одна важная предпосылка для штрих-кодирования ДНК - это возможность однозначно отследить происхождение данных штрих-кода ДНК до первоначально отобранного образца, так называемого образца ваучера. Это обычная практика в биологии наряду с описанием новых таксонов , когда образцы, на которых основано таксономическое описание, становятся типовыми образцами.. Если идентичность определенного таксона (или генетической последовательности в случае штрих-кодирования ДНК) вызывает сомнения, исходный образец можно повторно исследовать, чтобы рассмотреть и в идеале решить проблему. Образцы ваучера должны быть четко обозначены как таковые, включая постоянный идентификатор ваучера, который однозначно связывает образец с данными штрих-кода ДНК, полученными из него. Кроме того, эти ваучерные образцы должны храниться в общедоступных хранилищах, таких как научные коллекции или гербарии, чтобы сохранить их для использования в будущем и облегчить исследования, связанные с депонированными образцами. [13]

Маркеры штрих-кода ДНК [ править ]

Внутренний расшифрованный спейсер (ITS) - первичный штрих-код гриба [ править ]

Тандемных повторов в эукариотических рДНК генов кластера , содержащего генетические последовательности для 18S, 5.8S и 28S субъединицами рибосом . ETS - внешняя транскрибированная спейсер, ITS - внутренняя транскрибированная прокладка 1 и 2, пронумерованная с конца 5 '; НТС - спейсер нетранскрибируемый.

В грибах внутренний транскрибируются спейсер ( ИТС ) является примерно длиной 600 пар оснований области в рибосомном тандемном повторе кластере генов в ядерном геноме . Область фланкирована последовательностями ДНК малой субъединицы рибосомы (SSU) или 18S- субъединицы на 5'-конце и большой субъединицей (LSU) или 28S- субъединицей на 3'-конце. [14] [15] Сама внутренняя записанная спейсер состоит из двух частей, ITS1 и ITS2 , которые отделены друг от друга 5.8S.субъединица вложена между ними. Как и фланкирующие субъединицы 18S и 28S, субъединица 5.8S содержит высококонсервативную последовательность ДНК, поскольку они кодируют структурные части рибосомы , которая является ключевым компонентом внутриклеточного синтеза белка .

Благодаря ряду преимуществ ITS (см. Ниже) и обширному количеству данных о последовательностях, накопленных в 1990-х и начале 2000-х годов, Begerow et al. (2010) и Schoch et al. (2012) предложили область ITS в качестве области первичного штрих-кода ДНК для генетической идентификации грибов . [12] [2]

Праймеры [ править ]

Консервативные фланкирующие области 18S и 28S служат в качестве якорных точек для праймеров, используемых для ПЦР- амплификации области ITS . [16] Кроме того, консервативная вложенная область 5.8S позволяет конструировать «внутренние» праймеры, то есть праймеры, прикрепляющиеся к комплементарным последовательностям внутри ITS-области. White et al. (1990) предложили такие внутренние праймеры, названные ITS2 и ITS3, вместе с фланкирующими праймерами ITS1 и ITS4 в 18S и 28S субъединице соответственно. [16] Благодаря своей почти универсальной применимости для ITS-секвенирования у грибов, эти праймеры до сих пор широко используются. Оптимизированные праймеры специально для ITS-секвенирования в Dikarya (включая Basidiomycotaи Ascomycota ) были предложены Toju et al. (2012). [17]

Для большинства грибов праймеры ITS, предложенные White et al. (1990) стали стандартными праймерами, используемыми для ПЦР-амплификации. Эти праймеры: [16]

Преимущества и недостатки [ править ]

Основным преимуществом использования ITS-области в качестве молекулярного маркера и штрих-кода грибковой ДНК является то, что весь кластер рибосомных генов расположен в тандемных повторах, то есть во множестве копий. [15] Это позволяет проводить его ПЦР-амплификацию и секвенирование по Сэнгеру даже из небольших образцов материала (при условии, что ДНК не фрагментирована из-за возраста или других дегенеративных влияний ). [14] Следовательно, при усилении ITS обычно наблюдается высокий процент успешных результатов ПЦР . Тем не менее, этот показатель успеха сильно варьируется между группами грибов, от 65% у недикарийских (включая теперь парафилетические Mucoromycotina , Chytridiomycota иBlastocladiomycota ) до 100% у Saccharomycotina и Basidiomycota [2] (за исключением очень низкого успеха у Pucciniomycotina ). [18] Кроме того, выбор праймеров для ITS- амплификации может вносить предубеждения в отношении определенных таксономических групп грибов. [19] Например, «универсальные» праймеры ITS [16] не могут амплифицировать около 10% протестированных образцов грибов. [18]

Тандемные повторы кластера рибосомных генов вызывают проблему значительной внутригеномной гетерогенности последовательностей, наблюдаемой среди ITS- копий нескольких групп грибов. [20] [21] [22] При секвенировании по Сэнгеру это приведет к наложению друг на друга считываний ITS- последовательностей разной длины, что потенциально сделает результирующий хроматограф нечитаемым. Более того, из-за некодирующей природы ITS- области, которая может приводить к значительному количеству инделей , невозможно последовательно выровнять ITS- последовательности от сильно дивергентных видов для дальнейшего более масштабного филогенетического анализа. [9] [14]Степень гетерогенности внутригеномной последовательности можно исследовать более подробно с помощью молекулярного клонирования первоначально амплифицированных ПЦР последовательностей ITS с последующим секвенированием клонов. Эта процедура начальной амплификации ПЦР с последующим клонированием ампликонов и, наконец, секвенированием клонированных продуктов ПЦР является наиболее распространенным подходом к получению ITS- последовательностей для метабаркодирования ДНК образцов окружающей среды, в которых одновременно может присутствовать множество различных видов грибов. Однако такой подход к секвенированию после клонирования редко применялся для ITS.последовательности, которые составляют справочные библиотеки, используемые для идентификации с помощью штрих-кода ДНК, что потенциально дает недооценку существующей вариации последовательности ITS во многих образцах. [23]

Взвешенное среднее арифметическое из внутривидовая ( в пределах-видов) ЕЕ изменчивости среди грибов 2,51%. Эта изменчивость, однако, может варьироваться от 0%, например, у Serpula lacrymans (n = 93 образца), от 0,19% у Tuber melanosporum (n = 179) до 15,72% у Rhizoctonia solani (n = 608) или даже 24,75% у Pisolithus tinctorius (n = 113). В случаях высокой внутривидовой изменчивости ITS , применение порога 3% изменчивости последовательности - канонического верхнего значения для внутривидовой изменчивости - поэтому приведет к более высокой оценке операционных таксономических единиц (OTU), т. Е. Предполагаемых видов, чем на самом деле. находятся в образце.[24] В случае релевантных с медицинской точки зрения видов грибов более строгий порог в 2,5%изменчивости ITS позволяет точно идентифицировать только около 75% всех видов на уровне вида. [1]

С другой стороны, морфологически четко определенные, но эволюционно молодые комплексы видов или виды-братья могут различаться (если вообще) в нескольких нуклеотидах последовательностей ITS . Использование только данных штрих-кода ITS для идентификации таких пар или комплексов видов может, таким образом, скрыть фактическое разнообразие и привести к неправильной идентификации, если не будет сопровождаться исследованием морфологических и экологических особенностей и / или сравнением дополнительных диагностических генетических маркеров . [18] [23] [25] [26] Для некоторых таксонов ITS (или его ITS2часть) недостаточно вариабельна, как штрих-код ДНК грибов, как, например, было показано у Aspergillus , Cladosporium , Fusarium и Penicillium . [27] [28] [29] [30] Таким образом, попытки определить универсально применимое пороговое значение ITS изменчивости, которое отделяет внутривидовую от межвидовой (межвидовой) изменчивости, остаются безрезультатными. [24]

Тем не менее, вероятность правильной идентификации вида с районом ITS высока в Дикарии , особенно в Basidiomycota , где даже части ITS1 часто бывает достаточно для идентификации вида. [31] Тем не менее, его способность к различению частично заменяется на способность ДНК-направленной субъединицы РНК-полимеразы II RPB1 (см. Также ниже). [2]

Из-за недостатков ITS как первичного штрих-кода ДНК грибов была выражена необходимость создания второго маркера штрих-кода ДНК. [9] Было сделано несколько попыток создать другие генетические маркеры , которые могли бы служить в качестве штриховых кодов дополнительной ДНК, [18] [32] [33] аналогично ситуации в растениях , где plastidial гены RbCl , MATK и trnH-psbA , а также поскольку ядерные ИТС часто используются в комбинации для штрих-кодирования ДНК. [34]

Фактор трансляционного удлинения 1α (TEF1α) - вторичный штрих-код гриба [ править ]

Трансляционный фактор элонгации 1α является частью эукариотической фактора элонгации 1 комплекса, основной функцией которого является облегчение удлинения аминокислотной цепи полипептида во время перевода процесса экспрессии генов . [35]

Stielow et al. (2015) исследовали ген TEF1α , среди ряда других, как потенциальный генетический маркер для штрих-кодирования ДНК грибов. Обычно считается, что ген TEF1α , кодирующий фактор удлинения трансляции 1α, имеет медленную скорость мутаций , и поэтому он обычно лучше подходит для исследования более старых расщеплений, более глубоких в филогенетической истории группы организмов. Несмотря на это, авторы приходят к выводу, что TEF1α является наиболее многообещающим кандидатом в качестве дополнительного маркера штрих-кода ДНК у грибов, поскольку он также имеет участки последовательности с более высокой частотой мутаций. [18]После этого была создана справочная база данных с контролируемым качеством, которая была объединена с ранее существовавшей базой данных ISHAM-ITS для штрих-кодов ДНК грибов ITS [1], чтобы сформировать базу данных ISHAM. [36]

TEF1α был успешно использован для идентификации нового вида Cantharellus из Техаса и отличия его от морфологически схожих видов. [37] Однако у родов Ochroconis и Verruconis (Sympoventuriaceae, Venturiales) маркер не позволяет различать все виды. [38] TEF1α также использовался в филогенетическом анализе на уровне рода, например, в случае Cantharellus [39] и энтомопатогенной Beauveria , [40], а также для филогенетики ранних ветвей грибов. [41]

Праймеры [ править ]

Праймеры TEF1α, использованные в широкомасштабном скрининге эффективности генов-кандидатов ДНК штрих-кодов Stielow et al. (2015) были прямым праймером EF1-983F с последовательностью 5'-GCYCCYGGHCAYCGTGAYTTYAT-3 ' и обратным праймером EF1-1567R с последовательностью 5'-ACHGTRCCRATACCACCRATCTT-3' . [40] Кроме того, был разработан ряд новых праймеров, пара праймеров выделена жирным шрифтом, что привело к высокому среднему успеху амплификации, составляющему 88%: [18]

Праймеры использовали для исследования ризофидиевых и особенно Batrachochytrium dendrobatidis , патогена амфибий, являются прямым праймером tef1F с нуклеотидной последовательностью 5'-TACAARTGYGGTGGTATYGACA-3' и обратным праймером tef1R с последовательностью 5'-ACNGACTTGACYTCAGTRGT-3' . [42] Эти праймеры также успешно амплифицировали большинство видов Cantharellus, исследованных Buyck et al. (2014), за исключением нескольких видов, для которых были разработаны более специфические праймеры: прямой праймер tef-1Fcanth с последовательностью 5'-AGCATGGGTDCTYGACAAG-3 'и обратный праймер tef-1Rcanth с последовательностью 5'-CCAATYTTRTAYACATCYTGGAG-3 ' . [39]

D1 / D2 домен рибосомной РНК LSU [ править ]

Домен D1 / D2 является частью ядерной большой субъединицы ( 28S ) рибосомной РНК, и поэтому он расположен в том же кластере генов тандемных повторов рибосом, что и внутренний транскрибируемый спейсер ( ITS ). Но в отличие от некодирующих последовательностей ITS, домен D1 / D2 содержит кодирующую последовательность. Приблизительно с 600 парами оснований это примерно такая же длина нуклеотидной последовательности, как ITS , [43], что делает амплификацию и секвенирование довольно простыми, преимущество, которое привело к накоплению большого количества данных о последовательностях D1 / D2 , особенно для дрожжей . [3] [7] [43]

Что касается молекулярной идентификации базидиомицетовых дрожжей, D1 / D2 (или ITS ) можно использовать отдельно. [43] Однако Fell et al. (2000) и Скорцетти и др. (2002) рекомендуют комбинированный анализ областей D1 / D2 и ITS [3] [43], практика, которая позже стала стандартной необходимой информацией для описания новых таксонов аско- и базидиомицетных дрожжей. [14] При попытке идентифицировать ранние расходящиеся клоны грибов исследование Schoch et al. (2012), сравнивая эффективность идентификации различных генетических маркеров, показали, что большая субъединица (а также малая субъединица) рибосомной РНК работает лучше, чем ITS или RPB1 . [2]

Праймеры [ править ]

Для базидиомицетных дрожжей прямой праймер F63 с последовательностью 5'-GCATATCAATAAGCGGAGGAAAAG-3 ' и обратный праймер LR3 с последовательностью 5'-GGTCCGTGTTTCAAGACGG-3' были успешно использованы для ПЦР-амплификации домена D1 / D23. [3] Домен D1 / D2 аскомицетных дрожжей, таких как Candida, можно амплифицировать с помощью прямого праймера NL-1 (последовательность: 5'-GCATATCAATAAGCGGAGGAAAAG-3 ' ) и обратного праймера NL-4 (последовательность: 5'-GGTCCGTGTTTCAAGACGG-3 ' ). [6]

Субъединица РНК-полимеразы II RPB1 [ править ]

Эукариотической РНК-полимеразы II , из Saccharomyces CEREVISIAE , [44] с RPB1 субъединицей окрашены в красный цвет . Другие субъединицы: RPB3 - оранжевый , RPB11 - желтый , RPB2 - пшеничный , RPB6 - розовый ; остальные семь субъединиц - серого цвета.

РНК - полимеразы II субъединица RPB1 является крупнейшим субъединица РНК - полимеразы II . У Saccharomyces cerevisiae он кодируется геном RPO21 . [45] Успех ПЦР- амплификации RPB1 в значительной степени зависит от таксона и колеблется от 70-80% у Ascomycota до 14% у ранних расходящихся клонов грибов. [2] Помимо ранних расходящихся ветвей, RPB1 имеет высокий уровень видовой идентификации во всех группах грибов. В богатом видами Pezizomycotina даже превосходит ЕГО. [2]

В исследовании, сравнивающем эффективность идентификации четырех генов, RPB1 был одним из наиболее эффективных генов при объединении двух генов в анализе: комбинированный анализ либо с ITS, либо с рибосомной РНК большой субъединицы дал наивысший успех идентификации. [2]

В других исследованиях также использовали RPB2 , вторую по величине субъединицу РНК-полимеразы II, например, для изучения филогенетических взаимоотношений между видами рода Cantharellus [39] или для филогенетического исследования, проливающего свет на взаимоотношения между ранне расходящимися ветвями грибов. Королевство. [41]

Праймеры [ править ]

Праймеры, успешно амплифицирующие RPB1, особенно у Ascomycota, представляют собой прямой праймер RPB1-Af с последовательностью 5'-GARTGYCCDGGDCAYTTYGG-3 ' и обратный праймер RPB1-Ac-RPB1-Cr с последовательностью 5'-CCNGCDATNTCRTTRTCCATRTA-3' . [2]

Межгенный спейсер (IGS) генов рибосомной РНК [ править ]

Межгенная Распорка ( ИГС ) является областью некодирующей ДНК между отдельными тандемными повторами в рибосомном кластере генов в ядерном геноме , в отличии от внутренней транскрибируется Spacer (ИТС) , которая находится в пределах этих тандемных повторов.

IGS был успешно использован для дифференциации штаммов из Xanthophyllomyces dendrorhous [46] , а также для видов различия в холодолюбивом роде Mrakia ( Cystofilobasidiales ). [47] Благодаря этим результатам IGS был рекомендован в качестве генетического маркера для дополнительной дифференциации (наряду с D1 / D2 и ITS ) близкородственных видов и даже штаммов в пределах одного вида у базидиомицетных дрожжей. [3]

Другие генетические маркеры [ править ]

Ген субъединицы I цитохром с оксидазы ( COI ) превосходит ITS в штрих-кодировании ДНК видов Penicillium (Ascomycota) с видоспецифичными штрих-кодами для 66% исследованных видов по сравнению с 25% в случае ITS . Кроме того, часть гена β-тубулина A ( BenA ) демонстрирует более высокое таксономическое разрешение при различении видов Penicillium по сравнению с COI и ITS . [48] Однако в близкородственном комплексе Aspergillus niger COIнедостаточно вариабельна для различения видов. [49] В Fusarium , ИСП экспонатов паралогов во многих случаях, и гомологичные копии не изменяется достаточно , чтобы различать виды. [50]

ИСП также выполняет плохо в идентификации basidiomycote ржавеет в порядке Pucciniales из - за присутствия интронов . Даже когда препятствие в виде интронов преодолено, ITS и рРНК LSU ( 28S ) превосходят COI в качестве маркера штрих-кода ДНК. [51] В подразделении Agaricomycotina успех ПЦР-амплификации для COI был плохим , даже с несколькими комбинациями праймеров. Успешно секвенированные образцы COI также включали интроны и возможные паралоги, как сообщалось для Fusarium . [50][52] Agaricus bisporus содержит до 19 интронов, что делаетген COI этого вида самым длинным из зарегистрированных - 29 902 нуклеотида. [53] Помимо существенных проблем с секвенированием COI , COI и ITS обычно одинаково хорошо распознают грибы-базидиомикоты. [52]

Топоизомераза I ( TOP1 ) была исследована в качестве кандидата на дополнительный штрих-код ДНК Lewis et al. (2011) на основе протеомных данных, а разработанная пара универсальных праймеров [32] впоследствии была протестирована на реальных образцах Stielow et al. (2015). Прямой праймер TOP1_501-F с последовательностью 5'-TGTAAAACGACGGCCAGT-ACGAT-ACTGCCAAGGTTTTCCGTACHTACAACGC-3 ' (где первая часть отмечает универсальный хвост прямого праймера M13, вторая часть состоит из спейсера ACGAT, а третья часть - собственно праймера) и обратный праймер TOP1_501-R с 5'-CAGGAAACAGCTATGA-CCCAGTCCTCGTCAACWGACTTRATRGCCCA-3 '(первая часть обозначает хвост универсального обратного праймера M13, вторая часть - реальный обратный праймер TOP1) амплифицируют фрагмент приблизительно из 800 пар оснований. [18]

Было обнаружено, что TOP1 является многообещающим кандидатом в маркеры ДНК-штрих-кода для аскомицетов, где он может различать виды Fusarium и Penicillium - родов, в которых первичный штрих-код ITS работает плохо. Однако слабый успех амплификации с универсальными праймерами TOP1 наблюдается у ранних расхождений грибковых клонов и базидиомицетов, за исключением Pucciniomycotina (где успех ITS ПЦР низок ). [18]

Как и TOP1 , фосфоглицераткиназа ( PGK ) была среди генетических маркеров, исследованных Lewis et al. (2011) и Stielow et al. (2015) в качестве потенциальных дополнительных штрих-кодов ДНК грибов. Был разработан ряд универсальных праймеров [32] с парой праймеров PGK533, амплифицирующих фрагмент длиной около 1000 пар оснований, что является наиболее успешным для большинства грибов, за исключением базидиомицетов. Как TOP1 , ПГК превосходит ИТС по видовому дифференциации в аскомицет родов , как Penicillium и Fusarium , и оба ПГК и TOP1 выполнять так хорошо , как TEF1αв различении близкородственных видов этих родов. [18]

Приложения [ править ]

Безопасность пищевых продуктов [ править ]

Гражданин наука проект исследовал консенсус между маркировкой сухими, коммерчески продаваемыми грибами и ДНК Barcoding результатов из этих грибов. Было обнаружено, что все образцы имеют правильную маркировку. Однако препятствием была ненадежность справочных баз данных ITS с точки зрения уровня идентификации, поскольку три базы данных, использованные для сравнения последовательностей ITS, дали разные результаты идентификации в некоторых образцах. [54] [55]

Правильная маркировка грибов, предназначенных для употребления в пищу, также исследовалась Raja et al. (2016), которые использовали область ITS для штрих-кодирования ДНК сушеных грибов, порошков мицелия и капсул с пищевыми добавками . Только в 30% из 33 образцов этикетка продукта правильно указывала название биномиального гриба. В другом 30%, название рода было правильным, но видовой эпитет не совпадают, а в 15% случаев даже не род название биномиального имени , указанному на этикетке продукта соответствует результат полученного ИТС штрих - кода. Для остальных 25% образцов не удалось получить ITS- последовательность. [56]

Xiang et al. (2013) показали, что с использованием ITS- последовательностей коммерчески очень ценный гусеничный гриб Ophiocordyceps sinensis и его поддельные версии ( O. nutans , O. robertsii , Cordyceps cicadae , C. gunnii , C. militaris и растение Ligularia hodgsonii ) могут быть достоверно идентифицированы до видового уровня. [57]

Патогенные грибы [ править ]

Исследование Vi Hoang et al. (2019) сосредоточились на точности идентификации патогенных грибов с использованием как первичных ( ITS ), так и вторичных ( TEF1α ) маркеров штрих-кода. Их результаты показывают, что у Diutina ( отдельная разновидность Candida [58] ) и Pichia идентификация видов проста либо с ITS, либо с TEF1α, а также с их комбинацией. В комплексе Lodderomyces , который включает три из пяти наиболее распространенных патогенных видов Candida ( C. albicans , C. dubliniensis и C. parapsilosis ),ITS не смог различить ортопсилоз Candida и C. parapsilosis , которые являются частью комплекса парапсилоза Candida у близкородственных видов. [59] TEF1α , с другой стороны, позволил идентифицировать все исследованные виды клады Lodderomyces . Аналогичные результаты были получены для видов Scedosporium , которые относятся к широкому спектру локализованных инвазивных заболеваний: ITS не смог различить S. apiospermum и S. boydii , тогда как с TEF1αвсе исследованные виды этого рода можно было точно идентифицировать. Таким образом, это исследование подчеркивает полезность применения более одного маркера штрих-кодирования ДНК для идентификации видов грибов. [60]

Сохранение культурного наследия [ править ]

Штрих-кодирование грибковой ДНК успешно применялось для исследования феномена лисиц , что является серьезной проблемой при сохранении бумажных документов . Sequeira et al. (2019) секвенировали ITS по пятнам лисиц и обнаружили Chaetomium globosum , Ch. murorum , гл. nigricolor , Chaetomium sp., Eurotium rubrum , Myxotrichum deflexum , Penicillium chrysogenum , P. citrinum , P. commune , Penicillium sp. и Stachybotrys chartarum для заселения исследуемых бумажных пятен. [61]

В другом исследовании изучались грибы, которые действуют как биоразрушающие агенты в Старом соборе Коимбры , входящем в состав Университета Коимбры , объекта всемирного наследия ЮНЕСКО . Секвенировав штрих-код ITS десяти образцов с помощью классического метода Sanger, а также с помощью методов секвенирования нового поколения Illumina , они идентифицировали 49 видов грибов. Aspergillus versicolor , Cladosporium cladosporioides , C. sphaerospermum , C. tenuissimum , Epicoccum nigrum , Parengyodontium album , Penicillium brevicompactum, P. crustosum , P. glabrum , Talaromyces amestolkiae и T. stollii были наиболее частыми видами, выделенными из образцов. [62]

В другом исследовании, посвященном объектам культурного наследия, изучалось разнообразие грибов на холсте Паулы Рего с использованием субрегиона ITS2 маркера ITS . Всего было обнаружено 387 OTU (предполагаемых видов) в 117 родах 13 различных классов грибов. [63]

См. Также [ править ]

  • Штрих-кодирование ДНК
  • Штрих-кодирование микробной ДНК
  • Штрих-кодирование пыльцевой ДНК
  • Штрих-кодирование ДНК при оценке диеты
  • Консорциум штрих-кода жизни

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c Ирини Л., Серена С., Гарсия-Эрмосо Д., Арабатзис М., Деснос-Оливье М., Ву Д. и др. (Май 2015 г.). «Международное общество микологии человека и животных (ISHAM) - эталонная база данных штрих-кодирования ДНК - стандартный инструмент с контролем качества для рутинной идентификации патогенных грибов человека и животных» . Медицинская микология . 53 (4): 313–37. DOI : 10.1093 / MMY / myv008 . PMID  25802363 .
  2. ^ a b c d e f g h i Schoch CL, Seifert KA, Huhndorf S, Robert V, Spouge JL, Levesque CA, Chen W. (апрель 2012 г.). «Ядерная рибосомная внутренняя транскрибируемая спейсерная область (ITS) как универсальный маркер штрих-кода ДНК для грибов» (PDF) . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 109 (16): 6241–6. DOI : 10.1073 / pnas.1117018109 . PMC 3341068 . PMID 22454494 .   
  3. ^ a b c d e f Fell JW, Boekhout T, Fonseca A, Scorzetti G, Statzell-Tallman A (май 2000 г.). «Биоразнообразие и систематика базидиомицетовых дрожжей, как определено анализом последовательности домена большой субъединицы D1 / D2» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 50 Pt 3 (3): 1351–1371. DOI : 10.1099 / 00207713-50-3-1351 . PMID 10843082 . S2CID 44194598 .  
  4. Перейти ↑ Bruns TD, White TJ, Taylor JW (1991). "Молекулярная систематика грибов". Ежегодный обзор экологии и систематики . 22 (1): 525–564. DOI : 10.1146 / annurev.es.22.110191.002521 . PMID 12702331 . 
  5. ^ Месснер R, Prillinger Н, IBL М, Гиммлер G (1995). «Последовательности рибосомных генов и внутренних транскрибированных спейсеров перемещают три паразитических гриба растений, Eremothecium ashbyi , Ashbya gossypii и Nematospora coryli , к Saccharomyces cerevisiae » . Журнал общей и прикладной микробиологии . 41 : 31–42. DOI : 10,2323 / jgam.41.31 .
  6. ^ a b Курцман С.П., Робнетт С.Дж. (май 1997 г.). «Идентификация клинически важных аскомицетных дрожжей на основе расхождения нуклеотидов на 5'-конце гена большой субъединицы (26S) рибосомной ДНК» (PDF) . Журнал клинической микробиологии . 35 (5): 1216–23. DOI : 10.1128 / JCM.35.5.1216-1223.1997 . PMC 232732 . PMID 9114410 .   
  7. ^ a b Курцман С.П., Робнетт С.Дж. (май 1998 г.). «Идентификация и филогения аскомицетных дрожжей на основе анализа частичных последовательностей ядер большой субъединицы (26S) рибосомальной ДНК» . Антони ван Левенгук . 73 (4): 331–71. DOI : 10.1023 / а: 1001761008817 . PMID 9850420 . S2CID 29373623 .  
  8. ^ Kurtzman CP, Robnett CJ (октябрь 1998). «Три новых вида дрожжей Candida, связанных с насекомыми » . Канадский журнал микробиологии . 44 (10): 965–73. DOI : 10.1139 / w98-085 . PMID 9933915 . 
  9. ^ a b c Зайферт К.А. (май 2009 г.). «Прогресс в направлении штрих-кодирования ДНК грибов» . Ресурсы молекулярной экологии . 9 Suppl s1 (Suppl. 1): 83–9. DOI : 10.1111 / j.1755-0998.2009.02635.x . PMID 21564968 . 
  10. ^ Эбер PD , Cywinska A, Болл SL, deWaard JR (февраль 2003). «Биологическая идентификация с помощью штрих-кодов ДНК» . Ход работы. Биологические науки . 270 (1512): 313–21. DOI : 10.1098 / rspb.2002.2218 . PMC 1691236 . PMID 12614582 .  
  11. ^ Nilsson RH, Ryberg M, Абаренков K, Sjökvist E, Kristiansson E (июль 2009). «Регион ITS как объект для характеристики грибных сообществ с использованием новых технологий секвенирования» . Письма о микробиологии FEMS . 296 (1): 97–101. DOI : 10.1111 / j.1574-6968.2009.01618.x . PMID 19459974 . 
  12. ^ a b Begerow D, Nilsson H, Unterseher M, Maier W (июнь 2010 г.). «Современное состояние и перспективы штрих-кодирования грибковой ДНК и процедур экспресс-идентификации». Прикладная микробиология и биотехнология . 87 (1): 99–108. DOI : 10.1007 / s00253-010-2585-4 . PMID 20405123 . S2CID 25172732 .  
  13. ^ Агерер Р., Аммирати Дж., Барони Т.Дж., Бланц П., Куртекюсс Р.Э., Дежардин Д.Е. (2000). «Открытое письмо научному сообществу микологов» . Прикладная экология почв . 15 (3): 295–298. DOI : 10.1016 / S0929-1393 (00) 00076-7 .
  14. ^ a b c d Xu J (ноябрь 2016 г.). «Штрих-кодирование ДНК грибов» . Геном . 59 (11): 913–932. DOI : 10.1139 / GEN-2016-0046 . PMID 27829306 . 
  15. ^ a b Wurzbacher C, Larsson E, Bengtsson-Palme J, Van den Wyngaert S, Svantesson S, Kristiansson E, et al. (Январь 2019). «Введение рибосомного тандемного повторного штрих-кодирования для грибов» . Ресурсы молекулярной экологии . 19 (1): 118–127. DOI : 10.1111 / 1755-0998.12944 . PMID 30240145 . S2CID 52309438 .  
  16. ^ a b c d Белый TJ, Брунс T, Ли SJ, Тейлор J (1990). «Амплификация и прямое секвенирование генов рибосомных РНК грибов для филогенетики». In Innis MA, Гельфанд DH, Снинский JJ, White TJ (ред.). Протоколы ПЦР: Руководство по методам и приложениям . Нью-Йорк: Academic Press, Inc., стр. 315–322.
  17. ^ Toju Н, Tanabe А.С., Ямамото С, Сато Н (2012). «Праймеры ITS с высоким охватом для ДНК-идентификации аскомицетов и базидиомицетов в образцах окружающей среды» . PLOS ONE . 7 (7): e40863. Bibcode : 2012PLoSO ... 740863T . DOI : 10.1371 / journal.pone.0040863 . PMC 3395698 . PMID 22808280 .  
  18. ^ a b c d e f g h i Стилоу Дж. Б., Левеск, Калифорния, Зайферт К. А., Мейер В., Ирини Л., Смитс Д. и др. (Декабрь 2015 г.). «Один гриб, какие гены? Разработка и оценка универсальных праймеров для потенциальных вторичных штрих-кодов ДНК грибов» . Персония . 35 : 242–63. DOI : 10.3767 / 003158515X689135 . PMC 4713107 . PMID 26823635 .  
  19. ^ Bellemain Е, Т Карлсен, Brochmann С, Coissac Е, Taberlet Р, Kauserud Н (июль 2010 г.). «ЕГО как штрих-код ДНК в окружающей среде для грибов: подход in silico выявляет потенциальные ошибки ПЦР» . BMC Microbiology . 10 (189): 189. DOI : 10,1186 / 1471-2180-10-189 . PMC 2909996 . PMID 20618939 .  
  20. ^ Smith ME, Douhan GW, Риццо DM (декабрь 2007). «Интраспецифическая и внутриспорокарповая вариация ITS эктомикоризных грибов, оцененная с помощью секвенирования рДНК спорокарпов и объединенных эктомикоризных корней из лесных массивов Quercus » . Микориза . 18 (1): 15–22. DOI : 10.1007 / s00572-007-0148-Z . PMID 17710446 . S2CID 195072428 .  
  21. ^ Lindner DL, Banik MT (2011). «Внутригеномная изменчивость в области ITS рДНК скрывает филогенетические отношения и завышает оценки операционных таксономических единиц в роде Laetiporus ». Mycologia . 103 (4): 731–40. DOI : 10.3852 / 10-331 . PMID 21289107 . S2CID 21154111 .  
  22. Перейти ↑ Kovács GM, Balázs TK, Calonge FD, Martín MP (2011). «Разнообразие пустынных трюфелей Terfezia : новые виды и очень изменчивый видовой комплекс с внутриспорокарпической неоднородностью нрДНК ITS» (PDF) . Mycologia . 103 (4): 841–53. DOI : 10.3852 / 10-312 . PMID 21289106 . S2CID 22648182 .   
  23. ^ a b Поцелуй L (июль 2012 г.). «Пределы внутренних транскрибируемых спейсеров (ITS) ядерной рибосомальной ДНК как видовые штрих-коды для грибов» (PDF) . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 109 (27): E1811, ответ автора E1812. Bibcode : 2012PNAS..109E1811K . DOI : 10.1073 / pnas.1207143109 . PMC 3390822 . PMID 22715287 .   
  24. ^ a b Nilsson RH, Kristiansson E, Ryberg M, Hallenberg N, Larsson KH (май 2008 г.). «Внутривидовая изменчивость ITS у грибов царства, выраженная в международных базах данных последовательностей, и ее значение для идентификации молекулярных видов» . Эволюционная биоинформатика в Интернете . 4 : 193–201. DOI : 10.4137 / EBO.S653 . PMC 2614188 . PMID 19204817 .  
  25. ^ Сей - J, Vilgalys R, Митчелла ТГ (октябрь 2000 г.). «Множественные генеалогии показывают недавнее распространение и гибридизацию патогенного гриба человека Cryptococcus neoformans ». Молекулярная экология . 9 (10): 1471–81. DOI : 10.1046 / j.1365-294x.2000.01021.x . PMID 11050543 . S2CID 18291790 .  
  26. ^ Стокингер H, Крюгер M, Schüssler A (июль 2010). «Штрих-кодирование ДНК арбускулярных микоризных грибов» . Новый фитолог . 187 (2): 461–74. DOI : 10.1111 / j.1469-8137.2010.03262.x . PMID 20456046 . 
  27. ^ Гейзер Д.М., Клич М.А., Frisvad JC, Петерсон SW, Варга J Самсон RA (2007). «Текущее состояние распознавания и идентификации видов Aspergillus » . Исследования в области микологии . 59 : 1–10. DOI : 10.3114 / sim.2007.59.01 . PMC 2275194 . PMID 18490947 .  
  28. ^ Schubert K, Groenewald JZ, Braun U, Dijksterhuis J, Starink M, Hill CF и др. (2007). «Биоразнообразие в комплексе Cladosporium herbarum (Davidiellaceae, Capnodiales) со стандартизацией методов таксономии и диагностики Cladosporium» . Исследования в области микологии . 58 : 105–56. DOI : 10.3114 / sim.2007.58.05 . PMC 2104742 . PMID 18490998 .  
  29. ^ O'Donnell K, Цигельник E (февраль 1997). «Два дивергентных типа ITS2 внутригеномной рДНК в пределах монофилетической линии гриба Fusarium неортологичны» . Молекулярная филогенетика и эволюция . 7 (1): 103–16. DOI : 10.1006 / mpev.1996.0376 . PMID 9007025 . 
  30. ^ Skouboe Р, Frisvad JC, Тейлор JW, Лауритсен D, Бойсен М, Россен L (1999). «Филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей из ITS-области тервертициллятных видов Penicillium » . Микологические исследования . 103 (7): 873–881. DOI : 10.1017 / S0953756298007904 .
  31. ^ Осмундсон Т.В., Роберт В.А., Шох CL, Бейкер Л.Дж., Смит А., Робич Г. и др. (2013). «Заполнение пробелов в знаниях о биоразнообразии для макрогрибов: вклад и оценка проекта по секвенированию штрих-кода ДНК гербарной коллекции» . PLOS ONE . 8 (4): e62419. Bibcode : 2013PLoSO ... 862419O . DOI : 10.1371 / journal.pone.0062419 . PMC 3640088 . PMID 23638077 .  
  32. ^ a b c Льюис CT, Билкху S, Роберт V, Эберхардт U, Szoke S, Seifert KA, Lévesque CA (2011). «Идентификация мишеней штрих-кода ДНК грибов и праймеров для ПЦР на основе семейств белков Pfam и таксономической иерархии» (PDF) . Открытый журнал прикладной информатики . 5 (приложение 1 – M5): 30–44. DOI : 10.2174 / 1874136301005010030 .
  33. ↑ Винсент Роберт Л., Сёке С., Эберхард У., Кардинали Г., Мейер В., Зейферт К. А., Левеск, Калифорния, Льюис, Коннектикут (2011). «В поисках универсального и надежного штрих-кода ДНК грибов» (PDF) . Открытый журнал прикладной информатики . 5 (доп. 1 – M6): 45–61. DOI : 10.2174 / 1874136301005010045 .
  34. ^ Кресс WJ (2017). «Штрих-коды ДНК растений: приложения сегодня и в будущем» . Журнал систематики и эволюции . 55 (4): 291–307. DOI : 10.1111 / jse.12254 .
  35. ^ Sasikumar А.Н., Perez WB, Kinzy TG (2012). «Многие роли эукариотического фактора удлинения 1 комплекса» . Междисциплинарные обзоры Wiley. РНК . 3 (4): 543–55. DOI : 10.1002 / wrna.1118 . PMC 3374885 . PMID 22555874 .  
  36. ^ Meyer W, Irinyi L, Hoang MT, Robert V, Garcia-Hermoso D, Desnos-Ollivier M и др. (Март 2019 г.). «Создание базы данных для вторичного фактора удлинения трансляции штрих-кода ДНК грибов 1α (TEF1α)» . Геном . 62 (3): 160–169. DOI : 10.1139 / GEN-2018-0083 . PMID 30465691 . 
  37. ^ Buyck В, Cruaud С, Couloux А, Хофстеттер В (2011). « Cantharellus texensis sp. Nov. Из Техаса, южный двойник C. cinnabarinus, выявленный с помощью данных последовательности tef-1». Mycologia . 103 (5): 1037–46. DOI : 10.3852 / 10-261 . PMID 21558500 . S2CID 29384238 .  
  38. ^ Самерпитак K, Герритс ван ден Энде BH, Stielow JB, Menken SB, de Hoog GS (февраль 2016 г.). «Штрих-кодирование и распознавание видов условно-патогенных микроорганизмов у Ochroconis и Verruconis » (PDF) . Грибковая биология . 120 (2): 219–30. DOI : 10.1016 / j.funbio.2015.08.010 . PMID 26781378 .  
  39. ^ a b c Buyck B, Kauff F, Eyssartier G, Couloux A, Hofstetter V (2014). «Мультилокусная филогения всемирного Cantharellus (Cantharellales, Agaricomycetidae)» (PDF) . Грибковое разнообразие . 64 : 101–121. DOI : 10.1007 / s13225-013-0272-3 . S2CID 11264350 .  
  40. ^ a b Ренер С.А., Бакли Э. (2005). « Филогения Beauveria, выведенная из ядерных ITS и EF1-альфа-последовательностей: свидетельство загадочной диверсификации и связи с телеоморфами Cordyceps ». Mycologia . 97 (1): 84–98. DOI : 10.1080 / 15572536.2006.11832842 . PMID 16389960 . S2CID 22209059 .  
  41. ^ а б Джеймс Т.Ю., Кауфф Ф., Шох К.Л., Матени ПБ, Хофстеттер В., Кокс С.Дж. и др. (Октябрь 2006 г.). «Реконструкция ранней эволюции грибов с использованием филогении с шестью генами» . Природа . 443 (7113): 818–22. Bibcode : 2006Natur.443..818J . DOI : 10,1038 / природа05110 . PMID 17051209 . S2CID 4302864 .  
  42. ^ Morehouse Е.А., Джеймс TY, Ganley AR, Vilgalys R, L Бергер, Мерфи PJ, Longcore JE (февраль 2003). «Мультилокусное типирование последовательности предполагает, что хитридный патоген земноводных является недавно появившимся клоном». Молекулярная экология . 12 (2): 395–403. DOI : 10.1046 / j.1365-294X.2003.01732.x . PMID 12535090 . S2CID 13448384 .  
  43. ^ a b c d Скорцетти Г., Фелл Дж. В., Фонсека А., Статцелл-Таллман А. (декабрь 2002 г.). «Систематика базидиомицетных дрожжей: сравнение большой субъединицы D1 / D2 и внутренних транскрибируемых спейсерных областей рДНК» . FEMS Yeast Research . 2 (4): 495–517. DOI : 10.1111 / j.1567-1364.2002.tb00117.x . PMID 12702266 . 
  44. ^ Боль в руке KJ, Mitterweger S, Meinhart A, Крамер P (февраль 2005). «Структуры полной РНК-полимеразы II и ее подкомплекса, Rpb4 / 7» (PDF) . Журнал биологической химии . 280 (8): 7131–4. DOI : 10,2210 / pdb1wcm / PDB . PMID 15591044 .  
  45. ^ Strathern J, Malagon F, Ирвин J, Gotte D, Shafer B, Kireeva M и др. (Январь 2013). «Верность транскрипции: мутации RPB1 (RPO21), которые увеличивают проскальзывание транскрипции у S. cerevisiae » . Журнал биологической химии . 288 (4): 2689–99. DOI : 10.1074 / jbc.M112.429506 . PMC 3554935 . PMID 23223234 .  
  46. ^ Fell JW, Blatt GM (июль 1999). «Разделение штаммов дрожжей Xanthophyllomyces dendrorhous и Phaffia rhodozyma на основе анализа последовательности IGS рДНК и ITS». Журнал промышленной микробиологии и биотехнологии . 23 (1): 677–81. DOI : 10.1038 / sj.jim.2900681 . PMID 10455500 . S2CID 22545332 .  
  47. ↑ Diaz MR, Fell JW (январь 2000 г.). «Молекулярный анализ областей IGS и ITS рДНК психрофильных дрожжей в роде Mrakia ». Антони ван Левенгук . 77 (1): 7–12. DOI : 10,1023 / A: 1002048008295 . PMID 10696872 . S2CID 41560178 .  
  48. ^ Зейферт К.А., Самсон Р.А., Деваард Дж. Р., Хубракен Дж., Левеск Калифорния, Монкальво Дж. М. и др. (Март 2007 г.). «Перспективы идентификации грибов с использованием штрих-кодов CO1 ДНК, с Penicillium в качестве тестового примера» (PDF) . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 104 (10): 3901–6. DOI : 10.1073 / pnas.0611691104 . PMC 1805696 . PMID 17360450 .   
  49. ^ Гейзер Д.М., Клич М.А., Frisvad JC, Петерсон SW, Варга J Самсон RA (2007). «Текущее состояние распознавания и идентификации видов Aspergillus » . Исследования в области микологии . 59 : 1–10. DOI : 10.3114 / sim.2007.59.01 . PMC 2275194 . PMID 18490947 .  
  50. ^ a b Gilmore SR, Gräfenhan T, Louis-Seize G, Seifert KA (май 2009 г.). «Множественные копии цитохромоксидазы 1 у видов грибов рода Fusarium » . Ресурсы молекулярной экологии . 9 Дополнение s1 (Дополнение 1): 90–8. DOI : 10.1111 / j.1755-0998.2009.02636.x . PMID 21564969 . 
  51. ^ Vialle A, FEAU N, M Аллер, Дидух M, Martin F, Moncalvo JM, Hamelin RC (май 2009). «Оценка митохондриальных генов как штрих-кода ДНК для Basidiomycota» . Ресурсы молекулярной экологии . 9 Дополнение 1 (Дополнение 1): 99–113. DOI : 10.1111 / j.1755-0998.2009.02637.x . PMID 21564970 . 
  52. ^ a b Dentinger BT, Didukh MY, Moncalvo JM (2011). «Сравнение COI и ITS в качестве маркеров штрих-кода ДНК для грибов и их союзников (Agaricomycotina)» . PLOS ONE . 6 (9): e25081. Bibcode : 2011PLoSO ... 625081D . DOI : 10.1371 / journal.pone.0025081 . PMC 3178597 . PMID 21966418 .  
  53. ^ Férandon С, Moukha S, Callac Р, Бенедетто ДП, Кастровьехо М, G Баррозо (ноябрь 2010 г.). «Ген Agaricus bisporus cox1: самый длинный митохондриальный ген и самый большой резервуар митохондриальных интронов группы I» . PLOS ONE . 5 (11): e14048. Bibcode : 2010PLoSO ... 514048F . DOI : 10.1371 / journal.pone.0014048 . PMC 2987802 . PMID 21124976 .  
  54. ^ Jensen-Варгас E, Marizzi C (июнь 2018). "Штрих-кодирование ДНК для идентификации релевантных потребителю грибов, продаваемых в Нью-Йорке: мощный инструмент для гражданских ученых?" . Еда . 7 (6): 87. DOI : 10,3390 / foods7060087 . PMC 6025134 . PMID 29890621 .  
  55. ^ Дженсен-Варгас Э., Абреу А. Штрих-кодирование ДНК для идентификации релевантных потребителю грибов, продаваемых в Нью-Йорке (PDF) (Отчет) . Проверено 4 мая 2020 .
  56. ↑ Raja HA, Baker TR, Little JG, Oberlies NH (январь 2017 г.). «Штрих-кодирование ДНК для идентификации грибов, имеющих отношение к потребителю: частичное решение для сертификации продукции?» . Пищевая химия . 214 : 383–392. DOI : 10.1016 / j.foodchem.2016.07.052 . PMID 27507489 . 
  57. ^ Xiang L, Song J, Xin T, Zhu Y, Shi L, Xu X и ​​др. (Октябрь 2013). «Штрих-кодирование ДНК коммерческого китайского гусеничного гриба» . Письма о микробиологии FEMS . 347 (2): 156–62. DOI : 10.1111 / 1574-6968.12233 . PMID 23927075 . 
  58. ^ Khunnamwong Р, Lertwattanasakul Н, Jindamorakot S, S Limtong, Лашанс М.А. (декабрь 2015). «Описание Diutina gen. Nov., Diutina siamensis , fa sp. Nov. И изменение принадлежности Candida catenulata , Candida mesorugosa , Candida neorugosa , Candida pseudorugosa , Candida ranongensis , Candida rugosa и Candida scorzettiae к роду Diutina » (PDF) . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 65 (12): 4701–9. doi : 10.1099 / ijsem.0.000634 . PMID  26410375 .
  59. ^ Tavanti А, Дэвидсон Д., Гоу Н.А., Maiden MC, Odds FC (январь 2005). « Candida orthopsilosis и Candida metapsilosis spp. Nov. Для замены Candida parapsilosis группы II и III» . Журнал клинической микробиологии . 43 (1): 284–92. DOI : 10.1128 / JCM.43.1.284-292.2005 . PMC 540126 . PMID 15634984 .  
  60. ^ Хоанг МТ, Irinyi л, Чен СК, Соррелл ТС, Мейер Вт (2019). «Двойное штрих-кодирование ДНК для молекулярной идентификации агентов инвазивных грибковых инфекций» . Границы микробиологии . 10 (1647): 1647. DOI : 10,3389 / fmicb.2019.01647 . PMC 6657352 . PMID 31379792 .  
  61. Перейти ↑ Sequeira SO, HP C, Mesquita NU, Portugal AN, Macedo MF (2019). «Пятна от грибка на бумаге: то, что вы видите, вы получаете?» (PDF) . Conservar Património . 32 : 18–27. DOI : 10,14568 / cp2018007 .
  62. ^ Trovão Дж, Португалия, Суариш F, Паива DS, Месквита N, Коэльо С, Пиньейру переменного тока, Катарино л, Жиль Ж, Тьягу I (2019). «Разнообразие и распространение грибов в различных явлениях биоразрушения в известняковых стенах старого собора Коимбры, включенного в список Всемирного наследия ЮНЕСКО». Международный биоразложение и биоразложение . 142 : 91–102. DOI : 10.1016 / j.ibiod.2019.05.008 .
  63. ^ Пайва де Карвалью H, Оливейра Секейра S, Пиньо Д., Тровао Дж, Фернандес да Коста RM, Эгас C, Маседу MF, Португалия A (2019). «Сочетание инновационного неинвазивного метода отбора проб и высокопроизводительного секвенирования для характеристики грибковых сообществ на холсте». Международный биоразложение и биоразложение . 145 : 104816. DOI : 10.1016 / j.ibiod.2019.104816 .

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Эберхардт У (июль 2010 г.). «Конструктивный шаг к выбору штрих-кода ДНК для грибов» . Новый фитолог . 187 (2): 265–8. DOI : 10.1111 / j.1469-8137.2010.03329.x . PMID  20642723 .