Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Различия в стандартных методах штрих-кодирования ДНК и метабаркодирования. В то время как штрих-кодирование ДНК фокусируется на конкретном виде, метабаркодирование исследует целые сообщества.

Metabarcoding является штриховое кодирование из ДНК / РНК таким образом , который обеспечивает возможность одновременной идентификации многих таксонов в пределах одной и той же выборки. Основное различие между штрих-кодированием и метабаркодированием состоит в том, что метабаркодирование не фокусируется на одном конкретном организме, а вместо этого направлено на определение видового состава в образце.

Процедура метабаркодирования, как и общее штрих-кодирование, последовательно проходит через этапы извлечения ДНК , ПЦР-амплификации , секвенирования и анализа данных . Штрих-код состоит из короткой вариабельной области гена (например, см. Различные маркеры / штрих-коды ), которая полезна для таксономического определения, фланкирована высококонсервативными областями гена, которые можно использовать для конструирования праймеров . [1]Используются разные гены в зависимости от того, ставится ли цель штрих-кодирование одного вида или метабаркодирование нескольких видов. В последнем случае используется более универсальный ген. Метабаркодирование не использует ДНК / РНК одного вида в качестве отправной точки, а использует ДНК / РНК нескольких разных организмов, полученных из одного образца окружающей среды или большого объема.

Идея возникла в 2003 году у исследователей из Университета Гвельфа . [2]

Метод [ править ]

Часть серии по
Штрих-кодирование ДНК
DNA Barcoding.png
 
Штрих- кодирование ДНК Метабар- кодирование

 
По таксонам
Другой
  • v
  • т
  • е

Метод требует, чтобы каждая собранная ДНК была заархивирована с соответствующим «типовым образцом» (по одному для каждого таксона) в дополнение к обычным данным сбора. Эти типы хранятся в определенных учреждениях (музеи, молекулярные лаборатории, университеты, зоологические сады, ботанические сады, гербарии и т. Д.), По одному для каждой страны, и в некоторых случаях одно и то же учреждение назначается для содержания типов более чем одной страны. в тех случаях, когда у некоторых стран нет технологий или финансовых ресурсов для этого.

Таким образом, создание типовых образцов генетических кодов представляет собой методологию, аналогичную методологии, применяемой в традиционной таксономии.

На первом этапе была определена область ДНК, которая будет использоваться для создания штрих-кода. Он должен был быть коротким и содержать высокий процент уникальных последовательностей. Для животных, водорослей и грибов часть митохондриального гена, который кодирует субъединицу 1 фермента цитохромоксидазы, CO1, дала высокий процент (95%), область около 648 пар оснований. [3]

В случае с растениями использование CO1 не было эффективным, поскольку у них низкий уровень изменчивости в этом регионе, в дополнение к трудностям, которые возникают из-за частых эффектов полиплоидии , интрогрессии и гибридизации, поэтому геном хлоропласта кажется более подходящий . [4] [5]

эДНК и метабаркодирование эРНК [ править ]

Дополнительная информация: Экологическая ДНК

Экологическая ДНК или эДНК описывает генетический материал, присутствующий в образцах окружающей среды, таких как отложения, вода и воздух, включая целые клетки, внеклеточную ДНК и, возможно, целые организмы. [6] [7] еДНК может быть получена из образцов окружающей среды и сохранена , извлечена , амплифицирована , секвенирована и классифицирована на основе ее последовательности. [8] На основании этой информации возможно обнаружение и классификация видов. эДНК может поступать из кожи, слизистых, слюны, спермы, секретов, яиц, фекалий, мочи, крови, корней, листьев, фруктов, пыльцы и гниющих тел более крупных организмов, в то время как микроорганизмымогут быть получены полностью. [9] [10] [7] Производство эДНК зависит от биомассы , возраста и кормовой активности организма, а также от физиологии, жизненного цикла и использования космоса. [7] [11] [12] [13]

Применение метабаркодирования ДНК окружающей среды в водных и наземных экосистемах  [13]
Мониторинг глобальной экосистемы и биоразнообразия
с использованием метабаркода ДНК окружающей среды  [13]

Приложения [ править ]

К 2019 году методы исследования электронной ДНК были расширены, чтобы можно было оценивать целые сообщества по единой выборке. Этот процесс включает в себя метабаркодирование, которое можно точно определить как использование общих или универсальных праймеров полимеразной цепной реакции (ПЦР) на смешанных образцах ДНК любого происхождения с последующим высокопроизводительным секвенированием следующего поколения (NGS) для определения видового состава образец. Этот метод был распространен в микробиологии на протяжении многих лет, но по состоянию на 2020 год он только начинает находить свое применение в оценке макроорганизмов. [14] [15] [16] Экосистемные приложения метабаркодирования eDNA имеют потенциал не только для описания сообществ и биоразнообразия, но также для выявления взаимодействий и функциональной экологии в больших пространственных масштабах, хотя это может быть ограничено ложными показаниями из-за загрязнения или других ошибок. [10] [17] [15] [12] В целом, метабаркодирование eDNA увеличивает скорость, точность и идентификацию по сравнению с традиционным штрих-кодированием и снижает стоимость, но требует стандартизации и унификации, объединяя таксономию и молекулярные методы для полного экологического исследования. [14] [18] [19] [20] [12] [13]

Метабаркодирование eDNA применяется для мониторинга разнообразия во всех средах обитания и таксономических групп, реконструкции древних экосистем, взаимодействия растений и опылителей, анализа рациона, обнаружения инвазивных видов, реакции на загрязнение и мониторинга качества воздуха. Метабаркодирование eDNA - это уникальный метод, который все еще находится в стадии разработки и, вероятно, еще некоторое время будет развиваться по мере развития технологий и стандартизации процедур. Однако по мере того, как метабаркодирование оптимизируется и его использование становится все более распространенным, оно, вероятно, станет важным инструментом для экологического мониторинга и изучения глобального сохранения. [13]

Морская биозащита [ править ]

Метабаркодирование эДНК и эРНК в морской биобезопасности
Глобальное биоразнообразие операционных таксономических единиц (OTU) для наборов данных только ДНК, совместно используемых eDNA / eRNA и только RNA. Диаграммы показывают относительное количество последовательностей на самых высоких присвоенных таксономических уровнях. [21]
Оболочечная колония Didemnum vexillum
Личинки Diaphorodoris papillata
Такие виды выживают, проходя через нефильтрованные насосные системы.

Распространение неместных видов (ННГ) представляет собой значительный и растущий риск для экосистем. [22] [23] В морских системах ННГ, которые выживают при транспортировке и адаптируются к новым местам, могут иметь значительные неблагоприятные последствия для местного биоразнообразия, включая перемещение местных видов и сдвиги в биологических сообществах и связанных пищевых сетях. [24] [25] После создания НИС их искоренить чрезвычайно сложно и дорого [26] [27], а дальнейшее региональное распространение может происходить за счет естественного распространения или антропогенного переноса. [28] [29] [30]В то время как обрастание корпуса судов и балластные воды судов хорошо известны как важные антропогенные пути международного распространения ННГ, [22] [31] [32] [33] сравнительно мало известно о возможности региональных транзитных судов вносить вклад в вторичное распространение морских вредителей за счет перемещения льяльных вод. [21]

Недавние исследования показали, что вода и связанный с ней мусор, увлекаемые в трюмные пространства небольших судов (<20 м), могут выступать в качестве вектора распространения НИС в региональном масштабе. [34] [35] [36] [37] [38] [39] Трюмная вода определяется как любая вода, которая задерживается на судне (кроме балласта) и не перекачивается на борт намеренно. Он может накапливаться на палубе судна или под ней (например, под панелями пола) посредством различных механизмов, включая волновые воздействия, утечки, через кормовые сальники гребного винта, а также при загрузке таких предметов, как оборудование для дайвинга, рыбалки, аквакультуры или научного оборудования . [40]Таким образом, трюмная вода может содержать морскую воду, а также живые организмы на различных этапах жизни, клеточный мусор и загрязняющие вещества (например, масло, грязь, моющие средства и т. Д.), Все из которых обычно сбрасываются с помощью автоматических трюмных насосов или самосливаются. с помощью утиных клапанов. Льяльная вода, перекачиваемая с малых судов (вручную или автоматически), обычно не обрабатывается перед сбросом в море, в отличие от более крупных судов, которые необходимы для отделения нефти и воды с использованием систем фильтрации, центрифугирования или поглощения углерода. [40] [41] Если пропагулы станут жизнеспособными благодаря этому процессу, сброс трюмных вод может привести к распространению NIS. [21]

В 2017 году Флетчер и др. использовали сочетание лабораторных и полевых экспериментов для изучения разнообразия, численности и выживаемости биологического материала, содержащегося в пробах льяльной воды, взятых с небольших прибрежных судов. [39] Их лабораторный эксперимент показал, что колонии или фрагменты асцидий и мшанокличинки, могут выжить, проходя через нефильтрованную насосную систему, в значительной степени без повреждений. Они также провели первую морфо-молекулярную оценку (с использованием метабаркодирования eDNA) риска биобезопасности, создаваемого сбросом трюмных вод с 30 малых судов (парусных и моторных лодок) различного происхождения и времени плавания. Используя метабаркодирование eDNA, они охарактеризовали примерно в три раза больше таксонов, чем с помощью традиционных микроскопических методов, включая обнаружение пяти видов, признанных некоренными в исследуемом регионе. [21]

Чтобы помочь понять риски, связанные с различными векторами интродукции ННГ, традиционные оценки биоразнообразия под микроскопом все чаще дополняются метабаркодированием электронной ДНК. [42] [43] [44] [45] Это позволяет идентифицировать широкий спектр разнообразных таксономических сообществ на многих этапах жизни. Он также может позволить обнаруживать NIS, которые могли быть упущены из виду с помощью традиционных методов. Несмотря на большой потенциал инструментов метабаркодирования eDNA для широкомасштабного таксономического скрининга, [46] [47] основная проблема для eDNA в контексте экологического мониторинга морских вредителей, и особенно при мониторинге замкнутой среды, такой как некоторые трюмные пространства или балластные цистерны. , дифференцирует мертвые и жизнеспособные организмы.[48] Внеклеточная ДНК может сохраняться в темноте / холоде в течение длительных периодов времени (от месяцев до лет, [49] [50], таким образом, многие из организмов, обнаруженных с помощью метабаркодирования eDNA, возможно, были нежизнеспособны в месте сбора образцов в течение нескольких дней. или недель. Напротив, рибонуклеиновая кислота (РНК) быстроразрушаетсяпосле гибели клетки, вероятно, обеспечивая более точное представление жизнеспособных сообществ. [51] В недавних исследованиях по метабаркодированию изучалось использование совместно экстрагированных молекул эДНК и эРНК для мониторинга образцов донных отложений вокруг морских рыбоводных хозяйств и мест бурения нефтяных скважин, [52] [53] [54] [55] [56]и коллективно обнаружили несколько более сильную корреляцию между биологическими и физико-химическими переменными вдоль градиентов воздействия при использовании эРНК. С точки зрения морской биобезопасности обнаружение живых НИС может представлять более серьезную и непосредственную угрозу, чем обнаружение НИС, основанное исключительно на сигнале ДНК. Таким образом, экологическая РНК может стать полезным методом идентификации живых организмов в образцах. [21]

Разные приложения [ править ]

Создание библиотеки генетических штрих-кодов первоначально было сосредоточено на рыбах [57] и птицах [58] [59] [60], за которыми последовали бабочки и другие беспозвоночные. [61] В случае птиц образец ДНК обычно берут из груди.

Исследователи уже разработали специальные каталоги для крупных групп животных, таких как пчелы, птицы, млекопитающие или рыбы. Другой вариант использования - анализ полного зооценоза данной географической области, например, проект «Штрих-код полярной жизни», который направлен на сбор генетических признаков всех организмов, обитающих в полярных регионах; оба полюса Земли. С этой формой связано кодирование всей ихтиофауны гидрографического бассейна, например того, который начал развиваться в Рио-Сан-Франциско, на северо-востоке Бразилии . [62] [63]

Потенциал использования штрих-кодов очень широк, поскольку обнаружены многочисленные загадочные виды (это уже дало многочисленные положительные результаты) [64], использование при идентификации видов на любом этапе их жизни, надежная идентификация в случаях охраняемых видов, которые незаконно продаются, и т. д. [65] [66]

См. Также [ править ]

  • Штрих-код системы данных о жизни (жирный шрифт)
  • Консорциум штрих-кода жизни (CBOL)
  • Международное сотрудничество с базами данных нуклеотидных последовательностей (INSDC)
  • Молекулярный маркер
  • Таксономическое препятствие

Ссылки [ править ]

  1. ^ Пьер, Taberlet (2018-02-02). Экологическая ДНК: для исследования и мониторинга биоразнообразия . Бонин, Орели, 1979-. Оксфорд. ISBN 9780191079993. OCLC  1021883023 .
  2. ^ Хеберт, Пол DN; Цивинская, Алина; Болл, Шелли Л .; Деуард, Джереми Р. (2003). «Биологическая идентификация с помощью штрих-кодов ДНК» . Труды Лондонского королевского общества. Серия B: Биологические науки . 270 (1512): 313–321. DOI : 10.1098 / rspb.2002.2218 . PMC 1691236 . PMID 12614582 .  
  3. ^ Stoeckle, MY и Эбер, PD (2008). El código de barras de la vida. Investigación y ciencia, (387), 42-47.
  4. ^ Newmaster SG et al. (2007). Тестирование участков штрих-кода растений-кандидатов в Myristicaceae. Заметки о молекулярной экологии. 1-11.
  5. ^ Хаэн-Молин, Р., Caujapé-Кастельс, J., Фернандес-Паласиос, О. де Паса, JP, Febles Р., Bramwell, Д., ... и Халык, KA Filogenia молекулярного деласMatthioleae Macaronésicas según la información de la región ITS.
  6. ^ Фицетола, Джентиле Франческо; Мяуд, Клод; Помпанон, Франсуа; Таберле, Пьер (2008). «Обнаружение видов с использованием ДНК окружающей среды из проб воды» . Письма биологии . 4 (4): 423–425. DOI : 10.1098 / RSBL.2008.0118 . PMC 2610135 . PMID 18400683 .  
  7. ^ a b c Барнс, Мэтью А .; Тернер, Кэмерон Р. (2016). «Экология окружающей среды ДНК и значение для генетики сохранения». Сохранение генетики . 17 : 1–17. DOI : 10.1007 / s10592-015-0775-4 . S2CID 14914544 . 
  8. ^ Дейнер, Кристи; Вальзер, Жан-Клод; Мехлер, Эльвира; Альтерматт, Флориан (2015). «Выбор методов захвата и добычи влияет на обнаружение пресноводного биоразнообразия по ДНК окружающей среды». Биологическая консервация . 183 : 53–63. DOI : 10.1016 / j.biocon.2014.11.018 .
  9. ^ Таберле, Пьер; Куассак, Эрик; Помпанон, Франсуа; Брохманн, Кристиан; Виллерслев, Эске (2012). «На пути к оценке биоразнообразия следующего поколения с использованием метабаркодирования ДНК». Молекулярная экология . 21 (8): 2045–2050. DOI : 10.1111 / j.1365-294X.2012.05470.x . PMID 22486824 . S2CID 41437334 .  
  10. ^ a b Боманн, Кристина; Эванс, Алиса; Гилберт, М. Томас П .; Карвалью, Гэри Р.; Крир, Саймон; Кнапп, Майкл; Ю, Дуглас В .; Де Брюн, Марк (2014). «Экологическая ДНК для биологии дикой природы и мониторинга биоразнообразия». Тенденции в экологии и эволюции . 29 (6): 358–367. DOI : 10.1016 / j.tree.2014.04.003 . PMID 24821515 . 
  11. ^ Goldberg, Caren S .; Тернер, Кэмерон Р .; Дейнер, Кристи; Климус, Кэти Э .; Томсен, Филип Фрэнсис; Мерфи, Мелани А .; Копье, Стивен Ф .; Макки, Анна; Ойлер-Макканс, Сара Дж .; Корнман, Роберт Скотт; Ларами, Мэтью Б .; Mahon, Andrew R .; Лэнс, Ричард Ф .; Пиллиод, Дэвид С .; Стриклер, Кэтрин М .; Уэйтс, Лизетт П .; Фремье, Александр К .; Такахара, Терухико; Herder, Jelger E .; Таберле, Пьер (2016). «Важнейшие соображения по применению методов экологической ДНК для обнаружения водных видов». Методы экологии и эволюции . 7 (11): 1299–1307. DOI : 10.1111 / 2041-210X.12595 .
  12. ^ a b c Геринг, Даниэль; Борха, Ангел; Джонс, Дж. Айван; Понт, Дидье; Боутс, Питер; Бушез, Агнес; Брюс, Кэт; Дракаре, Стина; Хэнфлинг, Бернд; Калерт, Мария; Лиз, Флориан; Мейснер, Кристиан; Мерген, Патрисия; Рейджол, Йорик; Сегурадо, Педро; Фоглер, Альфрид; Келли, Мартин (2018). «Варианты внедрения идентификации на основе ДНК в оценку экологического статуса в соответствии с Европейской рамочной директивой по водным ресурсам» . Исследования воды . 138 : 192–205. DOI : 10.1016 / j.watres.2018.03.003 . PMID 29602086 . 
  13. ^ a b c d e Рупперт, Криста М .; Клайн, Ричард Дж .; Рахман, Мд Сайдур (2019). «Прошлые, настоящие и будущие перспективы метабаркодирования экологической ДНК (EDNA): систематический обзор методов, мониторинга и применения глобальной eDNA». Глобальная экология и сохранение . 17 : e00547. DOI : 10.1016 / j.gecco.2019.e00547 . Материал был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  14. ^ a b Куассак, Эрик; Риаз, Тиайыба; Пуйландре, Николя (2012). «Биоинформатические проблемы для метабаркодирования ДНК растений и животных». Молекулярная экология . 21 (8): 1834–1847. DOI : 10.1111 / j.1365-294X.2012.05550.x . PMID 22486822 . S2CID 24398174 .  
  15. ^ а б Крир, Саймон; Дейнер, Кристи; Фрей, Серита; Поразинская, Дорота; Таберле, Пьер; Томас, В. Келли; Поттер, Кейтлин; Бик, Холли М. (2016). «Полевое руководство эколога по последовательной идентификации биоразнообразия». Методы экологии и эволюции . 7 (9): 1008–1018. DOI : 10.1111 / 2041-210X.12574 .
  16. ^ Дейнер, Кристи; Бик, Холли М .; Мехлер, Эльвира; Сеймур, Мэтью; Лакурсьер-Руссель, Анаис; Альтерматт, Флориан; Крир, Саймон; Биста, Илиана; Лодж, Дэвид М .; Вере, Наташа; Pfrender, Michael E .; Бернатчес, Луи (2017). «Метабаркодирование ДНК окружающей среды: трансформируя наши методы изучения животных и растений». Молекулярная экология . 26 (21): 5872–5895. DOI : 10.1111 / mec.14350 . PMID 28921802 . S2CID 8001074 .  
  17. ^ Фицетола, Джентиле Франческо; Таберле, Пьер; Куассак, Эрик (2016). «Как ограничить количество ложных срабатываний в ДНК окружающей среды и метабаркодировании?». Ресурсы молекулярной экологии . 16 (3): 604–607. DOI : 10.1111 / 1755-0998.12508 . PMID 27062589 . S2CID 785279 .  
  18. ^ Ю, Дуглас В .; Цзи, Иньцю; Emerson, Brent C .; Ван, Сяоянь; Е, Чэнси; Ян, Чуньян; Дин, Чжаоли (2012). «Суп биоразнообразия: метабаркодирование членистоногих для быстрой оценки биоразнообразия и биомониторинга». Методы экологии и эволюции . 3 (4): 613–623. DOI : 10.1111 / j.2041-210X.2012.00198.x .
  19. ^ Кристеска, Мелания Е. (2014). «От штрихового кодирования отдельных лиц до метабаркодирования биологических сообществ: к интегративному подходу к изучению глобального биоразнообразия». Тенденции в экологии и эволюции . 29 (10): 566–571. DOI : 10.1016 / j.tree.2014.08.001 . PMID 25175416 . 
  20. ^ Гибсон, Джоэл Ф .; Шокралла, Шади; Карри, Колин; Бэрд, Дональд Дж .; Монах, Венди А .; Король, Ян; Хаджибабаи, Мехрдад (2015). «Крупномасштабный биомониторинг удаленных и находящихся под угрозой экосистем с помощью высокопроизводительного секвенирования» . PLOS ONE . 10 (10): e0138432. Bibcode : 2015PLoSO..1038432G . DOI : 10.1371 / journal.pone.0138432 . PMC 4619546 . PMID 26488407 .  
  21. ^ a b c d e Пошон, Ксавье; Зайко, Анастасия; Флетчер, Лорен М .; Ларош, Оливье; Вуд, Сюзанна А. (2017). «Разыскиваются живыми или мертвыми? Использование метабаркодирования ДНК и РНК окружающей среды для различения живых организмов для целей биобезопасности» . PLOS ONE . 12 (11): e0187636. DOI : 10.1371 / journal.pone.0187636 . PMC 5667844 . PMID 29095959 .   Материал был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  22. ^ a b Молнар, Дженнифер Л .; Гамбоа, Ребекка Л .; Ревенга, Кармен; Сполдинг, Марк Д. (2008). «Оценка глобальной угрозы морскому биоразнообразию со стороны инвазивных видов». Границы экологии и окружающей среды . 6 (9): 485–492. DOI : 10.1890 / 070064 .
  23. ^ Мольнар, Дженнифер Л .; Гамбоа, Ребекка Л .; Ревенга, Кармен; Сполдинг, Марк Д. (2008). «Оценка глобальной угрозы морскому биоразнообразию со стороны инвазивных видов». Границы экологии и окружающей среды . 6 (9): 485–492. DOI : 10.1890 / 070064 .
  24. ↑ Оленин, Сергей; Минчин, Дэн; Даунис, Дариус (2007). «Оценка биозагрязнения водных экосистем». Бюллетень загрязнения моря . 55 (7–9): 379–394. DOI : 10.1016 / j.marpolbul.2007.01.010 . PMID 17335857 . 
  25. ^ Katsanevakis, Стелиос; Валлентинус, Ингер; Зенетос, Аргиро; Леппакоски, Эркки; Чинар, Мелих Эртан; Озтюрк, Байрам; Грабовски, Михал; Голани, Даниэль; Кардосо, Ана Кристина (2014). «Воздействие инвазивных чужеродных морских видов на экосистемные услуги и биоразнообразие: панъевропейский обзор». Водные вторжения . 9 (4): 391–423. DOI : 10,3391 / ai.2014.9.4.01 .
  26. ^ Пиментел, Дэвид; Зунига, Родольфо; Моррисон, Дуг (2005). «Обновленная информация об экологических и экономических издержках, связанных с чужеродными инвазивными видами в Соединенных Штатах». Экологическая экономика . 52 (3): 273–288. DOI : 10.1016 / j.ecolecon.2004.10.002 .
  27. ^ Харви, Чад Т .; Куреши, Самир А .; MacIsaac, Хью Дж. (2009). «Обнаружение колонизирующих, водных, неместных видов». Разнообразие и распределения . 15 (3): 429–437. DOI : 10.1111 / j.1472-4642.2008.00550.x .
  28. ^ Харви, Чад Т .; Куреши, Самир А .; MacIsaac, Хью Дж. (2009). «Обнаружение колонизирующих, водных, неместных видов». Разнообразие и распределения . 15 (3): 429–437. DOI : 10.1111 / j.1472-4642.2008.00550.x .
  29. ^ Leppäkoski Эркки; Голлаш, Стефан; Оленин, Сергей (29 июня 2013 г.). Инвазивные водные виды Европы. Распределение, воздействие и управление . ISBN 9789401599566.
  30. ^ Хьюм, Филип E. (2009). «Торговля, транспорт и проблемы: управление путями распространения инвазивных видов в эпоху глобализации». Журнал прикладной экологии . 46 : 10–18. DOI : 10.1111 / j.1365-2664.2008.01600.x .
  31. ^ Инглис Г., Флоерл О., Ахён С., Кокс С., Анвин М., Пондер-Саттон А. и др. (2010) «Риски биобезопасности, связанные с биообрастанием на международных судах, прибывающих в Новую Зеландию: краткое описание моделей и предикторов загрязнения». Биобезопасность Новой Зеландии , Технический отчет №: 2008.
  32. ^ Руис, Грегори М .; Роулингс, Тоня К .; Доббс, Фред С .; Дрейк, Лиза А .; Маллади, Тимоти; Хук, Анварул; Колвелл, Рита Р. (2000). «Глобальное распространение микроорганизмов с судов». Природа . 408 (6808): 49–50. DOI : 10.1038 / 35040695 . PMID 11081499 . S2CID 205010602 .  
  33. ^ Gollasch, S. (2002). «Важность обрастания корпусов судов как вектора интродукции видов в Северное море». Биообрастание . 18 (2): 105–121. DOI : 10.1080 / 08927010290011361 . S2CID 85620063 . 
  34. ^ Mineur, Фредерик; Джонсон, Марк П .; Мэггс, Кристин А. (2008). «Интродукция макроводорослей путем обрастания корпуса на рекреационных судах: водоросли и моряки». Экологический менеджмент . 42 (4): 667–676. Bibcode : 2008EnMan..42..667M . DOI : 10.1007 / s00267-008-9185-4 . PMID 18704562 . S2CID 25680517 .  
  35. ^ Джонсон, Ladd E .; Риккарди, Энтони; Карлтон, Джеймс Т. (2001). "Распространение водных инвазивных видов по суше: оценка риска временного прогулочного катания на лодках". Экологические приложения . 11 (6): 1789. DOI : 10,1890 / 1051-0761 (2001) 011 [тысяча семьсот восемьдесят-девять: ODOAIS] 2.0.CO; 2 . ISSN 1051-0761 . 
  36. ^ Дарбайсон, Эмили (2009). «Морские водные привычки и потенциал распространения инвазивных видов в заливе Св. Лаврентия». Водные вторжения . 4 : 87–94. DOI : 10.3391 / ai.2009.4.1.9 .
  37. ^ Акоста, Эрнандо; Форрест, Барри М. (2009). «Распространение морских неместных видов посредством прогулочного катания на лодках: концептуальная модель для оценки риска на основе анализа дерева отказов». Экологическое моделирование . 220 (13–14): 1586–1598. DOI : 10.1016 / j.ecolmodel.2009.03.026 .
  38. ^ МакМахон, Роберт (2011). «Структура популяции квагги (Dreissena rostriformis bugensis) во время раннего вторжения в озера Мид и Мохаве, январь-март 2007 г.». Водные вторжения . 6 (2): 131–140. DOI : 10,3391 / ai.2011.6.2.02 .
  39. ^ а б Флетчер, Лорен М .; Зайко, Анастасия; Атала, Хавьер; Рихтер, Ингрид; Дюфур, Селин М .; Пошон, Ксавье; Wood, Susana A .; Хопкинс, Грант А. (2017). «Трюмная вода как вектор распространения морских вредителей: морфологическая, метабаркодирование и экспериментальная оценка». Биологические вторжения . 19 (10): 2851–2867. DOI : 10.1007 / s10530-017-1489-у . S2CID 25513146 . 
  40. ^ a b Синнер, Джим, Барри Форрест, Марк Ньютон, Грэм Инглис, Крис Вудс, Дон Морриси, Орели Кастинель и Роуэн Стрикленд (2013) «Управление внутренним распространением вредных морских организмов» Часть B: Законодательная база и анализ вариантов . Каутронский институт .
  41. ^ Инглис Г., Моррисси Д., Вудс С., Синнер Дж, Ньютон М. (2013) «Управление внутренним распространением вредных морских организмов», Часть A: Оперативные инструменты для управления. Министерство сырьевой промышленности Новой Зеландии , Отчет № 2013 / xx.
  42. ^ Контет, Тьерри; Сандиониги, Анна; Виар, Фредерик; Казираги, Маурицио (2015). «ДНК (Мета) штрих-кодирование биологических вторжений: мощный инструмент для выяснения процессов вторжения и помощи в управлении инопланетянами». Биологические вторжения . 17 (3): 905–922. DOI : 10.1007 / s10530-015-0854-у . S2CID 12799342 . 
  43. ^ Заико, Anastasija; Шимански, Кейт; Пошон, Ксавье; Хопкинс, Грант А .; Гольдстен, Шарин; Флоерл, Оливер; Вуд, Сюзанна А. (2016). «Метабаркодирование улучшает обнаружение эукариот из сообществ с ранним биообрастанием: значение для мониторинга вредителей и управления путями распространения». Биообрастание . 32 (6): 671–684. DOI : 10.1080 / 08927014.2016.1186165 . PMID 27212415 . S2CID 46842367 .  
  44. ^ Браун, Эмили А .; Чейн, Фредерик Дж.Дж.; Жан, Айбин; MacIsaac, Хью Дж .; Кристеску, Мелания Э. (2016). «Раннее обнаружение водных захватчиков с помощью метабаркодирования позволяет выявить большое количество неместных видов в портах Канады». Разнообразие и распределения . 22 (10): 1045–1059. DOI : 10.1111 / ddi.12465 .
  45. ^ Заико, Anastasija; Мартинес, Хосе Л .; Шмидт-Петерсен, Юлия; Рибичич, Дени; Самуиловиене, Аурелия; Гарсиа-Васкес, Ева (2015). «Метабаркодирование для наблюдения за водяным балластом - выгодное решение или неудобная задача?» . Бюллетень загрязнения моря . 92 (1–2): 25–34. DOI : 10.1016 / j.marpolbul.2015.01.008 . PMID 25627196 . 
  46. ^ Шокралла, Шади; Spall, Jennifer L .; Гибсон, Джоэл Ф .; Хаджибабаи, Мехрдад (2012). «Технологии секвенирования нового поколения для исследования ДНК в окружающей среде». Молекулярная экология . 21 (8): 1794–1805. DOI : 10.1111 / j.1365-294X.2012.05538.x . PMID 22486820 . S2CID 5944083 .  
  47. ^ Цзи, Иньцю; Эштон, Луиза; Педли, Скотт М .; Эдвардс, Дэвид П .; Тан, Юн; Накамура, Акихиро; Китчинг, Роджер; Долман, Пол М .; Вудкок, Пол; Эдвардс, Фелисити А .; Larsen, Trond H .; Hsu, Wayne W .; Бенедик, Сьюзан; Hamer, Keith C .; Wilcove, Дэвид С .; Брюс, Кэтрин; Ван, Сяоянь; Леви, Таал; Лотт, Мартин; Emerson, Brent C .; Ю, Дуглас В. (2013). «Надежный, поддающийся проверке и эффективный мониторинг биоразнообразия с помощью метабаркодирования». Письма об экологии . 16 (10): 1245–1257. DOI : 10.1111 / ele.12162 . PMID 23910579 . 
  48. ^ Дорогой, Джон А .; Фредерик, Раймонд М. (2018). «Инструменты на основе нуклеиновых кислот для наблюдения, мониторинга и исследования водяного балласта» . Журнал морских исследований . 133 : 43–52. Bibcode : 2018JSR ... 133 ... 43D . DOI : 10.1016 / j.seares.2017.02.005 . PMC 6104837 . PMID 30147432 .  
  49. ^ Corinaldesi, C .; Beolchini, F .; Делль'Анно, А. (2008). «Скорость повреждения и деградации внеклеточной ДНК в морских отложениях: последствия для сохранения последовательностей генов». Молекулярная экология . 17 (17): 3939–3951. DOI : 10.1111 / j.1365-294X.2008.03880.x . PMID 18643876 . S2CID 22062643 .  
  50. ^ Dell'Anno, A .; Дановаро, Р. (2005). «Внеклеточная ДНК играет ключевую роль в функционировании глубоководных экосистем». Наука . 309 (5744): 2179. DOI : 10.1126 / science.1117475 . PMID 16195451 . S2CID 39216262 .  
  51. ^ Менгони, Алессио; Татти, Энрико; Декорози, Франческа; Вити, Карло; Баззикалупо, Марко; Джованнетти, Лучиана (2005). «Сравнение подходов к 16S рРНК и 16S рДНК T-RFLP для изучения бактериальных сообществ в почвенных микрокосмах, обработанных хроматом в качестве мешающего агента». Микробная экология . 50 (3): 375–384. DOI : 10.1007 / s00248-004-0222-4 . PMID 16254761 . S2CID 23943691 .  
  52. ^ Павловски, Ян; Эслинг, Филипп; Лейзерович, Франк; Cedhagen, Tomas; Уайлдинг, Томас А. (2014). «Мониторинг окружающей среды с помощью последовательного метаболического кодирования протистов следующего поколения: Оценка воздействия рыбоводства на сообщества бентосных фораминифер». Ресурсы молекулярной экологии . 14 (6): 1129–1140. DOI : 10.1111 / 1755-0998.12261 . PMID 24734911 . С2КИД 2303206 .  
  53. ^ Visco, Джоана Аморим; Апотелос-Перре-Жантиль, Лор; Кордонье, Ариэль; Эслинг, Филипп; Pillet, Loïc; Павловский, янв (2015). «Экологический мониторинг: вывод индекса диатомовых водорослей из данных секвенирования следующего поколения». Наука об окружающей среде и технологии . 49 (13): 7597–7605. Bibcode : 2015EnST ... 49.7597V . DOI : 10.1021 / es506158m . PMID 26052741 . 
  54. ^ Доул, Эдди; Пошон, Ксавье; Кили, Найджел; Вуд, Сюзанна А. (2015). «Оценка воздействия обогащения морского дна разведения лосося с использованием разнообразия бактериального сообщества и высокопроизводительного секвенирования». FEMS Microbiology Ecology . 91 (8): fiv089. DOI : 10.1093 / femsec / fiv089 . PMID 26207046 . 
  55. ^ Pochon, X .; Wood, SA; Keeley, NB; Lejzerowicz, F .; Esling, P .; Дрю, Дж .; Павловский, Дж. (2015). «Точная оценка воздействия разведения лосося на обогащение донных отложений с использованием метабаркодирования фораминифер». Бюллетень загрязнения моря . 100 : 370–382. DOI : 10.1016 / j.marpolbul.2015.08.022 . PMID 26337228 . 
  56. ^ Ларош, Оливье; Вуд, Сюзанна А .; Tremblay, Louis A .; Эллис, Джоанна I .; Лейзерович, Франк; Павловский, Ян; Лир, Гэвин; Атала, Хавьер; Пошон, Ксавье (2016). «Первая оценка метабаркодирования фораминифер для мониторинга воздействия на окружающую среду от морской буровой площадки». Исследования морской среды . 120 : 225–235. DOI : 10.1016 / j.marenvres.2016.08.009 . PMID 27595900 . 
  57. ^ Cázarez Carrillo, DE Descripción de la larva de «Eucinostomus jonesii» (Рыбы, Gerreidae) морфологическими и генетическими методами.
  58. ^ Kerr, KC, Lijtmaer Д.А., Barreira А.С., Эбер, PD, и Tubaro, PL (2009). Исследование закономерностей эволюции неотропических птиц с помощью штрих-кодов ДНК. PLoS One, 4 (2), e4379.
  59. ^ Lijtmaer, Д. Керр, KC, Barreira, AS, Эбер, PD, и Tubaro, PL (2011). Библиотеки штрих-кода ДНК дают представление о континентальных моделях диверсификации птиц. PloS one, 6 (7), e20744.
  60. ^ Lijtmaer, Д. Керр, KC, Stoeckle, MY, и Tubaro, PL (2012). Штрих-кодирование ДНК птиц: от сбора данных до анализа данных. В штрих-кодах ДНК (стр. 127-152). Humana Press.
  61. ^ Гарсия Моралес, AE (2013). Código de barras y análisis filogeográfico de rotíferos (Monogononta, Ploima) del sureste mexicano.
  62. ^ де Карвальо, Даниэль Кардозу; Сесилия Гонтихо Леаль; Паулу душ Сантуш Помпеу; Хосе Вандерваль Мело младший и Дениз А.А. де Оливейра (2011). Aplicações da técnica de Identificação Genética - Штрих-код ДНК - не написано на языке Сан-Франциско. Boletim Sociedade Brasileira de Ictiología № 104. Departamento de Morfologia, Instituto de Biociências, Botucatu, São Paulo, Brasil.
  63. ^ де Карвальо, Даниэль Кардозу; Паулу душ Сантуш Помпеу; Сесилия Гонтихо Леаль; Дениз А.А. де Оливейра и Ханнер Р. (2011). Глубокое расхождение штрих-кода у бразильских пресноводных рыб: пример бассейна реки Сан-Франциско. Митохондриальная ДНК, 2011.
  64. ^ Эрнандес, Эсмеральда Сальгадо (2008). El código de barras genético («штрих-кодирование ДНК») como herramienta en la Identificación de especies. Эррериана. Revista de divulgación de la ciencia. Vol. 4 (1).
  65. ^ Хеберт П. и Дж. Райан (2005). Обещание штрих-кодирования ДНК для таксономии. Систематическая биология. 54 (5): 852-859.
  66. Перейти ↑ Hollingsworth, P. (2007). Штрих-кодирование ДНК: потенциальные пользователи. Геномика, общество и политика. 3 (2): 44-47.