Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Визуализация биологических данных - это раздел биоинформатики, связанный с применением компьютерной графики , научной визуализации и визуализации информации в различных областях наук о жизни . Это включает в себя визуализацию последовательностей , геномов , выравнивания , филогении , макромолекулярных структур , системной биологии , микроскопии и магнитно-резонансной томографии.данные. Программные инструменты, используемые для визуализации биологических данных, варьируются от простых автономных программ до сложных интегрированных систем.

Современное состояние и перспективы [ править ]

Сегодня мы наблюдаем стремительный рост объема и разнообразия биологических данных , что представляет собой все большую проблему для биологов. Ключевым шагом в понимании и изучении этих данных является визуализация. Таким образом, произошло соответствующее увеличение количества и разнообразия систем для визуализации биологических данных.

Возникающей тенденцией является стирание границ между визуализацией трехмерных структур с атомным разрешением, визуализацией более крупных комплексов с помощью криоэлектронной микроскопии и визуализацией расположения белков и комплексов в целых клетках и тканях. [1] [2]

Вторая новая тенденция - это увеличение доступности и важности данных с временным разрешением из системной биологии , электронной микроскопии [3] [4] и изображений клеток и тканей. Напротив, визуализация траекторий долгое время была важной частью молекулярной динамики .

Наконец, поскольку наборы данных увеличиваются в размере, сложности и взаимосвязанности, системы биологической визуализации улучшаются с точки зрения удобства использования , интеграции и стандартизации данных .

Список систем визуализации [ править ]

Для визуализации биологических данных доступно множество программных систем. [5] [6] [7] [8] Ссылки ниже ссылаются на списки таких систем, сгруппированные по областям применения.

Ссылки [ править ]

  1. ^ Lučić В, Фёрстера Ж, Баумейстер Вт (2005). «Структурные исследования с помощью электронной томографии: от клеток к молекулам». Ежегодный обзор биохимии . 74 : 833–65. DOI : 10.1146 / annurev.biochem.73.011303.074112 . PMID  15952904 .
  2. ^ Стивен AC, Baumeister W (2008). «Будущее за гибридом». Журнал структурной биологии . 163 (3): 186–95. DOI : 10.1016 / j.jsb.2008.06.002 . PMID 18602011 . 
  3. ^ Plattner H, Hentschel J (2006). «Субсекундная клеточная динамика: электронная микроскопия с временным разрешением и функциональная корреляция» . Обзор клеточной биологии (Представленная рукопись). Международный обзор цитологии. 255 . С. 133–76. DOI : 10.1016 / S0074-7696 (06) 55003-X . ISBN 9780123735997. PMID  17178466 .
  4. Перейти ↑ Frank J, Schlichting I (2004). «Визуализация с временным разрешением макромолекулярных процессов и взаимодействий». Журнал структурной биологии . 147 (3): 209–10. DOI : 10.1016 / j.jsb.2004.06.003 . PMID 15450290 . 
  5. ^ Павлопулос, Джорджия; Маллиаракис, D; Папаниколау, N; Theodosiou, T; Энрайт, AJ; Илиопулос, I (2015). «Визуализация генома и системной биологии: технологии, инструменты, методы реализации и тенденции, прошлое, настоящее и будущее» . GigaScience . 4 : 38. DOI : 10,1186 / s13742-015-0077-2 . PMC 4548842 . PMID 26309733 .  
  6. ^ Павлопулос, Джорджия; Wegener, AL; Шнайдер, Р. (28 ноября 2008 г.). «Обзор средств визуализации для анализа биологических сетей» . BioData Mining . 1 : 12. DOI : 10,1186 / 1756-0381-1-12 . PMC 2636684 . PMID 19040716 .  
  7. ^ Павлопулос, Джорджия; Soldatos, TG; Барбоса-Сильва, А; Шнайдер, Р. (22 февраля 2010 г.). «Справочное руководство по древовидному анализу и визуализации» . BioData Mining . 3 (1): 1. DOI : 10,1186 / 1756-0381-3-1 . PMC 2844399 . PMID 20175922 .  
  8. ^ Павлопулос, Георгиос А .; Якуччи, Эрнесто; Илиопулос, Иоаннис; Багос, Пантелис (2013). Интерпретация данных «эпохи» Омикса . Мультимедийные услуги в интеллектуальных средах . Умные инновации, системы и технологии. 25 . С. 79–100. DOI : 10.1007 / 978-3-319-00375-7_6 . ISBN 978-3-319-00374-0.

Внешние ссылки [ править ]

Связанные конференции [ править ]

  • BioVis: Симпозиум по визуализации биологических данных
  • Применение визуализации информации в биоинформатике
  • CIBDV: вычислительный интеллект для визуализации биологических данных
  • IVBI: Симпозиум по визуализации информации в биомедицинской информатике
  • VMLS: визуализация в медицине и биологических науках
  • ВИЗБИ: семинар по визуализации биологических данных