Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Эукариотическая малая рибосомная субъединица ( 40S ) - это меньшая субъединица эукариотических 80S рибосом , а другим основным компонентом является большая рибосомная субъединица (60S) . Названия «40S» и «60S» произошли от условного обозначения рибосомных частиц в соответствии с их коэффициентами седиментации в единицах Сведберга . Он структурно и функционально связан с 30S субъединицу из 70S прокариотических рибосом . [1] [2] [3] [4] [5] Однако субъединица 40S намного больше, чем субъединица 30S прокариот, и содержит много дополнительных белковых сегментов, а также сегментов экспансии рРНК.

Функция [ править ]

Субъединица 40S содержит центр декодирования, который контролирует комплементарность тРНК и мРНК при трансляции белка. Это самый большой компонент несколько инициации трансляции комплексов, в том числе 43S и 48S преиниационных комплексов (ПИКС), будучи связанным несколько эукариотических факторами инициации , в том числе eIF1 , eIF1A и eIF3 . [6] Рибосомная субъединица 40S также прочно связана с IRES HCV с образованием бинарного комплекса, опосредованного взаимодействиями белок-мРНК и рРНК-мРНК. [7] Дополнительную информацию можно найти в статьях о рибосомах , эукариотических рибосомах (80S) и в статье отрансляция белков .

Общая структура [ править ]

По форме маленькую субъединицу можно разделить на два больших сегмента: голову и тело. Характерные черты тела включают левую и правую ступню, плечо и платформу. На голове заостренный выступ, напоминающий птичий клюв. МРНК связывается в щели между головой и телом, и есть три сайта связывания для тРНК : A-сайт, P-сайт и E-сайт (подробности см. В статье о трансляции белков ). Ядро субъединицы 40S образовано 18S рибосомной РНК (сокращенно 18S рРНК), которая гомологична прокариотической 16S рРНК . Это ядро ​​рРНК украшено десятками белков. На рисунке «Кристаллическая структура эукариотической 40S рибосомной субъединицы T. thermophila."ядро рибосомной РНК представлено серой трубкой, а расширяющиеся сегменты показаны красным. Белки, имеющие гомологи у эукариот, архей и бактерий, показаны синими лентами. Белки, общие только между эукариотами и археями, показаны оранжевыми лентами и белками специфические для эукариот показаны красными лентами.

Кристаллическая структура эукариотической 40S рибосомной субъединицы T. thermophila

Рибосомные белки 40S [ править ]

В таблице «40S рибосомные белки» показаны отдельные белковые складки субъединицы 40S, окрашенные консервацией. Белки, которые имеют гомологи у эукариот, архей и бактерий (EAB), показаны синими лентами. Белки, общие только для эукариот и архей (EA), показаны оранжевыми лентами, а белки, специфичные для эукариот (E), показаны красными лентами. Эукариот-специфические расширения консервативных белков, от нескольких остатков или петель до очень длинных альфа-спиралей и дополнительных доменов, выделены красным. [2] Подробнее см. В статье о рибосомах эукариот.. Исторически сложилось так, что для рибосомных белков использовались разные номенклатуры. Например, белки были пронумерованы в соответствии с их миграционными свойствами в экспериментах с гель-электрофорезом. Следовательно, разные названия могут относиться к гомологичным белкам из разных организмов, в то время как идентичные названия не обязательно обозначают гомологичные белки. В таблице «Рибосомные белки 40S» даны перекрестные ссылки на названия человеческих рибосомных белков с дрожжевыми, бактериальными и архейными гомологами. [8] Дополнительную информацию можно найти в базе данных генов рибосомных белков (RPG) . [8]

Рибосомные белки 40S
Структура (эукариотическая) [9]H. sapiens [8] [10]Универсальное имя [11]Сохранение [12]S. cerevisiae [13]Бактериальный гомолог ( E. coli )Архейский гомолог
RPSAСША2EABS0S2pS2
RPS2США5EABS2S5pS5p
RPS3США3EABS3S3pS3p
RPS3AeS1EAS1н / дS3Ae
RPS4 ( RPS4X , RPS4Y1 , RPS4Y2 )eS4EAS4н / дS4e
RPS5США7EABS5S7pS5p
RPS6eS6EAS6н / дS6e
RPS7eS7ES7н / дн / д
RPS8eS8EAS8н / дS8e
RPS9США4EABS9S4pS4p
RPS10eS10ES10н / дн / д
RPS11США17EABS11S17pS17p
RPS12eS12ES12н / дн / д
RPS13США15EABS13S15pS15p
RPS14США11EABS14S11pS11p
RPS15США19EABS15S19pS19p
RPS15AСША8EABS22S8pS8p
RPS16США9EABS16S9pS9p
RPS17eS17EAS17н / дS17e
RPS18США 13EABS18S13pS13p
RPS19eS19EAS19н / дS19e
RPS20США10EABS20S10pS10p
RPS21eS21ES21н / дн / д
RPS23США12EABS23S12pS12p
RPS24eS24EAS24н / дS24e
RPS25eS25EAS25н / дS25e
RPS26eS26EAS26н / дS26e
RPS27eS27EAS27н / дS27e
RPS27AeS31EAS31н / дS27ae
RPS28eS28EAS28н / дS28e
RPS29США14EABS29S14pS14p
RPS30eS30EAS30н / дS30e
СТОЙКА1СТОЙКА1EAsc1н / дн / д

См. Также [ править ]

  • Большая рибосомная субъединица эукариот (60S)

Ссылки [ править ]

  1. ^ 40S + Ribosomal + Subunits в Национальной медицинской библиотеке США по предметным заголовкам по медицинским предметам (MeSH)
  2. ^ a b Rabl, Дж; Лейбундгут, М; Ataide, SF; Хааг, А; Ban, N (февраль 2011 г.). «Кристаллическая структура эукариотической 40S рибосомной субъединицы в комплексе с фактором инициации 1». Наука . 331 (6018): 730–736. DOI : 10.1126 / science.1198308 . ЛВП : 20.500.11850 / 153130 . PMID  21205638 .
  3. ^ Бен-Шем, А; Гарро; de Loubresse, N; Мельников, С; Дженнер, L; Юсупова, Г; Юсупов, М (декабрь 2011 г.). «Структура эукариотической рибосомы с разрешением 3,0 Å». Наука . 334 (6062): 1524–1529. DOI : 10.1126 / science.1212642 . PMID 22096102 . 
  4. ^ Wimberly, BT; Brodersen, DE; Клемонс, WM младший; Морган-Уоррен, RJ; Картер, AP; Vonrhein, C; Hartsch, T; Рамакришнан, V (сентябрь 2000 г.). «Структура 30S субъединицы рибосомы». Природа . 407 (6802): 327–339. DOI : 10.1038 / 35030006 . PMID 11014182 . 
  5. ^ Schmeing, TM; Рамакришнан, V (октябрь 2009 г.). «Что недавние структуры рибосом показали о механизме трансляции». Природа . 461 (7268): 1234–1242. DOI : 10,1038 / природа08403 . PMID 19838167 . 
  6. ^ Aitken, Colin E .; Лорш, Джон Р. (2012). «Механистический обзор инициации трансляции у эукариот». Nat. Struct. Мол. Биол . 19 (6): 568–576. DOI : 10.1038 / nsmb.2303 . PMID 22664984 . 
  7. ^ Лайтл JR, Wu L, Robertson HD (август 2002). «Домены на внутреннем сайте рибосомы вируса гепатита С для связывания 40-й субъединицы» . РНК . 8 (8): 1045–1055. DOI : 10.1017 / S1355838202029965 . PMC 1370315 . PMID 12212848 .  
  8. ^ а б в Накао, А; Йошихама, М; Кенмочи, Н. (2004). «РПГ: база данных генов рибосомных белков» . Nucleic Acids Res . 32 (выпуск базы данных): D168–70. DOI : 10.1093 / NAR / gkh004 . PMC 308739 . PMID 14681386 .  
  9. ^ Структура 'Т. thermophila, белки из структур большой субъединицы PDBS 417, 4A19 и малой субъединицы PDB 2XZM
  10. ^ Номенклатура согласно базе данных генов рибосомных белков применима к H. sapiens и T. thermophila.
  11. ↑ Ban, Nenad; Бекманн, Роланд; Кейт, Джейми HD; Динман, Джонатан Д; Дракон, Франсуа; Эллис, Стивен Р.; Лафонтен, Денис LJ; Линдаль, Лассе; Лиляс, Андерс; Липтон, Джеффри М; Макалир, Майкл А; Мур, Питер Б; Ноллер, Гарри Ф; Ортега, Хоакин; Пансе, Викрам Говинд; Рамакришнан, V; Spahn, Christian MT; Стейтц, Томас А; Чоржевский, Марек; Толлервей, Дэвид; Уоррен, Алан Дж; Уильямсон, Джеймс Р; Уилсон, Дэниел; Йонатх, Ада; Юсупов, Марат (2014). «Новая система наименования рибосомных белков» . Текущее мнение в структурной биологии . Elsevier BV. 24 : 165–169. DOI : 10.1016 / j.sbi.2014.01.002 . hdl : 11603/14279 . ISSN 0959-440X . PMC  4358319 . PMID  24524803 .
  12. ^ EAB означает сохранен у эукариот, архей и бактерий, EA означает сохранен у эукариот и архей, а E означает белок, специфичный для эукариот.
  13. ^ Традиционно рибосомные белки называли в соответствии с их кажущейся молекулярной массой при гель-электрофорезе, что привело к различным названиям гомологичных белков у разных организмов. RPG предлагает унифицированную номенклатуру генов рибосомных белков, основанную на гомологии.

Внешние ссылки [ править ]

  • База данных генов рибосомных белков (RPG)