GenMAPP (Gene Map Annotator and Pathway Profiler) - это бесплатное программное обеспечение для биоинформатики с открытым исходным кодом, предназначенное для визуализации и анализа геномных данных в контексте путей ( метаболических , сигнальных), связывая наборы данных на уровне генов с биологическими процессами и болезнями. GenMAPP, впервые созданный в 2000 году, разработан командой разработчиков ПО с открытым исходным кодом, базирующейся в академической исследовательской лаборатории. GenMAPP поддерживает базы данных идентификаторов генов и коллекции карт путей в дополнение к инструментам визуализации и анализа. Вместе с другими общедоступными ресурсами GenMAPP стремится предоставить исследовательскому сообществу инструменты для понимания биологии посредством интеграции различных типов данных, от генов до белков и путей к болезням.
Разработчики) | Александр Пико, Кристина Хансперс, Натан Саломонис, Кам Далквист, Скотт Донигер, Джефф Лоулор, Алекс Замбон, Линн Ферранте, Карен Вранизан, Стивен С. Лоулор, Брюс Конклин |
---|---|
Операционная система | Окна |
Тип | Биоинформатика |
Лицензия | Лицензия Apache |
Веб-сайт | www |
История
GenMAPP был впервые создан в 2000 году в качестве прототипа программного инструмента в лаборатории Брюса Конклина в Институте Дж. Дэвида Гладстона в Сан-Франциско и продолжает разрабатываться в той же некоммерческой академической исследовательской среде. Первая версия выпуска GenMAPP 1.0 была доступна в 2002 году [1], поддерживая анализ ДНК микрочип данных от человека , мышей , крыс и дрожжей . В 2004 году был выпущен GenMAPP 2.0, объединяющий ранее вспомогательные программы MAPPFinder [2] и MAPPBuilder и расширяющий поддержку дополнительных видов. GenMAPP 2.1 был выпущен в 2006 году с новыми функциями визуализации и поддержкой в общей сложности одиннадцати видов.
Применение
GenMAPP был разработан биологами и ориентирован на визуализацию путей для лабораторных биологов. В отличие от многих других инструментов вычислительной системной биологии , GenMAPP не предназначен для моделирования клеток / систем; он ориентирован на насущные потребности лабораторных биологов, позволяя им быстро интерпретировать геномные данные с помощью интуитивно понятного и простого в использовании интерфейса. GenMAPP реализован в Visual Basic 6.0 и доступен как отдельное приложение для операционных систем Microsoft Windows , включая Boot Camp или Parallels Workstation на Mac. Программа находится в свободном доступе для загрузки и включает функцию автоматического обновления, которая позволяет быстро и надежно распространять обновления для программы и документации.
Содержание и особенности
GenMAPP создает и поддерживает базы данных генов для множества ключевых модельных организмов :
- человек - Homo sapiens
- мышь - Mus musculus
- крыса - Rattus norvegicus
- дрожжи - Saccharomyces cerevisiae
- данио - Danio rerio
- червь - Caenorhabditis elegans
- плодовая муха - Drosophila melanogaster
- собака - Canis familis
- корова - Bos taurus
- комар - Anopheles gambiae
- E.coli - кишечная палочка
GenMAPP предоставляет инструменты для создания, редактирования и аннотирования карт биологических путей.
GenMAPP позволяет пользователям визуализировать и анализировать свои данные в контексте коллекций путей и генной онтологии .
Пути и связанные данные можно экспортировать в Интернет в формате HTML. См. Примеры:
- IGTC
- Архивы GenMAPP
- Дифференциация эмбриональных стволовых клеток (набор данных из GEO : Andrade Lab, Ottawa Hailesellasse et al., 2005 - представлен)
- Хронология маточной беременности у мышей (набор данных от Salomonis et al. 2005 Genome Biology 6: R12.16)
Смотрите также
- WikiPathways
- Cytoscape
- Ансамбль
- КЕГГ
- Netpath
- Reactome
- Генная онтология
Рекомендации
- http://www.nature.com/cgi-taf/DynaPage.taf?file=/ng/journal/v31/n1/full/ng0502-19.html
- http://genomebiology.com/2003/4/1/R7
Внешние ссылки
- Официальный веб-сайт
- GenMAPP - Ссылки на данные
- Cytoscape
- PathVisio
- WikiPathways
- GenMAPP на SourceForge.net