Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Baylor College медицины Human Genome Sequencing Center ( BCM-HGSC ) был создан Ричард А. Гиббс в 1996 году , когда Baylor медицинский колледж был выбран в качестве одного из шести мировых сайтов для завершения заключительного этапа международного генома человека проекта . [1] [2] Гиббс - нынешний директор BCM-HGSC.

Он занимает более 36 000 квадратных футов (3300 м 2 ), в нем работает более 180 сотрудников, и он является одним из трех центров генома, финансируемых Национальным институтом здравоохранения , которые участвовали в завершении создания первой последовательности генома человека. БЦМ-HGSC способствовало примерно 10 процентов от общего проекта по секвенирования хромосом 3, 12 и X. [3] БЦМ-HGSC сотрудничал с исследователями из Министерства энергетики США «ы Lawrence Berkeley National Laboratory и Celera Genomics секвенировать первой виды плодовой мушки , дрозофилы . [4] BCM-HGSC также завершил второй вид плодовой мухи (Drosophila pseudoobscura ), [5] медоносная пчела ( Apis mellifera ), [6] и возглавил международный консорциум по секвенированию коричневой норвежской крысы . [7]

BCM-HGSC впоследствии секвенировал и аннотировал геном коровы ( Bos taurus ), морского ежа , макаки-резус , таммар валлаби , Dictyostelium discoideum и ряда бактерий , вызывающих серьезные инфекции ( Rickettsia typhi , Enterococcus faecium , Mannheimia haemolytica , и Fusobacterium nucleatum ). BCM-HGSC был основным участником программы сбора генов млекопитающих [8] для секвенирования всех кДНК человека , а также Международного проекта картирования гаплотипов (HapMap ).

Другие исследования в рамках BCM-HGSC включают новые молекулярные технологии для картирования и секвенирования, новые химические методы для маркировки ДНК, инструменты для манипуляции с ДНК , новые компьютерные программы для анализа геномных данных, гены, экспрессируемые при лейкозах у детей , геномные различия, которые приводят к эволюционным изменениям. , роль генетической изменчивости хозяина в течении инфекционного заболевания и молекулярные основы конкретных генетических заболеваний. Здесь было проведено секвенирование для панели генетических ссылок Drosophila (DGRP). DGRP - это совместная работа, начатая Труди Маккей с целью установления общего стандарта для исследований Drosophila melanogaster . HGSC имеет активнуюпрограмма по биоинформатике с исследовательскими проектами с участием биологов и специалистов по информатике. Исследуемые проблемы сосредоточены на разработке инструментов для генерации, обработки и анализа данных генома.

BCM-HGSC также участвует в Консорциуме по вопросам наследственности и здоровья человека в Африке (H3Africa) . Результатом этого сотрудничества стало крупное исследование под руководством Нила Ханчарда, в котором секвенирование всего генома было проведено у 426 человек из 50 этнолингвистических групп по всей Африке. [9] В рамках этого исследования было обнаружено более 3 миллионов ранее не описанных вариантов.

Ссылки [ править ]

  1. ^ "Участки исследования проекта генома человека" . web.ornl.gov . Источник 2021-02-14 .
  2. ^ Бергер, Эрик (2007-10-28). «Жизненный выбор австралийца поместил Хьюстон на карту генома» . Хрон . Источник 2021-02-14 .
  3. ^ "О BCM-HGSC" . BCM-HGSC . 2016-03-04 . Источник 2021-02-14 .
  4. ^ Адамс, Марк Д .; Celniker, Susan E .; Холт, Роберт А.; Эванс, Шерил А .; Gocayne, Jeannine D .; Amanatides, Peter G .; Шерер, Стивен Э .; Ли, Питер В .; Хоскинс, Роджер А .; Галле, Ричард Ф .; Джордж, Рид А. (2000-03-24). «Последовательность генома Drosophila melanogaster» . Наука . 287 (5461): 2185–2195. Bibcode : 2000Sci ... 287.2185. . DOI : 10.1126 / science.287.5461.2185 . ISSN 0036-8075 . PMID 10731132 .  
  5. ^ Ричардс, Стивен; Лю, Юэ; Bettencourt, Brian R .; Градецкий, Павел; Летовский, Стан; Нильсен, Расмус; Торнтон, Кевин; Hubisz, Melissa J .; Чен, Руи; Meisel, Ричард П .; Курон, Оливье (январь 2005 г.). «Сравнительное секвенирование генома Drosophila pseudoobscura: хромосомная, генная и цис-элементная эволюция» . Геномные исследования . 15 (1): 1–18. DOI : 10.1101 / gr.3059305 . ISSN 1088-9051 . PMC 540289 . PMID 15632085 .   
  6. ^ Солиньяк, Мишель; Чжан, Лань; Мугель, Флоренция; Ли, Биншань; Вотрен, Доминик; Моннеро, Моник; Корню, Жан-Мари; Уорли, Ким С.; Weinstock, George M .; Гиббс, Ричард А. (19 марта 2007 г.). «Геном Apis mellifera: диалог между картированием сцепления и сборкой последовательностей» . Геномная биология . 8 (3): 403. DOI : 10,1186 / GB-2007-8-3-403 . ISSN 1474-760X . PMC 1868943 . PMID 17381825 .   
  7. ^ Гиббс, Ричард А .; Weinstock, George M .; Мецкер, Майкл Л .; Музны, Донна М .; Содергрен, Эрика Дж .; Шерер, Стивен; Скотт, Грэм; Стеффен, Дэвид; Уорли, Ким С.; Burch, Paula E .; Оквуону, Джеффри (2004-04-01). «Последовательность генома бурой норвежской крысы дает представление об эволюции млекопитающих» . Природа . 428 (6982): 493–521. Bibcode : 2004Natur.428..493G . DOI : 10,1038 / природа02426 . ISSN 1476-4687 . PMID 15057822 .  
  8. ^ «Команды» . genecollections.nci.nih.gov . Источник 2021-02-14 .
  9. ^ Чоудхури, Ананьо; Арон, Шон; Botigué, Laura R .; Сенгупта, Дхрити; Бота, Геррит; Бенселлак, Тауфик; Уэллс, Гордон; Кумутини, Юдит; Шринер, Дэниел; Fakim, Yasmina J .; Гура, Аниса В. (октябрь 2020 г.). «Глубокие африканские геномы влияют на миграцию и здоровье человека» . Природа . 586 (7831): 741–748. DOI : 10.1038 / s41586-020-2859-7 . ISSN 1476-4687 . PMC 7759466 . PMID 33116287 .