За время его существования большому количеству солдат, моряков и летчиков Советской Армии было приказано без какой-либо дополнительной информации следить за НЛО и другими необъяснимыми событиями. Распоряжения можно было раздать довольно легко, так как было задействовано Министерство обороны, поэтому вопросов не могло быть.
Институт 22 исследовал около 3000 сообщений об НЛО. Около 5-10% всех случаев оставались невыясненными после роспуска организации.
Существует теория заговора, согласно которой Институт 22 участвовал в сокрытии запуска, близкого к ядерному. В 1982 году была введена в действие одна из советских ядерных баз, и без видимых причин ядерная ракета была готова к запуску. После 30 секунд паники и хаоса запуск был прерван так же загадочно, как и появился. Позже свидетели заявили, что в районе базы наблюдалась некоторая активность НЛО - таким образом, это стало причиной причастности и сокрытия Института 22.
НЛО были объяснены как вспышки, которые армия испытывала с большей высоты. Ядерный кризис объяснили как простое испытание.