Вдохновленные условиями генома и геномика , другими словами , чтобы описать полные биологические наборы данных, в основном наборы биомолекул , происходящие из одного организма , было придуманы с суффиксом ОМа и - omics . Некоторые из этих терминов связаны друг с другом иерархическим образом. Например, геном содержит ORFeome , который дает начало транскриптому , который транслируется в протеом . Другие термины частично совпадают и относятся к структуре и / или функции подмножества белков (например, гликома ,киноме ).
Омиколог - это ученый, изучающий омеомику, каталогизирующую все подполя «омики». [1]
Omics.org - это Wiki, в которой собраны и перечислены в алфавитном порядке все известные «омы» и «омики». [2]
Список тем
-ome | Область исследования (-омикс) | Коллекция | Родительский предмет | Заметки |
---|---|---|---|---|
Аллергеном | Аллергеномика [3] | Протеомика аллергенов | ||
Библиома | Библиомика | Научно-библиографические данные | ||
Триалом | Медицина | Данные об интервенционных испытаниях на людях из реестров клинических испытаний дополнены результатами испытаний и ссылками на полученные публикации | ||
Коннектом | Коннектомика | Структурные и функциональные связи мозга в различных пространственно-временных масштабах | Неврология | |
Цитом | Цитомика | Клеточные системы организма | Цитология | |
Editome | Сайты редактирования РНК | |||
Эмбрион | Эмбриомика | Клеточные линии эмбриональных клеток, экспрессируемые гены и антигены, присутствующие во время развития | Эмбриология | |
Envirome | Окружающая среда | Факторы окружающей среды, связанные с генами (envirome) | ||
Эпигеном | Эпигеномика | Эпигенетические модификации | Молекулярная генетика | Эпигеномика - это исследование полного набора эпигенетических модификаций генетического материала клетки, известных под общим названием эпигеном. |
Exposome (2005) | Экспосомика | Индивида воздействия окружающей среды , в том числе в пренатальной среде | Молекулярная генетика | Предлагаемый термин и область изучения болезнетворного воздействия факторов окружающей среды ( компонент « воспитание » в « природе vs. воспитание »). [4] |
Exposome (2009) | Комбинированное профессиональное облучение и проблемы со здоровьем на производстве | Охрана труда | Авторы этого термина знали о предыдущем термине, использованном выше, но предложили применить этот термин к новой области. [5] [6] | |
Exome | Exomics | Экзоны в геноме | Молекулярная генетика | |
Foodome | Foodomics | Продовольствие и питание, связанные с биоактивностью, качеством, безопасностью и возможностью отслеживания пищевых продуктов посредством применения и интеграции передовых технологий omics для улучшения благополучия, здоровья и уверенности потребителей. | Питание | Термин был впервые определен в 2009 г. [7] |
Геном | Геномика ( Классическая генетика ) | Гены ( последовательности ДНК / хромосомы ) | Генетика | «Геном» относится к набору всех генов в организме. Однако «геном» был придуман за десятилетия до того, как было обнаружено, что большая часть ДНК « некодирует » и не является частью гена; таким образом, «геном» первоначально относился ко всей коллекции ДНК в организме. Сегодня используются оба определения, в зависимости от контекста. [8] |
Гликом | Гликомикс | Гликаны | Гликобиология | |
Хологеном | Гологеномика | Геномы членов сообщества (т. Е. Голобионтов ) | Метагеномика | |
Интерфером | Интерферомика | Интерфероны | Иммунология | Также одноименная база данных. [9] |
Интерактом | Интерактомика | Все взаимодействия | Термин «интерактомика» обычно не используется. Вместо этого интерактомы считаются предметом изучения системной биологии . [10] [11] | |
Ионом | Иономика | Неорганические биомолекулы | Молекулярная биология | |
Киноме | Киномика | Киназы | Молекулярная биология | Белки, которые добавляют фосфатную группу |
Липидом | Липидомика [12] | Липиды | Биохимия | |
Механом | Механика | Механические системы в организме | ||
Метаболом | Метаболомика | Метаболиты | Все продукты биологической реакции (включая промежуточные продукты) | |
Метагеном | Метагеномика | Генетический материал, обнаруженный в образце окружающей среды | Молекулярная биология | Предполагается, что генетический материал содержит ДНК нескольких организмов и, следовательно, нескольких геномов, поэтому добавлен префикс мета . |
Металлом | Металломика | Металлы и металлоиды | ||
Микробиом | микробиомика | Сбор микроорганизмов в другом организме, например, в животном. | Микробиология | |
Ожирение | Ожирение | Белки, связанные с ожирением | Протеомика | Создано Пардо и др., 2012 г. [13] |
ИЛИ | OR | Открытые рамки считывания (ORF) | Молекулярная генетика | |
Органом | Органика | Органы взаимодействия | Клеточная сигнализация / клеточная сигнализация и тканевая инженерия | Изучение перекрестных помех между органами с использованием физиологически релевантных моделей in vitro. |
Parvome | Парвомика | Вторичные метаболиты | Биохимия | Создан Марком Мартином и представлен Джулианом Дэвисом в 2008 году, имея в виду латинское слово parvus для «малого» и описывая «огромный микробный мир маленьких (секретируемых) молекул с большим структурным разнообразием». [14] См. Также [15] |
Фармакогенетика | Фармакогенетика | SNP и их влияние на фармакокинетику и фармакодинамику | Фармакогеномика Геномика | |
Фармакогеном | Фармакогеномика | Влияние изменений генома на фармакологию | Фармакогенетика Геномика | |
Феном | Феномика | Фенотипы | Генетика | |
Физиома | Физиомика | Физиология организма | ||
Фитохимом | Фитохимия | Фитохимические вещества | Этот термин был введен дель Кастильо и др., 2013, Food Research International, [4] . Фитохимия - это комплексная концепция, направленная на расширение знаний о биоактивности фитохимических веществ, которая приобретает все большее значение в сельскохозяйственных, пищевых, медицинских и косметических науках. | |
Протеом | Протеомика | Белки | Молекулярная биология | |
Regulome | Регуломика | Факторы транскрипции и другие молекулы, участвующие в регуляции экспрессии генов | Молекулярная биология | |
Исследовательский | Области исследований, охватываемые отдельным исследователем или учреждением | Исследовать | Придумано Иваном Эрилом на встрече EBM 2011 г. [16] | |
Секретом | Секретомика | Секретные белки | Протеомика | Подмножество протеома, состоящего из белков, активно экспортируемых из клеток. [17] |
Speechome | Speecheomics | Влияние на овладение языком | Создан в рамках проекта Human Speechome Project [18] | |
Синтетом | Набор искусственных генов в организме | [19] [ циркулярная ссылка ] | ||
Транскриптом | Транскриптомика | Все молекулы РНК, включая мРНК , рРНК , тРНК и другие нкРНК | Молекулярная биология | |
Топоном | Топономика | Клеточная и тканевая структура | Молекулярная биология | |
Волатилом | Волатиломика | полный сбор летучих метаболитов | Биомаркеры |
Иерархия тем
Для наглядности некоторые темы указаны более одного раза.
- Библиома
- Коннектом
- Цитом
- Editome
- Эмбрион
- Эпигеном
- Метилом [20]
- Exposome
- Envirome [21]
- Токсом [22]
- Foodome
- Микробиом
- Социом
- Envirome [21]
- Геном
- Вариом
- Exome
- ИЛИ
- Транскриптом
- Протеом
- Киноме
- Секретом
- Chaperome
- Аллергеном
- Протеом
- Транскриптом
- ИЛИ
- Фармакогеном
- Regulome
- Хологеном
- Интерактом
- Интерфером
- Ионом
- Fluxome
- Мембранома
- Метагеном
- Металлом
- Микробиом
- Молекула
- Гликом
- Ионом
- Липидом
- Метаболом
- Волатилом
- Металлом
- Протеом
- Ожирение
- Органом
- Феном
- Физиома
- Коннектом
- Синаптом [23]
- Дином [24]
- Механом
- Коннектом
- Regulome
- Исследовательский
- Топоном
- Триалом
- Антителоом [25]
Рекомендации
- ^ Ядав СП. (2007). «Целостность в суффиксах -omics, -omes и слове Om» . J Biomol Tech . 18 (5): 277. PMC 2392988 . PMID 18166670 .
- ^ [1]
- ^ Ягами Т., Хайшима Ю., Цучия Т., Томитака-Ягами А., Кано Х., Мацунага К.; Хайшима; Цучия; Томитака-Ягами; Кано; Мацунага (2004). «Протеомный анализ предполагаемых латексных аллергенов». Int Arch Allergy Immunol . 135 (1): 3–11. DOI : 10.1159 / 000080036 . PMID 15286439 . S2CID 35112557 .CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
- ^ Дикий CP (2005). «Дополнение генома« экспосомом »: выдающаяся задача измерения воздействия окружающей среды в молекулярной эпидемиологии» . Cancer Epidemiol. Биомаркеры Пред . 14 (8): 1847–50. DOI : 10.1158 / 1055-9965.EPI-05-0456 . PMID 16103423 .
- ^ Фэзандье, Лори; Де Годемарис, Режис; Бику, Доминик Дж. (2009). «Сеть проблем профессионального здоровья: разоблачение». arXiv : 0907.3410 [ stat.ME ].
- ^ Фэзандье, Лори; Боннетер, Винсент; Де Годемарис, Режис; Бику, Доминик Дж. (2009). «Сетевой подход к надзору за воздействием на здоровье на производстве». arXiv : 0907.3355 [ stat.ME ].
- ^ Сифуэнтес, А. (2009). «Пищевой анализ и фудомика». Журнал хроматографии A . 1216 (43): 7109. DOI : 10.1016 / j.chroma.2009.09.018 . hdl : 10261/154212 . PMID 19765718 .
- ^ «геном, сущ. » . Оксфордский словарь английского языка . Март 2008 г.[ мертвая ссылка ]
- ^ [2]
- ↑ [3] Архивировано 2 декабря 2008 г., в Wayback Machine.
- ↑ Главная страница - Interactomics Архивировано 6 июля 2008 г., в Wayback Machine
- ^ Subramaniam S, Fahy E, Gupta S, Sud M, Byrnes RW, Cotter D, Dinasarapu AR, Maurya MR (2011). «Биоинформатика и системная биология липидома» . Химические обзоры . 111 (10): 6452–6490. DOI : 10.1021 / cr200295k . PMC 3383319 . PMID 21939287 .
- ^ https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs12020-012-9617-z
- ^ Шехтер М (15 мая 2014 г.). «Терминов в биологии: Parvome» . Рассмотрены мелочи . Проверено 21 апреля 2020 .
- ^ Дэвис Дж, Райан К.С. (2012). «Введение парвома: биоактивные соединения в микробном мире». ACS Химическая биология . 7 (2): 252–259. DOI : 10.1021 / cb200337h . PMID 22074935 .
- ^ (2011) «15-я ПРОГРАММА EBM». Архивировано 26 января 2016 года на встрече по эволюционной биологии Wayback Machine в Марселе ». Проверено 14 декабря 2011 года.
- ^ Дов Гринбаум; Николас М. Ласкомб; Рональд Янсен; и другие. (2001). «Взаимосвязь различных типов геномных данных, от протеома до секретома:« О функции » . Геномные исследования . 11 (9): 1463–1468. DOI : 10.1101 / gr.207401 . PMID 11544189 .
- ^ Статья BBC о Speechome Project
- ^ Синтетом
- ^ Карлсон, Скотт М .; Гозани, Ор (09.10.2014). «Новые технологии для картирования белкового метилома» . Журнал молекулярной биологии . 426 (20): 3350–3362. DOI : 10.1016 / j.jmb.2014.04.024 . ISSN 1089-8638 . PMC 4177301 . PMID 24805349 .
- ^ Huser, V .; Чимино, Дж. Дж. (2012). «Точность и отрицательная прогностическая ценность связей между ClinicalTrials.gov и PubMed» . Материалы ежегодного симпозиума AMIA . 2012 : 400–408. PMC 3540528 . PMID 23304310 .
- ^ Бухифд, Мунир; Андерсен, Мелвин Э .; Багдикян, Кристина; Бокельхайде, Ким; Крофтон, Кевин М .; Форнас, Альберт Дж .; Кленсанг, Андре; Ли, Хэнхун; Ливи, Каролина (01.01.2015). «Человеческий токсомный проект» . АЛЬТЕКС . 32 (2): 112–124. DOI : 10.14573 / altex.1502091 . ISSN 1868-596X . PMC 4778566 . PMID 25742299 .
- ^ ДеФелипе, Хавьер (26 ноября 2010 г.). «От коннектома к синаптому: эпическая история любви». Наука . 330 (6008): 1198–1201. Bibcode : 2010Sci ... 330.1198D . DOI : 10.1126 / science.1193378 . ISSN 0036-8075 . PMID 21109663 . S2CID 33348231 .
- ^ Копелл, Нэнси Дж .; Гриттон, Ховард Дж .; Уиттингтон, Майлз А .; Крамер, Марк А. (17 сентября 2014 г.). «За коннектомом: дином» . Нейрон . 83 (6): 1319–1328. DOI : 10.1016 / j.neuron.2014.08.016 . ISSN 1097-4199 . PMC 4169213 . PMID 25233314 .
- ^ Димитров Д.С. (май – июнь 2010 г.). «Лечебные антитела, вакцины и антителоомы» . mAbs . 2 (3): 347–56. DOI : 10,4161 / mabs.2.3.11779 . PMC 2881260 . PMID 20400863 .