Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
База данных ChemDB по лечению ВИЧ, оппортунистических инфекций и туберкулеза
Содержание
ОписаниеНебольшие молекулы, протестированные против ВИЧ и / или сопутствующих оппортунистических инфекций.
Контакт
Исследовательский центрНациональный институт аллергии и инфекционных заболеваний (NIAID)
Дата выхода1989 г.
Доступ
Интернет сайтhttp://chemdb.niaid.nih.gov/

База данных ChemDB по лечению ВИЧ, оппортунистических инфекций и туберкулеза - это общедоступный инструмент, разработанный Национальным институтом аллергии и инфекционных заболеваний для сбора доклинических данных о малых молекулах с потенциальным терапевтическим действием против ВИЧ / СПИДа и связанных с ним оппортунистических инфекций. [1]

Характеристики и содержание [ править ]

С 1989 года ChemDB обновляется информацией, извлеченной из рецензируемой опубликованной литературы, материалов конференций и патентов. [2] Собираются данные о структуре соединения, химических свойствах, биологической активности (например, целевой белок, IC50 , EC50 , цитотоксичность , TI , Ki или MIC ) и справочных данных (например, об авторе, журнале). [3]

Веб-интерфейс ChemDB поддерживает поиск биологических, текстовых и химических данных с использованием Oracle Text , химической поисковой системы Accelrys Direct и инструментов ChemAxon's Marvin. [1] Эти инструменты позволяют пользователям Интернета выполнять поиск в базе данных, сравнивая степень сходства или гибкости соответствия с химическими структурами, которые были загружены или нарисованы. Дополнительный логический поиск можно комбинировать со структурным поиском, чтобы включить другие интересующие поля, включая целевой организм или оценку Липинского . Помимо общедоступного веб-интерфейса, научно-исследовательское сообщество может загрузить целую базу данных. [2] База данных часто используется в рецензируемых научных исследованиях. [4] [5][6] [7] [8] [9] [10] [11] [12] [13]

Оппортунистические патогены [ править ]

В эту базу данных включены следующие оппортунистические патогены: [1]

SIV
FIV
Цитомегаловирус человека (HCMV)
Вирус Эпштейна-Барра
Вирус простого герпеса 1
Вирус простого герпеса 2 Вирус
саркомы Капоши Вирус
гепатита A Вирус
гепатита B Вирус
гепатита C Вирус
Mycobacterium spp.
Pneumocystis carinni
Cryptococcus spp.
Candida spp.
Aspergillus spp.
Микроспоридия
Toxoplasma gondii
Cryptosporidium parvum
Leishmania spp.
Plasmodium spp.

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c «Отдел базы данных по лечению СПИДа по борьбе с ВИЧ / ОИ / ТБ» . Национальные институты здравоохранения, Министерство здравоохранения и социальных служб США. Архивировано из оригинала на 2012-01-17 . Проверено 24 января 2012 .
  2. ↑ a b Rush M, Huffman D, Noble G, Whiting M, Nasr M (25–26 августа 2011 г.). «Встреча 2011 г., посвященная правительству США. Базы данных по химии и открытая химия». База данных NIAID ChemDB по ВИЧ / СПИДу .
  3. ^ "Отдел СПИДа Anti-HIV / OI / TB Therapeutics Database" . Руководство пользователя . Национальные институты здравоохранения, Министерство здравоохранения и социальных служб США . Проверено 24 января 2012 .
  4. ^ Хохштейн C, Goshorn J, Chang F (2009). "Портал информации о лекарственных средствах Национальной библиотеки США" . Мед Ссылка Serv Q . 28 (2): 154–163. DOI : 10.1080 / 02763860902816784 . PMC 2760770 . PMID 19384716 .  
  5. ^ Cheah Е.Л., Heng PW, Chan LW (2010). «Оптимизация сверхкритической жидкостной экстракции и жидкостной экстракции под давлением активных ингредиентов из Magnolis officinalis с использованием дизайна Тагучи». Sep Purif Technol . 71 (3): 293–301. DOI : 10.1016 / j.seppur.2009.12.009 .
  6. ^ Portugal J (2009). «Оценка молекулярных дескрипторов противоопухолевых препаратов в отношении нековалентного связывания с ДНК и антипролиферативной активности» . BMC Pharmacol . 9 : 11. DOI : 10,1186 / 1471-2210-9-11 . PMC 2758867 . PMID 19758437 .  
  7. Перейти ↑ Xiong S, Fan J, Kitazato K (2010). «Противовирусный белок циановирин-N: современное состояние его производства и применения» (PDF) . Appl Microbiol Biotechnol . 86 (3): 805–12. DOI : 10.1007 / s00253-010-2470-1 . ЛВП : 10069/25148 . PMID 20162270 .  
  8. ^ Kremb S, Хэлферы М, Геллер Вт, Хоффман Д, Вольф Н, Клейшмидт А, Cepok S, Хеммер В, Durner Дж, Брек-Вернер R (2010). «EASY-HIT: технология полной репликации ВИЧ для широкого открытия множества классов ингибиторов ВИЧ» . Противомикробные агенты Chemother . 54 (12): 5257–68. DOI : 10,1128 / AAC.00515-10 . PMC 2981278 . PMID 20876377 .  
  9. ^ Серафин К, Р Мазур, Бак А, Лайне Е, Tchertanov л, Mouscadet ДФ, Полански J (2011). «Этилмалонат амиды: дочерний фрагмент дикетокислоты для ингибирования интегразы ВИЧ». Bioorg Med Chem . 19 (16): 5000–5. DOI : 10.1016 / j.bmc.2011.06.054 . PMID 21767953 . 
  10. ^ Durdagi S, Mavromoustakos T, Papdopoulos MG (2008). «3D QSAR CoMFA / CoMSIA, молекулярный докинг и молекулярно-динамические исследования ингибиторов PR ВИЧ-1 на основе фуллерена». Bioorg Med Chem Lett . 18 (23): 6283–9. DOI : 10.1016 / j.bmcl.2008.09.107 . PMID 18951793 . 
  11. ^ Прасанна MD, Vondrasek Дж, Wlodawer А, Бх Т. Н. (2005). «Применение InChI для управления, индексации и запроса трехмерной структуры». Белки . 60 (1): 001–004. DOI : 10.1002 / prot.20469 . PMID 15861385 . 
  12. ^ Санчеса R, Моргадо E, Grau R (2005). «Логическая структура генетического кода. I. Смысл булевой дедукции». Вестник математической биологии . 67 (1): 001–014. DOI : 10.1016 / j.bulm.2004.05.005 . PMID 15691536 . 
  13. ^ Чжан XW (2005). «Создание прогнозирующей фармакофорной модели для основной протеиназы SARS-коронавируса» . Eur J Med Chem . 40 (1): 57–62. DOI : 10.1016 / j.ejmech.2004.09.013 . PMID 15642409 . 

Внешние ссылки [ править ]

  • NIAID ChemDB [1]