Nucleocytoviricota - это тип вирусов . [2] Члены этого типа также известны как нуклеоцитоплазматические большие ДНК-вирусы ( NCLDV ), что служит основой названия типа с суффиксом - viricota для типа вируса. Эти вирусы называют нуклеоцитоплазматическими, потому что они часто способны реплицироваться как в ядре клетки- хозяина, таки в цитоплазме . [3]
Nucleocytoviricota | |
---|---|
Классификация вирусов | |
(без рейтинга): | Вирус |
Царство : | Вариднавирия |
Королевство: | Bamfordvirae |
Тип: | Nucleocytoviricota |
Классы | |
См. Текст | |
Синонимы | |
Мегавиралес [1] |
Тип известен тем, что содержит гигантские вирусы . [4] [1] Существует девять семейств NCLDV, которые все имеют определенные геномные и структурные характеристики; однако неясно, имеют ли сходства разных семейств этой группы общего вирусного предка. [5] Одной из особенностей этой группы является большим геномом и присутствие многих генов , участвующих в репарации ДНК , репликации ДНК , транскрипции и трансляции . Обычно вирусы с меньшими геномами не содержат генов этих процессов. Большинство вирусов этого семейства также реплицируются как в организме хозяина.ядро и цитоплазма , отсюда и название нуклеоцитоплазматической.
В настоящее время известно 47 основных генов NCLDV. К ним относятся четыре ключевых белка, участвующих в репликации и репарации ДНК: ферменты семейства ДНК-полимеразы B, топоизомераза II A, эндонуклеаза FLAP и ядерный антиген процессингового фактора пролиферирующих клеток . Другие белки включают ДНК-зависимую РНК-полимеразу II и фактор транскрипции II B.
Таксономия
Распознаются следующие классы, под которыми находятся заказы, содержащие семейства, упомянутые в этой статье:
- Megaviricetes
- Pimascovirales
- Ascoviridae
- Иридовирусы
- Marseilleviridae
- ( Pithoviridae ? ) - по этимологии Pimascovirales
- ( Mininucleoviridae ? ) - по филогении
- Imitervirales
- Альгавиралес
- Phycodnaviridae
- ( Pandoraviridae ? ) - по филогении
- Pimascovirales
- Pokkesviricetes
- Asfuvirales
- Chitovirales
- Поксвириды
Нераспознанные семейства заключены в скобки и помещены в наиболее вероятное место.
Примеры
Ascoviridae
Заказать Pimascovirales . Члены семейства Ascoviridae бывают разных форм. Некоторые могут иметь форму стержня, а другие - овальной формы. Их размеры составляют до 130 нм в ширину и до 400 нм в длину. Эти вирусы имеют кольцевую двухцепочечную ДНК длиной около 100–200 пар нуклеотидов. Они заражают личинок чешуекрылых насекомых и могут заразиться через паразитоидных ос. После заражения они размножаются и вызывают смерть насекомых-вредителей. Это позволяет им контролировать популяции насекомых. [7] Ascoviridae может иметь до 180 генов в своем геноме. Репликация этого вируса происходит в ядре клетки-хозяина. Когда он реплицируется, ядро увеличивается в размерах и, в конечном итоге, лопается. После этого вирион начинает формироваться и распространяться. [8]
Asfarviridae
Заказать Asfuvirales . Член семейства Asfarviridae известен как асфарвирус. Этот вирус является причиной африканской чумы свиней. Некоторые из симптомов этого гриппа включают жар, учащенный пульс, учащенное дыхание и могут привести к смерти. Эти симптомы могут быть похожи на симптомы холеры свиней, разница в том, что африканский свиной грипп не лечится. Для борьбы с этим вирусом не существует вакцины. [9]
Иридовирусы
Заказать Pimascovirales . Iridoviridae имеет линейный двухцепочечные геном ДНК длиной до 220 тысяч пара нуклеотидов и могут кодировать в течение примерно 211 белков. Капсид этого вириона имеет форму икосаэдра и может достигать 350 нм в ширину. Цикл репликации этого вируса начинается в ядре хозяина и заканчивается в цитоплазме. Некоторые вирусы этого семейства часто встречаются у земноводных, а другие - у насекомых и ракообразных. [10]
Marseilleviridae
Заказать Pimascovirales . В Marseilleviridae вирусы двухцепочечной ДНК геномов, которые около 372 т.п.н. долго. Члены семейства могут иметь в своем геноме около 457 открытых рамок считывания (ORF). Организмы-хозяева - амебы . После заражения репликация вируса происходит в цитоплазме. [ необходима цитата ] Было обнаружено, что геном семейства Marseilleviridae кодирует около 28 различных белков. [11] Капсид марсельлевируса имеет ширину около 250 нм и имеет форму икосаэдра. Репликация этого вируса обычно происходит вблизи ядра после заражения амебы. После заражения вирус может вызвать изменение формы ядра хозяина. [12]
Mimiviridae
Заказать Imitervirales . Megaviridae содержит некоторые из самых больших когда - либо обнаруженных вирусов. У них есть линейные геномы двухцепочечной ДНК длиной 1259197 пар оснований, что больше, чем у некоторых мелких бактерий. В этом геноме закодировано 1100 белков. 74,76% пар оснований представлены тимином и аденином. Megaviridae вирус может быть найден , заражающий Acanthamoeba или других протозойных клады. Как только вирус заражает хозяина, в цитоплазме происходит цикл репликации. В геноме можно найти ферменты репарации ДНК. Они используются, когда ДНК повреждена, например, когда она подвергается воздействию ионизирующего излучения или ультрафиолетового света. [13]
Традиционно только эти вирусы были отнесены к семейству Mimiviridae . Позже выяснилось, что вирусы группы Phycodna Organic Lake (OLPG) больше связаны с мимивирусами, чем с фикоднавирусами . По этой причине было предложено добавить их к унаследованным Mimiviridae в качестве нового подсемейства Mesomimivirinae , чтобы сформировать более полное семейство Megaviridae . По этой причине термин Mimiviridae использовали зепзи Лято синонимом Megaviridae . [14] [15] [16] [17] [18] [19] Однако, поскольку ICTV создал новый отряд Imitervirales, официально содержащий (унаследованных) Mimiviridae , предлагаемые Mesomimivirinae предлагается преобразовать в новое семейство Mesomimiviridae , я. е. как сестринское семейство унаследованных Mimiviridae (в рамках этого порядка).
Pandoraviridae
Возможно заказать Альгавиралес . Pandoraviridae Обнаружены в 2013 году в пробе прибрежной воды в Чили. В основном он заражает амебы. Он имеет длину 1 микрометр и ширину 0,5 микрометра. Его геном может иметь длину до 2,5 миллионов пар оснований. [20] Репликация этого вируса происходит в цитоплазме. Как и другие гигантские вирусы, он поражает ядро хозяина и может занять до 15 часов, чтобы начать заражение. [21] Хотя он содержится в воде, он не влияет на человека, но на самом деле может помочь нам, увеличивая производство кислорода в водной среде. [22]
Заказать Альгавиралес . Phycodnaviridae являются икосаэдрической формой с двухцепочечной молекулой ДНК. Некоторые члены этого семейства могут иметь линейную двухцепочечную ДНК, в то время как другие имеют кольцевую двухцепочечную ДНК. Было обнаружено, что геном имеет длину до 560 килобаз. До 50% ДНК может быть представлено гуанином или цитозином. Известно, что этот вирус поражает водоросли, а это значит, что он обитает в океане. [23]
Pithoviridae
Возможно заказать Pimascovirales . У Pithoviridae есть только два известных представителя. Эти вирусы поражают амебы и могут выжить при низких температурах. В течение многих лет этот вирус считался замороженным, но из-за изменения климата он снова начал появляться. [24] Это двухцепочечный ДНК-вирус размером 610 килобаз. По оценкам, геном кодирует 476 открытых рамок считывания. Вирон имеет форму стержня длиной 1100 нм и диаметром 500 нм. [25]
Поксвириды
Заказать Читовиралес . Poxviridae имеет линейную двухцепочечную молекулу ДНК , которая может иметь длину до 230 т.п.н.. Репликация этих вирусов происходит в цитоплазме. К этому семейству относятся вирусы оспы , коровьей оспы и другие вирусы оспы . [26]
Мининуклеовирусы
Возможно заказать Pimascovirales . Было предложено новое семейство - Mininucleoviridae - для семейства крупных вирусов, размножающихся в ракообразных. [6] Члены этого предлагаемого семейства включают вирус 1 Carcinus maenas (CmV1), [примечание 1] вирус гемобафии Dikerogammarus 1 (DhV1), [примечание 2] и вирус Panulirus argus 1 (PaV1). [заметка 3]
Неклассифицированные таксоны
- Cedratvirus - теперь под Pithoviridae ( Pimascovirales )
- Хоановирус - часть расширенных Mimiviridae , клада, отличная отсобственно Mimiviridae ; [27] ( Imitervirales )
- Dinodnavirus - возможнопод Asfarviridae ( Asfuvirales )
- Faustovirus - теперь под Asfarviridae ( Asfuvirales )
- Kaumoebavirus - кластеры под Asfarviridae ( Asfuvirales )
- Klothovirus casanovai , Megaklothovirus horridgei - предложено создать собственное семейство Klothoviridae ; нет доступных последовательностей [28]
- Medusavirus - предполагается, что это отдельное семейство Medusaviridae , возможно, близкое к Mollivirus [29] или базальное в Nucleocytoviricota.
- Meelsvirus - последовательности отсутствуют
- Mollivirus - близко к Pandoravirus ( Algavirales )
- Вирус Намао - (вместе с Faunusvirus sp. Из метагеномики), близкий к Cafeteriavirus ; возможно вместе с другими Sturgeon-NCLDV; ( Imitervirales )
- Орфеовирус - вероятно, относится к Pithoviridae ; сестринская группа Cedratvirus [30] ( Pimascovirales )
- Pacmanvirus - вероятнопод Asfarviridae ( Asfuvirales )
- Платановирус - похож на мегавирус [31] или тупанвирус ( Imitervirales ).
- Sissivirus и Misannotatedvirus - (вместе с Solumnvirus , Solivirus из метагеномики), возможно, под Pithoviridae
- Тупанвирус - возможно, под Mimiviridae ( Imitervirales )
- Урцеоловирус - возможно, под Nucleocytoviricota
- Usurpativirus и Clandestinovirus - клад, возможно, под Phyvodnaviridae, рядом с Chlorovirus ( Algavirales )
- Yasminevirus - близок к вирусу Klosneuvirus и Bodo saltans ; (вместе с Gaeavirus , Homavirus , Barrevirus , Fadolivirus , Dasosvirus , Edafovirus , Terrestrivirus , Harvfovirus , Hyperionvirus из метагеномики) члены Mimiviridae ( Imitervirales )
Филогенетика
По общему мнению, Iridoviridae - Ascoviridae - близкородственные сестринские таксоны клады. Pithovirus , Iridoviridae - Ascoviridae и Marseillevirus образуют кладу PIM или MAPI ( Pimascovirales [2] ) на деревьях, построенных из консервативных белков. [6] Сестринская клада PIM / MAPI является кладой, созданной из Algavirales [2] ( Phycodnaviridae , Pandoraviridae ) и, возможно, Imitervirales [2] / Mimiviridae (далее «P2»). [32] Poxviridae всегда рассматривается как базальная ветвь. Asfarviridae является либо сестринской группой Poxviridae (объединяющей Pokkesviricetes ) [2], либо членом клады P2. [33] Классификация ICTV по состоянию на 2019 год соответствует общей форме дерева.
Происхождение NCLDVs может предшествовать происхождению их эукариотических хозяев, судя по их структурам РНК-полимеразы . [33]
Смотрите также
- Вирусный эукариогенез
Заметки
- ^ CmV1 заражает Carcinus maenas
- ^ DhV1 заражает гемобафами Dikerogammarus
- ^ PaV1 заражает Panulirus argus
Рекомендации
- ^ a b Колсон П., Де Ламбаллери X, Ютин Н., Асгари С., Бигот И., Бидеши Д. К., Ченг X В., Федеричи Б. А., Ван Эттен Д. Л., Кунин Е. В., Ла Скола Б., Рауль Д. (2013). « » Megavirales «предлагаемый новый порядок для эукариотических цитоплазматических крупных ДНК - вирусов» . Архив вирусологии . 158 (12): 2517–21. DOI : 10.1007 / s00705-013-1768-6 . PMC 4066373 . PMID 23812617 .
- ^ а б в г д «Таксономия вирусов: выпуск 2019 г.» . talk.ictvonline.org . Международный комитет по таксономии вирусов . Проверено 25 апреля 2020 года .
- ^ Кунин Е.В., Доля В.В., Крупович М., Варсани А., Вольф Ю.И., Ютин Н., Зербини М., Кун Дж. Х. (октябрь 2019 г.). «Создать мегатаксономическую структуру, заполняющую все основные таксономические ранги, для ДНК-вирусов, кодирующих главные капсидные белки вертикального желеобразного типа» . Предложение ICTV (Taxoprop) : 2019.003G. DOI : 10,13140 / RG.2.2.14886.47684 .
- ^ Колсон П., де Ламбальери Х, Фурноус Г., Рауль Д. (2012). «Реклассификация гигантских вирусов, составляющих четвертую область жизни в новом порядке Megavirales» . Интервирология . 55 (5): 321–332. DOI : 10.1159 / 000336562 . PMID 22508375 .
- ^ Айер, Л. М.; Aravind, L .; Кунин, Е.В. (декабрь 2001 г.). «Общее происхождение четырех различных семейств крупных вирусов ДНК эукариот» . Журнал вирусологии . 75 (23): 11720–34. DOI : 10,1128 / JVI.75.23.11720-11734.2001 . PMC 114758 . PMID 11689653 .
- ^ а б в г Субраманиам, К. (14 января 2020 г.). «Новое семейство ДНК-вирусов, вызывающих болезнь у ракообразных из различных водных биомов» . mBio . 11 (1). DOI : 10,1128 / mBio.02938-19 . PMC 6960288 . PMID 31937645 .
- ^ «Ascoviridae - Ascoviridae - вирусы дцДНК - Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV)» . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Проверено 7 декабря 2017 .
- ^ Асгари, Сасан; Бидеши, Деннис К.; Фанат, Ив; Федеричи, Брайан А; Чэн, Сяо-Вэнь (2017). "Профиль таксономии вирусов ICTV: Ascoviridae" . Журнал общей вирусологии . 98 (1): 4–5. DOI : 10,1099 / jgv.0.000677 . ISSN 0022-1317 . PMC 5370392 . PMID 28218573 .
- ^ «Африканская чума свиней (АЧС) | болезнь животных» . Британская энциклопедия . Проверено 7 декабря 2017 .
- ^ «Iridoviridae - Iridoviridae - вирусы дцДНК - Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV)» . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Проверено 7 декабря 2017 .
- ^ Бойер, Микаэль; Ютин, Наталья; Панье, Изабель; Баррасси, Лина; Фурнус, Гислен; Эспиноза, Леон; Роберт, Кэтрин; Азза, Саид; Сунь, Сиянг (22 декабря 2009 г.). «Гигантский марсельский вирус подчеркивает роль амеб как плавильного котла в появлении химерных микроорганизмов» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 106 (51): 21848–21853. Bibcode : 2009PNAS..10621848B . DOI : 10.1073 / pnas.0911354106 . ISSN 0027-8424 . PMC 2799887 . PMID 20007369 .
- ^ Ахерфи, Сара (01.10.2014). «Расширяющееся семейство Marseilleviridae» . Вирусология . 466–467: 27–37. DOI : 10.1016 / j.virol.2014.07.014 . ISSN 0042-6822 . PMID 25104553 .
- ^ Арслан, Дефне; Лежандр, Матье; Зельцер, Вирджиния; Абергель, Шанталь; Клавери, Жан-Мишель (18.10.2011). «Дальний родственник мимивируса с более крупным геномом подчеркивает фундаментальные особенности Megaviridae» . Труды Национальной академии наук . 108 (42): 17486–17491. Bibcode : 2011PNAS..10817486A . DOI : 10.1073 / pnas.1110889108 . ISSN 0027-8424 . PMC 3198346 . PMID 21987820 .
- ^ Шульц, Фредерик; Ютин, Наталья; Иванова Наталья Н .; Ortega, Davi R .; Ли, Тхэ Квон; Фирхейлиг, Юлия; Даймс, Хольгер; Хорн, Матиас; Вагнер, Майкл (2017-04-07). «Гигантские вирусы с расширенным набором компонентов системы перевода» (PDF) . Наука . 356 (6333): 82–85. Bibcode : 2017Sci ... 356 ... 82S . DOI : 10.1126 / science.aal4657 . ISSN 0036-8075 . PMID 28386012 . S2CID 206655792 ., ID UCPMS: 1889607, PDF
- ^ Кунин, Э.В. Крупович, М; Ютин, Н (2015). «Эволюция двухцепочечных ДНК-вирусов эукариот: от бактериофагов до транспозонов и гигантских вирусов» . Летопись Нью-Йоркской академии наук . 1341 (1): 10–24. Bibcode : 2015NYASA1341 ... 10K . DOI : 10.1111 / nyas.12728 . PMC 4405056 . PMID 25727355 . Рисунок 3
- ^ Ютин, Наталья; и другие. (2013). «Mimiviridae: кластеры ортологичных генов, реконструкция эволюции репертуара генов и предлагаемое расширение семейства гигантских вирусов» . Журнал вирусологии . 10 : 106. DOI : 10,1186 / 1743-422X-10-106 . PMC 3620924 . PMID 23557328 .
- ^ Блог Каролины Рейес, Кеннет Стедман: являются ли вирусы Phaeocystis globosa (OLPG) и фикоднавирус органического озера частью Phycodnaviridae или Mimiviridae? , на ResearchGate, 8 января 2016 г.
- ^ Маруяма, Фумито; Шоко (2016). «Эволюция и филогения крупных ДНК-вирусов, Mimiviridae и Phycodnaviridae, включая недавно охарактеризованный вирус Heterosigma akashiwo » . Границы микробиологии . 7 : 1942. DOI : 10,3389 / fmicb.2016.01942 . PMC 5127864 . PMID 27965659 .
- ^ Чжан, Вт; Чжоу, Дж; Лю, Т; Yu, Y; Пан, Y; Ян, С; Ван, Й (2015). «Четыре новых генома вируса водорослей обнаружены в метагеномах озера Йеллоустоун» . Научные отчеты . 5 : 15131. Bibcode : 2015NatSR ... 515131Z . DOI : 10.1038 / srep15131 . PMC 4602308 . PMID 26459929 . Рисунок 6
- ^ Йонг, Эд (2013). «Гигантские вирусы открывают ящик Пандоры» . Природа . DOI : 10.1038 / nature.2013.13410 . S2CID 88440241 .
- ^ Ахерфи, Сара; Колсон, Филипп; Ла Скола, Бернар; Рауль, Дидье (22 марта 2016 г.). «Гигантские вирусы амеб: обновление» . Границы микробиологии . 7 : 349. DOI : 10,3389 / fmicb.2016.00349 . ISSN 1664-302X . PMC 4801854 . PMID 27047465 .
- ^ «Самый крупный вирус, который когда-либо обнаружен, может быть четвертой сферой жизни? . 2013-07-19 . Проверено 7 декабря 2017 .
- ^ Уилсон, WH; Ван Эттен, Дж. Л.; Аллен, MJ (2009). Phycodnaviridae: история о том, как крошечные гиганты правят миром . Актуальные темы микробиологии и иммунологии. 328 . С. 1–42. DOI : 10.1007 / 978-3-540-68618-7_1 . ISBN 978-3-540-68617-0. ISSN 0070-217X . PMC 2908299 . PMID 19216434 .
- ^ Орнес, Стивен (31.07.2017). «Возвращение гигантского зомби-вируса» . Новости науки для студентов . Проверено 7 декабря 2017 .
- ^ «Питовирус» . viralzone.expasy.org . Проверено 7 декабря 2017 .
- ^ Мосс, Бернард (2013). «Репликация ДНК поксвируса» . Перспективы Колд-Спринг-Харбор в биологии . 5 (9): a010199. DOI : 10.1101 / cshperspect.a010199 . ISSN 1943-0264 . PMC 3753712 . PMID 23838441 .
- ^ Needham, Дэвид М .; Ёсизава, Сусуму; Хосака, Тошиаки; Пуарье, Камилла; Чой, Чанг Джэ; Хехенбергер, Элизабет; Ирвин, Николас AT; Уилкен, Сюзанна; Юнг, Чеук-Ман; Бачи, Чарльз; Курихара, Рика; Накадзима, Ю; Кодзима, Кейчи; Кимура-Сомея, Томоми; Леонард, Гай; Malmstrom, Rex R .; Mende, Daniel R .; Олсон, Дэниел К .; Судо, Юки; Судек, Себастьян; Richards, Thomas A .; Делонг, Эдвард Ф .; Килинг, Патрик Дж .; Санторо, Элисон Э .; Широузу, Микако; Ивасаки, Ватару; Уорден, Александра З. (8 октября 2019 г.). «Отдельная ветвь гигантских вирусов приносит одноклеточным морским хищникам фотосистему родопсина» . Труды Национальной академии наук . 116 (41): 20574–20583. Bibcode : 2019PNAS..11620574N . DOI : 10.1073 / pnas.1907517116 . PMC 6789865 . PMID 31548428 .
- ^ «Случайное открытие у морских беспозвоночных (Phylum Chaetognatha) самых длинных гигантских вирусов, о которых сообщалось на сегодняшний день» . Цитировать журнал требует
|journal=
( помощь ) - ^ Йошикава, Генки; Блан-Матье, Ромен; Песня, Чихонг; Каяма, Йоко; Мотидзуки, Томохиро; Мурата, Кадзуёси; Огата, Хироюки; Такемура, Масахару (2019). «Медузавирус, новый большой ДНК-вирус, обнаруженный в воде из горячих источников» . Журнал вирусологии . 93 (8). DOI : 10,1128 / JVI.02130-18 . PMC 6450098 . PMID 30728258 .
- ^ Андреани, Жюльен; Халил, Жак Ю.Б .; Батист, Эмелин; Хасни, Иссам; Мишель, Кэролайн; Рауль, Дидье; Левассер, Энтони; Ла Скола, Бернар (22 января 2018 г.). «Орфеовирус IHUMI-LCC2: новый вирус среди гигантских вирусов» . Границы микробиологии . 8 : 2643. DOI : 10,3389 / fmicb.2017.02643 . PMC 5786535 . PMID 29403444 .
- ^ «Новый гигантский вирус в вольной амебе» . DOI : 10.1002 / imaging.6224 . Цитировать журнал требует
|journal=
( помощь ) - ^ Бэкстрём Д., Ютин Н., Йоргенсен С.Л., Дхарамши Дж., Хома Ф., Заремба-Недведска К., Спанг А., Вольф Ю.И., Кунин Е.В., Эттема Т.Дж. (2019). «Геномы вирусов из глубоководных отложений расширяют океанический мегавиром и подтверждают независимое происхождение вирусного гигантизма» . mBio . 10 (2): e02497-18. DOI : 10,1128 / mBio.02497-18 . PMC 6401483 . PMID 30837339 .PDF
- ^ а б Гульельмини, Жюльен; Ву, Энтони С .; Крупович, Март; Фортер, Патрик; Гайя, Морган (10.09.2019). «Диверсификация гигантских и крупных эукариотических вирусов дцДНК предшествовала возникновению современных эукариот» . Труды Национальной академии наук . 116 (39): 19585–19592. DOI : 10.1073 / pnas.1912006116 . ISSN 0027-8424 . PMC 6765235 . PMID 31506349 .
Внешние ссылки
- Данные, относящиеся к Nucleocytoviricota в Wikispecies