Из Википедии, свободной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
"RING" перенаправляется сюда. Для использования в других целях, см Кольцо .
Цинковый палец, тип C3HC4 (КОЛЬЦЕВОЙ палец)
1chc animated.gif
Структура домена C3HC4. [1] Ионы цинка представляют собой черные сферы, координированные остатками цистеина (синие).
Идентификаторы
Условное обозначениеzf-C3HC4
PfamPF00097
ИнтерПроIPR001841
УМНЫЙSM00184
PROSITEPDOC00449
SCOP21chc / SCOPe / SUPFAM
Доступные белковые структуры:
Pfam  структуры / ECOD  
PDBRCSB PDB ; PDBe ; PDBj
PDBsumкраткое изложение структуры

В молекулярной биологии , A КОЛЬЦО (действительно интересно новый ген) домен пальца представляет собой белка , структурный домен из цинкового пальца типа , который содержит C 3 HC 4 аминокислоты , мотив , который связывает два цинк катионы (семь цистеина и один гистидин расположены не-последовательно). [2] [3] [4] [5] Этот белковый домен содержит от 40 до 60 аминокислот. Многие белки, содержащие RING-палец, играют ключевую роль в пути убиквитинирования .

Цинковые пальцы [ править ]

Основная статья: Цинковый палец

Цинковый палец (ZNF) домены являются относительно небольшие белковые мотивы , которые связывают один или несколько атомов цинка, и которые , как правило , содержат множество пальцев, как выступы , которые делают тандемные контакты с их молекулой - мишенью. Они связывают ДНК , РНК , белковые и / или липидные субстраты. [6] [7] [8] [9] [10]Их связывающие свойства зависят от аминокислотной последовательности доменов пальцев и линкера между пальцами, а также от структур более высокого порядка и количества пальцев. Домены Znf часто встречаются в кластерах, где пальцы могут иметь различную специфичность связывания. Существует множество суперсемейств мотивов Znf, различающихся как по последовательности, так и по структуре. Они демонстрируют значительную гибкость в способах связывания даже между членами одного и того же класса (например, некоторые связывают ДНК, другие - белок), что позволяет предположить, что мотивы Znf являются стабильными каркасами, которые развили специализированные функции. Например, Znf-содержащие белки участвуют в транскрипции , трансляции, транспортировке мРНК, организации цитоскелета , развитии эпителия, адгезии клеток ,сворачивание белков , ремоделирование хроматина и определение цинка. [11] Цинк-связывающие мотивы представляют собой стабильные структуры, и они редко претерпевают конформационные изменения при связывании со своей мишенью.

Некоторые домены Zn-пальцев разошлись, так что они все еще сохраняют свою структуру ядра, но утратили способность связывать цинк с использованием других средств, таких как солевые мостики или связывание с другими металлами, для стабилизации пальцевидных складок.

Функция [ править ]

Многие домены RING-finger одновременно связывают ферменты убиквитинирования и их субстраты и, следовательно, действуют как лигазы . Убиквитинирование, в свою очередь, нацелено на деградацию белка-субстрата. [12] [13] [14]

Структура [ править ]

Домен RING finger имеет консенсусную последовательность C -X 2 - C -X [9-39] - C -X [1-3] - H -X [2-3] - C -X 2 - C -X [4 -48] - С -X 2 - С . [2] где:

  • C - консервативный остаток цистеина, участвующий в координации цинка,
  • H - консервативный гистидин, участвующий в координации цинка,
  • Zn - атом цинка, а
  • X - любой аминокислотный остаток.

Ниже приведено схематическое изображение структуры домена пальца RING: [2]

 xxxxxx хххх хххх хххх СССС х \ / хх \ / х х Zn х х Zn х С / \ HC / \ C хххх xxxxxxxxxxxxx

Примеры [ править ]

Примеры человеческих генов, которые кодируют белки, содержащие домен пальца RING, включают:

AMFR , BBAP , BFAR , BIRC2 , BIRC3 , BIRC7 , BIRC8 , Bmi1 , BRAP , BRCA1 , CBL , CBLB , CBLC , CBLL1 , CHFR , COMMD3 , DTX1 , DTX2 , DTX3 , DTX3L , DTX4 , DZIP3 , HCGV , ЦГВУ , HOIL- 1 , ИРФ2БП2 ,LNX1 , LNX2 , LONRF1 , LONRF2 , LONRF3 , MARCH1 , MARCH10 , MARCH2 , MARCH3 , MARCH4 , MARCH5 , MARCH6 , MARCH7 , MARCH8 , MARCH9 , MDM2 , MEX3A , MEX3B , MEX3C , MEX3D , MGRN1 , MIB1 , MID1 , MID2 , MKRN1 , MKRN2, MKRN3 , MKRN4 , MNAT1 , MYLIP , NFX1 , NFX2 , PCGF1 , PCGF2 , PCGF3 , PCGF4 , PCGF5 , PCGF6 , PDZRN3 , PDZRN4 , PEX10 , PHRF1 , PJA1 , PJA2 , PML , PML-RAR , PXMP3 , RAD18 , RAG1 , RAPSN , RBCK1 , RBX1, RC3H1 , RC3H2 , RCHY1 , RFP2 , RFPL1 , RFPL2 , RFPL3 , RFPL4B , RFWD2 , RFWD3 , RING1 , RNF2 , RNF4 , RNF5 , RNF6 , RNF7 , RNF8 , RNF10 , RNF11 , RNF12 , RNF13 , RNF14 , RNF19A , RNF20 , RNF24 , RNF25, RNF26 , RNF32 , RNF38 , RNF39 , RNF40 , RNF41 , RNF43 , RNF44 , RNF55 , RNF71 , RNF103 , RNF111 , RNF113A , RNF113B , RNF121 , RNF122 , RNF126123 , RNF13 , RNF122 , RNF126 , RNF13 , RNF13 , RNF13 , RNF13 , RNF13 ,RNF141 , RNF144A , RNF145 , RNF146 , RNF148 , RNF149 , RNF150 , RNF151 , RNF152 , RNF157 , RNF165 , RNF166 , RNF167 , RNF168 , RNF169 , RNF170 , RNF175 , RNF180 , RNF181 , RNF182 , RNF185 , RNF207 , RNF213 , RNF215 , RNFT1 ,SH3MD4 , SH3RF1 , SH3RF2 , SYVN1 , TIF1 , TMEM118 , TOPORS , TRAF2 , TRAF3 , TRAF4 , TRAF5 , TRAF6 , TRAF7 , TRAIP , TRIM2 , TRIM3 , TRIM4 , TRIM5 , TRIM6 , TRIM7 , TRIM8 , TRIM9 , TRIM10 , TRIM11 , TRIM13 , TRIM15, TRIM17 , TRIM21 , TRIM22 , TRIM23 , TRIM24 , TRIM25 , TRIM26 , TRIM27 , TRIM28 , TRIM31 , TRIM32 , TRIM33 , TRIM34 , TRIM35 , TRIM36 , TRIM38 , TRIM39 , TRIM40 , TRIM41 , TRIM42 , TRIM43 , TRIM45 , TRIM46 , TRIM47 , TRIM48, TRIM49 , TRIM50 , TRIM52 , TRIM54 , TRIM55 , TRIM56 , TRIM58 , TRIM59 , TRIM60 , TRIM61 , TRIM62 , TRIM63 , TRIM65 , TRIM67 , TRIM68 , TRIM69 , TRIM71 , TRIM72 , TRIM73 , TRIM74 , TRIML1 , TTC3 , UHRF2 , UHRF1 , UHRF1 ,VPS8 , ZNF179 , ZNF294 , ZNF313 , ZNF364 , ZNF650 , ZNFB7 , ZNRF1 , ZNRF2 , ZNRF3 , ZNRF4 и ZSWIM2 .

Ссылки [ править ]

  1. Перейти ↑ Barlow PN, Luisi B, Milner A, Elliott M, Everett R (март 1994). «Структура домена C3HC4 методом 1H-спектроскопии ядерного магнитного резонанса. Новый структурный класс цинковых пальцев». J. Mol. Биол . 237 (2): 201–11. DOI : 10.1006 / jmbi.1994.1222 . PMID  8126734 .
  2. ^ a b c Борден KL, Freemont PS (1996). «Домен пальца RING: недавний пример семейства структур последовательностей». Curr. Opin. Struct. Биол . 6 (3): 395–401. DOI : 10.1016 / S0959-440X (96) 80060-1 . PMID 8804826 . 
  3. ^ Хэнсон И.М., Poustka А, Trowsdale J (1991). «Новые гены в области класса II главного комплекса гистосовместимости человека». Геномика . 10 (2): 417–24. DOI : 10.1016 / 0888-7543 (91) 90327-B . PMID 1906426 . 
  4. ^ Freemont П.С., Hanson И.М., Trowsdale J (1991). «Новый мотив последовательности, богатый цистеином» . Cell . 64 (3): 483–4. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (91) 90229-R . PMID 1991318 . 
  5. ^ Ловеринг R, Hanson И.М., Борден KL, Мартин S, O'Reilly штат Нью - Джерси, Эван Г.И., Рахман Д, Pappin ди - джей, Trowsdale Дж, Freemont PS (1993). «Идентификация и предварительная характеристика белкового мотива, связанного с цинковым пальцем» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 90 (6): 2112–6. DOI : 10.1073 / pnas.90.6.2112 . PMC 46035 . PMID 7681583 .  
  6. Перейти ↑ Klug A (1999). «Пептиды цинковых пальцев для регуляции экспрессии генов». J. Mol. Биол . 293 (2): 215–8. DOI : 10.1006 / jmbi.1999.3007 . PMID 10529348 . 
  7. Перейти ↑ Hall TM (2005). «Множественные способы распознавания РНК белками цинкового пальца» . Curr. Opin. Struct. Биол . 15 (3): 367–73. DOI : 10.1016 / j.sbi.2005.04.004 . PMID 15963892 . 
  8. Перейти ↑ Brown RS (2005). «Белки цинкового пальца: захват РНК». Curr. Opin. Struct. Биол . 15 (1): 94–8. DOI : 10.1016 / j.sbi.2005.01.006 . PMID 15718139 . 
  9. ^ Gamsjaeger R, Лью СК, Лафлин ИП, Кросли М, Маккей JP (2007). «Липкие пальцы: цинковые пальцы как мотивы распознавания белков». Trends Biochem. Sci . 32 (2): 63–70. DOI : 10.1016 / j.tibs.2006.12.007 . PMID 17210253 . 
  10. ^ Matthews JM, Sunde M (2002). «Цинковые пальцы - складки на много раз». IUBMB Life . 54 (6): 351–5. DOI : 10.1080 / 15216540216035 . PMID 12665246 . 
  11. ^ Лаити JH, Ли Б.М., Райт ПЭ (2001). «Белки цинкового пальца: новый взгляд на структурное и функциональное разнообразие». Curr. Opin. Struct. Биол . 11 (1): 39–46. DOI : 10.1016 / S0959-440X (00) 00167-6 . PMID 11179890 . 
  12. ^ Лорик KL, Йенсен JP, Fang S, Онг А.М., Хатакэяма S, Вайсман А. М. (1999). «Кольцо пальцев опосредует убиквитин-конъюгированное фермент (E2) -зависимое убиквитинирование» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 96 (20): 11364–9. DOI : 10.1073 / pnas.96.20.11364 . PMC 18039 . PMID 10500182 .  
  13. ^ Joazeiro CA, Вайсман AM (2000). «Белки RING finger: медиаторы активности убиквитинлигазы». Cell . 102 (5): 549–52. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (00) 00077-5 . PMID 11007473 . 
  14. Перейти ↑ Freemont PS (2000). «КОЛЬЦО на разрушение?». Curr. Биол . 10 (2): R84–7. DOI : 10.1016 / S0960-9822 (00) 00287-6 . PMID 10662664 . 

Внешние ссылки [ править ]

  • RING + Finger + Домены в Национальных медицинских предметных рубриках США (MeSH)
Эта статья включает текст из общественного достояния Pfam и InterPro : IPR001841