Rsa РНК - это некодирующие РНК, обнаруженные в бактерии Staphylococcus aureus . Общее название происходит от их открытия и не подразумевает гомологии . Биоинформатическое сканирование выявило 16 семейств Rsa РНК, названных RsaA-K и RsaOA-OG. [1] [2] Другие, RsaOH-OX, были обнаружены благодаря RNomic подходу. [3] Хотя РНК демонстрировали различные паттерны экспрессии, было показано, что многие из недавно открытых РНК являются Hfq- независимыми и большинство несут С- богатый мотив (UCCC). [1]
RsaA
Подавляет трансляцию регулятора транскрипции MgrA за счет связывания с его мРНК, усиливает образование биопленок и снижает вирулентность бактерий. [4] Другие мРНК: включая SsaA-подобные ферменты, участвующие в метаболизме пептидогликана, и секретируемый противовоспалительный белок FLIPr были подтверждены как прямые мишени для RsaA. [5]
RsaE
RsaE обнаруживается у других представителей рода Staphylococcus, таких как Staphylococcus epidermidis и Staphylococcus saprophyticus, и является единственной Rsa РНК, обнаруженной за пределами этого рода, у Macrococcus caseolyticus и Bacillus . В Bacillus subtilis RsaE ранее был идентифицирован как ncr22. [8] [9] RsaE также последовательно обнаруживается ниже PepF, который кодирует олигоэндопептидазу F. Функция RsaE была обнаружена с помощью анализа нокаута гена и сверхэкспрессии гена - было обнаружено, что он регулирует экспрессию нескольких ферментов, участвующих в метаболизме, посредством антисмыслового связывания. их мРНК . [1] [3]
Было показано, что RsaE регулируется присутствием оксида азота (NO). В Bacillus subtilis он контролирует экспрессию генов с функциями, связанными с окислительным стрессом и окислительно-восстановительными реакциями, и был переименован в RoxS (для связанных с окислительным стрессом). [10]
РСАФ
У видов S.aureus RsaF расположен в той же межгенной области, что и RsaE, и перекрывается с 3'-концом RsaE примерно на 20 п.н. В отличие от RsaE, RsaF и его вышестоящий ген были идентифицированы только у видов S.aureus . [1]
РСАК
RsaK находится в лидерной последовательности из GlcA мРНК , которая кодирует фермент , участвующий в глюкозо-специфической системы фосфотрансферазы . RsaK также содержит консервативную рибонуклеиновую антитерминаторную систему, распознаваемую белком GclT. [11]
RsaI
RsaOG [2], также переименованный в RsaI [1], как полагают, тонко настраивает регуляцию токсинов или механизмов инвазии в S. aureus посредством транс-действующих механизмов. Его вторичная структура содержит псевдоузел, образованный между двумя высококонсервативными неспаренными последовательностями. [6]
Паттерны выражения
Было обнаружено, что RsaD, EH и я высоко экспрессируются у S. aureus . Уровни экспрессии других Rsa РНК варьировались в различных условиях окружающей среды, например, RsaC индуцировался холодовым шоком, а RsaA индуцировался в ответ на осмотический стресс . [1] [2] [3]
Гены RsaE и RsaF перекрываются у видов S.aureus, но, по-видимому, имеют противоположные паттерны экспрессии. [1] Транскрипционная интерференция из-за перекрытия между мотивом распознавания σ A и потенциальным сайтом связывания σ B предлагается в качестве механизма, вызывающего дифференциальную экспрессию двух транскриптов [1] [12]
Смотрите также
- RsaOG
Рекомендации
- ^ a b c d e f g h Гейссманн Т., Шевалье С., Крос М.Дж., Буассе С., Фехтер П., Нуаро С., Шренцель Дж., Франсуа П., Ванденеш Ф., Гаспин С., Ромби П. (ноябрь 2009 г.). «Поиск малых некодирующих РНК в Staphylococcus aureus обнаруживает консервативный мотив последовательности для регуляции» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (21): 7239–7257. DOI : 10.1093 / NAR / gkp668 . PMC 2790875 . PMID 19786493 .
- ^ а б в Марше А., Навиль М., Бон С., Булок П., Готере Д. (июнь 2009 г.). «Однопроходная классификация всех некодирующих последовательностей в бактериальном геноме с использованием филогенетических профилей» . Геномные исследования . 19 (6): 1084–1092. DOI : 10.1101 / gr.089714.108 . PMC 2694484 . PMID 19237465 .
- ^ а б в Bohn C, Rigoulay C, Chabelskaya S, Sharma CM, Marchais A, Skorski P, Borezée-Durant E, Barbet R, Jacquet E, Jacq A, Gautheret D, Felden B., Vogel J, Bouloc P (октябрь 2010 г.). «Экспериментальное открытие малых РНК в Staphylococcus aureus обнаруживает риборегулятор центрального метаболизма» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (19): 6620–6636. DOI : 10.1093 / NAR / gkq462 . PMC 2965222 . PMID 20511587 .
- ^ Romilly C, Lays C, Tomasini A, Caldelari I, Benito Y, Hammann P, Geissmann T, Boisset S, Romby P, Vandenesch F (март 2014 г.). «Некодирующая РНК способствует устойчивости бактерий и снижает вирулентность, регулируя регулятор в Staphylococcus aureus» . PLoS Патогены . 10 (3): e1003979. DOI : 10.1371 / journal.ppat.1003979 . PMC 3961350 . PMID 24651379 .
- ^ Tomasini A, Moreau K, Chicher J, Geissmann T., Vandenesch F, Romby P, Marzi S, Caldelari I (июнь 2017 г.). «РНК-таргетом некодирующей РНК Staphylococcus aureus RsaA: влияние на свойства поверхности клетки и защитные механизмы» . Исследования нуклеиновых кислот . 45 (11): 6746–6760. DOI : 10.1093 / NAR / gkx219 . PMC 5499838 . PMID 28379505 .
- ^ а б Марше А., Бон С., Булок П., Готере Д. (март 2010 г.). «RsaOG, новое семейство стафилококков высокотранскрибируемой некодирующей РНК» . Биология РНК . 7 (2): 116–119. DOI : 10,4161 / rna.7.2.10925 . PMID 20200491 .
- ^ Дарти К., Дениз А., Понти И. (август 2009 г.). «ВАРНА: Интерактивное рисование и редактирование вторичной структуры РНК» . Биоинформатика . 25 (15): 1974–1975. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btp250 . PMC 2712331 . PMID 19398448 .
- ^ Расмуссен С., Нильсен Х. Б., Джармер Х. (сентябрь 2009 г.). «Транскрипционно активные области в геноме Bacillus subtilis» . Молекулярная микробиология . 73 (6): 1043–1057. DOI : 10.1111 / j.1365-2958.2009.06830.x . PMC 2784878 . PMID 19682248 .
- ^ Ирнов I, Шарма CM, Vogel J, Winkler WC (октябрь 2010 г.). «Идентификация регуляторных РНК в Bacillus subtilis» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (19): 6637–6651. DOI : 10.1093 / NAR / gkq454 . PMC 2965217 . PMID 20525796 .
- ^ Дюран С., Браун Ф., Лиолиу Э., Ромилли С., Хелфер А.С., Кун Л., Квитто Н., Николас П., Ромби П., Кондон С. (февраль 2015 г.). «Малая РНК, регулируемая оксидом азота, контролирует экспрессию генов, участвующих в окислительно-восстановительном гомеостазе Bacillus subtilis» . PLoS Genetics . 11 (2): e1004957. DOI : 10.1371 / journal.pgen.1004957 . PMC 4409812 . PMID 25643072 .
- ^ Langbein I, Bachem S, Stülke J (ноябрь 1999 г.). «Специфическое взаимодействие РНК-связывающего домена транскрипционного антитерминатора GlcT bacillus subtilis с его РНК-мишенью, RAT». Журнал молекулярной биологии . 293 (4): 795–805. DOI : 10.1006 / jmbi.1999.3176 . PMID 10543968 .
- ^ Ширвин К.Э., Каллен Б.П., Иган Дж.Б. (июнь 2005 г.). «Транскрипционное вмешательство - ускоренный курс» . Тенденции в генетике . 21 (6): 339–345. DOI : 10.1016 / j.tig.2005.04.009 . PMC 2941638 . PMID 15922833 .
дальнейшее чтение
- Пишон С., Фельден Б. (октябрь 2005 г.). «Гены малых РНК экспрессируются с островов генома и патогенности Staphylococcus aureus со специфической экспрессией среди патогенных штаммов» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 102 (40): 14249–14254. DOI : 10.1073 / pnas.0503838102 . PMC 1242290 . PMID 16183745 .
- Altuvia S (июнь 2007 г.). «Идентификация бактериальных малых некодирующих РНК: экспериментальные подходы». Текущее мнение в микробиологии . 10 (3): 257–261. DOI : 10.1016 / j.mib.2007.05.003 . PMID 17553733 .
- Морфельд Э., Тейлор Д., фон Габайн А., Арвидсон С. (сентябрь 1995 г.). «Активация трансляции альфа-токсина в Staphylococcus aureus транскодируемой антисмысловой РНК, РНКIII» . Журнал EMBO . 14 (18): 4569–4577. DOI : 10.1002 / j.1460-2075.1995.tb00136.x . PMC 394549 . PMID 7556100 .
- Робертс К., Андерсон К.Л., Мерфи Е., Проян С.Дж., Маунтс В., Херлберт Б., Смелтцер М., Овербек Р., Дис Т., Данман П.М. (апрель 2006 г.). «Описание действия регулятора фактора вирулентности Staphylococcus aureus, SarA, на период полужизни мРНК в логарифмической фазе» . Журнал бактериологии . 188 (7): 2593–2603. DOI : 10.1128 / JB.188.7.2593-2603.2006 . PMC 1428411 . PMID 16547047 .
- Андерсон К.Л., Робертс К., Дисз Т., Вонштейн В., Хванг К., Овербек Р., Олсон П.Д., Проян С.Дж., Данман П.М. (октябрь 2006 г.). «Характеристика теплового шока, холодового шока, строгих и SOS-ответов Staphylococcus aureus и их влияния на лог-фазу оборота мРНК» . Журнал бактериологии . 188 (19): 6739–6756. DOI : 10.1128 / JB.00609-06 . PMC 1595530 . PMID 16980476 .
- Ханцингер Э., Буассе С., Савяну С., Бенито Ю., Гейссманн Т., Намане А., Лина Дж., Этьен Дж., Эресманн Б., Эресманн С., Жакье А., Ванденеш Ф., Ромби П. (февраль 2005 г.). «РНК III Staphylococcus aureus и эндорибонуклеаза III согласованно регулируют экспрессию гена spa» . Журнал EMBO . 24 (4): 824–835. DOI : 10.1038 / sj.emboj.7600572 . PMC 549626 . PMID 15678100 .
- Новик Р.П., Росс Х.Ф., Проян С.Дж., Корнблюм Дж., Крейсвирт Б., Могхазе С. (октябрь 1993 г.). «Синтез факторов вирулентности стафилококков контролируется регуляторной молекулой РНК» . Журнал EMBO . 12 (10): 3967–3975. DOI : 10.1002 / j.1460-2075.1993.tb06074.x . PMC 413679 . PMID 7691599 .
- Bohn C, Rigoulay C, Bouloc P (февраль 2007 г.). «Отсутствие заметного эффекта отсутствия РНК-связывающего белка Hfq у Staphylococcus aureus» . BMC Microbiology . 7 : 10. DOI : 10,1186 / 1471-2180-7-10 . PMC 1800855 . PMID 17291347 .