Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Стрептавидин-связывающий пептид (САД) -tag представляет собой 38- аминокислоту последовательности , которые могут быть сконструированы в рекомбинантные белки . Рекомбинантные белки, содержащие SBP-Tag, связываются со стрептавидином, и это свойство можно использовать в определенных стратегиях очистки, обнаружения или иммобилизации. [ необходима цитата ]

Последовательность тега SBP - MDEKTTGWRGGHVVEGLAGELEQLRARLEHHPQGQREP. [1]

Открытие [ править ]

Связывающий стрептавидин пептид был обнаружен в библиотеке из семи триллионов стохастически генерируемых пептидов с использованием метода отбора мРНК in vitro . Селекцию проводили инкубацией со стрептавидин-агарозой с последующим элюированием биотином . [2] Было показано, что SBP-Tag связывает стрептавидин с константой равновесной диссоциации 2,5 нМ [1] [2] и легко элюируется биотином в естественных условиях. [1] [2]

Приложения [ править ]

Очистка белков [ править ]

Благодаря мягким условиям элюирования (биотин плюс промывочный буфер) белки, меченные SBP, могут быть получены в относительно чистом состоянии за одну стадию очистки. [1] [3] [4] Существует несколько относительно распространенных белков млекопитающих, которые по своей природе связаны с матрицами IMAC, которые связываются с более часто используемым полигистидиновым тегом (His-tag). По этой причине протоколы очистки, отличные от IMAC, в том числе с использованием SBP-Tag, часто являются предпочтительными для белков, которые экспрессируются в клетках млекопитающих. [ необходима цитата ]

Очистка протеинового комплекса [ править ]

Комплексы взаимодействующих белков также могут быть очищены с использованием SBP-Tag, поскольку элюирование биотином позволяет извлекать их в условиях, в которых желаемые комплексы остаются связанными. Например, комплекс Condensin был очищен Kim et al. [2010], а комплексы с коактиватором транскрипции TAZ были очищены Zhang et al. [2009]. SBP-Tag также был включен в несколько систем тандемной аффинной очистки (TAP), в которых используются последовательные стадии очистки с несколькими метками, например, слитые белки GFP и комплексы BTK- белок были очищены с использованием протокола TAP с SBP-Tag и His-Tag, [5][6] HDGF- белковые комплексы очищали с использованием протокола TAP с SBP-Tag и с FLAG-тегом [7] икомплексы Wnt очищали с использованием протокола TAP с SBP-Tag и с [Calmodulin-Tag]. [8] TAP обычно используется с белковыми комплексами, и в нескольких исследованиях сообщается о значительном улучшении чистоты и выхода при сравнении систем SBP-Tag TAP с системами без SBP-Tag. [9] [10] [11] Коммерческие TAP-системы, в которых используется SBP-Tag, включают Interplay® аденовирусные и TAP-системы млекопитающих, продаваемые Agilent Technologies , аналогичные продукты продаются Sigma-Aldrich . [12]

Протеомика [ править ]

Экраны для биологически значимых белок-белковых взаимодействий , были выполнены с использованием тандемного аффинной очистки (TAP) с SBP-Tag и белка А , [10] для протеомики взаимодействия и фактора транскрипции комплексов с SBP-Tag и белка G , [10] [ 13] для белков, которые взаимодействуют с белком DENV-2 NS4A вируса денге с помощью SBP-Tag и Calmodulin Tag. [14], а также для белков, которые взаимодействуют с протеинфосфатазой 2A (PP2A) с помощью SBP-Tag и гемагглютинина (HA) -tag. [11]

Изображение [ править ]

SBP-Tag также будет связываться со стрептавидином или реагентами стрептавидина в растворе. Приложения этих сконструированных ассоциаций включают визуализацию конкретных белков в живых клетках, [15] мониторинг кинетики трансляции отдельных белков в системе трансляции in vitro, [16] контроль интеграции многопролетного мембранного белка в эндоплазматический ретикулум путем сплавления SBP-метки к последовательности транслокации N-концевой и затем останавливая интеграцию с стрептавидином и перезапуск интеграции с биотином. [17] [18] Флуоресцентные стрептавидиновые реагенты (например, стрептавидин-HRP) можно использовать для визуализации SBP-метки с помощью иммуноблоттинга SDS-PAGE. [1] [19][20] Кроме того, коммерчески доступны антитела к SBP-метке. [ необходима цитата ]

Поверхностный плазмонный резонанс [ править ]

SBP-Tag использовался для обратимой иммобилизации рекомбинантных белков на функционализированных стрептавидином поверхностях, что позволяет проводить оценку взаимодействия, например, методами поверхностного плазмонного резонанса (SPR) с повторным использованием функционализированной поверхности. [21] SPR также использовался для сравнения SBP-Tag с другими стрептавидин-связывающими пептидами, такими как Strep-tag . [22]

См. Также [ править ]

  • Белковая метка

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c d e Киф, Энтони Д.; Уилсон, Дэвид С .; Зилиг, Буркхард; Шостак, Джек В. (2001). «Одностадийная очистка рекомбинантных белков с использованием пептида, связывающего стрептавидин с наномолярной аффинностью, SBP-Tag». Экспрессия и очистка белков . 23 (3): 440–6. DOI : 10,1006 / prep.2001.1515 . PMID  11722181 .
  2. ^ a b c Уилсон, Дэвид С .; Киф, Энтони Д .; Шостак, Джек В. (2001). «Использование мРНК для выбора пептидов, связывающих белок с высоким сродством» . Труды Национальной академии наук . 98 (7): 3750–5. Bibcode : 2001PNAS ... 98.3750W . DOI : 10.1073 / pnas.061028198 . PMC 31124 . PMID 11274392 .  
  3. ^ Итикава, Мунэёси; Ватанабэ, Юта; Мураяма, Такаши; Тойосима, Йоко Яно (2011). «Рекомбинантная человеческая тяжелая цепь 1 и 2 цитоплазматического динеина: наблюдение за двигательной активностью динеина-2 in vitro». Письма FEBS . 585 (15): 2419–23. DOI : 10.1016 / j.febslet.2011.06.026 . PMID 21723285 . S2CID 27909093 .  
  4. ^ Ли, Фэн; Эррера, Джереми; Чжоу, Шарлин; Маслов, Дмитрий А .; Симпсон, Ларри (2011). «Трипаносома REH1 представляет собой РНК-геликазу, участвующую в 3'-5'-полярном редактировании множественной гРНК-управляемой вставки / делеции РНК уридина» . Труды Национальной академии наук . 108 (9): 3542–7. Bibcode : 2011PNAS..108.3542L . DOI : 10.1073 / pnas.1014152108 . PMC 3048136 . PMID 21321231 .  
  5. ^ Ли, Ифэн; Франклин, Сара; Чжан, Майкл Дж .; Вондриска, Томас М. (2011). «Высокоэффективная очистка белковых комплексов из клеток млекопитающих с использованием нового стрептавидин-связывающего пептида и тандемной системы тегов гексагистидина: приложение к тирозинкиназе Брутона» . Белковая наука . 20 (1): 140–9. DOI : 10.1002 / pro.546 . PMC 3047070 . PMID 21080425 .  
  6. ↑ Кобаяси, Такуя; Морон, Нобухиро; Кашияма, Таку; Оямада, Хидето; Куребаяши, Нагоми; Мураяма, Такаши (2008). Имхоф, Аксель (ред.). «Разработка новой многофункциональной зеленой флуоресцентной белковой метки для широкого спектра исследований белков» . PLOS ONE . 3 (12): e3822. Bibcode : 2008PLoSO ... 3.3822K . DOI : 10.1371 / journal.pone.0003822 . PMC 2585475 . PMID 19048102 .  
  7. ^ Чжао, Цзянь; Ю, Хунсю; Линь, Линг; Вт, июн; Цай, Лили; Чен, Яньмэй; Чжун, Фань; Линь, Чэнчжао; и другие. (2011). «Интерактомное исследование предполагает множественные клеточные функции фактора роста гепатомы (HDGF)». Журнал протеомики . 75 (2): 588–602. DOI : 10.1016 / j.jprot.2011.08.021 . PMID 21907836 . 
  8. ^ Альстрем, Роберт; Ю, Алан С.Л. (2009). «Характеристика киназной активности белкового комплекса WNK4» . AJP: Почечная физиология . 297 (3): F685–92. DOI : 10,1152 / ajprenal.00358.2009 . PMC 2739714 . PMID 19587141 .  
  9. ^ Кириакакис, Филипп П .; Чаевые, Марла; Абед, Лука; Веракса, Алексей (2008). «Тандемная аффинная очистка у дрозофилы: преимущества системы GS-TAP» . Лети . 2 (4): 229–35. DOI : 10.4161 / fly.6669 . PMID 18719405 . 
  10. ^ a b c Bürckstümmer, Tilmann; Беннетт, Кейрин Л; Прерадович, Адрияна; Шютце, Грегор; Ханшель, Оливер; Суперти-Фурга, Джулио; Баух, Анджела (2006). «Эффективная тандемная процедура очистки сродства для протеомики взаимодействия в клетках млекопитающих». Природные методы . 3 (12): 1013–9. DOI : 10.1038 / nmeth968 . PMID 17060908 . S2CID 7069058 .  
  11. ^ a b Glatter, Тимо; Wepf, Александр; Эберсольд, Руеди; Гштайгер, Маттиас (2009). «Интегрированный рабочий процесс для построения графиков протеома человеческого взаимодействия: понимание системы PP2A» . Молекулярная системная биология . 5 (1): 237. DOI : 10.1038 / msb.2008.75 . PMC 2644174 . PMID 19156129 .  
  12. ^ Ли, Ифэн (2011). «Технология тандемной аффинной очистки: обзор». Письма о биотехнологии . 33 (8): 1487–99. DOI : 10.1007 / s10529-011-0592-х . PMID 21424840 . S2CID 157683 .  
  13. ^ Ван Лин, Джелле; Экхаут, Доминик; Персиу, Герт; Ван Де Слейке, Эвелин; Геринк, Ян; Ван Истердаэль, Герт; Виттерс, Эрвин; Де Джагер, Герт (2011). «Выделение комплексов факторов транскрипции из суспензионных культур клеток Arabidopsis с помощью тандемной аффинной очистки». В Юань, Линь; Перри, Шарин Э (ред.). Факторы транскрипции растений . Методы молекулярной биологии. 754 . С. 195–218. DOI : 10.1007 / 978-1-61779-154-3_11 . ISBN 978-1-61779-153-6. PMID  21720954 .
  14. ^ Анвар, Азлинда; Леонг, км; Ng, Mary L .; Чу, Джастин JH; Гарсия-Бланко, Мариано А. (2009). «Белок, связывающийся с полипиримидиновым трактом, необходим для эффективного распространения вируса денге и связан с механизмом репликации вирусов» . Журнал биологической химии . 284 (25): 17021–9. DOI : 10.1074 / jbc.M109.006239 . PMC 2719340 . PMID 19380576 .  
  15. ^ Макканн, Кори М .; Bareyre, Florence M .; Lichtman, Jeff W .; Санес, Джошуа Р. (2005). «Пептидные метки для маркировки мембранных белков в живых клетках с помощью нескольких флуорофоров» . Биотехнологии . 38 (6): 945–52. DOI : 10.2144 / 05386IT02 . PMID 16018556 . 
  16. ↑ Такахаши, Шунтаро; Иида, Масааки; Фурусава, Хироюки; Симидзу, Ёсихиро; Уэда, Такуя; Окахата, Йошио (2009). "Мониторинг бесклеточного трансляции в режиме реального времени на кварцевых микровесах". Журнал Американского химического общества . 131 (26): 9326–32. DOI : 10.1021 / ja9019947 . PMID 19518055 . 
  17. ^ Кид, Yuichiro; Моримото, Фумико; Сакагути, Масао (2007). «Два транслокационных гидрофильных сегмента растущей цепи охватывают мембрану ER во время многопрочного белкового топогенеза» . Журнал клеточной биологии . 179 (7): 1441–52. DOI : 10,1083 / jcb.200707050 . PMC 2373506 . PMID 18166653 .  
  18. ^ Kida, Y .; Моримото, Ф .; Сакагути, М. (2008). «Последовательность якоря сигнала обеспечивает движущую силу для транслокации полипептидной цепи через мембрану эндоплазматической ретикулума» . Журнал биологической химии . 284 (5): 2861–6. DOI : 10.1074 / jbc.M808020200 . PMID 19010775 . 
  19. ^ Эдельманн, Мариола Дж .; Ифефер, Александр; Акуцу, Масато; Алтун, Микаэль; Ди Глерия, Каталин; Kramer, Holger B .; Фибигер, Эдда; Де-Паганон, Сирано; Кесслер, Бенедикт М. (2009). «Структурные основы и специфичность человеческого деубиквитинирования, опосредованного отубаином-1». Биохимический журнал . 418 (2): 379–90. DOI : 10.1042 / BJ20081318 . PMID 18954305 . 
  20. ^ Хоер, Саймон; Смит, Лоррейн; Ленер, Пол Дж. (2007). «MARCH-IX опосредует убиквитинирование и подавление ICAM-1» . Письма FEBS . 581 (1): 45–51. DOI : 10.1016 / j.febslet.2006.11.075 . PMID 17174307 . S2CID 22461058 .  
  21. ^ Ли, Юн-Джин; Би, Ли-Цзюнь; Чжан, Сиань-Энь; Чжоу Я-Фэн; Чжан, Цзи-Бинь; Чен, юань-юань; Ли, Вэй; Чжан, Чжи-Пин (2006). «Обратимая иммобилизация белков с аффинными метками стрептавидина на чипе биосенсора поверхностного плазмонного резонанса». Аналитическая и биоаналитическая химия . 386 (5): 1321–6. дои : 10.1007 / s00216-006-0794-6 . PMID 17006676 . S2CID 6074268 .  
  22. ^ Хуанг, Сюй; Чжан, Сиань-Энь; Чжоу Я-Фэн; Чжан, Чжи-Пин; Кэсс, Энтони Э. Г. (2007). «Создание высокочувствительной репортерной системы щелочной фосфатазы Escherichia coli для скрининга аффинных пептидов». Журнал биохимических и биофизических методов . 70 (3): 435–9. DOI : 10.1016 / j.jbbm.2006.10.006 . PMID 17156847 . 

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Ким, Джи Хун; Чанг, Цз М; Грэм, Элисон Н; Choo, K HA; Калицис, Пол; Хадсон, Дэмиен Ф (2010). «SMC2, помеченный стрептавидин-связывающим пептидом (SBP), обеспечивает одностадийную аффинную флуоресценцию, блоттинг или очистку комплекса конденсина» . BMC Biochemistry . 11 : 50. DOI : 10,1186 / 1471-2091-11-50 . PMC  3022668 . PMID  21194474 .
  • Чжан, Хэн; Лю, Чэнь-Инь; Чжа, Чжэн-Ю; Чжао, Бинь; Яо, Цзюнь; Чжао, Шимин; Сюн, Юэ; Лэй, Цюнь-Инь; Гуань, Кунь-Лян (2009). «Факторы транскрипции TEAD опосредуют функцию TAZ в росте клеток и эпителиально-мезенхимальном переходе» . Журнал биологической химии . 284 (20): 13355–62. DOI : 10.1074 / jbc.M900843200 . PMC  2679435 . PMID  19324877 .