Из Википедии, бесплатной энциклопедии
  (Перенаправлено с мяРНК U6 )
Перейти к навигации Перейти к поиску
Сплайсосомная РНК U6
RF00026.jpg
Прогнозируемая вторичная структура и сохранение последовательности U6
Идентификаторы
СимволU6
РфамRF00026
Прочие данные
Тип РНКДжин ; мяРНК ; сращивание
Домен (ы)Эукариоты
ИДТИGO: 0000351 GO: 0000353 GO: 0030621 GO: 0005688 GO: 0046540
ТАКТАК: 0000396
Структуры PDBPDBe

U6 snRNA - это некодирующий компонент малой ядерной РНК (snRNA) в U6 snRNP ( малый ядерный рибонуклеопротеин ), комплекс РНК-белок, который объединяется с другими snRNP, немодифицированной пре-мРНК и различными другими белками для сборки сплайсосомы , большой Молекулярный комплекс РНК-белок, катализирующий удаление интронов из пре-мРНК . Сращивание или удаление интронов , является одним из основных аспектов пост-транскрипционных модификаций и имеет место только в ядре из эукариот .

Последовательность РНК U6 является наиболее высококонсервативной среди всех видов из всех пяти snRNAs, участвующих в сплайсосоме, [1] предполагая, что функция U6 snRNA осталась как критической, так и неизменной в ходе эволюции.

В геномах позвоночных часто можно найти множество копий гена мяРНК U6 или псевдогенов, производных от U6 . [2] Такое преобладание «резервных копий» гена мяРНК U6 у позвоночных дополнительно указывает на его эволюционное значение для жизнеспособности организма.

Ген мяРНК U6 был выделен у многих организмов [3], включая C. elegans . [4] Среди них пекарские дрожжи ( Saccharomyces cerevisiae ) являются широко используемым модельным организмом при изучении мяРНК.

Структура и каталитический механизм мяРНК U6 напоминает структуру V домена интронов группы II. [5] [6] Считается, что образование тройной спирали в мяРНК U6 играет важную роль в сплайсинговой активности, где ее роль заключается в переносе каталитического сайта в сайт сплайсинга. [6]

Роль [ править ]

Специфичность пары оснований мяРНК U6 позволяет мяРНП U6 прочно связываться с мяРНК U4 и свободно с мяРНК U5 тройной мяРНП во время начальной фазы реакции сплайсинга. По мере развития реакции мяРНК U6 распаковывается из U4 и связывается с мяРНК U2. На каждой стадии этой реакции вторичная структура мяРНК U6 претерпевает обширные конформационные изменения. [7]

Ассоциация мяРНК U6 с 5'-концом интрона посредством спаривания оснований во время реакции сплайсинга происходит до образования лариатного (или лассо-образного ) интермедиата и требуется для продолжения процесса сплайсинга. Ассоциация U6 snRNP с U2 snRNP с помощью спаривания оснований образует U6-У2 комплекс, структура , которая включает в себя активный сайт в сплайсосома . [8] : 433–437

Вторичная структура [ править ]

В то время как предполагаемая вторичная структура согласованного спаривания оснований ограничена короткой 5' -петлей , гораздо более обширные структуры были предложены для конкретных организмов, таких как дрожжи. [9] В дополнение к 5 'петле ствола, все подтвержденные мяРНК U6 могут образовывать предложенную 3' внутримолекулярную петлю ствола. [10]

Комплекс мяРНК U4 / U6

Известно, что мяРНК U6 формирует обширные взаимодействия пар оснований с мяРНК U4 . [11] Было показано, что это взаимодействие является взаимоисключающим с взаимодействием 3 'внутримолекулярной петли ствола. [7]

Связанные белки [ править ]

Lsm Связывание мяРНК U6

Обнаружено, что свободная мяРНК U6 связана с белками Prp24 и LSms.. Считается, что Prp24 образует промежуточный комплекс с мяРНК U6, чтобы способствовать обширному спариванию оснований между мяРНК U4 и U6, а Lsms могут способствовать связыванию Prp24. Было определено приблизительное расположение этих связывающих белок доменов, и позже белки были визуализированы с помощью электронной микроскопии. Это исследование предполагает, что в свободной форме U6 Prp24 связывается с телестемкой, а богатый уридином 3'-хвост U6 snRNA проходит через кольцо Lsms. Другой важный белок, связанный с NTC, связанный с U6, - это Cwc2, который за счет взаимодействия с важными каталитическими элементами РНК индуцирует образование функционального каталитического ядра в сплайсосоме. Cwc2 и U6 достигают образования этого комплекса за счет взаимодействия с ISL и регионами, расположенными рядом с сайтом 5 'сплайсинга. [12]

См. Также [ править ]

  • Минорная сплайсосомная РНК U6atac

Ссылки [ править ]

  1. ^ Брови DA, Guthrie C (июль 1988). «Сплайсосомная РНК U6 замечательно сохраняется от дрожжей до млекопитающих». Природа . 334 (6179): 213–8. Bibcode : 1988Natur.334..213B . DOI : 10.1038 / 334213a0 . PMID  3041282 . S2CID  4236176 .
  2. Перейти ↑ Marz M, Kirsten T, Stadler PF (декабрь 2008 г.). «Эволюция генов spliceosomal snRNA у многоклеточных животных» . Журнал молекулярной эволюции (Представленная рукопись). 67 (6): 594–607. Bibcode : 2008JMolE..67..594M . DOI : 10.1007 / s00239-008-9149-6 . PMID 19030770 . S2CID 18830327 .  
  3. ^ Андерсон MA, Перселл J, Verkuijl SA, Norman VC, Leftwich PT, Harvey-Samuel T, Alphey LS (март 2020 г.). «Проверка промоторов Pol III in vitro» . Синтетическая биология ACS . 9 (3): 678–681. DOI : 10.1021 / acssynbio.9b00436 . PMC 7093051 . PMID 32129976 .  
  4. ^ Томас Дж, Ли К, Закер-Aprison Е, Т Блюменталь (май 1990 г.). «Сплайсосомные мяРНК Caenorhabditis elegans» . Исследования нуклеиновых кислот . 18 (9): 2633–42. DOI : 10.1093 / NAR / 18.9.2633 . PMC 330746 . PMID 2339054 .  
  5. ^ Toor N, Keating KS, Taylor SD, Пайл AM (апрель 2008). «Кристаллическая структура самосплайсированного интрона группы II» . Наука . 320 (5872): 77–82. Bibcode : 2008Sci ... 320 ... 77T . DOI : 10.1126 / science.1153803 . PMC 4406475 . PMID 18388288 .  
  6. ^ a b Fica SM, Mefford MA, Piccirilli JA, Staley JP (май 2014 г.). «Доказательства наличия интроноподобного каталитического триплекса группы II в сплайсосоме» . Структурная и молекулярная биология природы . 21 (5): 464–471. DOI : 10.1038 / nsmb.2815 . PMC 4257784 . PMID 24747940 .  
  7. ^ a b Fortner DM, Troy RG, Brow DA (январь 1994 г.). «Ствол / петля в РНК U6 определяет конформационный переключатель, необходимый для сплайсинга пре-мРНК» . Гены и развитие . 8 (2): 221–33. DOI : 10,1101 / gad.8.2.221 . PMID 8299941 . 
  8. ^ Уивер, Роберт Дж. (2008). Молекулярная биология . Бостон: Высшее образование Макгроу Хилла. ISBN 978-0-07-127548-4.
  9. ^ Карадуман R, Фабрицио P, Хартмут K, Urlaub H, Люрманн R (март 2006). «Структура РНК и взаимодействия РНК-белок в очищенных дрожжевых мяРНП U6». Журнал молекулярной биологии . 356 (5): 1248–62. DOI : 10.1016 / j.jmb.2005.12.013 . hdl : 11858 / 00-001M-0000-0012-E5F7-6 . PMID 16410014 . 
  10. ↑ Butcher SE, Brow DA (июнь 2005 г.). «К пониманию структуры каталитического ядра сплайсосомы». Труды биохимического общества . 33 (Pt 3): 447–9. DOI : 10.1042 / BST0330447 . PMID 15916538 . 
  11. ^ Орум Н, Н Нильсен, Энгберг J (ноябрь 1991). «Сплайсосомные малые ядерные РНК Tetrahymena thermophila и некоторые возможные взаимодействия спаривания оснований мяРНК-мяРНК». Журнал молекулярной биологии . 222 (2): 219–32. DOI : 10.1016 / 0022-2836 (91) 90208-N . PMID 1960724 . 
  12. ^ Rasche N, Dybkov O, Schmitzová J, Akyildiz B, Fabrizio P, Lührmann R (март 2012). «Cwc2 и его человеческий гомолог RBM22 способствуют активной конформации каталитического центра сплайсосомы» . Журнал EMBO . 31 (6): 1591–604. DOI : 10.1038 / emboj.2011.502 . PMC 3321175 . PMID 22246180 .  

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Zwieb C (январь 1997 г.). «База данных уРНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 25 (1): 102–3. DOI : 10.1093 / NAR / 25.1.102 . PMC  146409 . PMID  9016512 .

Внешние ссылки [ править ]

  • Страница для сплайсосомной РНК U6 в Rfam