5-Этинил-2'-дезоксиуридин ( EdU ) представляет собой аналог тимидина, который встраивается в ДНК делящихся клеток. EdU используется для анализа синтеза ДНК в культуре клеток и обнаружения клеток эмбриональных, неонатальных и взрослых животных, подвергшихся синтезу ДНК. [1] Несмотря на то, что в высоких дозах она может быть цитотоксичной, в настоящее время эта молекула широко используется для отслеживания пролиферирующих клеток во многих биологических системах.
Имена | |
---|---|
Предпочтительное название IUPAC 5-Этинил-1 - [(2 R , 4 S , 5 R ) -4-гидрокси-5- (гидроксиметил) оксолан-2-ил] пиримидин-2,4 (1 H , 3 H ) -дион | |
Другие названия 2'-дезокси-5-этинилуридин; 5-этинил-2'-дезоксиуридин | |
Идентификаторы | |
3D модель ( JSmol ) | |
Сокращения | EdU |
ЧЭМБЛ | |
ChemSpider | |
ECHA InfoCard | 100.230.902 |
MeSH | 5-этинил-2'-дезоксиуридин |
PubChem CID | |
UNII | |
Панель управления CompTox ( EPA ) | |
| |
| |
Характеристики | |
C 11 H 12 N 2 O 5 | |
Молярная масса | 252,226 г · моль -1 |
Если не указано иное, данные приведены для материалов в их стандартном состоянии (при 25 ° C [77 ° F], 100 кПа). | |
проверить ( что есть ?) | |
Ссылки на инфобоксы | |
EdU-мечение позволяет выделять клетки без денатурирующей РНК, что позволяет исследователям определять профиль транскрипции клеток. [2] Этот подход использовался для оценки транскрипции в нейрональных клетках [3] и тканях [4] , которые недавно разделились либо in vitro, либо in vivo .
Обнаружение
EdU обнаруживается флуоресцентным азидом, который образует ковалентную связь с использованием щелочной химии . [1] [5] В отличие от обычно используемого бромдезоксиуридина , для обнаружения EdU не требуется термической или кислотной обработки. EdU, включенный в ДНК, вызывает повреждение ДНК , в первую очередь во время репликации ДНК , что отражается в фосфорилировании гистона H2AX , остановке развития клеточного цикла и апоптозе . [6]
Рекомендации
- ^ a b Chehrehasa, F; Meedeniya, AC; Dwyer, P; Abrahamsen, G; Mackay-Sim, A (февраль 2009 г.). «EdU, новый аналог тимидина для мечения пролиферирующих клеток нервной системы». J. Neurosci. Методы . 177 (1): 122–30. DOI : 10.1016 / j.jneumeth.2008.10.006 . ЛВП : 10072/25744 . PMID 18996411 . S2CID 21427874 .
- ^ Эндая, Бервини; Кавана, Брентон; Аловайди, Фейсал; Уокер, Том; Пеннингтон, Николас де; Ng, Jin-Ming A .; Лам, Паула Ю.П .; Маккей-Сим, Алан; Неузил, Иржи (2016). «Выделение делящихся нервных клеток и опухолевых клеток головного мозга для профилирования экспрессии генов». Журнал методов неврологии . 257 : 121–133. DOI : 10.1016 / j.jneumeth.2015.09.020 . PMID 26432933 . S2CID 44969376 .
- ^ Endaya, Berwini B .; Лам, Паула Ю.П .; Медения, Адриан CB; Неузил, Иржи (01.01.2016). «Транскрипционное профилирование делящихся опухолевых клеток обнаруживает внутриопухолевую гетерогенность, связанную с пролиферацией клеток в модели опухоли головного мозга» . Молекулярная онкология . 10 (1): 126–137. DOI : 10.1016 / j.molonc.2015.09.001 . ISSN 1878-0261 . PMC 5528932 . PMID 26388584 .
- ^ Нг, Хуэй Сюань; Ли, Эан Пхинг; Cavanagh, Brenton L .; Бритто, Джоанн М .; Тан, Сеонг-Сен (2017). «Метод выделения кортикальных интернейронов с одинаковыми днями рождения для изучения экспрессии генов». Экспериментальная неврология . 295 : 36–45. DOI : 10.1016 / j.expneurol.2017.05.006 . PMID 28511841 . S2CID 3377296 .
- ^ Кавана, Брентон; Уокер, Т; Норазит, А; Медения, AC (15 сентября 2011 г.). «Аналоги тимидина для отслеживания синтеза ДНК» . Молекулы . 16 (9): 7980–93. DOI : 10,3390 / молекулы16097980 . PMC 6264245 . PMID 21921870 .
- ^ Чжао, H; Галика, HD; Ли, Дж; Biela, E; Берняк, К; Dobrucki, J; Darzynkiewicz, Z (ноябрь 2013 г.). «Сигнализация повреждения ДНК, нарушение развития клеточного цикла и апоптоз, вызванный 5-этинил-2'-дезоксиуридином, включенным в ДНК» . Цитометрии . 83 (11): 979–88. DOI : 10.1002 / cyto.a.22396 . PMC 3846616 . PMID 24115313 .
Внешние ссылки
- СМИ, связанные с EdU на Викискладе?