Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Пример данных AFLP с прибора капиллярного электрофореза

AFLP-PCR или просто AFLP - это основанный на ПЦР инструмент, используемый в генетических исследованиях, дактилоскопии ДНК и в практике генной инженерии . Разработанная в начале 1990 - х лет Keygene , [1] AFLP использует ферменты рестрикции для переваривания геномной ДНК , с последующим лигированием с адаптерами к липким концам этих фрагментов рестрикции . Затем выбирается подмножество рестрикционных фрагментов для амплификации. Такой отбор достигается за счет использования праймеров.комплементарен адапторной последовательности, последовательности сайта рестрикции и нескольким нуклеотидам внутри фрагментов сайта рестрикции (как подробно описано ниже). Амплифицированные фрагменты разделяют и визуализируют при денатурировании на электрофорезе в агарозном геле либо с помощью методов авторадиографии или флуоресценции , либо с помощью инструментов автоматического капиллярного секвенирования.

Хотя AFLP не следует использовать в качестве аббревиатуры, его обычно называют «полиморфизмом длины амплифицированного фрагмента». Однако полученные данные оцениваются не как полиморфизмы длины, а как полиморфизмы присутствия-отсутствия. [2]

AFLP-PCR - высокочувствительный метод обнаружения полиморфизмов в ДНК . Этот метод был первоначально описан Восом и Забо в 1993 году. [3] [2] Подробно процедура этого метода разделена на три этапа:

  1. Переваривание тотальной клеточной ДНК одним или несколькими рестрикционными ферментами и лигирование рестрикционных полуузельных адаптеров со всеми рестрикционными фрагментами.
  2. Селективная амплификация некоторых из этих фрагментов с двумя праймерами ПЦР, которые имеют соответствующие последовательности адаптера и сайта рестрикции.
  3. Электрофоретическое разделение по ампликонов на гелевой матрице, а затем визуализации картины полос.

Приложения [ править ]

Анализ филогении AFLP с использованием дендрограммы

Технология AFLP позволяет одновременно обнаруживать различные полиморфизмы в разных областях генома. Он также очень чувствителен и воспроизводим. В результате AFLP стал широко использоваться для идентификации генетической изменчивости штаммов или близкородственных видов растений, грибов, животных и бактерий. Технология AFLP использовалась в криминальных тестах и ​​тестах на отцовство, а также для определения небольших различий внутри популяций и в исследованиях сцепления для создания карт для анализа локуса количественных признаков (QTL).

AFLP обладает множеством преимуществ по сравнению с другими маркерными технологиями, включая случайно амплифицированную полиморфную ДНК ( RAPD ), полиморфизм длины рестрикционных фрагментов (RFLP) и микросателлиты . AFLP не только обладает более высокой воспроизводимостью, разрешением и чувствительностью на уровне всего генома по сравнению с другими методами [4], но также имеет возможность амплифицировать от 50 до 100 фрагментов за один раз. Кроме того, для амплификации не требуется никакой предварительной информации о последовательности (Meudt & Clarke 2007). [5] В результате AFLP стал чрезвычайно полезным при изучении таксонов, включая бактерии, грибы и растения, где многое еще неизвестно о геномном составе различных организмов.

Технология AFLP защищена патентами и патентными заявками Keygene NV AFLP является зарегистрированным товарным знаком Keygene NV.

Ссылки [ править ]

  1. ^ "Keygene.com" . Проверено 10 февраля 2013 года .
  2. ^ а б Вос П., Хогерс Р., Бликер М. и др. (Ноябрь 1995 г.). «AFLP: новая техника для снятия отпечатков пальцев ДНК» . Nucleic Acids Res . 23 (21): 4407–14. DOI : 10.1093 / NAR / 23.21.4407 . PMC 307397 . PMID 7501463 .  
  3. ^ Zabeau, M и P. Вос. 1993. Селективная амплификация рестрикционных фрагментов: общий метод снятия отпечатков пальцев ДНК. Европейское патентное ведомство, публикация 0 534 858 A1, бюллетень 93/13.
  4. ^ Mueller UG, Wolfenbarger LL (октябрь 1999). «Генотипирование AFLP и дактилоскопия». Trends Ecol. Evol . 14 (10): 389–394. CiteSeerX 10.1.1.115.2957 . DOI : 10.1016 / S0169-5347 (99) 01659-6 . PMID 10481200 .  
  5. ^ Мойдт HM, Кларк AC (март 2007). «Почти забытая или новейшая практика? Применение AFLP, анализ и достижения». Trends Plant Sci . 12 (3): 106–17. DOI : 10.1016 / j.tplants.2007.02.001 . PMID 17303467 . 

Внешние ссылки [ править ]

Программное обеспечение для анализа данных AFLP

  • BioNumerics Одна универсальная платформа для управления и анализа всех ваших биологических данных, включая AFLP
  • KeyGene Quantar Suite Универсальное программное обеспечение для оценки маркеров
  • Программное обеспечение для анализа фрагментов SoftGenetics GeneMarker

Бесплатное ПО для анализа данных AFLP

  • SourceForge Genographer Бесплатное программное обеспечение для ручного подсчета очков (приложение Java)
  • SourceForge RawGeno Бесплатная автоматическая оценка (среда R CRAN, включая удобный графический интерфейс)

Онлайн-программы для моделирования AFLP-PCR

  • АЛФИ - BПрокариоты или загруженные последовательности
  • In silico AFLP-PCR для прокариот , некоторых эукариот или загруженных последовательностей
  • Ферменты для биолабораторий AFLP Новой Англии
  • Заметка о технологиях AFLP на KeyGene
  • Приложения AFLP