Из Википедии, бесплатной энциклопедии
  (Перенаправлено с ChIP-Seq )
Перейти к навигации Перейти к поиску

ChIP-секвенирование , также известное как ChIP-seq , - это метод, используемый для анализа взаимодействия белков с ДНК . ChIP-seq сочетает в себе иммунопреципитацию хроматина (ChIP) с массивно-параллельным секвенированием ДНК для идентификации сайтов связывания ДНК-ассоциированных белков. Его можно использовать для точного картирования глобальных сайтов связывания для любого интересующего белка. Раньше ChIP-on-Chip был наиболее распространенной техникой, используемой для изучения этих отношений белок-ДНК.

Использует [ редактировать ]

ChIP-seq в основном используется для определения того, как факторы транскрипции и другие ассоциированные с хроматином белки влияют на механизмы, влияющие на фенотип . Определение того, как белки взаимодействуют с ДНК для регулирования экспрессии генов , необходимо для полного понимания многих биологических процессов и болезненных состояний. Эта эпигенетическая информация дополняет анализ генотипа и экспрессии. Технология ChIP-seq в настоящее время рассматривается в первую очередь как альтернатива ChIP-chip, для которой требуется массив гибридизации.. Это вносит некоторую предвзятость, поскольку массив ограничен фиксированным числом датчиков. Секвенирование, напротив, считается менее систематическим, хотя систематическая ошибка различных технологий секвенирования еще полностью не изучена. [1]

Специфические участки ДНК, находящиеся в прямом физическом взаимодействии с факторами транскрипции и другими белками, могут быть выделены иммунопреципитацией хроматина . ChIP производит библиотеку сайтов-мишеней ДНК, связанных с интересующим белком. Анализы массово параллельных последовательностей используются в сочетании с базами данных полногеномных последовательностей для анализа паттерна взаимодействия любого белка с ДНК [2] или паттерна любых эпигенетических модификаций хроматина . Это может быть применено к набору ChIP-способных белков и модификаций, таких как факторы транскрипции, полимеразы и механизмы транскрипции , структурные белки , модификации белков и модификации ДНК.. [3] В качестве альтернативы зависимости от специфических антител, различные методы были разработаны , чтобы найти надмножество всех нуклеосом обедненных или нуклеосомы-разрушенные активных регуляторных областей в геноме, как ДНКазы-Seq [4] и FAIRE-Seq . [5] [6]

Рабочий процесс ChIP-секвенирования [ править ]

Рабочий процесс ChIP-секвенирования

ЧИП [ править ]

ChIP - это мощный метод селективного обогащения последовательностей ДНК, связанных определенным белком в живых клетках . Однако широкое использование этого метода ограничено отсутствием достаточно надежного метода для идентификации всех обогащенных последовательностей ДНК. Протокол влажной лаборатории ChIP содержит ChIP и гибридизацию. По сути, протокол ChIP [7] состоит из пяти частей, которые помогают лучше понять общий процесс ChIP. Чтобы выполнить ЧИП, первым шагом является сшивание [8]используя формальдегид и большие партии ДНК, чтобы получить полезное количество. Поперечные связи осуществляются между белком и ДНК, а также между РНК и другими белками. Второй шаг - это процесс фрагментации хроматина, который разбивает хроматин, чтобы в конечном итоге получить высококачественные фрагменты ДНК для анализа ChIP. Эти фрагменты следует разрезать так, чтобы каждый из них составлял менее 500 пар оснований [9], чтобы получить наилучший результат для картирования генома. Третий этап называется иммунопреципитацией хроматина [7], сокращенно от ChIP. Процесс ChIP усиливает специфические сшитые комплексы ДНК-белок с помощью антитела.против интересующего белка с последующей инкубацией и центрифугированием для получения иммунопреципитации. Стадия иммунопреципитации также позволяет удалить неспецифические сайты связывания. Четвертый этап - это восстановление и очистка ДНК [7] , происходящая за счет обратного воздействия на перекрестные связи между ДНК и белком, чтобы разделить их и очистить ДНК экстракцией. Пятый и последний этап - это этап анализа протокола ChIP с помощью процесса qPCR , ChIP-on-chip (гибридный массив) или секвенирования ChIP. ОлигонуклеотидЗатем адаптеры добавляются к небольшим участкам ДНК, которые были связаны с интересующим белком, чтобы обеспечить массовое параллельное секвенирование. Затем с помощью анализа последовательности могут быть идентифицированы и интерпретированы геном или областью, с которой был связан белок. [7]

Последовательность [ править ]

После выбора размера все полученные фрагменты ChIP-ДНК одновременно секвенируются с использованием секвенатора генома. За один прогон секвенирования можно сканировать ассоциации по всему геному с высоким разрешением, что означает, что особенности могут быть расположены точно на хромосомах. ChIP-чип, напротив, требует больших наборов тайлинговых массивов для более низкого разрешения. [10]

На этом этапе секвенирования используется много новых методов секвенирования. Некоторые технологии, которые анализируют последовательности, могут использовать кластерную амплификацию фрагментов ДНК ChIP с адаптером на твердом субстрате проточной кюветы для создания кластеров примерно по 1000 клональных копий каждый. Получающийся в результате массив кластеров матрицы с высокой плотностью на поверхности проточной кюветы секвенируется программой анализа генома. Каждый матричный кластер параллельно подвергается секвенированию путем синтеза с использованием новых флуоресцентно меченных нуклеотидов с обратимым терминатором. Шаблоны упорядочиваются по основанию во время каждого чтения. Затем программное обеспечение для сбора и анализа данных сопоставляет последовательности образцов с известной геномной последовательностью для идентификации фрагментов ChIP-ДНК. [цитата необходима ]

Контроль качества [ править ]

ChIP-seq предлагает нам быстрый анализ, однако необходимо провести контроль качества, чтобы убедиться, что полученные результаты являются надежными:

  • Неизбыточная фракция : области низкой сложности следует удалить, поскольку они неинформативны и могут мешать картированию в эталонном геноме. [11]
  • Фрагменты в пиках: соотношение чтений, расположенных в пиках, по сравнению с чтениями, которые расположены там, где нет пика. [11]

Чувствительность [ править ]

Чувствительность этой технологии зависит от глубины цикла секвенирования (т. Е. Количества картированных тегов последовательности), размера генома и распределения целевого фактора. Глубина секвенирования напрямую связана со стоимостью. Если многочисленные связывающие вещества в больших геномах необходимо картировать с высокой чувствительностью, затраты высоки, так как потребуется чрезвычайно большое количество тегов последовательности. В этом отличие от ChIP-чипа, в котором стоимость не коррелирует с чувствительностью. [12] [13]

В отличие от методов ChIP на основе микрочипов , точность анализа ChIP-seq не ограничивается расстоянием между заранее определенными зондами. За счет интеграции большого количества коротких прочтений достигается высокоточная локализация сайта связывания. По сравнению с ChIP-chip, данные ChIP-seq можно использовать для определения местоположения сайта связывания в пределах нескольких десятков пар оснований от фактического сайта связывания белка. Плотность меток в сайтах связывания является хорошим показателем сродства связывания белок-ДНК [14], что упрощает количественную оценку и сравнение аффинности связывания белка с различными сайтами ДНК. [15]

Текущее исследование [ править ]

Ассоциация ДНК STAT1: ChIP-seq был использован для изучения мишеней STAT1 в клетках HeLa S3, которые являются клонами линии HeLa, которые используются для анализа клеточных популяций. [16] Затем эффективность ChIP-seq сравнивали с альтернативными методами взаимодействия белок-ДНК, такими как ChIP-PCR и ChIP-chip. [17]

Нуклеосомная архитектура промоторов: с помощью ChIP-seq было определено, что дрожжевые гены, по-видимому, имеют минимальную свободную от нуклеосом промоторную область размером 150 п.н., в которой РНК-полимераза может инициировать транскрипцию. [18]

Сохранение фактора транскрипции: ChIP-seq использовали для сравнения сохранения TF в переднем мозге и ткани сердца у эмбриональных мышей. Авт. Идентифицировали и подтвердили функциональность сердца энхансеров транскрипции и определили, что энхансеры транскрипции для сердца менее консервативны, чем энхансеры для переднего мозга на той же стадии развития. [19]

ChIP-seq по всему геному : ChIP-секвенирование было завершено на черве C. elegans для изучения сайтов связывания по всему геному 22 факторов транскрипции. До 20% аннотированных генов-кандидатов были отнесены к факторам транскрипции. Некоторые факторы транскрипции были отнесены к некодирующим областям РНК и могут зависеть от факторов развития или окружающей среды. Также были определены функции некоторых факторов транскрипции. Некоторые факторы транскрипции регулируют гены, которые контролируют другие факторы транскрипции. Эти гены не регулируются другими факторами. Большинство факторов транскрипции служат как мишенями, так и регуляторами других факторов, демонстрируя сеть регуляции. [20]

Предполагаемая регуляторная сеть: было показано, что сигнал ChIP-seq модификации гистона в большей степени коррелирует с мотивами факторов транскрипции на промоторах по сравнению с уровнем РНК. [21] Таким образом, автор предположил, что использование модификации гистонов ChIP-seq обеспечит более надежный вывод о ген-регуляторных сетях по сравнению с другими методами, основанными на экспрессии.

ChIP-seq предлагает альтернативу ChIP-чипу. Экспериментальные данные ChIP-seq STAT1 имеют высокую степень сходства с результатами, полученными с помощью ChIP-chip для того же типа эксперимента, с более чем 64% пиков в общих геномных областях. Поскольку данные представляют собой считанные последовательности, ChIP-seq предлагает конвейер быстрого анализа при условии, что для картирования считывания доступна высококачественная последовательность генома и геном не имеет повторяющегося содержимого, которое затрудняет процесс картирования. ChIP-seq также может обнаруживать мутации в последовательностях сайтов связывания, которые могут напрямую поддерживать любые наблюдаемые изменения в связывании белков и регуляции генов.

Вычислительный анализ [ править ]

Как и многие подходы к высокопроизводительному секвенированию, ChIP-seq генерирует чрезвычайно большие наборы данных, для которых требуются соответствующие методы вычислительного анализа. Для прогнозирования сайтов связывания ДНК по данным подсчета считывания ChIP-seq были разработаны методы определения пиков . Одним из наиболее популярных методов [ необходима ссылка ] является MACS, который эмпирически моделирует размер сдвига тегов ChIP-Seq и использует его для улучшения пространственного разрешения предсказанных сайтов связывания. [22]MACS оптимизирован для пиков с более высоким разрешением, в то время как другой популярный алгоритм, SICER, запрограммирован на вызов более широких пиков, охватывающих от килобаз до мегабаз, для поиска более широких доменов хроматина. SICER более полезен для меток гистонов, покрывающих тела генов. Математический более строгий метод BCP (Bayesian Change Point) может использоваться как для резких, так и для широких пиков с более высокой скоростью вычислений [23], см. Сравнительное сравнение инструментов вызова пиков ChIP-seq Thomas et. al. (2017). [24]

Другая важная вычислительная проблема - это дифференциальный вызов пика, который определяет значительные различия в двух сигналах ChIP-seq из разных биологических условий. Вызывающие дифференциальные пики сегментируют два сигнала ChIP-seq и идентифицируют дифференциальные пики с помощью скрытых марковских моделей . Примерами двухступенчатых дифференциальных пикового вызова являются ChIPDiff [25] и ODIN. [26]

Чтобы уменьшить количество ложных сайтов из ChIP-seq, можно использовать несколько экспериментальных контролей для обнаружения сайтов связывания из эксперимента IP. Bay2Ctrls использует байесовскую модель для интеграции контроля ввода ДНК для IP, фиктивного IP и соответствующего ему контроля ввода ДНК для прогнозирования сайтов связывания из IP. [27] Этот подход особенно эффективен для сложных образцов, таких как целые модельные организмы. Кроме того, анализ показывает, что для сложных образцов фиктивные контроли IP существенно превосходят входные контроли ДНК, вероятно, из-за активных геномов образцов. [27]

См. Также [ править ]

  • Чип-на-чипе
  • ЧИП-ПЭТ
  • ЧИП-ПЦР

Подобные методы [ править ]

  • Секвенирование CUT & RUN , контролируемое расщепление антител с помощью микрококковой нуклеазы вместо ChIP, что позволяет повысить соотношение сигнал / шум во время секвенирования.
  • Секвенирование CUT & Tag , контролируемое расщепление антител транспозазой Tn5 вместо ChIP, что позволяет улучшить соотношение сигнал / шум во время секвенирования.
  • Sono-Seq , идентичный ChIP-Seq, но с пропуском стадии иммунопреципитации.
  • HITS-CLIP [28] [29] (также называемый CLIP-Seq ) для обнаружения взаимодействий с РНК, а не с ДНК.
  • PAR-CLIP , еще один метод определения сайтов связывания клеточных РНК-связывающих белков (RBP).
  • RIP-Chip , та же цель и первые шаги, но не использует методы перекрестного связывания и использует микрочип вместо секвенирования
  • SELEX , метод поиска консенсусной связывающей последовательности
  • Competition-ChIP , чтобы измерить относительную динамику замены в ДНК.
  • ChiRP-Seq для измерения ДНК и белков, связанных с РНК.
  • ChIP-exo использует обработку экзонуклеазой для достижения разрешения до одной пары оснований
  • ChIP-nexus улучшенная версия ChIP-exo для достижения разрешения до одной пары оснований.
  • DRIP-seq использует антитело S9.6 для преципитации трехцепочечных гибридов ДНА: РНК, называемых R-петлями.
  • TCP-seq , принципиально аналогичный метод измерения динамики трансляции мРНК.
  • Телефонные карты используют транспозазу для обозначения последовательности, в которой связывается фактор транскрипции. [30]

Ссылки [ править ]

  1. ^ Мухаммад, Исиака Ибрагим; Kong, Sze Ling; Акмар Абдулла, Сити Нор; Мунусамы, Умайял (25 декабря 2019 г.). «RNA-seq и ChIP-seq как дополнительные подходы к пониманию механизма регуляции транскрипции растений» . Международный журнал молекулярных наук . 21 (1): 167. DOI : 10,3390 / ijms21010167 . ISSN  1422-0067 . PMC  6981605 . PMID  31881735 .
  2. ^ Джонсон DS, Mortazavi A, Myers RM, Уолд B (июнь 2007). «Полногеномное картирование взаимодействий белок-ДНК in vivo» (PDF) . Наука . 316 (5830): 1497–502. Bibcode : 2007Sci ... 316.1497J . DOI : 10.1126 / science.1141319 . PMID 17540862 . S2CID 519841 .   
  3. ^ «Целочисленное IP-секвенирование хроматина (ChIP-Seq)» (PDF) . Illumina, Inc. 26 ноября 2007 г.
  4. ^ Песня, Линьюнь; Кроуфорд, Грегори Э. (февраль 2010 г.). «DNase-seq: метод высокого разрешения для картирования активных регуляторных элементов гена в геноме из клеток млекопитающих» . Протоколы Колд-Спринг-Харбор . 2010 (2): pdb.prot5384. DOI : 10,1101 / pdb.prot5384 . ISSN 1559-6095 . PMC 3627383 . PMID 20150147 .   
  5. ^ Гиреси, Пол G .; Ким, Джонхван; McDaniell, Ryan M .; Iyer, Vishwanath R .; Либ, Джейсон Д. (июнь 2007 г.). «FAIRE (Изоляция регуляторных элементов с помощью формальдегида) изолирует активные регуляторные элементы из хроматина человека» . Геномные исследования . 17 (6): 877–885. DOI : 10.1101 / gr.5533506 . ISSN 1088-9051 . PMC 1891346 . PMID 17179217 .   
  6. ^ Кумар, Вибхор; Муратани, Масафуми; Райан, Нирмала Арул; Краус, Петра; Луфкин, Томас; Нг, Хак Хуэй; Прабхакар, Шьям (июль 2013 г.). «Единая оптимальная обработка отображаемых данных глубокого секвенирования» . Природа Биотехнологии . 31 (7): 615–622. DOI : 10.1038 / nbt.2596 . ISSN 1087-0156 . PMID 23770639 . S2CID 32510475 .   
  7. ^ a b c d "Руководство по чипам: приложения для эпигенетики | Abcam" . www.abcam.com . Дата обращения 2 марта 2020 .
  8. ↑ Kim TH, Dekker J (апрель 2018 г.). «Формальдегидное сшивание». Протоколы Колд-Спринг-Харбор . 2018 (4): pdb.prot082594. DOI : 10,1101 / pdb.prot082594 . PMID 29610357 . 
  9. ↑ Kim TH, Dekker J (апрель 2018 г.). «Приготовление перекрестно-сшитого хроматина для ChIP». Протоколы Колд-Спринг-Харбор . 2018 (4): pdb.prot082602. DOI : 10,1101 / pdb.prot082602 . PMID 29610358 . 
  10. ^ Парк, Питер Дж. (Октябрь 2009 г.). «ChIP-seq: преимущества и проблемы технологии созревания» . Обзоры природы. Генетика . 10 (10): 669–680. DOI : 10.1038 / nrg2641 . ISSN 1471-0064 . PMC 3191340 . PMID 19736561 .   
  11. ^ а б Чен, Ивэнь; Негре, Николас; Ли, Цюньхуа; Mieczkowska, Joanna O .; Слэттери, Мэтью; Лю, Тао; Чжан, Юн; Ким, Тэ-Гён; Он, Хоушенг Хансен; Зиеба, Дженнифер; Жуань, Ицзюнь (июнь 2012 г.). «Систематическая оценка факторов, влияющих на верность ChIP-seq» . Методы природы . 9 (6): 609–614. DOI : 10.1038 / nmeth.1985 . ISSN 1548-7105 . PMC 3477507 . PMID 22522655 .   
  12. ^ Jung, Youngsook L .; Luquette, Lovelace J .; Хо, Джошуа В.К.; Феррари, Франческо; Толсторуков Михаил; Минода, Аки; Исснер, Роббин; Эпштейн, Чарльз Б.; Карпен, Гэри Х .; Курода, Митци I .; Парк, Питер Дж. (Май 2014 г.). «Влияние глубины секвенирования в экспериментах с ChIP-seq» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (9): e74. DOI : 10.1093 / NAR / gku178 . ISSN 1362-4962 . PMC 4027199 . PMID 24598259 .   
  13. ^ Хо, Джошуа В.К.; Бишоп, Эрик; Карченко, Петр V .; Негре, Николас; Белый, Кевин П .; Парк, Питер Дж. (28 февраля 2011 г.). «ChIP-chip против ChIP-seq: уроки экспериментального проектирования и анализа данных» . BMC Genomics . 12 : 134. DOI : 10.1186 / 1471-2164-12-134 . ISSN 1471-2164 . PMC 3053263 . PMID 21356108 .   
  14. ^ Джоти и др. (2008). «Полногеномная идентификация сайтов связывания белка с ДНК in vivo по данным ChIP-seq» . Nucleic Acids Res . 36 (16): 5221–5231. DOI : 10.1093 / NAR / gkn488 . PMC 2532738 . PMID 18684996 .  
  15. ^ Bernstein BE, Kamal M, Lindblad-Toh K, Bekiranov S, Bailey DK, Huebert DJ и др. (Январь 2005 г.). «Геномные карты и сравнительный анализ модификаций гистонов у человека и мыши». Cell . 120 (2): 169–81. DOI : 10.1016 / j.cell.2005.01.001 . PMID 15680324 . S2CID 7193829 .  
  16. ^ «HeLa S3 от ATCC | Biocompare.com» . www.biocompare.com . Проверено 21 марта 2020 года .
  17. ^ Робертсон Г., Херст М., Бейнбридж М., Биленки М., Чжао Ю., Цзэн Т. и др. (Август 2007 г.). «Полногеномные профили ассоциации ДНК STAT1 с использованием иммунопреципитации хроматина и массового параллельного секвенирования». Методы природы . 4 (8): 651–7. DOI : 10.1038 / nmeth1068 . PMID 17558387 . S2CID 28531263 .  
  18. ↑ Schmid CD, Bucher P (ноябрь 2007 г.). «Данные ChIP-Seq раскрывают архитектуру нуклеосом промоторов человека». Cell . 131 (5): 831–2, ответ автора 832–3. DOI : 10.1016 / j.cell.2007.11.017 . PMID 18045524 . S2CID 29234049 .  
  19. ^ Blow MJ, McCulley DJ, Li Z, Чжан T, Akiyama JA, Holt A, и др. (Сентябрь 2010 г.). «ChIP-Seq идентификация слабоконсервативных сердечных энхансеров» . Генетика природы . 42 (9): 806–10. DOI : 10.1038 / ng.650 . PMC 3138496 . PMID 20729851 .  
  20. ^ Niu W, Lu ZJ, Zhong M, Sarov M, Murray JI, Brdlik CM и др. (Февраль 2011 г.). «Различные особенности связывания факторов транскрипции, выявленные с помощью ChIP-seq по всему геному у C. elegans» . Геномные исследования . 21 (2): 245–54. DOI : 10.1101 / gr.114587.110 . PMC 3032928 . PMID 21177963 .  
  21. ^ Кумар V, Muratani М, Раян Н.А., Краус Р, Т Луфкин, Нг HH, Прабхакар S (июль 2013 г. ). «Единая оптимальная обработка отображаемых данных глубокого секвенирования» . Природа Биотехнологии . 31 (7): 615–22. DOI : 10.1038 / nbt.2596 . PMID 23770639 . 
  22. ↑ Zhang Y, Liu T, Meyer CA, Eeckhoute J, Johnson DS, Bernstein BE и др. (2008). «Модельный анализ ChIP-Seq (MACS)» . Геномная биология . 9 (9): R137. DOI : 10.1186 / GB-2008-9-9-r137 . PMC 2592715 . PMID 18798982 .  
  23. ↑ Xing H, Mo Y, Liao W, Zhang MQ (2012). «Полногеномная локализация связывания белок-ДНК и модификации гистонов с помощью байесовского метода изменения точки с данными ChIP-seq» . PLoS Comput Biol . 8 (7): e1002613. DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1002613 . PMC 5429005 . PMID 22844240 .  
  24. Перейти ↑ Thomas R, Thomas S, Holloway AK, Pollard KS (2017). «Функции, определяющие лучшие алгоритмы пикового вызова ChIP-seq» . Краткий биоинформ . 18 (3): 441–450. DOI : 10.1093 / нагрудник / bbw035 . PMC 5429005 . PMID 27169896 .  
  25. Перейти ↑ Xu H, Wei CL, Lin F, Sung WK ​​(октябрь 2008 г.). «Подход HMM к полногеномной идентификации сайтов дифференциальной модификации гистонов из данных ChIP-seq» . Биоинформатика . 24 (20): 2344–9. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btn402 . PMID 18667444 . 
  26. ^ Allhoff M, СЕР K, Chauvistré H, Lin Q, Zenke M, Коста - IG (декабрь 2014). «Обнаружение дифференциальных пиков в сигналах ChIP-seq с помощью ODIN». Биоинформатика . 30 (24): 3467–75. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btu722 . PMID 25371479 . 
  27. ^ а б Сюй, Цзиньжуй; Кудрон, Мишель М; Викторсен, Алек; Гао, Цзяхао; Аммури, Ханин Н; Наварро, Фабио С.П.; Гевирцман, Луи; Уотерстон, Роберт H; Уайт, Кевин П. Рейнке, Валери; Герштейн, Марк (21 декабря 2020 г.). «Смеяться или нет: всестороннее сравнение ложного IP и ввода ДНК для ChIP-seq» . Исследование нуклеиновых кислот : gkaa1155. DOI : 10.1093 / NAR / gkaa1155 . ISSN 0305-1048 . 
  28. ^ Licatalosi DD, Mele A, Fak JJ, Ule J, Kayikci M, Chi SW и др. (Ноябрь 2008 г.). «HITS-CLIP дает возможность проникновения в суть генома альтернативной обработки РНК мозга» . Природа . 456 (7221): 464–9. Bibcode : 2008Natur.456..464L . DOI : 10,1038 / природа07488 . PMC 2597294 . PMID 18978773 .  
  29. ^ Дарнелл RB (2010). «HITS-CLIP: панорамные виды регуляции белок-РНК в живых клетках» . Междисциплинарные обзоры Wiley. РНК . 1 (2): 266–286. DOI : 10.1002 / wrna.31 . PMC 3222227 . PMID 21935890 .  
  30. Перейти ↑ Wang H, Mayhew D, Chen X, Johnston M, Mitra RD (май 2011 г.). «Телефонные карточки позволяют мультиплексную идентификацию геномных мишеней ДНК-связывающих белков» . Геномные исследования . 21 (5): 748–55. DOI : 10.1101 / gr.114850.110 . PMC 3083092 . PMID 21471402 .  

Внешние ссылки [ править ]

  • Каталог ReMap : интегративный и унифицированный анализ регуляторных элементов ChIP-Seq из +2800 наборов данных ChIP-seq, дающий каталог из 80 миллионов пиков от 485 регуляторов транскрипции. [1]
  • База данных ChIPBase : база данных для изучения карт связывания факторов транскрипции из данных ChIP-Seq . Он предоставляет наиболее полный набор данных ChIP-Seq для различных типов клеток / тканей и состояний.
  • База данных и инструмент анализа GeneProf: GeneProf - это свободно доступная, простая в использовании среда анализа данных ChIP-seq и RNA-seq, которая поставляется с большой базой данных готовых проанализированных общедоступных экспериментов, например, для связывания факторов транскрипции и модификаций гистонов.
  • Вызов дифференциального пика : Учебное пособие по вызову дифференциального пика с ODIN.
  • Биоинформатический анализ данных ChIP-seq : всесторонний анализ данных ChIP-seq. [2]
  • KLTepigenome : выявление коррелированной изменчивости в наборах эпигеномных данных с использованием преобразования Карунена-Лоэва.
  • SignalSpider : инструмент для обнаружения вероятностных паттернов на нескольких нормализованных профилях сигналов ChIP-Seq.
  • FullSignalRanker : инструмент для регрессии и прогнозирования пиков для нескольких нормализованных профилей сигналов ChIP-Seq

  1. ^ Chèneby Дж, Георг М, Artufel М, Mathelier А, Баллестер В (январь 2018). «ReMap 2018: обновленный атлас регуляторных регионов на основе интегративного анализа ДНК-связывающих экспериментов ChIP-seq» . Исследования нуклеиновых кислот . 46 (D1): D267 – D275. DOI : 10.1093 / NAR / gkx1092 . PMC 5753247 . PMID 29126285 .  
  2. ^ Бейли Т., Краевски П., Ладунга И., Лефевр С., Ли Кью, Лю Т. и др. (2013). «Практическое руководство по комплексному анализу данных ChIP-seq» . PLOS Вычислительная биология . 9 (11): e1003326. Bibcode : 2013PLSCB ... 9E3326B . DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1003326 . PMC 3828144 . PMID 24244136 .