Dokdonia donghaensis является строго аэробной , грамотрицательным , фототрофной бактериейкоторая процветает в морской среде. Организм может расти в широком диапазоне температур на среде с морской водой. Он обладает способностью образовывать биопленки , что увеличивает устойчивость организма к антимикробным агентам, таким как тетрациклин .
Dokdonia donghaensis | |
---|---|
Научная классификация | |
Домен: | |
Тип: | |
Заказ: | |
Подотряд: | |
Семья: | |
Род: | |
Разновидность: | D. donghaensis |
Биномиальное имя | |
Dokdonia donghaensis Юн и др. 2005 [2] |
Открытие и изоляция
Dokdonia donghaensis была обнаружена и изолирована от Японского моря в Корее на острове Токто [3], корейское название скал Лианкур, суверенитет которых оспаривается между Японией и Кореей; дата изоляции не указана. Филогенетический анализ последовательности гена рибосомной РНК 16S в организме выявил два близкородственных штамма, DSW-1T и DSW-21. Эти штаммы классифицируются в группу Cytophaga-Flavobacterium-Bacteroides (CFB), которые являются доминирующими родами в морской среде. [4] [5] Виноградский впервые описал цитофагоподобные бактерии как одноклеточные, скользящие, неспорообразующие и грамотрицательные палочки, хотя их форма может быть разной. Многие Cytophaga -как бактериальных колоний имеют пигмента в результате пигментов flexirubin типа, которые можно найти только в этих бактерий и flavobacteria. Цитофаги-флавобактерии являются хемоорганотрофами и способны разрушать биополимеры, такие как хитин и целлюлоза. [6]
Морфология и геном
D. donghaensis - это грамотрицательная бактерия палочковидной формы, неподвижная и не спорообразующая. Бактерии способны расти на среде с морской водой с агаром, в которой колонии выглядят круглыми, слегка выпуклыми, блестящими, гладкими, желтыми и 1-2 мм в диаметре. Штамм DSW-1T D. donghaensis имеет в своем геноме около 3 923 666 пар оснований . [7] Содержание G + C ДНК D. donghaensis составляет 38%.
Изображение филогенетического дерева можно посмотреть здесь .
Патология
D. donghaensis не был идентифицирован как патоген для человека . [ необходима цитата ]
Метаболизм
D. donghaensis осуществляет перенос ионов натрия на свету. Этот управляемый светом протонный насос называется протеородопсином , который увеличивает выживаемость организма, поскольку может преобразовывать свет в энергию, необходимую организму для роста. [8] Поскольку организм использует свет для получения энергии, он является фототрофом . D. donghaensis может секретировать такие ферменты, как каталаза и оксидаза . [9] Поскольку организм является строгим аэробом , он использовал кислород в качестве конечного акцептора электронов . Организм может расти на пептоне и триптоне в качестве единственных источников углерода и азота. D. donghaensis не может расти без NaCl или когда он превышает 7% (мас. / Об.); рост оптимален при 2% (мас. / об.) NaCl. Организм чувствителен к антибиотикам тетрациклину и карбенициллина , [10] , хотя способность организма к форме биопленок затрудняет антибиотики , чтобы проникнуть в вязкие слои.
Среда обитания
D. donghaensis обитает в галофильных морских средах. Организм может расти от 4 ° C до 35 ° C, хотя оптимальная температура для роста составляет 30 ° C. Оптимальный pH для роста - 7-8, хотя рост можно наблюдать при pH уже 5,5. [11]
Формирование биопленки
D. donghaensis может образовывать биопленки в морских средах обитания, что является стратегией выживания, позволяющей организму расти, будучи защищенным от стрессов окружающей среды. Формирование биопленки служит для морских бактерий той цели, которая повышает их устойчивость к противомикробным агентам, сушке и выпасу . [12] [13] [14] [15] Биопленки позволяют микробам прикрепляться к поверхностям, выделяя внеклеточные полимерные вещества (EPS). Морские бактерии, которые прикрепляются к поверхностям, образуют специфичные для хозяев и пространственно структурированные сообщества, которые являются довольно стабильными. [16] [17] [18]
Рекомендации
- ^ a b c "Докдония" . www.uniprot.org .
- ^ Партэ , АК "Докдония" . LPSN .
- ^ Юн, JH; Канг, SJ; Ли, Швейцария; О, ТЗ (2005). « Dokdonia donghaensis gen. Nov., Sp. Nov., Выделенный из морской воды» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 55 (6): 2323–2328. DOI : 10.1099 / ijs.0.63817-0 . PMID 16280490 .
- ^ Bowman, JP; McCammon, SA; Браун, М.В. Николс, DS; МакМикин, Т.А. (1997). «Разнообразие и ассоциация психрофильных бактерий в морском льду Антарктики» . Appl Environ Microbiol . 63 (8): 3068–3078. DOI : 10,1128 / AEM.63.8.3068-3078.1997 . PMC 168604 . PMID 9251193 .
- ^ Glöckner, FO; Fuchs, BM; Аманн, Р. (1999). «Состав бактериопланктона озер и океанов: первое сравнение на основе флуоресцентной гибридизации in situ» . Appl Environ Microbiol . 65 (8): 3721–3726. DOI : 10,1128 / AEM.65.8.3721-3726.1999 . PMC 91558 . PMID 10427073 .
- ^ Кирхман Д.Л. (2002). «Экология Cytophaga-Flavobacteria в водной среде». FEMS Microbiol Ecol . 39 (2): 91–100. DOI : 10.1016 / s0168-6496 (01) 00206-9 . PMID 19709188 .
- ^ Ким, К; Квон, СК; Юн, JH; Ким, JF (2016). «Полная последовательность генома содержащей протеородопсин морской флавобактерии Dokdonia donghaensis DSW-1T, выделенной из морской воды у берегов Токто в Восточном море (Корейское море)» . Объявление о геноме . 4 (4): e00804-16. DOI : 10.1128 / genomea.00804-16 . PMC 4974333 . PMID 27491981 .
- ^ ДеЛонг, EF; Бежа, О (2010). «Протеородопсин протонной помпы, управляемый светом, увеличивает выживаемость бактерий в трудные времена» . PLOS Biol . 8 (4): e1000359. DOI : 10.1371 / journal.pbio.1000359 . PMC 2860490 . PMID 20436957 .
- ^ Ван, Y; Чжоу, C; Мин, Н; Канг, Дж; Чен, Н; Цзин, C; Feng, H; Чанг, Y; Guo, Z; Ван, Л. (2016). « Pseudofulvibacter marinus sp. Nov., Выделенный из морской воды» . Int J Syst Evol Micr . 66 (3): 1301–1305. DOI : 10.1099 / ijsem.0.000879 . PMID 26739348 .
- ^ Burmølle, M; Уэбб, JS; Рао, Д; Hansen, LH; Соренсен, SJ; Кьеллеберг, S (2006). «Повышенное образование биопленок и повышенная устойчивость к антимикробным агентам и бактериальной инвазии вызваны синергическим взаимодействием в многовидовых биопленках» . Appl Environ Microbiol . 72 (6): 3916–3923. DOI : 10,1128 / aem.03022-05 . PMC 1489630 . PMID 16751497 .
- ^ Юн, JH; Канг, KH; Парк, YH (2003). « Psychrobacter jeotgali sp. Nov., Выделенный из чотгал, традиционных корейских ферментированных морепродуктов» . Int J Syst Evol Micr . 53 (2): 449–454. DOI : 10.1099 / ijs.0.02242-0 . PMID 12710611 .
- ^ Фукс, Калифорния; Костертон, JW; Стюарт, PS; Стодли, П. (2005). «Стратегии выживания инфекционных биопленок». Trends Microbiol . 13 (1): 34–40. DOI : 10.1016 / j.tim.2004.11.010 . PMID 15639630 .
- ^ Mah, TF; О'Тул, Джорджия (2001). «Механизмы устойчивости биопленок к антимикробным препаратам». Trends Microbiol . 9 (1): 34–39. DOI : 10.1016 / s0966-842x (00) 01913-2 . PMID 11166241 .
- ^ Джефферсон, KK (2004). «Что заставляет бактерии производить биопленку?» . FEMS Microbiol Lett . 236 (2): 163–173. DOI : 10.1016 / j.femsle.2004.06.005 . PMID 15251193 .
- ^ Matz, C; Кьеллеберг, S (2005). «С крючка - как бактерии выживают при выпасе простейших». Trends Microbiol . 13 (7): 302–307. DOI : 10.1016 / j.tim.2005.05.009 . PMID 15935676 .
- ^ Pasmore, M; Костертон, Дж. В. (2003). «Биопленки, бактериальная сигнализация и их связь с морской биологией». J Ind Microbiol Biotechnol . 30 (7): 407–413. DOI : 10.1007 / s10295-003-0069-6 . PMID 12884126 . S2CID 1458649 .
- ^ Тейлор, МВт; Schupp, PJ; Dahllöf, I; Кьеллеберг, S; Стейнберг, П.Д. (2004). «Специфичность хозяина в морских губках-ассоциированных бактериях и потенциальные последствия для разнообразия морских микробов». Environ Microbiol . 6 (2): 121–130. DOI : 10,1046 / j.1462-2920.2003.00545.x . PMID 14756877 .
- ^ Bhadury, P; Райт, ПК (2004). «Использование морских водорослей: биогенные соединения для потенциальных противообрастающих применений». Planta . 219 (4): 561–78. DOI : 10.1007 / s00425-004-1307-5 . PMID 15221382 . S2CID 34172675 .
Внешние ссылки
- Типовой штамм Dokdonia donghaensis в Bac Dive - база метаданных по бактериальному разнообразию