Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Medicago truncatula
Medicago truncatula A17 филиал.JPG
Научная классификация
Королевство:
Plantae
(без рейтинга):
Покрытосеменные
(без рейтинга):
Eudicots
(без рейтинга):
Росиды
Заказ:
Fabales
Семья:
Fabaceae
Подсемейство:
Faboideae
Племя:
Trifolieae
Род:
Medicago
Разновидность:
М. truncatula
Биномиальное имя
Medicago truncatula
Синонимы

Medicago tribuloides Desr.
Medicago tribuloides var. breviaculeata Moris
Medicago truncatula var. breviaculeata (Moris) Urb.
Medicago truncatula var. longiaculeata Urb.
Medicago truncatula var. tribuloides (Desr.) Burnat
Medicago truncatula f. tricycla Nègre
Medicago truncatula var. трицикла ( Негре ) Хейн

Medicago truncatula , бочонок клевер , [2] колючий лекарь , [3] бочонок , или бочонок , - это небольшое однолетнее бобовое растение, произрастающее в Средиземноморском регионе, которое используется в геномных исследованиях. Это низкорослое,похожее на клевер растение высотой 10–60 сантиметров (3,9–23,6 дюйма) с трехлистными листьями . Каждый листочек округлый, 1-2 сантиметра (0,39-0,79 дюйма) в длину, часто с темным пятном в центре. Эти цветы желтые, производятся отдельно или в небольшом соцветии от двух до пяти вместе; фрукты это небольшой колючий стручок.

Этот вид изучается как модельный организм для биологии бобовых, потому что он имеет небольшой диплоидный геном , самофертильный, имеет быстрое время генерации и плодовитое семя, поддается генетической трансформации , а его геном секвенирован. [4]

Он образует симбиоз с азотфиксирующими ризобиями ( Sinorhizobium meliloti и Sinorhizobium medicae ) и арбускулярными микоризными грибами, включая Rhizophagus irregularis (ранее известный как Glomus intraradices ). Модельное растение Arabidopsis thaliana не образует ни того, ни другого симбиоза, что делает M. truncatula важным инструментом для изучения этих процессов.

Это также важный вид кормовой культуры в Австралии .

Секвенирование генома [ править ]

Проект последовательности генома M. truncatula сорта A17 был опубликован в журнале Nature в 2011 г. [4]

Секвенирования проводили с помощью международного партнерства научно - исследовательских лабораторий с участием исследователей из Университета штата Оклахома (США), Дж Крейг Вентер институт (США), Genoscope (Франция) и Sanger Center (Великобритания). В число партнерских организаций вошли Миннесотский университет (США), Калифорнийский университет в Дэвисе (США), Национальный центр геномных ресурсов (США), Центр Джона Иннеса (Великобритания), Национальный институт исследований агрономии (Франция), Мюнхенский информационный центр Protein Sequences (Германия), Университет Вагенингена (Нидерланды) и Университет Гента(Бельгия). Люцерна усечённая Секвенирование консорциум начал в 2001 году с грантом семян от Noble Foundation Samuel Roberts. В 2003 году Национальный научный фонд и 6-я рамочная программа Европейского союза начали предоставлять большую часть финансирования. К 2009 году было завершено 84% сборки генома. [5]

Сборка последовательности генома M. truncatula была основана на бактериальных искусственных хромосомах (BAC). Этот же подход используется для секвенирования геномов человека, плодовой мухи Drosophila melanogaster и модельного растения Arabidopsis thaliana . В июле 2013 года была выпущена версия генома 4.0. [6] Эта версия объединила последовательности, полученные в результате секвенирования с дробовиком, с наборами последовательностей на основе ВАС, что помогло заполнить пробелы в ранее отображенных последовательностях.

Параллельная группа, известная как Международная группа аннотаций генов Medicago ( IMGAG ), отвечает за идентификацию и описание предполагаемых последовательностей генов в последовательности генома.

Симбиозы с почвенными микроорганизмами [ править ]

Исследователь Тоби Кирс из Университета Амстердама и его коллеги использовали M. truncatula для изучения симбиоза между растениями и грибами и выяснили, могут ли партнеры по взаимоотношениям различать хороших и плохих торговцев / поставщиков. Используя меченый углерод для отслеживания источника питательных веществ, протекающих через арбускулярную микоризную систему, исследователи доказали, что растения действительно отдали больше углерода более щедрым видам грибов. Ограничивая количество углерода, которое растения отдают грибам, исследователи также продемонстрировали, что грибы действительно передают больше своего фосфора более щедрым растениям. [7]

См. Также [ править ]

  • Геномика

Ссылки [ править ]

  1. Перейти ↑ Rhodes, L. (2016). « Medicago truncatula ». Красный список видов, находящихся под угрозой исчезновения МСОП . МСОП . 2016 : e.T176489A19401776. DOI : 10.2305 / IUCN.UK.2016-3.RLTS.T176489A19401776.en .
  2. ^ " Medicago truncatula " . База данных РАСТЕНИЙ Службы охраны природных ресурсов . USDA . Проверено 28 января 2016 .
  3. ^ Список BSBI 2007 (xls) . Ботаническое общество Великобритании и Ирландии . Архивировано из оригинала (xls) 26 июня 2015 года . Проверено 17 октября 2014 .
  4. ^ a b Янг, Невин Д .; Дебелле, Фредерик; Олдройд, Джайлз Э.Д .; Гертс, Рене; Кэннон, Стивен Б.; Удварди, Майкл К .; Бенедито, Вагнер А .; Майер, Клаус FX; Гузи, Жером; Скуф, Хейко; Ван де Пер, Ив; Проост, Себастьян; Повар, Дуглас Р.; Мейерс, Блейк С.; Спаннагл, Мануэль; Чунг, Фу; Де Мита, Стефан; Кришнакумар, Вивек; Гундлах, Хайдрун; Чжоу, Шигуо; Мадж, Джоанн; Bharti, Arvind K .; Мюррей, Джереми Д.; Наумкина, Марина А .; Розен, Бенджамин; Сильверстайн, Кевин А.Т.; Тан, Хайбао; Ромбаутс, Стефан; Чжао, Патрик X .; и другие. (16 ноября 2011 г.). «Геном Medicago дает представление об эволюции ризобиальных симбиозов» . Природа . 480 (7378): 520–524. Bibcode :2011Натура.480..520л . DOI : 10,1038 / природа10625 . PMC  3272368 . PMID  22089132 .
  5. ^ http://www.medicago.org/genome/genome_stats.php [ постоянная мертвая ссылка ]
  6. ^ "JCVI: Medicago / Home" . Архивировано из оригинального 10 ноября 2013 года . Проверено 20 февраля 2017 года .
  7. ↑ Милиус, Сьюзен (23 сентября 2013 г.). «Растения и грибы признают щедрых торговых партнеров» . Проверено 20 февраля 2017 года .[ мертвая ссылка ]

Дальнейшее чтение [ править ]

Courty, Пьер Эммануэль; Смит, Пенелопа; Кегель, Салли; Редеккер, Дирк; Випф, Дэниел (1 июня 2015 г.). «Поглощение и перенос неорганического азота в полезных взаимодействиях растений и микробов». Критические обзоры в науках о растениях . 34 (1–3): 4–16. DOI : 10.1080 / 07352689.2014.897897 . S2CID  85772198 .

Внешние ссылки [ править ]

  • Люцерна усечённая Консорциум
  • Medicago truncatula Hapmap Project
  • Ссылка TIGR на Genome Browser и Gene Index
  • Атлас экспрессии генов Medicago в Благородном фонде Сэмюэля Робертса
  • Medicago truncatula eFP Browser Viewer для данных по экспрессии генов из проекта Medicago Gene Expression Atlas на веб-сайте Provart Lab's Bio-Array Resource
  • Фондовый центр INRA Medicago truncatula - Франция
  • Чой, Хонг-Гю; Мун, Чон-Хван; Ким, Донг-Джин; Чжу, Хунъянь; Пэк, Чон Мин; Мадж, Джоанна; Роу, Брюс; Эллис, Ноэль; Дойл, Джефф; Kiss, Gyorgy B .; Янг, Невин Д .; Кук, Дуглас Р. (26 октября 2004 г.). «Оценка сохранения генома между культурными и модельными видами бобовых» . Труды Национальной академии наук . 101 (43): 15289–15294. Bibcode : 2004PNAS..10115289C . DOI : 10.1073 / pnas.0402251101 . PMC  524433 . PMID  15489274 .
  • Янг, Невин Д .; Кэннон, Стивен Б.; Сато, Сусей; Ким, Донджин; Повар, Дуглас Р.; Город, Крис Д .; Роу, Брюс А .; Табата, Сатоши (1 апреля 2005 г.). «Секвенирование Genespaces Medicago truncatula и Lotus japonicus» . Физиология растений . 137 (4): 1174–1181. DOI : 10.1104 / pp.104.057034 . PMC  1088310 . PMID  15824279 .
  • NCGR
  • Европейские программы исследований модельного бобового растения Medicago truncatula
  • Почему последовательность medicago truncatula?