Существует множество методов исследования белок-белковых взаимодействий, которые представляют собой физические контакты с высокой специфичностью, устанавливаемые между двумя или более белковыми молекулами с участием электростатических сил и гидрофобных эффектов . У каждого из подходов есть свои сильные и слабые стороны, особенно в том, что касается чувствительности и специфичности метода. [1] Высокая чувствительность означает, что многие из взаимодействий обнаруживаются экраном. Высокая специфичность указывает на то, что большинство взаимодействий, обнаруживаемых экраном, происходят в действительности.
Биохимические методы
Со-иммунопреципитации считается [ править ] , чтобы быть золотым стандартом для анализа белок-белковых взаимодействий, особенно когда она выполняется с эндогенными (не избыточно экспрессируется , а не помечены ) белков. Представляющий интерес белок выделяют с помощью специфического антитела . Партнеры по взаимодействию, которые прилипают к этому белку, впоследствии идентифицируются с помощью вестерн-блоттинга . [2] Взаимодействия, обнаруженные с помощью этого подхода, считаются реальными. Однако этот метод может проверять взаимодействия только между предполагаемыми партнерами по взаимодействию. Таким образом, это не метод проверки. Следует также обратить внимание на то, что эксперименты по иммунопреципитации выявляют прямые и косвенные взаимодействия. Таким образом, положительные результаты могут указывать на то, что два белка взаимодействуют напрямую или могут взаимодействовать через одну или несколько мостиковых молекул. Это могут быть мостиковые белки, нуклеиновые кислоты (ДНК или РНК) или другие молекулы.
Комплементация бимолекулярной флуоресценции (BiFC) - это новый метод наблюдения за взаимодействиями белков. В сочетании с другими новыми методами этот метод можно использовать для скрининга белок-белковых взаимодействий и их модуляторов [3] DERB . [4]
Аффинный электрофорез, используемый для оценки констант связывания , например, в лектиновом аффинном электрофорезе или характеристике молекул с конкретными характеристиками, такими как содержание гликанов или связывание лиганда .
Нисходящие анализы являются обычным вариантом иммунопреципитации и иммуноэлектрофореза и используются одинаково, хотя этот подход больше подходит для начального скрининга взаимодействующих белков.
Перенос метки может использоваться для скрининга или подтверждения белковых взаимодействий и может предоставить информацию об интерфейсе, на котором происходит взаимодействие. Перенос метки также может обнаруживать слабые или временные взаимодействия, которые трудно зафиксировать с помощью других стратегий обнаружения in vitro . В реакции переноса метки известный белок маркируется детектируемой меткой. Затем метка передается взаимодействующему белку, который затем можно идентифицировать по присутствию метки.
Фаговый дисплей используется для высокопроизводительного скрининга белковых взаимодействий.
Сшивание белковых комплексов in vivo с использованием фотореактивных аналогов аминокислот было введено в 2005 году исследователями из Института Макса Планка [5]. В этом методе клетки выращивают с фотореактивными аналогами диазирина до лейцина и метионина , которые включаются в белки. Под воздействием ультрафиолетового света диазирины активируются и связываются с взаимодействующими белками, которые находятся в пределах нескольких ангстрем от фотореактивного аналога аминокислоты. [6]
Метод тандемной аффинной очистки (TAP) позволяет идентифицировать белковые взаимодействия с высокой пропускной способностью. В отличие от дрожжевого двугибридного подхода, точность метода можно сравнить с результатами мелкомасштабных экспериментов [7], а взаимодействия выявляются в правильной клеточной среде, например, путем коиммунопреципитации . Однако метод TAP tag требует двух последовательных стадий очистки белка и, следовательно, не может легко обнаружить временные межбелковые взаимодействия. Недавние эксперименты с TAP для всего генома были выполнены Krogan et al. и Gavin et al. предоставление обновленных данных о взаимодействии белков для дрожжевого организма. [8] [9]
Химическое сшивание часто используется для «фиксации» взаимодействия белков на месте перед попыткой выделить / идентифицировать взаимодействующие белки. Обычные сшивающие агенты для этого применения включают нерасщепляемый сшивающий агент на основе сложного NHS- эфира, бисульфосукцинимидиловый суберат (BS3); расщепляемая версия BS3, дитиобис (сульфосукцинимидилпропионат) (DTSSP); и имидоэфирный сшивающий диметилдитиобиспропионимидат (DTBP), который популярен для фиксации взаимодействий в анализах ChIP .
Химическое сшивание с последующей масс-спектрометрией MALDI может быть использовано для анализа взаимодействия интактных белков на месте перед попыткой выделить / идентифицировать взаимодействующие белки. Этот метод обнаруживает взаимодействия между немечеными белками и доступен от CovalX .
ПОЗВОНОЧНИК (Strepprotein эксперимент взаимодействия) [10] использует комбинацию обратимого сшивания с формальдегидом и включение аффинной метки для обнаружения партнеров взаимодействия в естественных условиях .
Количественная иммунопреципитация в сочетании с нокдауном (QUICK) основана на совместной иммунопреципитации, количественной масс-спектрометрии ( SILAC ) и РНК-интерференции (RNAi). Этот метод обнаруживает взаимодействия между эндогенными немечеными белками. [11] Таким образом, он имеет такую же высокую степень достоверности, что и коиммунопреципитация. Однако этот метод также зависит от наличия подходящих антител.
Анализ методом проксимального лигирования (PLA) in situ - это иммуногистохимический метод, использующий так называемые зонды PLA для обнаружения белков, взаимодействий и модификаций белков. К каждому зонду PLA прикреплена уникальная короткая цепь ДНК, которая связывается либо с видоспецифичными первичными антителами, либо состоит из первичных антител, непосредственно меченных ДНК. [12] [13] Когда зонды PLA находятся в непосредственной близости, нити ДНК могут взаимодействовать посредством последующего добавления двух других кольцеобразующих олигонуклеотидов ДНК. После соединения двух добавленных олигонуклеотидов путем ферментативного лигирования их амплифицируют путем амплификации по типу катящегося круга с использованием полимеразы. После реакции амплификации происходит многократная репликация круга ДНК, и флуофор или меченные ферментом комплементарные олигонуклеотидные зонды выделяют продукт. Результирующая высокая концентрация флуоресцентного или кромогенного сигнала в каждом продукте амплификации одной молекулы легко видна в виде отдельного яркого пятна при просмотре либо в флуоресцентный микроскоп, либо в стандартный светлопольный микроскоп.
Биофизические и теоретические методы
Поверхностный плазмонный резонанс (SPR) - наиболее распространенный безметочный метод измерения биомолекулярных взаимодействий. [ необходима цитата ] Приборы SPR измеряют изменение показателя преломления света, отраженного от металлической поверхности («биосенсор»). Связывание биомолекул с другой стороной этой поверхности приводит к изменению показателя преломления, которое пропорционально массе, добавленной к поверхности сенсора. В типичном применении один связывающий партнер («лиганд», часто белок) иммобилизуется на биосенсоре, и раствор с потенциальными связывающими партнерами («аналит») направляется по этой поверхности. Накопление аналита с течением времени позволяет количественно определить скорости (kon), скорости отклонения (koff), константы диссоциации (Kd) и, в некоторых случаях, активные концентрации аналита. [14] Несколько различных поставщиков предлагают устройства на основе SPR. Наиболее известны инструменты Biacore, которые были первыми коммерчески доступными.
Двойная поляризационная интерферометрия (DPI) может использоваться для измерения межбелковых взаимодействий. DPI обеспечивает измерения размера, плотности и массы молекул в реальном времени с высоким разрешением. Хотя в маркировке нет необходимости, один из видов белка должен быть иммобилизован на поверхности волновода. Кроме кинетики и аффинности, можно также количественно оценить конформационные изменения во время взаимодействия.
Статическое рассеяние света (SLS) измеряет изменения в рэлеевском рассеянии белковых комплексов в растворе и может характеризовать как слабые, так и сильные взаимодействия без маркировки или иммобилизации белков или других биомакромолекул. Измерение градиента состава, многоуглового статического светорассеяния (CG-MALS) смешивает серии аликвот различных концентраций или составов, измеряет эффект изменений светорассеяния в результате взаимодействия и соответствует коррелированному светорассеянию. меняется с концентрацией на серию ассоциативных моделей, чтобы найти наиболее подходящий дескриптор. Слабые, неспецифические взаимодействия обычно характеризуются вторым вириальным коэффициентом . Для специфического связывания этот тип анализа может определять стехиометрию и константу (константы) равновесной ассоциации одного или нескольких ассоциированных комплексов [15], включая сложные системы, такие как те, которые демонстрируют одновременную гомо- и гетеро-ассоциацию, многовалентные взаимодействия и кооперативность.
Динамическое рассеяние света (DLS), также известное как квазиупругое рассеяние света (QELS) или фотонная корреляционная спектроскопия, обрабатывает зависящие от времени флуктуации интенсивности рассеянного света для определения гидродинамического радиуса частиц в растворе. Гидродинамический радиус - это радиус твердой сферы с таким же коэффициентом трансляционной диффузии, что и измеренный для частицы образца. По мере связывания белков средний гидродинамический радиус раствора увеличивается. Применение метода непрерывного изменения, иначе известного как график Джоба , с гидродинамическим радиусом раствора в качестве наблюдаемого, позволяет определять in vitro K d , комплексную стехиометрию, комплексный гидродинамический радиус и Δ H ° и Δ S ° белка. –Белковые взаимодействия. [16] Этот метод не влечет за собой иммобилизацию или маркировку. Можно охарактеризовать временные и слабые взаимодействия. По сравнению со статическим светорассеянием, которое основано на абсолютной интенсивности рассеянного света, DLS нечувствителен к фоновому свету от стен ограждающих конструкций. Эта нечувствительность позволяет проводить измерения DLS из объемов 1 мкл в 1536-луночных планшетах и снижает требования к образцам до фемтомолей. Этот метод также подходит для скрининга компонентов буфера и / или низкомолекулярных ингибиторов / эффекторов.
Дисперсионный анализ, индуцированный потоком (FIDA), представляет собой новую капиллярную технологию без иммобилизации, используемую для характеристики и количественной оценки биомолекулярного взаимодействия и концентрации белка в естественных условиях. [17] Метод основан на измерении изменения видимого размера (гидродинамического радиуса) селективного лиганда при взаимодействии с представляющим интерес аналитом. Анализ FIDA работает в сложных растворах (например, в плазме [18] ) и предоставляет информацию о концентрации аналита, константах сродства, размере молекул и кинетике связывания. Одиночный анализ обычно занимает несколько минут и требует всего несколько мкл образца. [17]
Поляризация / анизотропия флуоресценции может использоваться для измерения взаимодействий белок-белок или белок-лиганд. Обычно один связывающий партнер метят флуоресцентным зондом (хотя иногда может использоваться собственная флуоресценция белка триптофана), и образец возбуждают поляризованным светом. Увеличение поляризации флуоресценции при связывании меченого белка с его партнером по связыванию можно использовать для расчета аффинности связывания.
При флуоресцентной корреляционной спектроскопии один белок маркируется флуоресцентным красителем, а другой остается немаркированным. Затем два белка смешиваются, и данные выводят долю меченого белка, которая не связана и связана с другим белком, что позволяет вам измерить K D и сродство связывания. Для характеристики кинетики связывания можно также провести измерения с течением времени. FCS также сообщает вам размер образованных комплексов, чтобы вы могли измерить стехиометрию связывания. Более мощным методом является флуоресцентная кросс-корреляционная спектроскопия (FCCS), в которой используются методы двойной маркировки и кросс-корреляция, что приводит к значительному улучшению отношения сигнал / шум по сравнению с FCS. Кроме того, двухфотонное и трехфотонное возбуждение практически исключает эффекты фотообесцвечивания и обеспечивает сверхбыструю запись данных FCCS или FCS.
Флуоресцентный резонансный перенос энергии (FRET) - распространенный метод наблюдения за взаимодействием различных белков. [19] [20] [21] [22] Применяемый in vivo, FRET использовался для определения местоположения и взаимодействия генов и клеточных структур, включая интегрины и мембранные белки. [23] FRET можно использовать для получения информации о метаболических или сигнальных путях. [24] [25] [26]
Биослойная интерферометрия (BLI) - это безметочная технология для измерения биомолекулярных взаимодействий [27] [28] (белок: белок или белок: малая молекула). Это оптический аналитический метод, который анализирует интерференционную картину белого света, отраженного от двух поверхностей: слоя иммобилизованного белка на наконечнике биосенсора и внутреннего эталонного слоя. Любое изменение количества молекул, связанных с наконечником биосенсора, вызывает сдвиг в интерференционной картине, которую можно измерить в режиме реального времени, предоставляя подробную информацию о кинетике ассоциации и диссоциации двух молекул молекул, а также о константе сродства для белковое взаимодействие (k a , k d и K d ). Из-за конфигурации сенсора этот метод хорошо подходит как для очищенных, так и для сырых образцов, а также для высокопроизводительных скрининговых экспериментов. Метод обнаружения также можно использовать для определения молярной концентрации аналитов.
Определение активности белка с помощью измерений многоядерной релаксации ЯМР или спектроскопии ЯМР 2D-FT в растворах в сочетании с нелинейным регрессионным анализом наборов данных ЯМР-релаксации или 2D-FT-спектроскопии. В то время как концепция активности воды широко известна и используется в прикладных биологических науках, ее дополнение - активность белка, которая количественно определяет белок-белковые взаимодействия - гораздо менее знакомо биологам, поскольку ее труднее определить в разбавленных растворах белков; Активность белка также намного труднее определить для концентрированных белковых растворов, когда агрегация белка, а не просто временная ассоциация белков, часто является доминирующим процессом. [29]
Изотермическая калориметрия титрования (ITC) считается наиболее доступным количественным методом для измерения термодинамических свойств белок-белковых взаимодействий и становится необходимым инструментом для структурных исследований белково-белковых комплексов. Этот метод основан на точном измерении тепловых изменений, которые следуют за взаимодействием белковых молекул в растворе, без необходимости маркировать или иммобилизовать связывающих партнеров, поскольку поглощение или выработка тепла является внутренним свойством практически всех биохимических реакций. ITC предоставляет информацию о стехиометрии, энтальпии, энтропии и кинетике связывания между двумя взаимодействующими белками. [30]
Микромасштабный термофорез (MST) - это новый метод, который позволяет количественно анализировать молекулярные взаимодействия в растворе в микролитровом масштабе. Метод основан на термофорезе молекул, который дает информацию о размере молекулы, заряде и гидратной оболочке. Поскольку связывание обычно влияет по крайней мере на один из этих параметров, этот метод можно использовать для анализа каждого вида биомолекулярного взаимодействия или модификации. Метод одинаково хорошо работает со стандартными буферами и биологическими жидкостями, такими как кровь или клеточный лизат. Это бесплатный метод решения, который не требует иммобилизации связывающих партнеров. MST предоставляет информацию о сродстве связывания, стехиометрии, конкуренции и энтальпии двух или более взаимодействующих белков. [31] [32]
Анализ связывания лиганда на основе вращающихся клеток с использованием радиоактивности или флуоресценции - это недавний метод измерения молекулярных взаимодействий в живых клетках в режиме реального времени. Этот метод позволяет охарактеризовать механизм связывания, а также K d , k on и k off . Этот принцип применяется в нескольких исследованиях, в основном с белковыми лигандами и живыми клетками млекопитающих. [33] [34] [35] [36]
Одноцветная рефлектометрия (SCORE) - это технология без этикеток для измерения всех видов биомолекулярных взаимодействий в режиме реального времени. Подобно BLI, он использует эффекты интерференции на тонких слоях. Однако для этого не требуется спектральное разрешение, а скорее используется монохроматический свет. Таким образом, можно анализировать не только одно взаимодействие, но и массивы с высокой плотностью до 10 000 взаимодействий на см 2 . [37]
Генетические методы
Дрожжи дигибридные и бактериальная дигибридная экран [38] исследование взаимодействия между искусственными белками слияния. Они не требуют выделения белков, а используют трансформацию для экспрессии белков в бактериях или дрожжах . Клетки сконструированы таким образом , что взаимодействие активирует транскрипцию в виде гена - репортера или репортера фермента . [39]
Вычислительные методы
Большинство методов PPI требуют некоторого анализа вычислительных данных. Методы, описанные в этом разделе, в основном являются вычислительными, хотя обычно для них требуются данные, полученные в ходе лабораторных экспериментов с влажным воздухом.
Докинг белок-белок , предсказание белок-белковых взаимодействий, основанное только на трехмерных структурах белка по дифракции рентгеновских лучей кристаллов белка, может быть неудовлетворительным. [40] [41]
Сетевой анализ включает в себя анализ сетей взаимодействия с использованием методов теории графов или статистических методов. Цель этих исследований - понять природу взаимодействий в контексте клетки или пути , а не только индивидуальные взаимодействия. [42]
Рекомендации
- ^ Титека, Кевин; Лемменс, Ирма; Тавернье, Ян; Эйкерман, Свен (29.06.2018). «Обнаружение клеточных белок-белковых взаимодействий: технологические стратегии и возможности» . Обзоры масс-спектрометрии . 38 (1): 79–111. DOI : 10.1002 / mas.21574 . ISSN 0277-7037 . PMID 29957823 .
- ^ Големис Э (2002). Белковые взаимодействия: руководство по молекулярному клонированию . Колд-Спринг-Харбор, Нью-Йорк: Лаборатория Колд-Спринг-Харбор.[ требуется страница ]
- ^ Ху CD, Чиненов Ю., Керппола Т.К. (апрель 2002 г.). «Визуализация взаимодействий между белками семейства bZIP и Rel в живых клетках с использованием бимолекулярной флуоресцентной комплементации». Молекулярная клетка . 9 (4): 789–98. DOI : 10.1016 / S1097-2765 (02) 00496-3 . PMID 11983170 .
- ^ Лу Дж. П., Битти Л. К., Пинтус Дж. Х. (2008). «Система одного вектора на основе рекомбиназы двойной экспрессии (DERB) для высокопроизводительного скрининга и проверки взаимодействия белков в живых клетках» . Предшествующая природа . DOI : 10.1038 / npre.2008.1550.2 . hdl : 10101 / npre.2008.1550.2 .
- ^ Сучанек М., Радзиковска А., Тиле С. (апрель 2005 г.). «Фото-лейцин и фото-метионин позволяют идентифицировать белок-белковые взаимодействия в живых клетках» . Природные методы . 2 (4): 261–7. DOI : 10.1038 / nmeth752 . PMID 15782218 .
- ^ Мурале Д.П., Хонг СК, Хак М.М., Ли Дж.С. (24.06.2017). «Мечение фотоаффинности (PAL) в химической протеомике: удобный инструмент для исследования белок-белковых взаимодействий (PPI)» . Протеомная наука . 15 : 14. DOI : 10,1186 / s12953-017-0123-3 . PMC 5483283 . PMID 28652856 .
- ^ Collins SR, Kemmeren P, Zhao XC, Greenblatt JF, Spencer F, Holstege FC, Weissman JS, Krogan NJ (март 2007 г.). «К всеобъемлющему атласу физического взаимодействия Saccharomyces cerevisiae» (PDF) . Молекулярная и клеточная протеомика . 6 (3): 439–50. DOI : 10.1074 / mcp.M600381-MCP200 . PMID 17200106 . S2CID 11177122 .
- ^ Кроган Нью-Джерси, Кэгни Дж., Ю Х, Чжун Дж., Го Х, Игнатченко А., Ли Дж., Пу С, Датта Н., Тикуисис А. П., Пунна Т., Перегрин-Альварес Дж. М., Шалес М, Чжан Х, Дэйви М., Робинсон М. Д., Пакканаро А., Брей Дж. Э., Шунг А., Битти Б., Ричардс Д. П., Канадиен В., Лалев А., Мена Ф., Вонг П., Старостин А., Канете М. М., Власблом Дж., Ву С., Орси С., Коллинз С. Р., Чандран С., Хав Р. , Rilstone JJ, Gandi K, Thompson NJ, Musso G, St Onge P, Ghanny S, Lam MH, Butland G, Altaf-Ul AM, Kanaya S, Shilatifard A, O'Shea E, Weissman JS, Ingles CJ, Hughes TR , Паркинсон Дж., Герштейн М., Водак С.Дж., Эмили А., Гринблатт Дж. Ф. (март 2006 г.). «Глобальный ландшафт белковых комплексов дрожжей Saccharomyces cerevisiae». Природа . 440 (7084): 637–43. Bibcode : 2006Natur.440..637K . DOI : 10,1038 / природа04670 . PMID 16554755 . S2CID 72422 .
- ^ Gavin AC, Aloy P, Grandi P, Krause R, Boesche M, Marzioch M, Rau C, Jensen LJ, Bastuck S, Dümpelfeld B, Edelmann A, Heurtier MA, Hoffman V, Hoefert C, Klein K, Hudak M, Michon AM , Schelder M, Schirle M, Remor M, Rudi T, Hooper S, Bauer A, Bouwmeester T, Casari G, Drewes G, Neubauer G, Rick JM, Kuster B, Bork P, Russell RB, Superti-Furga G (март 2006 г.) ). «Протеомный обзор показывает модульность механизма дрожжевых клеток». Природа . 440 (7084): 631–6. Bibcode : 2006Natur.440..631G . DOI : 10,1038 / природа04532 . PMID 16429126 . S2CID 4335436 .
- ^ Герцберг С., Вейдингер Л.А., Дёррбекер Б., Хюбнер С., Штюльке Дж., Commichau FM (ноябрь 2007 г.). «ПОЗВОНОЧНИК: метод быстрого обнаружения и анализа белок-белковых взаимодействий in vivo» . Протеомика . 7 (22): 4032–5. DOI : 10.1002 / pmic.200700491 . PMID 17994626 . S2CID 35517635 .
- ^ Зельбах М., Манн М. (декабрь 2006 г.). «Скрининг взаимодействия белков с помощью количественной иммунопреципитации в сочетании с нокдауном (QUICK)». Природные методы . 3 (12): 981–3. DOI : 10.1038 / nmeth972 . PMID 17072306 . S2CID 21675041 .
- ^ Седерберг О., Гулльберг М., Ярвиус М., Риддерстроле К., Леуховиус К. Дж., Ярвиус Дж., Вестер К., Гидбринг П., Бахрам Ф., Ларссон Л. Г., Ландегрен Ю. (декабрь 2006 г.). «Прямое наблюдение индивидуальных эндогенных белковых комплексов in situ путем лигирования близости». Природные методы . 3 (12): 995–1000. DOI : 10.1038 / nmeth947 . PMID 17072308 . S2CID 21819907 .
- ^ Ярвиус М., Паульссон Дж., Вейбрехт И., Лейховиус К.Дж., Андерссон А.С., Велби К., Гуллберг М., Ботлинг Дж., Сьоблом Т., Маркова Б., Остман А., Ландегрен Ю., Седерберг О. (сентябрь 2007 г.). «Обнаружение in situ бета-рецептора фосфорилированного тромбоцитарного фактора роста с использованием метода обобщенного лигирования близости» . Молекулярная и клеточная протеомика . 6 (9): 1500–9. DOI : 10.1074 / mcp.M700166-MCP200 . PMID 17565975 .
- ^ Плата CJ, Fredericks-Short F, Billikanti JM, Damodaran VB (22–26 июня 2008 г.). Измерение электростатических взаимодействий ПЭГилированных белков с использованием новой методики многоканального поверхностного плазмонного резонанса . Восстановление биологических продуктов XIII. Квебек-Сити, Квебек. Архивировано из оригинала на 2010-11-04.
- ^ Аттри А.К., Минтон А.П. (ноябрь 2005 г.). «Композиционное градиентное статическое рассеяние света: новый метод для быстрого обнаружения и количественной характеристики обратимых макромолекулярных гетероассоциаций в растворе» . Аналитическая биохимия . 346 (1): 132–8. DOI : 10.1016 / j.ab.2005.08.013 . PMID 16188220 .
- ^ Хэнлон А.Д., Ларкин М.И., Реддик Р.М. (январь 2010 г.). «Взаимодействие белок-белок в свободном растворе без меток, характеризующееся динамическим светорассеянием» . Биофизический журнал . 98 (2): 297–304. Bibcode : 2010BpJ .... 98..297H . DOI : 10.1016 / j.bpj.2009.09.061 . PMC 2808485 . PMID 20338851 .
- ^ а б Поульсен Н.Н., Андерсен Н.З., Остергаард Дж., Чжуанг Дж., Петерсен Н.Дж., Дженсен Х. (июль 2015 г.). «Анализ дисперсии, индуцированной потоком, быстро определяет количество белков в образцах плазмы человека» . Аналитик . 140 (13): 4365–9. Bibcode : 2015Ana ... 140.4365P . DOI : 10.1039 / c5an00697j . PMID 26031223 .
- ^ Поульсен Н.Н., Педерсен М.Э., Остергаард Дж., Петерсен Н.Дж., Нильсен Коннектикут, Хигаард Н.Х., Дженсен Х. (сентябрь 2016 г.). «Поток-индуцированный дисперсионный анализ для исследования гетерогенности связывания антител против дцДНК у пациентов с системной красной волчанкой: к новому подходу к диагностике и стратификации пациентов». Аналитическая химия . 88 (18): 9056–61. DOI : 10.1021 / acs.analchem.6b01741 . PMID 27571264 .
- ^ Поллок, Б; Хайм, Р. (1999). «Использование GFP в приложениях на основе FRET». Тенденции в клеточной биологии . 9 (2): 57–60. DOI : 10.1016 / S0962-8924 (98) 01434-2 . PMID 10087619 .
- ^ Мартин, Сара Ф. и др. «Количественный анализ мультибелковых взаимодействий с использованием FRET: приложение к пути SUMO». Protein Science 17.4 (2008): 777-784.
- ^ Ши И., Стоутен П.Ф., Пиллаламарри Н., Бариль Л., Розаль Р.В., Тейхберг С., Бу Зи, Каллавей Д.Д. (9 ноября 2005 г.). «Количественное определение топологических предрасположенностей амилоидогенных пептидов». Биофиз. Chem . 120 (1): 55–61. DOI : 10.1016 / j.bpc.2005.09.015 . PMID 16288953 .
- ^ Мацумото С., Хаммес Г.Г. (28 января 1975 г.). «Перенос энергии флуоресценции между сайтами связывания лиганда на аспартат-транскарбамилазе». Биохимия . 14 (2): 214–224. DOI : 10.1021 / bi00673a004 . PMID 1091284 .
- ^ Секарь, РБ; Periasamy, А (2003). «Флуоресцентная микроскопия с резонансным переносом энергии (FRET), визуализация локализации белков живых клеток» . Журнал клеточной биологии . 160 (5): 629–33. DOI : 10,1083 / jcb.200210140 . PMC 2173363 . PMID 12615908 .
- ^ Ни, Цян; Чжан, Цзинь (2010). «Динамическая визуализация сотовой сигнализации» . Ин Эндо, Исао; Нагамуне, Теруюки (ред.). Нано / микробиотехнология . Достижения в области биохимической инженерии / биотехнологии, том 119, 119 . Springer. С. 79–97. Bibcode : 2010nmb..book ... 79N . DOI : 10.1007 / 10_2008_48 . ISBN 978-3-642-14946-7. PMID 19499207 .
- ^ Гаделла TW (2008). Техники FRET и FLIM . Эльзевир. ISBN 978-0-08-054958-3.[ требуется страница ]
- ^ Лакович, Джозеф Р. (1999). Принципы флуоресцентной спектроскопии (2 - е изд.). Нью-Йорк, штат Нью-Йорк: Kluwer Acad./Plenum Publ. С. 374–443. ISBN 978-0-306-46093-7.
- ^ Фанг Y (2007). "Оптические биосенсоры без этикеток в открытии лекарств" (PDF) . Тенденции в био / фармацевтической промышленности . 3 : 34-8.
- ^ Рич Р.Л., Мышка Д.Г. (февраль 2007 г.). «Высокопроизводительный анализ молекулярного взаимодействия в реальном времени без этикеток». Аналитическая биохимия . 361 (1): 1–6. DOI : 10.1016 / j.ab.2006.10.040 . PMID 17145039 .
- ^ Баяну И.К., Прессен Х., Кумосинский Т.Ф. (1993). «Принципы ЯМР и их применение для определения структуры, активности и гидратации белков». Продвинутые методы, структуры и приложения . Физическая химия пищевых процессов, Том II. Нью-Йорк: Ван Ностранд-Рейнхольд. С. 338–420. ISBN 978-0-442-00582-5.
- ^ Беллуччи М (2010). Белковые взаимодействия: набор инструментов для определения функциональных сетей . VDM Verlag Dr. Müller. ISBN 978-3-639-31160-0.[ требуется страница ]
- ^ Винкен CJ, Baaske P, Rothbauer U, Braun D, Duhr S (октябрь 2010 г.). «Анализы связывания белков в биологических жидкостях с использованием термофореза на микроуровне» . Nature Communications . 1 (7): 100. Bibcode : 2010NatCo ... 1..100W . DOI : 10.1038 / ncomms1093 . PMC 3186516 . PMID 20981028 .
- ^ Baaske P, Wienken CJ, Reineck P, Duhr S, Braun D (март 2010 г.). «Оптический термофорез для количественной оценки буферной зависимости связывания аптамера» . Angewandte Chemie . 49 (12): 2238–41. DOI : 10.1002 / anie.200903998 . PMID 20186894 . S2CID 42489892 .
- ^ Renaud JP, Chung CW, Danielson UH, Egner U, Hennig M, Hubbard RE, Nar H (октябрь 2016 г.). «Биофизика в открытии лекарств: влияние, проблемы и возможности» (PDF) . Обзоры природы. Открытие наркотиков . 15 (10): 679–98. DOI : 10.1038 / nrd.2016.123 . PMID 27516170 . S2CID 34486618 .
- ^ Андерссон, Карл; Бьоркелунд, Ханна; Мальмквист, Магнус (10.11.2010). Карл Андерссон. «Взаимодействие антитело-антиген: какое время требуется для достижения равновесия?» . Предшествующая природа . DOI : 10.1038 / npre.2010.5218.1 .
- ^ Бьорке Х, Андерссон К. (август 2006 г.). «Автоматизированные исследования клеточного удержания и поглощения in vitro с высоким разрешением». Прикладное излучение и изотопы . 64 (8): 901–5. DOI : 10.1016 / j.apradiso.2006.03.002 . PMID 16618544 .
- ^ Бьорке Х, Андерссон К. (январь 2006 г.). «Измерение сродства радиолиганда к его рецептору с использованием вращающейся чашки для клеток с эталонной областью in situ». Прикладное излучение и изотопы . 64 (1): 32–7. DOI : 10.1016 / j.apradiso.2005.06.007 . PMID 16055339 .
- ^ «Архивная копия» (PDF) . Архивировано из оригинального (PDF) 20 октября 2017 года . Проверено 4 декабря 2017 .CS1 maint: заархивированная копия как заголовок ( ссылка )
- ^ Баттести А, Бувере Э (декабрь 2012 г.). «Бактериальная двугибридная система, основанная на восстановлении аденилатциклазы в Escherichia coli» . Методы . 58 (4): 325–34. DOI : 10.1016 / j.ymeth.2012.07.018 . PMID 22841567 .
- ^ Мехла Дж., Кауфилд Дж. Х., Уетц П. (май 2015 г.). «Дрожжевая двугибридная система: инструмент для картирования белок-белковых взаимодействий». Протоколы Колд-Спринг-Харбор . 2015 (5): 425–30. DOI : 10,1101 / pdb.top083345 . PMID 25934943 .
- ^ Бонвин А.М. (апрель 2006 г.). «Гибкий белок-белковый докинг». Текущее мнение в структурной биологии . 16 (2): 194–200. DOI : 10.1016 / j.sbi.2006.02.002 . hdl : 1874/20093 . PMID 16488145 .
- ^ Грей JJ (апрель 2006 г.). «Белковая стыковка высокого разрешения». Текущее мнение в структурной биологии . 16 (2): 183–93. DOI : 10.1016 / j.sbi.2006.03.003 . PMID 16546374 .
- ^ Барабаши А.Л., Олтвай З.Н. (февраль 2004 г.). «Сетевая биология: понимание функциональной организации клетки». Обзоры природы. Генетика . 5 (2): 101–13. DOI : 10.1038 / nrg1272 . PMID 14735121 . S2CID 10950726 .