Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Часть серии по
Микробиомы
Растение microbiota.png
Микробиомы растений
Морские микробиомы
Микробиомы человека
Другие микробиомы
Микробиота
Голобионты
Связанный
  • Дисбактериоз
  • Гнотобиоз
  • Фитобиом
  • Проверка кворума
  • Биологическая темная материя
  • Биология микробной популяции
  • Микробное сотрудничество
  • Метагеномика
    • популярный
  • Метатранскриптомика
  • Пангеном
  • Суперорганизм
Проекты
  • Проект человеческого микробиома
  • Проект "Микробиом Земли"
  • v
  • т
  • е

Корень микробиом (также называемый ризосфера микробиомом) является динамическим сообщества из микроорганизмов , ассоциированных с растениями корней . [1] Поскольку корни растений богаты различными углеродными соединениями, они создают уникальную среду для разнообразного сообщества почвенных микроорганизмов, включая бактерии , грибы и археи . Микробные сообщества внутри корня и в ризосфере отличны друг от друга, [2] и из микробных сообществ сыпучего грунта , [3] , хотя есть некоторое перекрытие видов сочинение.

Различные микроорганизмы, как полезные, так и вредные, влияют на развитие и физиологию растений. К полезным микроорганизмам относятся бактерии, которые связывают азот, способствуют росту растений, микоризные грибы, микопаразитарные грибы, простейшие и некоторые микроорганизмы для биоконтроля. [1] Патогенные микроорганизмы также охватывают определенные бактерии, патогенные грибы и определенные нематоды, которые могут колонизировать ризосферу. Патогены способны конкурировать с защитными микробами и преодолевать врожденные защитные механизмы растений. [1] Помимо микробов, вызывающих заболевания растений, некоторые бактерии, которые являются патогенными и могут передаваться человеку, такие как сальмонелла , энтерогеморагическая кишечная палочка , Burkholedria (ceno) cepacia, Pseudomonas aeruginosa и Stenotrophomonas maltophilia также могут быть обнаружены в микробиоме, ассоциированном с корнями, и в тканях растений. [1]

Микробиота корней влияет на приспособленность и продуктивность растений- хозяев по-разному. Члены корневого микробиома получают пользу от растительных сахаров или других богатых углеродом молекул. Отдельные члены корневого микробиома могут вести себя по-разному в связи с разными растениями-хозяевами [4] или могут изменять характер своего взаимодействия (в континууме мутуалист-паразит ) внутри одного хозяина по мере изменения условий окружающей среды или здоровья хозяина. [5]

Несмотря на потенциальную важность корневого микробиома для растений и экосистем , наше понимание того, как собираются сообщества корневых микробов, находится в зачаточном состоянии. [6] [7] Это отчасти связано с тем, что до недавних достижений в технологиях секвенирования корневые микробы было трудно изучать из-за высокого видового разнообразия , большого количества скрытых видов и того факта, что большинство видов еще не было извлечено в культуру. . [8] Данные свидетельствуют как о биотических (например, идентичность хозяина и соседство растения), так и абиотическом (например, структура почвыи доступность питательных веществ) влияют на состав сообщества. [9] [10] [11] [12] [13]

Функция [ править ]

Солнечный свет и углекислый газ из атмосферы поглощаются листьями растений и превращаются в фиксированный углерод. Этот углерод перемещается вниз к корням растения, откуда некоторое количество возвращается обратно к листьям. Связанный углерод, перемещающийся к корням, излучается наружу в окружающую почву, где микробы используют его в качестве пищи для роста. В свою очередь, микробы прикрепляются к корню растения, что улучшает доступ корней к питательным веществам и их устойчивость к стрессам окружающей среды и патогенам. В специфических симбиотических отношениях растение / корень корень растения выделяет флавоноиды в почву, которая ощущается микробами, где эти микробы выделяют узловые факторы в корень растения, что способствует заражению корня растения. Эти уникальные микробы осуществляют азотфиксацию в корневых клубеньках, обеспечивая растения питательными веществами.

Типы симбиозов [ править ]

Микробы, ассоциированные с корнями, включают грибы , бактерии и археи . Кроме того, другие организмы, такие как вирусы , водоросли , простейшие , нематоды и членистоногие, являются частью корневой микробиоты. [1] Симбионты, связанные с корнями растений, существуют за счет продуктов фотосинтеза (богатых углеродом молекул) растения-хозяина и могут существовать где угодно в континууме мутуалистов / паразитов .

Корневые симбионты могут улучшить доступ своего хозяина к питательным веществам , [14] [15] [16] производить регуляторы роста растений , [17] улучшить устойчивость своего хозяина к стрессу окружающей среды , [18] [19] [20] вызвать защитные механизмы хозяина и системные устойчивость к вредителям или патогенам [21] [22] [23] или быть патогенными . [24]Паразиты потребляют углерод растения, не принося никакой пользы или принося слишком мало пользы по сравнению с затратами на углерод, тем самым ставя под угрозу приспособленность хозяина. Симбионты могут быть биотрофными (существовать за счет живой ткани) или некротрофными (существовать за счет мертвой ткани).

Континуум мутуалистов-паразитов [ править ]

Хотя некоторые микробы могут быть чисто мутуалистическими или паразитическими , многие могут вести себя так или иначе в зависимости от вида хозяина, с которым они связаны, условий окружающей среды и здоровья хозяина. [4] Иммунный ответ хозяина контролирует инфекцию симбионтов и скорость их роста. [4] Если иммунный ответ хозяина не способен контролировать конкретный вид микробов или если иммунитет хозяина нарушен, взаимоотношения между микробом и растением, вероятно, будут находиться где-то ближе к паразитической стороне континуума мутуалист-паразит. Точно так же высокое содержание питательных веществ может подтолкнуть некоторых микробов к паразитическому поведению, поощряя неконтролируемый рост в то время, когда симбионты больше не нужны для помощи в усвоении питательных веществ. [4]

Состав [ править ]

Корни заселяют грибы , бактерии и археи . Поскольку они многоклеточные , грибы могут распространять гифы из органов обмена питательных веществ внутри клеток-хозяев в окружающую ризосферу и большую часть почвы. Грибы, выходящие за пределы поверхности корня и участвующие в углеродно-питательном обмене с растением-хозяином, обычно считаются микоризными , но внешние гифы также могут включать другие эндофитные грибы. Микоризные грибы могут распространяться на большие расстояния в объемную почву [5].тем самым увеличивая охват корневой системы и площадь поверхности, позволяя микоризным грибам усваивать большой процент питательных веществ своего растения-хозяина. В некоторых экосистемах до 80% азота растений и 90% фосфора растений усваивается микоризными грибами. [14] В свою очередь, растения могут выделять микоризу ~ 20-40% своего углерода. [25]

Грибы [ править ]

Микориза [ править ]

Основная статья: Микориза

Mycorrhizal (от греческого) буквально означает «корни гриба» и определяет симбиотическое взаимодействие между растениями и грибами. Грибы важны для разложения и переработки органического материала, однако границы между патогенным и симбиотическим образом жизни грибов не всегда четкие. В большинстве случаев эта ассоциация является симбиотической с грибком, улучшающим усвоение питательных веществ и воды из почвы или повышающим устойчивость к стрессу, и грибком, получающим пользу от углеводов, производимых растением. [26]  Микориза включает широкий спектр взаимодействий корневых грибов, характеризующихся способом колонизации. Практически все растения образуют микоризные ассоциации, и есть свидетельства того, что некоторые микоризы переносят углерод и другие питательные вещества не только из почвы в растение, но и между различными растениями в ландшафте. [5]Основные группы включают эктомикоризу , арбускулярную микоризу , эрикоидную микоризу , орхидную микоризу и монотропную микоризу . Монотропоидные микоризы связаны с однотропными растениями, в которых отсутствует хлорофилл . Многие орхидеи также являются ахлорофиллами, по крайней мере, на протяжении части своего жизненного цикла. Таким образом, эти взаимоотношения микориз и растений уникальны, потому что гриб обеспечивает хозяина углеродом, а также другими питательными веществами, часто паразитируя на других растениях. [5] Ахлорофилловые растения, образующие эти типы микоризных ассоциаций, называются микогетеротрофами .

Эндофиты [ править ]

Основная статья: Эндофит

Эндофиты растут в тканях растений - корнях, стеблях, листьях - в основном бессимптомно, однако по мере старения растения они могут стать немного патогенными. [26] Они могут колонизировать межклеточные пространства, сами корневые клетки или и то, и другое. Известными примерами являются ризобии и темные перегородчатые эндофиты (которые производят меланин , антиоксидант, который может обеспечить устойчивость к различным стрессам окружающей среды [27] ). [ необходима цитата ]

Бактерии [ править ]

Зона почвы, окружающая корни, богата питательными веществами, выделяемыми растениями, и поэтому является привлекательной средой для роста как полезных, так и патогенных бактерий. Полезные бактерии, ассоциированные с корнями, способствуют росту растений и обеспечивают защиту от патогенов. В основном это ризобактерии , принадлежащие к Proteobacteria и Firmicutes , а также многие примеры из родов Pseudomonas и Bacillus . [1] Виды Rhizobium колонизируют корни бобовых, образуя клубеньковые структуры. В ответ на корневые экссудаты ризобии продуцируют сигнальные факторы Nod , которые распознаются бобовыми и вызывают образование клубеньков на корнях растений. [28]Внутри этих структур Rhizobium осуществляют азотфиксацию, что обеспечивает растение источником азота. В свою очередь, растения снабжают бактерии источником углерода, чтобы активировать азотфиксацию. [29] [30] Помимо азотфиксации, виды Azospirillum способствуют росту растений за счет производства фитогормонов роста ( ауксинов , цитокининов , гиббереллинов ). За счет этих фитогормонов корневые волоски расширяются, занимают большую площадь и лучше усваивают воду и питательные вещества. [29] [31] Патогенные бактерии, поражающие растения, поражают корни растений, как правило, из Pectobacterium , Ralstonia ,Роды Dickeya и Agrobacterium . Среди наиболее известных - Pectobacterium carotovorum , Pectobacterium atrosepticum , Ralstonia solanacearum , Dickeya dadanthi , Dickeya solani и Agrobacterium tumefaciens .

Бактерии прикрепляются к корням по определенному двухфазному механизму в два этапа: сначала слабое, неспецифическое связывание, а затем переход ко второму - сильному необратимому этапу пребывания. Таким образом прикрепляются как полезные, так и патогенные бактерии. Бактерии могут оставаться прикрепленными к внешней поверхности, или определенные эндофиты или патогены могут колонизировать внутренний корень. [29] Первичное прикрепление регулируется химическими силами или определенными внеклеточными структурами, такими как пили или жгутики . Вторичное прикрепление в основном характеризуется синтезом целлюлозы , внеклеточных фибрилл и специфических факторов прикрепления, таких как поверхностные белки, которые помогают бактериям агрегировать и образовывать колонии. [29]

Археи [ править ]

Основная статья: Археи

Хотя архей традиционно считают экстремофилами , микробы принадлежат к экстремальным условиям, достижения в области метагеномики и секвенирования генов показывают, что археи распространены повсеместно и встречаются практически в любой среде, включая корневой микробиом. [8] [32] [33] [34] [35] [36] Например, корневые-колонизировать археи были обнаружены в кукурузе , [33] риса , [37] пшеницы , [34] и мангры . [38] Метаногени окисляющие аммоний археи являются преобладающими членами корневого микробиома, особенно в анаэробных почвах и водно-болотных угодьях. [32] [39] [40] [41] Типы архей, обнаруженные в микробиоме корней, включают Euryarchaeota , [32] [40] [42] Thaumarchaeota , [32] [42] и Crenarchaeota . [40]

Присутствие и относительное обилие архей в различных средах предполагает, что они, вероятно, играют важную роль в микробиоме корней. [32] Было обнаружено, что археи способствуют росту и развитию растений, обеспечивают устойчивость к стрессу, улучшают усвоение питательных веществ и защищают от патогенов. [32] [36] [43] Например, Arabidopsis thaliana, колонизированная окисляющими аммиак почвенными археями, Nitrosocosmicus oleophilius , продемонстрировала повышенный вес побегов, фотосинтетическую активность и иммунный ответ. [43]

Изучение микробных сообществ в почве и корнях позволяет выявить архейные организмы и гены, которые выполняют функции, аналогичные функциям бактерий и грибов , такие как синтез ауксина , защита от абиотического стресса и азотфиксация . [36] [44] В некоторых случаях ключевые гены роста и развития растений, такие как метаболизм и синтез клеточной стенки , более распространены у архей, чем у бактерий. [36]

На присутствие архей в микробиоме корней также могут влиять растения-хозяева, которые могут изменять разнообразие, присутствие и здоровье сообществ архей. [8] [38] [45]

Вирусы [ править ]

Вирусы также заражают растения через корни, однако для проникновения в ткани корня они обычно используют такие векторы, как нематоды или грибы. [1]

Механизмы сборки [ править ]

Продолжаются дискуссии о том, какие механизмы ответственны за объединение отдельных микробов в сообщества . Есть две основные конкурирующие гипотезы. Один из них заключается в том, что «все есть везде, но среда выбирает», что означает, что биотические и абиотические факторы создают единственные ограничения, посредством естественного отбора , которым микробы и какие среды колонизируют . Это называется нишевой гипотезой, и ее аналогом является гипотеза о том, что нейтральные процессы, такие как расстояние и географические барьеры для распространения , контролируют сборку микробного сообщества, когда таксоны одинаково подходятв окружающей среде. Согласно этой гипотезе, различия между отдельными таксонами в способах и масштабах расселения объясняют различия в микробных сообществах в разных средах. [7] Скорее всего, как естественный отбор, так и нейтральные процессы влияют на сборку микробного сообщества, хотя определенные таксоны микробов могут быть более ограничены тем или другим процессом в зависимости от их физиологических ограничений и способа распространения. [7]

Механизмы распространения микробов включают ветер, воду и автостоп на более подвижных макробах. Микробную дисперсию трудно изучать, и мало что известно о ее влиянии на сборку микробного сообщества по сравнению с эффектом абиотических и биотических механизмов сборки [7], особенно в корнях. По этой причине ниже обсуждаются только механизмы сборки, которые соответствуют гипотезе ниши.

Таксоны в сообществах корневых микробов, по-видимому, происходят из окружающей почвы, хотя относительная численность различных таксонов может сильно отличаться от таксонов, обнаруженных в основной массе почвы, из-за уникальных ниш в корневой системе и ризосфере. [8]

Механизмы биотической сборки [ править ]

Различные части корня связаны с разными микробными сообществами. Например, тонкие корни, кончики корней и главный корень связаны с разными сообществами [8] [46], а ризосфера, поверхность корня и ткань корня связаны с разными сообществами, [2] [3] вероятно благодаря уникальному химическому составу и питательному статусу каждого из этих регионов. Кроме того, разные виды растений и даже разные сорта содержат разные микробные сообщества [9] [10] [46], вероятно, из-за специфических иммунных реакций хозяина [4] и различий в экссудатах углеродных корней. [47]Возраст хозяина влияет на состав корневого микробного сообщества, вероятно, по тем же причинам, что и личность хозяина. [8] Также было показано, что идентичность соседней растительности влияет на состав микробного сообщества корней растения-хозяина. [9] [10] [48] [49]

Механизмы абиотической сборки [ править ]

Абиотические механизмы также влияют на сборку сообщества корневых микробов [9] [10] [11] [12] [13], потому что отдельные таксоны имеют разные оптимумы в зависимости от различных градиентов окружающей среды , таких как концентрация питательных веществ, pH, влажность, температура и т. Д. химические и климатические факторы, структура почвы и нарушения влияют на биотическую сборку корней. [8]

Наследование [ править ]

Корневой микробиом динамичен, подвижен в пределах ограничений, налагаемых биотической и абиотической средой. Как и в макроэкологических системах, историческая траектория микробиологического сообщества может частично определять настоящее и будущее сообщества. Из-за антагонистических и мутуалистических взаимодействий между микробными таксонами можно ожидать, что таксоны, колонизирующие корень в любой момент, будут влиять на то, какие новые таксоны будут приобретены, и, следовательно, на то, как сообщество реагирует на изменения в хозяине или окружающей среде. [7] Хотя влияние первоначального сообщества на микробную сукцессию было изучено в различных образцах окружающей среды, микробиоме человека и лабораторных условиях, его еще предстоит изучить на корнях.

Ссылки [ править ]

  1. ^ Б с д е е г Мендес Р, Р Garbeva, Raaijmakers JM (сентябрь 2013 г. ). «Микробиом ризосферы: значение полезных для растений, патогенных для растений и патогенных для человека микроорганизмов» . Обзоры микробиологии FEMS . 37 (5): 634–63. DOI : 10.1111 / 1574-6976.12028 . PMID  23790204 .
  2. ^ а б Готтель Н.Р., Кастро Х.Ф., Керли М. и др. (Сентябрь 2011 г.). «Отличительные микробные сообщества в эндосфере и ризосфере корней Populus deltoides на разных типах почвы» . Прикладная и экологическая микробиология . 77 (17): 5934–44. DOI : 10,1128 / AEM.05255-11 . PMC 3165402 . PMID 21764952 .  
  3. ^ Б Нгуен C (2009), "Rhizodeposition органического углерода на заводе: механизмы и управления", устойчивого сельского хозяйства , С. 97-123,. DOI : 10.1007 / 978-90-481-2666-8_9 , ISBN 978-90-481-2665-1
  4. ^ a b c d e Когель К. Х., Франкен П., Хюккельховен Р. (август 2006 г.). «Эндофит или паразит - что решает?». Текущее мнение в биологии растений . 9 (4): 358–63. DOI : 10.1016 / j.pbi.2006.05.001 . PMID 16713330 . 
  5. ^ a b c d Smith SE, Читать DJ (2010). Микоризный симбиоз (3-е изд.). Нью-Йорк, Нью-Йорк: Academic Press. ISBN 978-0-08-055934-6.[ требуется страница ]
  6. Перейти ↑ Kristin A, Miranda H (2013). «Корневая микробиота - отпечаток пальца в почве?» . Растение и почва . 370 (1–2): 671–86. DOI : 10.1007 / s11104-013-1647-7 . S2CID 14961515 . 
  7. ^ a b c d e Nemergut DR, Schmidt SK, Fukami T, O'Neill SP, Bilinski TM, Stanish LF, Knelman JE, Darcy JL, Lynch RC, Wickey P, Ferrenberg S (сентябрь 2013 г.). «Закономерности и процессы сборки микробного сообщества» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 77 (3): 342–56. DOI : 10.1128 / MMBR.00051-12 . PMC 3811611 . PMID 24006468 .  
  8. ^ Б с д е е г БСПН M, De Boer W, F, Мартин ван Overbeek L, Jurkevitch E (2009). «Зоопарк ризосферы: обзор ассоциированных с растениями сообществ микроорганизмов, в том числе фагов, бактерий, архей и грибов, а также некоторых их структурных факторов» . Растение и почва . 321 (1–2): 189–212. DOI : 10.1007 / s11104-009-9991-3 . S2CID 45768977 . 
  9. ^ a b c d Дин С.Л., Фаррер Э.С., Тейлор Д.Л., Поррас-Альфаро А., Судинг К.Н., Синсабо Р.Л. (март 2014 г.). «Отложение азота изменяет взаимоотношения между растениями и грибами: связь подземной динамики с изменением надземной растительности». Молекулярная экология . 23 (6): 1364–78. DOI : 10.1111 / mec.12541 . PMID 24112704 . S2CID 15540300 .  
  10. ^ а б в г Дин С. Л., Фаррер Э. К., Поррас-Альфаро А., Судинг К. Н., Синсабо Р. Л. (2014). «Сборка сообществ корневых бактерий: взаимодействие между абиотическими и биотическими факторами». Отчеты по микробиологии окружающей среды . 7 (1): 102–110. DOI : 10.1111 / 1758-2229.12194 . PMID 25870878 . 
  11. ^ a b Hardoim PR, Andreote FD, Reinhold-Hurek B, Sessitsch A, van Overbeek LS, van Elsas JD (июль 2011 г.). «Бактерии, ассоциированные с корнями риса: понимание структур сообщества по 10 сортам» . FEMS Microbiology Ecology . 77 (1): 154–64. DOI : 10.1111 / j.1574-6941.2011.01092.x . PMC 4339037 . PMID 21426364 .  
  12. ^ a b Egerton-Warburton, Louise M .; Джонсон, Нэнси Коллинз; Аллен, Эдит Б. (ноябрь 2007 г.). «Динамика микоризного сообщества после азотного удобрения: межсайтовый тест на пяти пастбищах». Экологические монографии . 77 (4): 527–44. DOI : 10.1890 / 06-1772.1 . JSTOR 27646105 . 
  13. ^ a b Тедерсоо Л., Бахрам М., Тутс М., Дидхиу А.Г., Хенкель Т.В., Кьеллер Р., Моррис М.Х., Нара К., Нухра Е., Пей К.Г., Пылме С., Риберг М., Смит М.Э., Кылъялг У. (сентябрь 2012 г.). «К глобальным моделям разнообразия и структуры сообщества эктомикоризных грибов». Молекулярная экология . 21 (17): 4160–70. DOI : 10.1111 / j.1365-294X.2012.05602.x . PMID 22568722 . 
  14. ^ a b van der Heijden MG, Bardgett RD, van Straalen NM (март 2008 г.). «Невидимое большинство: почвенные микробы как движущие силы разнообразия растений и продуктивности наземных экосистем» . Письма об экологии . 11 (3): 296–310. DOI : 10.1111 / j.1461-0248.2007.01139.x . PMID 18047587 . 
  15. ^ Маршнер P, D Кроули, Ренгель Z (2011). «Ризосферные взаимодействия между микроорганизмами и растениями определяют усвоение железа и фосфора вдоль корневой оси - модель и методы исследования». Биология и биохимия почвы . 43 (5): 883–94. DOI : 10.1016 / j.soilbio.2011.01.005 .
  16. ^ Зеленый LE, Porras-Альфаро A, Sinsabaugh RL (сентябрь 2008). «Транслокация азота и углерода объединяет биотическую корку и производство травы на пустынных пастбищах» . Журнал экологии . 96 (5): 1076–85. DOI : 10.1111 / j.1365-2745.2008.01388.x . JSTOR 20143553 . 
  17. ^ Lugtenberg B, Камилова F (2009). «Ризобактерии, способствующие росту растений». Ежегодный обзор микробиологии . 63 : 541–56. DOI : 10.1146 / annurev.micro.62.081307.162918 . PMID 19575558 . 
  18. ^ Защелка, Гаррик CM (1993). «Физиологические взаимодействия эндофитных грибов и их хозяев. Устойчивость к биотическому стрессу, передаваемая травам эндофитами». Сельское хозяйство, экосистемы и окружающая среда . 44 (1–4): 143–56. DOI : 10.1016 / 0167-8809 (93) 90043-O .
  19. Перейти ↑ Rodriguez R, Redman R (2008). «Более 400 миллионов лет эволюции, и некоторые растения до сих пор не могут сделать это самостоятельно: устойчивость растений к стрессу через симбиоз грибов» . Журнал экспериментальной ботаники . 59 (5): 1109–14. DOI : 10.1093 / JXB / erm342 . PMID 18267941 . 
  20. ↑ Лау JA, Леннон JT (октябрь 2011 г.). «Эволюционная экология взаимодействия растений и микробов: микробная структура почвы изменяет отбор по признакам растений» . Новый фитолог . 192 (1): 215–24. DOI : 10.1111 / j.1469-8137.2011.03790.x . PMID 21658184 . 
  21. Перейти ↑ Porras-Alfaro A, Bayman P (2011). «Скрытые грибы, эмерджентные свойства: эндофиты и микробиомы» . Ежегодный обзор фитопатологии . 49 : 291–315. DOI : 10.1146 / annurev-phyto-080508-081831 . PMID 19400639 . S2CID 12770904 .  
  22. ^ Doornbos РФ, Ван Лун LC, Баккер PA (2011). «Влияние корневых экссудатов и защитных сигналов растений на бактериальные сообщества в ризосфере. Обзор» (PDF) . Агрономия для устойчивого развития . 32 (1): 227–43. DOI : 10.1007 / s13593-011-0028-у . S2CID 26283073 .  
  23. ^ Баккер АГ, Doornbos РФ, Zamioudis С, Берендсен RL, Пиетерс CM (2013). «Индуцированная системная резистентность и микробиом ризосферы» . Журнал патологии растений . 29 (2): 136–43. DOI : 10.5423 / PPJ.SI.07.2012.0111 . PMC 4174772 . PMID 25288940 .  
  24. ↑ Packer A, Clay K (март 2000 г.). «Почвенные патогены и пространственные закономерности гибели проростков дерева умеренного пояса» . Природа . 404 (6775): 278–81. Bibcode : 2000Natur.404..278P . DOI : 10.1038 / 35005072 . PMID 10749209 . S2CID 23292138 .  
  25. Перейти ↑ Smith SE, Read DJ (1996). Микоризный симбиоз (2-е изд.). Нью-Йорк, Нью-Йорк: Academic Press. ISBN 978-0-08-053719-1.[ требуется страница ]
  26. ^ а б Цайлингер С., Гупта В.К., Дахмс Т.Э., Сильва Р.Н., Сингх Х.Б., Упадхьяй Р.С., Гомес Е.В., Цуй К.К., Наяк СК (март 2016 г.). «Друзья или враги? Новые открытия в результате взаимодействия грибов с растениями» . Обзоры микробиологии FEMS . 40 (2): 182–207. DOI : 10.1093 / femsre / fuv045 . PMC 4778271 . PMID 26591004 .  
  27. ^ Jumpponen A, Trappe JM (октябрь 1998). "Темные септатные эндофиты: обзор факультативных биотрофных корневых колонизирующих грибов" . Новый фитолог . 140 (2): 295–310. DOI : 10,1046 / j.1469-8137.1998.00265.x . JSTOR 2588371 . 
  28. ^ Дауни JA (март 2010). «Роль внеклеточных белков, полисахаридов и сигналов во взаимодействиях ризобий с корнями бобовых» . Обзоры микробиологии FEMS . 34 (2): 150–70. DOI : 10.1111 / j.1574-6976.2009.00205.x . PMID 20070373 . 
  29. ^ а б в г Уитли Р.М., Пул П.С. (июль 2018 г.). «Механизмы прикрепления бактерий к корням» . Обзоры микробиологии FEMS . 42 (4): 448–461. DOI : 10.1093 / femsre / fuy014 . PMID 29672765 . 
  30. ^ Udvardi M, Poole PS (2013-04-29). «Транспорт и метаболизм в симбиозах бобово-ризобийные». Ежегодный обзор биологии растений . 64 (1): 781–805. DOI : 10,1146 / annurev-arplant-050312-120235 . PMID 23451778 . 
  31. ^ Steenhoudt О, Vanderleyden J (октябрь 2000 г.). «Азоспириллы, свободноживущие азотфиксирующие бактерии, тесно связанные с травами: генетические, биохимические и экологические аспекты» . Обзоры микробиологии FEMS . 24 (4): 487–506. DOI : 10.1111 / j.1574-6976.2000.tb00552.x . PMID 10978548 . 
  32. ^ a b c d e f Муассль-Эйхингер, Кристина; Паусан, Мануэла; Таффнер, Джулиан; Берг, Габриэле; Банг, Коринна; Шмитц, Рут А. (18.08.2017). «Археи - интерактивные компоненты сложных микробиомов». Тенденции в микробиологии . 26 (1): 70–85. DOI : 10.1016 / j.tim.2017.07.004 . ISSN 0966-842X . PMID 28826642 .  
  33. ^ а б Челиус, МК; Triplett, EW (23 февраля 2001 г.). «Разнообразие архей и бактерий в связи с корнями Zea mays L.» Микробная экология . 41 (3): 252–263. DOI : 10.1007 / s002480000087 . ISSN 0095-3628 . PMID 11391463 . S2CID 20069511 .    
  34. ^ a b Пруденс, Сэмюэл ММ; Уорсли, Сара; Балис, Лукас; Мюррелл, Дж. Колин; Лехтовирта-Морли, Лаура; Хатчингс, Мэтью Л. (01.03.2019). «Связанные с корнями археи: исследование ниши, занимаемой архей, окисляющих аммиак, в микробиоме корня пшеницы» . Доступ к микробиологии . 1 (1А). DOI : 10,1099 / acmi.ac2019.po0112 . ISSN 2516-8290 . 
  35. ^ Leininger, S .; Урих, Т .; Schloter, M .; Schwark, L .; Qi, J .; Никол, GW; Проссер, JI; Schuster, SC; Шлепер, К. (17 августа 2006 г.). «Среди прокариот, окисляющих аммиак, в почвах преобладают археи» . Природа . 442 (7104): 806–809. Bibcode : 2006Natur.442..806L . DOI : 10,1038 / природа04983 . ISSN 0028-0836 . PMID 16915287 . S2CID 4380804 .   
  36. ^ a b c d Таффнер, Джулиан; Эрлахер, Армин; Брагина Анастасия; Берг, Кристиан; Мойсль-Эйхингер, Кристина; Берг, Габриэле (9 мая 2018 г.). «Какова роль архей в растениях? Новые сведения о растительности альпийских болот» . мСфера . 3 (3). DOI : 10.1128 / msphere.00122-18 . ISSN 2379-5042 . PMC 5956146 . PMID 29743201 .   
  37. ^ Насос, Джудит; Пратчер, Дженнифер; Конрад, Ральф (27 января 2015 г.). «Колонизация корней риса метаногенными археями контролирует выделение метана в результате фотосинтеза». Экологическая микробиология . 17 (7): 2254–2260. DOI : 10.1111 / 1462-2920.12675 . ISSN 1462-2912 . PMID 25367104 .  
  38. ^ a b Ван, Хайтао; Су, Цзяньцян; Чжэн, Тяньлин; Ян, Сяору (04.02.2015). «Понимание роли растений в окисляющих аммиак бактериях и архей в мангровой экосистеме» . Журнал почв и отложений . 15 (5): 1212–1223. DOI : 10.1007 / s11368-015-1074-х . ISSN 1439-0108 . S2CID 84753901 .  
  39. ^ Herrmann, M .; Сондерс, AM; Шрамм, А. (2008-03-14). «Археи доминируют в сообществе, окисляющем аммиак, в ризосфере пресноводного Macrophyte Littorella uniflora» . Прикладная и экологическая микробиология . 74 (10): 3279–3283. DOI : 10,1128 / aem.02802-07 . ISSN 0099-2240 . PMC 2394948 . PMID 18344332 .   
  40. ^ a b c Лю, Инь; Ли, Хун; Лю, Цюнь Фан; Ли, Ян Хун (2015-03-05). «Сообщества архей, связанные с корнями тростника обыкновенного (Phragmites australis) в пекинском водно-болотном угодье Цуйху» . Всемирный журнал микробиологии и биотехнологии . 31 (5): 823–832. DOI : 10.1007 / s11274-015-1836-Z . ISSN 0959-3993 . PMID 25739566 . S2CID 19039050 .   
  41. ^ Чен, Сюэ-Пин; Чжу, Юн-Гуань; Ся, Юэ; Шен, Джу-Пей; Хэ, Цзи-Чжэн (2008-07-08). "Археи, окисляющие аммиак: важные игроки в почве рисовой ризосферы?" . Экологическая микробиология . 10 (8): 1978–1987. DOI : 10.1111 / j.1462-2920.2008.01613.x . ISSN 1462-2912 . PMID 18430011 .  
  42. ^ а б Кэ, Сюбинь; Лу, Яхай; Конрад, Ральф (28 августа 2013 г.). «Различное поведение метаногенных архей и микрокосмов рисовых полей таумархеотина» . FEMS Microbiology Ecology . 87 (1): 18–29. DOI : 10.1111 / 1574-6941.12188 . ISSN 0168-6496 . PMID 23909555 .  
  43. ^ а б Сон, Гын Чхоль; Им, Хёнджу; Юнг, Джихе; Ли, Сухён; Юнг, Ман-Янг; Ри, Сун-Гын; Рю, Чунг-Мин (21.01.2019). «Стимулирующие рост растений археи вызывают индуцированную системную резистентность Arabidopsis thaliana против Pectobacterium carotovorum и Pseudomonas syringae» . Экологическая микробиология . 21 (3): 940–948. DOI : 10.1111 / 1462-2920.14486 . ISSN 1462-2912 . PMID 30461142 . S2CID 53944018 .   
  44. ↑ Cheung, Man Kit; Вонг, Чонг Ким; Чу, Ка Хоу; Кван, Хой Шань (26.09.2018). «Структура сообщества, динамика и взаимодействия бактерий, архей и грибов в отложениях субтропических прибрежных водно-болотных угодий» . Научные отчеты . 8 (1): 14397. Bibcode : 2018NatSR ... 814397C . DOI : 10.1038 / s41598-018-32529-5 . ISSN 2045-2322 . PMC 6158284 . PMID 30258074 .   
  45. ^ Cadillo-Quiroz, Hinsby; Явитт, Джозеф Б .; Зиндер, Стивен Х .; Тайс, Дженис Э. (22 декабря 2009 г.). «Разнообразие и структура сообщества архей, населяющих ризоплан двух контрастирующих растений кислого болота» . Микробная экология . 59 (4): 757–767. DOI : 10.1007 / s00248-009-9628-3 . ISSN 0095-3628 . PMID 20024684 . S2CID 22134029 .   
  46. ^ a b Маршнер П., Ян Ч., Либерей Р., Кроули Д.Е. (2001). «Специфические эффекты почвы и растений на состав бактериального сообщества в ризосфере». Биология и биохимия почвы . 33 (11): 1437–45. DOI : 10.1016 / S0038-0717 (01) 00052-9 .
  47. ^ Broeckling CD, Броз А.К., Бергельсон J, Manter DK, Vivanco JM (февраль 2008). «Корневые экссудаты регулируют состав и разнообразие почвенного грибкового сообщества» . Прикладная и экологическая микробиология . 74 (3): 738–44. DOI : 10,1128 / AEM.02188-07 . PMC 2227741 . PMID 18083870 .  
  48. ^ Bogar LM, Кеннеди PG (март 2013). «Новые морщины в старой парадигме: эффекты соседства могут изменить структуру и специфичность сообществ эктомикоризных грибов, связанных с Alnus» . FEMS Microbiology Ecology . 83 (3): 767–77. DOI : 10.1111 / 1574-6941.12032 . PMID 23078526 . 
  49. Перейти ↑ Meinhardt KA, Gehring CA (март 2012 г.). «Нарушение микоризных мутуализмов: потенциальный механизм, с помощью которого экзотический тамариск превосходит местные тополи». Экологические приложения . 22 (2): 532–49. DOI : 10.1890 / 11-1247.1 . PMID 22611852 .