Рибонуклеиновые кислоты SmY ( SmY РНК ) представляют собой семейство малых ядерных РНК, обнаруженных у некоторых видов нематодных червей. Считается, что они участвуют в транс-сплайсинге мРНК .
SmY сплайсосомная РНК | |
---|---|
Идентификаторы | |
Символ | SmY |
Рфам | RF01844 |
Прочие данные | |
Тип РНК | мяРНК, сплайсинг |
Домен (ы) | Хромадорея |
Структуры PDB | PDBe |
SmY РНК имеют длину около 70–90 нуклеотидов и имеют общую вторичную структуру с двумя петлями-стеблями, фланкирующими консенсусный сайт связывания для белка Sm . [2] [3] Белок Sm является общим компонентом сплайсосомных snRNP .
РНК SmY были обнаружены у нематод класса Chromadorea , который включает наиболее часто изучаемых нематод (таких как Caenorhabditis , Pristionchus и Ascaris ), но не у более отдаленно родственных Trichinella spiralis в классе Dorylaimia . Количество генов SmY у каждого вида варьируется, при этом у большинства видов Caenorhabditis и Pristionchus имеется 10–26 связанных паралоговых копий, в то время как у других нематод их 1–5. [1]
Открытие
Первая РНК SmY была обнаружена в 1996 году в препаратах очищенных сплайсосом Ascaris lumbricoides , как и другая РНК , называемая SmX, которая не является детектируемой гомологичной SmY. [2] Двенадцать гомологов SmY были идентифицированы компьютерным путем у Caenorhabditis elegans и десять - у Caenorhabditis briggsae . [3] Несколько транскриптов из этих генов SmY были клонированы и секвенированы в систематическом обзоре транскриптов небольших некодирующих РНК у C. elegans . [4]
Систематический обзор 5'- кэп- транскриптов 2,2,7-триметилгуанозина (TMG) у C.elegans с использованием антител против TMG выявил два транскрипта SmY, кэпированных TMG. [5] Анализ последовательностей потенциальных сайтов связывания Sm в этих транскриптов указывает на SMY, U5 мяРНК , U3 snoRNA и сращены лидер РНК - транскриптов ( SL1 и SL2 ) все содержат очень похожий консенсус SM последовательность связывания (ААУ 4 - 5 ГГА) . Предсказанные сайты связывания SM, идентифицированные в транскриптах мяРНК U1 , U2 и U4, отличались от этого консенсуса. [5]
Функция
У C. elegans РНК SmY копурифицируются со сплайсосомой и белками Sm, SL75p и SL26p , тогда как более охарактеризованная snRNA транс-сплайсинга SL1 C. elegans копурифицируется в комплексе с Sm, SL75p и SL21p ( паралогом SL26p). . [2] [3] Потеря функции SL21p или SL26p по отдельности вызывает только слабый чувствительный к холоду фенотип , тогда как нокдаун обоих является летальным, как и нокдаун SL75p. На основании этих результатов предполагается, что РНК SmY выполняют функцию транс-сплайсинга.
Рекомендации
- ^ a b c Джонс Т.А., Отто В., Марц М., Эдди С.Р., Штадлер П.Ф. (2009). «Обзор SmY РНК нематод» . RNA Biol . 6 (1): 5–8. DOI : 10,4161 / rna.6.1.7634 . PMID 19106623 .
- ^ а б в Maroney PA, Yu YT, Jankowska M, Nilsen TW (август 1996). «Прямой анализ цис- и транс-сплайсосом нематод: функциональная роль мяРНК U5 в транс-сплайсинге с добавлением лидера и идентификация новых Sm snRNP» . РНК . 2 (8): 735–745. PMC 1369411 . PMID 8752084 .
- ^ а б в Макморрис М., Кумар М., Ласда Е., Ларсен А., Кремер Б., Блюменталь Т. (апрель 2007 г.). «Новое семейство snRNP C. elegans содержит белки, связанные с транс-сплайсингом» . РНК . 13 (4): 511–520. DOI : 10,1261 / rna.426707 . PMC 1831854 . PMID 17283210 .
- ^ Дэн В., Чжу Х, Скогербё Г. и др. (Январь 2006 г.). «Организация небольшого некодирующего транскриптома Caenorhabditis elegans : геномные особенности, биогенез и экспрессия» . Геномные исследования . 16 (1): 20–29. DOI : 10.1101 / gr.4139206 . PMC 1356125 . PMID 16344563 .
- ^ а б Цзя Д., Цай Л., Хе Х, Скогербё Г., Ли Т., Афтаб Н., Чен Р. (сентябрь 2007 г.). «Систематическая идентификация некодирующих структур кэпа 2,2,7-триметилгуанозина РНК у Caenorhabditis elegans » . BMC Molecular Biology . 8 : 86. DOI : 10,1186 / 1471-2199-8-86 . PMC 2200864 . PMID 17903271 .
Внешние ссылки
- Страница для SmY spliceosomal РНК в Rfam