Из Википедии, бесплатной энциклопедии
  (Перенаправлено из проекта "Живое дерево всех видов" )
Перейти к навигации Перейти к поиску

Логотип проекта "Все виды живого дерева"

« Проект все-ВИДЫ Живого дерева» является сотрудничеством между различными научными группами / институтами, такими как ARB , проект базы данных SILVA рРНКа и LPSN с целью сборки базы данных 16S рРНК последовательностей всех правомерно опубликованных видов бактерий и Археи . [1] На одном этапе также были собраны 23S последовательности, [2] но с тех пор это прекратилось. [3]

В настоящее время в согласованном наборе данных содержится более 10 950 видов, и еще несколько добавляются либо по мере обнаружения новых видов, либо по мере определения последовательности видов, не представленных в базе данных. Первоначально последняя группа насчитывала 7% видов.

Подобные (и более свежие) проекты включают Геномную энциклопедию бактерий и архей (GEBA), в которой основное внимание уделяется секвенированию всего генома бактерий и архей. [4] [5]

Дерево [ править ]

Смотрите также: Бактериальные типы

Дерево было создано с помощью анализа максимального правдоподобия без начальной загрузки: следовательно, точность уступает место размеру, и многие клады уровня филумов не разрешены правильно (например, Firmicutes). (Эукариоты в анализе отсутствуют). Это филогенетическое дерево на основе 16S рРНК основано на выпуске LTP 121 ARB-SILVA (июнь 2015 г.) и содержит все типовые виды с достоверно опубликованными названиями до декабря 2014 г. [6] [7]

Домен  Архей
 

Таумархеота

 
 
 

Кренархеи ( Thermoprotei )

 
Euryarchaeota
 

Methanopyrus kandleri

 
 
 

Methanococcales

 
 
Эвритермея
 

Термококковые

 
 

Термоплазмы

 
 
Необактерии
 

Метанобактерии

 
 
 

Archaeoglobaceae

 
Галомобактерии
 

Метаномикробия

 
 

Галобактерии

 
 
 
 
 
 
 
 
 
Доменные  бактерии
 

Thermotogales

 
 
 

Thermodesulfobiaceae (Фирмикуты)

 
 
 

Synergistaceae {Семейство Clostridiales XV Incertae Sedis} (Firmicutes)

 
 
 

Caldisericum изгнанник

 
 
 
 

Термодесульфобактерии

 
 

Aquificales

 
 
 
Фирмикуты
 

Thermaerobacter

 
 
 
 

Caldicellulosiruptor

 
 
 

Thermoanaerobacteraceae

 
 
 

Thermanaeromonas toyohensis

 
 
 

Диктиогломус

 
 

Thermoanaerobacterales Неназванная клада I (включая Fervidicola )

 
 
 
 
 
 
 

Thermoanaerobacterales Безымянная клада II

 
 
 
 

Гельрия глутамика

 
 
 

Семейство Clostridiales XVIII Incertae Sedis

 
 

Сульфобациллы

 
 
 
 
 

Clostridia ss (включая Thermolithobacter , Negativicutes и Thermoanaerobacterales без названия клады III )

 
 

Бациллы (включая Erysipelotrichia и Mollicutes )

 
 
 
 
 
 
 
 
 

Актинобактерии

 
Хлорофлекси
 
 
 

Thermoflexus hugenholtzii

 
 

Dehalococcoidaceae

 
 
 
 

Caldilineaceae

 
 
 

Ardenticatena maritima

 
 

Анаэролиновые

 
 
 
 
 
 

Ктедонобактерии

 
 
 

Термомикробия

 
 

Хлорофлекси

 
 
 
 
 
 
 

Nitrospiraceae

 
 
 

Дейнококки

 
 
 

Thermoanaerobaculum aquaticum

 
 
 
 
 
 

Caldithrix

 
 
 

Gemmatimonas aurantiaca

 
 

Фибробактер

 
 
 
Планктобактерии
Планктомицеты
 

Phycisphaera mikrensis

 
 

Planctomycetales

 
 
 
 

Хламидиоз

 
 
Lentisphaerae
 

Oligosphaera ethanolica

 
 

Лентисфаерия

 
 
Веррукомикробия
 

Opitutae

 
 

Verrucomicrobiales

 
 
 
 
 
 
Сфингобактерии
Хлороби
 

Игнавибактерии

 
 

Chlorobiaceae

 
 
 

Bacteroidetes

 
 
 
 
Тиобактерии
 

Дельтапротеобактерии

 
 
 

Deferrisoma carnini

 
 
 

Десульфовибрионалес

 
 
 

Desulfurellaceae

 
 

Эпсилонпротеобактерии

 
 
 
 
 
 
 
Ацидобактерии
 

Голофаги

 
 
 

Bryobacter aggregatus

 
 

Ацидобактерии

 
 
 
 
 
 

Chrysiogenaceae

 
 

Deferribacteraceae

 
 
 
 

Спирохеталес

 
 
 

Фузобактерии

 
 
 

Elusimicrobium minutum

 
 

Арматимонадеты

 
 
 
 
 
 
 
 

Марипрофундус феррооксиданс

 
Родобактерии
 

Alphaproteobacteria

 
Хроматибактерии
 

Гаммапротеобактерии (парафилетические)

 
 

Бетапротеобактерии

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

Ссылки [ править ]

  1. ^ Ярза, П .; Richter, M .; Пеплис, младший; Euzeby, J .; Amann, R .; Schleifer, KH; Ludwig, W .; Glöckner, FO; Росселло-Мора Р. (2008). «Проект All-Species Living Tree: основанное на 16S рРНК филогенетическое дерево всех штаммов секвенированного типа». Систематическая и прикладная микробиология . 31 (4): 241–250. DOI : 10.1016 / j.syapm.2008.07.001 . hdl : 10261/103580 . PMID  18692976 .
  2. ^ Ярза, Пабло; Людвиг, Вольфганг; Евзеби, Жан; Аманн, Рудольф; Шлейфер, Карл-Хайнц; Глёкнер, Фрэнк Оливер; Росселло-Мора, Рамон (2010). «Обновление проекта« Живое дерево всех видов »на основе анализа последовательностей 16S и 23S рРНК». Систематическая и прикладная микробиология . 33 (6): 291–299. DOI : 10.1016 / j.syapm.2010.08.001 . PMID 20817437 . 
  3. ^ Муньос, RL; Ярза, П .; Ludwig, W .; Euzéby, J .; Amann, R .; Schleifer, KH; Оливер Глёкнер, Ф .; Росселло-Мора Р. (2011). «Выпуск LTPs104 из живого дерева всех видов». Систематическая и прикладная микробиология . 34 (3): 169–170. DOI : 10.1016 / j.syapm.2011.03.001 . PMID 21497273 . 
  4. ^ Ву, Дунъин; Гугенгольц, Филипп; Мавроматис, Константинос; Пукалл, Рюдигер; Далин, Эйлин; Иванова Наталья Н .; Кунин Виктор; Гудвин, Линн; Ву, Мартин; Тиндалл, Брайан Дж .; Хупер, Шон Д. (декабрь 2009 г.). "Филогенетическая геномная энциклопедия бактерий и архей" . Природа . 462 (7276): 1056–1060. Bibcode : 2009Natur.462.1056W . DOI : 10,1038 / природа08656 . ISSN 0028-0836 . PMC 3073058 . PMID 20033048 .   
  5. ^ Kyrpides, Никос С .; Гугенгольц, Филипп; Eisen, Jonathan A .; Войке, Таня; Гёкер, Маркус; Паркер, Чарльз Т .; Аманн, Рудольф; Бек, Брайан Дж .; Цепь, Патрик С.Г. Чун, Чжонсик; Колвелл, Рита Р. (5 августа 2014 г.). "Геномная энциклопедия бактерий и архей: секвенирование мириад типовых штаммов" . PLOS Биология . 12 (8): e1001920. DOI : 10.1371 / journal.pbio.1001920 . ISSN 1545-7885 . PMC 4122341 . PMID 25093819 .   
  6. ^ ARB-SILVA выпуск LTPs 121: обзор (PDF) (Отчет). Архивировано из оригинального (PDF) 23 сентября 2015 года.
  7. ^ ARB-SILVA выпуск LTP 121: полное дерево (PDF) (Отчет). Архивировано из оригинального (PDF) 23 сентября 2015 года.

Внешние ссылки [ править ]

  • [1]