В молекулярной биологии семейство пероксидаз DyP-типа представляет собой семейство ферментов пероксидаз гема . Пероксидазы гема первоначально были разделены на два суперсемейства, а именно пероксидазы животных и пероксидазы растений (которые подразделяются на классы I, II и III), которые включают грибные (класс II) и бактериальные пероксидазы. Семейство DyP (пероксидаза, обесцвечивающая краситель) представляет собой новый класс пероксидаз гема. Поскольку эти ферменты были получены из грибных источников, считалось, что семейство DyP структурноотносится к секреторным пероксидазам грибов II класса. Однако семейство DyP демонстрирует лишь низкое сходство последовательностей с классическими пероксидазами грибов, такими как LiP и MnP, и не содержит консервативных проксимальных и дистальных гистидинов и незаменимого аргинина , обнаруженных в других членах суперсемейства пероксидаз растений.
Белки DyP обладают несколькими характеристиками, которые отличают их от всех других пероксидаз, включая особенно широкую субстратную специфичность, отсутствие гомологии с большинством других пероксидаз и способность хорошо функционировать в условиях гораздо более низкого pH по сравнению с другими пероксидазами растений. [1] Что касается субстратной специфичности, DyP расщепляет типичные субстраты пероксидазы, но также расщепляет не содержащий гидроксила антрахинон (многие красители получают из соединений антрахинона).
Кристаллические структуры членов семейства DyP обнаруживают два домена , каждый из которых принимает ферредоксин-подобную складку . [2] Белки состоят из N-концевого домена и С-концевого домена, которые , вероятно, связаны дупликацией предкового гена, как следует из консервативной топологии доменов . Железо гема имеет пента - координацию, при этом белок вносит консервативный гистидиновый лиганд в центр железа . Консервативный Asp , скорее всего, действует как донор/акцептор протонов и занимает место каталитического гистидин, используемый пероксидазами растений. Эта замена Asp помогает объяснить, почему семейство DyP активно при низком pH. [3]