Секвенирование микроРНК (miRNA-seq) , тип RNA-Seq , представляет собой использование секвенирования следующего поколения или массового параллельного высокопроизводительного секвенирования ДНК для секвенирования микроРНК , также называемых miRNA. miRNA-seq отличается от других форм RNA-seq тем, что входной материал часто обогащен малыми РНК. miRNA-seq позволяет исследователям изучать тканеспецифические паттерны экспрессии, ассоциации заболеваний и изоформы miRNA, а также обнаруживать ранее не охарактеризованные miRNA. Доказательства того, что дисрегулируемые miRNAs играют роль в таких заболеваниях, как рак [1] , позиционируют miRNA-seq, чтобы потенциально стать важным инструментом в будущем для диагностики и прогнозирования, поскольку затраты продолжают снижаться.[2] Подобно другим технологиям профилирования miRNA, miRNA-Seq имеет как преимущества (независимость от последовательности, охват), так и недостатки (высокая стоимость, требования к инфраструктуре, длина пробега и потенциальные артефакты ). [3]
Вступление
МикроРНК (миРНК) представляют собой семейство малых рибонуклеиновых кислот длиной 21-25 нуклеотидов, которые модулируют экспрессию белка посредством деградации транскриптов, ингибирования трансляции или секвестрирования транскриптов. [4] [5] [6] Первая обнаруженная miRNA, lin-4 , была обнаружена в результате генетического мутагенеза для идентификации молекулярных элементов, контролирующих постэмбриональное развитие нематоды Caenorhabditis elegans . [7] Ген lin-4 кодировал 22 нуклеотидную РНК с консервативными комплементарными сайтами связывания в 3'-нетранслируемой области транскрипта мРНК lin-14 [8] и подавлял экспрессию белка LIN-14. [9] Сейчас считается, что миРНК участвуют в регуляции многих онтогенетических и биологических процессов, включая гематопоэз ( miR-181 в Mus musculus [10] ), метаболизм липидов ( miR-14 у Drosophila melanogaster [11] ) и развитие нейронов. ( lsy-6 у Caenorhabditis elegans [12] ). [6] Эти открытия потребовали разработки методов, способных идентифицировать и характеризовать miRNAs, такие как miRNA-seq.
История
Секвенирование микроРНК (miRNA-seq) было разработано для использования преимуществ секвенирования следующего поколения или технологий массового параллельного высокопроизводительного секвенирования для поиска новых miRNA и их профилей экспрессии в данном образце. Секвенирование miRNA само по себе не является новой идеей, в начальных методах секвенирования использовались методы секвенирования по Сэнгеру . Подготовка Секвенирование участие создания библиотек путем клонирования из ДНК обратной транскрипции из эндогенных малых РНК из 21-25 п.о. размера выбранных колонки и гель - электрофореза . [13] Однако этот метод является исчерпывающим с точки зрения времени и ресурсов, поскольку каждый клон должен быть индивидуально амплифицирован и подготовлен для секвенирования. Этот метод также непреднамеренно отдает предпочтение miRNA с высокой экспрессией. [6] Секвенирование следующего поколения устраняет необходимость в специфичных для последовательности зондах для гибридизации, необходимых для анализа ДНК-микрочипов, а также в трудоемких методах клонирования, необходимых для метода секвенирования по Сэнгеру. Кроме того, платформы секвенирования нового поколения в методе miRNA-SEQ облегчают секвенирование больших пулов малых РНК за один цикл секвенирования. [14]
miRNA-seq может выполняться с использованием различных платформ для секвенирования. Первый анализ малых РНК с использованием методов miRNA-seq исследовал приблизительно 1,4 миллиона малых РНК из модельного растения Arabidopsis thaliana с использованием платформы для секвенирования Massively Parallel Signature Sequencing (MPSS) Lynx Therapeutics . Это исследование продемонстрировало потенциал новых высокопроизводительных технологий секвенирования для изучения малых РНК и показало, что геномы генерируют большое количество малых РНК, причем растения являются особенно богатыми источниками малых РНК. [15] В более поздних исследованиях использовались другие технологии секвенирования, такие как исследование C. elegans, которое идентифицировало 18 новых генов miRNA, а также новый класс малых РНК нематод, названных 21U-РНК . [16] В другом исследовании, сравнивающем профили малых РНК опухолей шейки матки человека и нормальной ткани, использовался анализатор генома компании Illumina (компания) для идентификации 64 новых генов miRNA человека, а также 67 дифференциально экспрессируемых miRNA. [17] Платформа для секвенирования Applied Biosystems SOLiD также использовалась для изучения прогностической ценности miRNA в обнаружении рака груди человека. [18]
Методы
Подготовка малых РНК
Создание библиотеки последовательностей может быть выполнено с использованием множества различных наборов в зависимости от используемой платформы высокопроизводительного секвенирования. Однако существует несколько общих этапов подготовки секвенирования малых РНК. [19] [20]
Выделение полной РНК
В данном образце вся РНК экстрагируется и выделяется с использованием метода изотиоцианат / фенол / хлороформ (GITC / фенол) или коммерческого продукта, такого как реагент Trizol ( Invitrogen ). Начальное количество 50-100 мкг общей РНК, 1 г ткани обычно дает 1 мг общей РНК, обычно требуется для очистки геля и выбора размера. [20] Также измеряется контроль качества РНК, например, запуск чипа РНК на Caliper LabChipGX (Caliper Life Sciences ).
Размерное фракционирование малых РНК с помощью гель-электрофореза
Изолированная РНК запускается на денатурирующем полиакриламидном геле. Метод визуализации, такой как радиоактивные 5'-32P-меченные олигонуклеотиды вместе с размерной лестницей, используется для идентификации участка геля, содержащего РНК, подходящего размера, уменьшая количество материала, секвенируемого в конечном итоге. Этот этап не обязательно должен выполняться перед этапами лигирования и обратной транскрипции, описанными ниже. [19] [20]
Перевязка
На этапе лигирования к обоим концам малых РНК добавляются адаптеры ДНК, которые действуют как сайты связывания праймеров во время обратной транскрипции и амплификации ПЦР . Аденилированный 3'-адаптер одноцепочечной ДНК, за которым следует 5'-адаптер, лигируют с малыми РНК с использованием лигирующего фермента, такого как Т4 РНК-лигаза 2. Адаптеры также предназначены для захвата небольших РНК с 5'-фосфатной группой, характерных микроРНК, а не продуктов деградации РНК с 5'-гидроксильной группой. [19] [20]
Обратная транскрипция и ПЦР-амплификация
На этом этапе небольшие адаптерные лигированные РНК преобразуются в клоны кДНК, используемые в реакции секвенирования. Есть много доступных коммерческих наборов, которые будут выполнять этот шаг с использованием той или иной формы обратной транскриптазы . Затем проводят ПЦР для амплификации пула последовательностей кДНК. Праймеры, созданные с использованием уникальных нуклеотидных тегов, также можно использовать на этом этапе для создания идентификационных тегов при мультиплексном секвенировании объединенной библиотеки. [19] [20]
Последовательность действий
Фактическое секвенирование РНК значительно варьируется в зависимости от используемой платформы. Три общих секвенирование следующего поколения [21] платформы Пиросеквенирование на 454 Life Sciences платформы, [22] полимеразы на основе последовательности через синтез на (компании) Illumina платформы, [23] или секвенирования путем лигирования на Solid секвенирования ABI Платформа. [24]
Анализ данных
Центральным в анализе данных miRNA-seq является способность 1) получать уровни изобилия miRNA из считывания последовательностей, 2) обнаруживать новые miRNA, а затем иметь возможность 3) определять дифференциально экспрессируемые miRNA и 4) связанные с ними гены-мишени мРНК.
Выравнивание miRNA и количественная оценка
miRNA могут предпочтительно экспрессироваться в определенных типах клеток, тканях, стадиях развития или в определенных болезненных состояниях, таких как рак. [1] Поскольку глубокое секвенирование (miRNA-seq) генерирует миллионы чтений из данного образца, оно позволяет нам профилировать miRNA; можно ли путем количественной оценки их абсолютной численности, чтобы обнаружить их варианты (известные как изомиры [25] ). Обратите внимание, что, учитывая, что средняя длина считываний последовательностей больше, чем средняя miRNA (17-25 нуклеотидов), 3 'и 5 'концы miRNA должны быть найдены на одном и том же считывании. Существует несколько алгоритмов количественной оценки количества миРНК. [21] [26] Их общие шаги следующие: [27]
- После секвенирования считанные необработанные последовательности фильтруются по качеству. Последовательности адаптера также обрезаются из считанных необработанных последовательностей.
- Затем полученные считывания форматируются в файл fasta, в котором для каждого уникального тега записываются номер и последовательность копий.
- Последовательности, которые могут представлять заражение E. Coli, идентифицируются с помощью поиска BLAST в базе данных E. Coli и удаляются из анализа.
- Каждую из оставшихся последовательностей сравнивают с базой данных последовательностей miRNA (такой как miRBase [28] ). Чтобы учесть несовершенный процессинг DICER, допускается выступ 6nt на 3'-конце и 3nt на 5'-конце.
- Считывания, которые не совпадают с базой данных miRNA, затем слабо выравниваются с предшественниками miRNA для обнаружения miRNA, которые могут нести мутации или которые прошли через редактирование РНК .
- Счетчики чтения для каждой miRNA затем нормализуются к общему количеству картированных miRNA, чтобы сообщить обилие каждой miRNA.
Новое открытие miRNA
Другое преимущество miRNA-seq состоит в том, что она позволяет обнаруживать новые miRNA, которые могли ускользнуть от традиционных методов скрининга и профилирования. [27] Существует несколько новых алгоритмов обнаружения miRNA. Их общие шаги следующие:
- Получите чтения, которые не совпадают с известными последовательностями miRNA, и сопоставьте их с геномом.
- Метод сворачивания РНК
- Для последовательностей миРНК, в которых обнаружено точное совпадение, получают геномную последовательность, включающую ~ 100 п.н. фланкирующей последовательности с каждой стороны, и запускают РНК с помощью программного обеспечения для укладки РНК, такого как пакет Vienna. [29]
- Сложенные последовательности, которые лежат на одном плече шпильки miRNA и имеют минимальную свободную энергию менее ~ 25 ккал / моль, включены в короткий список как предполагаемые miRNA.
- Последовательности, включенные в короткий список, обрезаются, чтобы включить только возможную последовательность-предшественник, а затем повторно свертываются, чтобы гарантировать, что предшественник не был искусственно стабилизирован соседними последовательностями.
- Полученные в результате свернутые последовательности считаются новыми miRNA, если последовательность miRNA попадает в одно плечо шпильки и является высококонсервативной между видами.
- Метод экспрессии звездчатой нити (miRdeep [30] )
- Новые последовательности miRNA идентифицируются на основе характерного паттерна экспрессии, который они демонстрируют благодаря процессингу DICER: более высокая экспрессия зрелой miRNA по сравнению с последовательностями звездообразной цепи и петли.
Анализ дифференциальных выражений
После того, как количество miRNA определено количественно для каждого образца, их уровни экспрессии можно сравнить между образцами. Тогда можно будет идентифицировать miRNA, которые предпочтительно экспрессируются в определенные моменты времени или в определенных тканях или болезненных состояниях. После нормализации количества отображенных считываний между образцами можно использовать множество статистических тестов (например, используемых при профилировании экспрессии генов ) для определения дифференциальной экспрессии.
Целевое предсказание
Идентификация мишеней мРНК miRNA обеспечит понимание генов или сетей генов, экспрессию которых они регулируют. [31] Общедоступные базы данных предоставляют прогнозы мишеней miRNA. Но чтобы лучше отличать истинно положительные предсказания от ложноположительных, данные miRNA-seq можно интегрировать с данными mRNA-seq для наблюдения за функциональными парами miRNA: mRNA. RNA22, [32] TargetScan , [33] [34] [35] [36] [37] [38] miRanda, [39] и PicTar [40] - это программное обеспечение, разработанное для этой цели. Список программного обеспечения для прогнозирования приведен здесь . Общие шаги:
- Определите миРНК: пары связывания мРНК, определяется комплементарность между последовательностями миРНК в 3'-UTR последовательности мРНК.
- Определите степень сохранения пар связывания миРНК: мРНК у разных видов. Как правило, пары с более высокой степенью связывания с меньшей вероятностью будут ложными срабатываниями прогноза.
- Наблюдайте за доказательствами нацеливания miRNA в мРНК-seq или данных по экспрессии белка: там, где экспрессия miRNA высока, экспрессия гена и белка его целевого гена должна быть низкой.
Проверка мишеней для расщепленных мишеней мРНК
Многие miRNAs действуют, чтобы направлять расщепление своих мишеней мРНК; это особенно верно для растений, и поэтому были разработаны методы высокопроизводительного секвенирования, чтобы воспользоваться этим свойством miRNA путем секвенирования 3'-концов расщепленных или деградированных мРНК. Эти методы известны как секвенирование деградома или PARE. [41] [42] Проверка расщепления мишени в конкретных мРНК обычно выполняется с использованием модифицированной версии 5 ' быстрой амплификации концов кДНК с ген-специфическим праймером.
Приложения
Идентификация новых миРНК
miRNA-seq выявила новые miRNA, которые ранее ускользали с помощью традиционных методов профилирования miRNA. Примерами таких результатов являются эмбриональные стволовые клетки, [25] куриные эмбрионы, [43] острый лимфобластный лейкоз, [44] диффузная крупноклеточная В-клеточная лимфома и В-клетки, [45] острый миелоидный лейкоз [46] и рак легких. . [47]
Биомаркеры заболеваний
Микро РНК являются важными регуляторами почти всех клеточных процессов, таких как выживание, пролиферация и дифференцировка . Следовательно, неудивительно, что miRNAs участвуют в различных аспектах рака посредством регуляции экспрессии онко- и опухолевых генов-супрессоров . В сочетании с разработкой высокопроизводительных методов профилирования miRNA были идентифицированы как биомаркеры для классификации рака, ответа на терапию и прогноза. [48] Кроме того, поскольку miRNAs регулируют экспрессию генов, они также могут выявлять нарушения в важных регуляторных сетях, которые могут вызывать конкретное заболевание. [48] Некоторые применения miRNA в качестве биомаркеров и предикторов заболевания приведены ниже.
Тип рака | миРНК α | Ref. |
---|---|---|
Грудь | ||
Статус ER | miR-26a / b, семейство miR-30, miR-29b, miR-155, miR-342, miR-206, miR-191 | [49] [50] [51] [52] |
PR статус | let-7c, miR-29b, miR-26a, семейство miR-30, miR-520g | [52] [53] |
Статус HER2 / neu | miR-520d, miR-181c, miR-302c, miR-376b, miR-30e | [49] [53] |
Легкое | ||
Плоскоклеточный и не плоскоклеточный | miR-205 | [54] |
Маленькая ячейка против немалой ячейки | miR-17-5p, miR-22, miR-24, miR-31 | [48] |
Желудочный | ||
Диффузный против кишечного | miR-29b / c, семейство miR-30, miR-135a / b | [55] |
Эндометрия | ||
Эндометриоид против сосочков матки | miR-19a / b, miR-30e-5p, miR-101, miR-452, miR-382, miR-15a, miR-29c | [56] |
Почечный | ||
Чистая клетка против папиллярной | miR-424, miR-203, miR-31, miR-126 | [57] |
Онкоцитома против хромофоба | miR-200c, miR-139-5p | [57] |
Миелома | ||
с t (14; 16) | miR-1, miR-133a | [58] |
с t (4; 14) | miR-203, miR-155, miR-375 | [58] |
с t (11; 14) | miR-125a, miR-650, miR-184 | [58] |
Острый миелоидный лейкоз | ||
с t (15; 17) | miR-382, miR-134, miR-376a, miR-127, miR-299-5p, miR-323 | [59] |
с t (8; 21) или inv (16) | лет-7б / с, миР-127 | [59] |
с мутациями NPM1 | miR-10a / b, let-7, miR-29, miR-204, miR-128a, miR-196a / b | [59] [60] |
с FLT3 ITD | miR-155 | [59] [60] [61] |
Хронический лимфолейкоз | ||
Уровни ZAP-70 и статус IgVH | miR-15a, miR-195, miR-221, miR-155, miR-23b | [62] |
Меланома | ||
с BRAF V600E | miR-193a, miR-338, miR-565 | [63] |
Лимфома | ||
Диффузная В-крупноклеточная лимфома | has-miR-128, has-miR-129-3p, has-miR-152, has-miR-155, has-miR-185, has-miR-193a-5p, has-miR-196b, has-miR- 199b-3p, has-miR-20b, has-miR-23a, has-miR-27a, has-miR-28-5p, has-miR-301a, has-miR-331-3p, has-miR-365, has-miR-625, has-miR-9 | [45] |
α Это не полный список miRNA, участвующих в этих злокачественных новообразованиях.
Сравнение с другими методами профилирования миРНК
Недостатки использования miRNA-seq по сравнению с другими методами профилирования miRNA заключаются в том, что он более дорогой, обычно требует большего количества общей РНК, включает обширную амплификацию и требует больше времени, чем методы микроматрицы и qPCR. [3] Кроме того, методы подготовки библиотеки miRNA-seq, по-видимому, систематически имеют преимущественное представление комплемента miRNA, и это препятствует точному определению количества miRNA. [64] В то же время этот подход не зависит от гибридизации и, следовательно, не требует априорной информации о последовательности. Благодаря этому можно получать последовательности новых miRNA и изоформ miRNA (isoMirs), различать последовательно похожие miRNA и идентифицировать точечные мутации. [65]
Сравнение платформ профилирования miRNA
[3]
КПЦР | Микрочип | Последовательность действий | |
---|---|---|---|
Время прохождения | ~ 6 часов | ~ 2 дня | 1-2 недели |
Требуется общая РНК | 500 нг | 100-1000 нг | 500-5000 нг |
Обнаружен динамический диапазон | Шесть порядков | Четыре порядка | Пять и более порядков |
Инфраструктура и технические требования | Немного | Умеренный | Существенный |
Стоимость за образец (долл. США) | 400 долл. США | 250–350 долларов США | 500–700 долларов США |
Рекомендации
- ^ a b Фарази, Талия А; Спитцер, Джессика I; Морозов, Павел; Тушл, Томас (2011). «миРНК при раке человека» . Журнал патологии . 223 (2): 102–115. DOI : 10.1002 / path.2806 . ISSN 0022-3417 . PMC 3069496 . PMID 21125669 .
- ^ Sandhu, S .; Гарзон, Р. (2011). «Возможное применение микроРНК в диагностике, прогнозировании и лечении рака». Семин Онкол . 38 (6): 781–787. DOI : 10,1053 / j.seminoncol.2011.08.007 . PMID 22082764 .
- ^ а б в Бейкер, Моня (2010). «Профилирование микроРНК: отделение сигнала от шума» . Методы природы . 7 (9): 687–692. DOI : 10.1038 / nmeth0910-687 . ISSN 1548-7091 . PMID 20805796 . S2CID 6853222 .
- ^ Ким, В. Нарри ; Хан, Чинджу; Сиоми, Микико С. (2009). «Биогенез малых РНК у животных». Обзоры природы Молекулярная клеточная биология . 10 (2): 126–139. DOI : 10.1038 / nrm2632 . ISSN 1471-0072 . PMID 19165215 . S2CID 8360619 .
- ^ Бартель, Д. (2004). «МикроРНКГеномика, биогенез, механизм и функции». Cell . 116 (2): 281–297. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (04) 00045-5 . ISSN 0092-8674 . PMID 14744438 . S2CID 2669459 .
- ^ а б в Он, Линь; Хэннон, Грегори Дж. (2004). «МикроРНК: небольшие РНК с большой ролью в регуляции генов». Природа Обзоры Генетики . 5 (7): 522–531. DOI : 10.1038 / nrg1379 . ISSN 1471-0056 . PMID 15211354 . S2CID 86602746 .
- ^ Амброс, Виктор (1989). «Иерархия регуляторных генов контролирует переход от личинки к взрослой особи C. elegans». Cell . 57 (1): 49–57. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (89) 90171-2 . ISSN 0092-8674 . PMID 2702689 . S2CID 13103224 .
- ^ Ли, Розалинд К .; Feinbaum, Rhonda L .; Амброс, Виктор (1993). «Гетерохронный ген lin-4 C. elegans кодирует малые РНК с антисмысловой комплементарностью lin-14» . Cell . 75 (5): 843–854. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (93) 90529-Y . ISSN 0092-8674 . PMID 8252621 .
- ^ Вайтман, Брюс; Ха, Ильхо; Рувкун, Гэри (1993). «Посттранскрипционная регуляция гетерохронного гена lin-14 с помощью lin-4 опосредует формирование временного паттерна у C. elegans» . Cell . 75 (5): 855–862. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (93) 90530-4 . ISSN 0092-8674 . PMID 8252622 .
- ^ Чен, Ч.-З. (2004). «МикроРНК модулируют дифференцировку гемопоэтических клонов» (PDF) . Наука . 303 (5654): 83–86. Bibcode : 2004Sci ... 303 ... 83C . DOI : 10.1126 / science.1091903 . ЛВП : 1721,1 / 7483 . ISSN 0036-8075 . PMID 14657504 . S2CID 7044929 .
- ^ Сюй, Пэйчжан; Верной, Стефани Ю.; Го, Мин; Хэй, Брюс А. (2003). «МикроРНК Мир-14 дрозофилы подавляет гибель клеток и необходима для нормального жирового обмена» (PDF) . Текущая биология . 13 (9): 790–795. DOI : 10.1016 / S0960-9822 (03) 00250-1 . ISSN 0960-9822 . PMID 12725740 . S2CID 6391484 .
- ^ Джонстон, Роберт Дж .; Хоберт, Оливер (2003). «МикроРНК, контролирующая левую / правую асимметрию нейронов у Caenorhabditis elegans». Природа . 426 (6968): 845–849. Bibcode : 2003Natur.426..845J . DOI : 10,1038 / природа02255 . ISSN 0028-0836 . PMID 14685240 . S2CID 4410288 .
- ^ Ли, Р. К. (2001). «Обширный класс малых РНК у Caenorhabditis elegans». Наука . 294 (5543): 862–864. Bibcode : 2001Sci ... 294..862L . DOI : 10.1126 / science.1065329 . ISSN 0036-8075 . PMID 11679672 . S2CID 33480585 .
- ^ Олдридж, Сара; Хэдфилд, Джеймс (2012). Введение в технологии профилирования miRNA и межплатформенное сравнение . Методы молекулярной биологии. 822 . Технология профилирования экспрессии микроРНК нового поколения. С. 19–31. DOI : 10.1007 / 978-1-61779-427-8_2 . ISBN 978-1-61779-426-1. ISSN 1064-3745 . PMID 22144189 .
- ^ Лу, С; Тедж, СС; Луо, S; Haudenschild, CD; Мейерс, Британская Колумбия; Грин, Пи Джей (2 сентября 2005 г.). «Выяснение малой РНК-составляющей транскриптома». Наука . 309 (5740): 1567–9. Bibcode : 2005Sci ... 309.1567L . DOI : 10.1126 / science.1114112 . PMID 16141074 . S2CID 1651848 .
- ^ Руби, Дж. Грэм; Ян, Кальвин; Игрок, Кристофер; Axtell, Майкл Дж .; Ли, Уильям; Нусбаум, Чад; Ге, Хуэй; Бартель, Дэвид П. (2006). «Крупномасштабное секвенирование выявляет 21U-РНК, дополнительные микроРНК и эндогенные миРНК у C. elegans». Cell . 127 (6): 1193–1207. DOI : 10.1016 / j.cell.2006.10.040 . ISSN 0092-8674 . PMID 17174894 . S2CID 16838469 .
- ^ Виттен, Даниэла; Тибширани, Роберт; Гу, Сэм; Огонь, Андрей; Луи, Вен-Онн (2010). «Сверхвысокопроизводительное секвенирование, основанное на обнаружении малых РНК и дискретном статистическом анализе биомаркеров в коллекции опухолей шейки матки и подобранных контролях» . BMC Biology . 8 (1): 58. DOI : 10.1186 / 1741-7007-8-58 . ISSN 1741-7007 . PMC 2880020 . PMID 20459774 .
- ^ У Цянь; Лу, Цзухун; Ли, приветствую; Лу, Цзяфэн; Го, Ли; Гэ, Qinyu (2011). «Секвенирование нового поколения микроРНК для обнаружения рака груди» . Журнал биомедицины и биотехнологии . 2011 : 1–7. DOI : 10.1155 / 2011/597145 . ISSN 1110-7243 . PMC 3118289 . PMID 21716661 .
- ^ а б в г Лу, С; Мейерс, Британская Колумбия; Грин, П.Дж. (октябрь 2007 г.). «Создание библиотек кДНК малых РНК для глубокого секвенирования». Методы . 43 (2): 110–7. DOI : 10.1016 / j.ymeth.2007.05.002 . PMID 17889797 .
- ^ а б в г д Хафнер, Маркус; Ландграф, Пабло; Людвиг, Янош; Райс, Аманда; Охо, Толулопе; Лин, Каролина; Холох, Даниил; Лим, Синди; Тушл, Томас (2008). «Идентификация микроРНК и других малых регуляторных РНК с использованием секвенирования библиотеки кДНК» . Методы . 44 (1): 3–12. DOI : 10.1016 / j.ymeth.2007.09.009 . ISSN 1046-2023 . PMC 2847350 . PMID 18158127 .
- ^ а б Шендуре, Джей; Джи, Ханли (2008). «Секвенирование ДНК нового поколения». Природа Биотехнологии . 26 (10): 1135–1145. DOI : 10.1038 / nbt1486 . ISSN 1087-0156 . PMID 18846087 . S2CID 6384349 .
- ^ «Архивная копия» . Архивировано из оригинала на 2011-05-26 . Проверено 1 марта 2012 .CS1 maint: заархивированная копия как заголовок ( ссылка )
- ^ http://www.illumina.com/pages.ilmn?ID=204
- ^ «Архивная копия» . Архивировано из оригинала на 2008-05-16 . Проверено 16 мая 2008 .CS1 maint: заархивированная копия как заголовок ( ссылка )
- ^ а б Morin, RD; О'Коннор, доктор медицины; Griffith, M .; Kuchenbauer, F .; Delaney, A .; Прабху, А.-Л .; Zhao, Y .; McDonald, H .; Zeng, T .; Hirst, M .; Карнизы, CJ; Марра, Массачусетс (2008). «Применение массового параллельного секвенирования для профилирования и обнаружения микроРНК в человеческих эмбриональных стволовых клетках» . Геномные исследования . 18 (4): 610–621. DOI : 10.1101 / gr.7179508 . ISSN 1088-9051 . PMC 2279248 . PMID 18285502 .
- ^ Бернингер, Филипп; Гайдацис, Димос; ван Нимвеген, Эрик; Заволан, Михаэла (2008). «Вычислительный анализ данных клонирования малых РНК». Методы . 44 (1): 13–21. DOI : 10.1016 / j.ymeth.2007.10.002 . ISSN 1046-2023 . PMID 18158128 .
- ^ а б Крейтон, CJ; Рид, Дж. Г.; Гунаратне, PH (2009). «Профилирование экспрессии микроРНК с помощью глубокого секвенирования» . Брифинги по биоинформатике . 10 (5): 490–497. DOI : 10.1093 / нагрудник / bbp019 . ISSN 1467-5463 . PMC 2733187 . PMID 19332473 .
- ^ Козомара, А .; Гриффитс-Джонс, С. (2010). «miRBase: интеграция аннотации микроРНК и данных глубокого секвенирования» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (База данных): D152 – D157. DOI : 10.1093 / NAR / gkq1027 . ISSN 0305-1048 . PMC 3013655 . PMID 21037258 .
- ^ Хофакер, Иллинойс; Fontana, W .; Стадлер, П.Ф .; Bonhoeffer, LS; Такер, М .; Шустер, П. (1994). «Быстрое сворачивание и сравнение вторичных структур РНК». Monatshefte für Chemie . 125 (2): 167–188. DOI : 10.1007 / BF00818163 . ISSN 0026-9247 . S2CID 19344304 .
- ^ Ян, X .; Ли, Л. (2011). «miRDeep-P: вычислительный инструмент для анализа транскриптома микроРНК в растениях». Биоинформатика . 27 (18): 2614–5. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btr430 . ISSN 1367-4803 . PMID 21775303 .
- ^ Клунан, Николь; Вани, Шиванги; Сюй, Циньин; Гу, Цзянь; Леа, Кристи; Нагреватель, Шейла; Барбачору, Каталин; Степто, Анита Л; Мартин, Хилари С; Нурбахш, Эхсан; Кришнан, Киртхана; Гардинер, Брук; Ван, Сяохуэй; Нет, Катя; Стин, Джейсон А; Матиган, Ник; Вуд, Дэвид Л; Кассан, Карин С; Уодделл, Ник; Шеперд, Джилл; Ли, Кларенс; Итикава, Джефф; МакКернан, Кевин; Брамлетт, Келли; Куэрстен, Скотт; Гриммонд, Шон М (2011). «МикроРНК и их isomiR действуют совместно, чтобы воздействовать на общие биологические пути» . Геномная биология . 12 (12): R126. DOI : 10.1186 / ГБ-2011-12-12-r126 . ISSN 1465-6906 . PMC 3334621 . PMID 22208850 .
- ^ Миранда К.С., Хьюнь Т., Тай Й., Энг Й.С., Там У.Л., Томсон А.М., Лим Б., Ригутсос I (2006). «Метод на основе шаблонов для идентификации сайтов связывания MicroRNA и их соответствующих гетеродуплексов». Cell . 126 (6): 1203–17. DOI : 10.1016 / j.cell.2006.07.031 . PMID 16990141 . S2CID 12749133 .
- ^ Льюис, ВР; Burge CB; Бартель Д.П. (14 января 2005 г.). «Консервативное спаривание семян, часто фланкированное аденозинами, указывает на то, что тысячи человеческих генов являются мишенями для микроРНК». Cell . 120 (1): 15–20. DOI : 10.1016 / j.cell.2004.12.035 . PMID 15652477 . S2CID 17316349 .
- ^ Гримсон, А; Фарх, К.К .; Johnston, WK; Гарретт-Энджеле, П; Lim, LP; Бартель, Д.П. (6 июля 2007 г.). «Специфичность нацеливания микроРНК у млекопитающих: детерминанты за пределами спаривания семян» . Молекулярная клетка . 27 (1): 91–105. DOI : 10.1016 / j.molcel.2007.06.017 . PMC 3800283 . PMID 17612493 .
- ^ Фридман, Р. К.; Фарх, К.К .; Бердж, CB; Бартель, Д.П. (январь 2009 г.). «Большинство мРНК млекопитающих являются консервативными мишенями для микроРНК» . Геномные исследования . 19 (1): 92–105. DOI : 10.1101 / gr.082701.108 . PMC 2612969 . PMID 18955434 .
- ^ Гарсия, DM; Baek, D; Шин, C; Белл, GW; Гримсон, А; Бартель, Д.П. (11 сентября 2011 г.). «Слабая стабильность спаривания семян и высокое изобилие сайтов-мишеней снижают эффективность lsy-6 и других микроРНК» . Структурная и молекулярная биология природы . 18 (10): 1139–46. DOI : 10.1038 / nsmb.2115 . PMC 3190056 . PMID 21909094 .
- ^ Агарвал, Викрам; Белл, Джордж В .; Нам, Джин-Ву; Бартель, Дэвид П. (2015-08-12). «Предсказание эффективных сайтов-мишеней микроРНК в мРНК млекопитающих» . eLife . 4 : e05005. DOI : 10.7554 / eLife.05005 . ISSN 2050-084X . PMC 4532895 . PMID 26267216 .
- ^ Agarwal, V; Субтельный, АО; Thiru, P; Улицкий, я; Бартель, Д.П. (4 октября 2018 г.). «Прогнозирование эффективности нацеливания на микроРНК у дрозофилы» . Геномная биология . 19 (1): 152. DOI : 10.1186 / s13059-018-1504-3 . PMC 6172730 . PMID 30286781 .
- ^ Maziere, P; Энрайт, А (2007). «Прогнозирование мишеней микроРНК». Открытие наркотиков сегодня . 12 (11–12): 452–458. DOI : 10.1016 / j.drudis.2007.04.002 . ISSN 1359-6446 . PMID 17532529 .
- ^ Крек, А. Идентификация мишеней микроРНК. DAI-B 70/07, (2010).
- ^ Немецкий магистр наук, Пиллэй М., Джонг Д.Х., Хетавал А., Луо С., Джанардханан П., Каннан В., Раймаркиз Л.А., Нобута К., Герман Р., Де Паоли Е., Лу С., Шрот Г., Мейерс BC, Грин П.Дж. (2008) «Глобальная идентификация пар микроРНК-мишень РНК путем параллельного анализа концов РНК». Nat. Biotechnol . 26 (8): 941–946. DOI : 10.1038 / nbt1417 . PMID 18542052 . S2CID 13187064 .
- ^ Аддо-Куэй С., Эшу Т.В., Бартель Д.П., Акстелл М.Дж. (2008). «Эндогенные миРНК и миРНК-мишени, идентифицированные путем секвенирования деградома Arabidopsis» . Curr. Биол . 18 (10): 758–762. DOI : 10.1016 / j.cub.2008.04.042 . PMC 2583427 . PMID 18472421 .
- ^ Buermans, Henk PJ; Ариюрек, Явуз; ван Оммен, Гертян; ден Даннен, Йохан Т; 'т Хоэн, Питер AC (2010). «Новые методы профилирования экспрессии микроРНК на основе секвенирования нового поколения» . BMC Genomics . 11 (1): 716. DOI : 10.1186 / 1471-2164-11-716 . ISSN 1471-2164 . PMC 3022920 . PMID 21171994 .
- ^ Чжан, Баохун; Чжан, Хуа; Ян, Цзянь-Хуа; Чжэн, Юй-Шэн; Чжан, Пэн; Чен, Сяо; Ву, Цзюнь; Сюй, Линь; Ло, Сюэ-Цюнь; Кэ, Чжи-Юн; Чжоу, Хуэй; Цюй, Лян-Ху; Чен, Юэ-Цинь (2009). «Полногеномный анализ открытия малых РНК и новых микроРНК при остром лимфобластном лейкозе человека на основе подхода расширенного секвенирования» . PLOS ONE . 4 (9): e6849. Bibcode : 2009PLoSO ... 4.6849Z . DOI : 10.1371 / journal.pone.0006849 . ISSN 1932-6203 . PMC 2731166 . PMID 19724645 .
- ^ а б Jima, DD; Zhang, J .; Jacobs, C .; Richards, KL; Данфи, Швейцария; Чой, WWL; Yan Au, W .; Srivastava, G .; Чадер, МБ; Rizzieri, DA; Lagoo, AS; Лугар, PL; Манн, КП; Цветы, CR; Bernal-Mizrachi, L .; Нареш, кн; Evens, AM; Гордон, LI; Luftig, M .; Фридман, Д.Р .; Weinberg, JB; Томпсон, Массачусетс; Gill, JI; Liu, Q .; Как Т.; Грубор, В .; Gao, Y .; Patel, A .; Wu, H .; Zhu, J .; Blobe, GC; Липский, ЧП; Chadburn, A .; Дэйв, СС (2010). «Глубокое секвенирование транскриптома малой РНК нормальных и злокачественных В-клеток человека позволяет идентифицировать сотни новых микроРНК» . Кровь . 116 (23): e118 – e127. DOI : 10.1182 / кровь-2010-05-285403 . ISSN 0006-4971 . PMC 3012600 . PMID 20733160 .
- ^ Starczynowski, DT; Morin, R .; McPherson, A .; Lam, J .; Chari, R .; Wegrzyn, J .; Kuchenbauer, F .; Hirst, M .; Tohyama, K .; Хамфрис, РК; Лам, WL; Marra, M .; Карсан, А. (2010). «Полногеномная идентификация человеческих микроРНК, расположенных в геномных изменениях, связанных с лейкемией» . Кровь . 117 (2): 595–607. DOI : 10.1182 / кровь-2010-03-277012 . ISSN 0006-4971 . PMID 20962326 .
- ^ Келлер, Андреас; Бэкес, Кристина; Лейдингер, Петра; Кефер, Натали; Буагерен, Валеска; Барбачору, Каталин; Фогель, Бритта; Маца, Марк; Хувер, Ханно; Катус, Хьюго А .; Штелер, Корд; Медер, Бенджамин; Миз, Эккарт (2011). «Секвенирование следующего поколения позволяет идентифицировать новые микроРНК в периферической крови больных раком легких». Молекулярные биосистемы . 7 (12): 3187–99. DOI : 10.1039 / c1mb05353a . ISSN 1742-206X . PMID 22027949 .
- ^ а б в Чан, Элси; Прадо, Даниэль Эстевес; Weidhaas, Джоан Барнс (2011). «Раковые микроРНК: от профилирования подтипов до предикторов ответа на терапию» . Тенденции в молекулярной медицине . 17 (5): 235–243. DOI : 10.1016 / j.molmed.2011.01.008 . ISSN 1471-4914 . PMC 3092835 . PMID 21354374 .
- ^ а б Бленкирон, Чери; Гольдштейн, Леонард Д; Торн, Натали П.; Спитери, Инмакулада; Чин, Сует-Фунг; Даннинг, Марк Дж; Barbosa-Morais, Nuno L; Тешендорф, Эндрю Э; Грин, Эндрю Р.; Эллис, Ян О; Таваре, Симон ; Калдас, Карлос; Миска, Эрик А (2007). «Профили экспрессии микроРНК рака груди человека определяют новые маркеры подтипа опухоли» . Геномная биология . 8 (10): R214. DOI : 10.1186 / GB-2007-8-10-r214 . ISSN 1465-6906 . PMC 2246288 . PMID 17922911 .
- ^ Семпере, LF; Christensen, M .; Силахтароглу, А .; Бак, М .; Хит, резюме; Schwartz, G .; Wells, W .; Kauppinen, S .; Коул, CN (2007). «Измененная экспрессия микроРНК, ограниченная конкретными субпопуляциями эпителиальных клеток при раке молочной железы» . Исследования рака . 67 (24): 11612–11620. DOI : 10.1158 / 0008-5472.CAN-07-5019 . ISSN 0008-5472 . PMID 18089790 .
- ^ Мэтти, Майкл Д; Бенц, Кристофер С; Бауэрс, Джессика; Сенсингер, Келли; Вонг, Линда; Скотт, Гэри К.; Феделе, Вита; Гинзингер, Дэвид; Геттс, Роберт; Хакк, Крис (2006). «Оптимизированное профилирование экспрессии микроРНК с высокой пропускной способностью обеспечивает новую оценку биомаркеров клинических биопсий рака простаты и молочной железы» . Молекулярный рак . 5 (1): 24. DOI : 10,1186 / 1476-4598-5-24 . ISSN 1476-4598 . PMC 1563474 . PMID 16784538 .
- ^ а б Иорио, М.В. Ferracin, M .; Liu, C.-G .; Veronese, A .; Spizzo, R .; Sabbioni, S .; Magri, E .; Pedriali, M .; Fabbri, M .; Campiglio, M .; Menard, S .; Палаццо, JP; Розенберг, А .; Musiani, P .; Volinia, S .; Nenci, I .; Калин, Джорджия; Querzoli, P .; Negrini, M .; Кроче, CM (2005). «Дерегуляция экспрессии генов микроРНК при раке груди человека» . Исследования рака . 65 (16): 7065–7070. DOI : 10.1158 / 0008-5472.CAN-05-1783 . ISSN 0008-5472 . PMID 16103053 .
- ^ а б Лоури, Аойф Дж; Миллер, Никола; Девани, Аманда; McNeill, Roisin E; Даворен, Памела А.; Леметр, Кристоф; Бенеш Владимир; Шмидт, Сабина; Блейк, Джонатон; Болл, Грэм; Крейн, Майкл Дж (2009). «Сигнатуры микроРНК предсказывают статус рецептора эстрогена, рецептора прогестерона и рецептора HER2 / neu при раке груди» . Исследование рака груди . 11 (3): R27. DOI : 10.1186 / bcr2257 . ISSN 1465-5411 . PMC 2716495 . PMID 19432961 .
- ^ Lebanony, D .; Benjamin, H .; Gilad, S .; Ezagouri, M .; Дов, А .; Ашкенази, К .; Gefen, N .; Израэли, С .; Rechavi, G .; Pass, H .; Nonaka, D .; Li, J .; Spector, Y .; Розенфельд, Н .; Чаджут, А .; Cohen, D .; Ааронов, Р .; Мансухани, М. (2009). «Диагностический анализ, основанный на экспрессии hsa-miR-205, отличает плоскоклеточный рак легкого от немелкоклеточного». Журнал клинической онкологии . 27 (12): 2030–2037. DOI : 10.1200 / JCO.2008.19.4134 . ISSN 0732-183X . PMID 19273703 .
- ^ Уэда, Тэцуя; Волиния, Стефано; Окумура, Хироши; Симидзу, Масаёси; Такчиоли, Кристиан; Росси, Симона; Ольха, Hansjuerg; Лю, Чан-гун; Уэ, Наохиде; Ясуи, Ватару; Ёсида, Казухиро; Сасаки, Хироки; Номура, Сачиё; Сето, Ясуюки; Каминиши, Мичио; Калин, Джордж А; Кроче, Карло М (2010). «Связь между экспрессией микроРНК и прогрессированием и прогнозом рака желудка: анализ экспрессии микроРНК» . Ланцетная онкология . 11 (2): 136–146. DOI : 10.1016 / S1470-2045 (09) 70343-2 . ISSN 1470-2045 . PMC 4299826 . PMID 20022810 .
- ^ Ратнер, Елена С .; Так, Дэвид; Рихтер, Кристина; Наллур, Сунита; Patel, Rajeshvari M .; Шульц, Винс; Хуэй, Пей; Шварц, Питер Э .; Резерфорд, Томас Дж .; Weidhaas, Джоан Б. (2010). «Сигнатуры микроРНК дифференцируют подтипы опухолей рака матки» . Гинекологическая онкология . 118 (3): 251–257. DOI : 10.1016 / j.ygyno.2010.05.010 . ISSN 0090-8258 . PMC 2918705 . PMID 20542546 .
- ^ а б Фридман, Эдди; Дотан, Зоар; Баршак, Ирис; Дэвид, Мириам Бен; Дов, Авиталь; Табак, Сарит; Сион, Орит; Вениамин, Сима; Бенджамин, Хила; Кукер, Хагит; Авиви, Камила; Розенблатт, Киннерет; Полак-Шаркон, Сильви; Рамон, Иаков; Розенфельд, Ницан; Спектор, Яэль (2010). «Точная молекулярная классификация опухолей почек с использованием экспрессии микроРНК» . Журнал молекулярной диагностики . 12 (5): 687–696. DOI : 10,2353 / jmoldx.2010.090187 . ISSN 1525-1578 . PMC 2928434 . PMID 20595629 .
- ^ а б в Гутьеррес, Северная Каролина; Sarasquete, ME; Misiewicz-Krzeminska, I; Дельгадо, М. Де лас Ривас, Дж; Ticona, FV; Fermiñán, E; Мартин-Хименес, П. Chillón, C; Рисуэньо, А; Эрнандес, JM; Гарсия-Санс, Р. Гонсалес, М; Сан-Мигель, Дж. Ф. (2010). «Дерегуляция экспрессии микроРНК в различных генетических подтипах множественной миеломы и корреляция с профилированием экспрессии генов» . Лейкоз . 24 (3): 629–637. DOI : 10.1038 / leu.2009.274 . ISSN 0887-6924 . PMID 20054351 .
- ^ а б в г Jongen-Lavrencic, M .; Вс, СМ; Dijkstra, MK; Валк, PJM; Ловенберг, Б. (2008). «Профили экспрессии микроРНК в зависимости от генетической гетерогенности острого миелоидного лейкоза» . Кровь . 111 (10): 5078–5085. DOI : 10.1182 / кровь-2008-01-133355 . ISSN 0006-4971 . PMID 18337557 .
- ^ а б Garzon, R .; Гарофало, М .; Мартелли, депутат; Briesewitz, R .; Wang, L .; Fernandez-Cymering, C .; Volinia, S .; Liu, C.-G .; Schnittger, S .; Haferlach, T .; Лисо, А .; Diverio, D .; Mancini, M .; Meloni, G .; Foa, R .; Мартелли, MF; Mecucci, C .; Croce, CM; Фалини, Б. (2008). «Отличительная сигнатура микроРНК острого миелоидного лейкоза, несущего цитоплазматический мутированный нуклеофозмин» . Труды Национальной академии наук . 105 (10): 3945–3950. Bibcode : 2008PNAS..105.3945G . DOI : 10.1073 / pnas.0800135105 . ISSN 0027-8424 . PMC 2268779 . PMID 18308931 .
- ^ Маркучи, Гвидо; Радмахер, Майкл Д .; Махарри, Кати; Мрозек, Кшиштоф; Ruppert, Amy S .; Пашка, Петр; Вукосавлевич, Тамара; Whitman, Susan P .; Baldus, Claudia D .; Лангер, Кристиан; Лю, Чан-Гун; Кэрролл, Эндрю Дж .; Powell, Bayard L .; Гарсон, Рамиро; Кроче, Карло М .; Колитц, Джонатан Э .; Калиджури, Майкл А .; Ларсон, Ричард А .; Блумфилд, Клара Д. (2008). «Экспрессия микроРНК при цитогенетически нормальном остром миелоидном лейкозе». Медицинский журнал Новой Англии . 358 (18): 1919–1928. DOI : 10.1056 / NEJMoa074256 . ISSN 0028-4793 . PMID 18450603 .
- ^ Калин, Джордж Адриан; Феррасин, Мануэла; Чиммино, Амелия; Ди Лева, Джанпьеро; Симидзу, Масаёси; Войчик, Сильвия Э .; Иорио, Марилена В .; Висоне, Роза; Север, Нуреттин Ильфер; Фаббри, Мюллер; Юлиано, Родольфо; Паламбо, Тициана; Пикиорри, Флавия; Рольдо, Клаудиа; Гарсон, Рамиро; Севиньяни, Чинция; Рассенти, Лаура; Ольха, Hansjuerg; Волиния, Стефано; Лю, Чан-гун; Киппс, Томас Дж .; Негрини, Массимо; Кроче, Карло М. (2005). «Сигнатура MicroRNA, связанная с прогнозом и прогрессированием хронического лимфоцитарного лейкоза». Медицинский журнал Новой Англии . 353 (17): 1793–1801. DOI : 10.1056 / NEJMoa050995 . ISSN 0028-4793 . PMID 16251535 .
- ^ Карамута, Стефано; Египтази, Сюзанна; Родольфо, Моника; Виттен, Даниэла; Ханссон, Йохан; Ларссон, Катарина; Луи, Вен-Онн (2010). «Профили экспрессии микроРНК, связанные с мутационным статусом и выживанием при злокачественной меланоме». Журнал следственной дерматологии . 130 (8): 2062–2070. DOI : 10.1038 / jid.2010.63 . ISSN 0022-202X . PMID 20357817 .
- ^ Линсен, Сэм Э.В.; де Вит, Эльзо; Янссенс, Жорж; Нагреватель, Шейла; Чепмен, Лаура; Паркин, Рэйчел К; Фриц, Брайан; Wyman, Stacia K; де Брейн, Юарт; Voest, Эмиль Э; Куэрстен, Скотт; Тевари, Муниш; Куппен, Эдвин (2009). «Ограничения и возможности цифрового профилирования экспрессии генов малых РНК». Методы природы . 6 (7): 474–476. DOI : 10.1038 / nmeth0709-474 . ISSN 1548-7091 . PMID 19564845 . S2CID 7953265 .
- ^ Git, A .; Dvinge, H .; Лосось-Дивон, М .; Осборн, М .; Kutter, C .; Hadfield, J .; Bertone, P .; Калдас, К. (2010). «Систематическое сравнение профилей микрочипов, ПЦР в реальном времени и технологий секвенирования нового поколения для измерения дифференциальной экспрессии микроРНК» . РНК . 16 (5): 991–1006. DOI : 10,1261 / rna.1947110 . ISSN 1355-8382 . PMC 2856892 . PMID 20360395 .