SH3 домен

SRC Гомология 3 домен (или SH3 домен ) представляет собой небольшой домен белка около 60 аминокислотных остатков. Первоначально SH3 был описан как консервативная последовательность в вирусном адапторном белке v-Crk. Этот домен также присутствует в молекулах фосфолипазы и нескольких цитоплазматических тирозинкиназ, таких как Abl и Src . ^[1]^[2] Он также был идентифицирован в нескольких других семействах белков, таких как: киназа PI3 , белок , активирующий ГТФазу Ras , CDC24 и cdc25.. ^[3]^[4]^[5] Домены SH3 обнаружены в белках сигнальных путей, регулирующих цитоскелет , белке Ras , киназе Src и многих других. Белки SH3 взаимодействуют с адапторными белками и тирозинкиназами. Белки SH3, взаимодействуя с тирозинкиназами, обычно связываются далеко от активного центра . Приблизительно 300 SH3 доменов обнаружены в белках, кодируемых в геноме человека. В дополнение к этому, домен SH3 отвечал за контроль межбелковых взаимодействий в путях передачи сигналов ^[6] и регулирование взаимодействий белков, участвующих в передаче сигналов в цитоплазме. ^[7]

Структура [ править ]

Домен SH3 имеет характерную бета-бочкообразную складку, которая состоит из пяти или шести β-нитей, расположенных в виде двух плотно упакованных антипараллельных β-листов . Линкерные области могут содержать короткие спирали. Складка SH3-типа - это древняя складка, обнаруженная у эукариот, а также у прокариот. ^[8]

Связывание пептидов [ править ]

Классический домен SH3 обычно находится в белках, которые взаимодействуют с другими белками и опосредуют сборку специфических белковых комплексов, обычно через связывание с богатыми пролином пептидами в их соответствующих партнерах по связыванию. Классические домены SH3 ограничены у человека внутриклеточными белками, хотя небольшое семейство внеклеточных белков MIA человека также содержит домен с SH3-подобной складкой.

Многие SH3-связывающие эпитопы белков имеют консенсусную последовательность, которая может быть представлена как регулярное выражение или короткий линейный мотив :

-XPpXP- 1 2 3 4 5

причем 1 и 4 представляют собой алифатические аминокислоты, 2 и 5 всегда и 3 иногда являются пролином. Последовательность связывается с гидрофобным карманом домена SH3. Совсем недавно были описаны домены SH3, которые связываются с основным консенсусным мотивом RxxK. Примерами являются С-концевые домены SH3 адаптерных белков, таких как Grb2 и Mona (также известные как Gads, Grap2, Grf40, GrpL и т. Д.). Появились и другие связывающие SH3 мотивы, которые все еще появляются в ходе различных молекулярных исследований, подчеркивая универсальность этого домена.

SH3 интерактомы [ править ]

Сети белок-белковых взаимодействий, опосредованные доменом SH3, т. Е. SH3-интерактомы, показали, что SH3-интерактом червя напоминает аналогичную дрожжевую сеть, потому что он значительно обогащен белками, играющими роль в эндоцитозе. ^[9]^[10] Тем не менее, взаимодействия, опосредованные ортологическим доменом SH3, сильно изменяются между червями и дрожжами. ^[9]

Белки с доменом SH3 [ править ]

Адаптерные белки, передающие сигнал
CDC24
Cdc25
PI3 киназа
Фосфолипаза
Белок, активирующий ГТФазу Ras
Вав протоонкоген
GRB2
p54 S6 киназа 2 (S6K2)
SH3D21
ARMH3 (потенциально)
STAC3
Некоторые миозины
SH3 и несколько доменов с анкириновыми повторами: SHANK1 , SHANK2 , SHANK3
YAP1
ARHGAP12
вексин ( VXN )
ТАНГО1
Интеграза
Киназа фокальной адгезии (FAK, PTK2)
Пролин-богатая тирозинкиназа (Pyk2, CADTK, PTK2beta)
TRIP10 (cip4)

См. Также [ править ]

Src homology 2, содержащий домен
Структурная область

Ссылки [ править ]

^ Поусон Т, Schlessingert J (июль 1993). «Домены SH2 и SH3». Текущая биология . 3 (7): 434–42. DOI : 10.1016 / 0960-9822 (93) 90350-W . PMID 15335710 . S2CID 53273571 .
^ Mayer BJ (апрель 2001). «Домены SH3: сложность в умеренности». Журнал клеточной науки . 114 (Pt 7): 1253–63. PMID 11256992 .
^ Музакие А, Т Gibson, ЛЕХТ В.П., Сараст М (июль 1992). «SH3 - богатый белковый домен в поисках функции» . Письма FEBS . 307 (1): 55–61. DOI : 10.1016 / 0014-5793 (92) 80901-R . PMID 1639195 . S2CID 8564342 .
^ Mayer BJ, Балтимор D (январь 1993). «Сигнализация через домены SH2 и SH3». Тенденции в клеточной биологии . 3 (1): 8–13. DOI : 10.1016 / 0962-8924 (93) 90194-6 . PMID 14731533 .
^ Pawson T (февраль 1995). «Белковые модули и сигнальные сети». Природа . 373 (6515): 573–80. DOI : 10.1038 / 373573a0 . PMID 7531822 . S2CID 4324726 .
^ Шлезингер J (февраль 1994). «Сигнальные белки SH2 / SH3». Текущее мнение в области генетики и развития . 4 (1): 25–30. DOI : 10.1016 / 0959-437X (94) 90087-6 . PMID 8193536 .
Перейти ↑ Koch CA, Anderson D, Moran MF, Ellis C, Pawson T (май 1991). «Домены SH2 и SH3: элементы, которые контролируют взаимодействия цитоплазматических сигнальных белков». Наука . 252 (5006): 668–74. DOI : 10.1126 / science.1708916 . PMID 1708916 .
^ Whisstock JC, Lesk AM (апрель 1999). «Домены SH3 в прокариотах». Направления биохимических наук . 24 (4): 132–3. DOI : 10.1016 / s0968-0004 (99) 01366-3 . PMID 10322416 .
^ а б Синь, Сяофэн; Гфеллер, Дэвид; Ченг, Джеки; Тоникян, Раффи; Солнце, Линь; Го, Айлань; Лопес, Лианет; Павленко, Алевтина; Акинтоби, Аденреле (01.01.2013). «Интерактом SH3 сохраняет общую функцию по сравнению с конкретной формой» . Молекулярная системная биология . 9 : 652. DOI : 10.1038 / msb.2013.9 . ISSN 1744-4292 . PMC 3658277 . PMID 23549480 .
^ Тоникян, Раффи; Синь, Сяофэн; Торет, Кристофер П .; Гфеллер, Дэвид; Ландграф, Кристиана; Панни, Симона; Паолузи, Серена; Кастаньоли, Луиза; Каррелл, Бриджит (01.10.2009). «Байесовское моделирование дрожжевого взаимодействующего домена SH3 предсказывает пространственно-временную динамику белков эндоцитоза» . PLOS Биология . 7 (10): e1000218. DOI : 10.1371 / journal.pbio.1000218 . ISSN 1545-7885 . PMC 2756588 . PMID 19841731 .

Внешние ссылки [ править ]

Ресурсный мотив эукариотического линейного мотива, класс LIG_SH3_1
Ресурсный мотив Eukaryotic Linear Motif, класс LIG_SH3_2
Ресурсный мотив Eukaryotic Linear Motif, класс LIG_SH3_3
Ресурсный мотив Eukaryotic Linear Motif, класс LIG_SH3_4
Ресурсный мотив Eukaryotic Linear Motif, класс LIG_SH3_5
Ресурсный мотив эукариотического линейного мотива TRG_PEX_1
Домены взаимодействия белков Nash Lab при передаче сигналов - домен SH3
GENEART - Скрининг вашего белка на наличие всех SH3-доменов человека за один цикл фагового дисплея

[pmid15335710-1] Поусон Т, Schlessingert J (июль 1993). «Домены SH2 и SH3». Текущая биология . 3 (7): 434–42. DOI : 10.1016 / 0960-9822 (93) 90350-W . PMID 15335710 . S2CID 53273571 .

[pmid11256992-2] Mayer BJ (апрель 2001). «Домены SH3: сложность в умеренности». Журнал клеточной науки . 114 (Pt 7): 1253–63. PMID 11256992 .

[pmid1639195-3] Музакие А, Т Gibson, ЛЕХТ В.П., Сараст М (июль 1992). «SH3 - богатый белковый домен в поисках функции» . Письма FEBS . 307 (1): 55–61. DOI : 10.1016 / 0014-5793 (92) 80901-R . PMID 1639195 . S2CID 8564342 .

[pmid14731533-4] Mayer BJ, Балтимор D (январь 1993). «Сигнализация через домены SH2 и SH3». Тенденции в клеточной биологии . 3 (1): 8–13. DOI : 10.1016 / 0962-8924 (93) 90194-6 . PMID 14731533 .

[pmid7531822-5] Pawson T (февраль 1995). «Белковые модули и сигнальные сети». Природа . 373 (6515): 573–80. DOI : 10.1038 / 373573a0 . PMID 7531822 . S2CID 4324726 .

[6] Шлезингер J (февраль 1994). «Сигнальные белки SH2 / SH3». Текущее мнение в области генетики и развития . 4 (1): 25–30. DOI : 10.1016 / 0959-437X (94) 90087-6 . PMID 8193536 .

[7] Перейти ↑ Koch CA, Anderson D, Moran MF, Ellis C, Pawson T (май 1991). «Домены SH2 и SH3: элементы, которые контролируют взаимодействия цитоплазматических сигнальных белков». Наука . 252 (5006): 668–74. DOI : 10.1126 / science.1708916 . PMID 1708916 .

[pmid10322416-8] Whisstock JC, Lesk AM (апрель 1999). «Домены SH3 в прокариотах». Направления биохимических наук . 24 (4): 132–3. DOI : 10.1016 / s0968-0004 (99) 01366-3 . PMID 10322416 .

[:0-9] а б Синь, Сяофэн; Гфеллер, Дэвид; Ченг, Джеки; Тоникян, Раффи; Солнце, Линь; Го, Айлань; Лопес, Лианет; Павленко, Алевтина; Акинтоби, Аденреле (01.01.2013). «Интерактом SH3 сохраняет общую функцию по сравнению с конкретной формой» . Молекулярная системная биология . 9 : 652. DOI : 10.1038 / msb.2013.9 . ISSN 1744-4292 . PMC 3658277 . PMID 23549480 .

[10] Тоникян, Раффи; Синь, Сяофэн; Торет, Кристофер П .; Гфеллер, Дэвид; Ландграф, Кристиана; Панни, Симона; Паолузи, Серена; Кастаньоли, Луиза; Каррелл, Бриджит (01.10.2009). «Байесовское моделирование дрожжевого взаимодействующего домена SH3 предсказывает пространственно-временную динамику белков эндоцитоза» . PLOS Биология . 7 (10): e1000218. DOI : 10.1371 / journal.pbio.1000218 . ISSN 1545-7885 . PMC 2756588 . PMID 19841731 .

[1]