В клетках из эукариотических организмов искусно подразделяются на функционально различных мембраносвязанных отсеков. Некоторые основные составляющие эукариотических клеток: внеклеточное пространство , цитоплазма , ядро , митохондрии , аппарат Гольджи , эндоплазматический ретикулум (ER), пероксисома , вакуоли , цитоскелет , нуклеоплазма , ядрышко , ядерный матрикс и рибосомы .
Бактерии также имеют субклеточные локализации, которые можно разделить при фракционировании клетки. Наиболее часто упоминаемые локализации включают цитоплазму , цитоплазматическую мембрану (также называемую внутренней мембраной у грамотрицательных бактерий), клеточную стенку (которая обычно толще у грамположительных бактерий) и внеклеточную среду. Цитоплазма, цитоплазматическая мембрана и клеточная стенка являются субклеточными локализациями, тогда как внеклеточная среда явно нет. Большинство грамотрицательных бактерий также содержат внешнюю мембрану и периплазматическое пространство.. В отличие от эукариот, большинство бактерий не содержат мембраносвязанных органелл, однако есть некоторые исключения (например, магнитосомы ). [1]
Базы данных о субклеточном расположении белков
Экспериментально определенное субклеточное расположение белков можно найти в UniProtKB , Compartments и в нескольких других специализированных ресурсах, таких как база данных секретома молочнокислых бактерий .
Есть также несколько субклеточных баз данных местоположения с вычислительными предсказаниями , такими как грибковые secretome и субклеточный протеой База знаний - версия 2 (FunSecKB2), secretome растений и субклеточные протеая База знания (PlantSecKB), MetazSecKB для расположения белка субклеточных человека и животных, и ProtSecKB для субклеточного расположения белков всех протистов.
Смотрите также
Рекомендации
- ^ Шулер Д. (2004). Молекулярный анализ субклеточного компартмента: магнитосомная мембрана Magnetospirillum gryphiswaldense. Arch Microbiol. 181: 1-7