| isrA Hfq-связывающая РНК | |
|---|---|
 Прогнозируемая вторичная структура isrA Hfq-связывающей РНК | |
| Идентификаторы | |
| Условное обозначение | isrA |
| Рфам | RF01385 |
| Прочие данные | |
| Тип РНК | ген , мРНК |
| Домен (ы) | Энтеробактерии |
| Структуры PDB | PDBe |
Hfq связывания рРНК является рРНК , которая связывает бактериальной РНК - связывающий белок , называемый Hfq . Был охарактеризован ряд бактериальных малых РНК, которые, как было показано, связываются с Hfq (см. Список). Многие из этих РНК имеют сходную структуру, состоящую из трех петель-стеблей . [1] Несколько исследований расширили этот список и экспериментально подтвердили в общей сложности 64 мРНК, связывающих Hfq, у Salmonella Typhimurium . [2] [3] [4] Широкое транскриптомное исследование сайтов связывания Hfq у сальмонелл.картировали 126 сайтов связывания Hfq в мРНК. [5] Геномный SELEX был использован, чтобы показать, что Hfq-связывающие РНК обогащены мотивом последовательности 5'-AAYAAYAA-3 '. [6] Полногеномное исследование выявило 40 кандидатных Hfq-зависимых мРНК в патогене растений Erwinia amylovora . 12 из них были подтверждены Нозерн-блоттингом. [7]
Бактериальные связывающие мРНК Hfq [ править ]
Ссылки [ править ]
- ^ Zhang A, Wassarman KM, Rosenow C, Тжаден BC, Storz G, Готтесман S (2003). «Глобальный анализ малых РНК и мРНК-мишеней Hfq». Мол. Microbiol . 50 (4): 1111–1124. DOI : 10.1046 / j.1365-2958.2003.03734.x . PMID 14622403 . S2CID 40056275 .
- ^ Пфайфер В, Sittka А, Томер R, Tedin К, Бринкман В, Vogel J (декабрь 2007). «Небольшая некодирующая РНК острова гена инвазии (SPI-1) подавляет синтез белка внешней мембраны из основного генома сальмонеллы» . Молекулярная микробиология . 66 (5): 1174–1191. DOI : 10.1111 / j.1365-2958.2007.05991.x . PMID 17971080 .
- ^ Sittka A, Lucchini S, Papenfort K и др. (2008). Буркхолдер WF (ред.). «Глубокий анализ секвенирования малых некодирующих РНК и мРНК-мишеней глобального посттранскрипционного регулятора, Hfq» . PLOS Genetics . 4 (8): e1000163. DOI : 10.1371 / journal.pgen.1000163 . PMC 2515195 . PMID 18725932 .
- ^ a b Padalon-Brauch G, Hershberg R, Elgrably-Weiss M, et al. (Апрель 2008 г.). «Малые РНК, закодированные в генетических островках Salmonella typhimurium, демонстрируют экспрессию, индуцированную хозяином, и роль в вирулентности» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (6): 1913–1927. DOI : 10.1093 / NAR / gkn050 . PMC 2330248 . PMID 18267966 .
- ^ Holmqvist Е, Райт PR - Ли L, Бишлера Т, Barquist л, Реинхардт R, R Backofen, Vogel J (2016). «Глобальные паттерны распознавания РНК посттранскрипционных регуляторов Hfq и CsrA, выявленные с помощью УФ-сшивания in vivo» . EMBO J . 35 (9): 991–1011. DOI : 10.15252 / embj.201593360 . PMC 5207318 . PMID 27044921 .
- ^ Лоренц С, Т Гезелл, Циммерман В, Шеберла U, Bilusic я, Rajkowitsch л, Waldsich С, фоном Haeseler А, Шредер R (2010). «Геномный SELEX для Hfq-связывающих РНК идентифицирует геномные аптамеры преимущественно в антисмысловых транскриптах» . Nucleic Acids Res . 38 (11): 3794–3808. DOI : 10.1093 / NAR / gkq032 . PMC 2887942 . PMID 20348540 .
- ^ Цзэн, Цюань; Сундин, Джордж У. (01.01.2014). «Полногеномная идентификация регулируемых Hfq малых РНК в возбудителе бактериального ожога Erwinia amylovora обнаружила малые РНК с регуляторной функцией вирулентности» . BMC Genomics . 15 : 414. DOI : 10.1186 / 1471-2164-15-414 . ISSN 1471-2164 . PMC 4070566 . PMID 24885615 .
Дальнейшее чтение [ править ]
- De Lay, N .; Щу, диджей; Готтесман, С. (2013). «Отрицательная регуляция на основе малых РНК бактерий: Hfq и его сопутствующие факторы» . Журнал биологической химии . 288 (12): 7996–8003. DOI : 10.1074 / jbc.R112.441386 . PMC 3605619 . PMID 23362267 .
- Peng, Y .; Сопер, Т.Дж.; Вудсон, С.А. (2013). «Позиционные эффекты мотивов AAN в регуляции rpoS с помощью мРНК и Hfq» . Журнал молекулярной биологии . 426 (2): 275–285. DOI : 10.1016 / j.jmb.2013.08.026 . PMC 3947347 . PMID 24051417 .
Внешние ссылки [ править ]
- База данных rfam
