FnrS РНК представляет собой семейство Hfq-связывающих малых РНК , экспрессия которых повышается в ответ на анаэробные условия. Он назван FnrS, потому что его экспрессия сильно зависит от регулятора фумарата и нитратредуктазы (FNR), прямого датчика доступности кислорода . [1] [2]
FnrS | |
---|---|
Идентификаторы | |
Символ | FnrS |
Рфам | RF01796 |
Прочие данные | |
Тип РНК | Ген |
Домен (ы) | Энтеробактерии |
Структуры PDB | PDBe |
Было предсказано, что консервативная межгенная область между генами ydaN и dbpA кодирует мРНК, прилегающую к тому месту, где была идентифицирована другая некодирующая РНК ( C0343 ). [3] Однако нозерн-блоттинг этой последовательности 477 п.н. не дал результатов. [4] Последующий анализ мозаичного массива, секвенирующий Hfq-связывающую мРНК, показал, что нить Ватсона действительно кодирует мРНК. [1]
Генная регуляция
Было показано, что FnrS подавляет регуляцию 32 различных мРНК у энтеробактерий , в 15 из этих случаев это происходит путем спаривания оснований с транскриптом мРНК . [1] Большинство генов, подавляемых FnrS, необходимы для аэробного метаболизма или реакции на окислительный стресс . [2] Некоторые из генов, подавляемых FnrS: [1]
- adhP - алкогольдегидрогеназа, участвующая в метаболизме
- cydD - цинк-чувствительный АТФ- связывающий компонент цитохром- связанного транспорта [5]
- mqo - ассоциированный с мембраной малат: хинон оксидоредуктаза, действующая в цикле лимонной кислоты [6]
- sodB / A - супероксиддисмутаза, которая способствует устойчивости к кислородному стрессу [7]
- ygiW - гипотетический белок внешней мембраны [8]
Исследование, включающее сравнительное целевое прогнозирование и последующую экспериментальную проверку выбранных прогнозов, предполагает, что FnrS может быть более глобальным регулятором Escherichia coli . Предполагается, что он контролирует несколько факторов транскрипции. К ним относятся проверенные цели marA и IscR . [9] MarA активирует гены, участвующие в устойчивости к супероксиду, [10] что может не потребоваться в анаэробных условиях, в которых экспрессируется FnrS. IscR регулирует гены белков, содержащих железо-серный кластер или белков биогенеза. [11] FnrS может участвовать в наблюдаемой O 2 -зависимой экспрессии регулона IscR. [11] Другими целями FnrS являются nagZ и sdhA . [9]
Имеются также данные, позволяющие предположить, что экспрессия FnrS регулируется системой передачи сигналов RcsCDB у Salmonella enterica . [12]
Рекомендации
- ^ a b c d Durand S, Storz G (март 2010 г.). «Перепрограммирование анаэробного метаболизма малой РНК FnrS» . Мол. Microbiol . 75 (5): 1215–1231. DOI : 10.1111 / j.1365-2958.2010.07044.x . PMC 2941437 . PMID 20070527 . Архивировано из оригинала на 2013-01-05.
- ^ а б Boysen A, Møller-Jensen J, Kallipolitis B, Valentin-Hansen P, Overgaard M (апрель 2010 г.). «Трансляционная регуляция экспрессии генов анаэробно индуцированной малой некодирующей РНК в Escherichia coli» . J. Biol. Chem . 285 (14): 10690–10702. DOI : 10.1074 / jbc.M109.089755 . PMC 2856277 . PMID 20075074 . Проверено 5 августа 2010 .
- ^ Тьяден Б., Саксена Р.М., Столяр С., Хайнор Д.Р., Колкер Э., Розенов С. (сентябрь 2002 г.). «Транскриптомный анализ Escherichia coli с использованием массивов олигонуклеотидных зондов высокой плотности» . Nucleic Acids Res . 30 (17): 3732–3738. DOI : 10.1093 / NAR / gkf505 . PMC 137427 . PMID 12202758 .
- ^ Картер Р.Дж., Дубчак И., Холбрук С.Р. (октябрь 2001 г.). «Вычислительный подход к идентификации генов функциональных РНК в геномных последовательностях» . Nucleic Acids Res . 29 (19): 3928–3938. DOI : 10.1093 / NAR / 29.19.3928 . PMC 60242 . PMID 11574674 .
- ^ Пул Р.К., Гибсон Ф., Ву Г. (апрель 1994 г.). «Продукт гена cydD, компонент гетеродимерного переносчика ABC, необходим для сборки периплазматического цитохрома с и цитохрома bd в Escherichia coli» . FEMS Microbiol. Lett . 117 (2): 217–223. DOI : 10.1111 / j.1574-6968.1994.tb06768.x . PMID 8181727 .
- ^ van der Rest ME, Frank C, Molenaar D (декабрь 2000 г.). «Функции мембран-ассоциированных и цитоплазматических малатдегидрогеназ в цикле лимонной кислоты Escherichia coli» . J. Bacteriol . 182 (24): 6892–6899. DOI : 10.1128 / jb.182.24.6892-6899.2000 . PMC 94812 . PMID 11092847 .
- ^ EntrezGene 944953
- ^ EntrezGene 8872708
- ^ а б Райт PR, Рихтер А.С., Папенфорт К., Манн М., Фогель Дж., Хесс В.Р., Бэкофен Р., Георг Дж. (2013). «Сравнительная геномика повышает предсказание целей для бактериальных малых РНК» . Proc Natl Acad Sci USA . 110 (37): E3487 – E3496. Bibcode : 2013PNAS..110E3487W . DOI : 10.1073 / pnas.1303248110 . PMC 3773804 . PMID 23980183 .
- ^ Мартин Р., Роснер Дж. Л. (2011). «Дискриминация промоторов в промоторах MarA Regulon класса I, опосредованная глутаминовой кислотой 89 активатора транскрипции MarA Escherichia coli» . J Bacteriol . 193 (2): 506–515. DOI : 10.1128 / JB.00360-10 . PMC 3019838 . PMID 21097628 .
- ^ а б Гиль Дж. Л., Родионов Д., Лю М., Блаттнер Ф. Р., Кили П. Дж. (2006). «IscR-зависимая экспрессия генов связывает сборку кластеров железо-сера с контролем O2-регулируемых генов в Escherichia coli». Mol Microbiol . 60 (4): 1058–1075. DOI : 10.1111 / j.1365-2958.2006.05160.x . PMID 16677314 . S2CID 16807119 .
- ^ Paradela A, Марискотти JF, Navajas R, Ramos-Fernández A, Albar JP, García-Del Portillo F (2011). «Обратная регуляция метаболических генов pckA и metE, выявленная протеомным анализом регулона Salmonella RcsCDB». J Proteome Res . 10 (8): 3386–3398. DOI : 10.1021 / pr101294v . PMID 21657791 .
дальнейшее чтение
- Bohn C, Rigoulay C, Chabelskaya S, et al. (Май 2010 г.). «Экспериментальное открытие малых РНК в Staphylococcus aureus обнаруживает риборегулятор центрального метаболизма» . Nucleic Acids Res . 38 (19): 6620–6636. DOI : 10.1093 / NAR / gkq462 . PMC 2965222 . PMID 20511587 .
- Силвейра А.С., Робертсон К.Л., Лин Б. и др. (Август 2010 г.). «Идентификация некодирующих РНК у экологических вибрионов» . Микробиология . 156 (Pt 8): 2452–2458. DOI : 10.1099 / mic.0.039149-0 . PMID 20447992 .
Внешние ссылки
- Страница для мРНК регулятора фумарат / нитратредуктазы в Rfam