Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Не путать с фонемой .

Фен это совокупность всех фенотипов , выраженных с помощью клеток , ткани , органа , организма или вида .

Подобно тому, как геном и протеом обозначают все гены и белки организма, феномен представляет собой сумму его фенотипических признаков. Примеры фенотипических признаков человека являются цвет кожи , цвет глаз , рост тела , или определенные личностные характеристики. [ сомнительно - обсудить ] Хотя любой фенотип любого организма имеет основу в его генотипе, на фенотипическое выражение могут влиять влияния окружающей среды, мутации и генетические вариации, такие как однонуклеотидные полиморфизмы (SNP) или комбинация этих факторов.

Феномика - это изучение феномена и того, как он определяется, особенно когда он изучается в отношении набора всех генов ( геномика ) или всех белков ( протеомика ).

Происхождение и использование [ править ]

Этот термин впервые был использован Дэвисом в 1949 году: «Здесь мы предлагаем название феномена для суммы экстрагенных, неавторепродуктивных частей клетки, цитоплазматических или ядерных. Феном будет материальной основой фенотипа, так же как геном - это материальная основа генотипа ». [1]

Хотя феномен используется уже много лет, различие между использованием феномена и фенотипа проблематично. Предлагаемое определение обоих терминов как «физическая совокупность всех черт организма или одной из его подсистем» было предложено Манером и Кэри в 1997 году, которые утверждали, что, хотя ученые склонны интуитивно использовать эти и связанные с ними термины в некоторой манере это не препятствует исследованию, термины не имеют четкого определения и их использование непоследовательно. [2]

Некоторые употребления этого термина предполагают, что феномен данного организма лучше всего понимать как своего рода матрицу данных, представляющих физическое проявление фенотипа. Например, дискуссии, которые вел А. Варки среди тех, кто употреблял этот термин до 2003 г., предложили следующее определение: «Сумма информации, описывающая фенотипы организма под влиянием генетических факторов и факторов окружающей среды». [3] Другая группа исследователей характеризует «человеческий феномен [как] многомерное пространство поиска с несколькими нейробиологическими уровнями, охватывающими протеом, клеточные системы (например, сигнальные пути), нейронные системы, а также когнитивные и поведенческие фенотипы». [4]

Биологи растений начали исследовать феномен в изучении физиологии растений. [5]

В 2009 году группа исследователей показали возможность определения генотипа фенотип ассоциаций с использованием электронных медицинских записей (EHRS) , связанных с ДНК биобанках . Они назвали этот метод исследованием феноменальных ассоциаций (PheWAS). [6]

См. Также [ править ]

Ссылки [ править ]

  1. ↑ Дэвис Б.Д. (январь 1949 г.). «Выделение биохимически неполноценных мутантов бактерий с помощью пенициллина» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 35 (1): 1–10. Полномочный код : 1949PNAS ... 35 .... 1D . DOI : 10.1073 / pnas.35.1.1 . PMC  1062948 . PMID  16588845 .
  2. ^ Леффлер М, Браток T, U Паулюса, Li Уо, Potten CS (май 1997). «Клональность и жизненные циклы кишечных крипт объяснены зависимой от состояния стохастической моделью организации эпителиальных стволовых клеток». Журнал теоретической биологии . 186 (1): 41–54. DOI : 10,1006 / jtbi.1996.0340 . PMID 9176636 . 
  3. ^ Варки А, Altheide ТК (декабрь 2005). «Сравнение геномов человека и шимпанзе: поиск иголок в стоге сена» . Геномные исследования . 15 (12): 1746–58. DOI : 10.1101 / gr.3737405 . PMID 16339373 . 
  4. ^ Siebner HR, Callicott JH, Sommer T, Mattay VS (ноябрь 2009). «От генома к феномену и обратно: связывание генов с функцией и структурой человеческого мозга с помощью генетически обоснованной нейровизуализации» . Неврология . 164 (1): 1–6. DOI : 10.1016 / j.neuroscience.2009.09.009 . PMC 3013363 . PMID 19751805 .  
  5. ^ Фурбанк, Роберт Т .; Тестировщик, Марк (декабрь 2011 г.). «Феномика - технологии для устранения узких мест фенотипирования». Тенденции в растениеводстве . 16 (12): 635–644. DOI : 10.1016 / j.tplants.2011.09.005 . ISSN 1878-4372 . PMID 22074787 .  
  6. ^ Денни, Джошуа С.; Ричи, Мэрилин Д .; Basford, Melissa A .; Шкив, Джилл М .; Бастараче, Лиза; Браун-Джентри, Кристин; Ван, Диди; Masys, Dan R .; Роден, Дэн М .; Кроуфорд, Дана К. (01.05.2010). «PheWAS: демонстрация возможности сканирования всего феномена для выявления ассоциаций генов и болезней» . Биоинформатика . 26 (9): 1205–1210. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btq126 . ISSN 1367-4811 . PMC 2859132 . PMID 20335276 .   

Внешние ссылки [ править ]

  • Проект мышиного фенома в лаборатории Джексона