Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Вирусная нагрузка , также известная как вирусная нагрузка , титр вируса или титр вируса , представляет собой численное выражение количества вируса в данном объеме жидкости, включая биологические образцы и образцы окружающей среды. Мокрота [1] и плазма крови [2] представляют собой две жидкости организма. Для примера экологических образцов; вирусную нагрузку норовируса можно определить по стоку с огорода. [3] Норовирус имеет не только длительное распространение вируса и способность выживать в окружающей среде, но и незначительную инфекционную дозу.требуется для заражения человека: менее 100 вирусных частиц. [4]

Вирусная нагрузка часто выражается в виде вирусных частиц (вирионов) или инфекционных частиц на мл в зависимости от типа анализа. Более высокая вирусная нагрузка, титр или вирусная нагрузка часто коррелируют с тяжестью активной вирусной инфекции. Количество вируса / мл можно рассчитать, оценив количество живого вируса в соответствующей жидкости. Например, его можно давать в количестве копий РНК на миллилитр плазмы крови .

Отслеживание вирусной нагрузки используется для мониторинга терапии при хронических вирусных инфекциях и у пациентов с ослабленным иммунитетом, например, выздоравливающих после трансплантации костного мозга или твердых органов . В настоящее время процедура тестирования для ВИЧ - 1, цитомегаловирус , гепатит B вирус, и гепатит C вирус. Мониторинг вирусной нагрузки на ВИЧ представляет особый интерес для лечения людей с ВИЧ , поскольку это постоянно обсуждается в контексте лечения ВИЧ / СПИДа . Неопределяемая вирусная нагрузка не означает отсутствие инфекции. ВИЧ-положительные пациенты, получающие длительную комбинациюАнтиретровирусная терапия может сопровождаться неопределяемой вирусной нагрузкой в ​​большинстве клинических анализов, поскольку концентрация вирусных частиц ниже предела обнаружения (LOD).

Технологии тестирования вирусной нагрузки [ править ]

Обзорное исследование 2010 г., проведенное Puren et al. [2] подразделяет тестирование на вирусную нагрузку на три типа: (1) тесты на основе амплификации нуклеиновых кислот ( NAT или NAAT), коммерчески доступные в США с одобрения Управления по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов (FDA) или на рынке в Европейской экономической зоне ( EEA) с маркировкой CE ; (2) «Домашнее пиво» ​​или внутренние NAT; (3) тест, не основанный на нуклеиновых кислотах. [ необходима цитата ]

Тесты на основе нуклеиновых кислот (NAT) [ править ]

Существует множество различных методов молекулярного тестирования для количественной оценки вирусной нагрузки с использованием NAT. Исходный материал для амплификации можно использовать для разделения этих молекулярных методов на три группы: [5]

  1. Целевая амплификация, в которой используется сама нуклеиновая кислота. Всего несколько наиболее распространенных методов
    • Метод полимеразной цепной реакции ( ПЦР ) синтеза ДНК in vitro использует матрицу ДНК, полимеразу , буферы, праймеры и нуклеотиды для размножения ВИЧ в образце крови. Затем вирус отмечает химическая реакция. Маркеры измеряются и используются для расчета количества вируса. ПЦР используется для количественного определения интегрированной ДНК.
    • Полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией ( ОТ-ПЦР ) - это разновидность ПЦР, которую можно использовать для количественного определения вирусной РНК. РНК используется в качестве исходного материала для этого метода и превращается в двухцепочечную ДНК с использованием фермента обратной транскриптазы ( RT ) для ПЦР.
    • Метод амплификации на основе нуклеиновой кислоты ( NASBA ) представляет собой вариант ПЦР с системой амплификации на основе транскрипции (TAS). РНК используется в качестве мишени, и создается копия ДНК. Затем копия ДНК транскрибируется в РНК и амплифицируется. Доступно несколько коммерческих вариантов TAS, включая: транскрипционная амплификация (TMA) и самоподдерживающаяся репликация последовательности (3SR).
  2. Зонд- специфическая амплификация использует синтетические зонды, которые предпочтительно связываются с целевой последовательностью. Затем зонды усиливаются.
  3. Для усиления сигнала используются большие количества сигнала, связанного с неусиленной мишенью, изначально присутствующей в образце. Один из часто используемых методов:
    • Метод разветвленной ДНК ( bDNA ) может использовать ДНК или РНК в качестве целевой нуклеиновой кислоты. Короткие зонды прикреплены к твердой подложке и захватывают нуклеиновую кислоту-мишень. Дополнительные зонды-удлинители также связываются с целевой нуклеиновой кислотой и с многочисленными репортерными молекулами, которые используются для увеличения интенсивности сигнала, который преобразуется в количество вирусов.

Образцы плазмы [ править ]

Плазма с ЭДТА является хорошим источником бесклеточной вирусной РНК для тестирования вирусной нагрузки на основе РНК. Важно учитывать меры по сбору, хранению и биобезопасности образцов . Извлечение РНК из плазмы требует специального оборудования, реагентов и обучения, что делает ее недоступной для средних и небольших лабораторий с ограниченными ресурсами. Большой образец (> 1 мл плазмы) необходим для линейного диапазона, достигающего 50 копий / мл, что требует венепункции . Этот линейный диапазон лучше всего подходит для мониторинга лечения. Если более высокий линейный диапазон более 1000 копий / мл приемлем, палка из пальца предоставит достаточный образец для диагностики ВИЧ-инфекции в младенчестве. [цитата необходима ]

Хранилище [ править ]

Плазма с ЭДТА может храниться при комнатной температуре в течение 30 часов, 14 дней при 4 ° C и продолжительных периодов времени при -70 ° C без значительного снижения сигнала вирусной нагрузки. Сообщается, что РНК в образцах крови меньшего размера, таких как пятна высушенной плазмы (DPS) или пятна засохшей крови (DBS) от палочек из пальца, стабильна при комнатной температуре в течение периодов от 4 недель до 1 года. Вирус инактивируется в высушенных образцах, что снижает опасность обращения с образцами. DBS и DPS были успешно оценены для тестирования вирусной нагрузки, но их линейный диапазон составляет 3 log10 или 4 log10 копий / мл. Из-за отсутствия чувствительности высушенные образцы полезны для скрининга на ВИЧ, но не для определения вирусной нагрузки. [ необходима цитата ]

Измерение [ править ]

Вирусная нагрузка обычно указывается в виде копий ВИЧ в миллилитре (мл) крови. Изменения вирусной нагрузки обычно регистрируются как изменение журнала (с точностью до 10). Например, увеличение вирусной нагрузки на три журнала (3 log10) - это увеличение в 10 3 или 1000 раз по сравнению с ранее сообщенным уровнем, в то время как падение с 500 000 до 500 копий будет падением на три журнала (также на 3 log10). [ необходима цитата ]

Другие факторы, влияющие на вирусную нагрузку [ править ]

Различные методы тестирования часто дают разные результаты для одной и той же выборки пациентов. Для обеспечения сопоставимости один и тот же метод тестирования (амплификация мишени, специфическая амплификация зонда или амплификация сигнала) должен использоваться каждый раз, когда исследуется образец пациента. В идеале тестирование пациента должно проводиться в одной и той же медицинской лаборатории с использованием одного и того же теста на вирусную нагрузку и анализатора. Время дня, усталость и стресс также могут влиять на значения вирусной нагрузки. Недавние прививки или инфекции могут повлиять на тест на вирусную нагрузку. Тестирование следует отложить как минимум на четыре недели после иммунизации или заражения. [ необходима цитата ]

Ссылки [ править ]

  1. ^ Wölfel, Роман; Корман, Виктор М .; Гуггемос, Вольфганг; Сейлмайер, Майкл; Занг, Сабина; Мюллер, Марсель А .; Нимейер, Даниэла; Джонс, Терри С .; Воллмар, Патрик; Роте, Камилла ; Хельшер, Майкл; Блейкер, Тобиас; Брюнинк, Себастьян; Шнайдер, Юлия; Эманн, Розина; Цвирглмайер, Катрин; Дростен, Кристиан; Вендтнер, Клеменс (2020). «Вирусологическая оценка госпитализированных пациентов с COVID-2019» . Природа . 581 (7809): 465–469. Bibcode : 2020Natur.581..465W . DOI : 10.1038 / s41586-020-2196-х . PMID  32235945 .
  2. ^ a b Пурен, Адриан; Герлах, Джей Л .; Weigl, Bernhard H .; Келсо, Дэвид М .; Доминго, Гонсало Дж. (2010). «Лабораторные операции, обработка образцов и обращение с ними для тестирования и наблюдения вирусной нагрузки» . Журнал инфекционных болезней . 201 : S27–36. DOI : 10.1086 / 650390 . PMID 20225943 . 
  3. ^ Шахин, Мохамед Н.Ф .; Elmahdy, Elmahdy M .; Чавла-Саркар, Мамта (2019). «Количественная идентификация кишечных вирусов на основе ПЦР, заражающих свежие продукты и поверхностные воды, используемые для орошения в Египте». Экология и исследования загрязнения окружающей среды . 26 (21): 21619–21628. DOI : 10.1007 / s11356-019-05435-0 . PMID 31129895 . S2CID 167210903 .  
  4. ^ Робилотти, Элизабет; Дересинский, Стан; Пинский, Бенджамин А. (2015). «Норовирус» . Обзоры клинической микробиологии . 28 (1): 134–164. DOI : 10.1128 / CMR.00075-14 . PMC 4284304 . PMID 25567225 .  
  5. ^ Buckingham, L .; Недостатки, ML (2007). Основы, методы и клиническое применение молекулярной диагностики (PDF) . Компания FA Davis. С. 121–154. ISBN  9780803616592. Проверено 7 сентября 2020 .