фермент


Ферменты ( / ˈ ɛ n z m z / ) представляют собой белки , которые действуют как биологические катализаторы (биокатализаторы). Катализаторы ускоряют химические реакции . Молекулы, на которые могут воздействовать ферменты, называются субстратами , а ферменты превращают субстраты в различные молекулы, известные как продукты . Почти все метаболические процессы в клетке нуждаются в ферментативном катализе , чтобы происходить со скоростью, достаточной для поддержания жизни. [1] : 8.1  Метаболические путизависят от ферментов, катализирующих отдельные стадии. Изучение ферментов называется энзимологией , и область анализа псевдоферментов признает, что в ходе эволюции некоторые ферменты утратили способность осуществлять биологический катализ, что часто отражается в их аминокислотных последовательностях и необычных «псевдокаталитических» свойствах. [2] [3]

Известно, что ферменты катализируют более 5000 типов биохимических реакций. [4] Другими биокатализаторами являются каталитические молекулы РНК , называемые рибозимами. Специфичность ферментов обусловлена ​​их уникальной трехмерной структурой .

Как и все катализаторы, ферменты увеличивают скорость реакции за счет снижения энергии ее активации . Некоторые ферменты могут ускорить превращение субстрата в продукт во много миллионов раз. Крайним примером является оротидин-5'-фосфатдекарбоксилаза , которая позволяет реакции, на которую в противном случае ушли бы миллионы лет, за миллисекунды. [5] [6] С химической точки зрения ферменты подобны любому катализатору и не расходуются в химических реакциях, а также не изменяют равновесия реакции. Ферменты отличаются от большинства других катализаторов своей специфичностью. На активность фермента могут влиять другие молекулы: ингибиторы — это молекулы, снижающие активность фермента, аактиваторы – это молекулы, повышающие активность. Многие лечебные препараты и яды являются ингибиторами ферментов. Активность фермента заметно снижается за пределами его оптимальной температуры и pH , и многие ферменты (постоянно) денатурируются при воздействии чрезмерного тепла, теряя свою структуру и каталитические свойства.

Некоторые ферменты используются в коммерческих целях, например, в синтезе антибиотиков . В некоторых продуктах для дома используются ферменты для ускорения химических реакций: ферменты в биологических стиральных порошках расщепляют белковые, крахмальные или жировые пятна на одежде, а ферменты в размягчителе мяса расщепляют белки на более мелкие молекулы, облегчая жевание мяса.

К концу 17-го и началу 18-го веков было известно переваривание мяса секрецией желудка [7] и превращение крахмала в сахара растительными экстрактами и слюной , но механизмы, с помощью которых это происходило, не были идентифицированы. [8]

Французский химик Ансельм Пайен был первым, кто открыл фермент диастазу в 1833 году. [9] Несколько десятилетий спустя, изучая ферментацию сахара в спирт дрожжами , Луи Пастер пришел к выводу, что это брожение было вызвано жизненной силой, заключенной в дрожжевые клетки, называемые «ферментами», которые, как считалось, функционируют только внутри живых организмов. Он писал, что «спиртовое брожение есть акт, связанный с жизнью и организацией дрожжевых клеток, а не с гибелью или гниением клеток». [10]


Фермент глюкозидаза превращает сахар мальтозу в два сахара глюкозы . Остатки активного центра выделены красным, субстрат мальтозы - черным, кофактор НАД - желтым. ( PDB : 1OBB ​)
Эдуард Бюхнер
Активность фермента сначала увеличивается с температурой ( коэффициент Q10 ), пока структура фермента не разворачивается ( денатурация ), что приводит к оптимальной скорости реакции при промежуточной температуре.
Организация структуры фермента и пример лизоцима . Сайты связывания показаны синим цветом, каталитический сайт — красным, а субстрат пептидогликана — черным. ( PDB : 9LYZ ​)
Фермент меняет форму за счет индуцированной подгонки при связывании субстрата с образованием комплекса фермент-субстрат. Гексокиназа имеет большое индуцированное подгоночное движение, которое закрывается над субстратами аденозинтрифосфатом и ксилозой . Сайты связывания показаны синим, субстраты — черным, кофактор Mg 2+ — желтым. ( PDB : 2E2N , 2E2Q )
Химическая структура тиаминпирофосфата и белковая структура транскетолазы . Кофактор тиаминпирофосфата выделен желтым цветом, а субстрат ксилулозо-5-фосфата - черным цветом. ( PDB : 4KXV )
Энергии стадий химической реакции . Некатализированные (пунктирная линия) субстраты нуждаются в большой энергии активации , чтобы достичь переходного состояния , которое затем распадается на продукты с более низкой энергией. Когда фермент катализируется (сплошная линия), фермент связывает субстраты (ES), затем стабилизирует переходное состояние (ES ), чтобы уменьшить энергию активации, необходимую для производства продуктов (EP), которые в конечном итоге высвобождаются.
Кривая насыщения ферментативной реакции, показывающая зависимость между концентрацией субстрата и скоростью реакции.
Коэнзим фолиевой кислоты (слева) и противораковый препарат метотрексат (справа) очень похожи по структуре (различия показаны зеленым цветом). В результате метотрексат является конкурентным ингибитором многих ферментов, использующих фолаты.
Метаболический путь гликолиза высвобождает энергию путем превращения глюкозы в пируват через ряд промежуточных метаболитов. Каждая химическая модификация (красная рамка) выполняется отдельным ферментом.
В фенилаланингидроксилазе более 300 различных мутаций по всей структуре вызывают фенилкетонурию . Субстрат фенилаланина и кофермент тетрагидробиоптерина показаны черным цветом, а кофактор Fe 2+ - желтым цветом. ( PDB : 1кВт0 )
Наследственные дефекты ферментов обычно наследуются аутосомно , поскольку не-Х-хромосом больше, чем Х-хромосом, и рецессивно , поскольку ферментов из непораженных генов обычно достаточно для предотвращения симптомов у носителей.