Из Википедии, бесплатной энциклопедии
  (Перенаправлено с морского микропланктона )
Перейти к навигации Перейти к поиску

Роль микробного сообщества в морском углеродном цикле

Морские микроорганизмы определяются в соответствии с их средой обитания как микроорганизмы, обитающие в морской среде , то есть в соленой воде моря или океана или в солоноватой воде прибрежного лимана . Микроорганизм (или микроб ) - это любой микроскопический живой организм или вирус , который слишком мал, чтобы увидеть его невооруженным глазом без увеличения. Микроорганизмы очень разнообразны. Они могут быть одноклеточными [1] или многоклеточными и включать бактерии , археи , вирусы и большинствопростейшие , а также некоторые грибы , водоросли и животные, такие как коловратки и веслоногие ракообразные . Многие макроскопические животные и растения имеют микроскопические ювенильные стадии . Некоторые микробиологи также классифицируют биологически активные вещества, такие как вирусы и вироиды, как микроорганизмы, но другие считают их неживыми. [2] [3]

По разным оценкам, морские микроорганизмы составляют около 70% [4] или около 90% [5] [6] биомассы в океане. Вместе они образуют морской микробиом . За миллиарды лет этот микробиом развил множество стилей жизни и приспособлений и стал участвовать в глобальном круговороте почти всех химических элементов. [7] Микроорганизмы имеют решающее значение для повторного использования питательных веществ в экосистемах, поскольку они действуют как разлагатели . Они также несут ответственность за почти все фотосинтеза , что происходит в океане, а также круговорот углерода , азота ,фосфор и другие питательные вещества и микроэлементы. [8] Морские микроорганизмы улавливают большое количество углерода и производят большую часть кислорода в мире.

Небольшая часть морских микроорганизмов является патогенной , вызывая болезни и даже смерть морских растений и животных. [9] Однако морские микроорганизмы перерабатывают основные химические элементы , производя и потребляя около половины всех органических веществ, образующихся на планете каждый год. Морские микробные системы, обитающие в самой крупной окружающей среде на Земле, вызывают изменения во всех глобальных системах.

В июле 2016 года, ученые сообщили , идентифицирующий набор 355 генов из последнего универсального общего предка (LUCA) всей жизни на планете, в том числе морских микроорганизмов. [10] Несмотря на свое разнообразие, микроскопическая жизнь в океанах все еще плохо изучена. Например, роль вирусов в морских экосистемах практически не исследовалась даже в начале 21 века. [11]

Обзор [ править ]

микробные маты
Строматолиты образуются из микробных матов, поскольку микробы медленно перемещаются вверх, чтобы избежать удушения осадком.
Хотя недавние технологические разработки и научные открытия были значительными, нам все еще не хватает глубокого понимания на всех уровнях основных экологических вопросов, касающихся микроорганизмов в наших морях и океанах. Вот эти фундаментальные вопросы:

1. Что там? Какие микроорганизмы присутствуют в наших морях и океанах и в каком количестве они встречаются?
2. Что они делают? Какие функции каждый из этих микроорганизмов выполняет в морской среде и как они вносят вклад в глобальные циклы энергии и вещества?

3. Какие факторы определяют присутствие или отсутствие микроорганизмов и как они влияют на биоразнообразие и функции и наоборот?

- Европейский научный фонд , 2012 [12] : 14

Микроорганизмы составляют около 70% морской биомассы . [4] микроорганизм , или микроба, является микроскопический организм слишком мал , чтобы быть признан адекватным невооруженным глазом. На практике сюда входят организмы размером менее примерно 0,1 мм. [12] : 13

Такие организмы могут быть одноклеточными [1] или многоклеточными . Микроорганизмы разнообразны и включают все бактерии и археи , большинство простейших, включая водоросли , простейшие и грибоподобные простейшие, а также некоторых микроскопических животных, таких как коловратки . Многие макроскопические животные и растения имеют микроскопические ювенильные стадии . Некоторые микробиологи также классифицируют вирусы (и вироиды ) как микроорганизмы, но другие считают их неживыми. [2] [3]

Микроорганизмы имеют решающее значение для повторного использования питательных веществ в экосистемах, поскольку они действуют как разлагатели . Некоторые микроорганизмы являются патогенными , вызывая болезни и даже смерть растений и животных. [9] Будучи обитателями самой большой окружающей среды на Земле, морские микробные системы вызывают изменения во всех глобальных системах. Микробы ответственны практически за весь фотосинтез , происходящий в океане, а также за круговорот углерода , азота , фосфора и других питательных веществ и микроэлементов. [13]

Относительные размеры микроскопических образований
Диапазон размеров прокариот (бактерий и архей) и вирусов относительно размеров других организмов и биомолекул
Морские брызги, содержащие морские микроорганизмы, могут уноситься высоко в атмосферу, где они становятся аэропланктоном , и могут путешествовать по земному шару, прежде чем упасть обратно на землю.
Под лупой брызги морской воды изобилуют микроскопической жизнью

Подводная жизнь под микроскопом разнообразна и все еще плохо изучена, например, о роли вирусов в морских экосистемах. [14] Большинство морских вирусов представляют собой бактериофаги , которые безвредны для растений и животных, но необходимы для регулирования морских и пресноводных экосистем. [15] Они заражают и уничтожают бактерии в водных микробных сообществах и являются наиболее важным механизмом утилизации углерода в морской среде. Органические молекулы, высвобождаемые из мертвых бактериальных клеток, стимулируют рост свежих бактерий и водорослей. [16] Вирусный активность может также способствовать биологического насоса , процесс , при котором углерод являетсязаперто в глубоком океане. [17]

Поток переносимых по воздуху микроорганизмов кружит над планетой над погодными системами, но ниже коммерческих воздушных путей. [18] Некоторые перипатетические микроорганизмы уносятся наземными пыльными бурями, но большинство происходит от морских микроорганизмов в морских брызгах . В 2018 году ученые сообщили, что сотни миллионов вирусов и десятки миллионов бактерий ежедневно откладываются на каждом квадратном метре планеты. [19] [20]

Микроскопические организмы обитают по всей биосфере . Масса прокариотных микроорганизмов, включая бактерии и археи, но не ядросодержащие микроорганизмы эукариот, может достигать 0,8 триллиона тонн углерода (от общей массы биосферы , оцениваемой от 1 до 4 триллионов тонн). [21] Одноклеточные барофильные морские микробы были обнаружены на глубине 10 900 м (35 800 футов) в Марианской впадине , самом глубоком месте в Мировом океане. [22] [23] Микроорганизмы живут внутри скал на 580 м (1900 футов) ниже морского дна на глубине 2590 м (8 500 футов) океана у побережья на северо-западе.США , [22] [24], а также 2400 м (7900 футов; 1,5 мили) под морским дном у берегов Японии. [25] Наибольшая известная температура, при которой может существовать микробная жизнь, составляет 122 ° C (252 ° F) ( Methanopyrus kandleri ). [26] В 2014 году ученые подтвердили существование микроорганизмов, живущих на глубине 800 м (2600 футов) подо льдом Антарктиды . [27] [28] По словам одного исследователя, «микробы можно найти повсюду - они чрезвычайно адаптируются к условиям и выживают, где бы они ни находились». [22]Морские микроорганизмы служат «основой всех морских пищевых сетей, перерабатывая основные элементы и производя и потребляя около половины органического вещества, образующегося на Земле каждый год». [29] [30]

Морские вирусы [ править ]

Взаимодействие вируса с хозяином в морской экосистеме,
включая вирусную инфекцию бактерий, фитопланктона и рыб [31]

Вирус представляет собой небольшой инфекционный агент , который реплицируется только внутри живых клеток других организмов . Вирусы могут заражать все виды жизненных форм , от животных и растений до микроорганизмов , включая бактерии и археи . [32]

Находясь вне инфицированной клетки или в процессе заражения клетки, вирусы существуют в виде независимых частиц. Эти вирусные частицы, также известные как вирионы , состоят из двух или трех частей: (i) генетический материал (геном), состоящий из ДНК или РНК , длинных молекул, которые несут генетическую информацию; (ii) белковая оболочка, называемая капсидом , которая окружает и защищает генетический материал; а в некоторых случаях (III) конверт из липидов , который окружает белка оболочки , когда они находятся вне клетки. Формы этих вирусных частиц варьируются от простых спиральных до спиральных.икосаэдрические формы для одних видов вирусов имеют более сложные структуры для других. У большинства видов вирусов вирионы слишком малы, чтобы их можно было увидеть в оптический микроскоп . Средний вирион составляет примерно одну сотую размера средней бактерии .

Происхождение вирусов в эволюционной истории жизни неясно: некоторые, возможно, произошли от плазмид - фрагментов ДНК, которые могут перемещаться между клетками, - в то время как другие, возможно, произошли от бактерий. В эволюции вирусы являются важным средством горизонтального переноса генов , что увеличивает генетическое разнообразие . [33] Некоторые считают вирусы формой жизни, потому что они несут генетический материал, воспроизводятся и развиваются посредством естественного отбора.. Однако им не хватает ключевых характеристик (таких как клеточная структура), которые обычно считаются необходимыми, чтобы их можно было считать жизнью. Поскольку они обладают некоторыми, но не всеми такими качествами, вирусы были описаны как «организмы на пороге жизни» [34] и репликаторы. [35]

Бактериофаги (фаги)
Множественные фаги, прикрепленные к стенке бактериальной клетки при увеличении 200000x
Схема типичного хвостатого фага
                  Фаг, внедряющий свой геном в бактерии

Вирусы можно найти везде, где есть жизнь, и, вероятно, они существовали с тех пор, как впервые появились живые клетки. [36] Происхождение вирусов неясно, поскольку они не образуют окаменелостей, поэтому для сравнения ДНК или РНК вирусов использовались молекулярные методы, которые являются полезным средством исследования того, как они возникли. [37]

Вирусы теперь признаны древними, и их происхождение предшествовало разделению жизни на три области . [38]

Мнения расходятся относительно того, являются ли вирусы формой жизни или органическими структурами, взаимодействующими с живыми организмами. [39] Некоторые считают их формой жизни, потому что они несут генетический материал, воспроизводятся, создавая множество своих копий посредством самосборки, и развиваются посредством естественного отбора . Однако им не хватает ключевых характеристик, таких как клеточная структура, которая обычно считается необходимой для жизни. Поскольку они обладают некоторыми, но не всеми такими качествами, вирусы были описаны как репликаторы [40] и как «организмы на пороге жизни». [34]

Фаги [ править ]

Вирионы разных семейств хвостатых фагов
Это цианофаги , вирусы, поражающие цианобактерии (масштабные полосы показывают 100 нм)

Бактериофаги , часто называемые просто фагами , представляют собой вирусы, поражающие бактерии и археи. Морские фаги паразитируют на морских бактериях и архей, таких как цианобактерии . [41] Они представляют собой обычную и разнообразную группу вирусов и являются наиболее многочисленными биологическими объектами в морской среде, потому что их хозяева, бактерии, как правило, являются численно доминирующей клеточной жизнью в море. Как правило, в каждом миллилитре морской воды содержится от 1 до 10 миллионов вирусов, или примерно в десять раз больше вирусов с двухцепочечной ДНК, чем количество клеточных организмов [42] [43], хотя оценки численности вирусов в морской воде могут варьироваться в широких пределах. классифицировать. [44][45] Долгое время хвостатые фаги отряда Caudovirales, казалось, доминировали в морских экосистемах по количеству и разнообразию организмов. [41] Однако в результате более недавних исследованийоказалось, что нехвостыевирусы доминируют на многих глубинах и в океанических регионах, за ними следуютмиовирусы, подовирусы и сифовирусы семейства Caudovirales . [46] Фаги, принадлежащие к семействам Corticoviridae , [47] Inoviridae , [48] Microviridae , [49] и Autolykiviridae [50] [51] [52] [53]также известно, что они заражают различные морские бактерии.

Существуют также вирусы архей, которые размножаются внутри архей : это двухцепочечные ДНК-вирусы необычной, а иногда и уникальной формы. [54] [55] Эти вирусы были наиболее подробно изучены у термофильных архей, особенно у отрядов Sulfolobales и Thermoproteales . [56]

Роль вирусов [ править ]

Микроорганизмы составляют около 70% морской биомассы. [4] Подсчитано, что вирусы убивают 20% этой биомассы каждый день, и что вирусов в океанах в 15 раз больше, чем бактерий и архей. Вирусы являются основными агентами , ответственными за быстрое уничтожение вредных цветения воды , [57] , которые часто убивают других морских обитателей. [58] Количество вирусов в океанах уменьшается дальше от берега и глубже в воду, где меньше организмов-хозяев. [17]

Вирусы являются важным естественным средством передачи генов между разными видами, что увеличивает генетическое разнообразие и стимулирует эволюцию. [33] Считается, что вирусы играли центральную роль в ранней эволюции, до разнообразия бактерий, архей и эукариот, во времена последнего универсального общего предка жизни на Земле. [59] Вирусы по-прежнему являются одним из крупнейших резервуаров неизведанного генетического разнообразия на Земле. [17]

Гигантские вирусы [ править ]

Гигантский мимивирус
Самый крупный известный вирус, Tupanvirus , названный в честь Тупа , верховного бога творения гуарани.

Обычно вирусы имеют длину от 20 до 300 нанометров. Это можно сравнить с длиной бактерий, которая начинается примерно с 400 нанометров. Существуют также гигантские вирусы , часто называемые гирусами , обычно длиной около 1000 нанометров (один микрон). Все гигантские вирусы вместе с поксвирусами принадлежат к типу Nucleocytoviricota ( NCLDV ) . Самый крупный из них - тупанвирус . Этот вид гигантского вируса был обнаружен в 2018 году в глубинах океана, а также в содовом озере, и его общая длина может достигать 2,3 микрона. [60]

Открытие и последующая характеристика гигантских вирусов вызвали некоторые дискуссии об их эволюционном происхождении. Две основные гипотезы их происхождения заключаются в том, что либо они произошли от небольших вирусов, взяв ДНК из организмов-хозяев, либо они эволюционировали из очень сложных организмов в нынешнюю форму, которая не является самодостаточной для воспроизводства. [61] От того, от какого сложного организма могли исходить гигантские вирусы, также ведутся споры. Одно из предположений состоит в том, что точка происхождения на самом деле представляет собой четвертую область жизни [62] [63], но это в значительной степени игнорируется. [64] [65]

Прокариоты [ править ]

Морские бактерии [ править ]

Pelagibacter ubique , самая многочисленная бактерия в океане, играет важную роль в глобальном углеродном цикле .
Vibrio vulnificus , вирулентная бактерия, обнаруженная в эстуариях и прибрежных районах.
Электронная микрофотография, показывающая вид широко распространенной цианобактерии Synechococcus . Карбоксисомы выглядят как многогранные темные структуры.

Бактерии составляют большую область в прокариотических микроорганизмов . Обычно в несколько микрометров в длину, бактерии имеют множество форм, от сфер до палочек и спиралей. Бактерии были одними из первых форм жизни, появившихся на Земле , и присутствуют в большинстве мест ее обитания . Бактерии обитают почву, воду, кислые горячие источники , радиоактивные отходы , [66] и глубокие части земной коры . Бактерии также живут в симбиотических и паразитарных отношениях с растениями и животными.

Когда-то считавшиеся растениями, составляющими класс Schizomycetes , теперь бактерии классифицируются как прокариоты . В отличие от клеток животных и других эукариот , бактериальные клетки не содержат ядра и редко содержат мембраносвязанные органеллы . Хотя термин « бактерии» традиционно включает всех прокариот, научная классификация изменилась после открытия в 1990-х годах, что прокариоты состоят из двух очень разных групп организмов, которые произошли от древнего общего предка. Эти области эволюции называются бактериями иАрхеи . [67]

Предками современных бактерий были одноклеточные микроорганизмы, которые были первыми формами жизни, появившимися на Земле около 4 миллиардов лет назад. Примерно 3 миллиарда лет большинство организмов были микроскопическими, а бактерии и археи были доминирующими формами жизни. [68] [69] Хотя бактериальные окаменелости существуют, такие как строматолиты , их отсутствие отличительной морфологии не позволяет использовать их для изучения истории бактериальной эволюции или определения времени происхождения определенного вида бактерий. Однако последовательности генов можно использовать для реконструкции бактериальной филогении , и эти исследования показывают, что бактерии первыми отошли от архейной / эукариотической линии.[70] Бактерии также участвовали во втором великом эволюционном расхождении архей и эукариот. Здесь эукариоты возникли в результате вступления древних бактерий в эндосимбиотические ассоциации с предками эукариотических клеток, которые, возможно, сами были связаны с археями . [71] [72] Это включало поглощение протоэукариотическими клетками симбионтов альфа-протеобактерий с образованием митохондрий или гидрогеносом , которые до сих пор встречаются у всех известных эукарий. Позже некоторые эукариоты, которые уже содержали митохондрии, также поглотили цианобактериальные организмы. Это привело к образованию хлоропластов.в водорослях и растениях. Есть также некоторые водоросли, которые возникли даже в результате более поздних эндосимбиотических событий. Здесь эукариоты поглотили эукариотические водоросли, которые превратились в пластиду «второго поколения». [73] [74] Это известно как вторичный эндосимбиоз .

  • Морская Thiomargarita namibiensis , крупнейшая из известных бактерий.

  • Цианобактерий расцветает может содержать летальные цианотоксины

  • В хлоропластах из глаукофитовых водорослей имеют пептидогликан слой, свидетельство , предполагающие их эндосимбиотическое происхождение от цианобактерий . [75]

  • Бактерия Marinomonas arctica растет во льдах Арктики при отрицательных температурах.

Pelagibacter ubique и его родственники могут быть самыми многочисленными организмами в океане, и было заявлено, что они, возможно, являются самыми многочисленными бактериями в мире. Они составляют около 25% всехклетокмикробного планктона , а летом они могут составлять примерно половину клеток, присутствующих в поверхностных водах умеренного пояса. Общая численность P. ubique и родственников оценивается примерно в 2 × 10 28 микробов. [76] Тем не менее,в феврале 2013 годав журнале Nature было опубликовано сообщениеоб обнаружении бактериофага HTVC010P , атакующего P. ubique , и «вероятно, это действительно самый распространенный организм на планете».[77] [78]

Самая крупная из известных бактерий, морская Thiomargarita namibiensis , видна невооруженным глазом и иногда достигает 0,75 мм (750 мкм). [79] [80]

Морские археи [ править ]

Первоначально археи считались экстремофилами, живущими в суровых условиях, например, желтые археи, изображенные здесь в горячем источнике , но с тех пор они были обнаружены в гораздо более широком диапазоне местообитаний . [81]

Археи (греческий язык для древнего [82] ) образует область и королевство от одноклеточных микроорганизмов . Эти микробы являются прокариотами , что означает, что у них нет клеточного ядра или каких-либо других мембраносвязанных органелл в своих клетках.

Первоначально археи относились к бактериям , но эта классификация устарела. [83] Клетки архей обладают уникальными свойствами, отделяющими их от двух других областей жизни, бактерий и эукариот . Археи делятся на несколько признанных типов . Классификация затруднена, поскольку большинство из них не было выделено в лаборатории, а было обнаружено только путем анализа их нуклеиновых кислот в образцах из окружающей среды.

Археи и бактерии в целом похожи по размеру и форме, хотя некоторые археи имеют очень странную форму, например плоские и квадратные клетки Haloquadratum walsbyi . [84] Несмотря на морфологическое сходство с бактериями, археи обладают генами и несколькими метаболическими путями , которые более тесно связаны с таковыми у эукариот, особенно ферментами, участвующими в транскрипции и трансляции . Другие аспекты биохимии архей уникальны, например, их зависимость от эфирных липидов в их клеточных мембранах , таких как археолы.. Археи используют больше источников энергии, чем эукариоты: от органических соединений , таких как сахара, до аммиака , ионов металлов и даже газообразного водорода . Солеустойчивые археи ( Haloarchaea ) используют солнечный свет в качестве источника энергии, а другие виды архей фиксируют углерод ; однако, в отличие от растений и цианобактерий , ни один из известных видов архей не обладает и тем, и другим. Археи размножаются бесполым путем двойным делением , фрагментацией или почкованием ; в отличие от бактерий и эукариот, ни один из известных видов не образует споры .

Археи особенно многочисленны в океанах, и археи в планктоне могут быть одной из самых многочисленных групп организмов на планете. Археи являются важной частью жизни Земли и могут играть роль как в углеродном, так и в азотном циклах . Crenarchaeota (eocytes) представляют собой тип архебактерий считается очень распространенным в морской среде , и один из основных вкладов в фиксации углерода. [85]

  • Эоциты могут быть самыми многочисленными из морских архей

  • Галобактерии , обнаруженные в воде, почти насыщенной солью, теперь признаны археями.

  • Плоские квадратные клетки архей Haloquadratum walsbyi

  • Methanosarcina barkeri , морская архея, вырабатывающая метан.

  • Термофилы , такие как Pyrolobus fumarii , выживают при температуре более 100 ° C.

Эукариоты [ править ]

Parakaryon myojinensis , возможная переходная форма между прокариотом и эукариотом

Откуда взялись эукариотические клетки? - Путешествие в микрокосмос

Все живые организмы можно разделить на прокариоты и эукариоты . Жизнь возникла как одноклеточные прокариоты, а позже превратилась в более сложных эукариот. В отличие от прокариотических клеток, эукариотические клетки высокоорганизованы. Прокариоты - это бактерии и археи, а эукариоты - это другие формы жизни: простейшие , растения, грибы и животные. Протисты обычно одноклеточные, а растения, грибы и животные - многоклеточные .

Кажется очень вероятным, что корень эукариот лежит внутри архей; Ближайшие родственники, известные в настоящее время, могут быть типом Heimdallarchaeota предложенного супертипа Асгарда . Эта теория представляет собой современную версию сценария первоначально предложенный в 1984 году в качестве Eocyte гипотезы , когда Crenarchaeota (псевдоним Eocytes) были ближайшими родственники известного архейного эукариота тогда. Возможная переходная форма микроорганизма между прокариотом и эукариотом была открыта в 2012 году японскими учеными. Parakaryon myojinensis - уникальный микроорганизм, крупнее типичного прокариота, но с ядерным материалом, заключенным в мембрану, как у эукариота, и наличиемэндосимбионты . Считается, что это первая вероятная эволюционная форма микроорганизма, показывающая стадию развития от прокариота до эукариота. [86] [87]

Морские протисты [ править ]

Протисты - это эукариоты, которых нельзя отнести к растениям, грибам или животным. Обычно они одноклеточные и микроскопические. Жизнь зародилась как одноклеточные прокариоты (бактерии и археи), а позже превратилась в более сложных эукариот . Эукариоты - более развитые формы жизни, известные как растения, животные, грибы и простейшие. Термин «протист» исторически использовался как удобный термин для эукариот, которые нельзя строго классифицировать как растения, животные или грибы. Они не являются частью современной кладистики, потому что являются парафилетическими (не имеют общего предка).

По трофическому режиму [ править ]

Протистов можно в целом разделить на четыре группы в зависимости от того, является ли их питание растительным, животным, грибным [88] или их смесью. [89]

микрофотография
схема ячейки
Хоанофлагелляты , одноклеточные «ошейниковые» жгутиковые протисты, считаются ближайшими родственниками этих животных . [91]

Протисты - это очень разнообразные организмы, которые в настоящее время организованы в 18 типов, но их нелегко классифицировать. [92] [93] Исследования показали, что большое разнообразие протистов существует в океанах, глубоководных жерлах и речных отложениях, что позволяет предположить, что большое количество эукариотических микробных сообществ еще предстоит обнаружить. [94] [95] Исследований миксотрофных протистов было мало , но недавние исследования в морской среде показали, что миксотрофные протесты вносят значительную часть биомассы протистов . [90] Поскольку протисты являются эукариотами, в их клетке есть как минимум одно ядро , а также органеллы, такие как митохондрии.и тела Гольджи . Протисты бесполые, но могут быстро размножаться посредством митоза или фрагментации .

  • Одноклеточные и микроскопические протисты
  • Диатомовые водоросли - основная группа водорослей, производящая около 20% мирового производства кислорода. [96]

  • У диатомовых водорослей стеклянные стенки клеток сделаны из кремнезема и называются панцирями . [97]

  • Ископаемые панцири диатомовых от 32-40 млн лет назад

  • Радиолярий

  • Одноклеточная водоросль Gephyrocapsa oceanica

  • Две динофлагелляты

  • Зооксантеллы - это фотосинтетические водоросли, которые живут внутри хозяев, таких как кораллы.

  • Одноклеточная инфузория с зелеными зоохлореллами, живущая внутри эндосимбиотически.

  • Эвгленоид

  • Эта инфузория переваривает цианобактерии . Цитостом или рот в правом нижнем углу.

  • Воспроизвести медиа

    Инфузории, заглатывающие диатомовые водоросли

  • Воспроизвести медиа

    Амеба, поглощающая диатомовые водоросли

В отличие от клеток прокариот, клетки эукариот высокоорганизованы. Растения, животные и грибы обычно многоклеточные и макроскопические . Большинство протистов одноклеточные и микроскопические. Но бывают исключения. Некоторые одноклеточные морские простейшие макроскопичны. Некоторые морские плесневые грибки имеют уникальный жизненный цикл, который включает переключение между одноклеточными, колониальными и многоклеточными формами. [98] Другие морские простейшие не одноклеточные и не микроскопические, например водоросли .

  • Макроскопические протисты (см. Также одноклеточные макроводоросли →  )
  • Одноклеточная гигантская амеба имеет до 1000 ядер и достигает в длину 5 мм.

  • Gromia sphaerica - большая шаровидная семенниковая амеба, оставляющая грязевые следы. Его диаметр до 3,8 см. [99]

  • Spiculosiphon oceana , одноклеточный фораминифер, по внешнему виду и образу жизни напоминающий губку , вырастает до 5 см в длину.

  • Ксенофиофоры , другие одноклеточные foraminiferan, живет в абиссали . Имеет гигантскую раковину до 20 см в диаметре. [100]

  • Гигантская ламинария , бурые водоросли , не является настоящим растением, но она многоклеточная и может вырасти до 50 метров.

Протистов называют таксономической сумкой неудачников, куда можно поместить все, что не вписывается в одно из основных биологических царств . [101] Некоторые современные авторы предпочитают исключать многоклеточные организмы из традиционного определения протистов, ограничивая протистов одноклеточными организмами. [102] [103] Это более ограниченное определение исключает многие коричневые , многоклеточные красные и зеленые водоросли , а также слизистые плесени . [104]

Путем передвижения [ править ]

Другой способ классификации простейших - по их способу передвижения. Многие одноклеточные простейшие, особенно простейшие, подвижны и могут генерировать движение с помощью жгутиков , ресничек или псевдопод . Клетки, которые используют жгутики для движения, обычно называют жгутиконосцами , клетки, которые используют реснички, обычно называют инфузориями , а клетки, которые используют псевдоподы, обычно называют амебами или амебоидами . Другие протисты неподвижны и, следовательно, не имеют механизма движения.

К жгутиконосцам относятся как бактерии, так и простейшие. Модель вращающегося двигателя, используемая бактериями, использует протоны электрохимического градиента для перемещения своих жгутиков. Крутящий момент в жгутике бактерий создается частицами, которые проводят протоны вокруг основания жгутика. Направление вращения жгутиков у бактерий определяется заполнением протонных каналов по периметру мотора жгутика. [110]

Инфузории обычно имеют от сотен до тысяч ресничек, которые плотно упакованы в массивы. Во время движения отдельная ресничка деформируется, используя рабочий ход с высоким коэффициентом трения, за которым следует ход восстановления с низким коэффициентом трения. Поскольку на индивидуальном организме имеется множество ресничек, упакованных вместе, они демонстрируют коллективное поведение в метахрональном ритме . Это означает, что деформация одной реснички находится в фазе с деформацией ее соседа, вызывая волны деформации, которые распространяются по поверхности организма. Эти распространяющиеся волны ресничек позволяют организму скоординированно использовать реснички для движения. Типичным примером реснитчатого микроорганизма является Paramecium, одноклеточное простейшее с ресничками, покрытое тысячами ресничек. Биение ресничек позволяет Paramecium перемещаться по воде со скоростью 500 микрометров в секунду. [111]

  • Жгутиковые, инфузории и амебы
  • Жгутик бактерий, вращаемый молекулярным мотором в его основании

  • Сперматозоиды лосося

  • Парамеций питается бактериями

  • Инфузория Oxytricha trifallax с хорошо заметными ресничками

  • Амеба с проглоченными диатомовыми водорослями

Морские грибы [ править ]

Лишайник на скале в зоне морских брызг . Лишайники - это мутуалистические ассоциации между грибами и водорослями или цианобактериями.
Море улитка , Littoraria irrorata , покрытые лишайником. Эта улитка разводит приливные аскомицетные грибы.

В морской среде известно более 1500 видов грибов . [112] Они паразитируют на морских водорослях или животных, или являются сапробиями, питающимися мертвым органическим веществом из водорослей, кораллов, цист простейших, морских трав и других субстратов. [113] Споры многих видов имеют специальные придатки, которые облегчают прикрепление к субстрату. [114] Морские грибы также можно найти в морской пене и вокруг гидротермальных районов океана. [115] Морские грибы производят множество необычных вторичных метаболитов . [116]

Микопланктон - сапротропный член планктонных сообществ морских и пресноводных экосистем . [117] [118] Они состоят из нитевидных свободноживущих грибов и дрожжей, связанных с частицами планктона или фитопланктоном . [119] Подобно бактериопланктону , эти водные грибы играют важную роль в гетеротрофной минерализации и круговороте питательных веществ . [120]Хотя некоторые микопланктоны в основном микроскопические, они могут достигать 20 мм в диаметре и более 50 мм в длину. [121]

Типичный миллилитр морской воды содержит от 10 3 до 10 4 грибковых клеток. [122] Это число больше в прибрежных экосистемах и эстуариях из-за питательного стока наземных сообществ. Более высокое разнообразие микопланктона встречается у берегов и в поверхностных водах на глубине до 1000 метров, с вертикальным профилем, который зависит от численности фитопланктона . [123] [124] Этот профиль меняется от сезона к сезону из-за изменений в доступности питательных веществ. [125] Морские грибы выживают в условиях постоянного дефицита кислорода и, следовательно, зависят от диффузии кислорода за счет турбулентности.и кислород, производимый фотосинтезирующими организмами . [126]

Морские грибы можно классифицировать как: [126]

  • Низшие грибы - адаптированы к морской среде обитания ( зооспорические грибы, включая мастигомицеты: оомицеты и хитридиомицеты )
  • Высшие грибы - нитчатые, модифицированные до планктонного образа жизни ( гифомицеты , аскомицеты , базидиомицеты ). Большинство видов микопланктона - высшие грибы. [123]

Лишайники - это мутуалистические ассоциации между грибами, обычно аскомицетами , и водорослями или цианобактериями . Несколько лишайников встречаются в морской среде. [127] Еще больше встречается в зоне брызг , где они занимают разные вертикальные зоны в зависимости от того, насколько они терпимы к погружению. [128] Некоторые лишайники живут долго; возраст одного вида - 8 600 лет. [129] Однако их продолжительность жизни трудно измерить, потому что определение одного и того же лишайника не является точным. [130]Лишайники растут путем вегетативного отламывания куска, который может или не может быть определен как один и тот же лишайник, и два лишайника разного возраста могут сливаться, что поднимает вопрос о том, является ли это одним и тем же лишайником. [130]

Море улитки Littoraria irrorata повреждений растений Spartina в морских болотах , где она живет, что позволяет спор межприливного ascomycetous грибова колонизировать растение. Затем улитка поедает рост грибов, а не саму траву. [131]

Согласно записям окаменелостей, грибы восходят к позднему протерозою 900-570 миллионов лет назад. Ископаемые морские лишайники возрастом 600 миллионов лет были обнаружены в Китае. [132] Была выдвинута гипотеза, что микопланктон произошел от наземных грибов, вероятно, в палеозойскую эру (390 миллионов лет назад). [133]

Морские микроживотные [ править ]

В молодости животные развиваются на микроскопических стадиях, которые могут включать споры , яйца и личинки . По крайней мере, одна группа микроскопических животных, паразитические книдарии Myxozoa , одноклеточные во взрослой форме и включают морские виды. Другие взрослые морские микроживотные многоклеточные. Взрослые микроскопические членистоногие чаще встречаются в пресноводных водах суши, но есть и морские виды. К микроскопическим взрослым морским ракообразным относятся некоторые веслоногие рачки , кладоцеры и тихоходки (водяные медведи). Некоторые морские нематоды иКоловратки также слишком малы, чтобы их можно было распознать невооруженным глазом, как и многие лорициферы , включая недавно обнаруженные анаэробные виды, которые проводят свою жизнь в бескислородной среде. [134] [135] Веслоногие ракообразные больше способствуют вторичной продуктивности и поглотителю углерода Мирового океана, чем любая другая группа организмов.

  • Морские микроживотные
  • Более 10 000 морских видов - веслоногие ракообразные , маленькие, часто микроскопические ракообразные.

  • Фотография в темном поле гастротриха длиной 0,06-3,0 мм, червеобразного животного, живущего между частицами осадка.

  • Бронированный Pliciloricus enigmaticus , длиной около 0,2 мм, обитает в промежутках между морским гравием.

  • Коловратки , обычно длиной 0,1–0,5 мм, могут выглядеть как протисты, но являются многоклеточными и принадлежат к Animalia.

  • Тихоходки (водяные медведи) длиной около 0,5 мм являются одними из самых стойких известных животных.

Основные производители [ править ]

Составное изображение, показывающее глобальное распределение фотосинтеза, включая океанический фитопланктон и наземную растительность . Темно-красным и сине-зеленым обозначены районы с высокой фотосинтетической активностью в океане и на суше соответственно.

Первичные продуценты - это автотрофные организмы, которые сами производят пищу вместо того, чтобы поедать другие организмы. Это означает, что первичные продуценты становятся отправной точкой в пищевой цепочке для гетеротрофных организмов, которые действительно поедают другие организмы. Некоторые морские первичные продуценты - это специализированные бактерии и археи, являющиеся хемотрофами , которые сами добывают себе пищу, собираясь вокруг гидротермальных жерл и холодных просачиваний и используя хемосинтез . Однако большая часть первичной морской продукции происходит от организмов, которые используют фотосинтез.на углекислый газ, растворенный в воде. В этом процессе энергия солнечного света используется для преобразования воды и углекислого газа [136] : 186–187 в сахара, которые можно использовать как в качестве источника химической энергии, так и органических молекул, которые используются в структурных компонентах клеток. [136] : 1242 Морские первичные продуценты важны, потому что они поддерживают почти все виды морских животных, производя большую часть кислорода и пищи, которые обеспечивают другие организмы химической энергией, необходимой им для существования.

Основными морскими первичными продуцентами являются цианобактерии , водоросли и морские растения. Кислород выпущен в качестве побочного продукта фотосинтеза необходим почти все живые существа для осуществления клеточного дыхания . Кроме того, первичные производители влияют на глобальный круговорот углерода и воды . Они стабилизируют прибрежные районы и могут обеспечить среду обитания для морских животных. Термин « разделение » традиционно использовался вместо филума при обсуждении первичных продуцентов, но Международный кодекс номенклатуры водорослей, грибов и растений теперь принимает оба термина как эквиваленты.[137]

Цианобактерии [ править ]

Цианобактерии
Цианобактерии из микробного мата . Цианобактерии были первыми организмами, которые выделяли кислород посредством фотосинтеза.
Крошечная цианобактерия Prochlorococcus является основным источником кислорода в атмосфере.
НАСА изображения большого налетом из Нодулярия цианобактерий закрученной в Балтийском море [138]

Цианобактерии были первыми организмами, которые развили способность превращать солнечный свет в химическую энергию. Они образуют тип (подразделение) бактерий, который варьируется от одноклеточных до нитчатых и включает колониальные виды . Они встречаются почти повсюду на Земле: во влажной почве, в пресноводных и морских средах и даже на антарктических скалах. [139] В частности, некоторые виды встречаются в виде дрейфующих клеток, плавающих в океане, и поэтому были одними из первых представителей фитопланктона .

Первыми первичными продуцентами, использовавшими фотосинтез, были океанические цианобактерии около 2,3 миллиарда лет назад. [140] [141] Выделение молекулярного кислорода с помощью цианобактерий в качестве побочного продукта фотосинтеза индуцированных глобальных изменений в окружающей среде Земли. Поскольку в то время кислород был токсичен для большей части жизни на Земле, это привело к почти исчезновению организмов , не переносящих кислород , - драматическому изменению, которое перенаправило эволюцию основных видов животных и растений. [142]

Крошечная (0,6 мкм ) морская цианобактерия Prochlorococcus , обнаруженная в 1986 году, сегодня составляет важную часть основы пищевой цепи океана и отвечает за большую часть фотосинтеза открытого океана [143] и, по оценкам, 20% кислорода в ней. атмосфера Земли. [144] Это, возможно, самый многочисленный род на Земле: один миллилитр поверхностной морской воды может содержать 100 000 клеток или больше. [145]

Первоначально биологи считали цианобактерии водорослями и называли их «сине-зелеными водорослями». Более поздняя точка зрения состоит в том, что цианобактерии - это бактерии, и поэтому они даже не принадлежат к тому же царству, что и водоросли. Большинство авторитетных источников исключают всех прокариот и, следовательно, цианобактерии из определения водорослей. [146] [147]

Водоросли [ править ]

Водоросли - это неформальный термин для широко распространенной и разнообразной группы фотосинтетических протистов, которые не обязательно являются близкими родственниками и, следовательно, являются полифилетическими . Морские водоросли можно разделить на шесть групп: зеленые , красные и коричневые водоросли , эвгленофиты , динофлагелляты и диатомовые водоросли .

Динофлагелляты и диатомовые водоросли являются важными компонентами морских водорослей и имеют свои собственные разделы ниже. Эвгленофиты - это тип одноклеточных жгутиконосцев, в состав которого входит лишь несколько морских представителей.

Не все водоросли микроскопические. Зеленые, красные и коричневые водоросли имеют многоклеточные макроскопические формы, которые составляют знакомые водоросли . Зеленые водоросли , неофициальная группа, насчитывает около 8000 признанных видов. [148] Многие виды живут большую часть своей жизни в виде отдельных клеток или нитчатых, в то время как другие образуют колонии, состоящие из длинных цепочек клеток, или представляют собой высокодифференцированные макроскопические водоросли. Красные водоросли , (оспариваемый) тип содержит около 7000 признанных видов [149], в основном многоклеточных и в том числе многих известных морских водорослей. [149] [150] Бурые водоросли образуют класссодержит около 2000 признанных видов [151], в основном многоклеточных и в том числе многих морских водорослей, таких как ламинария . В отличие от высших растений, у водорослей отсутствуют корни, стебли или листья. Их можно классифицировать по размеру как микроводоросли или макроводоросли .

Микроводоросли - это микроскопические водоросли, невидимые невооруженным глазом. В основном это одноклеточные виды, которые существуют по отдельности, цепочками или группами, хотя некоторые из них и многоклеточные . Микроводоросли являются важными компонентами морских простейших, о которых говорилось выше , а также фитопланктона, обсуждаемого ниже . Они очень разные . Было подсчитано, что существует 200 000-800 000 видов, из которых описано около 50 000 видов. [152] В зависимости от вида их размеры варьируются от нескольких микрометров (мкм) до нескольких сотен микрометров. Они специально адаптированы к среде, в которой преобладают вязкие силы.

  • Chlamydomonas globosa , одноклеточная зеленая водоросль с двумя жгутиками, которые видны только внизу слева.

  • Chlorella vulgaris , обычная зеленая микроводоросль , при эндосимбиозе с инфузорией [153]

  • Центрическая диатомовая водоросль

  • Динофлагелляты

Колониальные водорослевые цепи

Макроводоросли - это более крупные, многоклеточные и более заметные виды водорослей, обычно называемые водорослями . Морские водоросли обычно растут на мелководье прибрежных вод, где они прикреплены к морскому дну с помощью опоры . Как и микроводоросли, макроводоросли (водоросли) можно рассматривать как морские простейшие, поскольку они не являются настоящими растениями. Но это не микроорганизмы, поэтому они не рассматриваются в данной статье.

Одноклеточные организмы обычно микроскопические, их длина составляет менее одной десятой миллиметра. Есть исключения. Рюмка русалки , род субтропических зеленых водорослей , одноклеточная, но удивительно большая и сложная по форме с одним большим ядром, что делает ее модельным организмом для изучения клеточной биологии . [154] Другая одноклеточная водоросль, Caulerpa taxifolia , имеет вид сосудистого растения с «листьями», аккуратно расположенными на стеблях, как у папоротника. Селективное разведение в аквариумах для получения более выносливых штаммов привело к случайному выпуску в Средиземное море, где он превратился в инвазивный вид, известный в просторечии как водоросли-убийцы .[155]

Морской микропланктон [ править ]

Планктон - это дрейфующие или плавающие организмы, которые не могут эффективно плыть против течения, и включают организмы из большинства областей жизни: бактерии , археи , водоросли , простейшие и животные .
Воспроизвести медиа
Красный, оранжевый, желтый и зеленый обозначают районы, в которых много водорослей. Синие области представляют собой бедные питательными веществами зоны, где фитопланктон существует в более низких концентрациях.

Планктон (от греческого « странники» ) - это разнообразная группа организмов, которые живут в толще воды больших водоемов, но не могут плыть против течения. В результате они блуждают или плывут по течению. [156] Планктон определяется их экологической нишей , а не какой-либо филогенетической или таксономической классификацией. Они являются важным источником пищи для многих морских животных, от кормовой рыбы до китов . Планктон можно разделить на растительный и животный компоненты.

Фитопланктон [ править ]

Фитопланктон, такой как эта колония Chaetoceros socialis, естественным образом излучает красный флуоресцентный свет, который рассеивает избыточную солнечную энергию, которую они не могут потреблять посредством фотосинтеза. Это свечение может быть обнаружено спутниками как индикатор того, насколько эффективно фитопланктон океана фотосинтезирует. [157] [158]

Фитопланктон - это растительный компонент планктонного сообщества («фито» происходит от греческого слова « растение» ). Они автотрофны (самоподдерживаются), то есть сами производят пищу и не нуждаются в потреблении других организмов.

Фитопланктон выполняет три важнейшие функции: он производит почти половину мирового атмосферного кислорода, регулирует уровень углекислого газа в океане и атмосфере и составляет основу морской пищевой сети . При подходящих условиях в поверхностных водах может происходить цветение водорослей фитопланктона. Фитопланктон - это р-стратег, который быстро растет и может удваивать свою популяцию каждый день. Цветы могут стать токсичными и лишить воду кислорода. Однако численность фитопланктона обычно контролируется фитопланктоном, истощающим доступные питательные вещества, и выпасом зоопланктона. [159]

Фитопланктон состоит в основном из микроскопических фотосинтезирующих эукариот, которые населяют верхний залитый солнцем слой во всех океанах. Им нужен солнечный свет, чтобы они могли фотосинтезировать. Большинство фитопланктона - одноклеточные водоросли, но другой фитопланктон - это бактерии, а некоторые - протисты . [160] Фитопланктон включает цианобактерии (см. Выше) , диатомовые водоросли , различные другие типы водорослей (красные, зеленые, коричневые и желто-зеленые), динофлагеллаты , эвгленоиды , кокколитофориды , криптомонады , хлорофиты , празинофиты и силикофлагеллаты.. Они составляют основу первичной продукции, которая движет пищевой цепью океана , и на их долю приходится половина текущего глобального первичного производства, больше, чем наземные леса. [161]

  • Фитопланктон
  • Фитопланктон - основа пищевой цепи океана

  • Они бывают разных форм и размеров.

  • Колониальный фитопланктон

  • На цианобактерии Prochlorococcus приходится большая часть первичной продукции океана.

  • Зеленые цианобактерии выброшены на скалу в Калифорнии

Диатомовые водоросли [ править ]

Формы диатомовых водорослей
          Рисунки Геккеля 1904 г. (подробности здесь)

Диатомеи образуют (оспариваемый) тип, содержащий около 100 000 признанных видов, в основном одноклеточных водорослей. Диатомовые водоросли производят около 20 процентов кислорода, производимого на планете каждый год, [96] поглощают более 6,7 миллиардов метрических тонн кремния каждый год из вод, в которых они живут, [162] и вносят почти половину органического материала, содержащегося в океаны.

  • Диатомовые водоросли - один из самых распространенных видов фитопланктона.

  • Их защитные оболочки (панцири) выполнены из силикона.

  • Они бывают разных форм и размеров.

Диатомеи
Centric
Pennate
Диатомовые имеет кремнезем оболочку ( frustule ) с радиальным (Centric) или двустороннее (пеннатная) симметрия

Диатомовые заключены в защитную кремнезема (стекла) оболочек , называемых панцирей . Каждая панцирь состоит из двух взаимосвязанных частей, покрытых крошечными отверстиями, через которые диатомовые водоросли обмениваются питательными веществами и отходами. [159] Створки мертвых диатомовых водорослей дрейфуют на дно океана, где за миллионы лет они могут образоваться на глубине до полумили . [163]

  • Силикатная створка пеннатной диатомеи с двумя перекрывающимися половинами

  • Guinardia delicatula , диатомовые водоросли, ответственные за цветение водорослей в Северном море и Ла-Манше [164]

  • Ископаемая диатомовая водоросль

  • Существует более 100 000 видов диатомовых водорослей, на долю которых приходится 50% первичной продукции океана.

Строение центрической створки диатомовых водорослей [165]

Coccolithophores [ править ]

Кокколитофориды - это крошечные одноклеточные фотосинтезирующие протисты с двумя жгутиками для передвижения. Большинство из них защищено панцирем, покрытым декоративными круглыми пластинами или чешуей, называемыми кокколитами . Кокколиты сделаны из карбоната кальция. Термин «кокколитофора» происходит от греческого слова « камень , несущий семена» , имея в виду их небольшой размер и содержащиеся в них камни кокколита. В правильных условиях они цветут, как и другой фитопланктон, и могут сделать океан молочно-белым. [166]

Кокколитофориды
... есть тарелки, называемые кокколитами
... вымершее ископаемое
Кокколитофориды создают скелеты кальцита, важные для морского углеродного цикла [167]
  • Кокколитофориды названы в честь документального сериала BBC
    "Голубая планета"
  • Кокколитофориды Emiliania huxleyi

  • Водоросли цветение из Emiliania huxleyi от южного побережья Англии

Микробный родопсин [ править ]

Модель механизма генерации энергии у морских бактерий
      (1) Когда солнечный свет попадает на молекулу родопсина
      (2), он меняет свою конфигурацию, так что протон выталкивается из клетки
      (3), химический потенциал заставляет протон течь обратно в клетку
      (4), генерируя энергию
      (5) в форма аденозинтрифосфата . [168]

Фототрофный метаболизм зависит от одного из трех пигментов, преобразующих энергию: хлорофилла , бактериохлорофилла и сетчатки . Ретиналь - это хромофор, содержащийся в родопсинах . О значении хлорофилла в преобразовании световой энергии писали на протяжении десятилетий, но фототрофия на основе пигментов сетчатки только начинает изучаться. [169]

Галобактерии в соляных прудах-испарителях окрашены бактериородопсином в фиолетовый цвет [170]

В 2000 году группа микробиологов под руководством Эдварда Делонга сделала важное открытие в понимании морских углеродных и энергетических циклов. Они обнаружили ген у нескольких видов бактерий [171] [172], ответственных за выработку белка родопсина , ранее невиданного для бактерий. Эти белки, обнаруженные в клеточных мембранах, способны преобразовывать световую энергию в биохимическую энергию из-за изменения конфигурации молекулы родопсина, когда на нее попадает солнечный свет, вызывая перекачку протона изнутри наружу и последующий приток, который генерирует энергию. [173]Родопсины, подобные архейам, впоследствии были обнаружены среди различных таксонов, протистов, а также у бактерий и архей, хотя они редко встречаются в сложных многоклеточных организмах . [174] [175] [176]

Исследования 2019 года показывают, что эти «захватывающие солнце бактерии» более распространены, чем считалось ранее, и могут изменить то, как глобальное потепление влияет на океаны. «Эти данные расходятся с традиционной интерпретацией морской экологии, содержащейся в учебниках, согласно которой почти весь солнечный свет в океане улавливается хлорофиллом водорослей. Вместо этого бактерии, оснащенные родопсином, функционируют как гибридные автомобили, питаясь органическими веществами, когда они доступны - как большинство бактерий - и от солнечного света, когда питательных веществ не хватает ". [177] [169]

Существует астробиологическая гипотеза, называемая гипотезой Пурпурной Земли, которая предполагает, что первоначальные формы жизни на Земле были основаны на сетчатке, а не на хлорофилле, из-за чего Земля выглядела бы пурпурной, а не зеленой. [178] [179]

Редфилд и f- отношения [ править ]

В течение 1930-х годов Альфред К. Редфилд обнаружил сходство между составом элементов в фитопланктоне и основными растворенными питательными веществами в глубинах океана. [180] Редфилд предположил, что соотношение углерода, азота и фосфора (106: 16: 1) в океане контролировалось потребностями фитопланктона, поскольку фитопланктон впоследствии выделяет азот и фосфор по мере реминерализации. Это соотношение стало известно как коэффициент Редфилда и используется как фундаментальный принцип при описании стехиометрии морской воды и эволюции фитопланктона. [181]

Однако коэффициент Редфилда не является универсальной величиной и может меняться в зависимости от географической широты. [182] В зависимости от распределения ресурсов фитопланктон можно разделить на три различных стратегии роста: выживающий, цветущий и универсальный. Фитопланктон, занимающийся выживанием, имеет высокое соотношение N: P (> 30) и содержит множество механизмов сбора ресурсов для поддержания роста в условиях ограниченных ресурсов. Цветущий фитопланктон имеет низкое соотношение N: P (<10), содержит большую долю механизмов роста и приспособлен к экспоненциальному росту. Фитопланктон широкого профиля имеет такое же отношение N: P к соотношению Редфилда и содержит относительно равные механизмы для приобретения ресурсов и роста. [181]

Коэффициент f - это доля от общего объема первичной продукции, заправляемой нитратами (в отличие от других азотных соединений, таких как аммоний ). Это соотношение было первоначально определено Ричардом Эппли и Брюсом Петерсоном в одной из первых работ, посвященных оценке мировой океанической продукции. [183]

Зоопланктон [ править ]

Зоопланктон - животный компонент планктонного сообщества («зоопарк» происходит от греческого слова « животное» ). Они гетеротрофны (питаются другими), что означает, что они не могут производить свою собственную пищу и должны вместо этого потреблять в пищу другие растения или животных. В частности, это означает, что они питаются фитопланктоном.

Зоопланктон, как правило, крупнее фитопланктона, в основном все еще микроскопический, но некоторые из них можно увидеть невооруженным глазом. Многие простейшие (одноклеточные простейшие, которые охотятся на других микроскопических организмов) являются зоопланктоном, включая зоофлагелляты , фораминиферы , радиолярии , некоторые динофлагелляты и морские микроживотные . Макроскопический зоопланктон (обычно не описываемый в этой статье) включает пелагических книдарий , гребневиков , моллюсков , членистоногих и оболочников , а также планктонных червей-стрел ищетинистые черви .

Paramecium , хищная инфузория , питающаяся бактериями

Микрозоопланктон: основные поедатели планктона ...

  • Веслоногие рачки питаются фитопланктоном. Этот несёт яйца.

  • Тинтиннид реснитчатый Favella

Многие виды простейших ( эукариоты ) и бактерии ( прокариоты ) охотятся на других микроорганизмов; способ питания, очевидно, древний и неоднократно развивался у обеих групп. [184] [185] [186] Среди пресноводного и морского зоопланктона , одноклеточного или многоклеточного, хищный выпас фитопланктона и мелкого зоопланктона является обычным явлением и встречается у многих видов нанофлагеллят , динофлагеллят , инфузорий , коловраток , различных ареал личинок меропланктона животных и две группы ракообразных, а именнокопеподы и кладоцеры . [187]

Радиолярии [ править ]

Формы радиолярий
          Рисунки Геккеля 1904 г. (подробности здесь)

Радиолярии - это одноклеточные хищные протисты, заключенные в сложные шаровидные раковины, обычно сделанные из кремнезема и пронизанные отверстиями. Их название происходит от латинского «радиус». Они ловят добычу, высовывая части своего тела через отверстия. Как и в случае кремнеземных панцирей диатомовых водорослей, раковины радиолярий могут опускаться на дно океана, когда радиолярии умирают, и сохраняются как часть океанических отложений. Эти останки в виде микрофоссилий дают ценную информацию об условиях океана в прошлом. [188]

  • Как и диатомовые водоросли, радиолярии бывают разных форм.

  • Как и диатомовые водоросли, раковины радиолярий обычно состоят из силиката

  • Однако у радиолярий акантарии есть раковины, сделанные из кристаллов сульфата стронция.

  • Схематическое изображение сферической оболочки радиолярий в разрезе

Тьюринг и морфология радиолярий
Оболочка сферического радиолярия
Микрофотографии оболочки
Компьютерное моделирование паттернов Тьюринга на сфере
близко повторяет некоторые паттерны раковин радиолярий [189]
  • Cladococcus abietinus

Фораминиферы [ править ]

Формы фораминифер
          Рисунки Геккеля 1904 г. (подробности здесь)

Как и радиолярии, фораминиферы ( сокращенно форамы ) представляют собой одноклеточные хищные протисты, также защищенные раковинами с отверстиями. Их название происходит от латинского «носильщики дырок». Их оболочки, часто называемые тестами , имеют камеры (камеры добавляют больше камер по мере роста). Оболочки обычно состоят из кальцита, но иногда из агглютинированных частиц осадка или хитона и (редко) из кремнезема. Большинство форам являются придонными, но около 40 видов - планктонными. [190] Они широко исследуются с использованием хорошо установленных летописей окаменелостей, которые позволяют ученым делать много выводов об окружающей среде и климате прошлого. [188]

Фораминиферы
... может иметь более одного ядра
... и защитные шипы
Фораминиферы являются важными одноклеточными протистами зоопланктона с тестами на кальций.
  • сечение, показывающее камеры спиральной пленки

  • Live Ammonia tepida, текущая гранулированная эктоплазма для ловли пищи

  • Группа планктонных структур

  • Ископаемые образования нуммулитов различных размеров из эоцена

  • В египетских пирамидах были построены из известняка , который содержал нуммулиты . [191]

Некоторые форамы миксотрофны ( см. Ниже ). У них есть одноклеточные водоросли в качестве эндосимбионтов из различных линий, таких как зеленые водоросли , красные водоросли , золотые водоросли , диатомовые водоросли и динофлагелляты . [190] Миксотрофные фораминиферы особенно распространены в бедных питательными веществами океанических водах. [192] Некоторые пены являются клептопластами , удерживая хлоропласты от проглоченных водорослей для проведения фотосинтеза . [193]

Амеба [ править ]

Очищенная и голая амеба
Раковинные амебы , Cyphoderia зр.
Голая амеба, Chaos sp.
                  Амеба бывает шелушащейся ( семенниковой ) или голой.
  • Обнаженная амеба показывает пищевые вакуоли и проглоченную диатомовую водоросль

  • Shell или испытание на раковинных амеб , Арчелла зр.

  • Ксеногенная семенниковая амеба, покрытая диатомовыми водорослями (из коллекции Amoeba Penard )

Воспроизвести медиа
Амеба, поглощающая диатомовые водоросли

Инфузории [ править ]

  • Tintinnopsis campanula

  • Oxytricha chlorelligera

  • Stylonychia putrina

  • Яйцеклетка голофира

  • Blepharisma japonicum

Формы инфузорий
          Рисунки Геккеля 1904 г. (подробности здесь)
  • Mesodinium rubrum дает темно-красные цветы, используя хлоропласты, порабощенные их водорослевыми жертвами  [194]

  • Воспроизвести медиа

    Взаимодействие нескольких таксонов инфузорий

  • Воспроизвести медиа

    Blepharisma americanum плавает в капле воды пруда с другими микроорганизмами

Миксотрофы [ править ]

Миксотрофные радиолярии
Акантарийские радиолярии являются хозяевами симбионтов Phaeocystis
Белая пена из водорослей Phaeocystis, мытье посуды на пляже

Миксотрофы представляет собой организм , который может использовать сочетание различных источников энергии и углерод , вместо того , чтобы иметь единственный трофический режим на континууме от полной автотрофности на одном конце , чтобы гетеротрофности на другом. Подсчитано, что миксотрофы составляют более половины всего микроскопического планктона. [195] Есть два типа эукариотических миксотрофов: те, у которых есть собственные хлоропласты , и те, у которых есть эндосимбионты, а также другие, которые приобретают их посредством клептопластики или порабощения всей фототрофной клетки. [196]

Различие между растениями и животными часто нарушается в очень маленьких организмах. Возможные комбинации - это фото- и хемотрофия , лито- и органотрофия , ауто- и гетеротрофия или другие их комбинации. Миксотрофы могут быть эукариотическими или прокариотическими . [197] Они могут использовать различные условия окружающей среды. [198]

Недавние исследования морского микрозоопланктона показали, что 30–45% численности инфузорий были миксотрофными, а до 65% биомассы амебоидов, форамы и радиолярий были миксотрофными. [90]

Phaeocystis - важный род водорослей, встречающийся в составе морского фитопланктона во всем мире. Он имеет полиморфный жизненный цикл, варьирующийся от свободноживущих клеток до больших колоний. [199] Он обладает способностью образовывать плавающие колонии, в которых сотни клеток встроены в гелевый матрикс, который может значительно увеличиваться в размере во время цветения . [200] В результате Phaeocystis вносит важный вклад в морские углеродные [201] и серные циклы . [202] Виды Phaeocystis являются эндосимбионтамирадиолярий акантарии . [203][204]

  • Миксопланктон
  • Тинтиннид реснитчатый Favella

  • Euglena mutabilis , фотосинтезирующая жгутик

  • Зоохлореллы (зеленые), обитающие внутри инфузории Stichotricha secunda

Динофлагелляты [ править ]

Формы динофлагеллат
Небронированные динофлагелляты Кофоид (1921)
Геккель Перидиния (1904)

Динофлагелляты являются частью группы водорослей и образуют тип одноклеточных жгутиконосцев, насчитывающий около 2000 морских видов. [207] Название происходит от греческого «dinos», что означает кружение, и латинского «flagellum», что означает кнут или плеть . Это относится к двум хлыстовым приспособлениям (жгутикам), используемым для движения вперед. Большинство динофлагеллят защищены красно-коричневой целлюлозной броней. Как и любой другой фитопланктон, динофлагелляты являются r-стратегами, которые при правильных условиях могут цвести и создавать красные приливы . Раскопки могут быть самой базальной ветвью жгутиковых. [105]

По трофической ориентации динофлагелляты нельзя разделить на однозначные категории. Известно, что некоторые динофлагелляты являются фотосинтетическими , но большая часть из них на самом деле миксотрофны , сочетая фотосинтез с поеданием добычи ( фаготрофия ). [208] Некоторые виды являются эндосимбионтами морских животных и других протистов и играют важную роль в биологии коралловых рифов . Другие предшествуют другим простейшим, а некоторые формы паразитируют. Многие динофлагелляты миксотрофны и также могут быть отнесены к фитопланктону.

Токсичная динофлагеллята Dinophysis acuta приобретает хлоропласты у своей жертвы. «Он не может улавливать криптофиты сам по себе, и вместо этого полагается на поедание инфузорий, таких как красная Myrionecta rubra , которые изолируют свои хлоропласты из определенной клады криптофитов (Geminigera / Plagioselmis / Teleaulax)». [205]

  • Гиродиниум , одна из немногих голых динофлагеллят, у которых отсутствует броня.

  • Динофлагеллята Protoperidinium выдавливает большую кормовую вуаль для захвата добычи.

  • Насселлярные радиолярии могут находиться в симбиозе с динофлагеллятами

  • Динофлагеллята Dinophysis acuta

Серфинг волна в ночное время с блестками синим светом из - за наличия биолюминесцентного фитопланктона динофлагеллата, такие как Lingulodinium polyedrum
Предлагаемое объяснение светящихся морей [209]
Динофлагелляты
        Бронированный
        Без брони
Традиционно динофлагеллаты представлены бронированными и небронированными.

Динофлагелляты часто живут в симбиозе с другими организмами. Многие насселлярные радиолярии содержат в своих тестах симбионтов динофлагеллят . [210] Насселларий обеспечивает динофлагелляту аммонием и двуокисью углерода , а динофлагеллята обеспечивает слизистую оболочку носеллярии, полезной для охоты и защиты от вредных захватчиков. [211] Анализ ДНК свидетельствует о том, что симбиоз динофлагеллят с радиоляриями развился независимо от других симбиозов динофлагеллят, таких как фораминиферы . [212]

Некоторые динофлагелляты биолюминесцентны . Ночью вода в океане может загореться изнутри и заиграть синим светом из-за этих динофлагеллят. [213] [214] Биолюминесцентные динофлагеллаты обладают сцинтиллонами , отдельными цитоплазматическими тельцами, которые содержат динофлагеллат люциферазу , главный фермент, участвующий в люминесценции. Люминесценция, иногда называемая фосфоресценцией моря , возникает в виде коротких (0,1 секунды) голубых вспышек или искр, когда отдельные сцинтильоны стимулируются, обычно из-за механических помех, например, от лодки, пловца или прибоя. [215]

  • Tripos muelleri узнаваем по U-образным рогам.

  • Оодиниум , род паразитических динофлагеллят, вызываету рыб болезнь бархата [216]

  • Karenia brevis производит красные приливы, очень токсичные для человека [217]

  • Красная волна

  • Noctiluca scintillans , биолюминесцентная динофлагеллята [218]

Морские микрофоссилии [ править ]

Толщина морских отложений

Отложения на дне океана имеют два основных происхождения: терригенное и биогенное.

Терригенные отложения составляют около 45% от общего количества морских отложений и возникают в результате эрозии горных пород на суше, переносимых реками и поверхностным стоком, переносимой ветром пыли, вулканов или измельчения ледниками.

Биогенные отложения составляют остальные 55% от общего количества отложений и происходят из скелетных останков морских протистов (одноклеточный планктон и микроорганизмы бентоса). Также могут присутствовать гораздо меньшие количества осажденных минералов и метеорной пыли. Ooze , в контексте морского осадка, не относится к консистенции осадки , но его биологическому происхождению. Термин «слизь» был первоначально использован Джоном Мюрреем , «отцом современной океанографии», который предложил термин « ил радиолярий» для обозначения кремнеземных отложений раковин радиолярий, вынесенных на поверхность во время экспедиции Челленджера . [219] биогенные илы являетсяпелагические отложения, содержащие не менее 30 процентов останков скелетов морских организмов.

  • Диатомовая земля мягкая, кремнистая , осадочная горная порода из микроокаменелостей в виде панцирей (раковины) одиночных клетки диатомовых (нажмите , чтобы увеличить)

  • Иллюстрация ила Глобигерины

  • Корпуса ( тесты ), как правило , сделаны из карбоната кальция, из фораминифер тины на глубоком дне океана

Каменный кинжал Эци-Ледяного человека , жившего в медный век . Лезвие сделано из кремня, содержащего радиолярии, кальцисферы, кальпионеллиды и несколько спикул губки. Присутствие кальпионеллид , которые вымерли, использовалось для датировки этого кинжала. [224]
  • Опал может содержать простейшие микрофоссилии диатомовых водорослей, радиолярий, силикофлагеллят и эбридий [225]

  • Мрамор может содержать простейшие микрофоссилии фораминифер, кокколитофорид, известковый нанопланктон и водоросли, остракоды , птеропод , кальпионеллиды и мшанки [225]

  • Карбонатно-силикатный цикл

Известковые микрофоссилии из морских отложений, состоящих в основном из звездообразных дискоастеров с россыпью кокколитов.
Распределение типов отложений на морском дне
В пределах каждой окрашенной области тип материала, показанного на рисунке, является преобладающим, хотя другие материалы также могут присутствовать.
Для получения дополнительной информации см. Здесь

Морской микробентос [ править ]

Скала архей - это глубокая океаническая скала, в которой обитали черви, поедавшие архей, питающихся метаном.

Морской микробентос - это микроорганизмы, обитающие в придонной зоне океана, которые обитают вблизи или на морском дне, внутри или на поверхностных донных отложениях. Слово бентос происходит от греческого языка, что означает «глубина моря». Микробентос встречается повсюду на дне континентальных шельфов или около него, а также в более глубоких водах с большим разнообразием в донных отложениях или на них. На мелководье особенно богатыми средами обитания являются луга водорослей , коралловые рифы и леса водорослей. В фотических зонах преобладают бентосные диатомеи как фотосинтезирующие организмы. В приливных зонах меняющиеся приливы сильно ограничивают возможности микробентоса.

  • Эльфидиум - широко распространенный и многочисленный род бентосных ямок.

  • Heterohelix , вымерший род бентосных форам

И фораминиферы, и диатомеи имеют планктонную и бентосную формы, то есть они могут дрейфовать в толще воды или жить на отложениях на дне океана. В любом случае их раковины оказываются на морском дне после смерти. Эти оболочки широко используются в качестве климатических заместителей . Химический состав раковин является следствием химического состава океана на момент их образования. Температуры воды в прошлом также можно определить по соотношению стабильных изотопов кислорода.в оболочках, поскольку более легкие изотопы легче испаряются в более теплой воде, оставляя более тяжелые изотопы в оболочках. Информацию о климате в прошлом можно получить еще больше, исходя из обилия форам и диатомовых водорослей, поскольку они обычно более многочисленны в теплой воде. [226]

Внезапное вымирание, унесшее жизни динозавров 66 миллионов лет назад, также привело к исчезновению трех четвертей всех других видов животных и растений. Однако впоследствии глубоководные бентосные форамы процветали. В 2020 году сообщалось, что исследователи изучили химический состав тысяч образцов этих бентосных образований и использовали свои выводы для создания самой подробной климатической записи Земли за всю историю. [227] [228]

Некоторые эндолиты имеют чрезвычайно долгую жизнь. В 2013 году исследователи сообщили об обнаружении эндолитов на дне океана, возраст которых, возможно, составляет миллионы лет, а время генерации - 10 000 лет. [229] Они медленно метаболизируются и не находятся в состоянии покоя. Возраст некоторых актинобактерий, обнаруженных в Сибири , оценивается в полмиллиона лет. [230] [231] [232]

Морские микробиомы [ править ]

Симбиоз и холобионты [ править ]

Основные типы микробных симбиозов
(A) Микробные взаимодействия варьируются от взаимовыгодных до вредных для одного или нескольких партнеров. Синие двуглавые стрелки указывают на то, что отношения между классификациями могут меняться, часто под влиянием условий окружающей среды. (B) Симбиоз микробов и хозяев следует рассматривать в контексте микробных сообществ, в которых хозяин участвует во множественных и часто различных симбиотических отношениях. (C) Сообщества микробов находятся под влиянием различных симбиозов микробов и микробов, начиная от сотрудничества (например, синтрофии или совместного метаболизма) до конкуренции. Стрелки обозначают общие положительные (синие) и отрицательные (красные) результаты для одного (одиночная стрелка) или обоих (двойная стрелка) участников. Обратите внимание: как и в случае симбиоза хозяин-микроб, эти отношения можно рассматривать как жидкие, и на них влияют условия окружающей среды. [233]

Концепция холобионта была первоначально определена доктором Линн Маргулис в ее книге 1991 года « Симбиоз как источник эволюционных инноваций» как совокупность хозяина и многих других видов, живущих внутри или вокруг него, которые вместе образуют дискретную экологическую единицу . [234] Компоненты холобионта - это отдельные виды или бионты , в то время как объединенный геном всех бионтов является хологеномом . [235]

Эта концепция впоследствии эволюционировала, начиная с этого первоначального определения [236], с акцентом на микробные виды, связанные с хозяином. Таким образом, холобионт включает в себя хозяина, вирома , микробиома и других членов, все из которых тем или иным образом вносят свой вклад в функцию целого. [237] [238] Холобионт обычно включает в себя эукариот- хозяина и все симбиотические вирусы , бактерии , грибы и т. Д., Которые живут на нем или внутри него. [239]

Однако существуют разногласия по поводу того, можно ли рассматривать холобионтов как единые эволюционные единицы. [240]

  • Коралловый холобионт [241]

  • Губка холобионт [242]

  • Морской холобионт [243]

  • Изменение климата и родолит-холобионт [244]

Кораллы-строители рифов - это хорошо изученные холобионты, которые включают в себя сам коралл (эукариотическое беспозвоночное в классе Anthozoa ), фотосинтетические динофлагелляты, называемые зооксантеллами ( Symbiodinium ), и связанные с ними бактерии и вирусы. [245] Модели коэволюции существуют для сообществ коралловых микробов и филогении кораллов. [246]

Морская пищевая сеть [ править ]

Морская экспортная продукция

Морские микроорганизмы играют центральную роль в морской пищевой сети .

Путь вирусного шунтирования - это механизм, который предотвращает миграцию органических микробных частиц (ПОМ) морских микробов на трофические уровни за счет их рециркуляции в растворенное органическое вещество (РОВ), которое может легко поглощаться микроорганизмами. [247] Вирусное шунтирование помогает поддерживать разнообразие в микробной экосистеме, предотвращая доминирование одного вида морских микробов в микросреде. [248] РОВ, рециркулируемое путем вирусного шунтирования, сопоставимо с количеством, генерируемым другими основными источниками морского РОВ. [249]

Морская микробная петля
Роль грибов в морском углеродном цикле [250]
Путь вирусного шунтирования облегчает поток растворенных органических веществ (РОВ) и твердых частиц (РОВ) через морскую пищевую сеть.
  • Pelagibacter ubique , самая многочисленная бактерия в океане, играет важную роль в глобальном углеродном цикле .

  • Морской снег - это поток органических частиц, который падает из верхних вод в глубины океана [251]. Он является основным экспортером углерода.
Размер и классификация морских частиц [252] По материалам
Simon et al., 2002. [253]

Нишевые сообщества [ править ]

Сообщество водорослей и бактерий под антарктическим морским льдом
Черный курильщик в части High Rise Hydrothermal Vents .
Бактерии могут принести пользу. Этот червь Помпеи , экстремофил, обитающий только в гидротермальных источниках , имеет защитную оболочку из симбиотических бактерий .

Микробные сообщества морского льда (SIMCO) относятся к группам микроорганизмов, живущих внутри и на границах морского льда на полюсах. Ледяная матрица, в которой они обитают, имеет сильные вертикальные градиенты солености, света, температуры и питательных веществ. На химический состав морского льда больше всего влияет соленость рассола, которая влияет на pH и концентрацию растворенных питательных веществ и газов. Рассола образуется во время плавления морского льда создает поры и каналы в морском льде , в которой эти микробы могут жить. В результате этих градиентов и динамических условий более высокая численность микробов обнаруживается в нижнем слое льда, хотя некоторые из них обнаруживаются в среднем и верхнем слоях. [254]

Гидротермальные жерла расположены там, где тектонические плиты раздвигаются и расширяются. Это позволяет воде из океана попадать в земную кору, где она нагревается магмой. Повышение давления и температуры заставляет воду обратно выходить из этих отверстий, на выходе вода накапливает растворенные минералы и химические вещества из камней, с которыми она сталкивается. Вентиляционные отверстия можно охарактеризовать по температуре и химическому составу как диффузные вентиляционные отверстия, которые выпускают прозрачную относительно прохладную воду, обычно ниже 30 ° C, как белые курильщики, которые выделяют воду молочного цвета при более высоких температурах, примерно 200-330 ° C, и как черные курильщикикоторые выделяют воду, затемненную из-за скопившихся осадков сульфида при высоких температурах, около 300-400 ° C. [255]

Микробные сообщества гидротермальных жерл представляют собой микроскопические одноклеточные организмы, которые живут и размножаются в химически обособленной области вокруг гидротермальных жерл. К ним относятся организмы в микробных матах , свободно плавающие клетки и бактерии в эндосимбиотических отношениях с животными. Поскольку на этих глубинах нет солнечного света, энергия обеспечивается хемосинтезом, когда симбиотические бактерии и археи образуют основание пищевой цепи и способны поддерживать множество организмов, таких как гигантские трубчатые черви и черви Помпеи . Эти организмы используют эти симбиотические отношения, чтобы использовать и получать химическую энергию, которая выделяется в этих гидротермальных жерлах. [256] Хемолитоавтотрофные бактерии получают питательные вещества и энергию в результате геологической активности в гидротермальном источнике, чтобы закрепить углерод в органических формах.

Вирусы также являются частью микробного сообщества гидротермальных источников, и их влияние на микробную экологию в этих экосистемах является развивающейся областью исследований. [257] Вирусы - это самая многочисленная жизнь в океане, являющаяся самым большим резервуаром генетического разнообразия. [258] Поскольку их инфекции часто заканчиваются смертельным исходом, они представляют собой значительный источник смертности и, таким образом, имеют широкое влияние на биологические океанографические процессы, эволюцию и биогеохимические циклы в океане. [259] Однако были обнаружены доказательства того, что вирусы, обнаруженные в жерловых средах обитания, приняли более мутуалистический, чем паразитарный характер.эволюционная стратегия, направленная на выживание в экстремальной и изменчивой среде, в которой они существуют. [260] Было обнаружено, что в глубоководных гидротермальных жерлах имеется большое количество вирусов, что указывает на высокую вирусную продукцию. [261] Как и в других морских средах, глубоководные гидротермальные вирусы влияют на численность и разнообразие прокариот и, следовательно, влияют на биогеохимический цикл микробов, лизируя своих хозяев для размножения. [262]Однако, в отличие от их роли в качестве источника смертности и контроля над популяциями, вирусы также постулируются как повышающие выживаемость прокариот в экстремальных условиях окружающей среды, выступая в качестве резервуаров генетической информации. Таким образом, считается, что взаимодействие виросферы с микроорганизмами в условиях стресса окружающей среды способствует выживанию микроорганизмов за счет распространения генов-хозяев посредством горизонтального переноса генов . [263]

Глубокая биосфера и темная материя [ править ]

Флуоресцентная микроскопия различных пикопланктонов в океане, многие из которых не могут быть эффективно изучены, поскольку они сопротивляются попыткам лабораторного культивирования.

Глубокая биосфера является частью биосферы , которая находится ниже первых несколько метров от поверхности. Он простирается как минимум на 5 км ниже поверхности материка и на 10,5 км ниже поверхности моря, а температура может превышать 100 ° C.

Над поверхностью живые организмы потребляют органическое вещество и кислород. Ниже они недоступны, поэтому в них используются «съедобные» ( доноры электронов ), такие как водород, выделяемый из горных пород в результате различных химических процессов, метан, восстановленные соединения серы и аммоний. Они «дышат» акцепторами электронов, такими как нитраты и нитриты, оксиды марганца и железа, окисленные соединения серы и диоксид углерода.

На больших глубинах очень мало энергии, а метаболизм может быть в миллион раз медленнее, чем на поверхности. Клетки могут жить тысячи лет до деления, и их возраст неизвестен. Под поверхностью приходится около 90% биомассы бактерий и архей и 15% общей биомассы биосферы. Встречаются также эукариоты, в основном микроскопические, но в том числе и многоклеточные. Также присутствуют вирусы, которые заражают микробы.

Неидентифицированный сферический водорослевой микроорганизм, часть микробной темной материи
Подземная среда обитания

В 2018 году исследователи из Deep Carbon Observatory объявили, что формы жизни , включая 70% бактерий и архей на Земле, общая биомасса которых составляет 23 миллиарда тонн углерода , живут на глубине до 4,8 км (3,0 мили) под землей, включая 2,5 км ( 1,6 мили) ниже морского дна. [264] [265] [266] В 2019 году были обнаружены микробные организмы, живущие на глубине 7 900 футов (2400 м) под поверхностью, дышащие серой и поедающие камни, такие как пирит, в качестве обычного источника пищи. [267] [268] [269] Это открытие произошло в старейшей известной воде на Земле. [270]

Эти аэробные микроорганизмы, обнаруженные глубоко в бедных органическими веществами отложениях, пребывают в квази-приостановленном состоянии примерно 100 миллионов лет.

В 2020 году исследователи сообщили, что они обнаружили то, что могло быть самой долгоживущей формой жизни: аэробные микроорганизмы, которые находились в квази-приостановленном состоянии до 101,5 миллиона лет. Микроорганизмы были обнаружены в бедных органическими веществами отложениях на 68,9 метра (226 футов) ниже морского дна в Южно-Тихоокеанском круговороте (SPG), «самом мертвом месте в океане». [271] [272]

На сегодняшний день биологам не удалось культивировать в лабораторных условиях подавляющее большинство микроорганизмов. В особенности это относится к бактериям и архее, и происходит из-за недостатка знаний или способности обеспечить требуемые условия роста. [273] [274] Термин микробная темная материя стал использоваться для описания микроорганизмов, которые, как известно ученым, существуют, но не смогли культивировать, и поэтому их свойства остаются неуловимыми. [273] Темная материя микробов не связана с темной материей.физики и космологии, но называется так из-за сложности ее эффективного изучения. Трудно оценить его относительную величину, но согласно принятой общей оценке, менее одного процента видов микробов в данной экологической нише подлежат культивированию. В последние годы прилагаются усилия для расшифровки большей части темной материи микробов путем изучения последовательности их геномной ДНК из образцов окружающей среды [275], а затем путем получения информации об их метаболизме из секвенированного генома, продвигая знания, необходимые для их культивирования.

Разнообразие микробов [ править ]

Оценка количества видов микробов в трех сферах жизни
Бактерии - самая древняя и наиболее биологически разнообразная группа, за ними следуют археи и грибы (самые новые группы). В 1998 году, еще до того, как стало известно о масштабах микробной жизни, Роберт М. Мэй [276] подсчитал, что на планете существует 3 миллиона видов живых организмов. Но в 2016 году Лоси и Леннон [277] подсчитали, что количество видов микроорганизмов может достигать 1 триллиона. [278]
Сравнительное представление известного и оцененного (маленькая рамка) и еще неизвестного (большая рамка) микробного разнообразия, которое применимо как к морским, так и к наземным микроорганизмам. Текстовые поля относятся к факторам, которые отрицательно влияют на знания о микробном разнообразии, существующем на планете. [278]

Методы отбора проб [ править ]

Стратегии отбора проб планктона по размерным классам и численности
. Синий фон указывает отфильтрованный объем, необходимый для получения достаточного количества организмов для анализа.
Фактические объемы, из которых берутся пробы организмов, всегда записываются. [279]

Идентификация микроорганизмов [ править ]

Большие объемы проб планктона можно быстро проанализировать
с помощью современных методов визуализации. [279]
Большие объемы образцов планктона также можно быстро проанализировать с помощью методов секвенирования . [279]

Традиционно предполагалась филогения микроорганизмов и устанавливалась их таксономия на основе исследований морфологии . Однако развитие молекулярной филогенетики позволило установить эволюционное родство видов путем анализа более глубоких характеристик, таких как их ДНК и белковые последовательности, например рибосомная ДНК . [280] Отсутствие легкодоступных морфологических признаков, например, у животных и растений., особенно препятствовало ранним усилиям по классификации бактерий и архей. Это привело к ошибочной, искаженной и запутанной классификации, примером которой, как отметил Карл Вёзе , является Pseudomonas , этимология которой по иронии судьбы совпадает с ее таксономией, а именно «ложная единица». [281] Многие бактериальные таксоны были переклассифицированы или переопределены с использованием молекулярной филогенетики.

Штрих-кодирование
Pelagibacter ubique , самая распространенная бактерия в океане
Marinomonas arctica , бактерия, которая растет во льдах Арктики при отрицательных температурах.
Было бы трудно последовательно разделить эти два микроба, используя только изображения. Однако, если их штрих-коды выровнены друг к другу, а их основания окрашены, чтобы их можно было более четко видеть, становится легко увидеть, какие основания отличаются у этих двух микробов. Таким образом можно различать миллионы различных видов микробов. [282]
Выравнивание штрих-кода ДНК и сравнение
двух видов морских бактерий, изображенных выше [282]
Методы изучения фитопланктона
Три различных варианта обработки образца: использование сырых образцов, фиксация или консервация и фильтрация. Для микроскопии и проточной цитометрии необработанные образцы либо измеряются немедленно, либо их необходимо зафиксировать для последующих измерений. Поскольку молекулярные методы, анализ пигментов и обнаружение молекулярных индикаторов обычно требуют концентрированных клеток, остатки фильтров служат для измерения фитопланктона. Молекулярная характеристика и количественное определение следов молекул выполняется с помощью хроматографии , масс-спектрометрии и спектроскопии ядерного магнитного резонанса . [283]

Недавние разработки в области молекулярного секвенирования позволили извлекать геномы in situ непосредственно из образцов окружающей среды и избежать необходимости культивирования. Это привело, например, к быстрому расширению знаний о разнообразии бактериальных типов . Эти методы представляют собой метагеномику с разрешением генома и геномику одной клетки .

Новые технологии секвенирования и накопление данных о последовательностях привели к смене парадигмы, подчеркнув как повсеместное распространение микробных сообществ в ассоциации внутри высших организмов, так и критическую роль микробов в здоровье экосистемы. [285] Эти новые возможности произвели революцию в микробной экологии , поскольку высокопроизводительный анализ геномов и метагеномов обеспечивает эффективные методы для определения функционального потенциала отдельных микроорганизмов, а также целых сообществ в их естественной среде обитания. [286] [287] [288]

Использование данных omics [ править ]

Технологии секвенирования ДНК, используемые в морской метагеномике
Процесс открытия включает в себя отбор морских образцов, секвенирование ДНК и создание контигов . Открываются ранее неизвестные гены, пути и даже целые геномы. Эти технологии редактирования генома используются для извлечения и модификации ценных микроорганизмов для производства, особенно в морской метагеномике. Организмы могут быть культивируемыми или невозделываемыми. Метагеномика предоставляет особенно ценную информацию о невозделываемых образцах. [289]

Омика - это термин, неформально используемый для обозначения разделов биологии , названия которых оканчиваются на суффикс -омика , таких как геномика , протеомика , метаболомика и гликомика . Omics нацелена на коллективную характеристику и количественную оценку пулов биологических молекул, которые преобразуются в структуру, функции и динамику организма или организмов. Например, функциональная геномика направлена ​​на определение функций как можно большего числа генов данного организма. Он сочетает в себе различные методы -омики, такие как транскриптомика и протеомика, с насыщенными коллекциями мутантов . [290][291]

Многие омы, выходящие за рамки исходного генома , стали полезными и получили широкое распространение в последние годы учеными-исследователями. Суффикс -omics может облегчить инкапсуляцию поля; например, исследование интерактомики достаточно узнаваемо как относящееся к крупномасштабному анализу взаимодействий ген-ген, белок-белок или белок-лиганд, в то время как протеомика стала термином для изучения белков в крупном масштабе.

Любая методика омики, используемая сама по себе, не может адекватно разобраться в тонкостях микробиома хозяина . Подходы мультиомикса необходимы, чтобы удовлетворительно разгадать сложности взаимодействия хозяина и микробиома. [292] Например, метагеномика , metatranscriptomics , metaproteomics и метаболомики методы все используются , чтобы предоставить информацию о метагенома . [293]

Биогеохимическое моделирование на основе метаомических данных [294]
Схематическая концептуальная основа для морского биогеохимического моделирования на основе данных окружающей среды, изображений и мета-омики. [295] Полуавтоматический вычислительный конвейер схематически объединяет биомаркеры с биогеохимическими данными [296], которые могут быть включены в классические биогеохимические модели [297] для создания следующего поколения мета-моделей, основанных на биогеохимических характеристиках, с учетом их соответствующих характеристик. . Такие новаторские подходы, основанные на метаомике, направлены на улучшение мониторинга и прогнозирования океанических процессов с учетом сложности планктонной системы. [298] [299]
Использование данных omics с морским фитопланктоном [300]
В качестве примера того, как омикс-данные могут использоваться с морским фитопланктоном для информирования науки о системе Земли , были использованы последовательности метатранскриптомов из естественных сообществ фитопланктона для определения физиологических признаков (клеточная концентрация рибосом и их рРНК ), лежащих в основе адаптации к условиям окружающей среды (температуре). Механистическая модель клеток фитопланктона была использована для проверки значимости идентифицированного физиологического признака для клеточной стехиометрии.. Отбор окружающей среды в модели глобальной морской экосистемы, основанной на признаках, затем связывал стратегии эмерджентного роста и распределения клеток с крупномасштабными моделями света, питательных веществ и температуры в поверхностной морской среде. Глобальные прогнозы распределения клеточных ресурсов и стехиометрии (отношение N: P) согласовывались с закономерностями в данных метатранскриптома [301] и широтными моделями элементных соотношений морского планктона и органического вещества. [302] Трехмерное изображение рибосомы показывает рРНК темно-синим и темно-красным цветом. Более светлые цвета представляют рибосомальные белки . Полосы выше показывают зависящее от температуры изобилие эукариотического рибосомного белка S14. [301]


Видеть...

  • Брювер, Дж. Д. и Бак-Визе, Х. (2018) «Чтение Книги Жизни - Омики как универсального инструмента для разных дисциплин» . В: YOUMARES 8 - Океаны через границы: учимся друг у друга , страницы 73–82. Springer. ISBN  9783319932842 .

Антропогенные воздействия [ править ]

Микроорганизмы и изменение климата в морских и наземных биомах [6]

В морской среде первичная продукция микробов в значительной степени способствует связыванию CO 2 . Морские микроорганизмы также перерабатывают питательные вещества для использования в морской пищевой сети и в процессе выделяют CO 2 в атмосферу. Микробная биомасса и другие органические вещества (остатки растений и животных) превращаются в ископаемое топливо в течение миллионов лет. Напротив, сжигание ископаемого топлива выделяет парниковые газы за небольшую часть этого времени. В результате углеродный цикл выходит из равновесия, и уровни CO 2 в атмосфере будут продолжать расти, пока продолжают сжигаться ископаемые виды топлива. [6]

Микроорганизмы играют ключевую роль в круговороте углерода и питательных веществ, здоровье животных (включая человека) и растений, сельском хозяйстве и глобальной пищевой сети. Микроорганизмы обитают во всех средах на Земле, которые населены макроскопическими организмами, и они являются единственными формами жизни в других средах, таких как глубокие недра и «экстремальные» среды. Микроорганизмы восходят к зарождению жизни на Земле по крайней мере 3,8 миллиарда лет назад, и они, вероятно, будут существовать далеко за пределами любых будущих событий исчезновения ... Если мы не осознаем важность микробных процессов, мы фундаментально ограничим наше понимание биосферы Земли и реакции к изменению климата и, таким образом, ставят под угрозу усилия по созданию экологически устойчивого будущего. [6]

См. Также [ править ]

  • морская жизнь
  • Максимум глубокого хлорофилла
  • Гавайи Океан Временной ряд
  • Международная перепись морских микробов
  • Симбиоз морских микробов
  • Микробная биогеография
  • Микробные сообщества
  • Микробная экология
  • Микробная пищевая сеть
  • Микробная петля
  • Микробное окисление серы
    • Сульфатредуцирующие микроорганизмы
  • Осадочная структура, вызванная микробами
  • Микробиология зон кислородного минимума
  • Углеродный цикл океана
  • Ooid
  • Пикоэукариот
  • Розеобактер

Ссылки [ править ]

  1. ^ а б Мэдиган М; Мартинко Дж, ред. (2006). Брок Биология микроорганизмов (13-е изд.). Pearson Education. п. 1096. ISBN 978-0-321-73551-5.
  2. ^ а б Рыбицкий EP (1990). «Классификация организмов на пороге жизни, или проблемы с вирусной систематикой». Южноафриканский научный журнал . 86 : 182–6. ISSN 0038-2353 . 
  3. ^ а б Lwoff A (1956). «Понятие о вирусе» . Журнал общей микробиологии . 17 (2): 239–53. DOI : 10.1099 / 00221287-17-2-239 . PMID 13481308 . 
  4. ^ a b c Бар-Он, YM; Филлипс, Р. Майло, Р. (2018). «Распределение биомассы на Земле» . PNAS . 115 (25): 6506–6511. DOI : 10.1073 / pnas.1711842115 . PMC 6016768 . PMID 29784790 .  
  5. Census Of Marine Life, доступ 29 октября 2020 г.
  6. ^ a b c d Кавиккьоли, Рикардо; Ripple, Уильям Дж .; Тиммис, Кеннет Н .; Азам, Фарук; Баккен, Ларс Р .; Бейлис, Мэтью; Беренфельд, Майкл Дж .; Боэтиус, Антье; Бойд, Филип У .; Classen, Aimée T .; Crowther, Thomas W .; Дановаро, Роберто; Форман, Кристина М .; Huisman, Jef; Хатчинс, Дэвид А .; Янссон, Джанет К .; Карл, Дэвид М .; Коскелла, Бритт; Марк Уэлч, Дэвид Б.; Мартини, Дженнифер Б.Х .; Моран, Мэри Энн; Сирота, Виктория Дж .; Reay, David S .; Ремайс, Джастин В .; Рич, Вирджиния I .; Сингх, Бражеш К .; Штейн, Лиза Ю.; Стюарт, Фрэнк Дж .; Салливан, Мэтью Б.; и другие. (2019). «Предупреждение ученых человечеству: микроорганизмы и изменение климата» . Обзоры природы микробиологии . 17 (9): 569–586. Дои: 10.1038 / s41579-019-0222-5 . PMC  7136171 . PMID  31213707 . Материал был скопирован из этого источника, доступного по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  7. ^ Bolhuis, H. и Cretoiu, MS (2016) «Что такого особенного в морских микроорганизмах?». В: LJ Stal и MS Cretoiu (Eds.) The Marine Microbiome , страницы 3–20, Springer. ISBN 9783319330006 
  8. ^ «Функции глобального океанического микробиома ключ к пониманию изменений окружающей среды» . www.sciencedaily.com . Университет Джорджии. 10 декабря 2015 . Проверено 11 декабря 2015 .
  9. ^ a b Данные ВОЗ о смертности за 2002 г., по состоянию на 20 января 2007 г.
  10. Уэйд, Николас (25 июля 2016 г.). «Познакомьтесь с Лукой, прародителем всего живого» . Нью-Йорк Таймс . Проверено 25 июля +2016 .
  11. ^ Suttle, CA (2005). «Вирусы в море». Природа . 437 (9): 356–361. Bibcode : 2005Natur.437..356S . DOI : 10,1038 / природа04160 . PMID 16163346 . S2CID 4370363 .  
  12. ^ a b Glöckner, FO, Gasol, JM, McDonough, N., Calewaert, JB et al. (2012) Разнообразие морских микробов и его роль в функционировании экосистем и изменении окружающей среды . Европейский научный фонд , меморандум 17. ISBN 978-2-918428-71-8 
  13. ^ «Функции глобального океанического микробиома ключ к пониманию изменений окружающей среды» . www.sciencedaily.com . Университет Джорджии. 10 декабря 2015 . Проверено 11 декабря 2015 .
  14. ^ Suttle, CA (2005). «Вирусы в море». Природа . 437 (9): 356–361. Bibcode : 2005Natur.437..356S . DOI : 10,1038 / природа04160 . PMID 16163346 . S2CID 4370363 .  
  15. ^ Шорс с. 5
  16. ^ Шорс с. 593
  17. ^ a b c Саттл CA. Морские вирусы - основные игроки в глобальной экосистеме. Обзоры природы микробиологии . 2007. 5 (10): 801–12. DOI : 10.1038 / nrmicro1750 . PMID 17853907 . 
  18. Живые бактерии перемещаются по воздушным потокам Земли, Смитсоновский журнал , 11 января 2016 г.
  19. Роббинс, Джим (13 апреля 2018 г.). «Триллионы и триллионы вирусов падают с неба каждый день» . Нью-Йорк Таймс . Проверено 14 апреля 2018 года .
  20. ^ Reche, Изабель; Д'Орта, Гаэтано; Младенов, Натали; Winget, Danielle M; Саттл, Кертис А. (29 января 2018 г.). «Скорость осаждения вирусов и бактерий над пограничным слоем атмосферы» . Журнал ISME . 12 (4): 1154–1162. DOI : 10.1038 / s41396-017-0042-4 . PMC 5864199 . PMID 29379178 .  
  21. ^ Персонал (2014). «Биосфера» . Институт глобальных изменений Аспена . Проверено 10 ноября 2014 года .
  22. ^ a b c Чой, Чарльз К. (17 марта 2013 г.). «Микробы процветают в самом глубоком месте на Земле» . LiveScience . Проверено 17 марта 2013 года .
  23. ^ Глуд, Ронни; Венцхёфер, Франк; Мидделбо, Матиас; Огури, Казумаса; Turnewitsch, Роберт; Кэнфилд, Дональд Э .; Китазато, Хироши (17 марта 2013 г.). «Высокие скорости микробного круговорота углерода в отложениях в самой глубокой океанической впадине на Земле». Природа Геонауки . 6 (4): 284–288. Bibcode : 2013NatGe ... 6..284G . DOI : 10.1038 / ngeo1773 .
  24. ^ Оськин, Бекки (14 марта 2013). «Внутриземные цивилизации: жизнь процветает на дне океана» . LiveScience . Проверено 17 марта 2013 года .
  25. ^ Morelle, Ребекка (15 декабря 2014). «Микробы , обнаруженные глубокой морской буровой проанализирован» . BBC News . Проверено 15 декабря 2014 .
  26. ^ Takai K; Накамура К; Toki T; Цуногай У; и другие. (2008). «Клеточная пролиферация при 122 ° C и производство изотопно тяжелого CH4 гипертермофильным метаногеном при культивировании под высоким давлением» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 105 (31): 10949–54. Bibcode : 2008PNAS..10510949T . DOI : 10.1073 / pnas.0712334105 . PMC 2490668 . PMID 18664583 .  
  27. Рианна Фокс, Дуглас (20 августа 2014 г.). «Озера подо льдом: тайный сад Антарктиды» . Природа . 512 (7514): 244–246. Bibcode : 2014Natur.512..244F . DOI : 10.1038 / 512244a . PMID 25143097 . 
  28. Мак, Эрик (20 августа 2014 г.). «Жизнь подтверждена под антарктическими льдами; что дальше - космос?» . Forbes . Проверено 21 августа 2014 .
  29. ^ Армбраст, EV; Палумби, SR (2015). «Раскрытие скрытых миров биоразнообразия океана». Наука . 348 (6237): 865–867. DOI : 10.1126 / science.aaa7378 . PMID 25999494 . S2CID 36480105 .  
  30. ^ Азам, Ф .; Малфатти, Ф. (2007). «Микробное структурирование морских экосистем». Обзоры природы микробиологии . 5 (10): 782–791. DOI : 10.1038 / nrmicro1747 . PMID 17853906 . S2CID 10055219 .  
  31. ^ Middelboe, M .; Брюссар, К. (2017). «Морские вирусы: ключевые игроки в морских экосистемах» . Вирусы . 9 (10): 302. DOI : 10,3390 / v9100302 . PMC 5691653 . PMID 29057790 .  
  32. ^ Кунин Е. В., Сенкевич Т., Dolja В.В.. Древний вирусный мир и эволюция клеток . Биология Директ . 2006; 1:29. DOI : 10.1186 / 1745-6150-1-29 . PMID 16984643 . 
  33. ^ a b Canchaya C, Fournous G, Chibani-Chennoufi S, Dillmann ML, Brüssow H. Фаг как агенты латерального переноса генов. Текущее мнение в микробиологии . 2003. 6 (4): 417–24. DOI : 10.1016 / S1369-5274 (03) 00086-9 . PMID 12941415 . 
  34. ^ а б Рыбицки, EP. Классификация организмов на пороге жизни или проблемы с систематикой вирусов. Южноафриканский научный журнал . 1990; 86: 182–186.
  35. ^ Кунин, Э.В. Старокадомский П. (октябрь 2016 г.). «Живы ли вирусы? Парадигма репликатора проливает решающий свет на старый, но ошибочный вопрос» . Исследования по истории и философии науки Часть C: Исследования по истории и философии биологических и биомедицинских наук . 59 : 125–134. DOI : 10.1016 / j.shpsc.2016.02.016 . PMC 5406846 . PMID 26965225 .  
  36. ^ Iyer LM, Balaji S, Koonin EV, Aravind L. Эволюционная геномика нуклео-цитоплазматических больших ДНК-вирусов. Вирусные исследования . 2006. 117 (1): 156–84. DOI : 10.1016 / j.virusres.2006.01.009 . PMID 16494962 . 
  37. ^ Санхуан Р., Небот М.Р., Чирико Н., Мански Л.М., Белшоу Р. Частота вирусных мутаций . Журнал вирусологии . 2010. 84 (19): 9733–48. DOI : 10,1128 / JVI.00694-10 . PMID 20660197 . 
  38. ^ Mahy WJ & Van Regenmortel MHV (ред.). Настольная энциклопедия общей вирусологии . Оксфорд: Academic Press; 2009. ISBN 0-12-375146-2 . п. 28. 
  39. ^ Вирусы живы? Парадигма репликатора проливает решающий свет на старый, но ошибочный вопрос . Исследования по истории и философии биологических и биомедицинских наук . 2016. doi : 10.1016 / j.shpsc.2016.02.016 . PMID 26965225 .  
  40. ^ Кунин, Э.В. Старокадомский П. (7 марта 2016 г.). «Живы ли вирусы? Парадигма репликатора проливает решающий свет на старый, но ошибочный вопрос» . Исследования по истории и философии биологических и биомедицинских наук . 59 : 125–34. DOI : 10.1016 / j.shpsc.2016.02.016 . PMC 5406846 . PMID 26965225 .  
  41. ↑ a b Mann, NH (17 мая 2005 г.). «Третий век фага» . PLOS Биология . 3 (5): 753–755. DOI : 10.1371 / journal.pbio.0030182 . PMC 1110918 . PMID 15884981 .  
  42. ^ Wommack KE, Колвелл RR. Вириопланктон: вирусы в водных экосистемах . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 2000. 64 (1): 69–114. DOI : 10.1128 / MMBR.64.1.69-114.2000 . PMID 10704475 . 
  43. ^ Саттл CA. Вирусы в море. Природа . 2005; 437: 356–361. DOI : 10,1038 / природа04160 . PMID 16163346 . Bibcode : 2005Natur.437..356S . 
  44. ^ Bergh O, Børsheim KY, Bratbak G, Heldal M. Большое количество вирусов, обнаруженных в водной среде. Природа . 1989. 340 (6233): 467–8. DOI : 10.1038 / 340467a0 . PMID 2755508 . Bibcode : 1989Natur.340..467B . 
  45. ^ Wigington CH, Sonderegger D, Brussaard CPD, Buchan A, Finke JF, Fuhrman JA, Lennon JT, Middelboe M, Suttle CA, Stock C, Wilson WH, Wommack KE, Wilhelm SW, Weitz JS. Пересмотр взаимосвязи между морским вирусом и численностью микробных клеток. Природная микробиология . 2016; 1: 15024. DOI : 10.1038 / nmicrobiol.2015.24 . PMID 27572161 . 
  46. ^ Brum JR, Шенк RO, Sullivan MB (сентябрь 2013). «Глобальный морфологический анализ морских вирусов показывает минимальную региональную изменчивость и преобладание нехвостых вирусов» . Журнал ISME . 7 (9): 1738–51. DOI : 10.1038 / ismej.2013.67 . PMC 3749506 . PMID 23635867 .  
  47. ^ Krupovic M, Бэмфорд DH (2007). «Предполагаемые профаги, связанные с литическим бесхвостым морским фагом дцДНК PM2, широко распространены в геномах водных бактерий» . BMC Genomics . 8 : 236. DOI : 10.1186 / 1471-2164-8-236 . PMC 1950889 . PMID 17634101 .  
  48. Перейти ↑ Xue H, Xu Y, Boucher Y, Polz MF (2012). «Высокая частота нового нитчатого фага, VCY φ, в популяции холерного вибриона окружающей среды» . Прикладная и экологическая микробиология . 78 (1): 28–33. DOI : 10,1128 / AEM.06297-11 . PMC 3255608 . PMID 22020507 .  
  49. ^ Ру S, Krupovic М, Пуля А, Debroas D, Enault F (2012). «Эволюция и разнообразие вирусного семейства Microviridae посредством коллекции из 81 нового полного генома, собранных из виромных ридов» . PLOS ONE . 7 (7): e40418. Bibcode : 2012PLoSO ... 740418R . DOI : 10.1371 / journal.pone.0040418 . PMC 3394797 . PMID 22808158 .  
  50. ^ Кауфман, Кэтрин М .; Хуссейн, Фатима А .; Ян, радость; Аревало, Филипп; Браун, Юлия М .; Чанг, Уильям К .; ВанИнсберге, Дэвид; Эльшербини, Джозеф; Sharma, Radhey S .; Катлер, Майкл Б .; Келли, Либуша; Польз, Мартин Ф. (2018). «Основная линия нехвостых вирусов дцДНК как непризнанных убийц морских бактерий» . Природа . 554 (7690): 118–122. Bibcode : 2018Natur.554..118K . DOI : 10.1038 / nature25474 . PMID 29364876 . S2CID 4462007 .  
  51. ^ Ученые обнаружили новый тип вируса в Мировом океане: Autolykiviridae , на: sci-news, 25 января 2018 г.
  52. ^ Никогда ранее не замеченные вирусы со странной ДНК были только что обнаружены в океане , в: научное оповещение , 25 января 2018 г.
  53. ^ NCBI: Autolykiviridae (семейство) - неклассифицированные вирусы дцДНК
  54. ^ Лоуренс CM, Менон S, Эйлерс BJ и др. . Структурно-функциональные исследования вирусов архей . Журнал биологической химии . 2009. 284 (19): 12599–603. DOI : 10.1074 / jbc.R800078200 . PMID 19158076 . 
  55. ^ Прангишвили D, Фортер P, Garrett RA. Вирусы архей: объединяющая точка зрения. Обзоры природы микробиологии . 2006. 4 (11): 837–48. DOI : 10.1038 / nrmicro1527 . PMID 17041631 . 
  56. ^ Прангишвили Д, Гарретт РА. Исключительно разнообразные морфотипы и геномы гипертермофильных вирусов кренархей. Труды биохимического общества . 2004. 32 (Pt 2): 204–8. DOI : 10.1042 / BST0320204 . PMID 15046572 . 
  57. ^ Саттл CA. Вирусы в море. Природа . 2005. 437 (7057): 356–61. DOI : 10,1038 / природа04160 . PMID 16163346 . Bibcode : 2005Natur.437..356S . 
  58. ^ www.cdc.gov. Вредное цветение водорослей: Red Tide: Home [Дата обращения 19 декабря 2014].
  59. ^ Forterre P, Philippe H. Последний универсальный общий предок (LUCA), простой или сложный ?. Биологический бюллетень . 1999. 196 (3): 373–5; обсуждение 375–7. DOI : 10.2307 / 1542973 . PMID 11536914 . 
  60. ^ Abrahão, Jônatas; Сильва, Лорена; Сильва, Людмила Сантос; Халил, Жак Яакуб Боу; Родригес, Родриго; Арантес, Талита; Ассис, Фелипе; Боратто, Пауло; Андраде, Мигель; Крун, Эрна Геессиен; Рибейро, Бергманн; Бержье, Иван; Селигманн, Эрве; Гиго, Эрик; Колсон, Филипп; Левассер, Энтони; Кремер, Гвидо; Рауль, Дидье; Скола, Бернар Ла (27 февраля 2018 г.). «Хвостатый гигант Тупанвирус обладает наиболее полным трансляционным аппаратом из известной виросферы» . Nature Communications . 9 (1): 749. Bibcode : 2018NatCo ... 9..749A . DOI : 10.1038 / s41467-018-03168-1 . PMC 5829246 . PMID  29487281 .
  61. ^ Bichell RE. «В гигантских вирусных генах намекает на их загадочное происхождение» . Все учтено .
  62. ^ Ван Эттен JL (июль – август 2011 г.). «Гигантские вирусы» . Американский ученый . 99 (4): 304–311. DOI : 10.1511 / 2011.91.304 .
  63. Перейти ↑ Legendre M, Arslan D, Abergel C, Claverie JM (январь 2012 г.). «Геномика мегавируса и неуловимая четвертая область жизни» . Коммуникативная и интегративная биология . 5 (1): 102–6. DOI : 10,4161 / cib.18624 . PMC 3291303 . PMID 22482024 .  
  64. Schulz F, Yutin N, Иванова NN, Ortega DR, Lee TK, Vierheilig J, Daims H, Horn M, Wagner M, Jensen GJ, Kyrpides NC, Koonin EV, Woyke T (апрель 2017 г.). «Гигантские вирусы с расширенным набором компонентов системы перевода» (PDF) . Наука . 356 (6333): 82–85. Bibcode : 2017Sci ... 356 ... 82S . DOI : 10.1126 / science.aal4657 . PMID 28386012 . S2CID 206655792 .   
  65. ^ Бэкстрем D, Yutin N, Йоргенсен SL, Dharamshi Дж, Хома Ж, Заремба-Niedwiedzka К, Спанг А, Вольф Ю.И., Кунин Е.В., Ettema TJ (март 2019). «Геномы вирусов из глубоководных отложений расширяют океанический мегавиром и поддерживают независимое происхождение вирусного гигантизма» . mBio . 10 (2): e02497-02418. DOI : 10,1128 / mBio.02497-18 . PMC 6401483 . PMID 30837339 .  
  66. ^ Фредриксон JK, Zachara JM, Balkwill DL, Кеннеди D, Li SM, Kostandarithes HM, Daly MJ, Ромайн MF, Брокман FJ (2004). «Геомикробиология высокоактивных отложений вадозы, загрязненных ядерными отходами, на участке Хэнфорд, штат Вашингтон» . Прикладная и экологическая микробиология . 70 (7): 4230–41. DOI : 10,1128 / AEM.70.7.4230-4241.2004 . PMC 444790 . PMID 15240306 .  
  67. ^ Вёзе CR, Kandler О, Уилис М. Л. (1990). «К естественной системе организмов: предложение о доменах архей, бактерий и эукариев» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 87 (12): 4576–9. Бибкод : 1990PNAS ... 87.4576W . DOI : 10.1073 / pnas.87.12.4576 . PMC 54159 . PMID 2112744 .  
  68. ^ Schopf JW (1994). «Несопоставимые скорости, разные судьбы: темп и способ эволюции изменились от докембрия к фанерозою» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 91 (15): 6735–42. Bibcode : 1994PNAS ... 91.6735S . DOI : 10.1073 / pnas.91.15.6735 . PMC 44277 . PMID 8041691 .  
  69. Перейти ↑ DeLong EF, Pace NR (2001). «Экологическое разнообразие бактерий и архей». Систематическая биология . 50 (4): 470–8. CiteSeerX 10.1.1.321.8828 . DOI : 10.1080 / 106351501750435040 . PMID 12116647 .  
  70. Перейти ↑ Brown JR, Doolittle WF (1997). «Археи и переход от прокариот к эукариотам» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 61 (4): 456–502. DOI : 10.1128 / .61.4.456-502.1997 . PMC 232621 . PMID 9409149 .  
  71. ^ Dyall, Sabrina D .; Браун, Марк Т .; Джонсон, Патриция Дж. (9 апреля 2004 г.). «Древние вторжения: от эндосимбионтов до органелл» . Наука . 304 (5668): 253–257. Bibcode : 2004Sci ... 304..253D . DOI : 10.1126 / science.1094884 . ISSN 0036-8075 . PMID 15073369 . S2CID 19424594 .   
  72. Перейти ↑ Poole AM, Penny D (2007). «Оценка гипотез происхождения эукариот» . BioEssays . 29 (1): 74–84. DOI : 10.1002 / bies.20516 . PMID 17187354 . S2CID 36026766 .  
  73. ^ Lang BF, Серый MW, Burger G (1999). «Эволюция митохондриального генома и происхождение эукариот». Ежегодный обзор генетики . 33 : 351–97. DOI : 10.1146 / annurev.genet.33.1.351 . PMID 10690412 . 
  74. Перейти ↑ McFadden GI (1999). «Эндосимбиоз и эволюция растительной клетки». Текущее мнение в биологии растений . 2 (6): 513–9. DOI : 10.1016 / S1369-5266 (99) 00025-4 . PMID 10607659 . 
  75. ^ Патрик Дж. Килинг (2004). «Разнообразие и эволюционная история пластид и их хозяев» . Американский журнал ботаники . 91 (10): 1481–1493. DOI : 10,3732 / ajb.91.10.1481 . PMID 21652304 . 
  76. ^ "Candidatus Pelagibacter Ubique". Европейский институт биоинформатики. Европейский институт биоинформатики, 2011. Интернет. 8 января 2012 г. http://www.ebi.ac.uk/2can/genomes/bacteria/Candidatus_Pelagibacter_ubique.html Архивировано 1 декабря 2008 г. на Wayback Machine
  77. ^ «Блошиный рынок: недавно обнаруженный вирус может быть самым распространенным организмом на планете» . Экономист . 16 февраля 2013 . Проверено 16 февраля 2013 года .
  78. ^ Zhao, Y .; Temperton, B .; Трэш, JC; Schwalbach, MS; Vergin, KL; Landry, ZC; Эллисман, М .; Deerinck, T .; Салливан, МБ; Джованнони, SJ (2013). «Обилие вирусов SAR11 в океане». Природа . 494 (7437): 357–360. Bibcode : 2013Natur.494..357Z . DOI : 10.1038 / nature11921 . PMID 23407494 . S2CID 4348619 .  
  79. ^ "Самая большая бактерия: Ученый обнаруживает новую бактериальную форму жизни у африканского побережья" , Институт морской микробиологии Макса Планка , 8 апреля 1999 г., архивировано с оригинала 20 января 2010 г.
  80. ^ Список прокариотических имен со стоящими в номенклатуре - Род Thiomargarita
  81. Перейти ↑ Bang C, Schmitz RA (2015). «Археи, связанные с человеческими поверхностями: нельзя недооценивать» . FEMS Microbiology Reviews . 39 (5): 631–48. DOI : 10.1093 / femsre / fuv010 . PMID 25907112 . 
  82. ^ Интернет-словарь этимологии Archaea . Дата обращения 17 августа 2016.
  83. Pace NR (май 2006 г.). "Время перемен". Природа . 441 (7091): 289. Bibcode : 2006Natur.441..289P . DOI : 10.1038 / 441289a . PMID 16710401 . S2CID 4431143 .  
  84. ^ Stoeckenius W (1 октября 1981). «Квадратная бактерия Уолсби: тонкая структура ортогонального прокариота» . Журнал бактериологии . 148 (1): 352–60. DOI : 10.1128 / JB.148.1.352-360.1981 . PMC 216199 . PMID 7287626 .  
  85. ^ Мэдигэн М и Martinko J (ред.) (2005). Брок Биология микроорганизмов (11-е изд.). Прентис Холл. ISBN 978-0-13-144329-7.CS1 maint: дополнительный текст: список авторов ( ссылка )
  86. ^ «Глубоководные микроорганизмы и происхождение эукариотической клетки» (PDF) . Проверено 24 октября 2017 года .
  87. Ямагути, Масаси; и другие. (1 декабря 2012 г.). «Прокариот или эукариот? Уникальный микроорганизм из морских глубин». Журнал электронной микроскопии . 61 (6): 423–431. DOI : 10,1093 / jmicro / dfs062 . PMID 23024290 . 
  88. ^ Whittaker, RH; Маргулис, Л. (1978). «Протистская классификация и царства организмов». Биосистемы . 10 (1-2): 3-18. DOI : 10.1016 / 0303-2647 (78) 90023-0 . PMID 418827 . 
  89. ^ Фор, E; Не, F; Benoiston, AS; Лабади, К; Биттнер, L; Аята, SD (2019). «Миксотрофные протисты демонстрируют контрастирующие биогеографии в мировом океане» . Журнал ISME . 13 (4): 1072–1083. DOI : 10.1038 / s41396-018-0340-5 . PMC 6461780 . PMID 30643201 .  
  90. ^ а б в Лелес, С. Г.; Mitra, A .; Флинн, KJ; Stoecker, DK; Hansen, PJ; Calbet, A .; Макманус, Великобритания; Сандерс, RW; Caron, DA; Не, F .; Hallegraeff, GM (2017). «Океанические протисты с разными формами приобретенной фототрофии демонстрируют контрастирующие биогеографии и численность» . Труды Королевского общества B: биологические науки . 284 (1860): 20170664. DOI : 10.1098 / rspb.2017.0664 . PMC 5563798 . PMID 28768886 .  
  91. ^ Бадд, Грэм Э; Йенсен, Сорен (2017). «Происхождение животных и гипотеза« саванны »для ранней билатерианской эволюции» . Биологические обзоры . 92 (1): 446–473. DOI : 10.1111 / brv.12239 . PMID 26588818 . 
  92. Перейти ↑ Cavalier-Smith T (декабрь 1993 г.). «Царство простейших и его 18 типов» . Микробиологические обзоры . 57 (4): 953–94. DOI : 10.1128 / mmbr.57.4.953-994.1993 . PMC 372943 . PMID 8302218 .  
  93. ^ Корлисс JO (1992). «Должен ли быть отдельный код номенклатуры для протистов?». Биосистемы . 28 (1–3): 1–14. DOI : 10.1016 / 0303-2647 (92) 90003-H . PMID 1292654 . 
  94. ^ Slapeta J, D Морейра, Лопес-Гарсиа P (2005). «Степень разнообразия простейших: выводы из молекулярной экологии пресноводных эукариот» . Труды Королевского общества B: биологические науки . 272 (1576): 2073–81. DOI : 10.1098 / rspb.2005.3195 . PMC 1559898 . PMID 16191619 .  
  95. Перейти ↑ Moreira D, López-García P (2002). «Молекулярная экология микробных эукариот открывает скрытый мир» (PDF) . Тенденции в микробиологии . 10 (1): 31–8. DOI : 10.1016 / S0966-842X (01) 02257-0 . PMID 11755083 .  
  96. ^ a b Воздух, которым вы дышите? Из диатомовых водорослей
  97. ^ "Подробнее о диатомовых водорослях" . Музей палеонтологии Калифорнийского университета . Архивировано из оригинала 4 октября 2012 года . Проверено 11 октября 2019 года .
  98. ^ Devreotes P (1989). «Dictyostelium discoideum: модельная система межклеточных взаимодействий в процессе развития». Наука . 245 (4922): 1054–8. Bibcode : 1989Sci ... 245.1054D . DOI : 10.1126 / science.2672337 . PMID 2672337 . 
  99. ^ Мац, Михаил В .; Тамара М. Франк; Н. Джастин Маршалл; Эдит А. Виддер; Сонке Йонсен (9 декабря 2008 г.). «Гигантский глубоководный протист оставляет следы, подобные билатерианам» (PDF) . Текущая биология . Elsevier Ltd. 18 (23): 1849–1854. DOI : 10.1016 / j.cub.2008.10.028 . PMID 19026540 . S2CID 8819675 .   
  100. ^ Gooday, AJ; Аранда да Силва, А .; Павловски, Дж. (1 декабря 2011 г.). «Xenophyophores (Rhizaria, Foraminifera) из каньона Назаре (португальская окраина, северо-восточная Атлантика)». Deep-Sea Research Part II: Актуальные исследования в океанографии . Геология, геохимия и биология подводных каньонов к западу от Португалии. 58 (23–24): 2401–2419. Bibcode : 2011DSRII..58.2401G . DOI : 10.1016 / j.dsr2.2011.04.005 .
  101. ^ Нил AC, Рис JB, Саймон EJ (2004) Существенная биология с физиологией Пирсон / Бенджамин Каммингс, стр. 291. ISBN 9780805375039 
  102. Перейти ↑ O'Malley MA, Simpson AG, Roger AJ (2012). «Другие эукариоты в свете эволюционной протистологии». Биология и философия . 28 (2): 299–330. DOI : 10.1007 / s10539-012-9354-у . S2CID 85406712 . 
  103. ^ Адл С.М., Симпсон А.Г., Фармер М.А., Андерсен Р.А., Андерсон О.Р., Барта-младший, Баузер С.С., Брюгеролле Г., Фенсом Р.А., Фредерик С., Джеймс Т.Ю., Карпов С., Кугренс П., Круг Дж., Лейн CE, Льюис Л.А., Лодж Дж., Линн Д.Х., Манн Д.Г., МакКорт Р.М., Мендоза Л., Моэструп О., Мозли-Стэндридж С.Е., Нерад Т.А., Ширер К.А., Смирнов А.В., Шпигель Ф.В., Тейлор М.Ф. (2005). «Новая классификация эукариот более высокого уровня с упором на таксономию простейших» . Журнал эукариотической микробиологии . 52 (5): 399–451. DOI : 10.1111 / j.1550-7408.2005.00053.x . PMID 16248873 . S2CID 8060916 .  
  104. Перейти ↑ Margulis L, Chapman MJ (19 марта 2009 г.). Королевства и владения: иллюстрированное руководство по типу жизни на Земле . Академическая пресса. ISBN 9780080920146.
  105. ^ а б Доусон, Скотт С; Паредес, Александр Р (2013). «Альтернативные пейзажи цитоскелета: новизна цитоскелета и эволюция у базальных простейших из экскрементов» . Текущее мнение в клеточной биологии . 25 (1): 134–141. DOI : 10.1016 / j.ceb.2012.11.005 . PMC 4927265 . PMID 23312067 .  
  106. ^ а б Аткинсон, А .; Polimene, L .; Fileman, ES; Виддикомб, CE; Макэвой, Эй Джей; Смит, Т.Дж.; Djeghri, N .; Сэйли, Сан-Франциско; Корнуэлл, LE (2018). " " Комментарий. Что определяет сезонность планктона в стратифицирующем шельфовом море? Некоторые конкурирующие и дополнительные теории "]" (PDF) . Лимнология и океанография . 63 (6): 2877–2884. Bibcode : 2018LimOc..63.2877A . DOI : 10.1002 / lno.11036 .
  107. ^ Синглтон, Пол (2006). Словарь микробиологии и молекулярной биологии, 3-е издание, переработанное . Чичестер, Великобритания: John Wiley & Sons. п. 32. ISBN 978-0-470-03545-0.
  108. ^ Дэвид Дж. Паттерсон. «Амебы: протисты, которые передвигаются и питаются псевдоподиями» . Интернет-проект "Древо жизни".
  109. ^ "Амебы" . Эдинбургский университет. Архивировано из оригинального 10 июня 2009 года.
  110. ^ Брэди, Ричард М. (1993). «Крутящий момент и переключение в бактериальном жгутичном двигателе. Электростатическая модель» . Биофизический журнал . 64 (4): 961–973. Bibcode : 1993BpJ .... 64..961B . DOI : 10.1016 / S0006-3495 (93) 81462-0 . PMC 1262414 . PMID 7684268 .  
  111. ^ Лауга, Эрик; Томас Р. Пауэрс (25 августа 2009 г.). «Гидродинамика плавающих микроорганизмов». Отчеты о достижениях физики . 72 (9): 096601. arXiv : 0812.2887 . Bibcode : 2009RPPh ... 72i6601L . DOI : 10.1088 / 0034-4885 / 72/9/096601 . S2CID 3932471 . 
  112. ^ Хайд, KD; EBJ Jones; Э. Леаньо; SB Pointing; А. Д. Пунит; ТОО «Вриймоед» (1998 г.). «Роль грибов в морских экосистемах». Биоразнообразие и сохранение . 7 (9): 1147–1161. DOI : 10,1023 / A: 1008823515157 . S2CID 22264931 . 
  113. ^ Кирк, П.М., Кэннон, П.Ф., Минтер, Д.В. и Сталперс, Дж. «Словарь грибов». Ред. 10. КАБИ, 2008 г.
  114. ^ Хайд, KD; EBJ Jones (1989). «Вложение спор у морских грибов». Ботаника Марина . 32 (3): 205–218. DOI : 10.1515 / botm.1989.32.3.205 . S2CID 84879817 . 
  115. ^ Le Кальвез T, Burgaud G, S Маэ, Барбье G, Vandenkoornhuyse P (октябрь 2009). «Разнообразие грибов в глубоководных гидротермальных экосистемах» . Прикладная и экологическая микробиология . 75 (20): 6415–21. DOI : 10,1128 / AEM.00653-09 . PMC 2765129 . PMID 19633124 .  
  116. ^ Сан-Мартин, А .; С. Ореханера; К. Галлардо; М. Сильва; Дж. Бесерра; Р. Рейносо; MC Chamy; К. Вергара; Дж. Ровироса (2008). «Стероиды морского гриба Geotrichum sp» . Журнал Чилийского химического общества . 53 (1): 1377–1378. DOI : 10.4067 / S0717-97072008000100011 .
  117. ^ Джонс, EBG, Hyde, KD, и Pang, K.-L., ред. (2014). Пресноводные грибы: и грибоподобные организмы . Берлин / Бостон: Де Грюйтер.
  118. ^ Джонс, EBG; Панг, К.-Л., ред. (2012). Морские грибы и грибоподобные организмы . Морская и пресноводная ботаника. Берлин, Бостон: De Gruyter (опубликовано в августе 2012 г.). DOI : 10.1515 / 9783110264067 . ISBN 978-3-11-026406-7. Проверено 3 сентября 2015 года .
  119. ^ Ван, Синь; Сингх, Пурнима; Гао, Чжэн; Чжан, Сяобо; Джонсон, Закари I .; Ван, Гуаньи (2014). «Распространение и разнообразие планктонных грибов в теплом бассейне западной части Тихого океана» . PLOS ONE . 9 (7): e101523. Bibcode : 2014PLoSO ... 9j1523W . DOI : 10.1371 / journal.pone.0101523.s001 . PMC 4081592 . PMID 24992154 .  
  120. ^ Ван, G .; Ван, X .; Лю, X .; Ли, К. (2012). «Разнообразие и биогеохимические функции планктонных грибов в океане» . В Рагхукумаре, К. (ред.). Биология морских грибов . Берлин, Гейдельберг: Springer-Verlag. С. 71–88. DOI : 10.1007 / 978-3-642-23342-5 . ISBN 978-3-642-23341-8. S2CID  39378040 . Проверено 3 сентября 2015 года .
  121. ^ Дамаре, Самир; Рагхукумар, Чандралата (11 ноября 2007 г.). «Грибы и макроагрегация в глубоководных отложениях». Микробная экология . 56 (1): 168–177. DOI : 10.1007 / s00248-007-9334-у . ISSN 0095-3628 . PMID 17994287 . S2CID 21288251 .   
  122. ^ Кубанек, Юлия; Дженсен, Пол Р .; Кейфер, Пол А .; Саллардс, М. Кэмерон; Коллинз, Дуайт О .; Феникал, Уильям (10 июня 2003 г.). «Устойчивость водорослей к микробной атаке: целевая химическая защита от морских грибов» . Труды Национальной академии наук . 100 (12): 6916–6921. Bibcode : 2003PNAS..100.6916K . DOI : 10.1073 / pnas.1131855100 . ISSN 0027-8424 . PMC 165804 . PMID 12756301 .   
  123. ^ а б Гао, Чжэн; Джонсон, Закари I .; Ван, Гуанъи (30 июля 2009 г.). «Молекулярная характеристика пространственного разнообразия и новых линий микопланктона в прибрежных водах Гавайев» . Журнал ISME . 4 (1): 111–120. DOI : 10.1038 / ismej.2009.87 . ISSN 1751-7362 . PMID 19641535 .  
  124. Panzer, Катрин; Йылмаз, Пелин; Вайс, Майкл; Райх, Лотар; Рихтер, Майкл; Визе, Ютта; Шмальоханн, Рольф; Лабес, Антье; Имхофф, Йоханнес Ф. (30 июля 2015 г.). «Идентификация биомов, специфичных для среды обитания сообществ водных грибов, с использованием всеобъемлющего почти полного набора данных 18S рРНК, обогащенного контекстными данными» . PLOS ONE . 10 (7): e0134377. Bibcode : 2015PLoSO..1034377P . DOI : 10.1371 / journal.pone.0134377 . PMC 4520555 . PMID 26226014 .  
  125. ^ Гутьеррес, Марсело Н; Пантоха, Сильвио; Хиноны, Ренато а и Гонсалес, Родриго Р. Первое обнаружение пламенных грибов в прибрежной экосистеме апвеллинга у центральной части Чили. Гаяна (Концепция) [онлайн]. 2010, vol.74, n.1, pp. 66-73. ISSN 0717-6538 . 
  126. ^ a b Шридхар, KR (2009). «10. Водные грибы - планктонные ли они?». Планктонная динамика индийских вод . Джайпур, Индия: публикации Pratiksha. С. 133–148.
  127. Виды высших морских грибов. Архивировано 22 апреля 2013 года вуниверситете Wayback Machine в Миссисипи. Проверено 5 февраля 2012.
  128. ^ Пресноводные и морские лишайниковые грибы Проверено 2012-02-06.
  129. ^ "Лишайники" . Служба национальных парков, Министерство внутренних дел США, Правительство США. 22 мая 2016 . Проверено 4 апреля 2018 года .
  130. ^ а б «Сеть земной жизни, рост и развитие лишайников» . earthlife.net. 14 февраля 2020.
  131. ^ Silliman BR & SY Newell (2003). «Грибное хозяйство в улитке» . PNAS . 100 (26): 15643–15648. Bibcode : 2003PNAS..10015643S . DOI : 10.1073 / pnas.2535227100 . PMC 307621 . PMID 14657360 .  
  132. ^ Юань X, Сяо S (2005). «Лишайноподобный симбиоз 600 миллионов лет назад» . Наука . 308 (5724): 1017–1020. Bibcode : 2005Sci ... 308.1017Y . DOI : 10.1126 / science.1111347 . PMID 15890881 . S2CID 27083645 .  
  133. ^ Джонс, Э. Б. Гарет; Панг, Ка-Лай (31 августа 2012 г.). Морские грибы: и грибоподобные организмы . Вальтер де Грюйтер. ISBN 9783110264067.
  134. Джанет Фанг (6 апреля 2010 г.). «Животные процветают без кислорода на морском дне» . Природа . 464 (7290): 825. DOI : 10.1038 / 464825b . PMID 20376121 . 
  135. ^ «Соленая глубокая котловина может быть домом для животных, живущих без кислорода» . Новости науки . 23 сентября 2013 г.
  136. ^ а б Кэмпбелл, Нил А .; Рис, Джейн Б.; Урри, Лиза Андреа; Каин, Майкл Л .; Вассерман, Стивен Александр; Минорский, Петр V .; Джексон, Роберт Брэдли (2008). Биология (8-е изд.). Сан-Франциско: Пирсон - Бенджамин Каммингс. ISBN 978-0-321-54325-7.
  137. ^ McNeill, J .; и др., ред. (2012). Международный кодекс номенклатуры водорослей, грибов и растений (Мельбурнский кодекс), принятый Восемнадцатым Международным ботаническим конгрессом в Мельбурне, Австралия, июль 2011 г. (электронное издание). Международная ассоциация систематики растений . Дата обращения 14 мая 2017 .
  138. ^ Изменения концентрации кислорода в нашем океане могут нарушить фундаментальные биологические циклы Phys.org , 25 ноября 2019 г.
  139. ^ Уолш PJ, Смит S, Флеминг L, Solo-Габриэле Н, Gerwick WH, ред. (2 сентября 2011 г.). «Цианобактерии и токсины цианобактерий» . Мировой океан и здоровье человека: риски и средства защиты от морей . Академическая пресса. С. 271–296. ISBN 978-0-08-087782-2.
  140. ^ "Повышение кислорода - журнал астробиологии" . Журнал астробиологии . 30 июля 2003 . Проверено 6 апреля +2016 .
  141. ^ Фланнери, ДТ; Р. М. Уолтер (2012). «Архейские тафтинговые микробные маты и Великое событие окисления: новый взгляд на древнюю проблему» . Австралийский журнал наук о Земле . 59 (1): 1–11. Bibcode : 2012AuJES..59 .... 1F . DOI : 10.1080 / 08120099.2011.607849 . S2CID 53618061 . 
  142. Ротшильд, Линн (сентябрь 2003 г.). «Понять эволюционные механизмы и экологические пределы жизни» . НАСА. Архивировано из оригинального 11 -го марта 2012 года . Проверено 13 июля 2009 года .
  143. ^ Nadis S (декабрь 2003). «Клетки, управляющие морями» (PDF) . Scientific American . 289 (6): 52–3. Bibcode : 2003SciAm.289f..52N . DOI : 10.1038 / Scientificamerican1203-52 . PMID 14631732 . Архивировано из оригинального (PDF) 19 апреля 2014 года . Проверено 2 июня 2019 .  
  144. ^ «Самый важный микроб, о котором вы никогда не слышали» . npr.org .
  145. ^ Flombaum, P .; Гальегос, JL; Гордилло, РА; Rincon, J .; Забала, LL; Jiao, N .; Карл, DM; Ли, WKW; Ломас, МВт; Венециано, Д .; Вера, CS; Vrugt, JA; Мартини, AC (2013). «Настоящее и будущее глобальное распространение морских цианобактерий Prochlorococcus и Synechococcus» . Труды Национальной академии наук . 110 (24): 9824–9829. Bibcode : 2013PNAS..110.9824F . DOI : 10.1073 / pnas.1307701110 . PMC 3683724 . PMID 23703908 .  
  146. ^ Nabors, Мюррей У. (2004). Введение в ботанику . Сан-Франциско, Калифорния: ISBN Pearson Education, Inc. 978-0-8053-4416-5.
  147. ^ Аллаби, М., изд. (1992). «Водоросли». Краткий словарь ботаники . Оксфорд: Издательство Оксфордского университета.
  148. ^ Guiry MD (октябрь 2012). "Сколько существует видов водорослей?" . Журнал психологии . 48 (5): 1057–63. DOI : 10.1111 / j.1529-8817.2012.01222.x . PMID 27011267 . S2CID 30911529 .  
  149. ^ а б Гири, доктор медицины; Гайри, GM (2016). «Водорослевая база» . www.algaebase.org . Проверено 20 ноября +2016 .
  150. Перейти ↑ D. Thomas (2002). Водоросли . Серия жизни. Музей естественной истории , Лондон. ISBN 978-0-565-09175-0.
  151. ^ Хук, Христиан; ден Хок, Хок Ван; Манн, Дэвид; Янс, HM (1995). Водоросли: введение в психологию . Издательство Кембриджского университета. п. 166. ISBN. 9780521316873. OCLC  443576944 .
  152. ^ Starckx, Senne (31 октября 2012) Место под солнцем - Водоросли урожай будущего, по мнению исследователей , в Гел Фландрии Сегодня, извлекаться 8 декабря 2012
  153. ^ Duval, B .; Маргулис, Л. (1995). « Микробное сообщество разнообразных колоний Ophrydium : эндосимбионты, резиденты и арендаторы». Симбиоз . 18 : 181–210. PMID 11539474 . 
  154. ^ Mandoli, DF (1998). «Разработка плана тела и фазовых изменений во время развития ацетабулярной кости: как построена сложная архитектура гигантской Unicell?» . Ежегодный обзор физиологии растений и молекулярной биологии растений . 49 : 173–198. DOI : 10.1146 / annurev.arplant.49.1.173 . PMID 15012232 . S2CID 6241264 .  
  155. ^ Пьер Мадл; Марисела Йип (2004). «Литературный обзор Caulerpa taxifolia» . БУФУС-Инфо . 19 (31).
  156. ^ Lalli, C .; Парсонс, Т. (1993). Биологическая океанография: Введение . Баттерворт-Хайнеманн. ISBN 0-7506-3384-0.
  157. ^ Жуткое красное свечение здоровья следы океана завод NASA Science , 28 мая 2009.
  158. ^ Беренфельд, MJ; Вестберри, ТК; Босс, ES; О'Мэлли, RT; Siegel, DA; Wiggert, JD; Franz, BA; McLain, CR; Фельдман, GC; Дони, Южная Каролина; Мур, Дж. К. (2009). «Обнаруженная со спутников флуоресценция раскрывает глобальную физиологию фитопланктона океана» . Биогеонауки . 6 (5): 779–794. Bibcode : 2009BGeo .... 6..779B . DOI : 10.5194 / BG-6-779-2009 .
  159. ^ a b Wassilieff, Мэгги (2006) «Планктон - Растительный планктон» , Те Ара - Энциклопедия Новой Зеландии . Доступ: 2 ноября 2019 г.
  160. ^ Линдси, Р., Скотт, М. и Симмон, Р. (2010) «Что такое фитопланктон» . Земная обсерватория НАСА .
  161. ^ Поле, CB; Беренфельд, MJ; Рандерсон, JT; Фалвоски, П.Г. (1998). «Первичная продукция биосферы: интеграция наземных и океанических компонентов» . Наука . 281 (5374): 237–240. Bibcode : 1998Sci ... 281..237F . DOI : 10.1126 / science.281.5374.237 . PMID 9657713 . 
  162. ^ Treguer, P .; Нельсон, DM; Ван Беннеком, Эй Джей; Демастер, диджей; Leynaert, A .; Кегинер, Б. (1995). «Баланс кремнезема в Мировом океане: переоценка». Наука . 268 (5209): 375–9. Bibcode : 1995Sci ... 268..375T . DOI : 10.1126 / science.268.5209.375 . PMID 17746543 . S2CID 5672525 .  
  163. ^ "Королевский колледж Лондона - озеро Мегачад" . www.kcl.ac.uk . Проверено 5 мая 2018 .
  164. ^ Арсеньев, Л .; Simon, N .; Ригут-Ялаберт, Ф .; Le Gall, F .; Chaffron, S .; Corre, E .; Приехать.; Bigeard, E .; Боду, AC (2018). «Первые вирусы, заражающие морских диатомовых водорослей Guinardia delicatula» . Границы микробиологии . 9 : 3235. DOI : 10,3389 / fmicb.2018.03235 . PMC 6334475 . PMID 30687251 .  
  165. ^ Чжан, Д .; Wang, Y .; Cai, J .; Pan, J .; Цзян, X .; Цзян, Ю. (2012). «Технология биопроизводства на основе микро- и наноструктуры диатомовых водорослей» . Китайский научный бюллетень . 57 (30): 3836–3849. Bibcode : 2012ChSBu..57.3836Z . DOI : 10.1007 / s11434-012-5410-х .
  166. ^ Васильев, Мэгги (2006) «Кокколитофора» , Те Ара - Энциклопедия Новой Зеландии . Доступ: 2 ноября 2019 г.
  167. ^ Рост, Б. и Рибезелл, У. (2004) "Кокколитофора и биологический насос: реакция на изменения окружающей среды". В: Coccolithophores: From Molecular Processes to Global Impact , pages 99–125, Springer. ISBN 9783662062784 . 
  168. ^ Делонг, EF; Бежа, О. (2010). «Протеородопсин протонной помпы, управляемый светом, увеличивает выживаемость бактерий в трудные времена» . PLOS Биология . 8 (4): e1000359. DOI : 10.1371 / journal.pbio.1000359 . PMC 2860490 . PMID 20436957 . e1000359.  
  169. ^ a b Gómez-Consarnau, L .; Raven, JA; Левин, Нью-Мексико; Резак, LS; Wang, D .; Seegers, B .; Arístegui, J .; Fuhrman, JA; Gasol, JM; Санудо-Вильгельми, SA (2019). «Микробные родопсины вносят основной вклад в солнечную энергию, улавливаемую в море» . Наука продвигается . 5 (8): eaaw8855. Bibcode : 2019SciA .... 5.8855G . DOI : 10.1126 / sciadv.aaw8855 . PMC 6685716 . PMID 31457093 .  
  170. ^ Орен, Аарон (2002). «Молекулярная экология чрезвычайно галофильных архей и бактерий» . FEMS Microbiology Ecology . 39 (1): 1–7. DOI : 10.1111 / j.1574-6941.2002.tb00900.x . ISSN 0168-6496 . PMID 19709178 .  
  171. ^ Béja, O .; Aravind, L .; Кунин, Э.В. Suzuki, MT; Hadd, A .; Нгуен, LP; Йованович, С.Б .; Гейтс, СМ; Фельдман, РА; Спудич, JL; Спудич, EN (2000). «Бактериальный родопсин: свидетельство нового типа фототрофии в море» . Наука . 289 (5486): 1902–1906. Bibcode : 2000Sci ... 289.1902B . DOI : 10.1126 / science.289.5486.1902 . PMID 10988064 . S2CID 1461255 .  
  172. ^ "Интервью с товарищами: Эд Делонг" . Американская академия микробиологии . Архивировано из оригинального 7 -го августа 2016 года . Дата обращения 2 июля 2016 .
  173. Бактерии с батареями , Popular Science, январь 2001 г., стр. 55.
  174. ^ Béja, O .; Aravind, L .; Кунин, Э.В. Suzuki, MT; Hadd, A .; Нгуен, LP; Йованович, С.Б .; Гейтс, СМ; Фельдман, РА; Спудич, JL; Спудич, EN (2000). «Бактериальный родопсин: свидетельство нового типа фототрофии в море». Наука . 289 (5486): 1902–1906. Bibcode : 2000Sci ... 289.1902B . DOI : 10.1126 / science.289.5486.1902 . PMID 10988064 . 
  175. ^ Бёф, Доминик; Аудик, Стефан; Брилле-Геген, Лорейн; Кэрон, Кристоф; Жантон, Кристиан (2015). «MicRhoDE: кураторская база данных для анализа микробного разнообразия и эволюции родопсина» . База данных . 2015 : bav080. DOI : 10,1093 / базы данных / bav080 . ISSN 1758-0463 . PMC 4539915 . PMID 26286928 .   
  176. ^ Яво, Хирому; Кандори, Хидеки; Коидзуми, Аманэ (5 июня 2015 г.). Оптогенетика: светочувствительные белки и их применение . Springer. С. 3–4. ISBN 978-4-431-55516-2. Проверено 30 сентября 2015 года .
  177. ^ Крошечный морской микроб может сыграть большую роль в изменении климата Университет Южной Калифорнии , Пресс-центр, 8 августа 2019 г.
  178. ^ ДасСарма, Шиладитья; Швитерман, Эдвард В. (11 октября 2018 г.). «Ранняя эволюция пурпурных пигментов сетчатки на Земле и последствия для биосигнатур экзопланет» . Международный журнал астробиологии : 1–10. arXiv : 1810.05150 . Bibcode : 2018arXiv181005150D . DOI : 10.1017 / S1473550418000423 . ISSN 1473-5504 . S2CID 119341330 .  
  179. ^ Спаркс, Уильям Б .; DasSarma, S .; Рейд, штат Индиана (декабрь 2006 г.). «Эволюционное соревнование между примитивными фотосинтетическими системами: существование ранней пурпурной Земли?». Тезисы докладов собрания Американского астрономического общества . 38 : 901. Bibcode : 2006AAS ... 209.0605S .
  180. ^ Редфилд, Альфред С. (1934). «О пропорциях органических производных в морской воде и их связи с составом планктона». Джонстон, Джеймс; Дэниел, Ричард Джеллико (ред.). Том Мемориала Джеймса Джонстона . Ливерпуль: Университетское издательство Ливерпуля. С. 176–92. OCLC 13993674 . 
  181. ^ a b Арриго, Кевин Р. (2005). «Морские микроорганизмы и глобальный круговорот питательных веществ». Природа . 437 (7057): 349–55. Bibcode : 2005Natur.437..349A . DOI : 10,1038 / природа04159 . PMID 16163345 . S2CID 62781480 .  
  182. ^ Мартини, AC; Фам, штат Коннектикут; Primeau, FW; Vrugt, JA; Мур, Дж. К.; Левин С.А.; Ломас, MW (2013). «Сильные широтные закономерности в соотношении элементов морского планктона и органического вещества» . Природа Геонауки . 6 (4): 279–283. Bibcode : 2013NatGe ... 6..279M . DOI : 10.1038 / ngeo1757 .
  183. ^ Эппли, RW; Петерсон, Б.Дж. (1979). «Поток твердых частиц органического вещества и новое образование планктона в глубинах океана». Природа . 282 (5740): 677–680. Bibcode : 1979Natur.282..677E . DOI : 10.1038 / 282677a0 . S2CID 42385900 . 
  184. ^ Velicer, Грегори Дж .; Мендес-Соарес, Елена (2007). «Бактериальные хищники» (PDF) . Cell . 19 (2): R55 – R56. DOI : 10.1016 / j.cub.2008.10.043 . PMID 19174136 . S2CID 5432036 .   
  185. ^ Стивенс, Элисон Н. П. (2010). «Хищничество, травоядность и паразитизм» . Знания о естественном просвещении . 3 (10): 36.
  186. ^ Jurkevitch, Edouard; Давыдов, Яаков (2006). «Филогенетическое разнообразие и эволюция хищных прокариот». Хищные прокариоты . Springer. стр.  11 -56. DOI : 10.1007 / 7171_052 . ISBN 978-3-540-38577-6.
  187. ^ Хансен, Пер Джуэль; Бьёрнсен, Питер Кефоед; Хансен, Бенни Виндинг (1997). «Выпас и рост зоопланктона: масштабирование в диапазоне размеров тела 2–2 мкм» . Лимнология и океанография . 42 (4): 687–704. DOI : 10,4319 / lo.1997.42.4.0687 . обобщает выводы многих авторов.
  188. ^ a b Wassilieff, Мэгги (2006) «Планктон - животный планктон» , Те Ара - Энциклопедия Новой Зеландии . Доступ: 2 ноября 2019 г.
  189. ^ Varea, C .; Арагон, JL; Баррио, РА (1999). «Паттерны Тьюринга на сфере». Physical Review E . 60 (4): 4588–92. Bibcode : 1999PhRvE..60.4588V . DOI : 10.1103 / PhysRevE.60.4588 . PMID 11970318 . 
  190. ^ a b Hemleben, C .; Андерсон, штат Орегон; Шпиндлер, М. (1989). Современные планктонные фораминиферы . Springer-Verlag. ISBN 978-3-540-96815-3.
  191. ^ Foraminifera: История исследования , Университетский колледж Лондона . Дата обращения: 18 ноября 2019.
  192. ^ Достижения в микробной экологии, Том 11
  193. ^ Бернхард, JM; Баузер, С.М. (1999). «Бентические фораминиферы дизоксических отложений: секвестрация хлоропластов и функциональная морфология». Обзоры наук о Земле . 46 (1): 149–165. Bibcode : 1999ESRv ... 46..149B . DOI : 10.1016 / S0012-8252 (99) 00017-3 .
  194. ^ Дирссен, Хайди; Макманус, Джордж Б .; Chlus, Адам; Цю, Дацзюнь; Гао, Бо-Кай; Линь, Сенджи (2015). «На снимке космической станции запечатлено цветение инфузорий красного прилива с высоким спектральным и пространственным разрешением» . Труды Национальной академии наук . 112 (48): 14783–14787. Bibcode : 2015PNAS..11214783D . DOI : 10.1073 / pnas.1512538112 . PMC 4672822 . PMID 26627232 .  
  195. ^ Остерегайтесь миксотрофов - они могут уничтожить целые экосистемы «в считанные часы».
  196. ^ Микроскопические похитители тел наводняют наши океаны - Phys.org
  197. Перейти ↑ Eiler A (декабрь 2006 г.). «Доказательства повсеместности миксотрофных бактерий в верхних слоях океана: последствия и последствия» . Appl Environ Microbiol . 72 (12): 7431–7. DOI : 10,1128 / AEM.01559-06 . PMC 1694265 . PMID 17028233 .  
  198. ^ Katechakis A, Stibor H (июль 2006). «Миксотроф Ochromonas tuberculata может вторгаться и подавлять специализированные сообщества фаго- и фототрофного планктона в зависимости от условий питания». Oecologia . 148 (4): 692–701. Bibcode : 2006Oecol.148..692K . DOI : 10.1007 / s00442-006-0413-4 . PMID 16568278 . S2CID 22837754 .  
  199. ^ Schoemann, Вероник; Бекворт, Сильви; Стефельс, Жаклин; Руссо, Вероник; Ланселот, Кристиана (1 января 2005 г.). «Цветение Phaeocystis в Мировом океане и механизмы их контроля: обзор». Журнал морских исследований . Ресурсы железа и питательные вещества океанов - развитие глобального экологического моделирования. 53 (1–2): 43–66. Bibcode : 2005JSR .... 53 ... 43S . CiteSeerX 10.1.1.319.9563 . DOI : 10.1016 / j.seares.2004.01.008 . 
  200. ^ «Добро пожаловать на домашнюю страницу проекта секвенирования генома Phaeocystis antarctica» .
  201. ^ DiTullio, GR; Гребмайер, JM; Арриго, КР; Лизотт, депутат; Робинсон, Д.Х .; Leventer, A .; Барри, JP; VanWoert, ML; Данбар, РБ (2000). «Быстрый и ранний экспорт цветков Phaeocystis antarctica в море Росса в Антарктиде». Природа . 404 (6778): 595–598. DOI : 10.1038 / 35007061 . PMID 10766240 . S2CID 4409009 .  
  202. ^ J, Стефельс; L, Дийкхёйзен; WWC, Гискес (20 июля 1995 г.). «Активность DMSP-лиазы в весеннем цветении фитопланктона у голландского побережья, связанная с численностью Phaeocystis sp.» (PDF) . Серия «Прогресс морской экологии» . 123 : 235–243. Bibcode : 1995MEPS..123..235S . DOI : 10,3354 / meps123235 .
  203. ^ Decelle, Йохан; Симо, Рафель; Гали, Марти; Варгас, Коломбан де; Колин, Себастьен; Desdevises, Ив; Биттнер, Люси; Проберт, Ян; Нет, Фабрис (30 октября 2012 г.). «Оригинальный режим симбиоза в планктоне открытого океана» . Труды Национальной академии наук . 109 (44): 18000–18005. Bibcode : 2012PNAS..10918000D . DOI : 10.1073 / pnas.1212303109 . ISSN 0027-8424 . PMC 3497740 . PMID 23071304 .   
  204. ^ Марс Брисбин, Маргарет; Гроссманн, Мэри М .; Месроп, Лиза Ю .; Митараи, Сатоши (2018). «Разнообразие симбионтов внутри хозяина и расширенное поддержание симбионтов в фотосимбиотических Acantharea (Clade F)» . Границы микробиологии . 9 : 1998. DOI : 10,3389 / fmicb.2018.01998 . ISSN 1664-302X . PMC 6120437 . PMID 30210473 .   
  205. ^ a b Stoecker, ДК; Hansen, PJ; Caron, DA; Митра, А. (2017). «Миксотрофия в морском планктоне». Ежегодный обзор морской науки . 9 : 311–335. Bibcode : 2017ARMS .... 9..311S . DOI : 10.1146 / annurev-marine-010816-060617 . PMID 27483121 . 
  206. ^ а б Митра, А; Флинн, KJ; Tillmann, U; Рэйвен, Дж; Caron, D; и другие. (2016). «Определение планктонных функциональных групп протистов по механизмам приобретения энергии и питательных веществ; включение различных миксотрофных стратегий» . Протист . 167 (2): 106–20. DOI : 10.1016 / j.protis.2016.01.003 . PMID 26927496 . 
  207. Перейти ↑ Gómez F (2012). «Контрольный список и классификация живых динофлагеллят (Dinoflagellata, Alveolata)» (PDF) . CICIMAR Océanides . 27 (1): 65–140. Архивировано из оригинального (PDF) 27 ноября 2013 года.
  208. ^ Stoecker DK (1999). «Миксотрофия среди динофлагеллят». Журнал эукариотической микробиологии . 46 (4): 397–401. DOI : 10.1111 / j.1550-7408.1999.tb04619.x . S2CID 83885629 . 
  209. ^ Предлагаемое объяснение для светящихся морей - включая Национальный научный фонд нынешних светящихся морей Калифорнии , 18 октября 2011 г.
  210. Болтовской, Деметрио; Андерсон, О. Роджер; Корреа, Нэнси М. (2017). Справочник протистов . Спрингер, Чам. С. 731–763. DOI : 10.1007 / 978-3-319-28149-0_19 . ISBN 9783319281476.
  211. Перейти ↑ Anderson, OR (1983). Радиолярии . Springer Science & Business Media.
  212. ^ Гаст, RJ; Карон, Д.А. (1 ноября 1996 г.). «Молекулярная филогения симбиотических динофлагеллат из планктонных фораминифер и радиолярий» . Молекулярная биология и эволюция . 13 (9): 1192–1197. DOI : 10.1093 / oxfordjournals.molbev.a025684 . ISSN 0737-4038 . PMID 8896371 .  
  213. Перейти ↑ Castro P, Huber ME (2010). Морская биология (8-е изд.). Макгроу Хилл. п. 95. ISBN 978-0071113021.
  214. ^ Гастингс JW (1996). «Химия и цвета биолюминесцентных реакций: обзор». Джин . 173 (1 Спецификация): 5–11. DOI : 10.1016 / 0378-1119 (95) 00676-1 . PMID 8707056 . 
  215. ^ Пикши SH, Молин , MA, Case JF (2009). «Биолюминесценция в море» . Ежегодный обзор морской науки . 2 : 443–93. Bibcode : 2010ARMS .... 2..443H . DOI : 10.1146 / annurev-marine-120308-081028 . PMID 21141672 . S2CID 3872860 .  
  216. ^ «Простейшие, заражающие жабры и кожу» . Ветеринарное руководство Merck . Архивировано из оригинала 3 марта 2016 года . Проверено 4 ноября 2019 года .
  217. ^ Бренд, Ларри Э .; Кэмпбелл, Лиза; Бреснан, Эйлин (2012). « Карения : биология и экология токсичного рода». Вредные водоросли . 14 : 156–178. DOI : 10.1016 / j.hal.2011.10.020 .
  218. ^ Buskey, EJ (1995). «Рост и биолюминесценция Noctiluca scintillans на различных рационах водорослей». Журнал исследований планктона . 17 (1): 29–40. DOI : 10.1093 / plankt / 17.1.29 .
  219. Thomson, Charles Wyville (2014) Путешествие Челленджера: The Atlantic Cambridge University Press, page 235. ISBN 9781108074759 . 
  220. ^ Грет Р. Хасл; Эрик Э. Сивертсен; Карен А. Стейдингер; Карл Танген (25 января 1996 г.). «Морские диатомеи» . В Кармело Р. Томас (ред.). Определение морских диатомовых водорослей и динофлагеллят . Академическая пресса. С. 5–385. ISBN 978-0-08-053441-1. Проверено 13 ноября 2013 года .
  221. ^ Ald, SM; и другие. (2007). «Разнообразие, номенклатура и таксономия простейших» (PDF) . Syst. Биол . 56 (4): 684–689. DOI : 10.1080 / 10635150701494127 . PMID 17661235 . Архивировано 31 марта 2011 года из оригинального (PDF) . Проверено 11 октября 2019 года .  
  222. ^ Moheimani, NR; Уэбб, JP; Боровицка, М.А. (2012), «Биоремедиация и другие потенциальные применения кокколитофоридных водорослей: обзор.. Биоремедиация и другие потенциальные применения кокколитофоридных водорослей: обзор», Algal Research , 1 (2): 120–133, doi : 10.1016 / j.algal.2012.06.002
  223. ^ Тейлор, АР; Chrachri, A .; Wheeler, G .; Годдард, H .; Браунли, К. (2011). «Управляемый напряжением H + канал, лежащий в основе гомеостаза pH при кальцификации кокколитофоридов» . PLOS Биология . 9 (6): e1001085. DOI : 10.1371 / journal.pbio.1001085 . PMC 3119654 . PMID 21713028 .  
  224. ^ Wierer, U .; Arrighi, S .; Bertola, S .; Kaufmann, G .; Baumgarten, B .; Педротти, А .; Pernter, P .; Пелегрин, Дж. (2018). «Каменный инструментарий Iceman: сырье, технология, типология и использование» . PLOS ONE . 13 (6): e0198292. Bibcode : 2018PLoSO..1398292W . DOI : 10.1371 / journal.pone.0198292 . PMC 6010222 . PMID 29924811 .  
  225. ^ a b Haq BU и Boersma A. (Eds.) (1998) Введение в морскую микропалеонтологию Elsevier. ISBN 9780080534961 
  226. ^ Брукнер, Моника (2020) "Палеоклиматология: как мы можем сделать выводы о прошлом климате?" SERC , Карлтонский колледж. Изменено 23 июля 2020 г. Дата обращения 10 сентября 2020 г.
  227. Земля мчится к состоянию «теплицы», невиданное за 50 миллионов лет, новый эпический климатический рекорд показывает LiveScience , 10 сентября 2020 года.
  228. ^ Вестерхольд, Т., Марван, Н., Друри, А.Дж., Либранд, Д., Агнини, К., Анагносту, Э., Барнет, Дж. С., Бохати, С. М., Влишауэр, Д., Флориндо, Ф. и Фредерикс, T. (2020) «Датированная астрономическая запись климата Земли и его предсказуемости за последние 66 миллионов лет» . Science , 369 (6509): 1383–1387. DOI : 10.1126 / science.aba6853 .
  229. ^ Боб Yirka 29 августа 2013
  230. ^ Сассмен: Старые растения , The Guardian , 2 мая 2010
  231. ^ "Архивная копия" . Архивировано из оригинального 13 июля 2018 года . Проверено 13 июля 2018 .CS1 maint: archived copy as title (link)
  232. ^ Виллерслев, Эске; Froese, Duane; Гиличинский, Давид; Рённ, Регин; Банс, Майкл; Зубер, Мария Т .; Гилберт, М. Томас П .; Бренд, Тина; Мунк, Каспер; Нильсен, Расмус; Мастепанов Михаил; Christensen, Torben R .; Hebsgaard, Martin B .; Джонсон, Сара Стюарт (4 сентября 2007 г.). «Древние бактерии демонстрируют доказательства восстановления ДНК» . Труды Национальной академии наук . 104 (36): 14401–14405. Bibcode : 2007PNAS..10414401J . DOI : 10.1073 / pnas.0706787104 . PMC 1958816 . PMID 17728401 .  
  233. Egan, S., Fukatsu, T. и Francino, MP, 2020. Возможности и проблемы исследования микробного симбиоза в эпоху микробиома. Frontiers в микробиологии, 11. DOI : 10,3389 / fmicb.2020.01150 . Материал был скопирован из этого источника, доступного по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  234. ^ Маргулис, Линн; Фестер, Рене (1991). Симбиоз как источник эволюционных инноваций . MIT Press. ISBN 9780262132695.
  235. ^ Bordenstein, Seth R .; Тайс, Кевин Р. (2015). «Биология хозяина в свете микробиома: десять принципов голобионтов и гологеномов» . PLOS Biol . 13 (8): e1002226. DOI : 10.1371 / journal.pbio.1002226 . ISSN 1545-7885 . PMC 4540581 . PMID 26284777 .   
  236. ^ Тайс, KR, Dheilly, NM, Klassen, JL, Brucker, RM, Baines, JF, Bosch, TC, Cryan, JF, Gilbert, SF, Goodnight, CJ, Lloyd, EA and Sapp, J. (2016) "Получение правильная концепция хологенома: экоэволюционная основа для хозяев и их микробиомов ». Msystems , 1 (2). DOI : 10,1128 / mSystems.00028-16 .Материал был скопирован из этого источника, доступного по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  237. ^ Bulgarelli, D., Schlaeppi, K., Spaepen, S., Van Themaat, EVL и Schulze-Lefert, P. (2013) "Структура и функции бактериальной микробиоты растений". Ежегодный обзор биологии растений , 64 : 807–838. DOI : 10,1146 / annurev-arplant-050312-120106 .
  238. ^ Vandenkoornhuyse, Филипп; Квайзер, Ахим; Дюамель, Мари; Ле Ван, Амандин; Дюфрен, Алексис (1 июня 2015 г.). «Важность микробиома холобионта растения» . Новый фитолог . 206 (4): 1196–1206. DOI : 10.1111 / nph.13312 . ISSN 1469-8137 . PMID 25655016 .  
  239. ^ Санчес-Канисарес, К., Хоррин, Б., Пул, П.С. и Ткач, А. (2017) «Понимание холобионта: взаимозависимость растений и их микробиома». Текущее мнение в микробиологии , 38 : 188–196. DOI : 10.1016 / j.mib.2017.07.001 .
  240. ^ Дуглас, AE и Веррен, JH (2016) «Дыры в гологеноме: почему симбиоз хозяина-микроба не холобионты». МБио , 7 (2). DOI : 10,1128 / mBio.02099-15 .
  241. ^ Томпсон, JR, Ривера, HE, Клоек, CJ и Медина, М. (2015) «Микробы в коралловом холобионте: партнеры через эволюцию, развитие и экологические взаимодействия». Границы клеточной и инфекционной микробиологии , 4 : 176. DOI : 10.3389 / fcimb.2014.00176 .
  242. ^ Пита, Л., Рикс, Л., Слаби, Б.М., Франке, А. и Хентшель, У. (2018) «Губчатый холобионт в меняющемся океане: от микробов к экосистемам». Микробиом , 6 (1): 46. DOI : 10,1186 / s40168-018-0428-1 . Материал был скопирован из этого источника, доступного по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  243. ^ Угарелли, К., Чакрабарти, С., Лаас, П. и Стингл, У. (2017) "Холобионт морских водорослей и его микробиом". Микроорганизмы , 5 (4): 81. doi : 10.3390 / microorganisms5040081 .Материал был скопирован из этого источника, доступного по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  244. Кавальканти, Г.С., Шукла, П., Моррис, М., Рибейро, Б., Фоли, М., Доан, М.П., ​​Томпсон, С.К., Эдвардс, М.С., Динсдейл, Е.А. и Томпсон, Флорида (2018) «Голобионты родолитов в меняющемся океане: взаимодействие хозяев и микробов способствует устойчивости коралловых водорослей к подкислению океана ". BMC Genomics , 19 (1): 1–13. DOI : 10,1186 / s12864-018-5064-4 .Материал был скопирован из этого источника, доступного по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  245. ^ Ноултон, Н. и Ровер, Ф. (2003) "Многовидовые микробные мутуализмы на коралловых рифах: хозяин как среда обитания". Американский натуралист , 162 (S4): S51-S62. DOI : 10.1086 / 378684 .
  246. ^ Поллок, Ф. Джозеф; МакМиндс, Райан; Смит, стили; Борн, Дэвид Дж .; Уиллис, Бетт Л .; Медина, Моника; Тербер, Ребекка Вега; Заневельд, Джесси Р. (22 ноября 2018 г.). «Связанные с кораллами бактерии демонстрируют филосимбиоз и кофилогению» . Nature Communications . 9 (1): 1–13. DOI : 10.1038 / s41467-018-07275-х . ISSN 2041-1723 . PMID 30467310 .  
  247. ^ Вильгельм, Стивен У .; Саттл, Кертис А. (1999). «Вирусы и круговорот питательных веществ в море» . Биология . 49 (10): 781–788. DOI : 10.2307 / 1313569 . ISSN 1525-3244 . JSTOR 1313569 .  
  248. ^ Weinbauer, Маркус G .; и другие. (2007). «Синергетические и антагонистические эффекты вирусного лизиса и выпаса протистана на бактериальную биомассу, производство и разнообразие». Экологическая микробиология . 9 (3): 777–788. DOI : 10.1111 / j.1462-2920.2006.01200.x . PMID 17298376 . 
  249. Робинсон, Кэрол и Нагаппа Рамая. «Скорость микробного гетеротрофного метаболизма ограничивает микробный углеродный насос». Американская ассоциация развития науки, 2011 г.
  250. ^ Gutierrez, MH; Jara, AM; Пантоя, S (2016). «Грибковые паразиты заражают морских диатомовых водорослей в апвеллинговой экосистеме системы течения Гумбольдта у центральной части Чили». Environ Microbiol . 18 (5): 1646–1653. DOI : 10.1111 / 1462-2920.13257 . ЛВП : 10533/148260 . PMID 26914416 . 
  251. ^ Что такое морской снег? Национальная океаническая служба NOAA . Обновлено: 25.06.18.
  252. ^ Монрой, П., Эрнандес-Гарсия, Э., Росси, В. и Лопес, К. (2017) "Моделирование динамического опускания биогенных частиц в океанический поток". Нелинейные процессы в геофизике , 24 (2): 293–305. DOI : 10.5194 / NPG-24-293-2017 . Материал был скопирован из этого источника, доступного по международной лицензии Creative Commons Attribution 3.0 .
  253. ^ Саймон, М., Гроссарт, Х., Швейцер, Б. и Плуг, Х. (2002) "Микробная экология органических агрегатов в водных экосистемах". Водная микробная экология , 28 : 175–211. DOI : 10,3354 / ame028175 .
  254. ^ Боэтиус, Антье; Анезио, Александр М .; Деминг, Джоди У .; Mikucki, Jill A .; Рапп, Жозефина З. (1 ноября 2015 г.). «Микробная экология криосферы: морской лед и ледниковые среды обитания». Обзоры природы микробиологии . 13 (11): 677–690. DOI : 10.1038 / nrmicro3522 . PMID 26344407 . S2CID 20798336 .  
  255. ^ Лутц, Ричард А .; Кенниш, Майкл Дж. (1993). «Экология сообществ глубоководных гидротермальных источников: обзор». Обзоры геофизики . 31 (3): 211. Bibcode : 1993RvGeo..31..211L . DOI : 10.1029 / 93rg01280 . ISSN 8755-1209 . 
  256. ^ Кадар, Enikő; Коста, Валентина; Santos, Ricardo S .; Пауэлл, Джонатан Дж. (Июль 2006 г.). «Тканевое разделение важных микроэлементов металлов в жерловых двустворчатых моллюсках Bathymodiolus azoricus и связанных с ними организмах (бактерии-эндосимбионты и полихеты-паразиты) из геохимически различных жерл Срединно-Атлантического хребта». Журнал морских исследований . 56 (1): 45–52. Bibcode : 2006JSR .... 56 ... 45K . DOI : 10.1016 / j.seares.2006.01.002 . ISSN 1385-1101 . 
  257. ^ Андерсон, Рика Э .; Brazelton, Уильям Дж .; Баросс, Джон А. (2011). «Влияют ли вирусы на генетический ландшафт глубинной подповерхностной биосферы?» . Границы микробиологии . 2 : 219. DOI : 10,3389 / fmicb.2011.00219 . ISSN 1664-302X . PMC 3211056 . PMID 22084639 .   
  258. ^ Suttle, Curtis A. (сентябрь 2005). «Вирусы в море». Природа . 437 (7057): 356–361. Bibcode : 2005Natur.437..356S . DOI : 10,1038 / природа04160 . ISSN 0028-0836 . PMID 16163346 . S2CID 4370363 .   
  259. ^ Suttle, Curtis A. (октябрь 2007). «Морские вирусы - основные игроки глобальной экосистемы». Обзоры природы микробиологии . 5 (10): 801–812. DOI : 10.1038 / nrmicro1750 . ISSN 1740-1526 . PMID 17853907 . S2CID 4658457 .   
  260. ^ Андерсон, Рика Э .; Sogin, Mitchell L .; Баросс, Джон А. (3 октября 2014 г.). «Эволюционные стратегии вирусов, бактерий и архей в экосистемах гидротермальных жерл, выявленные с помощью метагеномики» . PLOS ONE . 9 (10): e109696. Bibcode : 2014PLoSO ... 9j9696A . DOI : 10.1371 / journal.pone.0109696 . ISSN 1932-6203 . PMC 4184897 . PMID 25279954 .   
  261. ^ Ортманн, Алиса С .; Саттл, Кертис А. (август 2005 г.). «Высокая численность вирусов в системе глубоководных гидротермальных источников указывает на вирусно-опосредованную микробную смертность». Deep Sea Research Part I: Oceanographic Research Papers . 52 (8): 1515–1527. Bibcode : 2005DSRI ... 52.1515O . DOI : 10.1016 / j.dsr.2005.04.002 . ISSN 0967-0637 . 
  262. ^ Брейтбарт, Mya (15 января 2012). «Морские вирусы: правда или действие». Ежегодный обзор морской науки . 4 (1): 425–448. Bibcode : 2012ARMS .... 4..425B . DOI : 10.1146 / annurev-marine-120709-142805 . ISSN 1941-1405 . PMID 22457982 .  
  263. ^ Голденфельд, Найджел; Woese, Карл (январь 2007 г.). «Следующая революция биологии». Природа . 445 (7126): 369. arXiv : q-bio / 0702015 . Bibcode : 2007Natur.445..369G . DOI : 10.1038 / 445369a . ISSN 0028-0836 . PMID 17251963 . S2CID 10737747 .   
  264. ^ Deep Carbon Observatory (10 декабря 2018 г.). «Жизнь в глубинах Земли насчитывает от 15 до 23 миллиардов тонн углерода - в сотни раз больше, чем у людей» . EurekAlert! . Проверено 11 декабря 2018 .
  265. ^ Dockrill, Питер (11 декабря 2018). «Ученые обнаружили огромную биосферу жизни, скрытую под поверхностью Земли» . Уведомление о науке . Проверено 11 декабря 2018 .
  266. ^ Gabbatiss, Джош (11 декабря 2018). «Массовое исследование« глубокой жизни »выявило миллиарды тонн микробов, живущих далеко под поверхностью Земли» . Независимый . Проверено 11 декабря 2018 .
  267. ^ Лоллар, Гранат S .; Уорр, Оливер; Рассказывая, Джон; Osburn, Magdalena R .; Шервуд Лоллар, Барбара (2019). « « Следуй за водой »: гидрогеохимические ограничения на микробные исследования 2,4 км под поверхностью в обсерватории глубинных флюидов и глубинной жизни Кидд-Крик». Геомикробиологический журнал . 36 : 859–872. DOI : 10.1080 / 01490451.2019.1641770 . S2CID 199636268 . 
  268. ^ Самые старые подземные воды в мире поддерживают жизнь благодаря химическому составу воды и горных пород , 29 июля 2019 г., deepcarbon.net.
  269. Странные формы жизни, обнаруженные глубоко в шахте, указывают на обширные «подземные Галапагосы» , Кори С. Пауэлл, 7 сентября 2019 г., nbcnews.com.
  270. Самая старая вода на Земле, найденная глубоко под канадским щитом , 14 декабря 2016 г., Мэгги Ромулд
  271. Ву, Кэтрин Дж. (28 июля 2020 г.). «Эти микробы, возможно, выжили 100 миллионов лет под морским дном - спасенные из холодных, тесных и бедных питательными веществами домов, бактерии проснулись в лаборатории и начали расти» . Проверено 31 июля 2020 года .
  272. ^ Morono, Yuki; и другие. (28 июля 2020 г.). «Аэробная микробная жизнь сохраняется в кислородных морских отложениях возрастом 101,5 миллиона лет» . Nature Communications . 11 (3626): 3626. DOI : 10.1038 / s41467-020-17330-1 . PMC 7387439 . PMID 32724059 .  
  273. ^ a b Filee, J .; Tetart, F .; Саттл, Калифорния; Криш, HM (2005). «Морские бактериофаги типа Т4, вездесущий компонент темной материи биосферы» . Труды Национальной академии наук . 102 (35): 12471–12476. Bibcode : 2005PNAS..10212471F . DOI : 10.1073 / pnas.0503404102 . ISSN 0027-8424 . PMC 1194919 . PMID 16116082 .   
  274. ^ Университет Теннесси в Ноксвилле (25 сентября 2018 г.). «Исследование: микробная темная материя доминирует в окружающей среде Земли» . Eurekalert! . Проверено 26 сентября 2018 года .
  275. ^ Хедлунд, Брайан П .; Додсворт, Джереми А .; Муругапиран, Сентил К .; Ринке, Кристиан; Войке, Таня (2014). «Влияние одноклеточной геномики и метагеномики на зарождающийся взгляд на экстремофильную« микробную темную материю » ». Экстремофилы . 18 (5): 865–875. DOI : 10.1007 / s00792-014-0664-7 . ISSN 1431-0651 . PMID 25113821 . S2CID 16888890 .   
  276. Перейти ↑ May, RM (1988). «Сколько видов существует на земле?». Наука . 241 (4872): 1441–1449. Bibcode : 1988Sci ... 241.1441M . DOI : 10.1126 / science.241.4872.1441 . PMID 17790039 . S2CID 34992724 .  
  277. ^ Locey, KJ; Леннон, JT (2016). «Законы масштабирования предсказывают глобальное микробное разнообразие» . Труды Национальной академии наук . 113 (21): 5970–5975. Bibcode : 2016PNAS..113.5970L . DOI : 10.1073 / pnas.1521291113 . PMC 4889364 . PMID 27140646 .  
  278. ^ a b Виторино, LC; Бесса, Лос-Анджелес (2018). «Микробное разнообразие: разрыв между предполагаемым и известным» . Разнообразие . 10 (2): 46. DOI : 10,3390 / d10020046 . Материал был скопирован из этого источника, доступного по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  279. ^ a b c Karsenti, E .; Acinas, SG; Bork, P .; Bowler, C .; De Vargas, C .; Raes, J .; Салливан, М .; Arendt, D .; Benzoni, F .; Claverie, JM; Далее М. (2011). «Целостный подход к биологии морских экосистем» . PLOS Биология . 9 (10): e1001177. DOI : 10.1371 / journal.pbio.1001177 . PMC 3196472 . PMID 22028628 .  
  280. ^ Olsen GJ, Woese CR, Overbeek R (1994). «Ветры (эволюционных) изменений: вдохновение новой жизни в микробиологию» . Журнал бактериологии . 176 (1): 1–6. DOI : 10.2172 / 205047 . PMC 205007 . PMID 8282683 .  
  281. ^ Вёзе, CR (1987). «Бактериальная эволюция» . Микробиологические обзоры . 51 (2): 221–71. DOI : 10.1128 / MMBR.51.2.221-271.1987 . PMC 373105 . PMID 2439888 .  
  282. ^ a b Коллинз, Р. Эрик (2019) Маленький и могучий - Микробная жизнь NOAA: Исследование и исследование океана , экспедиция на подводные горы в заливе Аляски 2019. Эта статья включает текст из этого источника, который находится в общественном достоянии .
  283. ^ Käse L, Geuer JK. (2018) «Ответ фитопланктона на изменение морского климата - Введение» . В Jungblut S., Liebich V., Bode M. (Eds) YOUMARES 8 - Океаны через границы: учимся друг у друга , страницы 55–72, Springer. DOI : 10.1007 / 978-3-319-93284-2_5 .Материал был скопирован из этого источника, доступного по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  284. ^ Franco-Duarte, R .; Černáková, L .; Kadam, S .; Кошик, К .; Салехи, Б .; Bevilacqua, A .; Корбо, MR; Антолак, Н .; Dybka-Stępień, K .; Leszczewicz, M .; Релисон Тинтино, С. (2019). «Достижения химических и биологических методов идентификации микроорганизмов - от прошлого до настоящего» . Микроорганизмы . 7 (5): 130. DOI : 10.3390 / microorganisms7050130 . PMC 6560418 . PMID 31086084 .   Материал был скопирован из этого источника, доступного по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  285. ^ Lozupone, CA, Stombaugh, СО, Гордон, СО, Янссон, JK и Найт, Р. (2012) "Diversity, стабильность и устойчивость человеческого микрофлоры кишечника". Природа , 489 (7415): 220–230. DOI : 10.1038 / nature11550 .
  286. Venter, JC, Remington, K., Heidelberg, JF, Halpern, AL, Rusch, D., Eisen, JA, Wu, D., Paulsen, I., Nelson, KE, Nelson, W. и Fouts, DE ( 2004) «Секвенирование экологического генома Саргассова моря». Наука , 304 (5667): 66–74. DOI : 10.1126 / science.1093857 .
  287. ^ Лю, Л., Ли, Ю., Ли, С., Ху, Н., Хе, Ю., Понг, Р., Лин, Д., Лу, Л. и Ло, М. (2012) «Сравнение систем секвенирования нового поколения ». BioMed Research International , 2012 : 251364. дои : 10,1155 / 2012/251364 .
  288. ^ Берг, Габриэле ; Дарья Рыбакова, Дорин Фишер, Томислав Чернава, Мари-Кристин Шампомье Верже, Тревор Чарльз, Сяоюлонг Чен, Лука Коколин, Келли Эверсол, Хема Эрреро Корраль, Мария Казу, Линда Кинкель, Лене Ланге, Нельсон Лима, Александр Лой, Джеймс А. Маклин , Эммануэль Магуин, Тим Мочлин, Райан МакКлюр, Биргит Миттер, Мэтью Райан, Инга Саранд, Хауке Смидт, Беттина Шелкле, Хьюго Роум, Дж. Сегал Киран, Джозеф Селвин, Рафаэль Соарес Корреа де Соуза, Лео ван Овербек, Бражеш К. , Майкл Вагнер, Аарон Уолш, Анджела Сессич и Майкл Шлотер (2020) «Повторное посещение определения микробиома: старые концепции и новые проблемы». Микробиом , 8 (103): 1-22. DOI : 10,1186 / s40168-020-00875-0 .Материал был скопирован из этого источника, доступного по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  289. ^ Kodzius, R .; Годжобори, Т. (2015). «Морская метагеномика как источник биоразведки» . Морская геномика . 24 : 21–30. DOI : 10.1016 / j.margen.2015.07.001 . PMID 26204808 .  Материал был скопирован из этого источника, доступного по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  290. ^ Holtorf, Hauke; Гиттон, Мари-Кристин; Рески, Ральф (2002). «Функциональная геномика растений». Naturwissenschaften . 89 (6): 235–249. DOI : 10.1007 / s00114-002-0321-3 . PMID 12146788 . S2CID 7768096 .  
  291. ^ Каин, А.К., Барквист, Л., Гудман, А.Л., Полсен, ИТ, Паркхилл, Дж. И ван Опийнен, Т. (2020) «Десятилетие достижений в секвенировании с вставкой транспозонов». Nature Reviews Genetics , 21 : 526–540. DOI : 10.1038 / s41576-020-0244-х .
  292. ^ Чжан, В., Ли, Ф. и Ни, Л. (2010) «Объединение множественного анализа« омиков »для микробной биологии: применение и методологии». Микробиология , 156 (2): 287–301. DOI : 10.1099 / mic.0.034793-0 .
  293. ^ Сингх, Р.П. и Котари, Р. (2017) «Эпоха омиков и микробиомы хозяев» . В: Сингх Р.П., Котари Р., Коринга П.Г. и Сингх С.П. (ред.) Понимание взаимодействий хозяина и микробиома - подход омики , страницы 3–12, Springer. ISBN 9789811050503 . DOI : 10.1007 / 978-981-10-5050-3_1 
  294. ^ Capotondi А., Jacox, М., Bowler, К., Кавана, М., Lehodey П., Барри Д., Броди С., Chaffron С., Cheng, W., Dias, DF, Эвиллард, Д. и 20 других (2019) «Потребности в наблюдениях, поддерживающие моделирование и прогнозирование морских экосистем: от глобального океана до региональных и прибрежных систем». Frontiers в морской науке , 6 : 623. DOI : 10,3389 / fmars.2019.00623 .Материал был скопирован из этого источника, доступного по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  295. ^ Sunagawa, S., Coelho, LP, Chaffron, S., Kultima, JR, Labadie, K., Salazar, G., et al. (2015). «Планктон океана. Структура и функции микробиома глобального океана». Наука , 348 : 1261359. дои : 10.1126 / science.1261359 .
  296. ^ Guidi, L., Chaffron, S., Bittner, L., Eveillard, D., Larhlimi, A., Roux, S., et al. (2016). «Планктонные сети, стимулирующие экспорт углерода в олиготрофном океане». Природа , 532 : 465–470. DOI : 10,1038 / природа16942 .
  297. ^ Guyennon, A., Baklouti, M., Diaz, F., Palmieri, J., Beuvier, J., Lebaupin-Brossier, C., et al. (2015). «Новые сведения об экспорте органического углерода в Средиземном море на основе трехмерного моделирования». Биогеонауки , 11 : 425–442. DOI : 10.5194 / BG-12-7025-2015 .
  298. ^ Лука, С., Parfrey, ДВ и Doebeli, М. (2016). «Разделение функции и таксономии в микробиоме глобального океана». Science , 353 : 1272–1277. DOI : 10.1126 / science.aaf4507 .
  299. Перейти ↑ Coles, VJ, Stukel, MR, Brooks, MT, Burd, A., Crump, BC, Moran, MA, et al. (2017). «Биогеохимия океана смоделирована с помощью геномики на основе новых признаков». Science , 358 : 1149–1154. DOI : 10.1126 / science.aan5712 .
  300. ^ Ложная, Т., Дайнес, SJ, Geider, Р., Коллинз, С., Metodiev, М., Миллар, AJ, Моултон, В. и Лентона, ТМ (2016) «Преодоление разрыва между omics и наукисистеме Земли чтобы лучше понять, как изменение окружающей среды влияет на морские микробы ". Биология глобальных изменений , 22 (1): 61–75. DOI : 10.1111 / gcb.12983 .Материал был скопирован из этого источника, доступного по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  301. ^ a b Toseland A, Daines SJ и Clark JR et al. (2013) «Влияние температуры на распределение ресурсов морского фитопланктона и метаболизм». Природа изменения климата , 3 : 979- 984. DOI : 10.1038 / nclimate1989 .
  302. ^ Martiny AC, Pham CTA, Primeau FW, Vrugt JA, Moore JK, Levin SA и Lomas MW (2013) "Сильные широтные закономерности в соотношении элементов морского планктона и органического вещества". Природа Геонауки , 6 : 279–283. DOI : 10.1038 / ngeo1757 .

Общие ссылки [ править ]

  • Haq BU и Boersma A. (Eds.) (1998) Введение в морскую микропалеонтологию Elsevier. ISBN 9780080534961 
  • Кирчман, Дэвид Л. (2018) Процессы в микробной экологии Oxford University Press. ISBN 9780192506474 
  • Хельмрайх, Стефан (2009) Чужой океан: антропологические путешествия в микробных морях Калифорнийского университета Press. ISBN 9780520942608 
  • Манн, Колин Б. (2019) Морская микробиология: экология и приложения CRC Press. ISBN 9780429592362 
  • Сталь Л.Дж. и Кретою М.С. (2016) Морской микробиом: неиспользованный источник биоразнообразия и биотехнологического потенциала Springer. ISBN 9783319330006 
  • Middelboe M и Corina Brussaard CPD (Eds.) Marine Viruses 2016 , MDPI. ISBN 978-3-03842-621-9 Скачать PDF 
  • Оцука С., Судзаки Т., Хоригучи Т., Сузуки Н. и Не Ф (ред.) (2015) Морские протисты: разнообразие и динамика Springer. ISBN 9784431551300 
  • Johnson MD и V. Moeller HV (2019) Миксотрофия у протистов: от модельных систем к математическим моделям , 2-е издание, Frontiers Media. ISBN 9782889631483 
  • Радиолярийное искусство