Гопаноиды представляют собой разнообразный подкласс тритерпеноидов с таким же углеводородным скелетом, что и составной гопан . Эта группа пентациклических молекул , следовательно , относится к простым hopenes, hopanols и гопанам, но и широко функционализированным производным , таким как bacteriohopanepolyols (BHPs) и hopanoids , ковалентно присоединенный к липиду А . [1] [2]
Первый известный гопаноид, гидроксигопанон, был выделен двумя химиками в Национальной галерее в Лондоне, работавшими над химией даммаровой камеди , природной смолы, используемой в качестве лака для картин. [3] Хотя часто предполагается, что гопаноиды образуются только в бактериях, их название на самом деле происходит от обилия гопаноидных соединений в смоле растений из рода Hopea . В свою очередь, этот род назван в честь Джона Хоуп , первый Regius Хранителя из Королевского ботанического сада Эдинбурга .
С момента их первоначального открытия у покрытосеменных гопаноиды были обнаружены в плазматических мембранах бактерий , лишайников , мохообразных , папоротников , тропических деревьев и грибов . [4] Гопаноиды имеют стабильные полициклические структуры, которые хорошо сохраняются в нефтяных резервуарах, породах и отложениях, что позволяет интерпретировать диагенетические продукты этих молекул как биомаркеры наличия определенных микробов и потенциально химических или физических условий во время осаждение . [5] Гопаноидов у архей не обнаружено . [6] [7]
Биологическая функция
Около 10% секвенированных бактериальных геномов имеют предполагаемый ген shc , кодирующий сквален-гопенциклазу, и предположительно могут производить гопаноиды, которые, как было показано, играют различные роли в плазматической мембране и могут позволить некоторым организмам адаптироваться в экстремальных условиях. [8] [9]
Поскольку гопаноиды изменяют свойства плазматической мембраны у бактерий, их часто сравнивают со стеролами (например, холестерином ), которые регулируют текучесть мембран и выполняют другие функции у эукариот . [10] Хотя гопаноиды не спасают дефицит стерола, считается, что они увеличивают жесткость мембран и снижают проницаемость. [9] [11] [12] Также было показано , что гаммапротеобактерии и эукариотические организмы, такие как лишайники и мохообразные, продуцируют как стерины, так и гопаноиды, что позволяет предположить, что эти липиды могут иметь другие различные функции. [4] [13] Примечательно, что способ упаковки гопаноидов в плазматическую мембрану может меняться в зависимости от того, какие функциональные группы присоединены. Гопаноид bacteriohopanetetrol предполагает поперечную ориентацию липидных бислоев , но диплоптен локализуется между внутренним и внешним листком, предположительно утолщая мембрану для уменьшения проницаемости. [14]
Гопаноид диплоптерол упорядочивает мембраны, взаимодействуя с липидом А , обычным мембранным липидом у бактерий, аналогично тому, как холестерин и сфинголипиды взаимодействуют в плазматических мембранах эукариот. [10] Диплоптерол и холестерин, как было продемонстрировано, способствуют конденсации и ингибируют образование гелевой фазы как в монослоях сфингомиелина, так и в монослоях модифицированного гликаном липида A. Кроме того, как диплоптерол, так и холестерин могут восстанавливать pH-зависимые фазовые переходы в монослоях липида A, модифицированного гликаном . [10] Роль гопаноидов в мембранно-опосредованной толерантности к кислоте дополнительно подтверждается наблюдениями за ингибируемым кислотой ростом и морфологическими аномалиями плазматической мембраны у гопаноид-дефицитных бактерий с мутантными сквален-гопенциклазами. [15] [16]
Гопаноиды производятся несколькими азотфиксирующими бактериями . [9] У актиномицетов Frankia гопаноиды в мембранах везикул, специализирующихся на фиксации азота, вероятно, ограничивают поступление кислорода , делая липидный бислой более плотным и компактным. [17] У Bradyrhizobium гопаноиды, химически связанные с липидом А, увеличивают стабильность и жесткость мембран, повышая устойчивость к стрессу и внутриклеточную выживаемость бобовых растений Aeschynomene . [18] У цианобактерий Nostoc punctiforme большие количества 2-метилгопаноидов локализуются на внешних мембранах структур выживания, называемых акинетами . [19] В другом примере стрессоустойчивости считается, что гопаноиды в надземных гифах (структурах, несущих споры) прокариотических почвенных бактерий Streptomyces сводят к минимуму потерю воды через мембрану в воздух. [20]
Биосинтез
Синтез сквалена
Поскольку гопаноиды являются C₃₀-терпеноидом, биосинтез начинается с изопентенилпирофосфата (IPP) и диметилаллилпирофосфата (DMAP), которые объединяются с образованием изопреноидов с более длинной цепью . [2] Синтез этих более мелких предшественников происходит либо через мевалонатный путь, либо через метилэритритол-4-фосфатный путь, в зависимости от вида бактерий, хотя последний, как правило, более распространен. [21] DMAP конденсируется с одной молекулой IPP до геранилпирофосфата , который, в свою очередь, конденсируется с другим IPP с образованием фарнезилпирофосфата (FPP) . [2] Скваленсинтаза , кодируемая геном sqs , затем катализирует конденсацию двух молекул FPP в прескваленпирофосфат (PSPP) перед окислением NADPH с высвобождением сквалена . [22] Однако у некоторых гопаноид-продуцирующих бактерий отсутствует скваленсинтаза, и вместо этого они используют три фермента HpnC, HpnD и HpnE, которые кодируются в опероне hpn со многими другими генами биосинтеза гопаноидов. [23] В этом альтернативном, но, казалось бы, более распространенном пути синтеза сквалена, HpnD высвобождает пирофосфат, поскольку он конденсирует две молекулы FPP в PSPP, который HpnC превращает в гидроксисквален, потребляя молекулу воды и высвобождая другой пирофосфат. Затем гидроксисквален восстанавливается до сквалена в реакции дегидратации, опосредованной FAD- зависимым ферментом HpnE. [22]
Циклизация
Затем сквален-гопенциклаза катализирует сложную реакцию циклизации, вовлекая сквален в энергетически выгодную конформацию «все кресло» перед созданием 5 циклов, 6 ковалентных связей и 9 хиральных центров в молекуле за одну стадию. [24] [25] Этот фермент, кодируемый геном shc ( также называемый hpnF у некоторых бактерий), имеет двойную-образную складку, характерную для биосинтеза терпеноидов [26], и присутствует в клетке как монотопный гомодимер , что означает пары циклазы встроены в плазматическую мембрану, но не покрывают ее. [24] [27] In vitro этот фермент проявляет беспорядочную субстратную специфичность, а также циклизует 2,3-оксидосквален . [28]
Ароматические остатки в активном центре образуют несколько неблагоприятных карбокатионов на субстрате, которые гасятся быстрой полициклизацией. [25] На последнем этапе реакции циклизации, после того, как электроны, составляющие концевую алкеновую связь на сквалене, атаковали гопенильный карбокатион, чтобы замкнуть кольцо E, карбокатион C-22 может быть погашен механизмами, которые приводят к различным гопаноидным продуктам. Нуклеофильная атака воды даст диплоптерол, в то время как депротонирование на соседнем атоме углерода приведет к образованию одного из нескольких изомеров гопена, часто диплоптена. [4]
Функционализация
После циклизации гопаноиды часто модифицируются ферментами биосинтеза гопаноидов, кодируемыми генами того же оперона, что и shc , hpn . [29] Например, радикальный белок SAM HpnH добавляет аденозиновую группу к диплоптену, образуя удлиненный гопаноид C35 аденозилгопан, который затем может быть дополнительно функционализирован другими продуктами гена hpn . [30] HpnG катализирует удаление аденина из аденозилгопана с образованием рибозилгопана, который реагирует с образованием бактериогопанететрола (BHT) в реакции, опосредованной неизвестным ферментом. [31] Дополнительные модификации могут происходить, когда HpnO аминирует концевой гидроксил на BHT, образуя аминобактериогопанетриол , или когда гликозилтрансфераза HpnI превращает BHT в N-ацетилглюкозаминил-BHT. [32] Последовательно, белок HpnK, связанный с биосинтезом гопаноидов, опосредует деацетилирование глюкозаминил-BHT, из которого радикальный белок SAM HpnJ генерирует простой циклитоловый эфир. [32]
Важно отметить, что гопаноиды C30 и C35 одинаково могут быть метилированы в положениях C-2 и C-3 радикалами SAM метилтрансферазы HpnP и HpnR, соответственно. [33] [34] Эти два метилирования особенно геостабильны по сравнению с модификациями боковых цепей и занимают геобиологов на протяжении десятилетий. [9]
В биосинтетическом пути, характерном только для некоторых бактерий, фермент тетрагиманолсинтаза катализирует превращение гопаноидного диплоптена в пентациклический тритерпеноид тетрагиманол . У эукариот, таких как Tetrahymena , тетрагиманол вместо этого синтезируется непосредственно из сквалена циклазой, не имеющей гомологии с бактериальной тетрагиманолсинтазой. [35]
В палеобиологии
Гопаноиды считаются наиболее распространенным естественным продуктом на Земле, оставаясь в органической фракции всех отложений, независимо от возраста, происхождения или природы. [36] Биомолекулы, такие как ДНК и белки, разрушаются во время диагенеза , но полициклические липиды сохраняются в окружающей среде в течение геологических временных масштабов из-за их слитых стабильных структур. [37] Хотя hopanoids и стерины сводятся к гопанам и стеран во время осаждения, эти диагенетические продукты могут все еще быть полезными биомаркерами, или молекулярные окаменелости, для изучения коэволюции ранней жизни и Земли. [37] [38]
Роджер Саммонс и его коллеги сообщили о 2-метилгопане, предположительно из фотосинтетических цианобактерий и стеранов, как о молекулярных окаменелостях, сохранившихся в сланцах 2,7 Гья в регионе Пилбара в Западной Австралии . [39] Присутствие обильных 2-альфа-метилгопанов, сохранившихся в этих сланцах, было интерпретировано как свидетельство оксигенного фотосинтеза, по крайней мере, 2,7 ГДа, неожиданно предполагая 400-миллионный разрыв между развитием оксигенного метаболизма и тем временем, когда атмосфера Земли стала окислительной. Эта интерпретация записи биомаркера была поставлена под сомнение, когда было продемонстрировано, что Geobacter sulfurereducens синтезирует различные гопанолы, но не 2-метил-гопанолы, при выращивании в строго анаэробных условиях. [8] Целостность 2-метилгопанов как биомаркеров кислородного фотосинтеза затем была ослаблена свидетельствами того, что фототроф Rhodopseudomonas palustris продуцирует 2-метил-BHP только в бескислородных условиях. [40] Конкретные доказательства были получены в результате исследований, показывающих, что не все цианобактерии производят гопаноиды и что гены, кодирующие метилтрансферазу HpnP, присутствуют в нефотосинтетических альфа-протеобактериях и ацидобактериях . [33] [41]
Результаты биомаркеров в сланцах Пилбара-Кратон были позже полностью отвергнуты во время более поздних оценок летописи ископаемых тритерпеноидов. [42] В настоящее время самыми старыми обнаруженными тритерпеноидными окаменелостями являются мезопротерозойские окенаны , стераны и метилгопаны из бассейна 1,64 Гя в Австралии. [43] Однако анализ молекулярных часов показывает, что самые ранние стеролы, вероятно, были произведены около 2,3 Гя, примерно в то же время, что и Великое событие окисления , а синтез гопаноидов возник еще раньше. [44]
По нескольким причинам гопаноиды и сквален-гопенциклазы считаются более древними, чем стеролы и оксидоскваленциклазы. Во-первых, диплоптерол синтезируется, когда вода гасит карбокатион C-22, образующийся во время полициклизации. Это указывает на то, что гопаноиды могут быть получены без молекулярного кислорода и могли служить заменителем стеринов до того, как в атмосфере накопился кислород, который вступает в реакцию со скваленом в реакции, катализируемой скваленмонооксигеназой во время биосинтеза стеролов. [1] Кроме того, сквален связывается со сквален-гопенциклазами в низкоэнергетической конформации «все кресло», в то время как оксидосквален циклизуется в более напряженной конформации «кресло-лодка-кресло-лодка». [4] [45] Сквален-гопенциклазы также демонстрируют большую неразборчивость субстратов в том, что они циклизуют оксидосквален in vitro , что заставляет некоторых ученых выдвигать гипотезу, что они являются эволюционными предшественниками оксидоскваленциклаз. [45] Другие ученые предложили , что сквален-hopene и oxidosqualene циклазы отклонялись от общего предка, предполагаемой бактериальной циклазы , что сделало бы трициклический malabaricanoid или тетрациклический dammaranoid продукта. [1] [46]
Промышленное значение
Элегантный механизм протоназной активности сквален-гопенциклазы был оценен и адаптирован инженерами-химиками из Штутгартского университета, Германия. Конструирование активного сайта привело к потере способности фермента образовывать гопаноиды, но позволило провести кислотный катализ Бренстеда для стереоселективной циклизации монотерпеноидов гераниола , эпоксигераниола и цитронеллаля . [47]
Актуальность в сельском хозяйстве
Применение гопаноидов и азотфиксаторов, продуцирующих гопаноиды, в почву было предложено и запатентовано как метод биоудобрения, повышающий устойчивость к окружающей среде ассоциированных с растениями микробных симбионтов, включая азотфиксирующие бактерии, которые необходимы для преобразования атмосферного азота в растворимые формы, доступные для сельскохозяйственных культур. . [48]
Медицинское значение
Во время более поздних исследований взаимодействий между диплоптеролом и липидом А у Methylobacterium extorquens было обнаружено, что перенос нескольких лекарственных препаратов является гопаноид-зависимым процессом. Мутанты сквален-гопенциклазы, происходящие от дикого типа, способные к оттоку нескольких лекарственных препаратов, механизму устойчивости к лекарственным средствам, опосредованному интегральными транспортными белками, утратили способность выполнять как перенос нескольких лекарственных средств, так и синтез гопаноидов. [12] Исследователи указывают, что это может быть связано с прямой регуляцией транспортных белков гопаноидами или косвенно путем изменения порядка мембран, которое нарушает транспортную систему. [12]
Рекомендации
- ^ a b c Welander PV (август 2019). «Расшифровка истории эволюции микробных циклических тритерпеноидов» . Свободная радикальная биология и медицина . Ранняя жизнь на Земле и окислительный стресс. 140 : 270–278. DOI : 10.1016 / j.freeradbiomed.2019.05.002 . PMID 31071437 .
- ^ а б в Sohlenkamp C, Geiger O (январь 2016 г.). «Липиды бактериальных мембран: разнообразие структур и путей» . FEMS Microbiology Reviews . 40 (1): 133–59. DOI : 10.1093 / femsre / fuv008 . PMID 25862689 .
- ^ Миллс Дж. С., Вернер А. Э. (1 января 1955 г.). «Химия даммаровой смолы». Журнал химического общества (возобновленный) : 3132–3140. DOI : 10.1039 / JR9550003132 . ISSN 0368-1769 .
- ^ а б в г Фолькман Дж. К. (01.02.2005). «Стерины и другие тритерпеноиды: специфичность источника и эволюция биосинтетических путей». Органическая геохимия . 36 (2): 139–159. DOI : 10.1016 / j.orggeochem.2004.06.013 .
- ^ Хант Дж. М., Филп Р. П., Квенволден К. А. (01.09.2002). «Ранние разработки в геохимии нефти». Органическая геохимия . 33 (9): 1025–1052. DOI : 10.1016 / S0146-6380 (02) 00056-6 .
- ^ Уильям В. Кристи. "Библиотека липидов AOCS. Гопаноиды". Американское общество химиков-нефтяников. Архивировано 5 марта 2016 года. Проверено 17 ноября 2015.
- ^ «Гопаноиды - липидная библиотека AOCS» . 2016-03-05. Архивировано из оригинала на 2016-03-05 . Проверено 6 марта 2020 .
- ^ а б Фишер WW, Summons RE, Pearson A (2005). «Целевое геномное обнаружение биосинтетических путей: анаэробное производство гопаноидных биомаркеров обычным осадочным микробом». Геобиология . 3 (1): 33–40. DOI : 10.1111 / j.1472-4669.2005.00041.x .
- ^ а б в г Белин Б.Дж., Бассет Н., Жиро Э., Молинаро А., Силипо А., Ньюман Д.К. (май 2018 г.). «Гопаноидные липиды: от мембран до взаимодействия растений и бактерий» . Обзоры природы. Микробиология . 16 (5): 304–315. DOI : 10.1038 / nrmicro.2017.173 . PMC 6087623 . PMID 29456243 .
- ^ а б в Саенс Дж. П., Сезгин Э., Швилле П., Симонс К. (август 2012 г.). «Функциональная конвергенция гопаноидов и стеринов в мембранном упорядочивании» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 109 (35): 14236–40. Bibcode : 2012PNAS..10914236S . DOI : 10.1073 / pnas.1212141109 . PMC 3435179 . PMID 22893685 .
- ^ Wu CH, Bialecka-Fornal M, Newman DK (январь 2015 г.). Кларди Дж (ред.). «Метилирование в положении C-2 гопаноидов увеличивает жесткость мембран нативных бактерий» . eLife . 4 : e05663. DOI : 10.7554 / eLife.05663 . PMC 4337730 . PMID 25599566 .
- ^ а б в Саенс Дж. П., Гроссер Д., Брэдли А.С., Лагни Т.Дж., Лавриненко О., Брода М., Саймонс К. (сентябрь 2015 г.). «Гопаноиды как функциональные аналоги холестерина в бактериальных мембранах» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 112 (38): 11971–6. Bibcode : 2015PNAS..11211971S . DOI : 10.1073 / pnas.1515607112 . PMC 4586864 . PMID 26351677 .
- ^ Типпельт А., Янке Л., Поралла К. (март 1998 г.). «Сквален-гопенциклаза из Methylococcus capsulatus (Bath): бактерия, продуцирующая гопаноиды и стероиды». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Липиды и липидный метаболизм . 1391 (2): 223–32. DOI : 10.1016 / S0005-2760 (97) 00212-9 . PMID 9555026 .
- ^ Погер Д., Марк А.Е. (декабрь 2013 г.). «Относительный эффект стеролов и гопаноидов на липидные бислои: когда сопоставимы, не идентичны». Журнал физической химии B . 117 (50): 16129–40. DOI : 10.1021 / jp409748d . PMID 24299489 .
- ^ Шмерк К.Л., Бернардс М.А., Вальвано М.А. (декабрь 2011 г.). «Продукция гопаноидов необходима для устойчивости к низким pH, устойчивости к противомикробным препаратам и подвижности Burkholderia cenocepacia» . Журнал бактериологии . 193 (23): 6712–23. DOI : 10.1128 / JB.05979-11 . PMC 3232912 . PMID 21965564 .
- ^ Веландер П.В., Хантер Р.С., Чжан Л., Сессионс А.Л., Summons RE, Ньюман, Д.К. (октябрь 2009 г.). «Гопаноиды играют роль в целостности мембран и гомеостазе pH в TIE-1 Rhodopseudomonas palustris» . Журнал бактериологии . 191 (19): 6145–56. DOI : 10.1128 / JB.00460-09 . PMC 2747905 . PMID 19592593 .
- ^ Берри А.М., Харриотт О.Т., Моро Р.А., Осман С.Ф., Бенсон Д.Р., Джонс А.Д. (июль 1993 г.). «Гопаноидные липиды составляют оболочку пузырьков Frankia, предполагаемый барьер диффузии кислорода для нитрогеназы» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 90 (13): 6091–4. Bibcode : 1993PNAS ... 90.6091B . DOI : 10.1073 / pnas.90.13.6091 . PMC 46873 . PMID 11607408 .
- ^ Silipo A, Vitiello G, Gully D, Sturiale L, Chaintreuil C, Fardoux J и др. (Октябрь 2014 г.). «Ковалентно связанный гопаноид-липид А улучшает устойчивость внешней мембраны симбионта бобовых Bradyrhizobium» . Nature Communications . 5 (1): 5106. Bibcode : 2014NatCo ... 5.5106S . DOI : 10.1038 / ncomms6106 . PMID 25355435 .
- ^ Даути DM, Hunter RC, Summons RE, Newman DK (декабрь 2009 г.). «2-Метилгопаноиды максимально продуцируются в акинетах Nostoc punctiforme: геобиологические последствия» . Геобиология . 7 (5): 524–32. DOI : 10.1111 / j.1472-4669.2009.00217.x . PMC 2860729 . PMID 19811542 .
- ^ Поралла К., Мут Г., Хертнер Т. (август 2000 г.). «Гопаноиды образуются при переходе от субстрата к воздушным гифам у Streptomyces coelicolor A3 (2)» . Письма о микробиологии FEMS . 189 (1): 93–5. DOI : 10.1111 / j.1574-6968.2000.tb09212.x . PMID 10913872 .
- ^ Перес-Хиль Дж., Родригес-Консепсьон М. (май 2013 г.). «Метаболическая пластичность для биосинтеза изопреноидов у бактерий» . Биохимический журнал . 452 (1): 19–25. DOI : 10.1042 / BJ20121899 . PMID 23614721 .
- ^ а б Пан JJ, Solbiati JO, Ramamoorthy G, Hillerich BS, Seidel RD, Cronan JE, et al. (2015-05-27). «Биосинтез сквалена из фарнезилдифосфата в бактериях: три стадии, катализируемые тремя ферментами» . АСУ Центральная Наука . 1 (2): 77–82. DOI : 10.1021 / acscentsci.5b00115 . PMC 4527182 . PMID 26258173 .
- ^ ван дер Донк WA (май 2015 г.). «Бактерии делают это по-другому: альтернативный путь к сквалену» . АСУ Центральная Наука . 1 (2): 64–5. DOI : 10.1021 / acscentsci.5b00142 . PMC 4827487 . PMID 27162951 .
- ^ а б Зиденбург Г., Ендроссек Д. (июнь 2011 г.). «Сквален-гопенциклазы» . Прикладная и экологическая микробиология . 77 (12): 3905–15. DOI : 10,1128 / AEM.00300-11 . PMC 3131620 . PMID 21531832 .
- ^ а б Хосино Т., Сато Т. (февраль 2002 г.). «Сквален-гопенциклаза: каталитический механизм и распознавание субстрата». Химические коммуникации (4): 291–301. DOI : 10.1039 / B108995C . PMID 12120044 .
- ^ Syrén PO, Henche S, Eichler A, Nestl BM, Hauer B (декабрь 2016 г.). «Сквален-гопенциклазы - эволюция, динамика и каталитические возможности». Текущее мнение в структурной биологии . Мультибелковые сборки в передаче сигналов • Катализ и регуляция. 41 : 73–82. DOI : 10.1016 / j.sbi.2016.05.019 . PMID 27336183 .
- ^ Данг Т., Прествич Г.Д. (август 2000 г.). «Сайт-направленный мутагенез сквален-гопенциклазы: измененная специфичность субстрата и распределение продукта» . Химия и биология . 7 (8): 643–9. DOI : 10.1016 / S1074-5521 (00) 00003-X . PMID 11048954 .
- ^ Rohmer M, Anding C, Ourisson G (декабрь 1980 г.). «Неспецифический биосинтез тритерпенов гопана бесклеточной системой из Acetobacter pasteurianum» . Европейский журнал биохимии . 112 (3): 541–7. DOI : 10.1111 / j.1432-1033.1980.tb06117.x . PMID 7460938 .
- ^ Перцль М., Райпен И.Г., Шмитц С., Поралла К., Сам Х., Шпренгер Г.А., Канненберг Е.Л. (июль 1998 г.). «Клонирование консервативных генов Zymomonas mobilis и Bradyrhizobium japonicum, которые участвуют в биосинтезе гопаноидных липидов». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Липиды и липидный метаболизм . 1393 (1): 108–18. DOI : 10.1016 / S0005-2760 (98) 00064-2 . PMID 9714766 .
- ^ Брэдли А.С., Пирсон А., Саенс Дж. П., Маркс С.Дж. (01.10.2010). «Аденозилгопан: первое промежуточное соединение в биосинтезе боковой цепи гопаноидов». Органическая геохимия . 41 (10): 1075–1081. DOI : 10.1016 / j.orggeochem.2010.07.003 .
- ^ Лю В., Сакр Э., Шеффер П., Талбот Х.М., Дониси Дж., Хертнер Т. и др. (Сентябрь 2014 г.). «Рибозилхопан, новый бактериальный гопаноид, как предшественник бактериогопанеполиолов C35 в Streptomyces coelicolor A3 (2)» . ChemBioChem . 15 (14): 2156–61. DOI : 10.1002 / cbic.201402261 . PMC 4245026 . PMID 25155017 .
- ^ а б Schmerk CL, Welander PV, Hamad MA, Bain KL, Bernards MA, Summons RE, Valvano MA (март 2015 г.). "Выяснение пути биосинтеза гопаноидов Burkholderia cenocepacia раскрывает функции консервативных белков в гопаноид-продуцирующих бактериях" (PDF) . Экологическая микробиология . 17 (3): 735–50. DOI : 10.1111 / 1462-2920.12509 . PMID 24888970 .
- ^ а б Веландер П.В., Коулман М.Л., Сессии А.Л., Summons RE, Ньюман, Д.К. (май 2010 г.). «Идентификация метилазы, необходимой для производства 2-метилгопаноидов, и значение для интерпретации осадочных гопанов» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 107 (19): 8537–42. Bibcode : 2010PNAS..107.8537W . DOI : 10.1073 / pnas.0912949107 . PMC 2889317 . PMID 20421508 .
- ^ Веландер П.В., Summons RE (август 2012 г.). «Открытие, таксономическое распределение и фенотипическая характеристика гена, необходимого для продукции 3-метилгопаноидов» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 109 (32): 12905–10. Bibcode : 2012PNAS..10912905W . DOI : 10.1073 / pnas.1208255109 . PMC 3420191 . PMID 22826256 .
- ^ Банта А.Б., Вэй Дж. Х., Веландер П. В. (ноябрь 2015 г.). «Отличный путь синтеза тетрагиманола в бактериях» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 112 (44): 13478–83. Bibcode : 2015PNAS..11213478B . DOI : 10.1073 / pnas.1511482112 . PMC 4640766 . PMID 26483502 .
- ^ Уриссон Г., Альбрехт П. (сентябрь 1992 г.). «Гопаноиды. 1. Геохопаноиды: самые распространенные природные продукты на Земле?». Счета химических исследований . 25 (9): 398–402. DOI : 10.1021 / ar00021a003 .
- ^ а б Вызывает RE, Lincoln SA (30 марта 2012 г.). «Биомаркеры: информационные молекулы для исследований в геобиологии». Основы геобиологии . John Wiley & Sons, Ltd., стр. 269–296. DOI : 10.1002 / 9781118280874.ch15 . ISBN 978-1-118-28087-4.
- ^ Knoll AH (2003). Жизнь на молодой планете: первые три миллиарда лет эволюции на Земле . Принстон, Нью-Джерси: Издательство Принстонского университета. ISBN 0-691-00978-3. OCLC 50604948 .
- ^ Brocks JJ, Logan GA, Buick R, Summons RE (август 1999 г.). «Архейские молекулярные окаменелости и ранний рост эукариот». Наука . 285 (5430): 1033–6. DOI : 10.1126 / science.285.5430.1033 . PMID 10446042 .
- ^ Rashby SE, Sessions AL, Summons RE, Newman DK (сентябрь 2007 г.). «Биосинтез 2-метилбактериогопанеполиолов аноксигенным фототрофом» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 104 (38): 15099–104. Bibcode : 2007PNAS..10415099R . DOI : 10.1073 / pnas.0704912104 . PMC 1986619 . PMID 17848515 .
- ^ Talbot HM, Summons RE, Jahnke LL, Cockell CS, Rohmer M, Farrimond P (1 февраля 2008 г.). «Сигнатуры цианобактерий бактериогопанеполиола из культур и природных условий окружающей среды». Органическая геохимия . 39 (2): 232–263. DOI : 10.1016 / j.orggeochem.2007.08.006 .
- ^ French KL, Hallmann C, Hope JM, Schoon PL, Zumberge JA, Hoshino Y и др. (Май 2015 г.). «Переоценка углеводородных биомаркеров в архейских породах» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 112 (19): 5915–20. Bibcode : 2015PNAS..112.5915F . DOI : 10.1073 / pnas.1419563112 . PMC 4434754 . PMID 25918387 .
- ^ Brocks JJ, Love GD, Summons RE, Knoll AH, Logan GA, Bowden SA (октябрь 2005 г.). «Биомаркеры зеленых и пурпурных серных бактерий в стратифицированном палеопротерозойском море». Природа . 437 (7060): 866–70. Bibcode : 2005Natur.437..866B . DOI : 10,1038 / природа04068 . PMID 16208367 . S2CID 4427285 .
- ^ Gold DA, Caron A, Fournier GP, Summons RE (март 2017 г.). «Палеопротерозойский биосинтез стеролов и повышение уровня кислорода». Природа . 543 (7645): 420–423. Bibcode : 2017Natur.543..420G . DOI : 10,1038 / природа21412 . ЛВП : 1721,1 / 128450 . PMID 28264195 . S2CID 205254122 .
- ^ а б Уриссон Г., Альбрехт П., Ромер М. (1982-07-01). «Прогнозирующая микробная биохимия - от молекулярных окаменелостей до прокариотических мембран». Направления биохимических наук . 7 (7): 236–239. DOI : 10.1016 / 0968-0004 (82) 90028-7 . ISSN 0968-0004 .
- ^ Фишер В.В., Пирсон А. (2007). «Гипотезы происхождения и ранней эволюции тритерпеноидциклаз». Геобиология . 5 (1): 19–34. DOI : 10.1111 / j.1472-4669.2007.00096.x .
- ^ Hammer SC, Марьянович A, Доминикус JM, Nestl BM, Hauer B (февраль 2015 г.). «Скваленгопенциклазы представляют собой протоназы для стереоселективного кислотного катализа Бренстеда». Природа Химическая биология . 11 (2): 121–6. DOI : 10.1038 / nchembio.1719 . PMID 25503928 .
- ^ США 2017107160 , Newman DK, Кулкарни G, Белин BJ, «Hopanoids бактерии и родственные Биоудобрения, композиция, способы и система», выданные 2016-10-19, присвоенное Калифорнийский технологический институт