Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Роль микробного сообщества в морском углеродном цикле

Морские микроорганизмы определяются их средой обитания как микроорганизмы, обитающие в морской среде , то есть в соленой воде моря или океана или в солоноватой воде прибрежного лимана . Микроорганизм (или микроб ) - это любой микроскопический живой организм или вирус , который слишком мал, чтобы увидеть его невооруженным глазом без увеличения. Микроорганизмы очень разнообразны. Они могут быть одноклеточными [1] или многоклеточными и включать бактерии , археи , вирусы и большинствопростейшие , а также некоторые грибы , водоросли и животные, такие как коловратки и копеподы . Многие макроскопические животные и растения имеют микроскопические ювенильные стадии . Некоторые микробиологи также классифицируют биологически активные вещества, такие как вирусы и вироиды, как микроорганизмы, но другие считают их неживыми. [2] [3]

По разным оценкам, морские микроорганизмы составляют около 70% [4] или около 90% [5] [6] биомассы в океане. Вместе они образуют морской микробиом . За миллиарды лет этот микробиом развил множество стилей жизни и приспособлений и стал участвовать в глобальном круговороте почти всех химических элементов. [7] Микроорганизмы имеют решающее значение для повторного использования питательных веществ в экосистемах, поскольку они действуют как разлагатели . Они также ответственны почти за весь фотосинтез , происходящий в океане, а также за круговорот углерода , азота ифосфор и другие питательные вещества и микроэлементы. [8] Морские микроорганизмы поглощают большое количество углерода и производят большую часть кислорода в мире.

Небольшая часть морских микроорганизмов является патогенной , вызывая болезни и даже смерть морских растений и животных. [9] Однако морские микроорганизмы перерабатывают основные химические элементы , производя и потребляя около половины всех органических веществ, образующихся на планете каждый год. Морские микробные системы, обитающие в самой крупной окружающей среде на Земле, вызывают изменения во всех глобальных системах.

В июле 2016 года, ученые сообщили , идентифицирующий набор 355 генов из последнего универсального общего предка (LUCA) всей жизни на планете, в том числе морских микроорганизмов. [10] Несмотря на свое разнообразие, микроскопическая жизнь в Мировом океане все еще плохо изучена. Например, роль вирусов в морских экосистемах практически не исследовалась даже в начале 21 века. [11]

Обзор [ править ]

микробные маты
Строматолиты образуются из микробных матов, поскольку микробы медленно движутся вверх, чтобы избежать удушения осадком.
Хотя недавние технологические разработки и научные открытия были значительными, нам все еще не хватает глубокого понимания на всех уровнях основных экологических вопросов, касающихся микроорганизмов в наших морях и океанах. Вот эти фундаментальные вопросы:

1. Что там? Какие микроорганизмы присутствуют в наших морях и океанах и в каком количестве они встречаются?
2. Что они делают? Какие функции каждый из этих микроорганизмов выполняет в морской среде и как они вносят вклад в глобальные циклы энергии и вещества?

3. Какие факторы определяют присутствие или отсутствие микроорганизмов и как они влияют на биоразнообразие и функции и наоборот?

- Европейский научный фонд , 2012 [12] : 14

Микроорганизмы составляют около 70% морской биомассы . [4] микроорганизм , или микроба, является микроскопический организм слишком мал , чтобы быть признан адекватным невооруженным глазом. На практике это включает в себя организмы размером менее 0,1 мм. [12] : 13

Такие организмы могут быть одноклеточными [1] или многоклеточными . Микроорганизмы разнообразны и включают все бактерии и археи , большинство протистов, включая водоросли , простейшие и грибоподобные простейшие, а также некоторых микроскопических животных, таких как коловратки . Многие макроскопические животные и растения имеют микроскопические ювенильные стадии . Некоторые микробиологи также классифицируют вирусы (и вироиды ) как микроорганизмы, но другие считают их неживыми. [2] [3]

Микроорганизмы имеют решающее значение для повторного использования питательных веществ в экосистемах, поскольку они действуют как разлагатели . Некоторые микроорганизмы являются патогенными , вызывая болезни и даже смерть растений и животных. [9] Являясь обитателями самой большой окружающей среды на Земле, микробные морские системы вызывают изменения во всех глобальных системах. Микробы ответственны практически за весь фотосинтез , происходящий в океане, а также за круговорот углерода , азота , фосфора и других питательных веществ и микроэлементов. [13]

Относительные размеры микроскопических объектов
Диапазон размеров прокариот (бактерий и архей) и вирусов по сравнению с размерами других организмов и биомолекул
Морские брызги, содержащие морские микроорганизмы, могут уноситься высоко в атмосферу, где они становятся аэропланктоном , и могут путешествовать по земному шару, прежде чем упасть обратно на землю.
Под лупой брызги морской воды изобилуют микроскопической жизнью

Подводная жизнь под микроскопом разнообразна и все еще плохо изучена, например, о роли вирусов в морских экосистемах. [14] Большинство морских вирусов представляют собой бактериофаги , которые безвредны для растений и животных, но необходимы для регулирования морских и пресноводных экосистем. [15] Они заражают и уничтожают бактерии в водных микробных сообществах и являются наиболее важным механизмом утилизации углерода в морской среде. Органические молекулы, высвобождаемые из мертвых бактериальных клеток, стимулируют рост свежих бактерий и водорослей. [16] Вирусный активность может также способствовать биологического насоса , процесс , при котором углерод являетсязаперто в глубоком океане. [17]

Поток переносимых по воздуху микроорганизмов кружит над планетой над погодными системами, но ниже коммерческих воздушных путей. [18] Некоторые перипатетические микроорганизмы уносятся наземными пыльными бурями, но большинство происходят из морских микроорганизмов в морских брызгах . В 2018 году ученые сообщили, что на каждом квадратном метре планеты ежедневно откладываются сотни миллионов вирусов и десятки миллионов бактерий. [19] [20]

Микроскопические организмы обитают по всей биосфере . Масса прокариотных микроорганизмов, включая бактерии и археи, но не ядросодержащие микроорганизмы эукариот, может достигать 0,8 триллиона тонн углерода (от общей массы биосферы , оцениваемой от 1 до 4 триллионов тонн). [21] Одноклеточные барофильные морские микробы были обнаружены на глубине 10 900 м (35 800 футов) в Марианской впадине , самом глубоком месте в океанах Земли. [22] [23] Микроорганизмы обитают в скалах на глубине 580 м (1900 футов) ниже морского дна на глубине 2590 м (8 500 футов) океана у побережья на северо-западе.США , [22] [24], а также 2400 м (7900 футов; 1,5 мили) ниже морского дна у берегов Японии. [25] Наибольшая известная температура, при которой может существовать микробная жизнь, составляет 122 ° C (252 ° F) ( Methanopyrus kandleri ). [26] В 2014 году ученые подтвердили существование микроорганизмов, живущих на глубине 800 м (2600 футов) подо льдом Антарктиды . [27] [28] По словам одного исследователя, «микробы можно найти повсюду - они чрезвычайно адаптируются к условиям и выживают, где бы они ни находились». [22]Морские микроорганизмы служат «основой всех морских пищевых сетей, перерабатывая основные элементы и производя и потребляя около половины органического вещества, образующегося на Земле каждый год». [29] [30]

Морские вирусы [ править ]

Взаимодействие вируса с хозяином в морской экосистеме,
включая вирусные инфекции бактерий, фитопланктона и рыб [31]

Вирус представляет собой небольшой инфекционный агент , который реплицируется только внутри живых клеток других организмов . Вирусы могут инфицировать все виды форм жизни , от животных и растений до микроорганизмов , включая бактерии и археи . [32]

Когда вирусы не находятся внутри инфицированной клетки или в процессе инфицирования клетки, они существуют в виде независимых частиц. Эти вирусные частицы, также известные как вирионы , состоят из двух или трех частей: (i) генетического материала (генома), состоящего из ДНК или РНК , длинных молекул , несущих генетическую информацию; (ii) белковая оболочка, называемая капсидом , которая окружает и защищает генетический материал; а в некоторых случаях (III) конверт из липидов , который окружает белка оболочки , когда они находятся вне клетки. Формы этих вирусных частиц варьируются от простых спиральных до спиральных.икосаэдрические формы для одних видов вирусов превращаются в более сложные структуры для других. У большинства видов вирусов вирионы слишком малы, чтобы их можно было увидеть в оптический микроскоп . Средний вирион составляет примерно одну сотую размера средней бактерии .

Происхождение вирусов в эволюционной истории жизни неясно: некоторые, возможно, произошли от плазмид - фрагментов ДНК, которые могут перемещаться между клетками, - в то время как другие, возможно, произошли от бактерий. В процессе эволюции вирусы являются важным средством горизонтального переноса генов , что увеличивает генетическое разнообразие . [33] Некоторые считают вирусы формой жизни, потому что они несут генетический материал, воспроизводятся и развиваются посредством естественного отбора.. Однако им не хватает ключевых характеристик (таких как клеточная структура), которые обычно считаются необходимыми для определения жизни. Поскольку они обладают некоторыми, но не всеми такими качествами, вирусы были описаны как «организмы на пороге жизни» [34] и репликаторы. [35]

Бактериофаги (фаги)
Множественные фаги, прикрепленные к стенке бактериальной клетки при увеличении 200000x
Схема типичного хвостатого фага
                  Фаг, внедряющий свой геном в бактерии

Вирусы можно найти везде, где есть жизнь, и, вероятно, они существовали с момента появления живых клеток. [36] Происхождение вирусов неясно, поскольку они не образуют окаменелостей, поэтому для сравнения ДНК или РНК вирусов использовались молекулярные методы, которые являются полезным средством исследования того, как они возникли. [37]

Вирусы теперь признаны древними, и их происхождение предшествовало разделению жизни на три области . [38]

Мнения расходятся относительно того, являются ли вирусы формой жизни или органическими структурами, которые взаимодействуют с живыми организмами. [39] Некоторые считают их формой жизни, потому что они несут генетический материал, воспроизводятся, создавая многочисленные копии самих себя посредством самосборки, и развиваются посредством естественного отбора . Однако им не хватает ключевых характеристик, таких как клеточная структура, которая обычно считается необходимой для жизни. Поскольку они обладают некоторыми, но не всеми такими качествами, вирусы были описаны как репликаторы [40] и как «организмы на краю жизни». [34]

Фаги [ править ]

Вирионы разных семейств хвостатых фагов
Это цианофаги , вирусы, поражающие цианобактерии (масштабные полосы показывают 100 нм)

Бактериофаги , часто называемые просто фагами , представляют собой вирусы, паразитирующие на бактериях и архей. Морские фаги паразируют на морских бактериях и архей, таких как цианобактерии . [41] Они представляют собой обычную и разнообразную группу вирусов и являются наиболее многочисленными биологическими объектами в морской среде, поскольку их хозяева, бактерии, как правило, являются численно доминирующей клеточной жизнью в море. Как правило, в каждом миллилитре морской воды содержится от 1 до 10 миллионов вирусов, или примерно в десять раз больше вирусов с двухцепочечной ДНК, чем имеется клеточных организмов [42] [43], хотя оценки численности вирусов в морской воде могут варьироваться в широких пределах. классифицировать. [44][45] Долгое время хвостатые фаги отряда Caudovirales, казалось, преобладали в морских экосистемах по количеству и разнообразию организмов. [41] Однако, в результате более недавних исследований, нехвостые вирусы, по-видимому, доминируют на многих глубинах и в океанических регионах, за ними следуютмиовирусы, подовирусы и сифовирусы семейства Caudovirales . [46] Фаги, принадлежащие к семействам Corticoviridae , [47] Inoviridae , [48] Microviridae , [49] и Autolykiviridae [50] [51] [52] [53]также известно, что они заражают различные морские бактерии.

Существуют также вирусы архей, которые размножаются внутри архей : это двухцепочечные ДНК-вирусы необычной, а иногда и уникальной формы. [54] [55] Эти вирусы были наиболее подробно изучены у термофильных архей, особенно у отрядов Sulfolobales и Thermoproteales . [56]

Роль вирусов [ править ]

Микроорганизмы составляют около 70% морской биомассы. [4] Подсчитано, что вирусы убивают 20% этой биомассы каждый день, а в океанах в 15 раз больше вирусов, чем бактерий и архей. Вирусы являются основными агентами , ответственными за быстрое уничтожение вредных цветения воды , [57] , которые часто убивают других морских обитателей. [58] Количество вирусов в океанах уменьшается дальше от берега и глубже в воду, где меньше организмов-хозяев. [17]

Вирусы являются важным естественным средством передачи генов между разными видами, что увеличивает генетическое разнообразие и стимулирует эволюцию. [33] Считается, что вирусы играли центральную роль в ранней эволюции, до разнообразия бактерий, архей и эукариот, во времена последнего универсального общего предка жизни на Земле. [59] Вирусы по-прежнему являются одним из крупнейших резервуаров неизведанного генетического разнообразия на Земле. [17]

Гигантские вирусы [ править ]

Гигантский мимивирус
Самый крупный из известных вирусов - Tupanvirus , названный в честь Тупа , верховного бога творения гуарани.

Обычно вирусы имеют длину от 20 до 300 нанометров. Это можно сравнить с длиной бактерий, которая начинается примерно с 400 нанометров. Существуют также гигантские вирусы , часто называемые гирусами , обычно около 1000 нанометров (один микрон) в длину. Все гигантские вирусы относятся к типу Nucleocytoviricota ( NCLDV ) вместе с поксвирусами . Самый крупный из них - тупанвирус . Этот вид гигантского вируса был обнаружен в 2018 году в глубоком океане, а также в содовом озере, и его общая длина может достигать 2,3 микрона. [60]

Открытие и последующая характеристика гигантских вирусов вызвали некоторые дискуссии относительно их эволюционного происхождения. Две основные гипотезы их происхождения заключаются в том, что либо они произошли от небольших вирусов, взяв ДНК из организмов-хозяев, либо они эволюционировали из очень сложных организмов в нынешнюю форму, которая не является самодостаточной для воспроизводства. [61] От того, из какого сложного организма могли исходить гигантские вирусы, также ведутся споры. Одно из предположений состоит в том, что точка происхождения на самом деле представляет собой четвертую область жизни [62] [63], но это в значительной степени игнорируется. [64] [65]

Прокариоты [ править ]

Морские бактерии [ править ]

Pelagibacter ubique , самая многочисленная бактерия в океане, играет важную роль в глобальном углеродном цикле .
Vibrio vulnificus , вирулентная бактерия, обнаруженная в устьях рек и прибрежных районах.
Электронная микрофотография, показывающая вид широко распространенной цианобактерии Synechococcus . Карбоксисомы выглядят как многогранные темные структуры.

Бактерии составляют большую область в прокариотических микроорганизмов . Обычно в длину несколько микрометров , бактерии имеют множество форм, от сфер до палочек и спиралей. Бактерии были одними из первых форм жизни, появившихся на Земле , и присутствуют в большинстве мест ее обитания . Бактерии обитают почву, воду, кислые горячие источники , радиоактивные отходы , [66] и глубокие части земной коры . Бактерии также живут в симбиотических и паразитарных отношениях с растениями и животными.

Когда-то считавшиеся растениями, входящими в класс Schizomycetes , теперь бактерии классифицируются как прокариоты . В отличие от клеток животных и других эукариот , бактериальные клетки не содержат ядра и редко содержат мембраносвязанные органеллы . Хотя термин « бактерии» традиционно включает всех прокариот, научная классификация изменилась после открытия в 1990-х годах, что прокариоты состоят из двух очень разных групп организмов, которые произошли от древнего общего предка. Эти области эволюции называются бактериями иАрхеи . [67]

Предками современных бактерий были одноклеточные микроорганизмы, которые были первыми формами жизни, появившимися на Земле около 4 миллиардов лет назад. Около 3 миллиардов лет большинство организмов были микроскопическими, а бактерии и археи были доминирующими формами жизни. [68] [69] Хотя бактериальные окаменелости существуют, такие как строматолиты , их отсутствие отличительной морфологии не позволяет использовать их для изучения истории эволюции бактерий или определения времени происхождения определенного вида бактерий. Однако последовательности генов можно использовать для реконструкции бактериальной филогении , и эти исследования показывают, что бактерии первыми отошли от архейной / эукариотической линии.[70] Бактерии также участвовали во втором великом эволюционном расхождении архей и эукариот. Здесь эукариоты возникли в результате вступления древних бактерий в эндосимбиотические ассоциации с предками эукариотических клеток, которые, возможно, сами были связаны с археями . [71] [72] Это включало поглощение протоэукариотическими клетками симбионтов альфа-протеобактерий с образованием митохондрий или гидрогеносом , которые до сих пор встречаются у всех известных эукарий. Позже некоторые эукариоты, которые уже содержали митохондрии, также поглотили цианобактериальные организмы. Это привело к образованию хлоропластов.в водорослях и растениях. Есть также некоторые водоросли, которые возникли даже в результате более поздних эндосимбиотических событий. Здесь эукариоты поглотили эукариотические водоросли, которые превратились в пластиду «второго поколения». [73] [74] Это известно как вторичный эндосимбиоз .

  • Морская Thiomargarita namibiensis , крупнейшая из известных бактерий.

  • Цианобактерий расцветает может содержать летальные цианотоксины

  • В хлоропластах из глаукофитовых водорослей имеют пептидогликан слой, свидетельство , предполагающие их эндосимбиотическое происхождение от цианобактерий . [75]

  • Бактерия Marinomonas arctica растет во льдах Арктики при отрицательных температурах.

Pelagibacter ubique и его родственники могут быть самыми многочисленными организмами в океане, и было заявлено, что они, возможно, являются самыми многочисленными бактериями в мире. Они составляют около 25% всехклетокмикробного планктона , а летом они могут составлять примерно половину клеток, присутствующих в поверхностных водах умеренного пояса. Общая численность P. ubique и его родственников оценивается примерно в 2 × 10 28 микробов. [76] Тем не менее,в феврале 2013 годав журнале Nature было опубликовано сообщениеоб обнаружении бактериофага HTVC010P , атакующего P. ubique , и «вероятно, это действительно самый распространенный организм на планете».[77] [78]

Самая крупная из известных бактерий, морская Thiomargarita namibiensis , может быть видна невооруженным глазом и иногда достигает 0,75 мм (750 мкм). [79] [80]

Морские археи [ править ]

Первоначально археи считались экстремофилами, живущими в суровых условиях, такими как желтые археи, изображенные здесь в горячем источнике , но с тех пор они были обнаружены в гораздо более широком диапазоне сред обитания . [81]

Археи (греческий язык для древнего [82] ) образует область и королевство от одноклеточных микроорганизмов . Эти микробы являются прокариотами , то есть у них нет клеточного ядра или каких-либо других мембраносвязанных органелл в своих клетках.

Первоначально археи относились к бактериям , но эта классификация устарела. [83] Клетки архей обладают уникальными свойствами, отделяющими их от двух других областей жизни, бактерий и эукариот . Археи делятся на несколько признанных типов . Классификация затруднена, поскольку большинство из них не было выделено в лаборатории и было обнаружено только путем анализа их нуклеиновых кислот в образцах из окружающей среды.

Археи и бактерии в целом похожи по размеру и форме, хотя некоторые археи имеют очень странную форму, например плоские и квадратные клетки Haloquadratum walsbyi . [84] Несмотря на это морфологическое сходство с бактериями, археи обладают генами и несколькими метаболическими путями , которые более тесно связаны с таковыми у эукариот, особенно ферментами, участвующими в транскрипции и трансляции . Другие аспекты биохимии архей уникальны, например, их зависимость от эфирных липидов в их клеточных мембранах , таких как археолы.. Археи используют больше источников энергии, чем эукариоты: от органических соединений , таких как сахара, до аммиака , ионов металлов или даже газообразного водорода . Солеустойчивые археи ( Haloarchaea ) используют солнечный свет как источник энергии, а другие виды архей фиксируют углерод ; однако, в отличие от растений и цианобактерий , ни один из известных видов архей не обладает и тем и другим. Археи размножаются бесполым путем двойным делением , фрагментацией или почкованием ; В отличие от бактерий и эукариот, ни один из известных видов не образует споры .

Археи особенно многочисленны в океанах, а археи в планктоне могут быть одной из самых многочисленных групп организмов на планете. Археи являются важной частью жизни Земли и могут играть роль как в углеродном, так и в азотном циклах . Crenarchaeota (eocytes) представляют собой тип архебактерий считается очень распространенным в морской среде , и один из основных вкладов в фиксации углерода. [85]

  • Эоциты могут быть самыми многочисленными из морских архей

  • Галобактерии , обнаруженные в воде, почти насыщенной солью, теперь признаны археями.

  • Плоские квадратные клетки архей Haloquadratum walsbyi

  • Methanosarcina barkeri , морская архея, производящая метан.

  • Термофилы , такие как Pyrolobus fumarii , выживают при температуре более 100 ° C.

Эукариоты [ править ]

Parakaryon myojinensis , возможная переходная форма между прокариотом и эукариотом

Откуда взялись эукариотические клетки? - Путешествие в микрокосмос

Все живые организмы можно разделить на прокариоты и эукариоты . Жизнь возникла как одноклеточные прокариоты, а позже превратилась в более сложные эукариоты. В отличие от прокариотических клеток, эукариотические клетки высокоорганизованы. Прокариоты - это бактерии и археи, а эукариоты - это другие формы жизни - протисты , растения, грибы и животные. Протисты обычно одноклеточные, а растения, грибы и животные - многоклеточные .

Кажется очень вероятным, что корень эукариот лежит внутри архей; Ближайшие родственники, известные в настоящее время, могут быть типом Heimdallarchaeota предложенного супертипа Асгарда . Эта теория представляет собой современную версию сценария первоначально предложенный в 1984 году в качестве Eocyte гипотезы , когда Crenarchaeota (псевдоним Eocytes) были ближайшими родственники известного архейного эукариота тогда. Возможная переходная форма микроорганизма между прокариотом и эукариотом была открыта в 2012 году японскими учеными. Parakaryon myojinensis - уникальный микроорганизм, который крупнее типичного прокариота, но с ядерным материалом, заключенным в мембрану, как у эукариота, и наличиемэндосимбионты . Считается, что это первая вероятная эволюционная форма микроорганизма, показывающая стадию развития от прокариота до эукариота. [86] [87]

Морские протисты [ править ]

Протисты - это эукариоты, которых нельзя отнести к растениям, грибам или животным. Обычно они одноклеточные и микроскопические. Жизнь возникла как одноклеточные прокариоты (бактерии и археи), а позже превратилась в более сложные эукариоты . Эукариоты - более развитые формы жизни, известные как растения, животные, грибы и простейшие. Термин «протист» исторически использовался как удобный термин для эукариот, которые нельзя строго классифицировать как растения, животные или грибы. Они не являются частью современной кладистики, потому что являются парафилетическими (не имеют общего предка).

По трофическому режиму [ править ]

Протистов можно условно разделить на четыре группы в зависимости от того, является ли их питание растительным, животным, грибным [88] или их смесью. [89]

микрофотография
схема ячейки
Считается , что хоанофлагелляты , одноклеточные «ошейниковые» жгутиковые протисты, являются ближайшими родственниками этих животных . [91]

Протисты - это очень разнообразные организмы, которые в настоящее время организованы в 18 типов, но их нелегко классифицировать. [92] [93] Исследования показали, что большое разнообразие протистов существует в океанах, глубоководных жерлах и речных отложениях, что позволяет предположить, что большое количество эукариотических микробных сообществ еще предстоит обнаружить. [94] [95] Исследований миксотрофных протистов было мало , но недавние исследования в морской среде показали, что миксотрофные протесты вносят значительную часть в биомассу протистов . [90] Поскольку протисты являются эукариотами, они обладают в своей клетке как минимум одним ядром , а также органеллами, такими как митохондрии.и тела Гольджи . Протисты бесполые, но могут быстро размножаться путем митоза или фрагментации .

  • Одноклеточные и микроскопические протисты
  • Диатомовые водоросли - это основная группа водорослей, производящая около 20% мирового производства кислорода. [96]

  • У диатомовых водорослей стеклянные стенки клеток сделаны из кремнезема и называются панцирями . [97]

  • Ископаемые панцири диатомовых от 32-40 млн лет назад

  • Радиолярий

  • Одноклеточная водоросль Gephyrocapsa oceanica

  • Две динофлагелляты

  • Зооксантеллы - это фотосинтетические водоросли, которые живут внутри хозяев, таких как кораллы.

  • Одноклеточная инфузория с зелеными зоохлореллами, живущая внутри эндосимбиотически.

  • Эвгленоид

  • Эта инфузория переваривает цианобактерии . Цитостом или рот в правом нижнем углу.

  • Воспроизвести медиа

    Инфузории, заглатывающие диатомовые водоросли

  • Воспроизвести медиа

    Амеба, поглощающая диатомовые водоросли

В отличие от клеток прокариот, клетки эукариот высокоорганизованы. Растения, животные и грибы обычно многоклеточные и макроскопические . Большинство протистов одноклеточные и микроскопические. Но бывают исключения. Некоторые одноклеточные морские протисты макроскопичны. Некоторые морские слизевые плесени имеют уникальный жизненный цикл, который включает переключение между одноклеточными, колониальными и многоклеточными формами. [98] Другие морские простейшие не одноклеточные и не микроскопические, например водоросли .

  • Макроскопические протисты (см. Также одноклеточные макроводоросли →  )
  • Одноклеточная гигантская амеба имеет до 1000 ядер и достигает в длину 5 мм.

  • Gromia sphaerica - это большая сферическая семенниковая амеба, которая оставляет грязевые следы. Его диаметр до 3,8 см. [99]

  • Spiculosiphon oceana , одноклеточный фораминифер, по внешнему виду и образу жизни напоминающий губку , вырастает до 5 см в длину.

  • Ксенофиофоры , другие одноклеточные foraminiferan, живет в абиссали . Имеет гигантский панцирь до 20 см в диаметре. [100]

  • Гигантская ламинария , бурые водоросли , не является настоящим растением, но она многоклеточная и может вырасти до 50 метров.

Протистов называют таксономической сумкой неудачников, куда можно поместить все, что не вписывается в одно из основных биологических царств . [101] Некоторые современные авторы предпочитают исключать многоклеточные организмы из традиционного определения протистов, ограничивая простейшие одноклеточными организмами. [102] [103] Это более ограниченное определение исключает многие коричневые , многоклеточные красные и зеленые водоросли и слизистые плесени . [104]

Путем передвижения [ править ]

Другой способ классификации простейших - по их способу передвижения. Многие одноклеточные простейшие, особенно простейшие, подвижны и могут генерировать движение с помощью жгутиков , ресничек или псевдопод . Клетки, которые используют жгутики для движения, обычно называют жгутиконосцами , клетки, которые используют реснички, обычно называют инфузориями , а клетки, которые используют псевдоподы, обычно называют амебами или амебоидами . Другие протисты неподвижны и, следовательно, не имеют механизма движения.

Жгутиконосцы включают как бактерии, так и простейшие. Модель вращающегося двигателя, используемая бактериями, использует протоны электрохимического градиента для перемещения своих жгутиков. Вращающий момент в жгутиках бактерий создается частицами, которые проводят протоны вокруг основания жгутика. Направление вращения жгутиков у бактерий определяется заполнением протонных каналов по периметру мотора жгутика. [110]

Инфузории обычно имеют от сотен до тысяч ресничек, которые плотно упакованы в массивы. Во время движения отдельная ресничка деформируется, используя рабочий ход с высоким коэффициентом трения, за которым следует ход восстановления с низким коэффициентом трения. Поскольку на индивидуальном организме имеется множество ресничек, упакованных вместе, они демонстрируют коллективное поведение в метахрональном ритме . Это означает, что деформация одной реснички находится в фазе с деформацией ее соседа, вызывая волны деформации, которые распространяются по поверхности организма. Эти распространяющиеся волны ресничек позволяют организму скоординированно использовать реснички для движения. Типичным примером реснитчатого микроорганизма является Paramecium, одноклеточное простейшее с ресничками, покрытое тысячами ресничек. Биение ресничек позволяет парамециуму перемещаться по воде со скоростью 500 микрометров в секунду. [111]

  • Жгутиковые, инфузории и амебы
  • Жгутик бактерий, вращаемый молекулярным мотором в его основании

  • Сперматозоиды лосося

  • Парамеций питается бактериями

  • Инфузория Oxytricha trifallax с хорошо заметными ресничками

  • Амеба с заглотившимися диатомовыми водорослями

Морские грибы [ править ]

Лишайник на скале в зоне морских брызг . Лишайники - это мутуалистические ассоциации между грибами и водорослями или цианобактериями.
Море улитка , Littoraria irrorata , покрытые лишайником. Эта улитка разводит приливные аскомицетовые грибы.

В морской среде известно более 1500 видов грибов . [112] Они паразитируют на морских водорослях или животных, или являются сапробиями, питающимися мертвым органическим веществом из водорослей, кораллов, цист простейших, морских трав и других субстратов. [113] Споры многих видов имеют специальные придатки, которые облегчают прикрепление к субстрату. [114] Морские грибы также можно найти в морской пене и вокруг гидротермальных районов океана. [115] Морские грибы производят широкий спектр необычных вторичных метаболитов . [116]

Микопланктон - сапротропный член планктонных сообществ морских и пресноводных экосистем . [117] [118] Они состоят из нитевидных свободноживущих грибов и дрожжей, связанных с частицами планктона или фитопланктоном . [119] Подобно бактериопланктону , эти водные грибы играют важную роль в гетеротрофной минерализации и круговороте питательных веществ . [120]Хотя некоторые микопланктоны в основном микроскопические, они могут достигать 20 мм в диаметре и более 50 мм в длину. [121]

Типичный миллилитр морской воды содержит от 10 3 до 10 4 грибковых клеток. [122] Это число больше в прибрежных экосистемах и эстуариях из-за питательного стока наземных сообществ. Более высокое разнообразие микопланктона встречается у берегов и в поверхностных водах на глубине до 1000 метров, с вертикальным профилем, который зависит от того, насколько многочислен фитопланктон . [123] [124] Этот профиль меняется между сезонами из-за изменений в доступности питательных веществ. [125] Морские грибы выживают в условиях постоянного дефицита кислорода и поэтому зависят от диффузии кислорода за счет турбулентности.и кислород, производимый фотосинтезирующими организмами . [126]

Морские грибы можно разделить на: [126]

  • Низшие грибы - адаптированы к морской среде обитания ( зооспорические грибы, включая мастигомицеты: оомицеты и хитридиомицеты )
  • Высшие грибы - нитчатые, измененные до планктонного образа жизни ( гифомицеты , аскомицеты , базидиомицеты ). Большинство видов микопланктона - высшие грибы. [123]

Лишайники - это мутуалистические ассоциации между грибами, обычно аскомицетами , и водорослями или цианобактериями . Несколько лишайников встречаются в морской среде. [127] Еще больше встречается в зоне брызг , где они занимают разные вертикальные зоны в зависимости от того, насколько они терпимы к погружению. [128] Некоторые лишайники живут долго; возраст одного вида - 8 600 лет. [129] Однако их продолжительность жизни трудно измерить, потому что определение одного и того же лишайника не является точным. [130]Лишайники растут путем вегетативного отламывания куска, который может или не может быть определен как один и тот же лишайник, и два лишайника разного возраста могут сливаться, что поднимает вопрос о том, является ли это одним и тем же лишайником. [130]

Море улитки Littoraria irrorata повреждений растений Spartina в морских болотах , где она живет, что позволяет спор межприливного ascomycetous грибова колонизировать растение. Затем улитка поедает ростки грибов, а не траву. [131]

Согласно данным окаменелостей, грибы восходят к позднему протерозою 900-570 миллионов лет назад. Ископаемые морские лишайники возрастом 600 миллионов лет были обнаружены в Китае. [132] Была выдвинута гипотеза, что микопланктон произошел от наземных грибов, вероятно, в палеозойскую эру (390 миллионов лет назад). [133]

Морские микроживотные [ править ]

В молодости животные развиваются на микроскопических стадиях развития, которые могут включать споры , яйца и личинки . По крайней мере, одна группа микроскопических животных, паразитические книдарии Myxozoa , одноклеточные во взрослой форме и включают морские виды. Другие взрослые морские микроживотные многоклеточные. Взрослые микроскопические членистоногие чаще встречаются в пресных водах, но есть и морские виды. К микроскопическим взрослым морским ракообразным относятся некоторые веслоногие рачки , кладоцеры и тихоходки (водяные медведи). Некоторые морские нематоды иКоловратки также слишком малы, чтобы их можно было распознать невооруженным глазом, как и многие лорициферы , включая недавно обнаруженные анаэробные виды, которые проводят свою жизнь в бескислородной среде. [134] [135] Веслоногие ракообразные больше способствуют вторичной продуктивности и поглотителю углерода Мирового океана, чем любая другая группа организмов.

  • Морские микроживотные
  • Более 10 000 морских видов - веслоногие ракообразные , маленькие, часто микроскопические ракообразные.

  • Фотография в темном поле гастротриха длиной 0,06-3,0 мм, червеобразного животного, живущего между частицами осадка.

  • Бронированный Pliciloricus enigmaticus , длиной около 0,2 мм, обитает в промежутках между морским гравием.

  • Коловратки , обычно длиной 0,1–0,5 мм, могут выглядеть как протисты, но являются многоклеточными и принадлежат к Animalia.

  • Тихоходки (водяные медведи) длиной около 0,5 мм являются одними из самых стойких известных животных.

Основные производители [ править ]

Составное изображение, показывающее глобальное распределение фотосинтеза, включая океанический фитопланктон и наземную растительность . Темно-красный и сине-зеленый указывают на области высокой фотосинтетической активности в океане и на суше соответственно.

Первичные продуценты - это автотрофные организмы, которые сами производят пищу вместо того, чтобы поедать другие организмы. Это означает, что первичные продуценты становятся отправной точкой в пищевой цепочке для гетеротрофных организмов, которые действительно поедают другие организмы. Некоторые морские первичные продуценты - это специализированные бактерии и археи, являющиеся хемотрофами , которые сами добывают себе пищу, собираясь вокруг гидротермальных источников и холодных просачиваний и используя хемосинтез . Однако большая часть первичной морской продукции происходит от организмов, которые используют фотосинтез.на углекислый газ, растворенный в воде. В этом процессе энергия солнечного света используется для преобразования воды и углекислого газа [136] : 186–187 в сахара, которые можно использовать как источник химической энергии и органических молекул, которые используются в структурных компонентах клеток. [136] : 1242 Морские первичные продуценты важны, потому что они поддерживают почти все морские животные, производя большую часть кислорода и пищи, которые обеспечивают другие организмы химической энергией, необходимой им для существования.

Основными морскими первичными продуцентами являются цианобактерии , водоросли и морские растения. Кислород выпущен в качестве побочного продукта фотосинтеза необходим почти все живые существа для осуществления клеточного дыхания . Кроме того, первичные производители влияют на глобальный круговорот углерода и воды . Они стабилизируют прибрежные районы и могут обеспечить среду обитания для морских животных. Термин « разделение » традиционно использовался вместо филума при обсуждении первичных продуцентов, но Международный кодекс номенклатуры водорослей, грибов и растений теперь принимает оба термина как эквиваленты.[137]

Цианобактерии [ править ]

Цианобактерии
Цианобактерии из микробного мата . Цианобактерии были первыми организмами, которые выделяли кислород посредством фотосинтеза.
Крошечная цианобактерия Prochlorococcus является основным источником кислорода в атмосфере.
НАСА изображения большого налетом из Нодулярия цианобактерий закрученной в Балтийском море [138]

Цианобактерии были первыми организмами, которые развили способность превращать солнечный свет в химическую энергию. Они образуют тип (подразделение) бактерий, который варьируется от одноклеточных до нитчатых и включает колониальные виды . Они встречаются почти повсюду на Земле: во влажной почве, в пресноводных и морских средах и даже на антарктических скалах. [139] В частности, некоторые виды встречаются в виде дрейфующих клеток, плавающих в океане, и, как таковые, были одними из первых представителей фитопланктона .

Первыми первичными продуцентами, использовавшими фотосинтез, были океанические цианобактерии около 2,3 миллиарда лет назад. [140] [141] Выделение молекулярного кислорода с помощью цианобактерий в качестве побочного продукта фотосинтеза индуцированных глобальных изменений в окружающей среде Земли. Поскольку в то время кислород был токсичен для большинства форм жизни на Земле, это привело к почти исчезновению организмов , не переносящих кислород , - драматическим изменениям, которые перенаправили эволюцию основных видов животных и растений. [142]

Крошечная (0,6 мкм ) морская цианобактерия Prochlorococcus , открытая в 1986 году, сегодня составляет важную часть основы пищевой цепи океана и отвечает за большую часть фотосинтеза открытого океана [143] и, по оценкам, 20% кислорода в ней. атмосфера Земли. [144] Это, вероятно, самый многочисленный род на Земле: один миллилитр поверхностной морской воды может содержать 100 000 клеток или более. [145]

Первоначально биологи считали цианобактерии водорослями и называли их «сине-зелеными водорослями». Более поздняя точка зрения состоит в том, что цианобактерии - это бактерии, и поэтому они даже не принадлежат к тому же царству, что и водоросли. Большинство авторитетных источников исключают всех прокариот и, следовательно, цианобактерии из определения водорослей. [146] [147]

Водоросли [ править ]

Водоросли - неофициальный термин для широко распространенной и разнообразной группы фотосинтетических протистов, которые не обязательно являются близкими родственниками и, следовательно, являются полифилетическими . Морские водоросли можно разделить на шесть групп: зеленые , красные и коричневые водоросли , эвгленофиты , динофлагелляты и диатомовые водоросли .

Динофлагелляты и диатомовые водоросли являются важными компонентами морских водорослей и имеют свои собственные разделы ниже. Эвгленофиты - это тип одноклеточных жгутиконосцев, в состав которого входит лишь несколько морских представителей.

Не все водоросли микроскопические. Зеленые, красные и коричневые водоросли имеют многоклеточные макроскопические формы, составляющие знакомые водоросли . Неформальная группа зеленых водорослей насчитывает около 8000 признанных видов. [148] Многие виды живут большую часть своей жизни в виде отдельных клеток или нитчатых, в то время как другие образуют колонии, состоящие из длинных цепочек клеток, или представляют собой высокодифференцированные макроскопические водоросли. Красные водоросли , (оспариваемый) тип содержит около 7000 признанных видов [149], в основном многоклеточных и в том числе многих известных морских водорослей. [149] [150] Бурые водоросли образуют класссодержит около 2000 признанных видов [151], в основном многоклеточных и в том числе многих морских водорослей, таких как водоросли . В отличие от высших растений, у водорослей отсутствуют корни, стебли или листья. Их можно классифицировать по размеру на микроводоросли или макроводоросли .

Микроводоросли - это микроскопические водоросли, невидимые невооруженным глазом. В основном это одноклеточные виды, которые существуют по отдельности, цепочками или группами, хотя некоторые из них многоклеточные . Микроводоросли являются важными компонентами морских простейших, о которых говорилось выше , а также фитопланктона, обсуждаемого ниже . Они очень разные . Было подсчитано, что существует 200 000-800 000 видов, из которых описано около 50 000 видов. [152] В зависимости от вида их размеры варьируются от нескольких микрометров (мкм) до нескольких сотен микрометров. Они специально адаптированы к среде, в которой преобладают силы вязкости.

  • Chlamydomonas globosa , одноклеточная зеленая водоросль с двумя жгутиками, которые видны только внизу слева

  • Chlorella vulgaris , обычная зеленая микроводоросль , при эндосимбиозе с инфузорией [153]

  • Центрическая диатомовая водоросль

  • Динофлагелляты

Колониальные водорослевые цепи

Макроводоросли - это более крупные, многоклеточные и более заметные виды водорослей, обычно называемые водорослями . Водоросли обычно растут на мелководье прибрежных вод, где они прикреплены к морскому дну с помощью опоры . Как и микроводоросли, макроводоросли (водоросли) можно рассматривать как морские простейшие, поскольку они не являются настоящими растениями. Но это не микроорганизмы, поэтому они не рассматриваются в данной статье.

Одноклеточные организмы обычно микроскопические, менее одной десятой миллиметра в длину. Есть исключения. Рюмка русалки , род субтропических зеленых водорослей , одноклеточная, но удивительно большая и сложная по форме с одним большим ядром, что делает ее модельным организмом для изучения клеточной биологии . [154] Другая одноклеточная водоросль, Caulerpa taxifolia , имеет вид сосудистого растения с «листьями», аккуратно расположенными на стеблях, как у папоротника. Селективное разведение в аквариумах для получения более выносливых штаммов привело к случайному выпуску в Средиземное море, где он превратился в инвазивный вид, известный в просторечии как водоросли-убийцы .[155]

Морской микропланктон [ править ]

Планктон - это дрейфующие или плавающие организмы, которые не могут эффективно плыть против течения, и включают организмы из большинства областей жизни: бактерии , археи , водоросли , простейшие и животные .
Воспроизвести медиа
Красный, оранжевый, желтый и зеленый обозначают районы, в которых цветет водоросль. Синие области представляют собой бедные питательными веществами зоны, где фитопланктон существует в более низких концентрациях.

Планктон (от греческого « странники» ) - это разнообразная группа организмов, которые живут в толще воды больших водоемов, но не могут плыть против течения. В результате они блуждают или плывут по течению. [156] Планктон определяется их экологической нишей , а не какой-либо филогенетической или таксономической классификацией. Они являются важным источником пищи для многих морских животных, от кормовой рыбы до китов . Планктон можно разделить на растительный и животный компоненты.

Фитопланктон [ править ]

Фитопланктон, такой как эта колония Chaetoceros socialis, естественным образом излучает красный флуоресцентный свет, который рассеивает избыточную солнечную энергию, которую они не могут потреблять посредством фотосинтеза. Это свечение может быть обнаружено спутниками как индикатор того, насколько эффективно фитопланктон океана фотосинтезирует. [157] [158]

Фитопланктон - это похожие на растения компоненты планктонного сообщества («фито» происходит от греческого слова « растение» ). Они автотрофны (самоподдерживаются), то есть сами производят пищу и не нуждаются в потреблении других организмов.

Фитопланктон выполняет три важнейшие функции: он производит почти половину мирового атмосферного кислорода, регулирует уровень углекислого газа в океане и атмосфере и составляет основу морской пищевой сети . При подходящих условиях в поверхностных водах может происходить цветение водорослей фитопланктона. Фитопланктон - это р-стратег, который быстро растет и может удваивать свою популяцию каждый день. Цветы могут стать токсичными и истощить воду кислородом. Однако численность фитопланктона обычно контролируется за счет истощения фитопланктоном доступных питательных веществ и выпаса зоопланктона. [159]

Фитопланктон состоит в основном из микроскопических фотосинтезирующих эукариот, которые населяют верхний залитый солнцем слой во всех океанах. Им нужен солнечный свет, чтобы они могли фотосинтезировать. Большинство фитопланктона представляют собой одноклеточные водоросли, но другой фитопланктон - это бактерии, а некоторые - протисты . [160] Фитопланктон включает цианобактерии (см. Выше) , диатомовые водоросли , различные другие типы водорослей (красные, зеленые, коричневые и желто-зеленые), динофлагеллаты , эвгленоиды , кокколитофориды , криптомонады , хлорофиты , празинофиты и силикофлагеллаты.. Они составляют основу первичной продукции, которая движет пищевой цепью океана , и на их долю приходится половина текущего глобального первичного производства, больше, чем наземные леса. [161]

  • Фитопланктон
  • Фитопланктон - основа пищевой цепи океана

  • Они бывают разных форм и размеров.

  • Колониальный фитопланктон

  • На цианобактерии Prochlorococcus приходится большая часть первичной продукции океана.

  • Зеленые цианобактерии выброшены на скалу в Калифорнии

Диатомовые водоросли [ править ]

Формы диатомовых водорослей
          Рисунки Геккеля 1904 г. (подробности здесь)

Диатомовые водоросли образуют (оспариваемый) тип, содержащий около 100 000 признанных видов, в основном одноклеточных водорослей. Диатомовые водоросли производят около 20 процентов кислорода, производимого на планете каждый год, [96] поглощают более 6,7 миллиардов метрических тонн кремния каждый год из вод, в которых они живут, [162] и вносят почти половину органического материала, содержащегося в океаны.

  • Диатомовые водоросли - один из самых распространенных видов фитопланктона.

  • Они бывают разных форм

  • Их защитные оболочки (панцири) выполнены из силикона.

Диатомеи
Centric
Pennate
Диатомовые имеет кремнезем оболочку ( frustule ) с радиальным (Centric) или двустороннее (пеннатная) симметрия

Диатомовые заключены в защитную кремнезема (стекла) оболочек , называемых панцирей . Каждая панцирь состоит из двух взаимосвязанных частей, покрытых крошечными отверстиями, через которые диатомовые водоросли обмениваются питательными веществами и отходами. [159] Створки мертвых диатомовых водорослей дрейфуют на дно океана, где за миллионы лет они могут образоваться на глубине до полумили . [163]

  • Кремнеземленная створка пеннатной диатомеи с двумя перекрывающимися половинами

  • Guinardia delicatula , диатомовые водоросли, ответственные за цветение водорослей в Северном море и Ла-Манше [164]

  • Ископаемая диатомовая водоросль

  • Существует более 100 000 видов диатомовых водорослей, на долю которых приходится 50% первичной продукции океана.

Строение центрической створки диатомовых водорослей [165]

Coccolithophores [ править ]

Кокколитофориды - это крошечные одноклеточные фотосинтезирующие протисты с двумя жгутиками для передвижения. Большинство из них защищены панцирем, покрытым декоративными круглыми пластинами или чешуей, называемыми кокколитами . Кокколиты сделаны из карбоната кальция. Термин «кокколитофора» происходит от греческого слова « камень , несущий семена» , имея в виду их небольшой размер и содержащиеся в них камни кокколита. В правильных условиях они цветут, как и другой фитопланктон, и могут сделать океан молочно-белым. [166]

Кокколитофориды
... есть тарелки, называемые кокколитами
... вымершее ископаемое
Кокколитофориды создают скелеты кальцита, важные для морского углеродного цикла [167]
  • Кокколитофора названа в честь документального сериала BBC
    "Голубая планета"
  • Кокколитофориды Emiliania huxleyi

  • Водоросли цветение из Emiliania huxleyi от южного побережья Англии

Микробный родопсин [ править ]

Модель механизма генерации энергии у морских бактерий
      (1) Когда солнечный свет попадает на молекулу родопсина
      (2), он меняет свою конфигурацию, так что протон выталкивается из клетки
      (3), химический потенциал заставляет протон течь обратно в клетку
      (4), генерируя энергию
      (5) в форма аденозинтрифосфата . [168]

Фототрофный метаболизм зависит от одного из трех пигментов, преобразующих энергию: хлорофилла , бактериохлорофилла и сетчатки . Ретиналь - это хромофор, содержащийся в родопсинах . О значении хлорофилла в преобразовании световой энергии писали на протяжении десятилетий, но фототрофия на основе пигментов сетчатки только начинает изучаться. [169]

Галобактерии в соляных прудах-испарителях окрашены бактериородопсином в фиолетовый цвет [170]

В 2000 году группа микробиологов под руководством Эдварда Делонга сделала важное открытие в понимании морских углеродных и энергетических циклов. Они обнаружили ген у нескольких видов бактерий [171] [172], ответственных за выработку белка родопсина , ранее неизвестного для бактерий. Эти белки, обнаруженные в клеточных мембранах, способны преобразовывать световую энергию в биохимическую энергию из-за изменения конфигурации молекулы родопсина при попадании на нее солнечного света, вызывая перекачку протона изнутри наружу и последующий приток, который генерирует энергию. [173]Родопсины, подобные архейам, впоследствии были обнаружены среди различных таксонов, протистов, а также у бактерий и архей, хотя они редко встречаются в сложных многоклеточных организмах . [174] [175] [176]

Исследования 2019 года показывают, что эти «захватывающие солнце бактерии» более распространены, чем считалось ранее, и могут изменить то, как глобальное потепление влияет на океаны. «Эти данные расходятся с традиционной интерпретацией морской экологии, содержащейся в учебниках, согласно которой почти весь солнечный свет в океане улавливается хлорофиллом водорослей. Вместо этого бактерии, снабженные родопсином, функционируют как гибридные автомобили, питаясь органическими веществами, когда они доступны - как большинство бактерий - и от солнечного света, когда питательных веществ не хватает ". [177] [169]

Существует астробиологическая гипотеза, называемая гипотезой Пурпурной Земли, которая предполагает, что первоначальные формы жизни на Земле были основаны на сетчатке, а не на хлорофилле, из-за чего Земля выглядела бы фиолетовой, а не зеленой. [178] [179]

Редфилд и f- отношения [ править ]

В течение 1930-х годов Альфред С. Редфилд обнаружил сходство между составом элементов в фитопланктоне и основными растворенными питательными веществами в глубинах океана. [180] Редфилд предположил, что соотношение углерода, азота и фосфора (106: 16: 1) в океане контролировалось потребностями фитопланктона, поскольку фитопланктон впоследствии выделяет азот и фосфор по мере реминерализации. Это соотношение стало известно как коэффициент Редфилда и используется в качестве фундаментального принципа при описании стехиометрии морской воды и эволюции фитопланктона. [181]

Однако коэффициент Редфилда не является универсальной величиной и может меняться в зависимости от географической широты. [182] В зависимости от распределения ресурсов фитопланктон можно разделить на три различных стратегии роста: выживающий, цветущий и универсальный. Фитопланктон, занимающийся выживанием, имеет высокое соотношение N: P (> 30) и содержит множество механизмов сбора ресурсов для поддержания роста в условиях ограниченных ресурсов. Цветущий фитопланктон имеет низкое соотношение N: P (<10), содержит большую долю механизмов роста и приспособлен к экспоненциальному росту. Универсальный фитопланктон имеет такое же отношение N: P к соотношению Редфилда и содержит относительно равные механизмы для приобретения ресурсов и роста. [181]

Коэффициент f - это доля от общего объема первичной продукции, подпитываемая нитратами (в отличие от других азотных соединений, таких как аммоний ). Это соотношение было первоначально определено Ричардом Эппли и Брюсом Петерсоном в одной из первых работ, посвященных оценке мировой океанической продукции. [183]

Зоопланктон [ править ]

Зоопланктон - животный компонент планктонного сообщества («зоопарк» происходит от греческого слова « животное» ). Они гетеротрофны (питаются другими), что означает, что они не могут производить свою собственную пищу и должны вместо этого потреблять в пищу другие растения или животных. В частности, это означает, что они питаются фитопланктоном.

Зоопланктон, как правило, крупнее фитопланктона, в основном все еще микроскопический, но некоторые из них можно увидеть невооруженным глазом. Многие простейшие (одноклеточные простейшие, которые охотятся на других микроскопических организмов) являются зоопланктоном, включая зоофлагелляты , фораминиферы , радиолярии , некоторые динофлагелляты и морские микроживотные . Макроскопический зоопланктон (обычно не описываемый в этой статье) включает пелагических книдарий , гребневиков , моллюсков , членистоногих и оболочников , а также планктонных червей-стрел ищетинистые черви .

Paramecium , хищная инфузория , питающаяся бактериями

Микрозоопланктон: основные поедатели планктона ...

  • Веслоногие рачки питаются фитопланктоном. Этот несёт яйца.

  • Тинтиннид реснитчатый Favella

Многие виды простейших ( эукариоты ) и бактерии ( прокариоты ) охотятся на других микроорганизмов; способ питания, очевидно, древний и неоднократно развивался у обеих групп. [184] [185] [186] Среди пресноводного и морского зоопланктона , одноклеточного или многоклеточного, хищный выпас фитопланктона и мелкого зоопланктона является обычным явлением и встречается у многих видов нанофлагеллят , динофлагеллят , инфузорий , коловраток , различных ареал личинок меропланктона животных и две группы ракообразных, а именнокопеподы и кладоцеры . [187]

Радиолярии [ править ]

Формы радиолярий
          Рисунки Геккеля 1904 г. (подробности здесь)

Радиолярии - одноклеточные хищные протисты, заключенные в сложные шаровидные раковины, обычно сделанные из кремнезема и пронизанные отверстиями. Их название происходит от латинского «радиус». Они ловят добычу, высовывая части своего тела через отверстия. Как и в случае кремнеземных панцирей диатомовых водорослей, раковины радиолярий могут опускаться на дно океана, когда радиолярии умирают, и сохраняются как часть океанических отложений. Эти останки в виде микрофоссилий дают ценную информацию об условиях океана в прошлом. [188]

  • Как и диатомовые водоросли, радиолярии бывают разных форм.

  • Как и диатомовые водоросли, раковины радиолярий обычно состоят из силиката.

  • Однако у радиолярий акантарии есть раковины, сделанные из кристаллов сульфата стронция.

  • Схематическое изображение сферической оболочки радиолярий в разрезе

Тьюринг и морфология радиолярий
Оболочка сферического радиолярия
Микрофотографии оболочки
Компьютерное моделирование паттернов Тьюринга на сфере
точно воспроизводит некоторые паттерны раковин радиолярий [189]
  • Cladococcus abietinus

Фораминиферы [ править ]

Формы фораминифер
          Рисунки Геккеля 1904 г. (подробности здесь)

Как и радиолярии, фораминиферы ( сокращенно форамы ) представляют собой одноклеточные хищные протисты, также защищенные раковинами с отверстиями. Их название происходит от латинского «носильщики дырок». Их раковины, часто называемые тестами , имеют камеры (камеры добавляют больше камер по мере роста). Оболочки обычно состоят из кальцита, но иногда из агглютинированных частиц осадка или хитона и (редко) из кремнезема. Большинство форам являются придонными, но около 40 видов - планктонными. [190] Они широко исследуются с использованием хорошо установленных летописей окаменелостей, которые позволяют ученым делать много выводов об окружающей среде и климате прошлого. [188]

Фораминиферы
... может иметь более одного ядра
... и защитные шипы
Фораминиферы - важные одноклеточные протисты зоопланктона с тестами на кальций.
  • разрез, показывающий камеры спиральной пленки

  • Live Ammonia tepida - струящаяся гранулированная эктоплазма для ловли пищи

  • Группа планктонных структур

  • Ископаемые образования нуммулитов различных размеров из эоцена

  • В египетских пирамидах были построены из известняка , который содержал нуммулиты . [191]

Некоторые форамы миксотрофны ( см. Ниже ). У них есть одноклеточные водоросли в качестве эндосимбионтов из различных линий, таких как зеленые водоросли , красные водоросли , золотые водоросли , диатомовые водоросли и динофлагелляты . [190] Миксотрофные фораминиферы особенно распространены в бедных питательными веществами океанических водах. [192] Некоторые пены являются клептопластами , удерживая хлоропласты от проглоченных водорослей для проведения фотосинтеза . [193]

Амеба [ править ]

Очищенная и голая амеба
Раковинные амебы , Cyphoderia зр.
Голая амеба, Chaos sp.
                  Амеба может быть очищенной ( семенник ) или голой.
  • Голая амеба с пищевыми вакуолями и проглоченной диатомовой водорослью

  • Shell или испытание на раковинных амеб , Арчелла зр.

  • Ксеногенная семенниковая амеба, покрытая диатомовыми водорослями (из коллекции Amoeba Penard )

Воспроизвести медиа
Амеба, поглощающая диатомовые водоросли

Инфузории [ править ]

  • Tintinnopsis campanula

  • Oxytricha chlorelligera

  • Stylonychia putrina

  • Яйцеклетка голофира

  • Blepharisma japonicum

Формы инфузорий
          Рисунки Геккеля 1904 г. (подробности здесь)
  • Mesodinium rubrum дает темно-красные цветы, используя хлоропласты, порабощенные их добычей водорослей  [194]

  • Воспроизвести медиа

    Взаимодействие нескольких таксонов инфузорий

  • Воспроизвести медиа

    Blepharisma americanum плавает в капле воды пруда с другими микроорганизмами

Миксотрофы [ править ]

Миксотрофные радиолярии
Акантарийские радиолярии являются хозяевами симбионтов Phaeocystis
Белая пена из водорослей Phaeocystis, мытье посуды на пляже

Миксотрофы представляет собой организм , который может использовать сочетание различных источников энергии и углерод , вместо того , чтобы иметь единственный трофический режим на континууме от полной автотрофности на одном конце , чтобы гетеротрофности на другом. Подсчитано, что миксотрофы составляют более половины всего микроскопического планктона. [195] Есть два типа эукариотических миксотрофов: те, у которых есть собственные хлоропласты , и те, у которых есть эндосимбионты, и другие, которые приобретают их посредством клептопластики или порабощения всей фототрофной клетки. [196]

В очень маленьких организмах различие между растениями и животными часто нарушается. Возможные комбинации - это фото- и хемотрофия , лито- и органотрофия , ауто- и гетеротрофия или другие их комбинации. Миксотрофы могут быть эукариотическими или прокариотическими . [197] Они могут использовать преимущества различных условий окружающей среды. [198]

Недавние исследования морского микрозоопланктона показали, что 30–45% численности инфузорий были миксотрофными, а до 65% биомассы амебоидов, форамы и радиолярий были миксотрофными. [90]

Phaeocystis - важный род водорослей, встречающийся в составе морского фитопланктона во всем мире. Он имеет полиморфный жизненный цикл, варьирующийся от свободноживущих клеток до больших колоний. [199] Он обладает способностью образовывать плавающие колонии, в которых сотни клеток погружены в гелевый матрикс, который может значительно увеличиваться в размере во время цветения . [200] В результате Phaeocystis вносит важный вклад в морские циклы углерода [201] и серы . [202] Виды Phaeocystis являются эндосимбионтамирадиолярий акантарии . [203][204]

  • Миксопланктон
  • Тинтиннид реснитчатый Favella

  • Euglena mutabilis , фотосинтезирующая жгутик

  • Зоохлореллы (зеленые), обитающие внутри инфузории Stichotricha secunda

Динофлагелляты [ править ]

Формы динофлагеллат
Небронированные динофлагелляты Кофоид (1921)
Геккель Перидиния (1904)

Динофлагелляты являются частью группы водорослей и образуют тип одноклеточных жгутиконосцев, насчитывающий около 2000 морских видов. [207] Название происходит от греческого слова «dinos», означающего кружение, и латинского «flagellum», означающего хлыст или плеть . Это относится к двум хлыстоподобным приспособлениям (жгутикам), используемым для движения вперед. Большинство динофлагеллят защищены красно-коричневой целлюлозной броней. Как и любой другой фитопланктон, динофлагелляты являются r-стратегами, которые при правильных условиях могут цвести и создавать красные приливы . Раскопки могут быть самой базальной ветвью жгутиковых. [105]

По трофической ориентации динофлагелляты нельзя разделить на однозначные категории. Известно, что некоторые динофлагелляты являются фотосинтетическими , но большая часть из них на самом деле миксотрофны , сочетая фотосинтез с поеданием добычи ( фаготрофия ). [208] Некоторые виды являются эндосимбионтами морских животных и других протистов и играют важную роль в биологии коралловых рифов . Другие предшествуют другим простейшим, а некоторые формы паразитируют. Многие динофлагелляты миксотрофны и также могут быть отнесены к фитопланктону.

Токсичная динофлагеллята Dinophysis acuta приобретает хлоропласты у своей жертвы. «Он не может улавливать криптофиты сам по себе, и вместо этого полагается на поедание инфузорий, таких как красная Myrionecta rubra , которая изолирует свои хлоропласты из определенной клады криптофитов (Geminigera / Plagioselmis / Teleaulax)». [205]

  • Гиродиниум , один из немногих голых динофлагеллят, у которых отсутствует броня.

  • Динофлагеллята Protoperidinium выдавливает большую кормовую вуаль для захвата добычи.

  • Насселлярные радиолярии могут находиться в симбиозе с динофлагеллятами

  • Динофлагеллята Dinophysis acuta

Серфинг волна в ночное время с блестками синим светом из - за наличия биолюминесцентного фитопланктона динофлагеллата, такие как Lingulodinium polyedrum
Предлагаемое объяснение светящегося моря [209]
Динофлагелляты
        Бронированный
        Без брони
Традиционно динофлагеллаты представлены бронированными или небронированными.

Динофлагелляты часто живут в симбиозе с другими организмами. Многие насселлярные радиолярии содержат в своих тестах симбионтов динофлагеллят . [210] Насселларий обеспечивает динофлагелляту аммонием и двуокисью углерода , а динофлагеллята обеспечивает слизистую оболочку носеллярии, полезной для охоты и защиты от вредных захватчиков. [211] Анализ ДНК свидетельствует о том, что симбиоз динофлагеллят с радиоляриями эволюционировал независимо от других симбиозов динофлагеллят, таких как фораминиферы . [212]

Некоторые динофлагелляты биолюминесцентны . Ночью вода в океане может загореться изнутри и заиграть синим светом из-за этих динофлагеллят. [213] [214] Биолюминесцентные динофлагеллаты обладают сцинтиллонами , отдельными цитоплазматическими тельцами, которые содержат динофлагеллат люциферазу , главный фермент, участвующий в люминесценции. Люминесценция, иногда называемая фосфоресценцией моря , возникает в виде коротких (0,1 секунды) голубых вспышек или искр, когда отдельные сцинтиллоны стимулируются, обычно из-за механических помех, например, от лодки, пловца или прибоя. [215]

  • Tripos muelleri узнаваем по U-образным рогам.

  • Оодиниум , род паразитических динофлагеллят, вызывает болезнь бархата у рыб [216]

  • Karenia brevis производит красные приливы, очень токсичные для человека [217]

  • Красная волна

  • Noctiluca scintillans , биолюминесцентная динофлагеллята [218]

Морские микрофоссилии [ править ]

Толщина морских отложений

Отложения на дне океана имеют два основных происхождения: терригенное и биогенное.

Терригенные отложения составляют около 45% от общего количества морских отложений и возникают в результате эрозии горных пород на суше, переносимых реками и поверхностным стоком, переносимой ветром пыли, вулканов или измельчения ледниками.

Биогенные отложения составляют остальные 55% от общего количества отложений и происходят из скелетных останков морских протистов (одноклеточных планктона и микроорганизмов бентоса). Также могут присутствовать гораздо меньшие количества осажденных минералов и метеорной пыли. Ooze , в контексте морского осадка, не относится к консистенции осадки , но его биологическому происхождению. Термин «слизь» был первоначально использован Джоном Мюрреем , «отцом современной океанографии», который предложил термин « ил радиолярий» для обозначения кремнеземных отложений раковин радиолярий, обнаруженных на поверхности во время экспедиции Челленджера . [219] биогенные илы являетсяпелагические отложения, содержащие не менее 30 процентов останков скелетов морских организмов.

  • Диатомовая земля мягкая, кремнистая , осадочная горная порода из микроокаменелостей в виде панцирей (раковины) одиночных клетки диатомовых (нажмите , чтобы увеличить)

  • Иллюстрация ила Глобигерины

  • Корпуса ( тесты ), как правило , сделаны из карбоната кальция, из фораминифер тины на глубоком дне океана

Каменный кинжал Эци-Ледяного человека , жившего в медный век . Лезвие выполнено из кремня, содержащего радиолярии, кальцисферы, кальпионеллиды и несколько спикул губки. Присутствие кальпионеллид , которые вымерли, использовалось для датировки этого кинжала. [224]
  • Опал может содержать простейшие микрофоссилии диатомовых водорослей, радиолярий, силикофлагеллят и эбридий [225]

  • Мрамор может содержать простейшие микрофоссилии фораминифер, кокколитофорид, известковый наннопланктон и водоросли, остракоды , птеропод , кальпионеллиды и мшанки [225]

  • Карбонатно-силикатный цикл

Известковые микрофоссилий из морских отложений, состоящих в основном из звездообразных дискоастеров с россыпью кокколитов.
Распределение типов отложений на морском дне
Внутри каждой окрашенной области тип материала, показанного на рисунке, является преобладающим, хотя другие материалы также могут присутствовать.
Для получения дополнительной информации см. Здесь

Морской микробентос [ править ]

Скала архей - эта глубокая океаническая скала, в которой обитали черви, поедавшие архей, питающихся метаном.

Морской микробентос - это микроорганизмы, обитающие в придонной зоне океана, которые обитают вблизи или на морском дне, внутри или на поверхности донных отложений. Слово бентос происходит от греческого языка, что означает «глубина моря». Микробентос встречается повсюду на морском дне континентальных шельфов или около него, а также в более глубоких водах с большим разнообразием в донных отложениях или на них. На мелководье особенно богатыми средами обитания являются луга водорослей , коралловые рифы и леса водорослей. В фотических зонах преобладают бентосные диатомеи как фотосинтезирующие организмы. В приливных зонах меняющиеся приливы сильно ограничивают возможности микробентоса.

  • Эльфидиум - широко распространенный и многочисленный род бентосных ямок.

  • Heterohelix , вымерший род бентосных форам

И фораминиферы, и диатомовые водоросли имеют планктонную и бентосную формы, то есть они могут дрейфовать в толще воды или жить на отложениях на дне океана. В любом случае их раковины оказываются на морском дне после смерти. Эти оболочки широко используются в качестве климатических заместителей . Химический состав раковин является следствием химического состава океана на момент их образования. Температуру воды в прошлом можно также определить по соотношению стабильных изотопов кислорода.в оболочках, поскольку более легкие изотопы легче испаряются в более теплой воде, оставляя более тяжелые изотопы в оболочках. Информацию о климате в прошлом можно получить еще больше, исходя из обилия форам и диатомовых водорослей, поскольку они, как правило, более многочисленны в теплой воде. [226]

Внезапное исчезновение, унесшее жизни динозавров 66 миллионов лет назад, также привело к исчезновению трех четвертей всех других видов животных и растений. Однако впоследствии глубоководные бентосные форамы процветали. В 2020 году сообщалось, что исследователи изучили химический состав тысяч образцов этих бентосных образований и использовали свои результаты для создания самой подробной климатической записи Земли за всю историю. [227] [228]

Некоторые эндолиты имеют чрезвычайно долгую жизнь. В 2013 году исследователи сообщили о наличии эндолитов на дне океана, возраст которых, возможно, составляет миллионы лет, а время генерации - 10 000 лет. [229] Они медленно метаболизируются и не находятся в состоянии покоя. Возраст некоторых актинобактерий, обнаруженных в Сибири , оценивается в полмиллиона лет. [230] [231] [232]

Морские микробиомы [ править ]

Симбиоз и холобионты [ править ]

Основные типы микробных симбиозов
(A) Микробные взаимодействия варьируются от взаимовыгодных до вредных для одного или нескольких партнеров. Синие двусторонние стрелки указывают на то, что отношения между классификациями могут меняться, часто под влиянием условий окружающей среды. (B) Симбиоз "хозяин-микроб" следует рассматривать в контексте микробных сообществ, где "хозяин" участвует во множественных и часто различных симбиотических отношениях. (C) Сообщества микробов находятся под влиянием различных симбиозов микробов и микробов, начиная от сотрудничества (например, синтрофии или совместного метаболизма) до конкуренции. Стрелки обозначают обычно благоприятные (синие) и вредные (красные) результаты для одного (одиночная стрелка) или обоих (двойная стрелка) членов. Обратите внимание: как и в случае симбиоза хозяина и микроба, эти отношения можно рассматривать как жидкие и зависят от условий окружающей среды. [233]

Концепция холобионта была первоначально определена доктором Линн Маргулис в ее книге 1991 года « Симбиоз как источник эволюционных инноваций» как совокупность хозяина и многих других видов, живущих внутри или вокруг него, которые вместе образуют дискретную экологическую единицу . [234] Компоненты холобионта - это отдельные виды или бионты , в то время как объединенный геном всех бионтов - это хологеном . [235]

Эта концепция впоследствии эволюционировала, начиная с этого первоначального определения [236], с акцентом на микробные виды, связанные с хозяином. Таким образом, холобионт включает хозяина, вирома , микробиома и других членов, все из которых тем или иным образом вносят свой вклад в функцию целого. [237] [238] Холобионт обычно включает в себя эукариот- хозяина и все симбиотические вирусы , бактерии , грибы и т. Д., Которые живут на нем или внутри него. [239]

Однако существуют разногласия по поводу того, можно ли рассматривать холобионтов как единые эволюционные единицы. [240]

  • Коралловый холобионт [241]

  • Губка холобионт [242]

  • Морской холобионт [243]

  • Изменение климата и родолит-холобионт [244]

Кораллы-строители рифов - это хорошо изученные холобионты, которые включают в себя сам коралл (эукариотическое беспозвоночное в классе Anthozoa ), фотосинтетические динофлагелляты, называемые зооксантеллами ( Symbiodinium ), и связанные с ними бактерии и вирусы. [245] Модели коэволюции существуют для сообществ коралловых микробов и филогении кораллов. [246]

Морская пищевая сеть [ править ]

Морская экспортная продукция

Морские микроорганизмы играют центральную роль в морской пищевой сети .

Путь вирусного шунтирования - это механизм, который предотвращает миграцию органических частиц (ПОМ) морских микробов на трофические уровни за счет их рециркуляции в растворенное органическое вещество (РОВ), которое может легко поглощаться микроорганизмами. [247] Вирусное шунтирование помогает поддерживать разнообразие в микробной экосистеме, предотвращая доминирование одного вида морских микробов в микросреде. [248] РОВ, рециркулируемое путем вирусного шунтирования, сопоставимо с количеством, генерируемым другими основными источниками морского РОВ. [249]

Морская микробная петля
Роль грибов в морском углеродном цикле [250]
Путь вирусного шунтирования способствует прохождению растворенного органического вещества (РОВ) и твердых частиц (РОВ) через морскую пищевую сеть.
  • Pelagibacter ubique , самая многочисленная бактерия в океане, играет важную роль в глобальном углеродном цикле .

  • Морской снег - это поток органических частиц, который падает из верхних вод в глубины океана [251]. Он является основным экспортером углерода.
Размер и классификация морских частиц [252] По материалам
Simon et al., 2002. [253]

Нишевые сообщества [ править ]

Сообщество водорослей и бактерий под антарктическим морским льдом
Черный курильщик в части High Rise Hydrothermal Vents .
Бактерии могут принести пользу. Этот червь Помпеи , экстремофил, обитающий только в гидротермальных источниках , имеет защитную оболочку из симбиотических бактерий .

Микробные сообщества морского льда (SIMCO) относятся к группам микроорганизмов, живущих внутри и на границах морского льда на полюсах. Матрица льда, в которой они обитают, имеет сильные вертикальные градиенты солености, света, температуры и питательных веществ. На химический состав морского льда больше всего влияет соленость рассола, которая влияет на pH и концентрацию растворенных питательных веществ и газов. Рассола образуется во время плавления морского льда создает поры и каналы в морском льде , в которой эти микробы могут жить. В результате этих градиентов и динамических условий более высокая численность микробов обнаруживается в нижнем слое льда, хотя некоторые из них обнаруживаются в среднем и верхнем слоях. [254]

Гидротермальные источники расположены там, где тектонические плиты раздвигаются и расширяются. Это позволяет воде из океана попадать в земную кору, где она нагревается магмой. Повышение давления и температуры заставляет воду обратно выходить из этих отверстий, на выходе вода накапливает растворенные минералы и химические вещества из камней, с которыми она сталкивается. Вентиляционные отверстия можно охарактеризовать по температуре и химическому составу как диффузные вентиляционные отверстия, которые выделяют прозрачную относительно прохладную воду, обычно ниже 30 ° C, как белые курильщики, которые выделяют воду молочного цвета при более высоких температурах, примерно 200-330 ° C, и как черные курильщикикоторые выделяют воду, затемненную из-за скопившихся осадков сульфида при высоких температурах, около 300-400 ° C. [255]

Микробные сообщества гидротермальных жерл - это микроскопические одноклеточные организмы, которые живут и размножаются в химически обособленной области вокруг гидротермальных жерл. К ним относятся организмы в микробных матах , свободно плавающие клетки и бактерии в эндосимбиотических отношениях с животными. Поскольку на этих глубинах нет солнечного света, энергия обеспечивается хемосинтезом, когда симбиотические бактерии и археи образуют основание пищевой цепочки и способны поддерживать множество организмов, таких как гигантские трубчатые черви и черви Помпеи . Эти организмы используют эти симбиотические отношения, чтобы использовать и получать химическую энергию, которая выделяется в этих гидротермальных жерлах. [256] Хемолитоавтотрофные бактерии получают питательные вещества и энергию в результате геологической активности в гидротермальном источнике, чтобы закрепить углерод в органических формах.

Вирусы также являются частью микробного сообщества гидротермальных источников, и их влияние на микробную экологию в этих экосистемах является развивающейся областью исследований. [257] Вирусы - это самая многочисленная жизнь в океане, являющаяся самым большим резервуаром генетического разнообразия. [258] Поскольку их инфекции часто заканчиваются смертельным исходом, они представляют собой значительный источник смертности и, таким образом, имеют широкое влияние на биологические океанографические процессы, эволюцию и биогеохимические циклы в океане. [259] Однако были обнаружены доказательства того, что вирусы, обнаруженные в жерловых средах обитания, приняли более мутуалистический, чем паразитарныйэволюционная стратегия, направленная на выживание в экстремальной и нестабильной среде, в которой они существуют. [260] Было обнаружено, что в глубоководных гидротермальных жерлах имеется большое количество вирусов, что указывает на высокую вирусную продукцию. [261] Как и в других морских средах, глубоководные гидротермальные вирусы влияют на численность и разнообразие прокариот и, следовательно, влияют на биогеохимический цикл микробов, лизируя их хозяев для размножения. [262]Однако, в отличие от их роли в качестве источника смертности и контроля над популяциями, также постулируется, что вирусы повышают выживаемость прокариот в экстремальных условиях окружающей среды, выступая в качестве резервуаров генетической информации. Поэтому считается, что взаимодействие виросферы с микроорганизмами в условиях стресса окружающей среды способствует выживанию микроорганизмов за счет распространения генов-хозяев посредством горизонтального переноса генов . [263]

Глубокая биосфера и темная материя [ править ]

Флуоресцентная микроскопия различных пикопланктонов в океане, многие из которых не могут быть эффективно изучены, потому что они сопротивляются попыткам лабораторного культивирования.

Глубокая биосфера является частью биосферы , которая находится ниже первых несколько метров от поверхности. Он простирается как минимум на 5 км ниже поверхности материка и на 10,5 км ниже поверхности моря, а температура может превышать 100 ° C.

Над поверхностью живые организмы потребляют органическое вещество и кислород. Ниже они недоступны, поэтому они используют "съедобные" ( доноры электронов ), такие как водород, выделяемый из горных пород в результате различных химических процессов, метан, восстановленные соединения серы и аммоний. Они «дышат» акцепторами электронов, такими как нитраты и нитриты, оксиды марганца и железа, окисленные соединения серы и диоксид углерода.

На больших глубинах очень мало энергии, а метаболизм может быть в миллион раз медленнее, чем на поверхности. Клетки могут жить тысячи лет до деления, и их возраст неизвестен. Под поверхностью приходится около 90% биомассы бактерий и архей и 15% общей биомассы биосферы. Встречаются также эукариоты, в основном микроскопические, но в том числе и многоклеточные. Также присутствуют вирусы, которые заражают микробы.

Неидентифицированный сферический водорослевой микроорганизм, часть микробной темной материи
Подземная среда обитания

В 2018 году исследователи из Deep Carbon Observatory объявили, что формы жизни , включая 70% бактерий и архей на Земле, общая биомасса которых составляет 23 миллиарда тонн углерода , живут на глубине до 4,8 км (3,0 мили) под землей, включая 2,5 км ( 1,6 мили) ниже морского дна. [264] [265] [266] В 2019 году были обнаружены микробные организмы, живущие на глубине 7 900 футов (2400 м) под поверхностью, дышащие серой и питающиеся камнями, такими как пирит, в качестве обычного источника пищи. [267] [268] [269] Это открытие произошло в старейшей известной воде на Земле. [270]

Эти аэробные микроорганизмы, обнаруженные глубоко в бедных органическими веществами отложениях, пребывают в квази-приостановленном состоянии примерно 100 миллионов лет.

В 2020 году исследователи сообщили, что они обнаружили то, что могло быть самой долгоживущей формой жизни когда-либо: аэробные микроорганизмы, которые находились в квази-приостановленной анимации до 101,5 миллиона лет. Микроорганизмы были обнаружены в бедных органическими веществами отложениях на 68,9 метра (226 футов) ниже морского дна в Южно-Тихоокеанском круговороте (SPG), «самом мертвом месте в океане». [271] [272]

На сегодняшний день биологам не удалось культивировать в лаборатории подавляющее большинство микроорганизмов. Это особенно относится к бактериям и архее, и происходит из-за недостатка знаний или способности обеспечить необходимые условия для роста. [273] [274] Термин микробная темная материя стал использоваться для описания микроорганизмов, которые, как известно ученым, существуют, но не смогли культивировать, и поэтому их свойства остаются неуловимыми. [273] Темная материя микробов не связана с темной материей.физики и космологии, но так называемый из-за сложности его эффективного изучения. Трудно оценить его относительную величину, но принятая общая оценка состоит в том, что культивировать можно менее одного процента видов микробов в данной экологической нише. В последние годы прилагаются усилия для расшифровки большей части темной материи микробов путем изучения последовательности их геномной ДНК из образцов окружающей среды [275], а затем путем получения информации об их метаболизме из секвенированного генома, продвигая знания, необходимые для их выращивания.

Разнообразие микробов [ править ]

Оценка количества видов микробов в трех сферах жизни
Бактерии - самая старая и наиболее биологически разнообразная группа, за ними следуют археи и грибы (самые новые группы). В 1998 году, до того как стало известно о масштабах микробной жизни, Роберт М. Мэй [276] подсчитал, что на планете существует 3 миллиона видов живых организмов. Но в 2016 году Лоси и Леннон [277] подсчитали, что количество видов микроорганизмов может достигать 1 триллиона. [278]
Сравнительное представление известного и оцененного (маленькая рамка) и пока неизвестного (большая рамка) микробного разнообразия, которое применимо как к морским, так и к наземным микроорганизмам. Текстовые поля относятся к факторам, которые отрицательно влияют на знания о микробном разнообразии, существующем на планете. [278]

Методы отбора проб [ править ]

Стратегии отбора проб планктона по размерным классам и численности
. Синий фон указывает отфильтрованный объем, необходимый для получения достаточного количества организмов для анализа.
Фактические объемы, из которых берутся образцы организмов, всегда записываются. [279]

Идентификация микроорганизмов [ править ]

Большие объемы проб планктона можно быстро проанализировать
с помощью современных методов визуализации. [279]
Большие объемы проб планктона также можно быстро проанализировать с помощью методов секвенирования . [279]

Традиционно предполагалась филогения микроорганизмов и устанавливалась их таксономия на основе исследований морфологии . Однако развитие молекулярной филогенетики позволило установить эволюционное родство видов путем анализа более глубоких характеристик, таких как их ДНК и последовательности белков , например рибосомной ДНК . [280] Отсутствие легкодоступных морфологических признаков, например, у животных и растений., особенно препятствовало ранним усилиям по классификации бактерий и архей. Это привело к ошибочной, искаженной и запутанной классификации, примером которой, как отметил Карл Вёзе , является Pseudomonas , этимология которой по иронии судьбы соответствует ее таксономии, а именно «ложная единица». [281] Многие бактериальные таксоны были переклассифицированы или переопределены с использованием молекулярной филогенетики.

Недавние разработки в области молекулярного секвенирования позволили восстановить геномы in situ , непосредственно из образцов окружающей среды, и избежать необходимости культивирования. Это привело, например, к быстрому расширению знаний о разнообразии бактериальных типов . Эти методы представляют собой метагеномику с разрешением генома и геномику одной клетки .

Штрих-кодирование
Pelagibacter ubique , самая распространенная бактерия в океане
Marinomonas arctica , бактерия, которая растет во льдах Арктики при отрицательных температурах.
Было бы трудно последовательно разделить эти два микроба, используя только изображения. Однако, если их штрих-коды выровнены друг к другу, а их основания окрашены, чтобы их можно было более четко видеть, становится легко увидеть, какие основания отличаются у этих двух микробов. Таким образом можно различить миллионы различных видов микробов. [282]
Выравнивание штрих-кода ДНК и сравнение
двух видов морских бактерий, изображенных выше [282]
Методы изучения фитопланктона
Три различных варианта обработки образца: использование сырых образцов, фиксация или консервирование и фильтрация. Для микроскопии и проточной цитометрии необработанные образцы либо измеряются немедленно, либо их необходимо зафиксировать для последующих измерений. Поскольку молекулярные методы, анализ пигментов и обнаружение молекулярных индикаторов обычно требуют концентрированных клеток, остатки фильтров служат для измерения фитопланктона. Молекулярная характеристика и количественная оценка следов молекул выполняется с помощью хроматографии , масс-спектрометрии и спектроскопии ядерного магнитного резонанса . [283]

Новые технологии секвенирования и накопление данных о последовательностях привели к смене парадигмы, подчеркнув как повсеместное распространение микробных сообществ в ассоциации внутри высших организмов, так и критическую роль микробов в здоровье экосистемы. [285] Эти новые возможности произвели революцию в микробной экологии , потому что высокопроизводительный анализ геномов и метагеномов обеспечивает эффективные методы изучения функционального потенциала отдельных микроорганизмов, а также целых сообществ в их естественной среде обитания. [286] [287] [288]

Использование данных omics [ править ]

Технологии секвенирования ДНК, используемые в морской метагеномике
Процесс открытия включает в себя отбор морских образцов, секвенирование ДНК и создание контигов . Открываются ранее неизвестные гены, пути развития и даже целые геномы. Эти технологии редактирования генома используются для извлечения и модификации ценных микроорганизмов для производства, особенно в морской метагеномике. Организмы могут быть культивируемыми или невозделываемыми. Метагеномика предоставляет особенно ценную информацию о невозделываемых образцах. [289]

Омика - это термин, неофициально используемый для обозначения разделов биологии , названия которых оканчиваются на суффикс -omics , таких как геномика , протеомика , метаболомика и гликомика . Omics нацелена на коллективную характеристику и количественную оценку пулов биологических молекул, которые преобразуются в структуру, функции и динамику организма или организмов. Например, функциональная геномика направлена ​​на определение функций как можно большего количества генов данного организма. Он сочетает в себе различные методы -омики, такие как транскриптомика и протеомика, с насыщенными коллекциями мутантов . [290][291]

Многие омы, выходящие за рамки исходного генома , стали полезными и получили широкое распространение в последние годы учеными-исследователями. Суффикс -omics может облегчить инкапсуляцию поля; например, исследование интерактомики достаточно узнаваемо как относящееся к крупномасштабному анализу взаимодействий ген-ген, белок-белок или белок-лиганд, в то время как протеомика стала термином для изучения белков в крупном масштабе.

Любая методика омики, используемая сама по себе, не может адекватно распутать тонкости микробиома хозяина. Мультикомичные подходы необходимы, чтобы удовлетворительно разгадать сложности взаимодействия хозяина и микробиома. [292] Например, метагеномика , metatranscriptomics , metaproteomics и метаболомики методы все используются , чтобы предоставить информацию о метагенома . [293]

Биогеохимическое моделирование на основе метаомических данных [294]
Схематическая концептуальная основа для морского биогеохимического моделирования на основе данных окружающей среды, изображений и мета-омики. [295] Полуавтоматический вычислительный конвейер схематически объединяет биомаркеры с биогеохимическими данными [296], которые могут быть включены в классические биогеохимические модели [297] для создания следующего поколения мета-моделей, основанных на биогеохимических характеристиках, с учетом их соответствующих характеристик. . Такие новаторские подходы, основанные на метаомике, нацелены на улучшение мониторинга и прогнозирования океанических процессов с учетом сложности планктонной системы. [298] [299]
Использование данных omics с морским фитопланктоном [300]
В качестве примера того, как омикс-данные могут использоваться с морским фитопланктоном для информирования науки о земных системах , были использованы последовательности метатранскриптомов из естественных сообществ фитопланктона для определения физиологических характеристик (клеточная концентрация рибосом и их рРНК ), лежащих в основе адаптации к условиям окружающей среды (температуре). Для проверки значимости идентифицированного физиологического признака для клеточной стехиометрии использовалась механистическая модель клеток фитопланктона.. Отбор окружающей среды в модели глобальной морской экосистемы, основанной на признаках, затем связывал стратегии эмерджентного роста и распределения клеток с крупномасштабными моделями света, питательных веществ и температуры в поверхностной морской среде. Глобальные прогнозы распределения клеточных ресурсов и стехиометрии (отношение N: P) согласовывались с закономерностями в данных метатранскриптома [301] и широтными закономерностями в элементных отношениях морского планктона и органического вещества. [302] Трехмерное изображение рибосомы показывает рРНК темно-синим и темно-красным цветом. Более светлые цвета представляют рибосомальные белки . Полосы выше показывают зависящее от температуры изобилие эукариотического рибосомного белка S14. [301]


Видеть...

  • Брювер, Дж. Д. и Бак-Визе, Х. (2018) «Чтение Книги Жизни - Омики как универсального инструмента для разных дисциплин» . В: YOUMARES 8 - Океаны через границы: учимся друг у друга , страницы 73–82. Springer. ISBN  9783319932842 .

Антропогенные воздействия [ править ]

Микроорганизмы и изменение климата в морских и наземных биомах [6]

В морской среде первичная продукция микробов в значительной степени способствует связыванию CO 2 . Морские микроорганизмы также перерабатывают питательные вещества для использования в морской пищевой сети и в процессе выделяют CO 2 в атмосферу. Микробная биомасса и другие органические вещества (остатки растений и животных) превращаются в ископаемое топливо в течение миллионов лет. Напротив, сжигание ископаемого топлива выделяет парниковые газы за небольшую часть этого времени. В результате углеродный цикл выходит из равновесия, и уровни CO 2 в атмосфере будут продолжать расти, пока продолжают сжигаться ископаемые виды топлива. [6]

Микроорганизмы играют ключевую роль в круговороте углерода и питательных веществ, здоровье животных (включая человека) и растений, сельском хозяйстве и глобальной пищевой сети. Микроорганизмы обитают во всех средах на Земле, которые населены макроскопическими организмами, и они являются единственными формами жизни в других средах, таких как глубокие недра и «экстремальные» среды. Микроорганизмы восходят к зарождению жизни на Земле по крайней мере 3,8 миллиарда лет назад, и они, вероятно, будут существовать далеко за пределами любых будущих событий исчезновения ... Если мы не осознаем важность микробных процессов, мы существенно ограничим наше понимание биосферы Земли и реакции к изменению климата и, таким образом, ставят под угрозу усилия по созданию экологически устойчивого будущего. [6]

См. Также [ править ]

  • морская жизнь
  • Максимум глубокого хлорофилла
  • Гавайский океан Временной ряд
  • Международная перепись морских микробов
  • Симбиоз морских микробов
  • Микробная биогеография
  • Микробные сообщества
  • Микробная экология
  • Микробная пищевая сеть
  • Микробная петля
  • Микробное окисление серы
    • Сульфатредуцирующие микроорганизмы
  • Осадочная структура, вызванная микробами
  • Микробиология зон кислородного минимума
  • Углеродный цикл океана
  • Ooid
  • Пикоэукариот
  • Розеобактер

Ссылки [ править ]

  1. ^ а б Мэдиган М; Мартинко Дж, ред. (2006). Брок Биология микроорганизмов (13-е изд.). Pearson Education. п. 1096. ISBN 978-0-321-73551-5.
  2. ^ а б Рыбицкий EP (1990). «Классификация организмов на пороге жизни, или проблемы с вирусной систематикой». Южноафриканский научный журнал . 86 : 182–6. ISSN 0038-2353 . 
  3. ^ а б Lwoff A (1956). «Понятие о вирусе» . Журнал общей микробиологии . 17 (2): 239–53. DOI : 10.1099 / 00221287-17-2-239 . PMID 13481308 . 
  4. ^ a b c Бар-Он, YM; Филлипс, Р. Майло, Р. (2018). «Распределение биомассы на Земле» . PNAS . 115 (25): 6506–6511. DOI : 10.1073 / pnas.1711842115 . PMC 6016768 . PMID 29784790 .  
  5. Census Of Marine Life, доступ 29 октября 2020 г.
  6. ^ a b c d Кавиккиоли, Рикардо; Ripple, Уильям Дж .; Тиммис, Кеннет Н .; Азам, Фарук; Баккен, Ларс Р .; Бейлис, Мэтью; Беренфельд, Майкл Дж .; Боэтиус, Антье; Бойд, Филип У .; Classen, Aimée T .; Crowther, Thomas W .; Дановаро, Роберто; Форман, Кристина М .; Huisman, Jef; Хатчинс, Дэвид А .; Jansson, Janet K .; Карл, Дэвид М .; Коскелла, Бритт; Марк Уэлч, Дэвид Б.; Мартини, Дженнифер Б.Х .; Моран, Мэри Энн; Сирота, Виктория Дж .; Reay, David S .; Ремайс, Джастин В .; Рич, Вирджиния I .; Singh, Brajesh K .; Штейн, Лиза Ю .; Стюарт, Фрэнк Дж .; Салливан, Мэтью Б.; и другие. (2019). «Предупреждение ученых человечеству: микроорганизмы и изменение климата» . Обзоры природы микробиологии . 17 (9): 569–586. Дои: 10.1038 / s41579-019-0222-5 . PMC  7136171 . PMID  31213707 . Материал был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  7. ^ Bolhuis, H. и Cretoiu, MS (2016) «Что такого особенного в морских микроорганизмах?». В: LJ Stal и MS Cretoiu (Eds.) The Marine Microbiome , страницы 3–20, Springer. ISBN 9783319330006 
  8. ^ "Функции микробиома глобального океана ключ к пониманию изменений окружающей среды" . www.sciencedaily.com . Университет Джорджии. 10 декабря 2015 . Дата обращения 11 декабря 2015 .
  9. ^ a b Данные ВОЗ о смертности за 2002 г., по состоянию на 20 января 2007 г.
  10. Уэйд, Николас (25 июля 2016 г.). «Познакомьтесь с Лукой, прародителем всего живого» . Нью-Йорк Таймс . Проверено 25 июля 2016 года .
  11. ^ Suttle, CA (2005). «Вирусы в море». Природа . 437 (9): 356–361. Bibcode : 2005Natur.437..356S . DOI : 10,1038 / природа04160 . PMID 16163346 . S2CID 4370363 .  
  12. ^ a b Glöckner, FO, Gasol, JM, McDonough, N., Calewaert, JB et al. (2012) Морское микробное разнообразие и его роль в функционировании экосистем и изменении окружающей среды . Европейский научный фонд , меморандум 17. ISBN 978-2-918428-71-8 
  13. ^ "Функции микробиома глобального океана ключ к пониманию изменений окружающей среды" . www.sciencedaily.com . Университет Джорджии. 10 декабря 2015 . Дата обращения 11 декабря 2015 .
  14. ^ Suttle, CA (2005). «Вирусы в море». Природа . 437 (9): 356–361. Bibcode : 2005Natur.437..356S . DOI : 10,1038 / природа04160 . PMID 16163346 . S2CID 4370363 .  
  15. ^ Шорс с. 5
  16. ^ Шорс с. 593
  17. ^ a b c Саттл CA. Морские вирусы - основные игроки в глобальной экосистеме. Обзоры природы микробиологии . 2007. 5 (10): 801–12. DOI : 10.1038 / nrmicro1750 . PMID 17853907 . 
  18. Живые бактерии перемещаются по воздуху Земли, Смитсоновский журнал , 11 января 2016 г.
  19. Роббинс, Джим (13 апреля 2018 г.). «Триллионы и триллионы вирусов падают с неба каждый день» . Нью-Йорк Таймс . Проверено 14 апреля 2018 года .
  20. ^ Reche, Изабель; Д'Орта, Гаэтано; Младенов, Натали; Winget, Danielle M; Саттл, Кертис А. (29 января 2018 г.). «Скорость осаждения вирусов и бактерий над пограничным слоем атмосферы» . Журнал ISME . 12 (4): 1154–1162. DOI : 10.1038 / s41396-017-0042-4 . PMC 5864199 . PMID 29379178 .  
  21. ^ Персонал (2014). «Биосфера» . Институт глобальных изменений Аспена . Проверено 10 ноября 2014 года .
  22. ↑ a b c Чой, Чарльз К. (17 марта 2013 г.). «Микробы процветают в самом глубоком месте на Земле» . LiveScience . Проверено 17 марта 2013 года .
  23. ^ Глуд, Ронни; Венцхёфер, Франк; Мидделбо, Матиас; Огури, Казумаса; Turnewitsch, Роберт; Кэнфилд, Дональд Э .; Китазато, Хироши (17 марта 2013 г.). «Высокие скорости микробного круговорота углерода в отложениях в самой глубокой океанической впадине на Земле». Природа Геонауки . 6 (4): 284–288. Bibcode : 2013NatGe ... 6..284G . DOI : 10.1038 / ngeo1773 .
  24. ^ Оськин, Бекки (14 марта 2013). «Intraterrestrials: Жизнь процветает на дне океана» . LiveScience . Проверено 17 марта 2013 года .
  25. ^ Morelle, Ребекка (15 декабря 2014). «Микробы, обнаруженные самой глубокой морской буровой установкой» . BBC News . Проверено 15 декабря 2014 .
  26. ^ Takai K; Накамура К; Toki T; Цуногай У; и другие. (2008). «Клеточная пролиферация при 122 ° C и продукция изотопно тяжелого CH4 гипертермофильным метаногеном при культивировании под высоким давлением» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 105 (31): 10949–54. Bibcode : 2008PNAS..10510949T . DOI : 10.1073 / pnas.0712334105 . PMC 2490668 . PMID 18664583 .  
  27. Фокс, Дуглас (20 августа 2014 г.). «Озера подо льдом: тайный сад Антарктиды» . Природа . 512 (7514): 244–246. Bibcode : 2014Natur.512..244F . DOI : 10.1038 / 512244a . PMID 25143097 . 
  28. Мак, Эрик (20 августа 2014 г.). "Жизнь подтверждена под антарктическими льдами; что дальше - космос?" . Forbes . Проверено 21 августа 2014 .
  29. ^ Армбраст, EV; Палумби, SR (2015). «Раскрытие скрытых миров биоразнообразия океана». Наука . 348 (6237): 865–867. DOI : 10.1126 / science.aaa7378 . PMID 25999494 . S2CID 36480105 .  
  30. ^ Азам, Ф .; Малфатти, Ф. (2007). «Микробное структурирование морских экосистем». Обзоры природы микробиологии . 5 (10): 782–791. DOI : 10.1038 / nrmicro1747 . PMID 17853906 . S2CID 10055219 .  
  31. ^ Middelboe, M .; Брюссар, К. (2017). «Морские вирусы: ключевые игроки в морских экосистемах» . Вирусы . 9 (10): 302. DOI : 10,3390 / v9100302 . PMC 5691653 . PMID 29057790 .  
  32. ^ Кунин Е. В., Сенкевич Т., Dolja В.В.. Древний вирусный мир и эволюция клеток . Биология Директ . 2006; 1:29. DOI : 10.1186 / 1745-6150-1-29 . PMID 16984643 . 
  33. ^ a b Canchaya C, Fournous G, Chibani-Chennoufi S, Dillmann ML, Brüssow H. Фаг как агенты латерального переноса генов. Текущее мнение в микробиологии . 2003. 6 (4): 417–24. DOI : 10.1016 / S1369-5274 (03) 00086-9 . PMID 12941415 . 
  34. ^ а б Рыбицки, EP. Классификация организмов на пороге жизни или проблемы с систематикой вирусов. Южноафриканский научный журнал . 1990; 86: 182–186.
  35. ^ Кунин, Э.В. Старокадомский П. (октябрь 2016 г.). «Живы ли вирусы? Парадигма репликатора проливает решающий свет на старый, но ошибочный вопрос» . Исследования по истории и философии науки Часть C: Исследования по истории и философии биологических и биомедицинских наук . 59 : 125–134. DOI : 10.1016 / j.shpsc.2016.02.016 . PMC 5406846 . PMID 26965225 .  
  36. ^ Iyer LM, Balaji S, Koonin EV, Aravind L. Эволюционная геномика нуклео-цитоплазматических больших ДНК-вирусов. Исследование вирусов . 2006. 117 (1): 156–84. DOI : 10.1016 / j.virusres.2006.01.009 . PMID 16494962 . 
  37. ^ Санхуан Р., Небот М.Р., Чирико Н., Мански Л.М., Белшоу Р. Частота вирусных мутаций . Журнал вирусологии . 2010. 84 (19): 9733–48. DOI : 10,1128 / JVI.00694-10 . PMID 20660197 . 
  38. ^ Mahy WJ & Van Regenmortel MHV (ред.). Настольная энциклопедия общей вирусологии . Оксфорд: Academic Press; 2009. ISBN 0-12-375146-2 . п. 28. 
  39. ^ Вирусы живы? Парадигма репликатора проливает решающий свет на старый, но ошибочный вопрос . Исследования по истории и философии биологических и биомедицинских наук . 2016. doi : 10.1016 / j.shpsc.2016.02.016 . PMID 26965225 .  
  40. ^ Кунин, Э.В. Старокадомский П. (7 марта 2016 г.). «Живы ли вирусы? Парадигма репликатора проливает решающий свет на старый, но ошибочный вопрос» . Исследования по истории и философии биологических и биомедицинских наук . 59 : 125–34. DOI : 10.1016 / j.shpsc.2016.02.016 . PMC 5406846 . PMID 26965225 .  
  41. ↑ a b Mann, NH (17 мая 2005 г.). «Третий век фага» . PLOS Биология . 3 (5): 753–755. DOI : 10.1371 / journal.pbio.0030182 . PMC 1110918 . PMID 15884981 .  
  42. ^ Wommack KE, Колвелл RR. Вириопланктон: вирусы в водных экосистемах . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 2000. 64 (1): 69–114. DOI : 10.1128 / MMBR.64.1.69-114.2000 . PMID 10704475 . 
  43. ^ Саттл CA. Вирусы в море. Природа . 2005; 437: 356–361. DOI : 10,1038 / природа04160 . PMID 16163346 . Bibcode : 2005Natur.437..356S . 
  44. ^ Bergh O, Børsheim KY, Bratbak G, Heldal M. Большое количество вирусов, обнаруженных в водной среде. Природа . 1989. 340 (6233): 467–8. DOI : 10.1038 / 340467a0 . PMID 2755508 . Bibcode : 1989Natur.340..467B . 
  45. ^ Wigington CH, Sonderegger D, Brussaard CPD, Buchan A, Finke JF, Fuhrman JA, Lennon JT, Middelboe M, Suttle CA, Stock C, Wilson WH, Wommack KE, Wilhelm SW, Weitz JS. Пересмотр взаимосвязи между морским вирусом и численностью микробных клеток. Природная микробиология . 2016; 1: 15024. DOI : 10.1038 / nmicrobiol.2015.24 . PMID 27572161 . 
  46. ^ Brum JR, Шенк RO, Sullivan MB (сентябрь 2013). «Глобальный морфологический анализ морских вирусов показывает минимальную региональную изменчивость и преобладание нехвостых вирусов» . Журнал ISME . 7 (9): 1738–51. DOI : 10.1038 / ismej.2013.67 . PMC 3749506 . PMID 23635867 .  
  47. ^ Krupovic M, Бэмфорд DH (2007). «Предполагаемые профаги, связанные с литическим бесхвостым фагом морской дцДНК PM2, широко распространены в геномах водных бактерий» . BMC Genomics . 8 : 236. DOI : 10.1186 / 1471-2164-8-236 . PMC 1950889 . PMID 17634101 .  
  48. Перейти ↑ Xue H, Xu Y, Boucher Y, Polz MF (2012). «Высокая частота нового нитчатого фага, VCY φ, в популяции холерного вибриона окружающей среды» . Прикладная и экологическая микробиология . 78 (1): 28–33. DOI : 10,1128 / AEM.06297-11 . PMC 3255608 . PMID 22020507 .  
  49. ^ Ру S, Krupovic М, Пуля А, Debroas D, Enault F (2012). «Эволюция и разнообразие вирусного семейства Microviridae посредством коллекции из 81 нового полного генома, собранных из виромных ридов» . PLOS ONE . 7 (7): e40418. Bibcode : 2012PLoSO ... 740418R . DOI : 10.1371 / journal.pone.0040418 . PMC 3394797 . PMID 22808158 .  
  50. ^ Кауфман, Кэтрин М .; Хуссейн, Фатима А .; Ян, радость; Аревало, Филипп; Браун, Юлия М .; Чанг, Уильям К .; ВанИнсберге, Дэвид; Эльшербини, Джозеф; Sharma, Radhey S .; Катлер, Майкл Б .; Келли, Либуша; Польз, Мартин Ф. (2018). «Основная линия нехвостых вирусов дцДНК как непризнанных убийц морских бактерий» . Природа . 554 (7690): 118–122. Bibcode : 2018Natur.554..118K . DOI : 10.1038 / nature25474 . PMID 29364876 . S2CID 4462007 .  
  51. ^ Ученые обнаружили новый тип вируса в Мировом океане: Autolykiviridae , на: sci-news, 25 января 2018 г.
  52. ^ Никогда ранее не замеченные вирусы со странной ДНК были только что обнаружены в океане , в: научное оповещение , 25 января 2018 г.
  53. ^ NCBI: Autolykiviridae (семейство) - неклассифицированные вирусы дцДНК
  54. ^ Лоуренс CM, Менон S, Эйлерс BJ и др. . Структурно-функциональные исследования вирусов архей . Журнал биологической химии . 2009. 284 (19): 12599–603. DOI : 10.1074 / jbc.R800078200 . PMID 19158076 . 
  55. ^ Прангишвили D, Фортер P, Garrett RA. Вирусы архей: объединяющая точка зрения. Обзоры природы микробиологии . 2006. 4 (11): 837–48. DOI : 10.1038 / nrmicro1527 . PMID 17041631 . 
  56. ^ Прангишвили Д, Гарретт Р.А. Исключительно разнообразные морфотипы и геномы гипертермофильных вирусов кренархей. Сделки Биохимического Общества . 2004. 32 (Pt 2): 204–8. DOI : 10.1042 / BST0320204 . PMID 15046572 . 
  57. ^ Саттл CA. Вирусы в море. Природа . 2005. 437 (7057): 356–61. DOI : 10,1038 / природа04160 . PMID 16163346 . Bibcode : 2005Natur.437..356S . 
  58. ^ www.cdc.gov. Вредное цветение водорослей: Red Tide: Home [Проверено 19 декабря 2014 г.].
  59. ^ Forterre P, Philippe H. Последний универсальный общий предок (LUCA), простой или сложный ?. Биологический бюллетень . 1999. 196 (3): 373–5; обсуждение 375–7. DOI : 10.2307 / 1542973 . PMID 11536914 . 
  60. ^ Abrahão, Jônatas; Сильва, Лорена; Сильва, Людмила Сантос; Халил, Жак Яакуб Боу; Родригес, Родриго; Арантес, Талита; Ассис, Фелипе; Боратто, Пауло; Андраде, Мигель; Крун, Эрна Геессиен; Рибейро, Бергманн; Бергье, Иван; Селигманн, Эрве; Гиго, Эрик; Колсон, Филипп; Левассер, Энтони; Кремер, Гвидо; Рауль, Дидье; Скола, Бернар Ла (27 февраля 2018 г.). «Хвостатый гигант Тупанвирус обладает наиболее полным трансляционным аппаратом из известной виросферы» . Nature Communications . 9 (1): 749. Bibcode : 2018NatCo ... 9..749A . DOI : 10.1038 / s41467-018-03168-1 . PMC 5829246 . PMID  29487281 .
  61. ^ Bichell RE. «В гигантских вирусных генах намекает на их загадочное происхождение» . Все учтено .
  62. ^ Ван Эттен JL (июль – август 2011 г.). «Гигантские вирусы» . Американский ученый . 99 (4): 304–311. DOI : 10.1511 / 2011.91.304 .
  63. Перейти ↑ Legendre M, Arslan D, Abergel C, Claverie JM (январь 2012 г.). «Геномика мегавируса и неуловимая четвертая область жизни» . Коммуникативная и интегративная биология . 5 (1): 102–6. DOI : 10,4161 / cib.18624 . PMC 3291303 . PMID 22482024 .  
  64. Schulz F, Yutin N, Иванова NN, Ortega DR, Lee TK, Vierheilig J, Daims H, Horn M, Wagner M, Jensen GJ, Kyrpides NC, Koonin EV, Woyke T (апрель 2017 г.). «Гигантские вирусы с расширенным набором компонентов системы перевода» (PDF) . Наука . 356 (6333): 82–85. Bibcode : 2017Sci ... 356 ... 82S . DOI : 10.1126 / science.aal4657 . PMID 28386012 . S2CID 206655792 .   
  65. ^ Бэкстрем D, Yutin N, Йоргенсен SL, Dharamshi Дж, Хома Ж, Заремба-Niedwiedzka К, Спанг А, Вольф Ю.И., Кунин Е.В., Ettema TJ (март 2019). «Геномы вирусов из глубоководных отложений расширяют океанический мегавиром и поддерживают независимое происхождение вирусного гигантизма» . mBio . 10 (2): e02497-02418. DOI : 10,1128 / mBio.02497-18 . PMC 6401483 . PMID 30837339 .  
  66. ^ Фредриксон JK, Zachara JM, Balkwill DL, Кеннеди D, Li SM, Kostandarithes HM, Daly MJ, Ромайн MF, Брокман FJ (2004). «Геомикробиология высокоактивных отложений вадозы, загрязненных ядерными отходами, на участке Хэнфорд, штат Вашингтон» . Прикладная и экологическая микробиология . 70 (7): 4230–41. DOI : 10,1128 / AEM.70.7.4230-4241.2004 . PMC 444790 . PMID 15240306 .  
  67. ^ Вёзе CR, Kandler О, Уилис М. Л. (1990). «К естественной системе организмов: предложение о доменах архей, бактерий и эукариев» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 87 (12): 4576–9. Bibcode : 1990PNAS ... 87.4576W . DOI : 10.1073 / pnas.87.12.4576 . PMC 54159 . PMID 2112744 .  
  68. ^ Schopf JW (1994). «Несопоставимые скорости, разные судьбы: темп и характер эволюции изменились от докембрия к фанерозою» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 91 (15): 6735–42. Bibcode : 1994PNAS ... 91.6735S . DOI : 10.1073 / pnas.91.15.6735 . PMC 44277 . PMID 8041691 .  
  69. Перейти ↑ DeLong EF, Pace NR (2001). «Экологическое разнообразие бактерий и архей». Систематическая биология . 50 (4): 470–8. CiteSeerX 10.1.1.321.8828 . DOI : 10.1080 / 106351501750435040 . PMID 12116647 .  
  70. Перейти ↑ Brown JR, Doolittle WF (1997). «Археи и переход от прокариот к эукариотам» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 61 (4): 456–502. DOI : 10.1128 / .61.4.456-502.1997 . PMC 232621 . PMID 9409149 .  
  71. ^ Dyall, Sabrina D .; Браун, Марк Т .; Джонсон, Патрисия Дж. (9 апреля 2004 г.). «Древние вторжения: от эндосимбионтов до органелл» . Наука . 304 (5668): 253–257. Bibcode : 2004Sci ... 304..253D . DOI : 10.1126 / science.1094884 . ISSN 0036-8075 . PMID 15073369 . S2CID 19424594 .   
  72. Перейти ↑ Poole AM, Penny D (2007). «Оценка гипотез происхождения эукариот» . BioEssays . 29 (1): 74–84. DOI : 10.1002 / bies.20516 . PMID 17187354 . S2CID 36026766 .  
  73. ^ Lang BF, Серый MW, Burger G (1999). «Эволюция митохондриального генома и происхождение эукариот». Ежегодный обзор генетики . 33 : 351–97. DOI : 10.1146 / annurev.genet.33.1.351 . PMID 10690412 . 
  74. Перейти ↑ McFadden GI (1999). «Эндосимбиоз и эволюция растительной клетки». Текущее мнение в биологии растений . 2 (6): 513–9. DOI : 10.1016 / S1369-5266 (99) 00025-4 . PMID 10607659 . 
  75. Патрик Дж. Килинг (2004). «Разнообразие и эволюционная история пластид и их хозяев» . Американский журнал ботаники . 91 (10): 1481–1493. DOI : 10,3732 / ajb.91.10.1481 . PMID 21652304 . 
  76. ^ "Candidatus Pelagibacter Ubique". Европейский институт биоинформатики. Европейский институт биоинформатики, 2011. Интернет. 8 января 2012 г. http://www.ebi.ac.uk/2can/genomes/bacteria/Candidatus_Pelagibacter_ubique.html Архивировано 1 декабря 2008 г. на Wayback Machine
  77. ^ «Блошиный рынок: недавно обнаруженный вирус может быть самым распространенным организмом на планете» . Экономист . 16 февраля 2013 . Проверено 16 февраля 2013 года .
  78. ^ Zhao, Y .; Temperton, B .; Трэш, JC; Schwalbach, MS; Vergin, KL; Landry, ZC; Эллисман, М .; Deerinck, T .; Салливан, МБ; Джованнони, SJ (2013). «Обилие вирусов SAR11 в океане». Природа . 494 (7437): 357–360. Bibcode : 2013Natur.494..357Z . DOI : 10.1038 / nature11921 . PMID 23407494 . S2CID 4348619 .  
  79. ^ «Самая большая бактерия: Ученый обнаруживает новую бактериальную форму жизни у африканского побережья» , Институт морской микробиологии Макса Планка , 8 апреля 1999 г., архивировано с оригинала 20 января 2010 г.
  80. ^ Список прокариотических имен со стоящими в номенклатуре - Род Thiomargarita
  81. Перейти ↑ Bang C, Schmitz RA (2015). «Археи, связанные с человеческими поверхностями: нельзя недооценивать» . Обзоры микробиологии FEMS . 39 (5): 631–48. DOI : 10.1093 / femsre / fuv010 . PMID 25907112 . 
  82. ^ Интернет-словарь этимологии Archaea . Дата обращения 17 августа 2016.
  83. Pace NR (май 2006 г.). "Время перемен". Природа . 441 (7091): 289. Bibcode : 2006Natur.441..289P . DOI : 10.1038 / 441289a . PMID 16710401 . S2CID 4431143 .  
  84. ^ Stoeckenius W (1 октября 1981). «Квадратная бактерия Уолсби: тонкая структура ортогонального прокариота» . Журнал бактериологии . 148 (1): 352–60. DOI : 10.1128 / JB.148.1.352-360.1981 . PMC 216199 . PMID 7287626 .  
  85. ^ Мэдигэн М и Martinko J (ред.) (2005). Брок Биология микроорганизмов (11-е изд.). Прентис Холл. ISBN 978-0-13-144329-7.CS1 maint: extra text: authors list (link)
  86. ^ «Глубоководные микроорганизмы и происхождение эукариотической клетки» (PDF) . Проверено 24 октября 2017 года .
  87. Ямагути, Масаси; и другие. (1 декабря 2012 г.). «Прокариот или эукариот? Уникальный микроорганизм из морских глубин». Журнал электронной микроскопии . 61 (6): 423–431. DOI : 10,1093 / jmicro / dfs062 . PMID 23024290 . 
  88. ^ Whittaker, RH; Маргулис, Л. (1978). «Классификация протистов и царства организмов». Биосистемы . 10 (1–2): 3–18. DOI : 10.1016 / 0303-2647 (78) 90023-0 . PMID 418827 . 
  89. ^ Фор, E; Не, F; Benoiston, AS; Лабади, К; Биттнер, L; Аята, SD (2019). «Миксотрофные протисты отображают контрастирующие биогеографии в мировом океане» . Журнал ISME . 13 (4): 1072–1083. DOI : 10.1038 / s41396-018-0340-5 . PMC 6461780 . PMID 30643201 .  
  90. ^ а б в Лелес, С. Г.; Mitra, A .; Флинн, KJ; Стоккер, ДК; Hansen, PJ; Calbet, A .; Макманус, Великобритания; Сандерс, RW; Caron, DA; Не, F .; Hallegraeff, GM (2017). «Океанические простейшие с различными формами приобретенной фототрофии демонстрируют контрастирующие биогеографии и численность» . Труды Королевского общества B: биологические науки . 284 (1860): 20170664. DOI : 10.1098 / rspb.2017.0664 . PMC 5563798 . PMID 28768886 .  
  91. ^ Бадд, Грэм Э; Йенсен, Сорен (2017). «Происхождение животных и гипотеза« саванны »для ранней билатерианской эволюции» . Биологические обзоры . 92 (1): 446–473. DOI : 10.1111 / brv.12239 . PMID 26588818 . 
  92. Перейти ↑ Cavalier-Smith T (декабрь 1993 г.). «Царство простейших и его 18 типов» . Микробиологические обзоры . 57 (4): 953–94. DOI : 10.1128 / mmbr.57.4.953-994.1993 . PMC 372943 . PMID 8302218 .  
  93. ^ Корлисс JO (1992). «Должен ли быть отдельный код номенклатуры для протистов?». Биосистемы . 28 (1–3): 1–14. DOI : 10.1016 / 0303-2647 (92) 90003-H . PMID 1292654 . 
  94. ^ Slapeta J, D Морейра, Лопес-Гарсиа P (2005). «Степень разнообразия протистов: выводы из молекулярной экологии пресноводных эукариот» . Труды Королевского общества B: биологические науки . 272 (1576): 2073–81. DOI : 10.1098 / rspb.2005.3195 . PMC 1559898 . PMID 16191619 .  
  95. Перейти ↑ Moreira D, López-García P (2002). «Молекулярная экология микробных эукариот открывает скрытый мир» (PDF) . Тенденции в микробиологии . 10 (1): 31–8. DOI : 10.1016 / S0966-842X (01) 02257-0 . PMID 11755083 .  
  96. ^ a b Воздух, которым вы дышите? Из диатомовой водоросли
  97. ^ "Подробнее о диатомовых водорослях" . Музей палеонтологии Калифорнийского университета . Архивировано из оригинала 4 октября 2012 года . Дата обращения 11 октября 2019 .
  98. ^ Devreotes P (1989). «Dictyostelium discoideum: модельная система межклеточных взаимодействий в процессе развития». Наука . 245 (4922): 1054–8. Bibcode : 1989Sci ... 245.1054D . DOI : 10.1126 / science.2672337 . PMID 2672337 . 
  99. ^ Мац, Михаил В .; Тамара М. Франк; Н. Джастин Маршалл; Эдит А. Виддер; Сонке Йонсен (9 декабря 2008 г.). «Гигантский глубоководный протист оставляет следы, подобные билатерианам» (PDF) . Текущая биология . Elsevier Ltd. 18 (23): 1849–1854. DOI : 10.1016 / j.cub.2008.10.028 . PMID 19026540 . S2CID 8819675 .   
  100. ^ Gooday, AJ; Аранда да Силва, А .; Павловски, Дж. (1 декабря 2011 г.). «Xenophyophores (Rhizaria, Foraminifera) из каньона Назаре (португальская окраина, северо-восточная Атлантика)». Deep-Sea Research Part II: Актуальные исследования в океанографии . Геология, геохимия и биология подводных каньонов к западу от Португалии. 58 (23–24): 2401–2419. Bibcode : 2011DSRII..58.2401G . DOI : 10.1016 / j.dsr2.2011.04.005 .
  101. ^ Нил AC, Рис JB, Саймон EJ (2004) Существенная биология с физиологией Пирсон / Бенджамин Каммингс, стр. 291. ISBN 9780805375039 
  102. Перейти ↑ O'Malley MA, Simpson AG, Roger AJ (2012). «Другие эукариоты в свете эволюционной протистологии». Биология и философия . 28 (2): 299–330. DOI : 10.1007 / s10539-012-9354-у . S2CID 85406712 . 
  103. ^ Адл С.М., Симпсон А.Г., фермер М.А., Андерсен Р.А., Андерсон ИЛИ, Барта JR, Баузер С.С., Brugerolle G, Fensome Р.А., Fredericq S, Джеймс TY, Карпов С, Kugrens Р, Круг Дж, Лейн CE, Льюис Л., Lodge Дж., Линн Д.Г., Манн Д.Г., МакКорт Р.М., Мендоза Л., Моэструп О., Мозли-Стэндридж С.Е., Нерад Т.А., Ширер К.А., Смирнов А.В., Шпигель Ф.В., Тейлор М.Ф. (2005). «Новая классификация эукариот более высокого уровня с упором на таксономию простейших» . Журнал эукариотической микробиологии . 52 (5): 399–451. DOI : 10.1111 / j.1550-7408.2005.00053.x . PMID 16248873 . S2CID 8060916 .  
  104. Перейти ↑ Margulis L, Chapman MJ (19 марта 2009 г.). Королевства и владения: иллюстрированное руководство по типу жизни на Земле . Академическая пресса. ISBN 9780080920146.
  105. ^ а б Доусон, Скотт С; Паредес, Александр R (2013). «Альтернативные пейзажи цитоскелета: новизна цитоскелета и эволюция у базальных простейших из копыт» . Текущее мнение в клеточной биологии . 25 (1): 134–141. DOI : 10.1016 / j.ceb.2012.11.005 . PMC 4927265 . PMID 23312067 .  
  106. ^ а б Аткинсон, А .; Polimene, L .; Fileman, ES; Widdicombe, CE; Макэвой, Эй Джей; Смит, TJ; Djeghri, N .; Sailley, SF; Корнуэлл, LE (2018). " " Комментарий. Что определяет сезонность планктона в стратифицирующем шельфовом море? Некоторые конкурирующие и дополнительные теории "]" (PDF) . Лимнология и океанография . 63 (6): 2877–2884. Bibcode : 2018LimOc..63.2877A . DOI : 10.1002 / lno.11036 .
  107. ^ Синглтон, Пол (2006). Словарь микробиологии и молекулярной биологии, 3-е издание, переработанное . Чичестер, Великобритания: John Wiley & Sons. п. 32. ISBN 978-0-470-03545-0.
  108. ^ Дэвид Дж. Паттерсон. «Амебы: протисты, которые передвигаются и питаются с помощью псевдоподий» . Интернет-проект "Древо жизни".
  109. ^ "Амебы" . Эдинбургский университет. Архивировано из оригинального 10 июня 2009 года.
  110. ^ Брэди, Ричард М. (1993). «Крутящий момент и переключение в бактериальном жгутичном двигателе. Электростатическая модель» . Биофизический журнал . 64 (4): 961–973. Bibcode : 1993BpJ .... 64..961B . DOI : 10.1016 / S0006-3495 (93) 81462-0 . PMC 1262414 . PMID 7684268 .  
  111. ^ Лауга, Эрик; Томас Р. Пауэрс (25 августа 2009 г.). «Гидродинамика плавающих микроорганизмов». Отчеты о достижениях физики . 72 (9): 096601. arXiv : 0812.2887 . Bibcode : 2009RPPh ... 72i6601L . DOI : 10.1088 / 0034-4885 / 72/9/096601 . S2CID 3932471 . 
  112. ^ Хайд, KD; EBJ Jones; Э. Леаньо; SB Pointing; А. Д. Пунит; ТОО «Вриймоед» (1998 г.). «Роль грибов в морских экосистемах». Биоразнообразие и сохранение . 7 (9): 1147–1161. DOI : 10,1023 / A: 1008823515157 . S2CID 22264931 . 
  113. ^ Кирк, П.М., Кэннон, П.Ф., Минтер, Д.В. и Сталперс, Дж. «Словарь грибов». Ред. 10. КАБИ, 2008 г.
  114. ^ Хайд, KD; EBJ Jones (1989). «Прикрепление спор у морских грибов». Ботаника Марина . 32 (3): 205–218. DOI : 10.1515 / botm.1989.32.3.205 . S2CID 84879817 . 
  115. ^ Le Кальвез T, Burgaud G, S Маэ, Барбье G, Vandenkoornhuyse P (октябрь 2009). «Разнообразие грибов в глубоководных гидротермальных экосистемах» . Прикладная и экологическая микробиология . 75 (20): 6415–21. DOI : 10,1128 / AEM.00653-09 . PMC 2765129 . PMID 19633124 .  
  116. ^ Сан-Мартин, А .; С. Ореханера; К. Галлардо; М. Сильва; Дж. Бесерра; Р. Рейносо; MC Chamy; К. Вергара; Дж. Ровироса (2008). «Стероиды морского гриба Geotrichum sp» . Журнал Чилийского химического общества . 53 (1): 1377–1378. DOI : 10.4067 / S0717-97072008000100011 .
  117. ^ Джонс, EBG, Hyde, KD, и Pang, K.-L., ред. (2014). Пресноводные грибы: и грибоподобные организмы . Берлин / Бостон: Де Грюйтер.
  118. ^ Джонс, EBG; Панг, К.-Л., ред. (2012). Морские грибы и грибоподобные организмы . Морская и пресноводная ботаника. Берлин, Бостон: De Gruyter (опубликовано в августе 2012 г.). DOI : 10.1515 / 9783110264067 . ISBN 978-3-11-026406-7. Дата обращения 3 сентября 2015 .
  119. ^ Ван, Синь; Сингх, Пурнима; Гао, Чжэн; Чжан, Сяобо; Johnson, Zackary I .; Ван, Гуанъи (2014). «Распространение и разнообразие планктонных грибов в теплом бассейне западной части Тихого океана» . PLOS ONE . 9 (7): e101523. Bibcode : 2014PLoSO ... 9j1523W . DOI : 10.1371 / journal.pone.0101523.s001 . PMC 4081592 . PMID 24992154 .  
  120. ^ Ван, G .; Ван, X .; Лю, X .; Ли, К. (2012). «Разнообразие и биогеохимические функции планктонных грибов в океане» . В Рагхукумаре, К. (ред.). Биология морских грибов . Берлин, Гейдельберг: Springer-Verlag. С. 71–88. DOI : 10.1007 / 978-3-642-23342-5 . ISBN 978-3-642-23341-8. S2CID  39378040 . Дата обращения 3 сентября 2015 .
  121. ^ Дамаре, Самир; Рагхукумар, Чандралата (11 ноября 2007 г.). «Грибы и макроагрегация в глубоководных отложениях». Микробная экология . 56 (1): 168–177. DOI : 10.1007 / s00248-007-9334-у . ISSN 0095-3628 . PMID 17994287 . S2CID 21288251 .   
  122. ^ Кубанек, Юлия; Дженсен, Пол Р .; Кейфер, Пол А .; Саллардс, М. Кэмерон; Коллинз, Дуайт О .; Феникал, Уильям (10 июня 2003 г.). «Устойчивость водорослей к микробной атаке: целевая химическая защита от морских грибов» . Труды Национальной академии наук . 100 (12): 6916–6921. Bibcode : 2003PNAS..100.6916K . DOI : 10.1073 / pnas.1131855100 . ISSN 0027-8424 . PMC 165804 . PMID 12756301 .   
  123. ^ а б Гао, Чжэн; Johnson, Zackary I .; Ван, Гуаньи (30 июля 2009 г.). «Молекулярная характеристика пространственного разнообразия и новых линий микопланктона в прибрежных водах Гавайев» . Журнал ISME . 4 (1): 111–120. DOI : 10.1038 / ismej.2009.87 . ISSN 1751-7362 . PMID 19641535 .  
  124. Panzer, Катрин; Йылмаз, Пелин; Вайс, Майкл; Райх, Лотар; Рихтер, Майкл; Визе, Ютта; Шмальоханн, Рольф; Лабес, Антье; Имхофф, Йоханнес Ф. (30 июля 2015 г.). «Идентификация биомов, специфичных для среды обитания, сообществ водных грибов с использованием комплексного почти полного набора данных 18S рРНК, обогащенного контекстными данными» . PLOS ONE . 10 (7): e0134377. Bibcode : 2015PLoSO..1034377P . DOI : 10.1371 / journal.pone.0134377 . PMC 4520555 . PMID 26226014 .  
  125. ^ Гутьеррес, Марсело Н; Пантоха, Сильвио; Хиноны, Ренато а и Гонсалес, Родриго Р. Первое обнаружение пламенных грибов в прибрежной экосистеме апвеллинга у центральной части Чили. Гаяна (Концепция) [онлайн]. 2010, vol.74, n.1, pp. 66-73. ISSN 0717-6538 . 
  126. ^ a b Шридхар, KR (2009). «10. Водные грибы - планктонные ли они?». Планктонная динамика индийских вод . Джайпур, Индия: публикации Pratiksha. С. 133–148.
  127. Виды высших морских грибов. Архивировано 22 апреля 2013 года вуниверситете Wayback Machine в Миссисипи. Проверено 5 февраля 2012.
  128. ^ Пресноводные и морские лишайниковые грибы Проверено 2012-02-06.
  129. ^ "Lichens". National Park Service, US Department of the Interior, Government of the United States. 22 May 2016. Retrieved 4 April 2018.
  130. ^ a b "The Earth Life Web, Growth and Development in Lichens". earthlife.net. 14 February 2020.
  131. ^ Silliman B. R. & S. Y. Newell (2003). "Fungal farming in a snail". PNAS. 100 (26): 15643–15648. Bibcode:2003PNAS..10015643S. doi:10.1073/pnas.2535227100. PMC 307621. PMID 14657360.
  132. ^ Yuan X, Xiao S (2005). "Lichen-Like Symbiosis 600 Million Years Ago". Science. 308 (5724): 1017–1020. Bibcode:2005Sci...308.1017Y. doi:10.1126/science.1111347. PMID 15890881. S2CID 27083645.
  133. ^ Jones, E. B. Gareth; Pang, Ka-Lai (31 August 2012). Marine Fungi: and Fungal-like Organisms. Walter de Gruyter. ISBN 9783110264067.
  134. ^ Janet Fang (6 April 2010). "Animals thrive without oxygen at sea bottom". Nature. 464 (7290): 825. doi:10.1038/464825b. PMID 20376121.
  135. ^ "Briny deep basin may be home to animals thriving without oxygen". Science News. 23 September 2013.
  136. ^ a b Campbell, Neil A.; Reece, Jane B.; Urry, Lisa Andrea; Cain, Michael L.; Wasserman, Steven Alexander; Minorsky, Peter V.; Jackson, Robert Bradley (2008). Biology (8 ed.). San Francisco: Pearson – Benjamin Cummings. ISBN 978-0-321-54325-7.
  137. ^ McNeill, J.; et al., eds. (2012). International Code of Nomenclature for algae, fungi, and plants (Melbourne Code), Adopted by the Eighteenth International Botanical Congress Melbourne, Australia, July 2011 (electronic ed.). International Association for Plant Taxonomy. Retrieved 14 May 2017.
  138. ^ Changes in oxygen concentrations in our ocean can disrupt fundamental biological cycles Phys.org, 25 November 2019.
  139. ^ Walsh PJ, Smith S, Fleming L, Solo-Gabriele H, Gerwick WH, eds. (2 September 2011). "Cyanobacteria and cyanobacterial toxins". Oceans and Human Health: Risks and Remedies from the Seas. Academic Press. pp. 271–296. ISBN 978-0-08-087782-2.
  140. ^ "The Rise of Oxygen - Astrobiology Magazine". Astrobiology Magazine. 30 July 2003. Retrieved 6 April 2016.
  141. ^ Flannery, D. T.; R.M. Walter (2012). "Archean tufted microbial mats and the Great Oxidation Event: new insights into an ancient problem". Australian Journal of Earth Sciences. 59 (1): 1–11. Bibcode:2012AuJES..59....1F. doi:10.1080/08120099.2011.607849. S2CID 53618061.
  142. ^ Rothschild, Lynn (September 2003). "Understand the evolutionary mechanisms and environmental limits of life". NASA. Archived from the original on 11 March 2012. Retrieved 13 July 2009.
  143. ^ Nadis S (December 2003). "The cells that rule the seas" (PDF). Scientific American. 289 (6): 52–3. Bibcode:2003SciAm.289f..52N. doi:10.1038/scientificamerican1203-52. PMID 14631732. Archived from the original (PDF) on 19 April 2014. Retrieved 2 June 2019.
  144. ^ "The Most Important Microbe You've Never Heard Of". npr.org.
  145. ^ Flombaum, P.; Gallegos, J. L.; Gordillo, R. A.; Rincon, J.; Zabala, L. L.; Jiao, N.; Karl, D. M.; Li, W. K. W.; Lomas, M. W.; Veneziano, D.; Vera, C. S.; Vrugt, J. A.; Martiny, A. C. (2013). "Present and future global distributions of the marine Cyanobacteria Prochlorococcus and Synechococcus". Proceedings of the National Academy of Sciences. 110 (24): 9824–9829. Bibcode:2013PNAS..110.9824F. doi:10.1073/pnas.1307701110. PMC 3683724. PMID 23703908.
  146. ^ Nabors, Murray W. (2004). Introduction to Botany. San Francisco, CA: Pearson Education, Inc. ISBN 978-0-8053-4416-5.
  147. ^ Allaby, M., ed. (1992). "Algae". The Concise Dictionary of Botany. Oxford: Oxford University Press.
  148. ^ Guiry MD (October 2012). "How many species of algae are there?". Journal of Phycology. 48 (5): 1057–63. doi:10.1111/j.1529-8817.2012.01222.x. PMID 27011267. S2CID 30911529.
  149. ^ a b Guiry, M.D.; Guiry, G.M. (2016). "Algaebase". www.algaebase.org. Retrieved 20 November 2016.
  150. ^ D. Thomas (2002). Seaweeds. Life Series. Natural History Museum, London. ISBN 978-0-565-09175-0.
  151. ^ Hoek, Christiaan; den Hoeck, Hoeck Van; Mann, David; Jahns, H.M. (1995). Algae : an introduction to phycology. Cambridge University Press. p. 166. ISBN 9780521316873. OCLC 443576944.
  152. ^ Starckx, Senne (31 October 2012) A place in the sun - Algae is the crop of the future, according to researchers in Geel Flanders Today, Retrieved 8 December 2012
  153. ^ Duval, B.; Margulis, L. (1995). "The microbial community of Ophrydium versatile colonies: endosymbionts, residents, and tenants". Symbiosis. 18: 181–210. PMID 11539474.
  154. ^ Mandoli, DF (1998). "Elaboration of Body Plan and Phase Change during Development of Acetabularia: How Is the Complex Architecture of a Giant Unicell Built?". Annual Review of Plant Physiology and Plant Molecular Biology. 49: 173–198. doi:10.1146/annurev.arplant.49.1.173. PMID 15012232. S2CID 6241264.
  155. ^ Pierre Madl; Maricela Yip (2004). "Literature Review of Caulerpa taxifolia". BUFUS-Info. 19 (31).
  156. ^ Lalli, C.; Parsons, T. (1993). Biological Oceanography: An Introduction. Butterworth-Heinemann. ISBN 0-7506-3384-0.
  157. ^ Eerie red glow traces ocean plant health NASA Science, 28 May 2009.
  158. ^ Behrenfeld, M.J.; Westberry, T.K.; Boss, E.S.; O'Malley, R.T.; Siegel, D.A.; Wiggert, J.D.; Franz, B.A.; McLain, C.R.; Feldman, G.C.; Doney, S.C.; Moore, J.K. (2009). "Satellite-detected fluorescence reveals global physiology of ocean phytoplankton". Biogeosciences. 6 (5): 779–794. Bibcode:2009BGeo....6..779B. doi:10.5194/bg-6-779-2009.
  159. ^ a b Wassilieff, Maggy (2006) "Plankton - Plant plankton", Te Ara - the Encyclopedia of New Zealand. Accessed: 2 November 2019.
  160. ^ Lindsey, R., Scott, M. and Simmon, R. (2010) "What are phytoplankton". NASA Earth Observatory.
  161. ^ Field, C. B.; Behrenfeld, M. J.; Randerson, J. T.; Falwoski, P. G. (1998). "Primary production of the biosphere: Integrating terrestrial and oceanic components". Science. 281 (5374): 237–240. Bibcode:1998Sci...281..237F. doi:10.1126/science.281.5374.237. PMID 9657713.
  162. ^ Treguer, P.; Nelson, D. M.; Van Bennekom, A. J.; Demaster, D. J.; Leynaert, A.; Queguiner, B. (1995). "The Silica Balance in the World Ocean: A Reestimate". Science. 268 (5209): 375–9. Bibcode:1995Sci...268..375T. doi:10.1126/science.268.5209.375. PMID 17746543. S2CID 5672525.
  163. ^ "King's College London - Lake Megachad". www.kcl.ac.uk. Retrieved 5 May 2018.
  164. ^ Arsenieff, L.; Simon, N.; Rigaut-Jalabert, F.; Le Gall, F.; Chaffron, S.; Corre, E.; Com, E.; Bigeard, E.; Baudoux, A.C. (2018). "First Viruses Infecting the Marine Diatom Guinardia delicatula". Frontiers in Microbiology. 9: 3235. doi:10.3389/fmicb.2018.03235. PMC 6334475. PMID 30687251.
  165. ^ Zhang, D.; Wang, Y.; Cai, J.; Pan, J.; Jiang, X.; Jiang, Y. (2012). "Bio-manufacturing technology based on diatom micro- and nanostructure". Chinese Science Bulletin. 57 (30): 3836–3849. Bibcode:2012ChSBu..57.3836Z. doi:10.1007/s11434-012-5410-x.
  166. ^ Wassilieff, Maggy (2006) "A coccolithophore", Te Ara - the Encyclopedia of New Zealand. Accessed: 2 November 2019.
  167. ^ Rost, B. and Riebesell, U. (2004) "Coccolithophores and the biological pump: responses to environmental changes". In: Coccolithophores: From Molecular Processes to Global Impact, pages 99–125, Springer. ISBN 9783662062784.
  168. ^ DeLong, E.F.; Beja, O. (2010). "The light-driven proton pump proteorhodopsin enhances bacterial survival during tough times". PLOS Biology. 8 (4): e1000359. doi:10.1371/journal.pbio.1000359. PMC 2860490. PMID 20436957. e1000359.
  169. ^ a b Gómez-Consarnau, L.; Raven, J.A.; Levine, N.M.; Cutter, L.S.; Wang, D.; Seegers, B.; Arístegui, J.; Fuhrman, J.A.; Gasol, J.M.; Sañudo-Wilhelmy, S.A. (2019). "Microbial rhodopsins are major contributors to the solar energy captured in the sea". Science Advances. 5 (8): eaaw8855. Bibcode:2019SciA....5.8855G. doi:10.1126/sciadv.aaw8855. PMC 6685716. PMID 31457093.
  170. ^ Oren, Aharon (2002). "Molecular ecology of extremely halophilic Archaea and Bacteria". FEMS Microbiology Ecology. 39 (1): 1–7. doi:10.1111/j.1574-6941.2002.tb00900.x. ISSN 0168-6496. PMID 19709178.
  171. ^ Béja, O.; Aravind, L.; Koonin, E.V.; Suzuki, M.T.; Hadd, A.; Nguyen, L.P.; Jovanovich, S.B.; Gates, C.M.; Feldman, R.A.; Spudich, J.L.; Spudich, E.N. (2000). "Bacterial rhodopsin: evidence for a new type of phototrophy in the sea". Science. 289 (5486): 1902–1906. Bibcode:2000Sci...289.1902B. doi:10.1126/science.289.5486.1902. PMID 10988064. S2CID 1461255.
  172. ^ "Interviews with Fellows: Ed Delong". American Academy of Microbiology. Archived from the original on 7 August 2016. Retrieved 2 July 2016.
  173. ^ Bacteria with Batteries, Popular Science, January 2001, Page 55.
  174. ^ Béja, O.; Aravind, L.; Koonin, E.V.; Suzuki, M.T.; Hadd, A.; Nguyen, L.P.; Jovanovich, S.B.; Gates, C.M.; Feldman, R.A.; Spudich, J.L.; Spudich, E.N. (2000). "Bacterial rhodopsin: evidence for a new type of phototrophy in the sea". Science. 289 (5486): 1902–1906. Bibcode:2000Sci...289.1902B. doi:10.1126/science.289.5486.1902. PMID 10988064.
  175. ^ Boeuf, Dominique; Audic, Stéphane; Brillet-Guéguen, Loraine; Caron, Christophe; Jeanthon, Christian (2015). "MicRhoDE: a curated database for the analysis of microbial rhodopsin diversity and evolution". Database. 2015: bav080. doi:10.1093/database/bav080. ISSN 1758-0463. PMC 4539915. PMID 26286928.
  176. ^ Yawo, Hiromu; Kandori, Hideki; Koizumi, Amane (5 June 2015). Optogenetics: Light-Sensing Proteins and Their Applications. Springer. pp. 3–4. ISBN 978-4-431-55516-2. Retrieved 30 September 2015.
  177. ^ A tiny marine microbe could play a big role in climate change University of Southern California, Press Room, 8 August 2019.
  178. ^ DasSarma, Shiladitya; Schwieterman, Edward W. (11 October 2018). "Early evolution of purple retinal pigments on Earth and implications for exoplanet biosignatures". International Journal of Astrobiology: 1–10. arXiv:1810.05150. Bibcode:2018arXiv181005150D. doi:10.1017/S1473550418000423. ISSN 1473-5504. S2CID 119341330.
  179. ^ Sparks, William B.; DasSarma, S.; Reid, I. N. (December 2006). "Evolutionary Competition Between Primitive Photosynthetic Systems: Existence of an early purple Earth?". American Astronomical Society Meeting Abstracts. 38: 901. Bibcode:2006AAS...209.0605S.
  180. ^ Redfield, Alfred C. (1934). "On the Proportions of Organic Derivatives in Sea Water and their Relation to the Composition of Plankton". In Johnstone, James; Daniel, Richard Jellicoe (eds.). James Johnstone Memorial Volume. Liverpool: University Press of Liverpool. pp. 176–92. OCLC 13993674.
  181. ^ a b Arrigo, Kevin R. (2005). "Marine microorganisms and global nutrient cycles". Nature. 437 (7057): 349–55. Bibcode:2005Natur.437..349A. doi:10.1038/nature04159. PMID 16163345. S2CID 62781480.
  182. ^ Martiny, A.C.; Pham, C.T.; Primeau, F.W.; Vrugt, J.A.; Moore, J.K.; Levin, S.A.; Lomas, M.W. (2013). "Strong latitudinal patterns in the elemental ratios of marine plankton and organic matter". Nature Geoscience. 6 (4): 279–283. Bibcode:2013NatGe...6..279M. doi:10.1038/ngeo1757.
  183. ^ Eppley, R.W.; Peterson, B.J. (1979). "Particulate organic matter flux and planktonic new production in the deep ocean". Nature. 282 (5740): 677–680. Bibcode:1979Natur.282..677E. doi:10.1038/282677a0. S2CID 42385900.
  184. ^ Velicer, Gregory J.; Mendes-Soares, Helena (2007). "Bacterial predators" (PDF). Cell. 19 (2): R55–R56. doi:10.1016/j.cub.2008.10.043. PMID 19174136. S2CID 5432036.
  185. ^ Stevens, Alison N. P. (2010). "Predation, Herbivory, and Parasitism". Nature Education Knowledge. 3 (10): 36.
  186. ^ Jurkevitch, Edouard; Davidov, Yaacov (2006). "Phylogenetic Diversity and Evolution of Predatory Prokaryotes". Predatory Prokaryotes. Springer. pp. 11–56. doi:10.1007/7171_052. ISBN 978-3-540-38577-6.
  187. ^ Hansen, Per Juel; Bjørnsen, Peter Koefoed; Hansen, Benni Winding (1997). "Zooplankton grazing and growth: Scaling within the 2-2,-μm body size range". Limnology and Oceanography. 42 (4): 687–704. doi:10.4319/lo.1997.42.4.0687. summarizes findings from many authors.
  188. ^ a b Wassilieff, Maggy (2006) "Plankton - Animal plankton", Te Ara - the Encyclopedia of New Zealand. Accessed: 2 November 2019.
  189. ^ Varea, C.; Aragon, J.L.; Barrio, R.A. (1999). "Turing patterns on a sphere". Physical Review E. 60 (4): 4588–92. Bibcode:1999PhRvE..60.4588V. doi:10.1103/PhysRevE.60.4588. PMID 11970318.
  190. ^ a b Hemleben, C.; Anderson, O.R.; Spindler, M. (1989). Modern Planktonic Foraminifera. Springer-Verlag. ISBN 978-3-540-96815-3.
  191. ^ Foraminifera: History of Study, University College London. Retrieved: 18 November 2019.
  192. ^ Advances in Microbial Ecology, Volum 11
  193. ^ Bernhard, J. M.; Bowser, S.M. (1999). "Benthic Foraminifera of dysoxic sediments: chloroplast sequestration and functional morphology". Earth-Science Reviews. 46 (1): 149–165. Bibcode:1999ESRv...46..149B. doi:10.1016/S0012-8252(99)00017-3.
  194. ^ Dierssen, Heidi; McManus, George B.; Chlus, Adam; Qiu, Dajun; Gao, Bo-Cai; Lin, Senjie (2015). "Space station image captures a red tide ciliate bloom at high spectral and spatial resolution". Proceedings of the National Academy of Sciences. 112 (48): 14783–14787. Bibcode:2015PNAS..11214783D. doi:10.1073/pnas.1512538112. PMC 4672822. PMID 26627232.
  195. ^ Beware the mixotrophs - they can destroy entire ecosystems 'in a matter of hours'
  196. ^ Microscopic body snatchers infest our oceans - Phys.org
  197. ^ Eiler A (December 2006). "Evidence for the Ubiquity of Mixotrophic Bacteria in the Upper Ocean: Implications and Consequences". Appl Environ Microbiol. 72 (12): 7431–7. doi:10.1128/AEM.01559-06. PMC 1694265. PMID 17028233.
  198. ^ Katechakis A, Stibor H (July 2006). "The mixotroph Ochromonas tuberculata may invade and suppress specialist phago- and phototroph plankton communities depending on nutrient conditions". Oecologia. 148 (4): 692–701. Bibcode:2006Oecol.148..692K. doi:10.1007/s00442-006-0413-4. PMID 16568278. S2CID 22837754.
  199. ^ Schoemann, Véronique; Becquevort, Sylvie; Stefels, Jacqueline; Rousseau, Véronique; Lancelot, Christiane (1 January 2005). "Phaeocystis blooms in the global ocean and their controlling mechanisms: a review". Journal of Sea Research. Iron Resources and Oceanic Nutrients - Advancement of Global Environmental Simulations. 53 (1–2): 43–66. Bibcode:2005JSR....53...43S. CiteSeerX 10.1.1.319.9563. doi:10.1016/j.seares.2004.01.008.
  200. ^ "Welcome to the Phaeocystis antarctica genome sequencing project homepage".
  201. ^ DiTullio, G. R.; Grebmeier, J. M.; Arrigo, K. R.; Lizotte, M. P.; Robinson, D. H.; Leventer, A.; Barry, J. P.; VanWoert, M. L.; Dunbar, R. B. (2000). "Rapid and early export of Phaeocystis antarctica blooms in the Ross Sea, Antarctica". Nature. 404 (6778): 595–598. doi:10.1038/35007061. PMID 10766240. S2CID 4409009.
  202. ^ J, Stefels; L, Dijkhuizen; WWC, Gieskes (20 July 1995). "DMSP-lyase activity in a spring phytoplankton bloom off the Dutch coast, related to Phaeocystis sp. abundance" (PDF). Marine Ecology Progress Series. 123: 235–243. Bibcode:1995MEPS..123..235S. doi:10.3354/meps123235.
  203. ^ Decelle, Johan; Simó, Rafel; Galí, Martí; Vargas, Colomban de; Colin, Sébastien; Desdevises, Yves; Bittner, Lucie; Probert, Ian; Not, Fabrice (30 October 2012). "An original mode of symbiosis in open ocean plankton". Proceedings of the National Academy of Sciences. 109 (44): 18000–18005. Bibcode:2012PNAS..10918000D. doi:10.1073/pnas.1212303109. ISSN 0027-8424. PMC 3497740. PMID 23071304.
  204. ^ Mars Brisbin, Margaret; Grossmann, Mary M.; Mesrop, Lisa Y.; Mitarai, Satoshi (2018). "Intra-host Symbiont Diversity and Extended Symbiont Maintenance in Photosymbiotic Acantharea (Clade F)". Frontiers in Microbiology. 9: 1998. doi:10.3389/fmicb.2018.01998. ISSN 1664-302X. PMC 6120437. PMID 30210473.
  205. ^ a b Stoecker, D.K.; Hansen, P.J.; Caron, D.A.; Mitra, A. (2017). "Mixotrophy in the marine plankton". Annual Review of Marine Science. 9: 311–335. Bibcode:2017ARMS....9..311S. doi:10.1146/annurev-marine-010816-060617. PMID 27483121.
  206. ^ a b Mitra, A; Flynn, KJ; Tillmann, U; Raven, J; Caron, D; et al. (2016). "Defining planktonic protist functional groups on mechanisms for energy and nutrient acquisition; incorporation of diverse mixotrophic strategies". Protist. 167 (2): 106–20. doi:10.1016/j.protis.2016.01.003. PMID 26927496.
  207. ^ Gómez F (2012). "A checklist and classification of living dinoflagellates (Dinoflagellata, Alveolata)" (PDF). CICIMAR Océanides. 27 (1): 65–140. Archived from the original (PDF) on 27 November 2013.
  208. ^ Stoecker DK (1999). "Mixotrophy among Dinoflagellates". The Journal of Eukaryotic Microbiology. 46 (4): 397–401. doi:10.1111/j.1550-7408.1999.tb04619.x. S2CID 83885629.
  209. ^ Suggested Explanation for Glowing Seas--Including Currently Glowing California Seas National Science Foundation, 18 October 2011.
  210. ^ Boltovskoy, Demetrio; Anderson, O. Roger; Correa, Nancy M. (2017). Handbook of the Protists. Springer, Cham. pp. 731–763. doi:10.1007/978-3-319-28149-0_19. ISBN 9783319281476.
  211. ^ Anderson, O. R. (1983). Radiolaria. Springer Science & Business Media.
  212. ^ Gast, R. J.; Caron, D. A. (1 November 1996). "Molecular phylogeny of symbiotic dinoflagellates from planktonic foraminifera and radiolaria". Molecular Biology and Evolution. 13 (9): 1192–1197. doi:10.1093/oxfordjournals.molbev.a025684. ISSN 0737-4038. PMID 8896371.
  213. ^ Castro P, Huber ME (2010). Marine Biology (8th ed.). McGraw Hill. p. 95. ISBN 978-0071113021.
  214. ^ Hastings JW (1996). "Chemistries and colors of bioluminescent reactions: a review". Gene. 173 (1 Spec No): 5–11. doi:10.1016/0378-1119(95)00676-1. PMID 8707056.
  215. ^ Haddock SH, Moline MA, Case JF (2009). "Bioluminescence in the sea". Annual Review of Marine Science. 2: 443–93. Bibcode:2010ARMS....2..443H. doi:10.1146/annurev-marine-120308-081028. PMID 21141672. S2CID 3872860.
  216. ^ "Protozoa Infecting Gills and Skin". The Merck Veterinary Manual. Archived from the original on 3 March 2016. Retrieved 4 November 2019.
  217. ^ Brand, Larry E.; Campbell, Lisa; Bresnan, Eileen (2012). "Karenia: The biology and ecology of a toxic genus". Harmful Algae. 14: 156–178. doi:10.1016/j.hal.2011.10.020.
  218. ^ Buskey, E.J. (1995). "Growth and bioluminescence of Noctiluca scintillans on varying algal diets". Journal of Plankton Research. 17 (1): 29–40. doi:10.1093/plankt/17.1.29.
  219. ^ Thomson, Charles Wyville (2014) Voyage of the Challenger : The Atlantic Cambridge University Press, page235. ISBN 9781108074759.
  220. ^ Grethe R. Hasle; Erik E. Syvertsen; Karen A. Steidinger; Karl Tangen (25 January 1996). "Marine Diatoms". In Carmelo R. Tomas (ed.). Identifying Marine Diatoms and Dinoflagellates. Academic Press. pp. 5–385. ISBN 978-0-08-053441-1. Retrieved 13 November 2013.
  221. ^ Ald, S.M.; et al. (2007). "Diversity, Nomenclature, and Taxonomy of Protists" (PDF). Syst. Biol. 56 (4): 684–689. doi:10.1080/10635150701494127. PMID 17661235. Archived from the original (PDF) on 31 March 2011. Retrieved 11 October 2019.
  222. ^ Moheimani, N.R.; Webb, J.P.; Borowitzka, M.A. (2012), "Bioremediation and other potential applications of coccolithophorid algae: A review. . Bioremediation and other potential applications of coccolithophorid algae: A review", Algal Research, 1 (2): 120–133, doi:10.1016/j.algal.2012.06.002
  223. ^ Taylor, A.R.; Chrachri, A.; Wheeler, G.; Goddard, H.; Brownlee, C. (2011). "A voltage-gated H+ channel underlying pH homeostasis in calcifying coccolithophores". PLOS Biology. 9 (6): e1001085. doi:10.1371/journal.pbio.1001085. PMC 3119654. PMID 21713028.
  224. ^ Wierer, U.; Arrighi, S.; Bertola, S.; Kaufmann, G.; Baumgarten, B.; Pedrotti, A.; Pernter, P.; Pelegrin, J. (2018). "The Iceman's lithic toolkit: Raw material, technology, typology and use". PLOS ONE. 13 (6): e0198292. Bibcode:2018PLoSO..1398292W. doi:10.1371/journal.pone.0198292. PMC 6010222. PMID 29924811.
  225. ^ a b Haq B.U. and Boersma A. (Eds.) (1998) Introduction to Marine Micropaleontology Elsevier. ISBN 9780080534961
  226. ^ Bruckner, Monica (2020) "Paleoclimatology: How Can We Infer Past Climates?" SERC, Carleton College. Modified 23 July 2020. Retrieved 10 September 2020.
  227. ^ Earth barreling toward 'Hothouse' state not seen in 50 million years, epic new climate record shows LiveScience, 10 September 2020.
  228. ^ Westerhold, T., Marwan, N., Drury, A.J., Liebrand, D., Agnini, C., Anagnostou, E., Barnet, J.S., Bohaty, S.M., Vleeschouwer, D., Florindo, F. and Frederichs, T. (2020) "An astronomically dated record of Earth’s climate and its predictability over the last 66 Million Years". Science, 369(6509): 1383–1387. doi:10.1126/science.aba6853.
  229. ^ Bob Yirka Aug 29, 2013
  230. ^ Sussman: Oldest Plants, The Guardian, 2 May 2010
  231. ^ "Archived copy". Archived from the original on 13 July 2018. Retrieved 13 July 2018.CS1 maint: archived copy as title (link)
  232. ^ Willerslev, Eske; Froese, Duane; Gilichinsky, David; Rønn, Regin; Bunce, Michael; Zuber, Maria T.; Gilbert, M. Thomas P.; Brand, Tina; Munch, Kasper; Nielsen, Rasmus; Mastepanov, Mikhail; Christensen, Torben R.; Hebsgaard, Martin B.; Johnson, Sarah Stewart (4 September 2007). "Ancient bacteria show evidence of DNA repair". Proceedings of the National Academy of Sciences. 104 (36): 14401–14405. Bibcode:2007PNAS..10414401J. doi:10.1073/pnas.0706787104. PMC 1958816. PMID 17728401.
  233. ^ Egan, S., Fukatsu, T. and Francino, M.P., 2020. Opportunities and Challenges to Microbial Symbiosis Research in the Microbiome Era. Frontiers in Microbiology, 11. doi:10.3389/fmicb.2020.01150. Material was copied from this source, which is available under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
  234. ^ Margulis, Lynn; Fester, René (1991). Symbiosis as a Source of Evolutionary Innovation. MIT Press. ISBN 9780262132695.
  235. ^ Bordenstein, Seth R.; Theis, Kevin R. (2015). "Host Biology in Light of the Microbiome: Ten Principles of Holobionts and Hologenomes". PLOS Biol. 13 (8): e1002226. doi:10.1371/journal.pbio.1002226. ISSN 1545-7885. PMC 4540581. PMID 26284777.
  236. ^ Theis, K.R., Dheilly, N.M., Klassen, J.L., Brucker, R.M., Baines, J.F., Bosch, T.C., Cryan, J.F., Gilbert, S.F., Goodnight, C.J., Lloyd, E.A. and Sapp, J. (2016) "Getting the hologenome concept right: an eco-evolutionary framework for hosts and their microbiomes". Msystems, 1(2). doi:10.1128/mSystems.00028-16. Material was copied from this source, which is available under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
  237. ^ Bulgarelli, D., Schlaeppi, K., Spaepen, S., Van Themaat, E.V.L. and Schulze-Lefert, P. (2013) "Structure and functions of the bacterial microbiota of plants". Annual review of plant biology, 64: 807–838. doi:10.1146/annurev-arplant-050312-120106.
  238. ^ Vandenkoornhuyse, Philippe; Quaiser, Achim; Duhamel, Marie; Le Van, Amandine; Dufresne, Alexis (1 June 2015). "The importance of the microbiome of the plant holobiont". The New Phytologist. 206 (4): 1196–1206. doi:10.1111/nph.13312. ISSN 1469-8137. PMID 25655016.
  239. ^ Sánchez-Cañizares, C., Jorrín, B., Poole, P.S. and Tkacz, A. (2017) "Understanding the holobiont: the interdependence of plants and their microbiome". Current Opinion in Microbiology, 38: 188–196. doi:10.1016/j.mib.2017.07.001.
  240. ^ Douglas, A.E. and Werren, J.H. (2016) "Holes in the hologenome: why host-microbe symbioses are not holobionts". MBio, 7(2). doi:10.1128/mBio.02099-15.
  241. ^ Thompson, J.R., Rivera, H.E., Closek, C.J. and Medina, M. (2015) "Microbes in the coral holobiont: partners through evolution, development, and ecological interactions". Frontiers in cellular and infection microbiology, 4: 176. doi:10.3389/fcimb.2014.00176.
  242. ^ Pita, L., Rix, L., Slaby, B.M., Franke, A. and Hentschel, U. (2018) "The sponge holobiont in a changing ocean: from microbes to ecosystems". Microbiome, 6(1): 46. doi:10.1186/s40168-018-0428-1. Material was copied from this source, which is available under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
  243. ^ Ugarelli, K., Chakrabarti, S., Laas, P. and Stingl, U. (2017) "The seagrass holobiont and its microbiome". Microorganisms, 5(4): 81. doi:10.3390/microorganisms5040081. Material was copied from this source, which is available under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
  244. ^ Cavalcanti, G.S., Shukla, P., Morris, M., Ribeiro, B., Foley, M., Doane, M.P., Thompson, C.C., Edwards, M.S., Dinsdale, E.A. and Thompson, F.L. (2018) "Rhodoliths holobionts in a changing ocean: host-microbes interactions mediate coralline algae resilience under ocean acidification". BMC Genomics, 19(1): 1–13. doi:10.1186/s12864-018-5064-4. Material was copied from this source, which is available under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
  245. ^ Knowlton, N. and Rohwer, F. (2003) "Multispecies microbial mutualisms on coral reefs: the host as a habitat". The American Naturalist, 162(S4): S51-S62. doi:10.1086/378684.
  246. ^ Pollock, F. Joseph; McMinds, Ryan; Smith, Styles; Bourne, David G.; Willis, Bette L.; Medina, Mónica; Thurber, Rebecca Vega; Zaneveld, Jesse R. (22 November 2018). "Coral-associated bacteria demonstrate phylosymbiosis and cophylogeny". Nature Communications. 9 (1): 1–13. doi:10.1038/s41467-018-07275-x. ISSN 2041-1723. PMID 30467310.
  247. ^ Wilhelm, Steven W.; Suttle, Curtis A. (1999). "Viruses and Nutrient Cycles in the Sea". BioScience. 49 (10): 781–788. doi:10.2307/1313569. ISSN 1525-3244. JSTOR 1313569.
  248. ^ Weinbauer, Markus G.; et al. (2007). "Synergistic and antagonistic effects of viral lysis and protistan grazing on bacterial biomass, production and diversity". Environmental Microbiology. 9 (3): 777–788. doi:10.1111/j.1462-2920.2006.01200.x. PMID 17298376.
  249. ^ Robinson, Carol, and Nagappa Ramaiah. "Microbial heterotrophic metabolic rates constrain the microbial carbon pump." The American Association for the Advancement of Science, 2011.
  250. ^ Gutierrez, MH; Jara, AM; Pantoja, S (2016). "Fungal parasites infect marine diatoms in the upwelling ecosystem of the Humboldt current system off central Chile". Environ Microbiol. 18 (5): 1646–1653. doi:10.1111/1462-2920.13257. hdl:10533/148260. PMID 26914416.
  251. ^ What is marine snow? NOAA National Ocean Service. Updated:06/25/18.
  252. ^ Monroy, P., Hernández-García, E., Rossi, V. and López, C. (2017) "Modeling the dynamical sinking of biogenic particles in oceanic flow". Nonlinear Processes in Geophysics, 24(2): 293–305. doi:10.5194/npg-24-293-2017. Material was copied from this source, which is available under a Creative Commons Attribution 3.0 International License.
  253. ^ Simon, M., Grossart, H., Schweitzer, B. and Ploug, H. (2002) "Microbial ecology of organic aggregates in aquatic ecosystems". Aquatic microbial ecology, 28: 175–211. doi:10.3354/ame028175.
  254. ^ Boetius, Antje; Anesio, Alexandre M.; Deming, Jody W.; Mikucki, Jill A.; Rapp, Josephine Z. (1 November 2015). "Microbial ecology of the cryosphere: sea ice and glacial habitats". Nature Reviews Microbiology. 13 (11): 677–690. doi:10.1038/nrmicro3522. PMID 26344407. S2CID 20798336.
  255. ^ Lutz, Richard A.; Kennish, Michael J. (1993). "Ecology of deep-sea hydrothermal vent communities: A review". Reviews of Geophysics. 31 (3): 211. Bibcode:1993RvGeo..31..211L. doi:10.1029/93rg01280. ISSN 8755-1209.
  256. ^ Kádár, Enikõ; Costa, Valentina; Santos, Ricardo S.; Powell, Jonathan J. (July 2006). "Tissue partitioning of micro-essential metals in the vent bivalve Bathymodiolus azoricus and associated organisms (endosymbiont bacteria and a parasite polychaete) from geochemically distinct vents of the Mid-Atlantic Ridge". Journal of Sea Research. 56 (1): 45–52. Bibcode:2006JSR....56...45K. doi:10.1016/j.seares.2006.01.002. ISSN 1385-1101.
  257. ^ Anderson, Rika E.; Brazelton, William J.; Baross, John A. (2011). "Is the genetic landscape of the deep subsurface biosphere affected by viruses?". Frontiers in Microbiology. 2: 219. doi:10.3389/fmicb.2011.00219. ISSN 1664-302X. PMC 3211056. PMID 22084639.
  258. ^ Suttle, Curtis A. (September 2005). "Viruses in the sea". Nature. 437 (7057): 356–361. Bibcode:2005Natur.437..356S. doi:10.1038/nature04160. ISSN 0028-0836. PMID 16163346. S2CID 4370363.
  259. ^ Suttle, Curtis A. (October 2007). "Marine viruses — major players in the global ecosystem". Nature Reviews Microbiology. 5 (10): 801–812. doi:10.1038/nrmicro1750. ISSN 1740-1526. PMID 17853907. S2CID 4658457.
  260. ^ Anderson, Rika E.; Sogin, Mitchell L.; Baross, John A. (3 October 2014). "Evolutionary Strategies of Viruses, Bacteria and Archaea in Hydrothermal Vent Ecosystems Revealed through Metagenomics". PLOS ONE. 9 (10): e109696. Bibcode:2014PLoSO...9j9696A. doi:10.1371/journal.pone.0109696. ISSN 1932-6203. PMC 4184897. PMID 25279954.
  261. ^ Ortmann, Alice C.; Suttle, Curtis A. (August 2005). "High abundances of viruses in a deep-sea hydrothermal vent system indicates viral mediated microbial mortality". Deep Sea Research Part I: Oceanographic Research Papers. 52 (8): 1515–1527. Bibcode:2005DSRI...52.1515O. doi:10.1016/j.dsr.2005.04.002. ISSN 0967-0637.
  262. ^ Breitbart, Mya (15 January 2012). "Marine Viruses: Truth or Dare". Annual Review of Marine Science. 4 (1): 425–448. Bibcode:2012ARMS....4..425B. doi:10.1146/annurev-marine-120709-142805. ISSN 1941-1405. PMID 22457982.
  263. ^ Goldenfeld, Nigel; Woese, Carl (January 2007). "Biology's next revolution". Nature. 445 (7126): 369. arXiv:q-bio/0702015. Bibcode:2007Natur.445..369G. doi:10.1038/445369a. ISSN 0028-0836. PMID 17251963. S2CID 10737747.
  264. ^ Deep Carbon Observatory (10 December 2018). "Life in deep Earth totals 15 to 23 billion tons of carbon – hundreds of times more than humans". EurekAlert!. Retrieved 11 December 2018.
  265. ^ Dockrill, Peter (11 December 2018). "Scientists Reveal a Massive Biosphere of Life Hidden Under Earth's Surface". Science Alert. Retrieved 11 December 2018.
  266. ^ Gabbatiss, Josh (11 December 2018). "Massive 'deep life' study reveals billions of tonnes of microbes living far beneath Earth's surface". The Independent. Retrieved 11 December 2018.
  267. ^ Lollar, Garnet S.; Warr, Oliver; Telling, Jon; Osburn, Magdalena R.; Sherwood Lollar, Barbara (2019). "'Follow the Water': Hydrogeochemical Constraints on Microbial Investigations 2.4 km Below Surface at the Kidd Creek Deep Fluid and Deep Life Observatory". Geomicrobiology Journal. 36: 859–872. doi:10.1080/01490451.2019.1641770. S2CID 199636268.
  268. ^ World’s Oldest Groundwater Supports Life Through Water-Rock Chemistry, July 29, 2019, deepcarbon.net.
  269. ^ Strange life-forms found deep in a mine point to vast 'underground Galapagos', By Corey S. Powell, Sept. 7, 2019, nbcnews.com.
  270. ^ Oldest Water on Earth Found Deep Within the Canadian Shield, December 14, 2016, Maggie Romuld
  271. ^ Wu, Katherine J. (28 July 2020). "These Microbes May Have Survived 100 Million Years Beneath the Seafloor - Rescued from their cold, cramped and nutrient-poor homes, the bacteria awoke in the lab and grew". Retrieved 31 July 2020.
  272. ^ Morono, Yuki; et al. (28 July 2020). "Aerobic microbial life persists in oxic marine sediment as old as 101.5 million years". Nature Communications. 11 (3626): 3626. doi:10.1038/s41467-020-17330-1. PMC 7387439. PMID 32724059.
  273. ^ a b Filee, J.; Tetart, F.; Suttle, C. A.; Krisch, H. M. (2005). "Marine T4-type bacteriophages, a ubiquitous component of the dark matter of the biosphere". Proceedings of the National Academy of Sciences. 102 (35): 12471–12476. Bibcode:2005PNAS..10212471F. doi:10.1073/pnas.0503404102. ISSN 0027-8424. PMC 1194919. PMID 16116082.
  274. ^ University of Tennessee at Knoxville (25 September 2018). "Study: Microbial dark matter dominates Earth's environments". Eurekalert!. Retrieved 26 September 2018.
  275. ^ Hedlund, Brian P.; Dodsworth, Jeremy A.; Murugapiran, Senthil K.; Rinke, Christian; Woyke, Tanja (2014). "Impact of single-cell genomics and metagenomics on the emerging view of extremophile "microbial dark matter"". Extremophiles. 18 (5): 865–875. doi:10.1007/s00792-014-0664-7. ISSN 1431-0651. PMID 25113821. S2CID 16888890.
  276. ^ May, R.M. (1988). "How many species are there on earth?". Science. 241 (4872): 1441–1449. Bibcode:1988Sci...241.1441M. doi:10.1126/science.241.4872.1441. PMID 17790039. S2CID 34992724.
  277. ^ Locey, K.J.; Lennon, J.T. (2016). "Scaling laws predict global microbial diversity". Proceedings of the National Academy of Sciences. 113 (21): 5970–5975. Bibcode:2016PNAS..113.5970L. doi:10.1073/pnas.1521291113. PMC 4889364. PMID 27140646.
  278. ^ a b Vitorino, L.C.; Bessa, L.A. (2018). "Microbial diversity: the gap between the estimated and the known". Diversity. 10 (2): 46. doi:10.3390/d10020046. Material was copied from this source, which is available under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
  279. ^ a b c Karsenti, E.; Acinas, S.G.; Bork, P.; Bowler, C.; De Vargas, C.; Raes, J.; Sullivan, M.; Arendt, D.; Benzoni, F.; Claverie, J.M.; Follows, M. (2011). "A holistic approach to marine eco-systems biology". PLOS Biology. 9 (10): e1001177. doi:10.1371/journal.pbio.1001177. PMC 3196472. PMID 22028628.
  280. ^ Olsen GJ, Woese CR, Overbeek R (1994). "The winds of (evolutionary) change: breathing new life into microbiology". Journal of Bacteriology. 176 (1): 1–6. doi:10.2172/205047. PMC 205007. PMID 8282683.
  281. ^ Woese, CR (1987). "Bacterial evolution". Microbiological Reviews. 51 (2): 221–71. doi:10.1128/MMBR.51.2.221-271.1987. PMC 373105. PMID 2439888.
  282. ^ a b Collins, R. Eric (2019) The Small and Mighty – Microbial Life NOAA: Ocean Exploration and Research, Gulf of Alaska Seamounts 2019 Expedition. This article incorporates text from this source, which is in the public domain.
  283. ^ Käse L, Geuer JK. (2018) "Phytoplankton Responses to Marine Climate Change – An Introduction". In Jungblut S., Liebich V., Bode M. (Eds) YOUMARES 8–Oceans Across Boundaries: Learning from each other, pages 55–72, Springer. doi:10.1007/978-3-319-93284-2_5. Material was copied from this source, which is available under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
  284. ^ Franco-Duarte, R.; Černáková, L.; Kadam, S.; Kaushik, K.; Salehi, B.; Bevilacqua, A.; Corbo, M.R.; Antolak, H.; Dybka-Stępień, K.; Leszczewicz, M.; Relison Tintino, S. (2019). "Advances in Chemical and Biological Methods to Identify Microorganisms—From Past to Present". Microorganisms. 7 (5): 130. doi:10.3390/microorganisms7050130. PMC 6560418. PMID 31086084. Material was copied from this source, which is available under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
  285. ^ Lozupone, C.A., Stombaugh, J.I., Gordon, J.I., Jansson, J.K. and Knight, R. (2012) "Diversity, stability and resilience of the human gut microbiota". Nature, 489(7415): 220–230. doi:10.1038/nature11550.
  286. ^ Venter, J.C., Remington, K., Heidelberg, J.F., Halpern, A.L., Rusch, D., Eisen, J.A., Wu, D., Paulsen, I., Nelson, K.E., Nelson, W. and Fouts, D.E. (2004) "Environmental genome shotgun sequencing of the Sargasso Sea". Science, 304(5667): 66–74. doi:10.1126/science.1093857.
  287. ^ Liu, L., Li, Y., Li, S., Hu, N., He, Y., Pong, R., Lin, D., Lu, L. and Law, M. (2012) "Comparison of next-generation sequencing systems". BioMed Research International, 2012: 251364. doi:10.1155/2012/251364.
  288. ^ Berg, Gabriele; Daria Rybakova, Doreen Fischer, Tomislav Cernava, Marie-Christine Champomier Vergès, Trevor Charles, Xiaoyulong Chen, Luca Cocolin, Kellye Eversole, Gema Herrero Corral, Maria Kazou, Linda Kinkel, Lene Lange, Nelson Lima, Alexander Loy, James A. Macklin, Emmanuelle Maguin, Tim Mauchline, Ryan McClure, Birgit Mitter, Matthew Ryan, Inga Sarand, Hauke Smidt, Bettina Schelkle, Hugo Roume, G. Seghal Kiran, Joseph Selvin, Rafael Soares Correa de Souza, Leo van Overbeek, Brajesh K. Singh, Michael Wagner, Aaron Walsh, Angela Sessitsch and Michael Schloter (2020) "Microbiome definition re-visited: old concepts and new challenges". Microbiome, 8(103): 1–22. doi:10.1186/s40168-020-00875-0. Material was copied from this source, which is available under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
  289. ^ Kodzius, R.; Gojobori, T. (2015). "Marine metagenomics as a source for bioprospecting". Marine Genomics. 24: 21–30. doi:10.1016/j.margen.2015.07.001. PMID 26204808. Material was copied from this source, which is available under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
  290. ^ Holtorf, Hauke; Guitton, Marie-Christine; Reski, Ralf (2002). "Plant functional genomics". Naturwissenschaften. 89 (6): 235–249. doi:10.1007/s00114-002-0321-3. PMID 12146788. S2CID 7768096.
  291. ^ Cain, A.K., Barquist, L., Goodman, A.L., Paulsen, I.T., Parkhill, J. and van Opijnen, T. (2020) "A decade of advances in transposon-insertion sequencing". Nature Reviews Genetics, 21: 526–540. doi:10.1038/s41576-020-0244-x.
  292. ^ Zhang, W., Li, F. and Nie, L. (2010) "Integrating multiple 'omics' analysis for microbial biology: application and methodologies". Microbiology, 156(2): 287–301. doi:10.1099/mic.0.034793-0.
  293. ^ Singh, R.P. and Kothari, R. (2017) "The omics era and host microbiomes". In: Singh RP, Kothari R, Koringa PG and Singh SP (Eds.) Understanding Host-Microbiome Interactions - An Omics Approach, pages 3–12, Springer. ISBN 9789811050503. doi:10.1007/978-981-10-5050-3_1
  294. ^ Capotondi, A., Jacox, M., Bowler, C., Kavanaugh, M., Lehodey, P., Barrie, D., Brodie, S., Chaffron, S., Cheng, W., Dias, D.F., Eveillard, D. and 20 others (2019) "Observational needs supporting marine ecosystems modeling and forecasting: from the global ocean to regional and coastal systems". Frontiers in Marine Science, 6: 623. doi:10.3389/fmars.2019.00623. Material was copied from this source, which is available under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
  295. ^ Sunagawa, S., Coelho, L. P., Chaffron, S., Kultima, J. R., Labadie, K., Salazar, G., et al. (2015). "Ocean plankton. Structure and function of the global ocean microbiome". Science, 348: 1261359. doi:10.1126/science.1261359.
  296. ^ Guidi, L., Chaffron, S., Bittner, L., Eveillard, D., Larhlimi, A., Roux, S., et al. (2016). "Plankton networks driving carbon export in the oligotrophic ocean". Nature, 532: 465–470. doi:10.1038/nature16942.
  297. ^ Guyennon, A., Baklouti, M., Diaz, F., Palmieri, J., Beuvier, J., Lebaupin-Brossier, C., et al. (2015). "New insights into the organic carbon export in the Mediterranean Sea from 3-D modelling". Biogeosciences, 11: 425–442. doi:10.5194/bg-12-7025-2015.
  298. ^ Louca, S., Parfrey, L. W., and Doebeli, M. (2016). "Decoupling function and taxonomy in the global ocean microbiome". Science, 353: 1272–1277. doi:10.1126/science.aaf4507.
  299. ^ Coles, V. J., Stukel, M. R., Brooks, M. T., Burd, A., Crump, B. C., Moran, M. A., et al. (2017). "Ocean biogeochemistry modeled with emergent trait-based genomics". Science, 358: 1149–1154. doi:10.1126/science.aan5712.
  300. ^ Mock, T., Daines, S.J., Geider, R., Collins, S., Metodiev, M., Millar, A.J., Moulton, V. and Lenton, T.M. (2016) "Bridging the gap between omics and earth system science to better understand how environmental change impacts marine microbes". Global Change Biology, 22(1): 61–75. doi:10.1111/gcb.12983. Material was copied from this source, which is available under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
  301. ^ a b Toseland A, Daines SJ and Clark JR et al . (2013) "The impact of temperature on marine phytoplankton resource allocation and metabolism". Nature Climate Change, 3: 979– 984. doi:10.1038/nclimate1989.
  302. ^ Martiny AC, Pham CTA, Primeau FW, Vrugt JA, Moore JK, Levin SA and Lomas MW (2013) "Strong latitudinal patterns in the elemental ratios of marine plankton and organic matter". Nature Geoscience, 6: 279–283. doi:10.1038/ngeo1757.

General references[edit]

  • Haq B.U. and Boersma A. (Eds.) (1998) Introduction to Marine Micropaleontology Elsevier. ISBN 9780080534961
  • Kirchman, David L. (2018) Processes in Microbial Ecology Oxford University Press. ISBN 9780192506474
  • Helmreich, Stefan (2009) Alien Ocean: Anthropological Voyages in Microbial Seas University of California Press. ISBN 9780520942608
  • Munn, Colin B. (2019) Marine Microbiology: Ecology & Applications CRC Press. ISBN 9780429592362
  • Stal LJ and Cretoiu MS (2016) The Marine Microbiome: An Untapped Source of Biodiversity and Biotechnological Potential Springer. ISBN 9783319330006
  • Middelboe M and Corina Brussaard CPD (Eds.) Marine Viruses 2016, MDPI. ISBN 978-3-03842-621-9 Download PDF
  • Ohtsuka S, Suzaki T, Horiguchi T, Suzuki N and Not F (Eds.) (2015) Marine Protists: Diversity and Dynamics Springer. ISBN 9784431551300
  • Johnson MD and V. Moeller HV (2019) Mixotrophy in Protists: From Model Systems to Mathematical Models, 2nd Edition, Frontiers Media. ISBN 9782889631483
  • Radiolarian art