Рибонуклеиновая кислота (РНК) встречается в организме в разных формах и выполняет множество различных функций. Здесь перечислены типы РНК, сгруппированные по ролям. Перечислены и объяснены сокращения для различных типов РНК.
По роли
Тип | Сокр. | Функция | Распределение | Ref. |
---|---|---|---|---|
Посланник РНК | мРНК | Коды на белок | Все организмы | |
Рибосомная РНК | рРНК | Перевод | Все организмы | |
Сигнал распознавания частицы РНК | 7SL РНК или SRP РНК | Мембранная интеграция | Все организмы | [1] |
Передача РНК | тРНК | Перевод | Все организмы | |
Трансфер-мессенджер РНК | тмРНК | Спасение застрявших рибосом | Бактерии | [2] |
Тип | Сокр. | Функция | Распределение | Ref. |
---|---|---|---|---|
Малая ядерная РНК | мяРНК | Сварка и другие функции | Эукариоты и археи | [3] |
Малая ядрышковая РНК | snoRNA | Нуклеотидная модификация РНК | Эукариоты и археи | [4] |
SmY РНК | SmY | транс-сплайсинг мРНК | Нематоды | [5] |
Малая РНК, специфичная для тельца Кахаля | скаРНК | Тип мяРНК; Нуклеотидная модификация РНК | ||
Направляющая РНК | гРНК | модификация нуклеотидов мРНК | Кинетопластидные митохондрии | [6] |
Рибонуклеаза P | РНКаза P | созревание тРНК | Все организмы | [7] |
Рибонуклеаза MRP | РНКаза MRP | созревание рРНК, репликация ДНК | Эукариоты | [8] |
Y РНК | Обработка РНК, репликация ДНК | Животные | [9] | |
Компонент теломеразной РНК | TERC | Теломерный синтез | Большинство эукариот | [10] |
Сплайсированная лидерная РНК | SL РНК | транс-сплайсинг мРНК, обработка РНК |
Тип | Сокр. | Функция | Распределение | Ref. |
---|---|---|---|---|
Антисмысловая РНК | аРНК, асРНК | Ослабление транскрипции / деградация мРНК / стабилизация мРНК / блок трансляции | Все организмы | [11] [12] |
Цис-естественный антисмысловой транскрипт | cis-NAT | Генная регуляция | ||
CRISPR РНК | crRNA | Устойчивость к паразитам за счет нацеливания на их ДНК | Бактерии и археи | [13] |
Длинная некодирующая РНК | днРНК | Регуляция транскрипции генов, эпигенетическая регуляция | Эукариоты | |
МикроРНК | миРНК | Генная регуляция | Большинство эукариот | [14] |
Piwi-взаимодействующая РНК | пиРНК | Защита транспозонов, возможно, другие функции | Большинство животных | [15] [16] |
Малая интерферирующая РНК | миРНК | Генная регуляция | Большинство эукариот | [17] |
Короткая шпилька РНК | shRNA | Генная регуляция | Большинство эукариот | [18] |
Транс-действующая миРНК | tasiRNA | Генная регуляция | Наземные растения | [19] |
Повторить ассоциированную миРНК | rasiRNA | Тип пиРНК; защита транспозона | Дрозофила | [20] |
7SK РНК | 7СК | отрицательно регулирующий комплекс CDK9 / циклин Т | ||
Энхансер РНК | эРНК | Генная регуляция | [21] |
Тип | Функция | Распределение | Ref. |
---|---|---|---|
Ретротранспозон | Самораспространяющийся | Эукариоты и некоторые бактерии | [22] |
Вирусный геном | Информационный носитель | Двухцепочечна РНК вирусов , вирусов с положительной смысловой РНК , РНК вирусов отрицательным смыслом , многие спутниковые вирусы и обратные вирусы Цитирование | |
Вироид | Самораспространяющийся | Зараженные растения | [23] |
Спутниковая РНК | Самораспространяющийся | Зараженные клетки |
Тип | Сокр. | Функция | Распределение | Ref. |
---|---|---|---|---|
РНК Хранилища | вРНК, втРНК | Изгнание ксенобиотиков (предположительно) | [24] |
Сокращения РНК
Сокр. | Имя | Семья | Описание | Ref. |
---|---|---|---|---|
нкРНК | некодирующая РНК | - | ||
яРНК | не мессенджер РНК | - | синоним нкРНК | |
мРНК | малая РНК | - | синоним нкРНК | |
smnRNA | малая не мессенджер РНК | - | синоним нкРНК | |
тРНК | переносить РНК | RF00005 | ||
мРНК | растворимая РНК | - | синоним тРНК | |
мРНК | информационная РНК | - | ||
pcRNA | кодирующая белок РНК | - | синоним мРНК | |
рРНК | рибосомная РНК | несколько семей | ||
5S рРНК | 5S рибосомная РНК | RF00001 | ||
5.8S рРНК | 5.8S рибосомальная РНК | RF00002 | ||
SSU рРНК | малая субъединица рибосомальной РНК | CL00111 | ||
LSU рРНК | рибосомная РНК большой субъединицы | CL00112 | ||
NoRC РНК | РНК, связанная с комплексом ремоделирования ядрышка | RF01518 | ||
пРНК | промоторная РНК | RF01518 | синоним NoRC РНК | |
6S РНК | 6S РНК | RF00013 | ||
SsrS РНК | RF00013 | синоним 6S РНК | ||
аРНК | антисмысловая РНК | - | синоним asRNA | |
asRNA | антисмысловая РНК | - | ||
asmiRNA | антисмысловая микро РНК | - | ||
cis-NAT | цис-природный антисмысловой транскрипт | - | Природные антисмысловые транскрипты транскрибируются из того же локуса генома, что и их мишень, но из противоположной цепи ДНК, и образуют идеальные пары. | |
crRNA | CRISPR РНК | - | ||
tracrRNA | трансактивирующая crRNA | - | ||
CRISPR РНК | CRISPR-Cas РНК | несколько семей | ||
DD РНК | РНК ответа на повреждение ДНК | - | РНК, активирующая ответ на повреждение ДНК | |
диРНК | DSB-индуцированные малые РНК | - | ||
дцРНК | двухцепочечная РНК | - | ||
эндо-миРНК | эндогенная малая интерферирующая РНК | - | ||
exRNA | внеклеточная РНК | - | ||
гРНК | направляющая РНК | - | ||
hc-siRNA | гетерохроматическая малая интерферирующая РНК | - | ||
hcsiRNA | гетерохроматическая малая интерферирующая РНК | - | синоним hc-siRNA | |
hnRNA | гетерогенная ядерная РНК | - | синоним пре-мРНК (в строгом смысле, он может включать транскрипты ядерной РНК, которые не превращаются в цитоплазматическую мРНК) | |
РНКи | РНК-интерференция | - | Процесс, при котором РНК подавляет экспрессию или трансляцию генов путем нейтрализации целевых молекул мРНК. | |
линкРНК | длинная межгенная некодирующая РНК | - | ||
днРНК | длинная некодирующая РНК | - | ||
миРНК | микро РНК | несколько семей | ||
мрпРНК | рибонуклеаза, обрабатывающая митохондриальную РНК | - | синоним РНКазы MRP | |
нат-миРНК | природная антисмысловая короткая интерферирующая РНК | - | синоним нациРНК | |
нациРНК | природная антисмысловая короткая интерферирующая РНК | - | Эндогенные регуляторы РНК длиной от 21 до 24 нуклеотидов генерируются из комплементарных транскриптов мРНК, которые далее процессируются в миРНК. | |
OxyS РНК | РНК реакции на окислительный стресс | RF00035 | Небольшая некодирующая РНК, которая индуцируется в ответ на окислительный стресс у Escherichia coli | |
пиРНК | piwi-взаимодействующая РНК | несколько семей | Малые РНК, которые образуют комплексы РНК-белок с белками piwi в клетках животных | |
qiRNA | QDE-2 интерферирующая РНК | - | ||
rasiRNA | Повторить ассоциированную миРНК | - | Малая РНК, которая участвует в пути интерференции РНК , тип пиРНК | |
РНКаза MRP | рибонуклеаза, обрабатывающая митохондриальную РНК | RF00030 | ||
РНКаза P | рибонуклеаза P | RF00010 | Тип рибонуклеазы, расщепляющей РНК. | |
скаРНК | малая РНК, специфичная для тельца Кахаля | RF00553 | ||
scnRNA | РНК малого сканирования | - | ||
скРНК | малая цитоплазматическая РНК | - | ||
скРНК | малая условная РНК | - | ||
SgrS РНК | связанная с транспортом сахара мРНК | RF00534 | Малая РНК, которая активируется SgrR в Escherichia coli во время глюкозо-фосфатного стресса | |
shRNA | короткая шпилька РНК | - | ||
миРНК | малая интерферирующая РНК | - | ||
SL РНК | сплайсированная лидерная РНК | несколько семей | ||
SmY РНК | транс-сплайсинг мРНК | RF01844 | Небольшие ядерные РНК, обнаруженные у некоторых видов нематодных червей, которые, как полагают, участвуют в транс-сплайсинге мРНК | |
snoRNA | малая ядрышковая РНК | несколько семей | ||
мяРНК | малая ядерная РНК | несколько семей | ||
snRNP | малые ядерные рибонуклеиновые белки | - | ||
SRP РНК | сигнал распознавания частицы РНК | CL00003 | ||
оцРНК | одноцепочечная РНК | - | ||
стРНК | малая височная РНК | - | ||
tasiRNA | транс-действующая миРНК | - | ||
тмРНК | Трансфер-мессенджер РНК | RF00023 | Молекула бактериальной РНК с двойной тРНК-подобной и матричной РНК-подобными свойствами. | |
уРНК | U-сплайсосомальная РНК | несколько семей | ||
вРНК | хранилище РНК | - | синоним втРНК | |
втРНК | хранилище РНК | RF00006 | ||
Xist РНК | X-неактивный специфический транскрипт | |||
Y РНК | Y РНК | RF00019 | Компоненты рибонуклеопротеиновой частицы Ro60, необходимые для репликации ДНК за счет взаимодействия с хроматином и инициирующими белками. | |
NAT | естественные антисмысловые транскрипты | - | Природные антисмысловые транскрипты, закодированные в клетке, которые комплементарны транскриптам другим транскриптам РНК | |
пре-мРНК | предшественник матричной РНК | - | Незрелая одиночная цепь матричной РНК | |
circRNA | кольцевая РНК | - | ||
мсРНК | многокопийная, одноцепочечная РНК | Компонент ретронов | [25] | |
cfRNA | бесклеточная РНК |
Смотрите также
- РНК: типы РНК
- Некодирующая РНК
Рекомендации
- ^ Gribaldo S, Brochier-Арманет C (2006). «Происхождение и эволюция архей: современное состояние» . Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci . 361 (1470): 1007–22. DOI : 10.1098 / rstb.2006.1841 . PMC 1578729 . PMID 16754611 .
- ^ Жилле Р., Фельден Б. (2001). «Новые взгляды на тмРНК-опосредованную маркировку белков и спасение рибосом» . Молекулярная микробиология . 42 (4): 879–85. DOI : 10.1046 / j.1365-2958.2001.02701.x . PMID 11737633 . S2CID 45056681 .
- ^ Тор С., Майер С., Заутер С., Недели С., Сосать Д. (2003). «Кристаллические структуры ядра Pyrococcus abyssi Sm и его комплекса с РНК» . J. Biol. Chem . 278 (2): 1239–47. DOI : 10.1074 / jbc.M207685200 . PMID 12409299 .
- ^ Поцелуй Т (2001). «Небольшая ядрышковая РНК-управляемая посттранскрипционная модификация клеточных РНК» . Журнал EMBO . 20 (14): 3617–22. DOI : 10.1093 / emboj / 20.14.3617 . PMC 125535 . PMID 11447102 .
- ^ Джонс Т.А., Отто В., Марз М., Эдди С.Р., Стадлер П.Ф. (2009). «Обзор SmY РНК нематод» . RNA Biol . 6 (1): 5–8. DOI : 10,4161 / rna.6.1.7634 . PMID 19106623 .
- ^ Альфонсо Дж. Д., Тиманн О., Симпсон Л. (1997). «Механизм редактирования РНК вставки / удаления U в кинетопластических митохондриях» . Исследования нуклеиновых кислот . 25 (19): 3751–59. DOI : 10.1093 / NAR / 25.19.3751 . PMC 146959 . PMID 9380494 .
- ^ Паннуччи Дж. А., Хаас Е. С., Холл Т. А., Харрис Дж. К., Браун Дж. В. (1999). «РНК РНКазы P из некоторых архей каталитически активны» . Proc Natl Acad Sci USA . 96 (14): 7803–08. Bibcode : 1999PNAS ... 96.7803P . DOI : 10.1073 / pnas.96.14.7803 . PMC 22142 . PMID 10393902 .
- ^ Вудхэмс, доктор медицины, Стадлер П.Ф., Пенни Д., Коллинз Л.Дж. (2007). «РНКаза MRP и каскад процессинга РНК у эукариотического предка» . BMC Evolutionary Biology . 7 : S13. DOI : 10.1186 / 1471-2148-7-S1-S13 . PMC 1796607 . PMID 17288571 .
- ^ Perreault J, Perreault JP, Boire G (2007). «Ro-ассоциированные Y РНК у многоклеточных животных: эволюция и диверсификация» . Молекулярная биология и эволюция . 24 (8): 1678–89. DOI : 10.1093 / molbev / msm084 . PMID 17470436 .
- ^ Люстиг AJ (1999). «Кризисное вмешательство: роль теломеразы» . Proc Natl Acad Sci USA . 96 (7): 3339–41. Bibcode : 1999PNAS ... 96.3339L . DOI : 10.1073 / pnas.96.7.3339 . PMC 34270 . PMID 10097039 .
- ^ Брантл С (2002). «Регулирование антисмысловой РНК и РНК-интерференция». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Структура и экспрессия гена . 1575 (1–3): 15–25. DOI : 10.1016 / S0167-4781 (02) 00280-4 . PMID 12020814 .
- ^ Брантл С (2007). «Регуляторные механизмы, используемые цис-кодируемыми антисмысловыми РНК». Curr. Opin. Microbiol . 10 (2): 102–9. DOI : 10.1016 / j.mib.2007.03.012 . PMID 17387036 .
- ^ Браунс С.Дж., Джор М.М., Лундгрен М. и др. (Август 2008 г.). «Малые РНК CRISPR направляют противовирусную защиту прокариот» . Наука . 321 (5891): 960–4. Bibcode : 2008Sci ... 321..960B . DOI : 10.1126 / science.1159689 . PMC 5898235 . PMID 18703739 .
- ^ Лин С.Л., Миллер Д.Д., Инь С.Ю. (2006). «Интронная микроРНК (миРНК)» . Журнал биомедицины и биотехнологии . 2006 (4): 1–13. DOI : 10.1155 / JBB / 2006/26818 . PMC 1559912 . PMID 17057362 .
- ^ Хорвич, доктор медицины, Ли К., Матранга К., Вагин В., Фарли Г., Ван П., Заморе П.Д. (2007). « Метилтрансфераза РНК дрозофилы , DmHen1, модифицирует пиРНК зародышевой линии и одноцепочечные миРНК в RISC». Текущая биология . 17 (14): 1265–72. DOI : 10.1016 / j.cub.2007.06.030 . PMID 17604629 . S2CID 18880444 .
- ^ Гильдиял М., Заморе П.Д. (февраль 2009 г.). «Малые сайленсирующие РНК: расширяющаяся вселенная» . Nat. Преподобный Жене . 10 (2): 94–108. DOI : 10.1038 / nrg2504 . PMC 2724769 . PMID 19148191 .
- ^ Ахмад К., Хеникофф С. (2002). «Эпигенетические последствия динамики нуклеосом». Cell . 111 (3): 281–84. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (02) 01081-4 . PMID 12419239 . S2CID 17735718 .
- ^ Ахмад К., Хеникофф С. (2002). «Эпигенетические последствия динамики нуклеосом». Cell . 111 (3): 281–84. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (02) 01081-4 . PMID 12419239 . S2CID 17735718 .
- ^ Васкес Ф, Вошере Х (2004). «Эндогенные транс-действующие миРНК регулируют накопление мРНК Arabidopsis». Мол. Cell . 16 (1): 69–79. DOI : 10.1016 / j.molcel.2004.09.028 . PMID 15469823 .
- ^ Desset S, Buchon N, Meignin C, Coiffet M, Vaury C (2008). Вольф Дж (ред.). «У Drosophila melanogaster локус COM направляет соматическое молчание двух ретротранспозонов через Piwi-зависимые и независимые пути» . PLOS ONE . 3 (2): e1526. Bibcode : 2008PLoSO ... 3.1526D . DOI : 10.1371 / journal.pone.0001526 . PMC 2211404 . PMID 18253480 .
- ^ Ли, Вэнбо; Нотани, Ямочка; Розенфельд, Майкл Г. (07.03.2016). «Энхансеры как некодирующие единицы транскрипции РНК: недавние открытия и перспективы на будущее». Обзоры природы. Генетика . Springer Nature. 17 (4): 207–223. DOI : 10.1038 / nrg.2016.4 . ISSN 1471-0056 . PMID 26948815 . S2CID 215371 .
- ^ Боке JD (2003). «Необычное филогенетическое распространение ретротранспозонов: гипотеза» . Геномные исследования . 13 (9): 1975–83. DOI : 10.1101 / gr.1392003 . PMID 12952870 .
- ^ Флорес Р., Эрнандес С., Мартинес де Альба А. Э., Дарос Дж. А., Ди Серио Ф (2005). «Вироиды и взаимодействия вироидов с хозяином». Ежегодный обзор фитопатологии . 43 : 117–39. DOI : 10.1146 / annurev.phyto.43.040204.140243 . PMID 16078879 .
- ^ Гопинатх СК, Мацугами А, Катахира М, Кумар ПК (2005). «Некодирующие РНК, связанные со сводами человека, связываются с митоксантроном, химиотерапевтическим соединением» . Nucleic Acids Res . 33 (15): 4874–81. DOI : 10.1093 / NAR / gki809 . PMC 1201340 . PMID 16150923 .
- ^ Саймон, Рассвет М .; Циммерли, Стивен (12 ноября 2008 г.). «Разнообразие не охарактеризованных обратных транскриптаз в бактериях» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (22): 7219–7229. DOI : 10.1093 / NAR / gkn867 . ISSN 1362-4962 . PMC 2602772 . PMID 19004871 .
Внешние ссылки
- База данных rfam - коллекция семейств РНК
- Европейская база данных рибосомальных РНК