Из Википедии, бесплатной энциклопедии
  (Перенаправлено из Expression (генетика) )
Перейти к навигации Перейти к поиску
Словарь терминов см. В Глоссарии терминов по экспрессии генов . Для нетехнического введения в тему см. Введение в генетику .
расширенная центральная догма
Расширенная центральная догма молекулярной биологии включает все клеточные процессы, участвующие в потоке генетической информации.

Экспрессия гена - это процесс, с помощью которого информация от гена используется в синтезе функционального генного продукта, который позволяет ему производить конечные продукты, белок или некодирующую РНК , и в конечном итоге влиять на фенотип в качестве конечного эффекта. Эти продукты часто являются белками , но в генах, не кодирующих белки, таких как транспортная РНК (тРНК) и малая ядерная РНК (мяРНК) , продукт представляет собой функциональную некодирующую РНК . Экспрессия генов резюмируется в центральной догме молекулярной биологии, впервые сформулированной Фрэнсисом Криком в 1958 г. [1]далее развился в его статье 1970 года [2] и расширен последующими открытиями обратной транскрипции [3] [4] [5] и репликации РНК . [6]

Процесс экспрессии генов используется всей известной жизнью - эукариотами (включая многоклеточные организмы ), прокариотами ( бактериями и архей ) и вирусами - для создания макромолекулярного аппарата для жизни.

В генетике экспрессия генов является наиболее фундаментальным уровнем, на котором генотип порождает фенотип , то есть наблюдаемый признак. Генетическая информация, хранящаяся в ДНК, представляет генотип, тогда как фенотип является результатом «интерпретации» этой информации. Такие фенотипы часто выражаются синтезом белков, которые контролируют структуру и развитие организма или действуют как ферменты, катализирующие определенные метаболические пути.

Все этапы процесса экспрессии гена можно модулировать (регулировать), включая транскрипцию , сплайсинг РНК , трансляцию и посттрансляционную модификацию белка. Регуляция экспрессии генов дает контроль над временем, местоположением и количеством продукта данного гена (белка или нкРНК), присутствующего в клетке, и может оказывать сильное влияние на клеточную структуру и функцию. Регуляция экспрессии генов является основой клеточной дифференциации , развития , морфогенеза, а также универсальности и приспособляемости любого организма.. Следовательно, генная регуляция может служить субстратом для эволюционных изменений.

Механизм [ править ]

Транскрипция [ править ]

Процесс транскрипции осуществляется РНК-полимеразой (РНКП), которая использует ДНК (черный цвет) в качестве матрицы и производит РНК (синий цвет).
Основная статья: Транскрипция (биология)

Производство РНК - копии из цепи ДНК называется транскрипцией , и осуществляется РНК полимераз , которые добавляют один рибо нуклеотид в то время , к растущей цепи РНК согласно комплементарности закону нуклеотидных оснований. Эта РНК комплементарна матричной 3 '→ 5' цепи ДНК [7], за исключением того, что тимины (T) заменены урацилами (U) в РНК.

У прокариот транскрипция осуществляется одним типом РНК-полимеразы, которая должна связывать последовательность ДНК, называемую боксом Прибноу, с помощью белка сигма-фактора (σ-фактор), чтобы начать транскрипцию. У эукариот транскрипция осуществляется в ядре тремя типами РНК-полимераз, каждая из которых требует особой последовательности ДНК, называемой промотором, и набора ДНК-связывающих белков - факторов транскрипции - для запуска процесса (см. Регуляцию транскрипции ниже). . РНК-полимераза I отвечает за транскрипцию генов рибосомной РНК (рРНК). РНК-полимераза II (Pol II) транскрибирует все гены, кодирующие белок, но также и некоторые некодирующие РНК ( например,, мяРНК, мяРНК или длинные некодирующие РНК). РНК-полимераза III транскрибирует 5S рРНК, гены транспортной РНК (тРНК) и некоторые небольшие некодирующие РНК ( например , 7SK ). Транскрипция заканчивается, когда полимераза встречает последовательность, называемую терминатором .

обработка мРНК [ править ]

Основная статья: Посттранскрипционная модификация

В то время как транскрипция генов, кодирующих прокариотические белки, создает информационную РНК (мРНК), готовую к трансляции в белок, транскрипция эукариотических генов оставляет первичный транскрипт РНК ( пре-РНК ), который сначала должен пройти ряд модификаций, чтобы стать зрелая РНК. Типы и шаги, участвующие в процессах созревания, различаются между кодирующими и некодирующими преРНК; т.е. даже несмотря на то, что молекулы преРНК как для мРНК, так и для тРНК подвергаются сплайсингу, этапы и задействованные механизмы различны. [8] Процессинг некодирующей РНК описан ниже (созревание некодирующей РНК).

Обработка premRNA включают в себя 5 ' укупорки , который установлен ферментативных реакций , которые добавляют 7-метилгуанозин (м 7 г) к 5' - концу premRNA и таким образом защищают РНК от деградации под действием экзонуклеазы . Затем кэп m 7 G связывается гетеродимером комплекса связывания кэпа (CBC20 / CBC80), который способствует экспорту мРНК в цитоплазму, а также защищает РНК от декапирования.

Другая модификация - это 3'- расщепление и полиаденилирование . Они возникают, если сигнальная последовательность полиаденилирования (5'-AAUAAA-3 ') присутствует в пре-мРНК, которая обычно находится между последовательностью, кодирующей белок, и терминатором. Пре-мРНК сначала расщепляется, а затем добавляется серия из ~ 200 аденинов (A) для образования поли (A) хвоста, который защищает РНК от деградации. Поли (A) хвост связан множеством поли (A)-связывающих белков (PABP), необходимых для экспорта мРНК и повторной инициации трансляции. В обратном процессе деаденилирования поли (A) хвосты укорачиваются экзонуклеазой CCR4-Not 3'-5 ', что часто приводит к полному распаду транскрипта.

Иллюстрация экзонов и интронов в пре-мРНК и формирование зрелой мРНК путем сплайсинга. UTR (зеленые) - это некодирующие части экзонов на концах мРНК.

Очень важной модификацией пре-мРНК эукариот является сплайсинг РНК . Большинство эукариотических пре-мРНК состоят из чередующихся сегментов, называемых экзонами и интронами . В процессе сплайсинга каталитический комплекс РНК-белок, известный как сплайсосома, катализирует две реакции переэтерификации, которые удаляют интрон и высвобождают его в форме лариатной структуры, а затем сплавляют соседние экзоны вместе. В некоторых случаях некоторые интроны или экзоны могут быть либо удалены, либо сохранены в зрелой мРНК. Это так называемая альтернативная сваркасоздает серию различных транскриптов, происходящих из одного гена. Поскольку эти транскрипты потенциально могут транслироваться в различные белки, сплайсинг увеличивает сложность экспрессии эукариотических генов и размер протеома вида .

Обширный процессинг РНК может быть эволюционным преимуществом, которое стало возможным благодаря ядру эукариот. У прокариот транскрипция и трансляция происходят вместе, в то время как у эукариот ядерная мембрана разделяет эти два процесса, давая время для процессинга РНК.

Созревание некодирующей РНК [ править ]

Основные статьи: тРНК созревание , рРНК созревание , и микроРНК созревание

У большинства организмов некодирующие гены (нкРНК) транскрибируются как предшественники, которые подвергаются дальнейшей обработке. В случае рибосомных РНК (рРНК) они часто транскрибируются как пре-рРНК, которая содержит одну или несколько рРНК. Пре-рРНК расщепляется и модифицируется (2'-O-метилирование и псевдоуридинобразование) в определенных сайтах примерно 150 различными видами РНК, ограниченными малым ядрышком, называемыми мяРНК. SnoRNA связываются с белками, образуя snoRNP. В то время как snoRNA часть пары оснований с целевой РНК и, таким образом, позиционирует модификацию в определенном месте, часть белка выполняет каталитическую реакцию. У эукариот, в частности snoRNP, называемой РНКазой, MRP расщепляет пре-рРНК 45S на 28S, 5.8S и 18S рРНК. Факторы процессинга рРНК и РНК образуют большие агрегаты, называемые ядрышком . [9]

В случае переноса РНК (тРНК), например, 5 'последовательность удаляется РНКазы Р , [10] , тогда как 3' - конец удаляется tRNase Z фермента [11] и необработанного шаблонный 3' CCA хвост добавляется нуклеотидилтрансферазой . [12] В случае микроРНК (miRNA) , miRNA сначала транскрибируются как первичные транскрипты или pri-miRNA с кэпом и поли-A-хвостом и обрабатываются в короткие 70-нуклеотидные структуры «ствол-петля», известные как pre-miRNA в ядро клетки ферментами Дроша и Паша . После экспорта он затем обрабатывается до зрелых миРНК в цитоплазме путем взаимодействия с эндонуклеазой.Дайсер , который также инициирует образование РНК-индуцированного комплекса сайленсинга (RISC) , состоящего из белка Argonaute .

Даже snRNAs и snoRNAs сами претерпевают серию модификаций, прежде чем они станут частью функционального комплекса RNP. Это происходит либо в нуклеоплазме, либо в специализированных отделах, называемых тельцами Кахаля . Их основания метилированы или псевдоуридинилированы группой малых специфичных для тельца Кахаля РНК (scaRNAs) , которые структурно сходны с snoRNA.

Экспорт РНК [ править ]

Основная статья: Ядерный транспорт

У эукариот наиболее зрелая РНК должна экспортироваться в цитоплазму из ядра . В то время как некоторые РНК функционируют в ядре, многие РНК транспортируются через ядерные поры в цитозоль . [13] Экспорт РНК требует ассоциации со специфическими белками, известными как экспортины. Специфические молекулы экспортина ответственны за экспорт данного типа РНК. Транспорт мРНК также требует правильной ассоциации с комплексом соединения экзонов (EJC), который гарантирует, что правильный процессинг мРНК завершится перед экспортом. В некоторых случаях РНК дополнительно транспортируются в определенную часть цитоплазмы, например, в синапс ; затем они буксируются моторными белкамикоторые связываются через линкерные белки с конкретными последовательностями (называемыми «почтовыми индексами») на РНК. [14]

Перевод [ править ]

Основная статья: Перевод (генетика)

Для некоторых РНК (некодирующих РНК) зрелая РНК является конечным генным продуктом. [15] В случае информационной РНК (мРНК) РНК является носителем информации, кодирующим синтез одного или нескольких белков. мРНК, несущая одну последовательность белка (обычная для эукариот), является моноцистронной, в то время как мРНК, несущая несколько белковых последовательностей (обычная для прокариот), известна как полицистронная .

Во время трансляции тРНК, заряженная аминокислотой, входит в рибосому и выравнивается с правильным триплетом мРНК. Затем рибосома добавляет аминокислоту к растущей белковой цепи.

Каждая мРНК состоит из трех частей: 5'-нетранслируемой области (5'UTR), кодирующей белок области или открытой рамки считывания (ORF) и 3'-нетранслируемой области (3'UTR). Кодирующая область несет информацию о синтезе белка, кодируемую генетическим кодом с образованием триплетов. Каждый триплет нуклеотидов кодирующей области называется кодоном и соответствует сайту связывания, комплементарному триплету антикодона в транспортной РНК. Трансферные РНК с одинаковой антикодоновой последовательностью всегда несут идентичный тип аминокислоты . Затем аминокислоты соединяются рибосомой.в соответствии с порядком троек в кодирующей области. Рибосома помогает переносить РНК для связывания с информационной РНК и берет аминокислоту из каждой переносящей РНК и делает из нее бесструктурный белок. [16] [17] Каждая молекула мРНК транслируется во множество белковых молекул, в среднем ~ 2800 у млекопитающих. [18] [19]

У прокариот трансляция обычно происходит в момент транскрипции (котранскрипции), часто с использованием информационной РНК, которая все еще находится в процессе создания. У эукариот трансляция может происходить в различных областях клетки в зависимости от того, где должен находиться записываемый белок. Основные местоположения - это цитоплазма для растворимых цитоплазматических белков и мембрана эндоплазматического ретикулума для белков, которые предназначены для экспорта из клетки или встраивания в клеточную мембрану . Белки, которые, как предполагается, экспрессируются в эндоплазматическом ретикулуме, распознаются частично в процессе трансляции. Это регулируется частицей распознавания сигнала- белок, который связывается с рибосомой и направляет ее в эндоплазматический ретикулум, когда он находит сигнальный пептид на растущей (возникающей) аминокислотной цепи. [20]

Складывание [ править ]

Основная статья: Сворачивание белка
Белок до (слева) и после (справа) сворачивания

Каждый белок существует в виде развернутого полипептида или случайной спирали при трансляции из последовательности мРНК в линейную цепочку аминокислот . У этого полипептида отсутствует развитая трехмерная структура (левая часть соседнего рисунка). Затем полипептид складывается в свою характерную и функциональную трехмерную структуру из случайной спирали . [21] Аминокислоты взаимодействуют друг с другом, образуя четко определенную трехмерную структуру, свернутый белок (правая часть рисунка), известный как нативное состояние . Полученная трехмерная структура определяется аминокислотной последовательностью (Догма Анфинсена ). [22]

Правильная трехмерная структура важна для функционирования, хотя некоторые части функциональных белков могут оставаться развернутыми . [23] Неспособность свернуться в намеченную форму обычно приводит к образованию неактивных белков с различными свойствами, включая токсичные прионы . Считается, что несколько нейродегенеративных и других заболеваний возникают в результате накопления неправильно свернутых белков. [24] Многие аллергии вызваны сворачиванием белков, поскольку иммунная система не вырабатывает антитела для определенных белковых структур. [25]

Ферменты, называемые шаперонами, помогают вновь сформированному белку достичь ( свернуться ) трехмерной структуры, необходимой для его функционирования. [26] Точно так же шапероны РНК помогают РНК достичь своей функциональной формы. [27] Содействие сворачиванию белков - одна из основных ролей эндоплазматического ретикулума у ​​эукариот.

Транслокация [ править ]

Секреторные белки эукариот или прокариот должны быть перемещены, чтобы войти в секреторный путь. Недавно синтезированные белки направляются в эукариотический канал транслокации Sec61 или прокариотический SecYEG с помощью сигнальных пептидов . Эффективность секреции белка у эукариот очень зависит от используемого сигнального пептида . [28]

Белковый транспорт [ править ]

Многие белки предназначены для других частей клетки, кроме цитозоля, и широкий спектр сигнальных последовательностей или (сигнальных пептидов) используется для направления белков туда, где они должны находиться. У прокариот это обычно простой процесс из-за ограниченной компартментализации клетки. Однако у эукариот существует множество различных процессов нацеливания, которые гарантируют, что белок попадает в нужную органеллу.

Не все белки остаются в клетке, и многие из них экспортируются, например, пищеварительные ферменты , гормоны и белки внеклеточного матрикса . У эукариот путь экспорта хорошо развит, и основным механизмом экспорта этих белков является транслокация в эндоплазматический ретикулум с последующим транспортом через аппарат Гольджи . [29] [30]

Регулирование экспрессии генов [ править ]

Основная статья: Регулирование экспрессии генов
Пятнистая окраска черепаховой кошки - результат разного уровня экспрессии генов пигментации в разных областях кожи .

Регулирование экспрессии гена относится к контролю количества и времени появления функционального продукта гена. Контроль экспрессии жизненно важен для того, чтобы позволить клетке производить нужные ей генные продукты, когда они ей нужны; в свою очередь, это дает клеткам возможность адаптироваться к изменчивой среде, внешним сигналам, повреждениям клетки и другим стимулам. В более общем смысле, генная регуляция дает клетке контроль над всей структурой и функцией и является основой клеточной дифференциации , морфогенеза, а также универсальности и приспособляемости любого организма.

Для описания типов генов используются многочисленные термины в зависимости от того, как они регулируются; это включает:

  • Конститутивный ген представляет собой ген , который транскрибируется непрерывно , в отличие от факультативного гена, который транскрибируется только тогда , когда это необходимо.
  • Гена домашнего хозяйства представляет собой ген , который необходим для поддержания основной клеточной функции и так , как правило , выражается во всех типах клеток организма. Примеры включают актин , GAPDH и убиквитин . Некоторые гены домашнего хозяйства транскрибируются с относительно постоянной скоростью, и эти гены можно использовать в качестве ориентира в экспериментах для измерения скорости экспрессии других генов.
  • Факультативный ген представляет собой ген только расшифрован при необходимости , в отличии от конститутивного гена.
  • Индуцируемый ген представляет собой ген, экспрессия которого является либо реагировать на изменения окружающей среды , или в зависимости от положения в клеточном цикле.

Можно модулировать любую стадию экспрессии гена, от стадии транскрипции ДНК-РНК до посттрансляционной модификации белка. Стабильность конечного генного продукта, будь то РНК или белок, также влияет на уровень экспрессии гена - нестабильный продукт приводит к низкому уровню экспрессии. В целом экспрессия генов регулируется посредством изменений [31] количества и типа взаимодействий между молекулами [32], которые в совокупности влияют на транскрипцию ДНК [33] и трансляцию РНК. [34]

Вот несколько простых примеров того, где важна экспрессия генов:

  • Контроль экспрессии инсулина, чтобы он давал сигнал для регуляции уровня глюкозы в крови .
  • Инактивация Х-хромосомы у самок млекопитающих для предотвращения «передозировки» содержащихся в ней генов.
  • Уровни экспрессии циклина контролируют прохождение эукариотического клеточного цикла .

Транскрипционная регуляция [ править ]

Основная статья: Транскрипционная регуляция
Когда в прокариоте присутствует лактоза, она действует как индуктор и инактивирует репрессор, так что гены метаболизма лактозы могут быть расшифрованы.

Регуляцию транскрипции можно разделить на три основных пути воздействия; генетический (прямое взаимодействие контрольного фактора с геном), модулирующее взаимодействие контрольного фактора с аппаратом транскрипции и эпигенетический (непоследовательные изменения в структуре ДНК, влияющие на транскрипцию).

Лямбда - репрессор фактор транскрипции (зеленый) связывается в виде димера в большую бороздку ДНК - мишени (красный и синий) и отключает инициацию транскрипции. Из PDB : 1 ЛМБ .

Прямое взаимодействие с ДНК - самый простой и самый прямой метод, с помощью которого белок изменяет уровни транскрипции. Гены часто имеют несколько сайтов связывания белков вокруг кодирующей области со специфической функцией регуляции транскрипции. Существует много классов регуляторных сайтов связывания ДНК, известных как энхансеры , инсуляторы и сайленсеры . Механизмы регуляции транскрипции очень разнообразны: от блокирования ключевых сайтов связывания ДНК для РНК-полимеразы до действия в качестве активатора и стимулирования транскрипции путем содействия связыванию РНК-полимеразы.

Активность факторов транскрипции дополнительно модулируется внутриклеточными сигналами, вызывающими посттрансляционную модификацию белка, включая фосфорилирование , ацетилирование или гликозилирование . Эти изменения влияют на способность фактора транскрипции прямо или косвенно связываться с промоторной ДНК, рекрутировать РНК-полимеразу или способствовать удлинению вновь синтезированной молекулы РНК.

Ядерная мембрана эукариот позволяет дополнительно регулировать факторы транскрипции за счет продолжительности их присутствия в ядре, которое регулируется обратимыми изменениями в их структуре и связыванием других белков. [35] Экологические стимулы или эндокринные сигналы [36] могут вызывать модификацию регуляторных белков [37], вызывая каскады внутриклеточных сигналов [38], которые приводят к регуляции экспрессии генов.

Совсем недавно стало очевидно, что существует значительное влияние не специфичных для ДНК-последовательности эффектов на транскрипцию. Эти эффекты называются эпигенетическими и включают структуру ДНК более высокого порядка, ДНК-связывающие белки, не связанные с последовательностью, и химическую модификацию ДНК. В целом эпигенетические эффекты изменяют доступность ДНК для белков и, таким образом, модулируют транскрипцию.

У эукариот ДНК организована в виде нуклеосом . Обратите внимание, как ДНК (синий и зеленый) плотно обернута вокруг белкового ядра, состоящего из октамера гистонов (ленточные спирали), ограничивая доступ к ДНК. Из PDB : 1KX5 .

У эукариот структура хроматина , контролируемая гистоновым кодом , регулирует доступ к ДНК со значительным влиянием на экспрессию генов в областях эухроматина и гетерохроматина .

Энхансеры, факторы транскрипции, медиаторный комплекс и петли ДНК в транскрипции млекопитающих [ править ]

Регуляция транскрипции у млекопитающих . Регуляторная область активного энхансера может взаимодействовать с промоторной областью своего гена- мишени за счет образования хромосомной петли. Это может инициировать синтез информационной РНК (мРНК) с помощью РНК-полимеразы II (РНКП II), связанной с промотором в сайте начала транскрипции гена. Петля стабилизируется одним архитектурным белком, прикрепленным к энхансеру, а другой - к промотору, и эти белки соединяются вместе, образуя димер (красные зигзаги). Специфические регуляторные факторы транскрипциисвязываются с мотивами последовательности ДНК на энхансере. С промотором связываются общие факторы транскрипции. Когда фактор транскрипции активируется сигналом (здесь обозначено как фосфорилирование, показанное маленькой красной звездочкой на факторе транскрипции на энхансере), энхансер активируется и теперь может активировать свой целевой промотор. Активный энхансер транскрибируется на каждой цепи ДНК в противоположных направлениях связанными РНКП II. Медиатор (комплекс, состоящий примерно из 26 белков во взаимодействующей структуре) передает регуляторные сигналы от энхансерных ДНК-связанных факторов транскрипции к промотору.

Экспрессия генов у млекопитающих регулируется многими цис-регуляторными элементами , в том числе коровыми промоторами и промоторными проксимальными элементами , которые расположены рядом с сайтами начала транскрипции генов, выше ДНК (по направлению к 5'-области смысловой цепи ). Другие важные цис-регуляторные модули локализованы в участках ДНК, удаленных от сайтов старта транскрипции. К ним относятся усилители , глушители , изоляторы и элементы привязи. [39] Среди этой совокупности элементов энхансеры и связанные с ними факторы транскрипциииграют ведущую роль в регуляции экспрессии генов. [40]

Энхансеры - это участки генома, которые являются основными регулирующими генами элементами. Энхансеры управляют программами экспрессии генов, специфичных для определенного типа клеток, чаще всего путем обхода больших расстояний, чтобы оказаться в физической близости с промоторами своих генов-мишеней. [41] Множественные энхансеры, каждый часто на десятках или сотнях тысяч нуклеотидов, удаленных от своих генов-мишеней, замыкаются на промоторах своих генов-мишеней и координируются друг с другом для контроля экспрессии их общего гена-мишени. [41]

На схематической иллюстрации слева показан энхансер, который зацикливается и находится в непосредственной физической близости с промотором целевого гена. Петля стабилизируется димером соединительного белка (например, димером CTCF или YY1 ), при этом один член димера прикреплен к его мотиву связывания на энхансере, а другой член прикреплен к его мотиву связывания на промоторе (представленном красные зигзаги на рисунке). [42] Несколько факторов транскрипции, специфичных для клеточных функций (в клетке человека около 1600 факторов транскрипции [43] ), как правило, связываются со специфическими мотивами на энхансере [44]и небольшая комбинация этих факторов транскрипции, связанных с энхансером, при приближении к промотору петлей ДНК, регулирует уровень транскрипции целевого гена. Медиатор (комплекс, обычно состоящий из примерно 26 белков во взаимодействующей структуре) передает регуляторные сигналы от энхансерных ДНК-связанных факторов транскрипции непосредственно ферменту РНК-полимераза II (pol II), связанному с промотором. [45]

Энхансеры, когда они активны, обычно транскрибируются с обеих цепей ДНК с РНК-полимеразами, действующими в двух разных направлениях, производя две эРНК, как показано на рисунке. [46] Неактивный энхансер может быть связан с неактивным фактором транскрипции. Фосфорилирование фактора транскрипции может активировать его, и этот активированный фактор транскрипции может затем активировать энхансер, с которым он связан (см. Маленькую красную звездочку, представляющую фосфорилирование фактора транскрипции, связанного с энхансером, на иллюстрации). [47] Активированный энхансер начинает транскрипцию своей РНК перед активацией транскрипции информационной РНК из своего гена-мишени. [48]

Метилирование и деметилирование ДНК в регуляции транскрипции [ править ]

Метилирование ДНК - это добавление метильной группы к ДНК, происходящее в цитозине . На изображении показано основание с одним кольцом цитозина и метильная группа, добавленные к 5-му атому углерода. У млекопитающих метилирование ДНК происходит почти исключительно в цитозине, за которым следует гуанин .

Метилирование ДНК является широко распространенным механизмом эпигенетического влияния на экспрессию генов, наблюдается у бактерий и эукариот и играет роль в наследуемом подавлении транскрипции и регуляции транскрипции. Чаще всего метилирование происходит по цитозину (см. Рисунок). Метилирование цитозина в основном происходит в динуклеотидных последовательностях, где за цитозином следует гуанин, сайт CpG . Количество CpG-сайтов в геноме человека составляет около 28 миллионов. [49] В зависимости от типа клетки около 70% сайтов CpG имеют метилированный цитозин. [50]

Метилирование цитозина в ДНК играет важную роль в регуляции экспрессии генов. Метилирование CpG в промоторной области гена обычно подавляет транскрипцию гена [51], в то время как метилирование CpG в теле гена увеличивает экспрессию. [52] Ферменты ТЕТ играют центральную роль в деметилировании метилированных цитозинов. Деметилирование CpG в промоторе гена за счет активности фермента TET увеличивает транскрипцию гена. [53]

Транскрипционная регуляция в обучении и памяти [ править ]

Основная статья: Эпигенетика в обучении и памяти
Выявленные области человеческого мозга участвуют в формировании памяти.

У крыс условное кондиционирование страха (CFC) - болезненный процесс обучения. Всего один эпизод CFC может вызвать воспоминания о страхе на всю жизнь. [54] После эпизода CFC метилирование цитозина изменяется в промоторных областях примерно 9,17% всех генов в ДНК нейрона гиппокампа крысы. [55] В гиппокампездесь изначально хранятся новые воспоминания. После CFC около 500 генов увеличили транскрипцию (часто из-за деметилирования сайтов CpG в промоторной области) и около 1000 генов снизили транскрипцию (часто из-за вновь образованного 5-метилцитозина на сайтах CpG в промоторной области). Паттерн индуцированных и репрессированных генов в нейронах, по-видимому, обеспечивает молекулярную основу для формирования первой временной памяти об этом тренировочном событии в гиппокампе мозга крысы. [55]

В частности, ген нейротрофического фактора мозга ( BDNF ) известен как «ген обучения». [56] После CFC произошла повышенная регуляция экспрессии гена BDNF , связанная со снижением CpG-метилирования определенных внутренних промоторов гена, и это коррелировало с обучением. [56]

Регуляция транскрипции при раке [ править ]

Основная статья: Регуляция транскрипции при раке

Большинство промоторов генов содержат островок CpG с многочисленными сайтами CpG . [57] Когда многие промоторные сайты CpG гена метилированы, ген заглушается. [58] Колоректальный рак обычно имеет от 3 до 6 мутаций водителя и от 33 до 66 мутаций автостопщика или пассажира. [59] Однако подавление транскрипции может иметь большее значение, чем мутации, в развитии рака. Например, при колоректальном раке от 600 до 800 генов транскрипционно подавляются метилированием CpG-островков (см. Регуляцию транскрипции при раке).). Репрессия транскрипции при раке также может происходить за счет других эпигенетических механизмов, таких как измененная экспрессия микроРНК . [60] При раке груди репрессия транскрипции BRCA1 может происходить чаще за счет сверхэкспрессии микроРНК-182, чем за счет гиперметилирования промотора BRCA1 (см. Низкая экспрессия BRCA1 при раке груди и яичников ).

Посттранскрипционная регуляция [ править ]

Основная статья: Посттранскрипционная регуляция

Считается, что у эукариот, где экспорт РНК необходим для того, чтобы трансляция стала возможной, ядерный экспорт обеспечивает дополнительный контроль над экспрессией генов. Весь транспорт в ядро ​​и из ядра осуществляется через ядерную пору, и транспорт контролируется широким спектром белков импортина и экспортина .

Экспрессия гена, кодирующего белок, возможна только в том случае, если информационная РНК, несущая код, выживет достаточно долго, чтобы ее можно было транслировать. В типичной клетке молекула РНК стабильна только в том случае, если она специально защищена от деградации. Деградация РНК имеет особое значение для регуляции экспрессии в эукариотических клетках, где мРНК должна пройти значительные расстояния, прежде чем будет транслироваться. У эукариот РНК стабилизируется с помощью определенных посттранскрипционных модификаций, особенно 5'-кэпа и полиаденилированного хвоста .

Преднамеренная деградация мРНК используется не только как механизм защиты от чужеродной РНК (обычно от вирусов), но также как путь дестабилизации мРНК . Если молекула мРНК имеет последовательность, комплементарную небольшой мешающей РНК, то она нацелена на разрушение посредством пути интерференции РНК.

Три первичных нетранслируемых региона и микроРНК [ править ]

Основная статья: Три основных непереведенных региона
Основная статья: MicroRNA

Три первичных нетранслируемых области (3'UTR) информационных РНК (мРНК) часто содержат регуляторные последовательности, которые посттранскрипционно влияют на экспрессию генов. Такие 3'-UTR часто содержат как сайты связывания для микроРНК (miRNA), так и для регуляторных белков. Связываясь со специфическими сайтами в 3'-UTR, miRNA могут снижать экспрессию генов различных мРНК, либо ингибируя трансляцию, либо напрямую вызывая деградацию транскрипта. 3'-UTR также может иметь области сайленсера, которые связывают репрессорные белки, которые ингибируют экспрессию мРНК.

3'-UTR часто содержит элементы ответа микроРНК (MRE) . MRE представляют собой последовательности, с которыми связываются миРНК. Это преобладающие мотивы в 3'-UTR. Среди всех регуляторных мотивов в 3'-UTR (например, включая области сайленсеров) MRE составляют около половины мотивов.

По состоянию на 2014 г. веб-сайт miRBase , [61] архив последовательностей и аннотаций miRNA , перечислил 28 645 записей о 233 биологических видах. Из них 1881 miRNA находились в аннотированных локусах miRNA человека. Предполагалось, что miRNA содержат в среднем около четырехсот целевых мРНК (влияющих на экспрессию нескольких сотен генов). [62] Фридман и др. [62] подсчитали, что более 45 000 сайтов-мишеней miRNA в 3'UTR мРНК человека консервативны выше фоновых уровней, и более 60% генов, кодирующих человеческие белки, находились под селективным давлением, чтобы поддерживать спаривание с miRNA.

Прямые эксперименты показывают, что одна миРНК может снизить стабильность сотен уникальных мРНК. [63] Другие эксперименты показывают, что одна miRNA может подавлять продукцию сотен белков, но эта репрессия часто бывает относительно мягкой (менее чем в 2 раза). [64] [65]

Эффекты нарушения регуляции экспрессии генов miRNA, по-видимому, важны при раке. [66] Например, при раке желудочно-кишечного тракта девять миРНК были идентифицированы как эпигенетически измененные и эффективные в подавлении регуляции ферментов репарации ДНК. [67]

Эффекты дисрегуляции экспрессии генов miRNA также, по-видимому, важны при нейропсихиатрических расстройствах, таких как шизофрения, биполярное расстройство, большая депрессия, болезнь Паркинсона, болезнь Альцгеймера и расстройства аутистического спектра. [68] [69]

Регулирование перевода [ править ]

Неомицин является примером небольшой молекулы, которая снижает экспрессию всех генов белка, что неизбежно приводит к гибели клеток; таким образом, он действует как антибиотик .
Основная статья: Перевод (генетика)

Прямая регуляция трансляции менее распространена, чем контроль транскрипции или стабильности мРНК, но иногда используется. Ингибирование трансляции белков является основной мишенью для токсинов и антибиотиков , поэтому они могут убить клетку, подавляя ее нормальный контроль экспрессии генов. Ингибиторы синтеза белка включают антибиотик неомицин и токсин рицин .

Посттрансляционные модификации [ править ]

Основная статья: Посттрансляционная модификация

Посттрансляционные модификации (PTM) - это ковалентные модификации белков. Как и сплайсинг РНК, они помогают значительно разнообразить протеом. Эти модификации обычно катализируются ферментами. Кроме того, такие процессы, как ковалентное добавление к остаткам боковой цепи аминокислот, часто могут быть обращены другими ферментами. Однако некоторые из них, например протеолитическое расщепление основной цепи белка, необратимы. [70]

ПТМ играют в клетке множество важных ролей. [71] Например, фосфорилирование в первую очередь участвует в активации и деактивации белков и в сигнальных путях. [72] PTMs участвуют в регуляции транскрипции: важной функцией ацетилирования и метилирования является модификация гистонового хвоста, которая изменяет доступность ДНК для транскрипции. [70] Их также можно увидеть в иммунной системе, где гликозилирование играет ключевую роль. [73] Один тип ПТМ может инициировать другой тип ПТМ, как видно из того, как убиквитинирование помечает белки для деградации посредством протеолиза. [70]Протеолиз, помимо участия в расщеплении белков, также важен для их активации и деактивации, а также для регулирования биологических процессов, таких как транскрипция ДНК и гибель клеток. [74]

Измерение [ править ]

Измерение экспрессии генов является важной частью многих наук о жизни , поскольку возможность количественно оценить уровень экспрессии конкретного гена в клетке, ткани или организме может предоставить много ценной информации. Например, измерение экспрессии генов может:

  • Определите вирусную инфекцию клетки ( экспрессию вирусного белка ).
  • Определите предрасположенность человека к раку ( экспрессия онкогена ).
  • Определите, устойчива ли бактерия к пенициллину ( экспрессия бета-лактамазы ).

Точно так же анализ местоположения экспрессии белка является мощным инструментом, и это может быть сделано в масштабе организма или клетки. Исследование локализации особенно важно для изучения развития многоклеточных организмов и как индикатор функции белка в отдельных клетках. В идеале измерение экспрессии осуществляется путем обнаружения конечного генного продукта (для многих генов это белок); однако часто бывает легче обнаружить один из предшественников, обычно мРНК, и сделать вывод об уровнях экспрессии генов по этим измерениям.

Количественная оценка мРНК [ править ]

Уровни мРНК можно количественно измерить с помощью нозерн-блоттинга , который предоставляет информацию о размере и последовательности молекул мРНК. Образец РНК отделяют на агарозном геле и гибридизуют с радиоактивно меченным РНК-зондом, который комплементарен целевой последовательности. Затем радиоактивно меченную РНК обнаруживают с помощью авторадиографа.. Поскольку использование радиоактивных реагентов делает процедуру трудоемкой и потенциально опасной, были разработаны альтернативные методы маркировки и обнаружения, такие как химический состав дигоксигенина и биотина. Предполагаемые недостатки Нозерн-блоттинга заключаются в том, что требуются большие количества РНК и что количественное определение может быть не совсем точным, поскольку оно включает измерение силы полосы на изображении геля. С другой стороны, дополнительная информация о размере мРНК из Нозерн-блоттинга позволяет различать транскрипты с попеременным сплайсингом.

Другой подход к измерению количества мРНК - это RT-qPCR. В этом методе за обратной транскрипцией следует количественная ПЦР . Обратная транскрипция сначала генерирует матрицу ДНК из мРНК; эта одноцепочечная матрица называется кДНК . Затем матрицу кДНК амплифицируют на этапе количественного анализа, во время которого флуоресценция, испускаемая мечеными зондами гибридизации или интеркалирующими красителями, изменяется по мере амплификации ДНК.процесс прогрессирует. С помощью тщательно построенной стандартной кривой кПЦР может произвести абсолютное измерение количества копий исходной мРНК, обычно в единицах копий на нанолитр гомогенизированной ткани или копий на клетку. КПЦР очень чувствительна (теоретически возможно обнаружение одной молекулы мРНК), но может быть дорогостоящей в зависимости от типа используемого репортера; флуоресцентно меченые олигонуклеотидные зонды дороже, чем неспецифические интеркалирующие флуоресцентные красители.

Для профилирования экспрессии или высокопроизводительного анализа многих генов в образце количественная ПЦР может выполняться для сотен генов одновременно в случае массивов с низкой плотностью. Второй подход - это микрочип гибридизации . Один массив или «чип» может содержать зонды для определения уровней транскрипта для каждого известного гена в геноме одного или нескольких организмов. В качестве альтернативы, технологии на основе меток, такие как последовательный анализ экспрессии генов (SAGE) и RNA-Seq , которые могут обеспечить относительную меру клеточной концентрацииразличных мРНК. Преимуществом методов на основе тегов является «открытая архитектура», позволяющая точно измерить любой транскрипт с известной или неизвестной последовательностью. Секвенирование следующего поколения (NGS), такое как RNA-Seq, - это еще один подход, позволяющий получить огромное количество данных о последовательностях, которые можно сопоставить с эталонным геномом. Хотя NGS является сравнительно трудоемким, дорогостоящим и ресурсоемким, он может идентифицировать однонуклеотидные полиморфизмы , варианты сплайсинга и новые гены, а также может использоваться для профилирования экспрессии в организмах, для которых имеется мало информации о последовательности или ее нет. .

Профили РНК в Википедии [ править ]

Профиль экспрессии РНК транспортера GLUT4 (одного из основных транспортеров глюкозы в организме человека)

Подобные профили можно найти почти для всех белков, перечисленных в Википедии. Они созданы такими организациями, как Институт геномики исследовательского фонда Novartis и Европейский институт биоинформатики . Дополнительную информацию можно найти, выполнив поиск в их базах данных (для примера изображенного здесь транспортера GLUT4 см. Ссылку). [75] Эти профили показывают уровень экспрессии ДНК (и, следовательно, продуцируемой РНК) определенного белка в определенной ткани и имеют соответствующую цветовую кодировку на изображениях, расположенных в блоке для белков с правой стороны каждой страницы Википедии.

Количественное определение белка [ править ]

Для генов, кодирующих белки, уровень экспрессии можно напрямую оценить с помощью ряда методов с некоторыми четкими аналогиями с методами количественной оценки мРНК.

Наиболее часто используемый метод [ необходима ссылка ] - это выполнение вестерн-блоттинга интересующего белка - это дает информацию о размере белка в дополнение к его идентичности. Образец (часто клеточный лизат ) отделяют на полиакриламидном геле , переносят на мембрану и затем исследуют антителом к интересующему белку. Антитело может быть конъюгировано с флуорофором или пероксидазой хрена.для визуализации и / или количественной оценки. Гелевый характер этого анализа делает количественную оценку менее точной, но он имеет то преимущество, что позволяет идентифицировать более поздние модификации белка, например протеолиз или убиквитинирование, по изменению размера.

корреляция мРНК-белок [ править ]

Количественное определение белка и мРНК позволяет корреляцию двух уровней. Вопрос о том, насколько хорошо уровни белка коррелируют с соответствующими уровнями транскриптов, очень обсуждается и зависит от множества факторов. Регуляция на каждом этапе экспрессии гена может влиять на корреляцию, как показано для регуляции трансляции [19] или стабильности белка. [76] Посттрансляционные факторы, такие как транспорт белка в высокополярных клетках, [77] также могут влиять на измеренную корреляцию мРНК-белок.

Локализация [ править ]

Основные статьи: гибридизация in situ и иммунофлуоресценция
Гибридизация in situ эмбрионов дрозофилы на разных стадиях развития для мРНК, ответственной за экспрессию горбунов . Высокая интенсивность синего цвета отмечает места с высоким количеством мРНК горбуна.

Анализ выражения не ограничивается количественной оценкой; локализация также может быть определена. мРНК может быть обнаружена с помощью соответствующим образом меченой комплементарной цепи мРНК, а белок может быть обнаружен с помощью меченых антител. Затем исследуемый образец исследуют под микроскопом, чтобы определить, где находится мРНК или белок.

Трехмерная структура зеленого флуоресцентного белка . Остатки в центре «бочки» ответственны за производство зеленого света после воздействия синего света с более высокой энергией. Из PDB : 1EMA .

Путем замены гена новой версией, слитой с зеленым флуоресцентным белком (или подобным) маркером, экспрессия может быть непосредственно определена количественно в живых клетках. Это делается путем визуализации с помощью флуоресцентного микроскопа . Очень сложно клонировать слитый с GFP белок в его естественное место в геноме, не влияя на уровни экспрессии, поэтому этот метод часто нельзя использовать для измерения экспрессии эндогенного гена. Однако он широко используется для измерения экспрессии гена, искусственно введенного в клетку, например, с помощью вектора экспрессии . Важно отметить, что путем слияния целевого белка с флуоресцентным репортером поведение белка, включая его клеточную локализацию и уровень экспрессии, может быть значительно изменено.

Иммуноферментный анализ работает с использованием антител , иммобилизованные на микротитрационный планшет , чтобы захватить интерес белки из образцов , добавленных в скважину. Используя детектирующее антитело, конъюгированное с ферментом или флуорофором, количество связанного белка можно точно измерить флуорометрическим или колориметрическим детектированием. Процесс обнаружения очень похож на Вестерн-блоттинг, но, избегая стадий геля, можно достичь более точной количественной оценки.

Система выражений [ править ]

Система индуцибельной shRNA Tet-ON
Основная статья: Производство белка (биотехнология)

Система экспрессии - это система, специально разработанная для производства выбранного генного продукта. Обычно это белок, хотя также может быть РНК, такая как тРНК или рибозим . Система экспрессии состоит из гена, обычно кодируемого ДНК , и молекулярного механизма, необходимого для транскрипции ДНК в мРНК и трансляции мРНК в белок.используя предоставленные реагенты. В самом широком смысле это включает в себя каждую живую клетку, но этот термин чаще используется для обозначения экспрессии как лабораторного инструмента. Поэтому экспрессионная система зачастую в некотором роде искусственна. Однако системы экспрессии - это естественный процесс. Вирусы - отличный пример того, как они реплицируются с использованием клетки-хозяина в качестве системы экспрессии вирусных белков и генома.

Индуцируемое выражение [ править ]

Доксициклин также используется в контролируемой тетрациклином активации транскрипции «Tet-on» и «Tet-off» для регулирования экспрессии трансгена в организмах и культурах клеток .

В природе [ править ]

В дополнение к этим биологическим инструментам, некоторые наблюдаемые естественным образом конфигурации ДНК (гены, промоторы, энхансеры, репрессоры) и связанный с ними механизм сами по себе называются системой экспрессии. Этот термин обычно используется в случае, когда ген или набор генов включается в четко определенных условиях, например, система экспрессии простого переключения репрессора в фаге лямбда и система оператора lac у бактерий. Несколько систем естественной экспрессии непосредственно используются или модифицируются и используются для искусственных систем экспрессии, таких как системы экспрессии Tet-on и Tet-off .

Генные сети [ править ]

Основная статья: Генная регуляторная сеть

Гены иногда рассматриваются как узлы в сети, где входными данными являются белки, такие как факторы транскрипции , а выходными данными - уровень экспрессии генов. Сам узел выполняет функцию, и работа этих функций интерпретируется как выполнение своего рода обработки информации в ячейках и определяет поведение ячейки.

Генные сети также могут быть построены без формулирования явной причинно-следственной модели. Это часто имеет место при сборке сетей из больших наборов данных выражений. [78] Ковариация и корреляция экспрессии вычисляются по большой выборке случаев и измерений (часто транскриптом или протеомданные). Источник вариации может быть экспериментальным или естественным (наблюдательным). Существует несколько способов построения сетей экспрессии генов, но один общий подход состоит в том, чтобы вычислить матрицу всех попарных корреляций экспрессии по условиям, временным точкам или индивидуумам и преобразовать матрицу (после определения порога при некотором пороговом значении) в графическое представление, в котором узлы представляют гены, транскрипты или белки, а ребра, соединяющие эти узлы, представляют силу ассоциации (см. [1] ). [79]

Методы и инструменты [ править ]

Следующие экспериментальные методы используются для измерения экспрессии генов и перечислены примерно в хронологическом порядке, начиная с более старых, более устоявшихся технологий. Они делятся на две группы в зависимости от степени их мультиплексности .

  • Техники низкого и среднего сплетения:
    • Репортерный ген
    • Нозерн-блот
    • Вестерн-блоттинг [80]
    • Флуоресцентная гибридизация in situ
    • ПЦР с обратной транскрипцией
  • Техники высшего сплетения:
    • МУДРЕЦ [81]
    • ДНК-микрочип [82]
    • Массив листов [83]
    • РНК-Seq [84]

Базы данных экспрессии генов [ править ]

  • Омнибус экспрессии генов (GEO) в NCBI [85]
  • Атлас экспрессии в EBI
  • База данных по экспрессии генов мышей в лаборатории Джексона
  • CollecTF : база данных экспериментально подтвержденных сайтов связывания факторов транскрипции у бактерий. [86]
  • COLOMBOS: сборник бактериальных компендиумов экспрессии. [87]
  • База данных Many Microbe Microarrays : данные Affymetrix микробов [88]

См. Также [ править ]

  • Тестирование молекулярной экспрессии AlloMap
  • Закладки
  • Выраженный тег последовательности
  • Атлас выражений
  • Профилирование выражений
  • Структура гена
  • Генная инженерия
  • Генетически модифицированный организм
  • Список биологических баз данных
  • Список генов человека
  • Осциллирующий ген
  • Парамутация
  • Производство белка
  • Очистка белков
  • Рибономика
  • Хребет
  • Инструмент профилирования последовательности
  • Транскрипционный разрыв
  • Транскрипционный шум
  • Расшифровка неизвестной функции

Ссылки [ править ]

  1. ^ Крика FH (1958). «О синтезе белка». Симпозиумы Общества экспериментальной биологии . 12 : 138–63. PMID  13580867 .
  2. ↑ Crick F (август 1970). «Центральная догма молекулярной биологии». Природа . 227 (5258): 561–3. Bibcode : 1970Natur.227..561C . DOI : 10.1038 / 227561a0 . PMID 4913914 . 
  3. ^ "Центральная догма перевернута". Природа . 226 (5252): 1198–9. Июнь 1970 г. Bibcode : 1970Natur.226.1198. . DOI : 10.1038 / 2261198a0 . PMID 5422595 . 
  4. ^ Тёмин HM, Mizutani S (июнь 1970). «РНК-зависимая ДНК-полимераза в вирионах вируса саркомы Рауса». Природа . 226 (5252): 1211–3. DOI : 10.1038 / 2261211a0 . PMID 4316301 . 
  5. Перейти ↑ Baltimore D (июнь 1970). «РНК-зависимая ДНК-полимераза в вирионах РНК опухолевых вирусов». Природа . 226 (5252): 1209–11. DOI : 10.1038 / 2261209a0 . PMID 4316300 . 
  6. ^ Айер Л.М., Кунин Е.В., Аравиндом L (январь 2003). «Эволюционная связь между каталитическими субъединицами ДНК-зависимых РНК-полимераз и эукариотических РНК-зависимых РНК-полимераз и происхождение РНК-полимераз» . BMC Структурная биология . 3 : 1. DOI : 10,1186 / 1472-6807-3-1 . PMC 151600 . PMID 12553882 .  
  7. ^ Брюкнер Ж, боль в руке KJ, Ченг А, Damsma GE, Kettenberger Н, Леман Е, Сюдов Дж, Крамер Р (февраль 2009 г.). «Структурно-функциональные исследования комплекса элонгации РНК-полимеразы II» . Acta Crystallographica D . 65 (Pt 2): 112–20. DOI : 10.1107 / S0907444908039875 . PMC 2631633 . PMID 19171965 .  
  8. ^ Кребс, Джоселин Э. (2017-03-02). Гены Левина XII . Голдштейн, Эллиотт С., Килпатрик, Стивен Т. Берлингтон, Массачусетс. ISBN 978-1-284-10449-3. OCLC  965781334 .
  9. ^ Sirri В, Urcuqui-Inchima S, Руссель Р, Hernandez-Вердун D (январь 2008 г.). «Ядрышко: завораживающее ядерное тело» . Гистохимия и клеточная биология . 129 (1): 13–31. DOI : 10.1007 / s00418-007-0359-6 . PMC 2137947 . PMID 18046571 .  
  10. Перейти ↑ Frank DN, Pace NR (1998). «Рибонуклеаза P: единство и разнообразие рибозима, обрабатывающего тРНК» . Ежегодный обзор биохимии . 67 : 153–80. DOI : 10.1146 / annurev.biochem.67.1.153 . PMID 9759486 . 
  11. ^ Ceballos M, Vioque A (2007). «тРНКаза Z». Буквы о белках и пептидах . 14 (2): 137–45. DOI : 10.2174 / 092986607779816050 . PMID 17305600 . 
  12. ^ Вайнер AM (октябрь 2004 г.). «Созревание тРНК: полимеризация РНК без матрицы нуклеиновой кислоты» . Текущая биология . 14 (20): R883–5. DOI : 10.1016 / j.cub.2004.09.069 . PMID 15498478 . 
  13. Перейти ↑ Köhler A, Hurt E (октябрь 2007 г.). «Экспорт РНК из ядра в цитоплазму». Обзоры природы. Молекулярная клеточная биология . 8 (10): 761–73. DOI : 10,1038 / nrm2255 . PMID 17786152 . 
  14. ^ Jambhekar A, Derisi JL (май 2007). «Цис-действующие детерминанты асимметричного транспорта цитоплазматической РНК» . РНК . 13 (5): 625–42. DOI : 10,1261 / rna.262607 . PMC 1852811 . PMID 17449729 .  
  15. Перейти ↑ Amaral PP, Dinger ME, Mercer TR, Mattick JS (март 2008 г.). «Геном эукариот как машина РНК». Наука . 319 (5871): 1787–9. Bibcode : 2008Sci ... 319.1787A . DOI : 10.1126 / science.1155472 . PMID 18369136 . 
  16. ^ Hansen ТМ, Баранов П.В., Иванов И.П., Gesteland РФ, Atkins JF (май 2003). «Поддержание правильной открытой рамки считывания рибосомой» . EMBO Reports . 4 (5): 499–504. DOI : 10.1038 / sj.embor.embor825 . PMC 1319180 . PMID 12717454 .  
  17. Перейти ↑ Berk V, Cate JH (июнь 2007 г.). «Понимание биосинтеза белка из структур бактериальных рибосом». Текущее мнение в структурной биологии . 17 (3): 302–9. DOI : 10.1016 / j.sbi.2007.05.009 . PMID 17574829 . 
  18. ^ Schwanhäusser B, Буссе D, Li N, Dittmar G, Шуххардт J, J Wolf, Chen W, Сельбах M (май 2011). «Глобальная количественная оценка контроля экспрессии генов млекопитающих» (PDF) . Природа . 473 (7347): 337–42. Bibcode : 2011Natur.473..337S . DOI : 10,1038 / природа10098 . PMID 21593866 .  
  19. ^ a b Schwanhäusser B, Busse D, Li N, Dittmar G, Schuchhardt J, Wolf J, Chen W, Selbach M (март 2013 г.). «Исправление: Глобальная количественная оценка контроля экспрессии генов млекопитающих» . Природа . 495 (7439): 126–7. Bibcode : 2013Natur.495..126S . DOI : 10.1038 / nature11848 . PMID 23407496 . 
  20. ^ Хедж RS, Kang SW (июль 2008). «Концепция транслокационной регуляции» . Журнал клеточной биологии . 182 (2): 225–32. DOI : 10,1083 / jcb.200804157 . PMC 2483521 . PMID 18644895 .  
  21. Перейти ↑ Alberts B , Johnson A, Lewis J, Raff M, Roberts K, Walters P (2002). «Форма и структура белков» . Молекулярная биология клетки; Четвертое издание . Нью-Йорк и Лондон: Наука о гирляндах. ISBN 978-0-8153-3218-3.
  22. ^ Анфинсен CB (июль 1972). «Формирование и стабилизация структуры белка» . Биохимический журнал . 128 (4): 737–49. DOI : 10.1042 / bj1280737 . PMC 1173893 . PMID 4565129 .  
  23. ^ Джереми М. Берг, Джон Л. Тимочко, Люберт Страйер ; Веб-контент Нила Д. Кларка (2002). «3. Структура и функции белка» . Биохимия . Сан-Франциско: WH Freeman. ISBN 978-0-7167-4684-3.CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  24. ^ Selkoe DJ (декабрь 2003). «Смертельное сворачивание белков». Природа . 426 (6968): 900–4. Bibcode : 2003Natur.426..900S . DOI : 10,1038 / природа02264 . PMID 14685251 . 
  25. Перейти ↑ Alberts B, Bray D, Hopkin K, Johnson A, Lewis J, Raff M, Roberts K, Walter P (2010). «Структура и функции белка». Essential Cell Biology (3-е изд.). Нью-Йорк: Garland Science, Taylor and Francis Group, LLC. С. 120–170.
  26. ↑ Hebert DN, Molinari M (октябрь 2007 г.). «В и из ER: сворачивание белка, контроль качества, деградация и родственные болезни человека» . Физиологические обзоры . 87 (4): 1377–408. DOI : 10.1152 / Physrev.00050.2006 . PMID 17928587 . 
  27. Перейти ↑ Russell R (январь 2008 г.). «Неправильная укладка РНК и действие шаперонов» . Границы биологических наук . 13 (13): 1–20. DOI : 10,2741 / 2557 . PMC 2610265 . PMID 17981525 .  
  28. ^ Кобер л, Zehe С, J Боде (апрель 2013 г. ). «Оптимизированные сигнальные пептиды для развития линий клеток СНО с высокой экспрессией». Биотехнология и биоинженерия . 110 (4): 1164–73. DOI : 10.1002 / bit.24776 . PMID 23124363 . 
  29. ^ Moreau Р, Р Brandizzi, Hanton S, Chatre л, Melser S, Хос С, Satiat-Jeunemaitre В (2007). «Интерфейс завода ER-Golgi: высокоструктурированный и динамичный мембранный комплекс» . Журнал экспериментальной ботаники . 58 (1): 49–64. DOI : 10.1093 / JXB / erl135 . PMID 16990376 . 
  30. ^ Прудовский I, Tarantini F, Landriscina M, Neivandt D, Soldi R, Киров A, D Малая, Касир К.М., Rajalingam D, Kumar TK (апрель 2008). «Секрет без Гольджи» . Журнал клеточной биохимии . 103 (5): 1327–43. DOI : 10.1002 / jcb.21513 . PMC 2613191 . PMID 17786931 .  
  31. ^ Зайди SK, Young DW, Choi JY, Pratap J, Джавед A, M Монтечино, Stein JL, Lian JB, ван Wijnen AJ, Stein GS (октябрь 2004). «Внутриядерный оборот: организация и сборка регулирующих механизмов для комбинаторного биологического контроля» . Журнал биологической химии . 279 (42): 43363–6. DOI : 10.1074 / jbc.R400020200 . PMID 15277516 . 
  32. ^ Маттик JS, АМАРАЛ PP, Дингер ME, Mercer TR, Mehler MF (январь 2009). «РНК-регуляция эпигенетических процессов» . BioEssays . 31 (1): 51–9. DOI : 10.1002 / bies.080099 . PMID 19154003 . 
  33. ^ Martinez NJ, Walhout AJ (апрель 2009). «Взаимодействие между факторами транскрипции и микроРНК в регуляторных сетях на уровне генома» . BioEssays . 31 (4): 435–45. DOI : 10.1002 / bies.200800212 . PMC 3118512 . PMID 19274664 .  
  34. ↑ Томилин Н.В. (апрель 2008 г.). «Регулирование экспрессии генов млекопитающих ретроэлементами и некодирующими тандемными повторами» . BioEssays . 30 (4): 338–48. DOI : 10.1002 / bies.20741 . PMID 18348251 . 
  35. ^ Veitia RA (ноябрь 2008). «Тысяча и один способ создания функционально похожих энхансеров транскрипции». BioEssays . 30 (11–12): 1052–7. DOI : 10.1002 / bies.20849 . PMID 18937349 . 
  36. ^ Нгуен T, Nioi P, Пикетт CB (май 2009). «Путь передачи сигнала Nrf2-антиоксидантного ответного элемента и его активация окислительным стрессом» . Журнал биологической химии . 284 (20): 13291–5. DOI : 10.1074 / jbc.R900010200 . PMC 2679427 . PMID 19182219 .  
  37. ↑ Paul S (ноябрь 2008 г.). «Дисфункция убиквитин-протеасомной системы при множественных заболеваниях: терапевтические подходы». BioEssays . 30 (11–12): 1172–84. DOI : 10.1002 / bies.20852 . PMID 18937370 . 
  38. ^ Лос - M, S Maddika, Эрба B, Schulze-Osthoff K (май 2009). «Переключение Акт: от сигнала выживания к смертельной реакции» . BioEssays . 31 (5): 492–5. DOI : 10.1002 / bies.200900005 . PMC 2954189 . PMID 19319914 .  
  39. ^ Verheul ТС, ван Hijfte л, Perenthaler Е, Баракат TS (2020). «Почему YY1: механизмы регуляции транскрипции Инь Ян 1» . Front Cell Dev Biol . 8 : 592164. DOI : 10,3389 / fcell.2020.592164 . PMC 7554316 . PMID 33102493 .  
  40. ↑ Spitz F, Furlong EE (сентябрь 2012 г.). «Факторы транскрипции: от связывания энхансера до контроля развития». Nat Rev Genet . 13 (9): 613–26. DOI : 10.1038 / nrg3207 . PMID 22868264 . 
  41. ^ a b Schoenfelder S, Fraser P (август 2019). «Дальние контакты энхансер-промотор в контроле экспрессии генов». Nat Rev Genet . 20 (8): 437–455. DOI : 10.1038 / s41576-019-0128-0 . PMID 31086298 . 
  42. ^ Weintraub AS, Li CH, Zamudio AV, Sigova AA, Hannett NM, Day DS, Abraham BJ, Cohen MA, Nabet B, Buckley DL, Guo YE, Hnisz D, Jaenisch R, Bradner JE, Gray NS, Young RA (декабрь 2017). «YY1 является структурным регулятором петель энхансер-промотор» . Cell . 171 (7): 1573–1588.e28. DOI : 10.1016 / j.cell.2017.11.008 . PMC 5785279 . PMID 29224777 .  
  43. ↑ Lambert SA, Jolma A, Campitelli LF, Das PK, Yin Y, Albu M, Chen X, Taipale J, Hughes TR, Weirauch MT (февраль 2018 г.). «Факторы транскрипции человека» . Cell . 172 (4): 650–665. DOI : 10.1016 / j.cell.2018.01.029 . PMID 29425488 . 
  44. ^ Гроссман С.Р., Engreitz J, Рэй JP, Нгуен TH, Hacohen N, Ландер ES (июль 2018). «Позиционная специфичность различных классов факторов транскрипции в энхансерах» . Proc Natl Acad Sci USA . 115 (30): E7222 – E7230. DOI : 10.1073 / pnas.1804663115 . PMC 6065035 . PMID 29987030 .  
  45. ^ Аллен BL, Taatjes DJ (март 2015). «Медиаторный комплекс: центральный интегратор транскрипции» . Nat Rev Mol Cell Biol . 16 (3): 155–66. DOI : 10.1038 / nrm3951 . PMC 4963239 . PMID 25693131 .  
  46. ↑ Михайличенко О., Бондаренко В., Харнетт Д., Шор И. Е., Самцы М., Виалес Р. Р., Ферлонг Е. Е. (январь 2018 г.). «Степень активности энхансера или промотора отражается уровнями и направленностью транскрипции эРНК» . Genes Dev . 32 (1): 42–57. DOI : 10,1101 / gad.308619.117 . PMC 5828394 . PMID 29378788 .  
  47. ↑ Li QJ, Yang SH, Maeda Y, Sladek FM, Sharrocks AD, Martins-Green M (январь 2003 г.). «Зависимая от фосфорилирования MAP-киназы активация Elk-1 приводит к активации соактиватора p300» . EMBO J . 22 (2): 281–91. DOI : 10,1093 / emboj / cdg028 . PMC 140103 . PMID 12514134 .  
  48. ^ Карулло Н.В., Филлипс И. Р., Саймон Р. К., Сото С. А., Хайндс Дж. Э., Солсбери А. Дж., Реванна Дж. С., Баннер К. Д., Янов Л., Султан Ф. А., Савелл К. Э., Герсбах, Калифорния, Дэй Джей-Джей (сентябрь 2020 г.) «Энхансерные РНК предсказывают регуляторные связи энхансер-ген и имеют решающее значение для функции энхансера в нейронных системах» . Nucleic Acids Res . 48 (17): 9550–9570. DOI : 10.1093 / NAR / gkaa671 . PMC 7515708 . PMID 32810208 .  
  49. ^ Левквиста C, Додд IB, Sneppen K, Haerter JO (июнь 2016). «Метилирование ДНК в эпигеномах человека зависит от локальной топологии сайтов CpG» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (11): 5123–32. DOI : 10.1093 / NAR / gkw124 . PMC 4914085 . PMID 26932361 .  
  50. ^ Джаббари K, Бернарди G (май 2004). «Метилирование цитозина и частоты CpG, TpG (CpA) и TpA». Джин . 333 : 143–9. DOI : 10.1016 / j.gene.2004.02.043 . PMID 15177689 . 
  51. ↑ Weber M, Hellmann I, Stadler MB, Ramos L, Pääbo S, Rebhan M, Schübeler D (апрель 2007 г.). «Распределение, потенциал молчания и эволюционное влияние метилирования промоторной ДНК в геноме человека». Nat. Genet . 39 (4): 457–66. DOI : 10.1038 / ng1990 . PMID 17334365 . 
  52. ↑ Ян Х, Хан Х, Де Карвалью Д. Д., Лэй Ф. Д., Джонс ПА, Лян Г. (октябрь 2014 г.). «Метилирование тела генов может изменять экспрессию генов и является терапевтической мишенью при раке» . Раковая клетка . 26 (4): 577–90. DOI : 10.1016 / j.ccr.2014.07.028 . PMC 4224113 . PMID 25263941 .  
  53. ^ Maeder ML, Angstman JF, Richardson ME, Linder SJ, Cascio VM, Tsai SQ, Ho QH, Sander JD, Reyon D, Bernstein BE, Costello JF, Wilkinson MF, Joung JK (декабрь 2013 г.). «Направленное деметилирование ДНК и активация эндогенных генов с использованием программируемых слитых белков TALE-TET1» . Nat. Biotechnol . 31 (12): 1137–42. DOI : 10.1038 / nbt.2726 . PMC 3858462 . PMID 24108092 .  
  54. ^ Ким JJ, Jung MW (2006). «Нейронные цепи и механизмы, участвующие в формировании условного рефлекса страха Павлова: критический обзор» . Неврология и биоповеденческие обзоры . 30 (2): 188–202. DOI : 10.1016 / j.neubiorev.2005.06.005 . PMC 4342048 . PMID 16120461 .  
  55. ^ a b Герцог CG, Кеннеди AJ, Гэвин CF, Day JJ, Sweatt JD (июль 2017 г.). «Зависящая от опыта эпигеномная реорганизация в гиппокампе» . Обучение и память . 24 (7): 278–288. DOI : 10,1101 / lm.045112.117 . PMC 5473107 . PMID 28620075 .  
  56. ^ a b Кейфер J (февраль 2017 г.). «Прайм-тайм для изучения генов» . Гены (Базель) . 8 (2). DOI : 10,3390 / genes8020069 . PMC 5333058 . PMID 28208656 .  
  57. ^ Saxonov S, P Berg, Brutlag DL (январь 2006). «Полногеномный анализ динуклеотидов CpG в геноме человека позволяет выделить два различных класса промоторов» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 103 (5): 1412–7. Bibcode : 2006PNAS..103.1412S . DOI : 10.1073 / pnas.0510310103 . PMC 1345710 . PMID 16432200 .  
  58. ↑ Bird A (январь 2002 г.). «Паттерны метилирования ДНК и эпигенетическая память» . Гены и развитие . 16 (1): 6–21. DOI : 10,1101 / gad.947102 . PMID 11782440 . 
  59. ^ Фогельштейна B, Пападопулос N, Velculescu В.Е., Чжоу S, Диас LA, Кинзлер KW (март 2013 г. ). «Пейзажи генома рака» . Наука . 339 (6127): 1546–58. Bibcode : 2013Sci ... 339.1546V . DOI : 10.1126 / science.1235122 . PMC 3749880 . PMID 23539594 .  
  60. ^ Tessitore А, Cicciarelli О Дель Веккио Ж, Гаджано А, Verzella Д, Fischietti М, Vecchiotti Д, Capece Д, Zazzeroni Ж, Alesse Е (2014). «МикроРНК в сети повреждения / восстановления ДНК и рака» . Международный журнал геномики . 2014 : 1–10. DOI : 10.1155 / 2014/820248 . PMC 3926391 . PMID 24616890 .  
  61. ^ miRBase.org
  62. ^ a b Friedman RC, Farh KK, Burge CB, Bartel DP (январь 2009 г.). «Большинство мРНК млекопитающих являются консервативными мишенями для микроРНК» . Геномные исследования . 19 (1): 92–105. DOI : 10.1101 / gr.082701.108 . PMC 2612969 . PMID 18955434 .  
  63. ↑ Lim LP, Lau NC, Garrett-Engele P, Grimson A, Schelter JM, Castle J, Bartel DP, Linsley PS, Johnson JM (февраль 2005 г.). «Анализ микроматрицы показывает, что некоторые микроРНК подавляют большое количество целевых мРНК». Природа . 433 (7027): 769–73. Bibcode : 2005Natur.433..769L . DOI : 10,1038 / природа03315 . PMID 15685193 . 
  64. ^ Сельбы М, Schwanhäusser В, Тирфельдер N, Fang Z, R Ханин, Rajewsky N (сентябрь 2008 г.). «Широко распространенные изменения в синтезе белка, вызванные микроРНК». Природа . 455 (7209): 58–63. Bibcode : 2008Natur.455 ... 58S . DOI : 10,1038 / природа07228 . PMID 18668040 . 
  65. ^ Пэк D, Villen J, Shin C, Камарго FD, Gygi SP, Бартель DP (сентябрь 2008). «Влияние микроРНК на выход белка» . Природа . 455 (7209): 64–71. Bibcode : 2008Natur.455 ... 64В . DOI : 10,1038 / природа07242 . PMC 2745094 . PMID 18668037 .  
  66. ^ Palmero Е.И., де - Кампос С.Г., Campos М, де Соуза NC, Гиррейру ID, Carvalho А.Л., Marques М.М. (июль 2011 г.). «Механизмы и роль нарушения регуляции микроРНК в возникновении и прогрессировании рака» . Генетика и молекулярная биология . 34 (3): 363–70. DOI : 10.1590 / S1415-47572011000300001 . PMC 3168173 . PMID 21931505 .  
  67. Перейти ↑ Bernstein C, Bernstein H (май 2015 г.). «Эпигенетическое снижение репарации ДНК при прогрессировании рака желудочно-кишечного тракта» . Всемирный журнал онкологии желудочно-кишечного тракта . 7 (5): 30–46. DOI : 10,4251 / wjgo.v7.i5.30 . PMC 4434036 . PMID 25987950 .  
  68. ^ Mellios N, M Sur (2012). «Растущая роль микроРНК в шизофрении и расстройствах аутистического спектра» . Границы в психиатрии . 3 : 39. DOI : 10,3389 / fpsyt.2012.00039 . PMC 3336189 . PMID 22539927 .  
  69. ^ Geaghan M, Cairns MJ (август 2015). «МикроРНК и посттранскрипционная дисрегуляция в психиатрии» . Биологическая психиатрия . 78 (4): 231–9. DOI : 10.1016 / j.biopsych.2014.12.009 . PMID 25636176 . 
  70. ^ a b c Уолш CT, Гарно-Цодикова S , Gatto GJ (декабрь 2005 г.). «Посттрансляционные модификации белков: химия диверсификации протеома». Angewandte Chemie . 44 (45): 7342–72. DOI : 10.1002 / anie.200501023 . PMID 16267872 . S2CID 32157563 .  
  71. ^ Хури Г.А., Baliban RC, Floudas CA (сентябрь 2011). «Статистика посттрансляционных модификаций в масштабе протеома: частотный анализ и курирование базы данных swiss-prot» . Научные отчеты . 1 (90): 90. Bibcode : 2011NatSR ... 1E..90K . DOI : 10.1038 / srep00090 . PMC 3201773 . PMID 22034591 .  
  72. Перейти ↑ Mann M, Jensen ON (март 2003 г.). «Протеомный анализ посттрансляционных модификаций». Природа Биотехнологии . 21 (3): 255–61. DOI : 10.1038 / nbt0303-255 . PMID 12610572 . 
  73. Перейти ↑ Seo J, Lee KJ (январь 2004 г.). «Посттрансляционные модификации и их биологические функции: протеомный анализ и систематические подходы» . Журнал биохимии и молекулярной биологии . 37 (1): 35–44. DOI : 10.5483 / bmbrep.2004.37.1.035 . PMID 14761301 . 
  74. ↑ Rogers LD, Общий CM (декабрь 2013 г.). «Протеолитическая посттрансляционная модификация белков: протеомные инструменты и методология» . Молекулярная и клеточная протеомика . 12 (12): 3532–42. DOI : 10.1074 / mcp.M113.031310 . PMC 3861706 . PMID 23887885 .  
  75. ^ «Профиль экспрессии РНК GLUT4» .
  76. ^ Беркхарт JM, Vaudel М, Гамбарян S, S Радау, Вальтер U, Мартенс л, Гейгера - J, Sickmann А, Захеди РП (октябрь 2011 г.). «Первый всесторонний и количественный анализ белкового состава тромбоцитов человека позволяет провести сравнительный анализ структурных и функциональных путей» . Кровь . 120 (15): e73–82. DOI : 10.1182 / кровь-2012-04-416594 . PMID 22869793 . 
  77. ^ Moritz CP, Mühlhaus T, Тензер S, Schulenborg T, Friauf E (июнь 2019). «Плохая корреляция транскрипт-белок в мозге: отрицательно коррелирующие генные продукты показывают полярность нейронов как потенциальную причину» (PDF) . Журнал нейрохимии . 149 (5): 582–604. DOI : 10.1111 / jnc.14664 . PMID 30664243 .  
  78. ^ Banf М, Рхи SY (январь 2017). «Вычислительный вывод сетей регуляции генов: подходы, ограничения и возможности» . Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - механизмы регуляции генов . 1860 (1): 41–52. DOI : 10.1016 / j.bbagrm.2016.09.003 . PMID 27641093 . 
  79. ^ Chesler EJ, Lu L, Wang J, Williams RW, Мэнли KF (май 2004). «WebQTL: быстрый исследовательский анализ экспрессии генов и генетических сетей для мозга и поведения». Природа Неврологии . 7 (5): 485–6. DOI : 10.1038 / nn0504-485 . PMID 15114364 . 
  80. ↑ Song Y, Wang W, Qu X, Sun S (февраль 2009 г.). «Эффекты индуцируемого гипоксией фактора-1альфа (HIF-1альфа) на рост и адгезию в клетках плоскоклеточного рака языка». Индийский журнал медицинских исследований . 129 (2): 154–63. PMID 19293442 . 
  81. ^ Hanriot л, Keime С, Гей Н, Фор С, Досса С, Р Wincker, Scoté-Blachon С, Пейрон С, Gandrillon О (сентябрь 2008 г.). «Комбинация LongSAGE с секвенированием Solexa хорошо подходит для изучения глубины и сложности транскриптома» . BMC Genomics . 9 : 418. DOI : 10.1186 / 1471-2164-9-418 . PMC 2562395 . PMID 18796152 .  
  82. ^ Wheelan SJ, Мартинес Мурильо F, Boeke JD (июль 2008). «Невероятно сужающийся мир микрочипов ДНК» . Молекулярные биосистемы . 4 (7): 726–32. DOI : 10.1039 / b706237k . PMC 2535915 . PMID 18563246 .  
  83. ^ Miyakoshi M, Нишид H, Шинтаните M, Яман H, Nojiri H (январь 2009). «Картирование плазмидных транскриптомов в различных бактериях-хозяевах с высоким разрешением» . BMC Genomics . 10 : 12. DOI : 10.1186 / 1471-2164-10-12 . PMC 2642839 . PMID 19134166 .  
  84. ^ Denoeud Р, AURY JM, Da Silva С, Noel В, Рожье О, Delledonne М, Morgante М, G Валле, Wincker Р, Скарпелли С, Жайон О, Artiguenave F (2008). «Аннотирование геномов с помощью массового секвенирования РНК» . Геномная биология . 9 (12): R175. DOI : 10.1186 / GB-2008-9-12-R175 . PMC 2646279 . PMID 19087247 .  
  85. Перейти ↑ Clough E, Barrett T (2016). «Омнибусная база данных по экспрессии генов». Статистическая геномика . Методы молекулярной биологии. 1418 . С. 93–110. DOI : 10.1007 / 978-1-4939-3578-9_5 . ISBN 978-1-4939-3576-5. PMC  4944384 . PMID  27008011 .
  86. ^ Кылыч S, Белый ER, Сагитова DM, корниш JP, Erill I (январь 2014). «CollecTF: база данных экспериментально подтвержденных сайтов связывания факторов транскрипции у бактерий» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (Выпуск базы данных): D156–60. DOI : 10.1093 / NAR / gkt1123 . PMC 3965012 . PMID 24234444 .  
  87. ^ Моретто М., Сонего П., Дирксенс Н., Брилли М., Бьянко Л., Ледезма-Техейда Д. и др. (Январь 2016 г.). «COLOMBOS v3.0: использование компендиума экспрессии генов для межвидового анализа» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (D1): D620–3. DOI : 10.1093 / NAR / gkv1251 . PMC 4702885 . PMID 26586805 .  
  88. ^ Фейт Дж. Дж., Дрисколл МЭ, Фузаро В.А., Косгроув Э.Дж., Хайете Б., Джун Ф.С. и др. (Январь 2008 г.). «База данных многих микробов: единообразно нормализованные сборники Affymetrix со структурированными экспериментальными метаданными» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (выпуск базы данных): D866–70. DOI : 10.1093 / NAR / gkm815 . PMC 2238822 . PMID 17932051 .  

Внешние ссылки [ править ]

  • База данных факторов транскрипции растений и платформа для анализа данных и регуляции транскрипции растений